Allgemeines zu Nukleinsäurenachweisen

Nukleinsäurenachweis
Allgemeine Bemerkungen zur Molekularbiologischen Diagnostik
Allgemeine Angaben
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Methodenbedingt ist der Nachweis nur einer oder weniger DNA-Zielsequenzen möglich.
Damit erlaubt das Verfahren nur die Antwort auf sehr spezifische Fragestellungen ("Ist der Erreger X / das Gen Y im Material vorhanden?"),
nicht aber auf allgemeine Fragestellungen "Enthält das Material pathogene Erreger?" oder "Weist der Patient Labormerkmale einer Infektion
auf?".
Besonderheiten des Molekularbiologischen Erregernachweises (PCR
und mod. Verfahren) sind:
sehr hohe Sensitivität und damit verbunden ein Kontaminationsrisiko
die Sensitivitätsgrenze einer einfachen PCR liegt bei 5000 bis
50.000 Kopien der Ziel-DNA
eine nested PCR kann eine Sensitivitätsgrenze von 10 Kopien der
Ziel-DNA aufweisen
Real-Time Verfahren mit fluoreszenzmarkierten Proben können eine
Sensitivität von ~ 100 Kopien der Ziel-DNA aufweisen
Wenn die Zielsequenz z.B. 10 mal im Genom eines Bakteriums vorhanden ist
(z. B. TBC IS6110, 16S-rDNA-Gen der universellen eubakteriellen
PCR),
weist
eine einfache PCR ~ 500 Bakteriengenomäquivalente (GE),
eine nested PCR ca. 1-2 (!) GE
nach.
2)
Die PCR - im Gegensatz zu kulturellen Verfahren - unterscheidet nicht
zwischen vitalen und abgetöten Erregern, da nur die erregerspezifische Nukleinsäure nachgewiesen wird.
Somit ist eine PCR-Anforderung unter Therapie u. U. zum Erregernachweis (teilweise als einziges Verfahren) sinnvoll, nicht jedoch
zur Therapiekontrolle (gilt insb. für TBC)!
Spezielle Kommentare
Eine gegen die 16S rDNA Gene gerichtete universelle eubakterielle PCR ist prinzipiell geeignet eine Vielzahl unbekannter Bakterien nachzuweisen und über einen
Sequenzabgleich des PCR-Produktes mit publizierten Daten dieses zu identifizieren.
© Universitätsklinikum Rostock / IMIKRO/ Abteilung für Med. Mikrobiologie und Krankenhaushygiene
Auszug Einsenderhinweise
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Stand: 02.2007
Nukleinsäurenachweis
Allgemeine Bemerkungen zur Molekularbiologischen Diagnostik
Das Verfahren ist aber nur sinnvoll anzuwenden bei primär sterilen Materialien und
der Erwartung eines einzigen Erregers als Krankheitsursache.
Bei einer evtl. Mischflora erhält man überlagerte Sequenzen.
Diese sind - bei rationalem Ressourcen-Einsatz - mit diesem Verfahren nicht sinnvoll
zu untersuchen.
Geeignete Materialien für die universelle 16S rDNA PCR sind somit:
 Liquor
 EDTA-Blut
 ggfs Bioptate von primär sterilen Organen wie
Leber,
Herz,
Hirn etc.
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Stand: 02.2007