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Programmieren in Python für Biologen
Requirements:
Grundkenntnisse in Biologie wie Kenntnis von Protein, RNA und DNA-Sequenzen.
Overview:
Dieser Kurs richtet sich an:
ro
g
Wissenschaftler, die mit biologischen Daten arbeiten.
Forscher, die Routineaufgaben automatisieren möchten.
Biologen, die Ihre Arbeit mit einfachen Programmen verstärken möchten ohne gleich
Vollzeitprogrammierer zu werden.
Manager, die ein Grundverständnis für die Arbeit von Programmierern erlangen möchten.
Am Ende des Kurses werden die Teilnehmer in der Lage sein kurze Programme selbständig zu
schreiben, um biologische Daten zu analysieren und zu manipulieren.
Schulungsinhalt:
ob
le
P
Einführung in die Programmiersprache Python
Warum Python?
Python als Werkzeug für Biologen
Die Kommandozeile iPython
Ihr erstes Programm
Skripte in Python
Module importieren
Arbeiten mit Sequenzen von DNA, RNA und Proteinen
Muster in Sequenzen finden
Transkription und Translation
Sequenzalignments verarbeiten
Biopython
N
Biologische Datenformate lesen
FASTA
Genbank
Bäume
NGS-Daten
3D-Strukturen
Formate umwandeln
Bioinformatische Analysetools verwenden
Lokale Programme starten
Web Services verwenden
BLAST
Automatische Pipelines erstellen
Tabellarische Daten
Tabellen lesen und schreiben
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Daten aus MS Excel / OpenOffice importieren
Sortieren nach mehreren Kriterien
Suchen in grossen Dateien
Filtern von Duplikaten
Statistische Analyse
Durchschnitt, Standardabweichung und Median berechnen
Chi-Quadrat-Tests
Die Schnittstelle von Python zu R
Datenvisualisierung
N
ob
le
P
Dauer:
28 hours
Course Categories:
Bio
Python
ro
g
Scatterplots generieren
Säulen-, Balken-, und Kuchendiagramme erstellen
Die Fläche unter einer Kurve berechnen (Area Under Curve, AUC)
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