DNA+RNA
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Kopf-Hals-Tumoren externer wiss Beirat 27.5.2014 Andreas Dietz, Markus Löffler Maciej Rosolowski, Gunnar Wichmann, Markus Kreuz Kopf-Hals-Plattenepithelkarzinome • 40-50% überleben 5 Jahre • Risikofaktoren: – Rauchen, Alkoholkonsum – HPV-Infektion • Frage: Wie unterscheiden sich die HPV- von den HPV+ bzgl. Genexpression, Mutationen? LIFE-B7-Kohorte • • • • 298 Tumorproben 67 HPV16 DNA+, 13 HPV-Andere, 216 HPVGenexpression IlluminaHT12 Ion Torrent Sequenzierung (50 Gene) • Weitere Merkmale: Lokalisation, Raucherstatus, Packyears, Alkoholkonsum, TNM-Klassifikation (Tumorausdehnung, Lymphknotenbefall, Metastasen), Stadium, Rezidiv, Geschlecht, Alter Frage DNA+RNA+ DNA+RNADNA- oder DNA+RNA+ DNA+RNA- DNA- Globale Genexpressionsgruppen LIFE-B7 Walter et al. (2013) Genexpressionscluster Overall Survival Alle Patienten HPV DNA- Die HPV-Signatur ist aktiv in HPV-RNA+ DNA+ DNA+ RNA+ RNA- DNA- Andere HPV Genexpression und HPV • HPV DNA+RNA+ überrepräsentiert in dem „atypischen“ Cluster von Walter et al Cluster DNA- DNA+RNA- DNA+RNA+ Atypical 35 (18%) 4 (21%) 28 (76%) Basal 70 (36%) 4 (21%) 3 (8%) Classical 27 (14%) 3 (16%) 1 (3%) Mesenchymal 65 (33%) 8 (42%) 5 (14%) P-Wert <0.001 Subgruppe Atypical nach HPV Status Overall Survival HPV16 DNA+ RNA + vs HPV16 DNA- HPV und Mutationen (Ion Torrent Seq) DNA+ DNA+ RNA+ RNATP53 38% CDKN2A 5% PI3KCA 3% NOTCH1 3% DNA- Andere HPV Zusammenfassung • Kohorte erfolgreich rekrutiert • Subgruppen identifiziert • Klinische Implikation HPV Diagnostik Ausblick Drittmittelantrag • Tiefere Sequenzierung • Methylierungsprofile • Funktionelle Untersuchungen Kooperationsmöglichkeit: • DKTK