Universität Ulm Protokoll zu den Grundübungen Pflanzenphysiologie und Molekulare Botanik Wintersemester 2011/2012 Versuch H2: Reportergenaktivität in transgenen Pflanzen Tutorin: Vorgelegt von: Abgegeben am: Version: 1 Inhaltsverzeichnis: 1. Theorieteil 2 1.1 Historischer Abriss zur Biotechnologie 2 1.2 Gentechnologie 2 1.3 Einteilung und Anwendungsbereiche der Bio- und Gentechnologie 2 1.4 Diskussion: Vor-und Nachteile der Gentechnologie gegenüber der Biotechnologie 6 1.5 Der Einsatz von Tier- und Pflanzenzellen muss in der Gentechnik sinnvoll 7 gewählt werden 1.6 Gentransfer in Natur und Labor 8 1.6.1 Gentransfer in der Natur 8 1.6.2 Gentransfer im Labor: Methoden 10 1.7 Regulierende Einflüsse der Genaktivität 14 1.8 Nachweis und Regulation von Genaktivität 15 2. Durchführung 18 2.1 Qualtitativer Nachweis der Promotoraktivität im Gewebe durch in-situ-Färbung 18 2.2 Fluorimetrische Bestimmung der GUS-Aktivität (quantitativ) 18 3. Ergebnisse 20 3.1 Qualtitativer Nachweis der Promotoraktivität im Gewebe durch in-situ-Färbung 20 3.2 Fluorimetrische Bestimmung der GUS-Aktivität (quantitativ) 20 4. Diskussion 23 4.1 Qualtitativer Nachweis der Promotoraktivität im Gewebe durch in-situ-Färbung 23 4.2 Fluorimetrische Bestimmung der GUS-Aktivität (quantitativ) 24 5. Quellen 25 2 1. Theorieteil 1.1 Historischer Abriss zur Biotechnologie Bei der Biotechnologie handelt es sich um eine interdisziplinäre Wissenschaft, auf die Menschen bereits seit Jahrtausenden zurückgreifen. Kennzeichnend hierfür ist die Benutzung lebender Organismen oder biologisch synthetisierten Materials für technische Anwendungen. beispielsweise die Etablierte Bier-oder Einsatzfelder Weinherstellung der und die Biotechnolgie sind Verarbeitung von Milchprodukten. Dabei wird auf Mikroorganismen wie z.B. der Bäckerhefe (Saccharomyces cervisiae) oder Milchsäurebakterien zurückgegriffen. 1.2 Gentechnologie Es bedarf einer strikten Abtrennung zwischen der Gentechnologie von der Biotechnologie. Der Begriff Gentechnologie bezeichnet bestimmte Verfahren der Biotechnologie, die Kentnisse aus der Molekularbiologie und/oder der Genetik erfordern und mit dem Einbau in-vitro veränderter DNA in Organismen Hand in Hand gehen. Gentechnologie beinhaltet also immer eine synthetische Veränderung oder Neuzusammensetzung der DNA. Das bedeutet in der Praxis, dass bestimmte Gene von Organismen, die eine bestimmte Stoffwechseleigenschaft, also ein Produkt oder eine Fähigkeit aufweisen, entnommen werden und in andere Zellen eingefügt werden. Ziel ist es, dass diese Eigenschaft dann von einem anderen Wunschorganismus exprimiert wird. Es werden beispielsweise Enzyme wie Chymosin oder Pepsin, die früher aus den Mägen junger Wiederkäuer entnommen wurden, heute aber mithilfe von Mikroorganismen herstellen kann, verwendet. 1.3 Einteilung und Anwendungsbereiche der Bio- und Gentechnologie Beide Disziplinien werden nach Farben in ihre jeweiligen Anwendungsgebiete separiert. Aufgrund der Ganzheit der Forschung, werden diese Grenzen mittlerweile immer wieder durchbrochen. Im Folgenden wird die klassische Trennung betrachtet. 3 Bei der Roten Bio-und Gentechnologie handelt es sich um diejenigen Bereiche, die in der Medizin zur Anwendung kommen und die Gesundheit des Menschen zum Ziel haben. Dazu gehört die Entwicklung verschiedener Impfstoffe, Therapeutika, Modellorganismen, die zur Entwicklung neuer Therapeutika benötigt werden, die Produktion von Wirkstoffen durch genetisch veränderte Organismen und die dazu erforderlichen Plattformtechnologien. Ein Beispiel hierfür ist die Herstellung von Arzneimitteln wie etwa Insulin, das heutzutage mithilfe von Mikroorganismen hergestellt wird. Die dafür notwendigen Gene wurden einer menschlichen Pankreas entnommen. Braune Bio-und Gentechnologie befasst sich mit der Biotechnologie der Umwelt und damit nicht zuletzt der Aufrechterhaltung von bestimmten Lebensräumen und der Grauen Bio-und Gentechnologie werden Verfahren zur Beseitigung von anfallenden Abfällen diskutiert. Blaue Bio-und Gentechnologie sind bio-und gentechnologische Anwendungsmethoden auf Lebewesen aus dem Meer. Dabei wird große Hoffnung in tieflebende Bakterien, welchen man wirtschaftlich nutzbare Stoffwechselwege zutraut, gesetzt. Die Grüne Bio-und Gentechnologie befasst sich speziell mit Pflanzen um deren Eigenschaften als Nutzpflanzen zu verbessern. Ferner werden pflanzliche Enzyme und deren Wirkprinzipien genauer durchleuchtet. In asiatischen Entwicklungsländern ist Vitamin A-Mangel weit verbreitet. Um dem entgegen zu wirken hat ein Freiburger Forschungsteam Wildtyp-Reis dahingehend transformiert, dass diese nun im Endosperm ausreichend Provitamin A (= -Carotin) synthetisieren kann, welches dann vom Menschen zu seinen aktiven Formen umgewandelt werden kann. Es wurden hierzu zwei Gene fremder Arten übertragen. Zum einen waren dies das Phytoensynthase-Gen der Narzisse (Narcissus pseudonarcissus) und zum anderen das Caratindesaturase-Gen des Bakteriums Erwinia uredovora. Abbildung 2 zeigt die erzielten Farbveränderungen. 4 Abbildung 1: Golden Rice und Wildtyp-Reis Quelle: http://www.gatesfoundation.org/agriculturaldevelopment/PublishingImages/golden-ricehero.jpg. Stand: 17.12.11 Weiße Bio-und Gentechnologie befasst sich mit dem industriellen Bereich dieser Technologien. Hierbei wird nach weiteren industriell nutzbaren Enzymen und Stoffwechselwegen gesucht. Ferner werden optimierte Bioverfahrenstechniken angestrebt. Die Käseherstellung dient als Beispiel einer seit Jahrtausenden betriebenen biotechnischen Anwendung, die im Zuge der Prozessoptimierung mithilfe von gentechnologischen Verfahrensweisen verbessert wurde. Milcheiweiß wird mithilfe der proteaseaktiven Enzyme Chymosin und Pepsin die die Milch eindicken, zum Ausfallen gebracht. Früher wurden diese Enzyme aus den Mägen von Kälbern entnommen. Heutzutage wird jedoch die Stoffwechselfähigkeit von besonders modifiziertern Schimmelpilzen oder Hefen genutzt. Die Vorteile liegen auf der Hand. Die Enzymgewinnung erfolgt unkomplizierter und die Verunreinigungen, mit denen bei der Enzymentnahme aus den Kälbermägen gerechnet werden müssen, entfallen. Abbildung 1 dient zur Veranschaulichung des gentechnischen Verfahrens. 5 Abbildung 2: Chymosingewinnung. Quelle: http://www.gm.rt.schulebw.de/lehrer/schmid/gentechnik/bilder/folie24.gif. Stand: 17.12.11 Ein Beispiel aus der Pflanzenoptimierung ist die sogenannte Flavr-Savr-Tomate, die in den 90er Jahren auf den Markt kam. Bei ihr wurde das Enzym Polygalacturonase mittels RNA-Interferenz blockiert, wodurch der Abbau von Pektin, einem Stützprotein der primären Zellwand, verhindert wurde und die Pflanze dadurch selbst nach langen Transportwegen nicht matschig wurde. Aufgrund des faden Geschmacks ist der Verkauf kurz darauf wieder eingestellt worden. Die Firma Monsanto veröffentliche Ende des letzten Jahrhunderts die mit dem Bodenbakterium Agrobacterium tumefaciens transformierte Pflanze Roundup Ready Soja. Diese ist mit herbizidresistenten Genen ausgestattet. „Praktischerweise“ verkauft die Firma das passende Herbizid, nämlich Glyphosat, gleich mit. Es wurde ein geringerer Schädlingsbefall der Pflanzen, um eine höhere Produktivität zu erzielen, angestrebt. Die gentechnisch veränderte Kartoffelsorte Amflora revolutionierte die Papier-, Textilund Klebstoffindustrie, indem sie die aufwendigen Trennungsverfahren der beiden Stärkearten Amylose und Amylopektin weitgehend überflüssig machte. Der Grund hierfür ist, dass mithilfe einer RNA-Interferenz die die Translation von Genen, die an dem Aufbau der Amylose beteiligt sind, behindert werden und es nur noch zu einer Translation von Amylopektin kommt. 6 Zuletzt sei nicht außer Acht gelassen, dass es sich hier nur um Beispiele handelt. Die Vielzahl moderner Verfahren ist kaum noch zu überschauen. 1.4 Diskussion: Vor-und Nachteile der Gentechnologie gegenüber der Biotechnologie Die Gentechnik liefert praktische Verfahrensmethoden, die dem Wohle der Menschheit dienen. Die Wissenschaft ist heutzutage soweit, dass Erbkrankheiten gentherapeutisch behandelt werden können. Ferner können durch die Pränataldiganostik werdende Mütter über den Zustand ihres Kindes aufgeklärt werden und so frühzeitig über mögliche Krankheiten oder Behinderungen des Kindes unterrichtet werden. Durch die Gentechnik werden die genetischen Grenzen zwischen den Arten weitgehend aufgehoben. Beispiele hierzu wurden in 1.3 bereits genannt. Als Folge lässt sich eine immense Fülle neuer Organismen kreieren. All dies dient oft der Optimierung von Bioprozessen und spart damit Kosten ein. Ein weiterer großer Vorteil besteht darin, dass die gewünschten Produkte durch gezielte Expression von Mikroorganismen viel weniger verunreinigt sind. Es kann oft auf aufwendige und teure Reinigungsverfahren verzichtet werden. Letzten Endes kann durch gentechnischen Einsatz also die Qualität vieler Lebensmittel und anderen Produkten verbessert werden. Gentechnologie ist oft forschungseffizienter und billiger als die dementsprechende Biotechnologie. Durch in – vitro Rekombination gewünschter Merkmale entfällt das Rückkreuzen, wie es nach den Mendel’schen Regeln notwendig wäre. Dadurch entfallen das Heranreifen bestimmter Filialgenerationen und die erst dann mögliche Überprüfung der Ergebnisse. Eine große Zeitersparnis wird möglich. Außerdem können die gewünschten Merkmale gezielt in den Organismus geschleust werden, wodurch sich die Spezifität erhöht und ungewollte Merkmalsexpression unwahrscheinlich wird. Wenn eine gentechnisch veränderte Pflanze allerdings nicht isoliert wird, so wird sie unweigerlich ihr genetisches Material mit der Umwelt austauschen. Dies entspricht einem vertikalen Gentransfer. Oft haben diese Pflanzen einen Selektionsvorteil. Sie 7 sind resistent gegen Schädlinge oder vertragen schlechtes Wetter besser. Es wird befürchtet, dass dies zu einer Einschränkung der genetischen Vielfalt führen kann. Die physiologischen und phänotypischen Folgen eines transgenen Organismus können nicht vorhergesagt werden. Es ist einfach noch viel zu wenig über die komplizierten Wechselwirkungen innerhalb eines Organismus bekannt, um die Folgen überblicken zu können. Schwerwiegende Wechselwirkungen innerhalb eines Organismus und mit dessen Umwelt sind nicht ausgeschlossen. Es bleibt ferner die Frage bestehen, welche Langzeitfolgen genetisch veränderte Lebewesen bewirken. Transgene Pflanzen können ferner auch Nützlinge schädigen. Ein damit zusammenhängender horizontaler Gentransfer lässt sich nicht ausschließen. Daher sind die Fähigkeiten und Fertigkeiten der Gentechnik nach wie vor mit Vorsicht zu genießen. Ethnische Bedenken werden von den „Würdeträgern“ der Kirche und Umweltschützern ausgesprochen, vor allem wenn es um Genanalyse und Forschung beim Menschen geht. Es wird befürchtet, den Mensch irgendwann katalogisieren zu können und dadurch in die Schöpfung, aus welcher Sicht auch immer, erheblich einzugreifen. Es ist nicht auszuschließen, dass viele Menschen aus dem Instinkt heraus Angst vor den neuen Techniken haben. 1.5 Der Einsatz von Tier-und Pflanzenzellen muss in der Gentechnik sinnvoll gewählt werden Wird mit Pflanzen gearbeitet, so kann aus deren Eigenschaft, dass alle Zellen totipotent sind ein großer Nutzen gezogen werden. Totipotentz bedeutet, dass eine Zelle auf alles Erbgut eines Organismus zugreifen kann und diesen prinzipiell komplett regenerieren könnte. Bestimmte Pflanzen, denken wir an den Modellorganismus Arabidopsis thaliana, haben eine kurze Generationszeit und können viele Nachkommen zeugen. Außerdem sind sie billiger in der Haltung und pflegeleichter wie z.B. ein Säugetier. Ein Nachteil bei der gentechnischen Arbeit mit Pflanzen ist sicherlich die Zellwand, die es zu durchdringen gilt. Pflanzen sind weniger zur Synthese bestimmter Stoffwechselprodukte wie beispielweise Bakterien oder tierische Zellen geeignet, da 8 sie oft nur geringe Produktmengen erzeugen. Es bleibt das ungeklärte Problem mit Monokotyledonen, die mit dem häufig für transformierende Vorgänge verwendeten Bodenbakterium Agrobacterium tumefaciens keine Transformation erfahren. Nutzpflanzen wie Weizen, Reis und Mais müssen daher mithilfe anderer, weniger effektiver Methoden behandelt werden. Aufgrund der Polyploidie der Pflanzenzellen ist es nur schwer diese vollständig zu transformieren, da alle Chromosomensätze gentechnisch verändert werden müssen. Besonders Kallusgewebe ist anfällig für somaklonale Variation. Das bedeutet, dass sich der Genotyp einer Pflanze durch häufige Fehler während der Replikation von selbst spontan abwandelt (Mutation). 1.6 Gentransfer in Natur und Labor Hierbei handelt es sich um jegliche Übertragung von Genen zwischen Organismen. Es wird eine Einteilung zwischen horizontalem und vertikalem Gentransfer vorgeschlagen. Als horizontalen (= lateraler) Gentransfer wird eine Genübertragung außerhalb der geschlechtlichen Fortpflanzung und über Artgrenzen hinweg bezeichnet. Beim vertikalen Gentransfer wird von Genübertragung oder Weitergabe an einen Nachkommen gesprochen. 1.6.1 Gentransfer in der Natur Bei Prokaryoten sind uns 3 mögliche Arten des Gentransfers bekannt. Als Konjugation wird die Übertragung von Genomteilen (DNA -Übertragung) einer Spenderzelle (Donor mit − Faktor) auf eine Empfängerzelle (Rezipient mit − ) durch einen direkten Zellkontakt bezeichnet. Konjugation ist über die Artgrenzen hinweg möglich. Diese kommt meist mithilfe des F-Pilus (F für Fertilität) zustande. Die Stelle, von der aus der Transfer startet, heißt oriT-Squenz (origin of replication Transfer). Abbildung 3 zeigt diesen Vorgang bei gram-negativen E. coli Bakterien. 9 Abbildung 3: Konjugation bei E. coli. Quelle: http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/f3/Konjugation http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/f3/Konjugation-ecoli.svg. . Stand: 17.12.11 Als Transformation wird die nicht-virale virale Übertragung von freiliegender DNA auf einen Organismus bezeichnet. Dabei wird Fremd-DNA DNA ins Cytoplasma übertragen. übertragen Damit wurde das Genom des Wirtsorganismus transformiert.. Kompetente Zellen können mithilfe von Rezeptoren selbst bestimmte DNA ins Cytosol aufnehmen. Transfektion ist der Begriff für eine Transformation bei Eukaryoten. Als Transduktion wird der Gentransfer zwischen Bakterien und Viren, also auch der de indirekte, kontaktlose Austausch zweier Bakterien miteinander, sowie die Infektion mit einem viralen Vektor von Genen bezeichnet. Es wird zwischen 2 Arten unterschieden. Virulente Phagen tun dies nicht. Da sie ihre eigene DNA nicht ins Wirtsgenom einbauen, kann beim Ausschneiden selbiger keine Wirts-DNA Wirts in den Phagenkopf gelangen. Bei der allgemeinen Transduktion befindet sich im m lytischen Zyklus ein Stück der Wirts-DNA DNA im Phagenkopf. Diese wird dann beim nächsten befallenen befallen Bakterium an homologer Stelle eingebaut. Bei der speziellen Transduktion schneidet im m lytischen Zyklus ein temperenter Bakteriophage spezifische e Teile des Wirtsgenoms aus,, die die Phagen-DNA Phagen 10 flankieren und baut diese zusammen mit seinem Erbgut in dessen Phagenkopf ein. Bei erneutem Befall werden diese DNA-Segmente mit transferiert. 1.6.2 Gentransfer im Labor: Methoden Im Folgenden werden gezielte gentechnische Methoden vorgestellt, die der Übertragung spezifischer Genen dienen. Bei den Techniken zum direkten Gentransfer handelt es sich um Verfahrensweisen, bei denen das gewünschte Genmaterial unmittelbar in die Zelle eingeführt wird. Im Folgenden werden einige Verfahren vorgestellt. Bei der Mikroinjektion wird mit feinsten Glaskanülen das Genmaterial (freie DNA) vorwiegend in tierische Zellen eingebracht (meist direkt in den Zellkern). Bei pflanzlichen Zellen ist meist der Druck zu hoch, beim Einstechen würde der Innendruck der Zelle zusammenbrechen und die Zelle dadurch sterben. Außerdem ist dieses Verfahren sehr langwierig. Abbildung 4: Mikroinjektion. Quelle: http://www.medizin.unihalle.de/zra/media/Bilder/Labor/mikroinjektion2_250.jpg. Stand: 17.12.11 Um eine Protoplastentransformation durchführen zu können, werden die Zellwände durch Enzyme (Zellulasen und Pektinasen) entfernt. Als Folge liegt nur noch ein membranumhüllter Protoplast vor. Um diese Zelle nun transformieren zu können, muss dessen Membran dahingehend manipulieren werden, dass sie für Fremd-DNA kompetent wird. Dies geschieht entweder im PEG-Bad (Polyethylenglycol) oder mittels einer Calciumbehandlung (z.B. mit CaC ). 11 Nach Entfernung der Zellwände zweier zu transformierender Zellen werden diese entweder mit Calcium oder PEG zur Verschmelzung gebracht, es entsteht ein Cybrid. DNA-Material aus den Zellkernen wird ausgetauscht. Das Verschmelzungsprodukt der Kerne bezeichnet man als Hybrid. Dieses Verfahren wird als Protoplastenfusion bezeichnet. Aus einer sogenannten Particle Gun werden aus Wolfram oder Gold bestehende Mikroprojektile, auf deren Oberfläche das Genmaterial aufgetragen wird, in Richtung eines Zellverbands (Blätter, Kallus, embryonales Gewebe, etc.) mithilfe eines Druckgradienten beschleunigt. Beim Aufprall auf die Zellwand wird diese durchdrungen und beschädigt, aber die Zelle ist oft in der Lage, sich zu regenerieren. Aus so transformierten Zellen kann eine ganze transgene Pflanze entstehen. Bei der Elektroporation wird ein elektrisches Feld an die Zellen angelegt. Es sollte darauf geachtet werden, dass die Zelllösung möglichst salzarm ist, da es sonst zu Kurzschlüssen kommen kann. Nun werden sehr kurze, jedoch kräftige Elektroschocks ausgelöst, die die Zellmembran kurzzeitig permeabel, oder auch löchrig machen. Während dieser Zeit kann ein Makromolekül, wie etwa die DNA durch die Membran eintreten. Bei der Lipofektion verwendet man Vesikel, die aus einer unpolaren Lipiddoppelschicht bestehen (sog. Liposomen, allg. Micellen). Diese können mit der Zellmembran aufgrund ihrer elektrischen Beschaffenheit fusionieren und deren Inhalt ins Cytosol absondern. Wird nun in so ein Vesikel DNA eingebracht, so kann diese in die gewünschte Zelle wandern. Das technisch am Einfachsten umzusetzende Verfahren funktioniert mithilfe von kationischen Lipidvesikeln, deren Eigenladung die der negativ geladenen DNA aufhebt. Als Folge entsteht ein unpolarer Komplex, der von der Zelle aufgenommen werden kann. Der indirekte Gentransfer geschieht mithilfe sog. Vektoren (= DNA-Vehikel). Vektoren sind Träger des gewünschten Genabschnitts, der zusammen mit dem Vektor in einen Wirt eingebracht werden kann. Sie sind in der Lage, ihr Erbgut zu replizieren. Es folgen Beispiele für Vektoren. Bei den Plasmiden und Cosmiden handelt es sich um außerhalb des Zellkern vorliegendes, relative kleines, ringförmiges Erbgut mit der Größe von 1 – 25 kBp. Oft werden darauf Resistenzgene codiert. Aufgrund der Replikationsunabhängigkeit vom 12 Zellkern können diese in vielfachen Kopien im Cytosol vorliegen. Diese beginnt am ORI (origin of replication). Befindet sich das Plasmid in einem Bakterium, so kann über Konjugation das Plasmid auf einen anderen Wirt übertragen werden. An multiple cloning sites kann ein Plasmid mithilfe von Restriktionsenzymen geschnitten werden und ein Wunschgen mit den passenden kohäsiven Enden (cohesive sites, kurz: cos sites) kann eingefügt werden. Sind bei einem Plasmid kohäsive Enden vorhanden, so spricht man von Cosmiden. Diese kohäsiven Enden sind Einzelstrangüberhänge, die sich komplementär zum geschnittenen Plasmid verhalten (inverted repeats). Mithilfe der „Klebeenzyme“ aus der Gruppe der Ligasen kommt es zum Ringschluss und die Fremd-DNA, beispielsweise aus dem Phagen , wurde eingebaut (Siehe hierzu auch Abbildung 5). Abbildung 5: Cosmidsynthese. Quelle: http://www.biokurs.de/skripten/bilder/ligare.jpg. Stand: 17.12.11 YAC’s (yeast artificial chromosome) sind künstlich erzeugte Hefechromosomen. Da sie eine Größe von 100-1000 kBp aufweisen, sind diese viel größer wie Vektoren. Dadurch lassen sich größere Gene auf sie übertragen, was praktisch mit einigen Schwierigkeiten verbunden ist. Ein weiterer Nachteil ist, dass bei den langen Chromosomen es mit erhöhter Warscheinlichkeit zum Kettenabbruch kommt. Als BAC (bacterial artificial chromosome) bezeichnet man künstlich erzeugte Bakterienchromosomen. Analog zu den YAC’s handelt es sich hierbei um 13 synthetische Bakterienplasmide, die aus dem single-copy F-Plasmid des Bakteriums E. coli bestehen und bis zu 300 kBp’s groß sein können. Auch Viren können als Vektoren für bestimmte Gene dienen und diese in Bakterien einschleußen. Man spricht in diesem Zusammenhang von Phagenvektoren. Beim Phagen liegt die maximale Vektorkapazität bei 25 kbp und ist damit deutlich geringer wie bei den BAC’s und YAC’s. Mithilfe des Bodenbakteriums Agrobakterium tumefaciens als Vektor kann DNA in eine Zelle eingeführt werden. Dieses Bakterium befällt in der Natur oft verwundete Wurzeln und wird von Phenolen angelockt, die von der Wunde abgesondert werden. Als Folge des Befalls bilden sich an der Pflanze Wucherungen, sogenannte Wurzelhalsgallen aus. Der Grund für die Bildung eines solchen Tumors liegt auf dem Genom des Bakteriums. Agrobakterium tumefaciens besitzt ein Ti-Plasmid (tumorinduzierendes Plasmid), welches die Information für tumorinduzierende Gene enthält. Nach der Transformation bestimmter Abschnitte des Plasmids, der sogenannten T-DNA (Transfer-DNA) über einen F-Pilus in die DNA einer Wirtszelle, beginnt die Pflanze mit der Synthese von Bakterienproteinen mithilfe des Bauplans aus deren Genen. Dazu zählen vir-Gene (Virulenzgene, die die phytopathogene Virulenz festlegen), Gene für die Auxin-und Cytokininsynthese (Hormone, die die Pflanze wachsen lassen und damit dem Bakterium mehr Opin bescheren) und Gene für die Opinsynthese, von denen sich das Bakterium ernähren kann, indem es zusätzlich Gene synthetisiert, die dem Opinkatabolismus dienen. Left Border und Right Border grenzen die Gene für Auxin-, Cytokinin- und Opinsynthese ab. Teile des Ti-Plasmids werden herausgeschnitten und zur Übertragung freigegeben. An sogenannten ori-Stellen (origin of replication) wird die DNA-Replikation eingeleitet (Abbildung 6). 14 Abbildung 6: Ti-Plasmid. Quelle: http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/89/Ti_Plasmid.jpg. Stand: 17.12.11 Manipulativ werden Teile der T-DNA, wie etwa die Gene für die Hormonsynthese herausgeschnitten und andere, gewünschte Gene eingebaut. Um diese DNA später von anderen selektieren zu können, werden Selektionsmarker wie z.B. Antibiotikaresistenzen hinter einem prokaryotischen Promotor mit eingebaut. Das nun erhaltene Ti-Plasmid wird in Escherichia coli eingeführt und durch dessen Replikation vermehrt. Nun wird das Antibiotikum der Resistenz hinzugegeben, wodurch nur Zellen mit der Resistenz überleben. Nach Aufreinigung und Isolierung des Plasmids wird dieses durch Transformation wieder in Agrobakterium tumefaciens eingeführt. Wurde in diesem Bakterium bereits ein zweites Plasmid durch das eben beschriebene Verfahren eingebracht, so spricht man von einem binären Vektorsystem. Das erste beschriebene Plasmid ist für die Kodierung der T-DNA verantwortlich und das Zweite Plasmid (Helferplasmid) enthält eine vir-Stelle, welche für die Überführung der T-DNA essentiell ist. Binäre Vektoren sind einfacher in der Handhabung. Zum einen sind sie stabiler, weil das gewünschte Gen auf einem Vektor ohne vir-Region liegt und der Vektor damit um die vir-Region kürzer ist und zum anderen weil bei dieser Technik weniger unerwünschtes Erbgut (Gene für die Opinsynthese, sowie für die Wachstumshormone Cytokinin und Auxin) übertragen wird. Nun kann eine Pflanze mit dem Bakterium infiziert werden. Damit es zur gewünschten Genexpression kommt, muss in der Wunschsequenz ein eukaryotischer Promotor eingebaut sein. Der Arbeitsfortschritt ist wieder mit einem Antibiotikum, dessen Resistenz auf der T-DNA kodiert wurde, zu überprüfen. Hierbei 15 handelt es sich um ein Antibiotikum, welches auch für Pflanzen toxisch ist (z.B. ein Kanamcin) 1.7 Regulierende Einflüsse der Genaktivität Promotoren sind Nukleotid-Sequenzen auf der DNA, die als essentieller Genbestandteil deren Expression regulieren. Das am 5‘-Ende liegende Element wechselwirkt mit Proteinen, die die Transkription starten (Transkriptionsfaktoren), da sie RNA Polymerasen binden können. Auch weiter entfernte Basensequenzen können am Promotor beteiligt sein. Diese werden unterschieden in Enhancer, die die Genexpression fördern und Silencer, die diese hemmen (sog. cis-Elemente, weil sie auf der DNA liegen). Bei Prokaryoten findet man meistens die Abfolge TATA, die sogenannte TATA-Box (Pribnow-Box), welche bei der -10-Region liegt (Upstream, Zahl gibt an, wie viele Nukleotide vor dem Transkriptionsstart lokalisiert) und eine TTGACA-Box, welche bei der -35-Region liegt. Je geringer die Sequenz von der Box-Sequenz abweicht desto wahrscheinlicher ist eine Transkription, in der die -Untereinheit (Transkriptionsfaktor) an die -10 Region und die -35 Region bindet. Promotoren bei Eukaryoten sind wesentlich komplizierter und es kann sich ihnen nur mit bioinformatischen Methoden angenähert werden. Der Kernpromotor (am Transkriptionsstart liegend) erstreckt sich meist von -37 bis +32 und besteht oft aus einer TATA-Box und weiteren Elementen. Der Proximale Promotor ist zwischen -50 und -200 lokalisiert und besteht aus weiteren Boxen wie etwa einer CAAT-Box, oder eine GC-Box. Der Transkriptionsfaktor TFIID bindet direkt an die TATA-Box und komplexiert bei Transkriptionsstart mit weiteren Faktoren. Promotoren könne mithilfe bestimmter bindender Stoffe manipuliert werden, wodurch die Polymerase nicht andocken kann und es zu keiner Transkription kommen kann. 1.8 Nachweis und Regulation von Genaktivität Mithilfe von Reporter-oder Indikatorgenen kann die Expression eines anderen Gens indirekt nachgewiesen werden. Meist handelt es sich bei diesen Genen um solche, 16 deren Genprodukte sich leicht nachweisen lassen, sei es durch Fluorimetrie oder einfache enzymatische Tests. Wird beispielsweise ein Fusionsprotein mit GFP (green fluorescent protein) verwendet, so wird dieses hinter demselben Promotor postiert, wird ein Ti-Plasmid genutzt, so werden Gene innerhalb derselben Border-Sequenz der T-DNA eingebracht, wie das eigentlich eingebrachte Gen. Zur Kontrolle wird ein Selektionsmarker außerhalb der Border-Sequenz angebracht, um den Transformationserfolg überprüfen zu können. Reportergene eigenen sich auch oft zur quantitativen Bestimmung. In Eukaryoten verwendet man oft das GUS-Gen ( – Glucuronidase, v.a. bei Pflanzenzellen) oder das GFP-Gen (green fluorescent protein, eines der wichtigsten Reportergene), da diese normalerweise in deren Genom nicht vorkommen. Das transkribierte –Glucuronidase-Enzym hydrolysiert das Substrat X-Glucuronid nach dessen Zugabe, welches daraufhin blaues Licht reflektiert, dessen Intensität gemessen werden kann. Das X-Gluc (5-Brom-4-chlor-3indolyl--D-Glucuronid), fällt nach Reaktion mit dem Enzym (Spaltung einer glykosidischen Bindung) zu einem schwer löslichen Indigofarbstoff aus. Um die Intensität messen zu können, muss die Zelle aufgebrochen und damit getötet werden. Weitere in-vitro-Analysen sind beispielsweise mit dem Substrat 4-Methylumbelliferyl-beta-D-Glucuronid möglich, dass mit dem Enzym zum fluoreszierenden 4-Methylumbelliferon umgesetzt wird. Biolumineszenz kann durch die Oxidation von Luciferinen mithilfe von Luciferasen, welche oft als Reporterproteine eingesetzt werden, erzeugt werden. Der Vorteil liegt darin, dass die Zelle je nach Toxizität des Luciferins hierbei nicht getötet werden muss. Das aus dem CAT-Gen transkribierten Enzym Chloramphenicol Acetyltransferase dient zur Acetylierung eines radioaktiv markierten Substrats (Chloramphenicol). Der quantitative Nachweis erfolgt mithilfe eins CAT-Assays (spezielle Dünnschichtchromatographie). Oft bringen Reportergene auch Selektionsmarker mit sich. Eine quantitative Analyse entfällt, jedoch überleben nur die Zellen auf einer Nährlösung, die mit den bestimmten Antibiotika angereichert wurde, die die Antibiotikaresistenzen aufweisen. Die RNA-Interferenz (RNA-Silencing) dient der zielgerichteten Ausschaltung von Genen. Trifft in einer Zelle mRNA auf eine passende antisense-mRNA, so lagern sich 17 diese zu einer doppelsträngigen dsRNA zusammen. Diese ist dann funktionslos und kann in dieser Gestalt nicht vom Ribosom translatiert werden. Das unerwünschte Gen wurde stillgelegt. dsRNA wird von einem Dicer-Enzym (Hächsler-) zu kurzer (2126 bp langer) doppelsträngiger siRNA verdaut, welche nun mit einem Enzymkomplex, den sogenannten RISC-Komplex (RNA induced silencing complex) ausbilden. Hier wird die DNA zu einem Einzelstrang zersetzt und die im Komplex verbleibende siRNA kann mit einer mRNA interagieren und diese schneiden. Gene lassen sich also gezielt ausschalten, indem man eine künstlich hergestellte komplementäre Nucleotidsequenz hinter einen geeigneten Promotor in das Zellgenom einbringt. In der Natur dient dieses Verfahren zur Erkennung doppelsträngiger Viren RNA. Der Wirkmechanismus wurde in Abbildung 6 dargestellt. Abbildung 7: RNA- Interferenz. Quelle: http://www.biosicherheit.de/basisinfo/466.rna-interferenz-rnaijunge-bahnbrechende-entdeckung.html. Stand 17.12.11 Wird von einem Gen zu viel RNA transkribiert, so kommt es zu keiner Proteinsynthese. Es wird angenommen, dass eine Überrepräsentation eines Gens eine unabhängige RNA-Polymerase-Aktivität (RNA-dependant RNA-polymerase, kurz RdRP) startet, die die mRNA zu einer dsRNA synthetisiert. Als Folge wird die dsRNA wieder in den Prozess der RNA-Interferenz eingeschleust. Dieser Prozess wird als Co-Suppression bezeichnet. Er wurde zufällig entdeckt, als Forscher versuchten in Petunien ein weiteres Gen für den Syntheseweg der Anthocyane einzubauen, um diese noch intensiverer blau zu färben. Als Ergebnis erhielten sie jedoch teilweise weiße Blüten. 18 2. Durchführung Grundsätzlich kann zur Durchführung das Praktikumsskript zu Rate gezogen werden. Einige Details wurden jedoch in der Praxis verändert. Die Versuchsabwandlungen werden in diesem Abschnitt wiedergegeben. 2.1 Qualtitativer Nachweis der Promotoraktivität im Gewebe durch in-situ-Färbung Es wurden die Farbmarkierungen mittels der Hydrolyse von MUG (4-Methyl--Dumbelliferylglucuonid) durch das Enzym -Galactosidase in Arabidopsis thaliana 4 verschiedener Genotypen miteinander verglichen. Linie 1: Wildtyp (Negativkontrolle) Linie 2: Promotor CaMV35S vor GUS-Leseraster (Positivkontrolle) Linie 3: Promotor AtBCAT-1 vor GUS-Leseraster (zu bestimmende Linie) Linie 4: Promotor AtBCAT-4 vor GUS-Leseraster (zu bestimmende Linie) Von jeder der oben genannten Linien wurden Blüten, junge Blätter, Stengel und Wurzel entnommen und auf eine 24-Well-Platte aufgetragen und zu jedem Loch wurde 400 µl Reaktionslösung C (X- Gluc) gegeben. Aufgrund der Hydrolyse von XGlc (5-Brom-4-chlor-3indolyl--D-Glucuronid) mithlfe des Enzyms -Galactosidase beginnt dieses sich blau zu färben. Aufgrund der Tatsache, dass das Enzym bei 37°C sein Wirkoptimum entfaltet, wird die Well-Plat te in ein 37°C warmes Wasserbad gelegt. Danach wurde Lösung C durch 400 µl 70%igen Ethanol ersetzt, wodurch sich das Präparat entfärbte. Die Well-Platte wurde der nächsten Gruppe zur Verfügung gestellt. Hier wurde die Well-Platte der vorherigen Gruppe betrachtet. 2.2 Fluorimetrische Bestimmung der GUS-Aktivität (quantitativ) Es wurden von jeder Linie ca. 100 mg Blattmaterial entnommen und in ein Eppendorfgefäß gegeben und in flüssigen Stickstoff eingefroren, wodurch die Zellen 19 aufbrachen. Anschließend wurde das Blattmaterial zermörsert. In jedes Eppendorfgefäß wurden 100 µl des Extraktionspuffers zugegeben und großzügig gevortext. Danach wurde bei 13000 rpm 15 Minuten lang zentrifugiert, um grobe Zellbestandteile, wie etwa Zellwandfragmente vom Zentrifugat abzutrennen. 12 weitere Eppendorfgefäßge wurden mit 1900 µL Stopplösung befüllt und wie folgt beschriftet. + - P1 P1 P1 P1 P1 P4 P4 P4 P4 P4 Abbildung 8: Beschriftung der Eppendorfgefäße Vier weitere Eppendorfgefäße wurden mit je 400 µL der Reaktionslösung F (MUG) befüllt und der Überstand der Zentrifugation zugegeben und bei 37 °C inkubiert. Während der Inkubation wird das MUG in der Reaktion von den Enzymen aus dem Blattmaterialzentrifugationsüberstand in Methylumbelliferon umgesetzt. Nach den jeweiligen Inkubationszeiten wurden je 100 µL aus dem inkubierten Pflanzenmaterial entnommen und zu den vorgelegten 1900 µL Stopplösung entsprechend der Zeitreihe zugegeben. Diese Lösung sorgt für ein basisches Milieu, welches die Enzymaktivität, dessen Optimum bei einem pH-Wert von 4-5 liegt, hemmt. Dann wurde das Fluorimeter mit 10 mM Kalibrierlösung (enthält das blau fluoreszierende 4Methylumbelliferon) auf 100 % kalibriert und die jeweiligen Messungen in der Quarzküvette auf Fluoreszenz untersucht. 20 3. Ergebnisse 3.1 Qualtitativer Nachweis der Promotoraktivität im Gewebe durch in-situ-Färbung Die bereits präparierte 24-Well Platte wurde mit einem Lichtmikroskop qualitativ ausgewertet und die Ergebnisse wurden in Tabelle 1 eingetragen. Tabelle 1: Ergebnisse zum qualitativen Nachweis der Promotoraktivität im Gewebe durch insitu- Färbung (LW= Literaturwert) Blüte Blatt Stengel Wurzel - - - - - (LW) - (LW) - (LW) - (LW) + (Teils blau) + (vereinzelt) + (Teils blau) + (komplett) + (LW) + (LW) + (LW) + (LW) + (Pollen schwach blau) - +/- (minimal) - + (LW) + (LW) - (LW) - +/- (vereinzelt) + (vereinzelt) + (vereinzelt) + (LW) +/- (LW) - (LW) + (LW) Wildtyp (Negativkontrolle) CaMV35S/GU S (Positivkontrolle) AtBCAT1/GUS + (LW) AtBCAT4/GUS Die Fälle, in denen nicht das gewünschte Ergebnis erzielt wurde, wurden rot gefärbt (3 von 16). 21 3.2 Fluorimetrische Bestimmung der GUS-Aktivität (quantitativ) Mithilfe eines Fluorimeters wurde die Fluoreszenzaktivität der einzelnen Proben bestimmt und in Tabelle 2 eingetragen. Tabelle 2: Ergebnisse der fluorimetrischen Bestimmung der GUS-Aktivität (quantitativ) relat. Fluoreszenz [%] Einwaage 2’ 8’ 15’ 45’ 75’ [mg] [%] [%] [%] [%] [%] 103 65,1 Negativkontrolle Positivkontrolle AtBCAT – 1 102 200 103 44,8 10,5 16,7 67,4 16,8 / 33,0 38,5 56,1 47,9 AtBCAT – 4 100 Ausgehend von diesen Werten konnte die Aktivität der -Glucuronidase berechnet werden. Die Ergebnisse hierzu wurden in Tabelle 3 eingetragen. Dazu wurde wie folgt vorgegangen. Das Fluorimeter wurde mit einer 10 mM Lösung auf 100 % kalibriert. Daher kann die in der Probe enthaltene Konzentration wie folgt berechnet werden: = % ∙ 10 (1) Da die Proben AtBCAT-1 und AtBCAT-4 100-fach verdünnt wurden (Positivkontrolle wurde zusätzlich nochmals 10-fach verdünnt, also insgesamt 1000-fach), muss, um zur tatsächlichen Konzentration zu gelangen, mit dem entsprechenden Faktor multipliziert werden: ü = ü ∙ ü (2) Um die Enzymaktivität berechnen zu können, muss die Stoffmenge der Lösung bestimmt werden, wobei V = 2 mL: 22 (3) =∙ Die Enzymaktivität errechnet sich nun aus der Stoffmenge durch Inkubationszeit. Außerdem soll von Units (1 U = 1 µmol Produkt pro Minute) in katal umgerechnet werden (1 U = 16,67 nkatal): (4) = ∙ 16,67 Schließlich wird zur Normierung durch die eingewogene Masse geteilt: ಸೠೞ = ಸೠೞ (5) ೢ Tabelle 3: Ergebnisse zur jeweiligen Aktivität der ࢼ-Glucuronidase Enzymaktivität [nkat/mg] Units 2’ 8’ 15’ 45’ 75’ [nkat/mg] [nkat/mg] [nkat/mg] [nkat/mg] [nkat/mg] U U U U U 28096,2 Negativkontrolle 17,36 8,7163 Positivkontrolle 53,33 AtBCAT – 1 AtBCAT – 4 72,5064 4,2484 3,6037 4,8482 0,7250 448,00 26,25 22,27 29,95 4,48 / 13,7528 8,5572 4,1564 2,1293 / 82,50 51,33 24,93 12,77 Die in Tabelle 3 aufgetragenen Werte wurden nun in Diagramm 1 überführt. Zur Überprüfung der Werte wurden Regressionsgeraden erstellt. 23 80000 Enzymaktivität pro Masse [nkat/g] 70000 60000 50000 AtBCAT - 1 40000 AtBCAT - 4 30000 Linear (AtBCAT - 1) 20000 Linear (AtBCAT - 4) 10000 0 0 10 -10000 20 30 40 50 60 70 80 Zeit [min] Diagramm 1: Grafische Auswertung der Enzymaktivität Es wird sichtbar, dass beide eingezeichneten Regressionsgeraden streng monoton fallen. Allerdings fällt die Gerade von AtBCAT–1 viel steiler wie die von AtBCAT–4. 4. Diskussion 4.1 Qualtitativer Nachweis der Promotoraktivität im Gewebe durch in-situ-Färbung Aus Tabelle 1 wurden die Ergebnisse ersichtlich. Positiv-und Negativkontrolle hingegen entsprechen gänzlich den Erwartungen. Die Expression der Positivkontrolle kam durch einen konstitutiven Promotor zustande, der gewebsunspezifische Aktivität aufwies. Da die Negativkontrolle das zu exprimierende Gen -Glucuronidase nicht besitzt, konnte es zu keinem dementsprechenden Phänotyp (Blaufärbung) kommen. Bei AtBCAT-1/GUS und AtBCAT-4/GUS wurde das Gen hinter 2 gewebespezifische Promotoren kloniert, wodurch sich nur manche Pflanzenorgane färbten. AtBCAT1/GUS weißt keine Genexpression in den Blättern auf. Dies kann daran liegen, dass zu alte Blätter getestet wurden, bei denen keine Genaktivität mehr stattfand. Die Vorgänge in den Pflanzenzellen werden mit zunehmendem Alter langsamer. Die nur minimale Genexpression im Stengel kann ein Hinweis darauf sein, dass es sich um eine bereits ältere Pflanze gehandelt haben könnte. Es kam also zu einer 24 schwächeren Enzymaktivität in Blättern und Stängeln dieser Linie, wie eigentlich erwartet wurde. Wie erwartet färbte sich das Blütengewebe blau ein. Die Wurzeln färbten sich nicht. AtBCAT-4/GUS weißt Enzymaktivät im Stengel auf, wo eigentlich keine sein sollte, wohingegen in der Blüte keine Enzymaktivität festgestellt werden konnte. Dies kann darauf hin deuten, dass das Pflanzengewebe mit. einer anderen Linie vertauscht worden ist. Teilweise erschien farbiges Gewebe unter dem Mikroskop zu klein und wurde einfach übersehen. Bei Blättern und Wurzeln hingegen kam es zu der erwarteten Blaufärbung. 4.2 Fluorimetrische Bestimmung der GUS-Aktivität (quantitativ) Durch den Vergleich der Enzymaktivitäten konnte die Aktivität der Promotoren miteinander verglichen werden. Der konstitutive Promotor der Positivkontrolle stellte den Oberwert der Enzymaktivität dar. In der Negativkontrolle sollte eigentlich keine Enzymaktivität zu beobachten gewesen sein, jedoch wurde ein relativ hoher Wert für die Fluoreszenz gemessen. Das kann zwei Gründe haben. Die Quarzküvette, die für alle Messungen verwendet wurde, war von den vorherigen Lösungen verunreinigt. Wäre dies der Fall, so sind beinahe alle Messungen davon betroffen. Aufgrund des Alters des Fluorimeters ist es durchaus denkbar, dass es hier zu erheblichen Messabweichungen aus technischen Gründen kam. AtBCAT–1 und AtBCAT–4 zeigen geringere Enzymaktivität wie die Positivkontrolle, wobei AtBCAT–1 der aktivere ist. Werden die beiden Regressionsgeraden miteinander verglichen, so fällt auf, dass die Gerade von AtBCAT–1 viel steiler verläuft, da das Substrat schneller mit dem Enzym interagiert, dadurch die Substratkonzentration abnimmt. Bei Substratüberschuss bleibt das Enzym immer besetzt. Bei AtBCAT–4 hingegen bleibt die Substratkonzentration und damit die Enzymaktivität relativ gleich. Es wäre zu erwarten gewesen, dass die beiden normierten Regressionsgeraden waagrecht verlaufen. Leider konnten die Verdünnungsfaktoren der einzelnen Proben nicht mehr nachvollzogen werden. Daher ist die Gesamtenzymaktivität der unverdünnten Proben unbekannt. Es wurde 25 immer wieder ein Teil aus den Proben entnommen. Dadurch kam es zu einer Abnahme der Enzymmenge. Als Folge wurde weniger Umsatz erzielt. 5. Quellen 1) Stryer; Biochemie 6.Auflage 2007 Spektrum akademischer Verlag 2) Heß, Dieter; Pflanzenphysiologie, 10. Auflage, 1999, Ulmer Verlag 3) Skript zum Grundpraktikum Pflanzenphysiologie und molekulare Botanik WS 2011/12 4) Campbell, Neil A.; Biologie, 2. Korrigierter Nachdruck 2000, Spektrum Verlag 5) http://de.wikipedia.org/wiki/Transfektion 6) http://de.wikipedia.org/wiki/Biotechnologie 7) http://de.wikipedia.org/wiki/Gentechnologie 8) http://de.wikipedia.org/wiki/Bt-Mais#Bt-Mais 9) http://de.wikipedia.org/wiki/Flavr-Savr-Tomate 10) http://de.wikipedia.org/wiki/Golden_Rice 11) http://de.wikipedia.org/wiki/Konjugation_(Biologie) 12) http://de.wikipedia.org/wiki/Transduktion_(Genetik) 13) http://de.wikipedia.org/wiki/Transformation_(Genetik) 14) http://wiki.zum.de/images/a/ad/GAtechnischeEntwicklung.pdf 15) http://de.wikipedia.org/wiki/Transfektion 16) http://de.wikipedia.org/wiki/Protoplastenfusion 17) http://de.wikipedia.org/wiki/Elektroporation 18) http://de.wikipedia.org/wiki/Vektor_(Biologie) 19) http://de.wikipedia.org/wiki/Plasmid 26 20) http://de.wikipedia.org/wiki/Cosmid 21) http://de.wikipedia.org/wiki/YAC 22)http://de.wikipedia.org/wiki/Gr%C3%BCne_Gentechnik#Transformation_durch_Ag robacterium_tumefaciens 23) http://de.wikipedia.org/wiki/Promotor_(Genetik) 24) http://de.wikipedia.org/wiki/Enhancer_(Genetik) 25) http://de.wikipedia.org/wiki/Gr%C3%BCn_fluoreszierendes_Protein 26) http://de.wikipedia.org/wiki/Cosuppression 27) http://en.wikipedia.org/wiki/RNA-dependent_RNA_polymerase 27