buffers

Buffer list
Antikörperaufreinigung
Bindungspuffer:
Elutionspuffer:
BioRad
1,5 M
Glycin/NaOH pH 8,9
3,0 M
NaCl
AFFI-PREP Protein a, MAPS II von
nach
Vorschrift
des
Herstellers
angesetzen.
Regenerierungspuffer:
BioRad
Regenerierungspufferkonzentrat
nach
Vorschrift
des
von
Herstellers
verdünnen.
Neutralisierungspuffer:
1,0 M
Tris Base
Bakterien Medien:
TB-Medium:
TB-Salz pH 7,5:
12 g Bacto-Trypton
24 g Yeast extract
5 g Glycerin
ad 900 ml H2O
2.3 g KH2PO4
16.42 g K2HPO4
ad 100 ml H2O
TB und Salzlösung getrennt autoklavieren und im Verhältnis 9:1
mischen.
Coomasie-Färbeslösungen:
Färbelösung:
0,25 %
40 %
9.2 %
Coomasie Brilliant blue (2.0 g/liter)
Methanol
HOAc
Entfärbelösung:
40 %
9.2 %
Methanol
HOAc
Fixierlösung:
4
5
Glycerol
HOAc
%
%
Coomassie-Färbung II
Färbelösung:
0,25
40 %
10 %
50 %
%
Comassie Brilliant Blue R
Methanol
Essigsäure
Wasser
Entfärber 1:
40%
10%
50%
Methanol
Essigsäure
Wasser
Entfärber 2:
5%
Methanol
7%
Essigsäure
88%
Wasser
Eine Steigerung der Sensitivität, die bei der Coomassie-Färbung bei
0,3-1 µg Protein pro Bande liegt, konnte über Silberfärbung erreicht
werden.
Silberfärbung
Fixierlösung:
50%
10%
40%
Methanol
Essigsäure
Wasser
Lösung A:
0,8g
AgNO3/4ml Wasser
Lösung B:
21ml
0,36% NaOH
Lösung C:
geben und mit
Lösung A unter starkem Rühren zu Lösung B
Wasser auf 100ml auffüllen
Lösung D: 2,5ml
1%ige Zitronensäure (Trinatriumcitrat)
0,5ml
38%-ige Formaldehydlösung
DNA Aufreinigung nach Qiagen
P1:
100
50
10
µg/ml
mM
mM
Rnase A
Tris/HCl pH=8
EDTA
P2:
200
1
mM
%
NaOH
SDS
P3:
3 M
K-Acetat pH=5,5
QBT:
750
50
15
0,15 %
mM
mM
%
NaCl
MOPS pH=7,0
Ethanol
Triton X100
QC:
1,0 M
50 mM
15 %
NaCl
MOPS pH=7,0
Ethanol
QF:
1,25
M
50 mM
15 %
NaCl
MOPS pH=8,5
Ethanol
DNA Auftragspuffer:
10 %
0,5 %
0,06%
0,5 %
Ficoll 400
SDS
Bromphenolblau
Saccharose
DNA waschen:
Phenol/Chloroform:
Gemisch im Verhältnis 1 / 1 (v/v)
Chloroform/Isoamylalkohol: Gemisch im Verhältnis 24 / 1 (v/v)
FPLC Buffers for various columns:
MonoQ for CRM1:
low
TriEthanolAmine 7,4
MgCl2
high
TriEthanolAmine 7,4
MgCl2
NaCl
20
2
mM
mM
20
mM
2
mM
1000 mM
Gradient from 100 to 450 mM NaCl. CRM1 elutes at aroung 280.
S200 for all proteins in transport:
TPB++
Buffer Bischoff für Ran
Puffer 1:
30
40
1
1
mM Tris/HCl pH 7,5
mM NaCl
mM DTT
mg/ml Lysozym und
Proteaseinhibitoren
Puffer 2:
50
1
10
2
mM
mM
%
µM
Einfriermedium:
Kaliumphosphat pH 7,5
ß-Mercaptoethanol
Glycerol
GTP oder GDP
90 % FCS
10 % DMSO
Fragmentverlängerung
(TdT´ase)
5x Reaktionspuffer:
mit
der
terminalen
Transferase
0,2 mM Kalium-Kakodylat pH 7,2
10 mM CoCl2
1 mM DTT
Gluthation Sepharose Buffers
Wash buffer:
TrisHCl pH 8.8
NaCl
Elution buffer: Trisbase
NaCl
Gluthation (red)
50
150
mM
mM
50
150
15
mM
mM
mM
Herstellen einer Immunoaffinitätssäule
Kopplungspuffer
100 mM NaHCO3
500 mM NaCl
Tris-Puffer
100 mM Tris/HCl pH 8,0
500 mM NaCl
100mM Acetat pH 4,0
500mM NaCl
A-Puffer
T-Puffer
100mM Tris/HCl pH 8,0
500mM NaCl
His-markierte Protein Aufreinigung
Nickel-NitriloTriessigsäure Agarose (NTA)-Säule
Schwyzer Lysis Puffer:
100
100
5
mM Tris/HCl pH 7,0
mM NaCl
mM KCl
1
0,5%
50
1
100 U/ml
mM MgCl2
NP-40
µM Leupeptin
%
Trasylol
Benzonase
Add-Lösung:
500
5
1
40
50
1
mM
mM
mM
%
µM
%
NaCl pH 7,0
KCl
MgCl2
Glycerol
Leupeptin
Trasylol
Wasch-Puffer:
50
300
1
20
mM
mM
mM
%
Tris/HCl pH 7,0
NaCl
MgCl2
Glycerol
Elutionspuffer:
10
50
1
80
20
mM
mM
mM
mM
%
Tris/HCl pH 7,0
NaCl
MgCl2
Imidazol
Glycerol
Puffer A:
6 M Guanidinium-HCl pH 8,0
0,1 M NaH2PO4
0,01 M Tris Base
Puffer F:
6
M
Guanidinium-HCl
0,2 M Essigsäure
Talon beads
Zellsuspensionspuffer (ZSP):
Tris-HCl pH 8.0
NaCl
PMSF
Beta ME
20
100
0.5
140
mM
mM
mM
ul/liter
Protease inhibitors:
0.1
10
1
1
0.1
mM
ug/ml
ug/ml
ug/ml
ug/ml
Benzamidin
Bacitracin
Leupeptin
Aprotinin
Pepstatin
Waschpuffer (WP):
Tris-HCl pH 8.0
NaCl
Imidazol
Beta ME
Protease inhibitors
20
100
15
140
mM
mM
mM
ul/liter
Elutionspuffer 1 (E1):
Tris-HCl pH 8.0
NaCl
Imidazol
Beta ME
Protease inhibitors
20
100
100
140
mM
mM
mM
ul/liter
Elutionspuffer 2 (E2):
Tris-HCl pH 8.0
NaCl
Imidazol
Beta ME
Protease inhibitors
20
100
500
140
mM
mM
mM
ul/liter
Hybridisierung von RNA in situ
20x SSC:
3
0,3
M
M
NaCl
Na-Citrat
Prehybridisierungspuffer:
4x
SSC
50 %
Formamid
10 %
Dextransulfat
1x
Denhardt´s
125 µg/ml tRNA
500 mg/ml
denaturierte (5min / 95°C)
Lachs
-Spermien-DNA
100x Denhardt´s:
2
%
2
%
2
%
in H2O
Polyvinylpyrrolidone
BSA
Ficoll 400
Kompetente Zellen:
Methode 1
TFB-1:
30 mM K-Acetat
50 mM MnCl2
10 mM CaCl2
100 mM KCl
15 %
Glycerol
sterilfiltrieren
pH:7,0
TFB-2:
10 mM Na-Mops pH:7,2
75 mM CaCl2
10 mM KCl
15 %
Glycerol
sterilfiltrieren
Ligase-Puffer x10:
500
100
200
500
mM Tris/HCl
mM MgCl2
mM DTT
µg/ml BSA
pH=7,8
Lysis-Puffer:
Einfacher LP
PBS (4.1.1.4)
0,05
% TWEEN 20
1
µg/ml Trasylol
10
µg/ml Leupeptin
10
1
0,5
10
µg/ml PMSF
mM EDTA
mM DTT
U/
Schwyzer-Lysis-Puffer (Schwyzer et al.; 1980):
50
mM
120
mM
0,5%
50
µM
10
µM
erweiterter Lysis-Puffer:
Tris/HCl pH:9,0
NaCl
NP-40
Leupeptin
Aprotinin
100 mM Tris/HCl pH 9,0
100 mM NaCl
5 mM KCl
1 mM CaCl2
1 mM MgCl2
0,5
%
NP 40
50 µM Leupeptin
0,1
%
Aprotinin
20 u
Benzonase/100µl
Mikroinjektionspuffer, pH 7,2 (Graessmann et al., 1980):
48 mM K2HPO4
4,5 mM KH2PO4
14 mM Na2PO4
Montierungsmedien für Mikroskop
Montierungsmedium 1 (Johnson und Nogueira Arujo, 1981):
90 %
Glycerol
10 %
PBS
2,5 %
(w/v)
1,4
Diazabicyclo(2.2.2.) oktan
Montierungsmedium 2:
90 %
Glycerol
10 %
p-Phenylendiamin
(1mg/ml
in PBS
pH=8,0)
Montierungsmedium 3:
10 g
5 ml
35 ml
Distrene 80
Dibutylphtalat
Xylene
NET:
50 mM Tris/HCl pH 7.5
150 mM NaCl
5 mM EDTA
0.05 % NP-40
Paraformaldehyde fixative (4%):
H20
PFA
70
4
ml
g
heat to 60°C stirring, add dropwise 1N NaOH until solution turns
clear add 10 ml 10xPBS, pH should be between 7,2 and 7,4. Freeze
aliquots and store at -20 °C.
Phosphate buffered saline (PBS):
10x
NaCl
80
KCl
2
Na2HPO4*7H2O11.5
KH2PO4
2
g
g
g
g
pH 7.4 or 8.0
1x
NaCl
140
NaH2PO4/Na2HPO4 10
mM
mM
PBS (phosphatgepufferte physiologische Kochsalzlösung) pH 7,4:
13 mM Na2HPO4
2 mM NaH2PO4
5 mM KCl
150 mM NaCl
Protease Inhibitoren:
Leupeptin, 5mM Stocklösung in:
10 mM Tris/HCl pH 7,5
50 %
Glycerin
Proteinreinigung aus Insektenzellen
NET-Puffer:
50 mM
150 mM
5 mM
0,05%
Tris/HCl pH 7,5
NaCl
EDTA
NP 40
Triethylaminpuffer:
20 mM Triethylamin/HCl pH 10,8
100 mM NaCl
20%
Glycerin
PIPES-Puffer:
10 mM
5 mM
0,1
10 %
Pipes- NaOH, pH: 7,0
NaCl
mM EDTA
Glycerol
Ran Purification buffers
Buffer B1 low: TrisHCl pH 8.0
NaCl
MgCl2
Protease inhibitors
50
75
1
mM
mM
mM
Buffer B1 high: TrisHCl pH 8.0
50
mM
NaCl
MgCl2
Protease inhibitors
1000
1
RNA loading buffer: formamide
80
EDTA (pH 8.0)
Bromphenol blue
Xylene cyanol
mM
mM
%(v/v)
1 mM
0.1 %
0.1 %
Roeder purification buffers
Roeder A:
HEPES/KOH 7,9 25
mM
KCl
100
mM
MgCl2
5
mM
DTT
2
mM
PMSF
1
mM
Roeder B:
HEPES/KOH 7,9 250
NaCl
MgCl2
Roeder D:
mM
1
25
HEPES/KOH 7,9 25
mM
NaCl
100
MgCl2
2.5
EDTA
0.25
Glycerol
8.7
DTT
2
PMSF
1
M
mM
mM
mM
mM
%
mM
mM
SDS PAGE buffers
SDS electrophoresis buffers 5x:
Tris base
Glycine
SDS
5x buffer 1l final volume
15.1
72
5
g
g
g
SDS sample buffer 2x:
4x Tris/Cl/SDS 6.8
glycerol
SDS
ß-mercaptoethanol
Bromphenolblue
H2O
ad
freeze in 1ml aliquots
TrisCl/SDS 8,8 4x (4xTG)
H20
Trisbase
SDS
pH to 8.8 with 1N HCl
H20
sterilefilter
TrisCl/SDS 6,8 4x (4xSG)
H20
Trisbase
SDS
pH to 6.8 with 1N HCl
H20
sterilefilter
25
20
4
2
5
ml
ml
g
ml
mg
100
ml
300
91
2
ml
g (1.5M final)
g (0.4% final)
ad 500
ml final
40
6.05
0.4
ml
g (0.5M final)
g (0.4% final)
ad 100
ml final
Lösung A:
30 % Polyacrylamid und 0,8 % N,N´bis-Methyl-Acrylamid. Dazu werden
150 g Polyacrylamid in 300 ml Wasser
gelöst, 4 g Bisacrylamid dazugegeben
und über Nacht im Dunkeln bei 4°C
gerührt. Am nächsten Tag wird bei RT
die Lösung auf 500 ml aufgefüllt,
filtriert und bei 4°C im Dunkeln
aufbewahrt.
Lösung B:
1,5M
Tris/HCl
0,4%
pH=8,8
SDS
Lösung C:
0,5M
0,4%
pH=6,5
Tris/HCl
SDS
2x Laemmli-Puffer:
20mM
4%
10%
40%
0,002%
Marker:
Prestained Marker von Sigma
10kD Leiter von Sigma (20-180kD)
Laufpuffer:
25mM
192mM
1%
5x Single-Kolonie-Puffer:
10
% Ficoll 400
5
% SDS
5
% Sucrose
0,05 % Bromphenolblau
in 1x TBE (siehe 4.2.2.3)
TE:
10 mM
1 mM
Tris/HCl
pH=6,5
SDS
ß-Mercaptoethanol
Glycerin
Bromphenolblau
Tris
Glycin
SDS
Tris/HCl pH=8,0
EDTA
TBE electrophoresis buffer:
TBE 10x:
Tris base
Borat
0.5 M EDTA (pH 8.0)
add H20 to 1l
108 g
55 g
40 ml
10x TBE:
TBE (1x):
1
830
10
M Tris
mM Borat
mM EDTA
Tris
Borat
EDTA
89
89
2
mM
mM
mM
TBS (Trisgepufferte physiologische Kochsalzlösung) pH 8,0:
10 mM Tris/HCl pH 8,0
150 mM NaCl
TE :
10 mM Tris/HCl pH 7,8
1 mM EDTA pH 8,0
Transport buffer (TPB)
10x
KOAc
HEPES/KOH 7.4 200
Mg(OAc)2
EGTA (250mM)
1.1
M
mM
20 mM
10 mM
215.93g
95.32g
8.58g
80ml
redissolve in 2 l final volume (don't forget to pH!)
1X
KOAc
HEPES/KOH 7.4
Mg(OAc)2
EGTA (250mM)
DTT
PMSF
Aprotinin
110
20 mM
2
1
1
1
1
mM
mM
mM
mM
mM
mg/ml
Leupeptin
1 mg/ml
Washing Buffer
KOAc
HEPES/KOH 7.4
Mg(OAc)2
DTT
PMSF
Aprotinin
Leupeptin
110
10 mM
2
1
1
1
1
mM
KOAc
HEPES/KOH 7.4
Mg(OAc)2
DTT
PMSF
Aprotinin
Leupeptin
10
5 mM
2
2
1
1
1
mM
mM
mM
mM
mg/ml
mg/ml
Lysis buffer
Trypsinlösung:
8,9 g NaCl
0,2 g KCl
1,25 g Na2HPO4
0,2 g KH2PO4
1,25 g Trypsin
1,25 g EDTA
mM
mM
mM
mg/ml
mg/ml
ad 200 ml H2O bidest.
0,1 g CaCl
0,1 g MgCl2
ad 200 ml H2O bidest.
beide Lösungen werden vereinigt und sterilfiltriert.
Western Blot
Blot-Puffer:
10mM
3mM
NaHCO3
Na2CO3
TBS:
10mM
Tris/HCl
pH=8,0
150mM
NaCl
TBST:
TBS mit 0,05% TWEEN-20
Ponceau-rot Lösung:
2 g
Ponceau S
30 ml
TCA in H2O
30 g
Sulfosalicylsäure
ad100 ml mit Wasser
Subtratlösung 1:10 ml AP-Puffer
66 µl
NBT (50mg/ml in DMF/H2O
1:1)
33 µl
AP-Puffer:
BCIP(50mg/ml in AP-Puffer)
100 mM Tris/HCl
100 mM NaCl
5mM MgCl2
pH=9,5