Entwicklung eines diagnostischen Assays zur - bio

Entwicklung eines diagnostischen Assays zur
Identifizierung von Mutationen in verschiedenen Genen
als Biomarker beim malignen Melanom (PM20)
Dr. Stefan Bentink
Bioinformatics Scientist
Exosome Diagnostics GmbH
www.m4.de
Überblick
 Ziele des Projektes
– Minimal invasive Diagnostik aus Körperflüssigkeiten
• Exosomen
• Hochdurchsatz Sequenzierung
– Personalisierte Therapieansätze beim malignen Melanom
 Status
– Strategie
– Infrastruktur
 Projektpartner
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Ziel: Nachweis und Therapieüberwachung des
Mutationsstatus von BRAF und anderen Genen
beim malignen Melanom
Malignes
Melanom
BRAF
V600E Mutation
50% der Patienten
Therapie: BRAF Inhibitor,
z.B.: Vemurafenib
Nachweis von V600E:
 Tumorgewebe
Verfügbarkeit für engmaschige Überwachung?
 qPCR
Weitere (neue?) Mutationen, Resistenzen,
z.B.: NRAS
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Exosomen enthalten mRNA
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Hochdurchsatz-Sequenzierung von PCRFragmenten
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Serum 002 (1.8% MT)
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Minimal invasiver Mutationsassay
Exosomen (Blut) basierter Assay für BRAF V600E und andere
Mutationen:
• Probenentnahme und Gewebetypisierung
•
Blut-, Urin- und Biopsieentnahme von > 200 Patienten
• Isolierung exosomaler RNA
•
•
Ultrazentrifugation
Affinitätsaufreinigung von exosomaler Subpopulationen
• Assay Development – Next Generation Sequencing
•
•
Optimierung der Sequenzierbibliotheken
Multiplex RT-PCR
• Bioinformatik und Software Entwicklung
•
•
Statistische Methode
Standartisierte Analyse-Pipeline
• Sequenzierplatform
•
•
Illumina HiSeq (ca. 200.000.000 ”Reads”)
Illumina MiSeq (ca. 5.000.000 ”Reads”)
• GLP-Qualitätssicherung und –kontrolle
• Zertifizierung
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Projektpartner
Exosome Diagnostics GmbH
Am Klopferspitz 19
82152 Martinsried
Klinik und Poliklinik für Dermatologie
und Allergologie
Frauenlobstr. 9-11
80377 München
Ansprechpartner:
Dr. Mikkel Noerholm,
Head of European Operations
[email protected]
Ansprechpartnerin:
Prof. Dr. med. Carola Berking
[email protected]
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