Genetischer Code, Java - Hu
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Genetischer Code, Naives Stringmatching Genetischer Code, Java, ... Humboldt-Universität zu Berlin, Wintersemester 2004/05 Genetischer Code Codon = 3 Nukleotide T≙U ...ATTGCCGTCCTGCCG... ATT ...IleAlaValLeuPro... © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu Berlin, WS 2004/05 2 BLAST Heuristisches Verfahren – suchen einer Sequenz in einer Datenbank mit Sequenzen – welche Sequenzen sind sehr ähnlich zur gesuchten Sequenz? – Wird in der Vorlesung noch besprochen – BLAST im WWW – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu Berlin, WS 2004/05 3 www.ncbi.nlm.gov/BLAST © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu Berlin, WS 2004/05 4 BLAST - Eingabe • Sequenzen in • Fasta-Format • nur Sequenz • Accession © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu Berlin, WS 2004/05 >Sequenzname SEQUENZ P24021 5 BLAST - Warteschlange Bei Protein-Anfragen: anzeigen der Motive von Pfam Smart © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu Berlin, WS 2004/05 ... 6 BLAST – Output – 1 Ergebnisse nach © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu aufgeschlüsselt Berlin, WS 2004/05 Organismen / Species 7 BLAST – Output – 2 Ursprüngliche Sequenz gefundenen Sequenzen © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu Berlin, WS 2004/05 8 BLAST – Output – 3 Je kleiner der E-value, desto ähnlicher sind sich 2 Sequenzen © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu Berlin, WS 2004/05 9 BLAST – Output – 4 Alignment der gegebenen mit einer in der Datenbank gefundenen Sequenz © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu Berlin, WS 2004/05 10 Java Tutorials – On-line Kurs der HU http://www.informatik.hu-berlin.de/~pinf1/OnlineKurs/ – Allgemein über Strukturen und Java-Klassen http://www.dickbaldwin.com/tocint.htm – Java von SUN, alle Klassen http://java.sun.com/j2se/1.4.2/docs/api/ © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu Berlin, WS 2004/05 11 Java - Programmierumgebungen Der gute alte Texteditor Eclipse – http://www.eclipse.org/ NetBeans – http://www.netbeans.org/ JBuilder – http://www.borland.com/jbuilder/ © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu Berlin, WS 2004/05 12 Kompilieren und Ausführen Vorteile von Entwicklungsumgebungen Debuggen Syntax-Hervorhebung © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu Berlin, WS 2004/05 13 Programmieraufgabe Speichern der Java-Hauptklasse als – GruppeXAufgabeY.java Aufruf der Klasse durch – java GruppeXAufgabeY –p Datei1 –t Datei2 -p für Pattern und –t für Template © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu Berlin, WS 2004/05 14 Abgabe der Aufgaben Abgabe – Java-Code als Quelltext (*.java) und kompiliert (*.class) – Namensgebung für Java-Klassen Hauptprogramm: GruppeXAufgabeY.java zusätzliche Klassen: GruppeX.....java mit X: Gruppennummer, Y: Aufgabennummer – Alle Dateien in einem gezippten Ordner hochladen GruppeXAufgabeY.zip Windows: WinZIP, ... Linux / Unix > zip –r GruppeXAufgabe3.zip GruppeXAufgabe3 © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu Berlin, WS 2004/05 15 Fragen? Aufgabenblatt 3 – Abgabe bis kommenden Dienstag, 17 Uhr über Goya © Jörg Hakenberg, Silke Trißl Humboldt-Universität zu Berlin, WS 2004/05 16
