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„Charakterisierung von verschiedenen Klonen der
Rebsorte „Grüner Veltliner“ mittels SSR-Marker und
Implementierung einer MySQL-Datenbank mit
Webinterface zur Veröffentlichung der gewonnenen
Daten.“
Robert Hack
FH-HauptbetreuerIn:
Dr. Anton Beyer
1 Einleitung
Die vorliegende Diplomarbeit ist Teil eines umfangreichen Projektes zur Charakterisierung verschiedener Klone der
Rebsorte Grüner Veltliner und behandelt die genetische Analyse mittels Mikrosatelliten Marker der genannten RebKlone. Es wurden weiters morphologische Eigenschaften in Form von so genannten OIV- (Organisation de la Vigne
et du Vin) Deskriptoren bestimmt, Aromakomponenten der fertig ausgebauten Weine mittels Gaschromatographie
analysiert und eine sensorische Analyse durch Kostkommissionen (jeweils acht geschulte Koster) durchgeführt.
Alle gesammelten Daten des Projekts sollen für die Praktiker der Weinwirtschaft in einer via Webinterface
erreichbaren Datenbank zur Verfügung gestellt werden. Die Implementierung dieser Datenbank in MySQL, des
Webinterfaces in PHP und diverser Datenverarbeitungsscripts in Perl, stellen den bioinformatischen Teil dieser
Arbeit dar.Darstellung der Hintergründe und Fragestellungen, welche zu dieser Arbeit geführt haben. Verwenden
Sie im Folgenden die entsprechenden Formatvorlagen, formatieren Sie Bilder, Tabellen, etc. wie unten angeführt.
2 Ergebnisse
Es wurden 130 Klone der Rebsorte „Grüner Veltliner“ mit 300 SSR – Markern getestet. Davon haben die Genorte
„VNG2c2.1“, „SCU3“, „VMC 9f2“, „VMC5b3“, „VMC2f10“, „VMC3f8“, „VMC3d12“, „VMC 2a1“, „VMC 2b1.1“, „VMC
2c3“, „VMC 2h3“, „VVIP09“, „VVIP28“, „VVIQ61“ und „GK-1“ polymorphe Profile gezeigt und sind damit geeignet
die untersuchten Genotypen zu charakterisieren. Basierend auf den gewonnenen Alleldaten wurde mit dem
Programm „PhyQuest“ ein Dendogramm (Abb.1) erstellt um die genetische Distanz der Individuen zueinander zu
veranschaulichen.
Um die erstellten genetischen Profile gemeinsam mit Ergebnissen aus gaschromatographisch ermittelten
Aromadaten, morphologischen Daten in Form von OIV – Deskriptoren und sensorischen Weinbeurteilungen von
Kostkommissionen, sowie den Kontaktadressen von möglichen Bezugsquellen, einer breiten Öffentlichkeit
zugänglich machen zu können, wurde ein MySQL Datenbanksystem mit einem auf PHP basierenden Webinterface
entwickelt.
Abb. 1 Dendogramm
3 Diskussion
Auffallend bei einigen der verwendeten Marker ist, dass einige der getesteten Individuen keine Amplifikate zeigen.
Das könnte darauf zurück zu führen sein, dass im Laufe der evolutionären Entwicklung nicht nur die in der
Einleitung erwähnten repetitiven Sequenzen, sondern auch die Bindungsstellen der Primer, die diese Sequenzen
flankieren, Mutationen unterworfen sind und so eine Bindung der Primer und damit die Amplifikation bei der
Polymerasekettenraktion verhindert werden (Regner et al. 2006).
Wie in dem Dendogramm (Abb.1) zu sehen ist, gibt es mehrere Gruppen mit sehr geringer Distanz zwischen den
einzelnen Genotypen. Das und der Umstand, dass letztendlich nur 15 Genorte von etwa 300 getesteten Loci
überhaupt reproduzierbare Polymorphismen gezeigt haben, könnte ein Hinweis darauf sein, dass die Rebsorte
„Grüner Veltliner“ nicht so alt ist wie man dies angenommen hatte.
Ein Ansatzpunkt für weitere Studien könnte der Eisatz von weniger stabilen genetischen Markern mit höherem
Grad an Polymorphismus sein, wie zum Beispiel RAPD (Random amplified polymorphic DNA) oder AFLP (amplified
fragment length polymorphism).
4 Literaturverzeichnis
Ambrosi, H.; Dettweiler-Münch, E.; Rühl, E. H.; Schmid, J.; Schumann, F.; 1998: Farbatlas Rebsorten – 300
Sorten und ihre Weine, 2. Auflage. Verlag Eugen Ulmer
Hauser, W.; Wenz, C.; 2006: PHP 5.1 – Dynamische Websites professionell programmieren. Markt und Technik
Verlag.
Kemper, A.; ickler, A.; 2004: Datenbanksysteme – Eine Einführung. Oldenbourg Wissenschaftsverlag; 5. Auflage.
Regner, F.; Hack, R.; Santiago, J. L.; 2006: Highly variable Vitis microsatellite loci for the identification of Pinot
Noir clones. Vitis 45 (2), 85-91.
Regner, F.; Wiedecker, E.; Stadlbauer, A.;2000: Differentiation and identification of White Riesling clones by Genetic markers. Vitis 39, 103-107
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