Argo und Endonukleasen der RNAse H Superfamilie
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Argonauten und Endonukleasen der RNAse H Superfamilie Christophs Ideen (z.t. vom Sascha geklaut ;) RNAse H • In HIV entdeckt • Schneidet dort im Komplex mit RT den RNA-Templatestrang RNAse H • Katalytisches Zentrum des RNAse HC Komplexes in B.halodurans RNAse H • Schematische Kontaktpunkte des RNAse HC Komplexes in B.halodurans • Schneidet stets an der selben Stelle (zwischen Basen 10 und 11 der Guide DNA) RNAse H Superfamilie • RNase HII • PIWI Domäne von Argonauten im RNA-induced silencing complex • RuvC (Holliday junction resolvase) • DNA transposases • retroviral integrases ⇒Schneiden DNA ⇒Alle nutzen Mg2+ oder Mn2+ im katalytischen Zentrum RNAse H Superfamilie • HIV Integrase Dimer Argonaute (Corecomplex) • RNA interferenz: • Mit Hilfe einer 21 Basen langer Guide RNA (z.B. miRNA oder siRNA; teils auch DNA) wird komplementäre mRNA geschnitten • Schneidedomäne PIWI RNAse H homolog!!! (grün) Argonaute (Corecomplex) • RNA interferenz: • Mit Hilfe einer 21 Basen langer Guide RNA (z.B. miRNA oder siRNA; teils auch DNA) wird komplementäre mRNA geschnitten • Schneidedomäne PIWI RNAse H homolog!!! (grün) Idee • A: Bei genügender Übereinstimmung der Struktur austauschen der RNA schneidenden Argonauten Domäne PIWI durch eine DNA schneidende Domäne einer Integrase oder Transposase • B: 2‘ –OH Bindende AS der PIWI (7AS) verändern sodass evtl. auch DNA geschnitten werden kann • C: Gezielt AS in PIWI verändern und so Bindung durch Integrasen / Transposasen nachahmen. Idee • Durch Erstellen der Guide DNA (21 nukleotide) könnte ein beliebiger Schnitt in der komplementäre ssDNA (Target) eingefügt werden => Guide DNA / RNA sorgt für Spezifität, Integrase / Transposase ähnlich veränderte PIWI Domäne für gezielten Schnitt Probleme • PIWI Domäne interagiert mit ca. 40 basischen AS mit anderen Untereinheiten des Argo Komplexes => müsste Erhalten werden • Nötiges Fusionsprotein müsste Funktion erhalten (immer noch exakt schneiden) und in den Argo-Komplex integrierbar sein, ohne dessen Funktion zu beeinträchtigen
