AxioVision_Bio_60-4-0002_d - OptoSys Optische Komponenten
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Mikroskopie von Carl Zeiss AxioVision Einfach. Intelligent. Von der Bildaufnahme bis zur Bildanalyse eine Dimension für sich: die Mikroskop-Software für die Life Sciences von Carl Zeiss. 1 Neues Denken Ob Histologie, Pathologie, Neurowissenschaften, Zellbiologie oder Pharmazie – je komplexer die Anforderungen an die biomedizinische Forschung werden, desto eher bewährt sich der Einsatz digitaler Mikroskopsysteme. Konsequent stellt sich Carl Zeiss diesen Herausforderungen. Mit einer Reihe von Lösungen setzen wir die Maßstäbe in der digitalen Mikroskopie. Zentraler Baustein: AxioVision, die Mikroskop-Software vom Mikroskopspezialisten. Aufgrund ihrer einzigartigen modularen Architektur eignet sich die Software gleichermaßen für Einsteiger wie für die High ContentMikroskopie. Die AxioVision Philosophie ist kompromisslos: höchstmögliche Leistung, einfachste Bedienung, extreme Flexibilität, durchgängige Integration in die Carl Zeiss Mikroskop- und Kamerasysteme. Eine Lösung aus einer Hand. Und dies mit der Sicherheit 100%iger Funktionalität. Von Anfang an. 2 Inhaltsverzeichnis Einfache Entscheidung 4 Alle Module im Überblick 6 Basisprogramm Module Bildaufnahme 12-16 Module Bildverarbeitung 17-19 Module Bildanalyse 20-25 Modul Archivierung 26 Module Konfiguration 27 Funktionsübersicht 3 8-11 28-41 Einfache Entscheidung In enger Zusammenarbeit mit Anwendern entwickelt, ist AxioVision eine MikroskopSoftware, die durch ihre Praxisnähe besticht. Funktional schon in der Basis, modular ausbaubar für anspruchsvolle Anwendungen und dabei überzeugend in jedem Detail. Einfacher Einstieg Bilder aufnehmen und sofort korrekt darstellen, Bilder direkt bearbeiten, Messungen durchführen, Texte und Grafiken hinzufügen, Archivieren und Berichte erstellen – schon die Basisversion von AxioVision bedeutet digitales Mikroskopieren und Dokumentieren mit hervorragenden Ergebnissen. Einfach im Handling Das Bedienkonzept von AxioVision ist einfach überzeugend: durchgängig intuitiv von den Basisfunktionalitäten bis hin zu den hochspezialisierten Analysemodulen. Mit My AxioVision lassen sich Bedienoberflächen und -funktionen an Ihre individuellen Bedürfnisse anpassen, eigene Werkzeugleisten konfigurieren und immer wiederkehrende Arbeitsschritte in neuen Dialogen zusammenfassen. AxioVision ist Funktionsvielfalt und Komplexität auf einen einfachen Nenner gebracht. 4 Einfach ZVI ZVI heißt das Bildformat, das Ihre Bilddaten zusammen mit Bildnummer, Aufnahmedatum, Mikroskopeinstellungen, Belichtungswerten, Größen und Maßstabsangaben, eingesetzten Kontrastverfahren usw. speichert. Die Vorteile sind offensichtlich: alle Bildinformationen sind jederzeit verfügbar. Keine Annotation geht verloren, nichts wird vergessen. Entscheidend: die Annotationen werden nicht fest im Bild „eingebrannt”, sondern gemeinsam mit den Bilddaten in einer Datei gespeichert. Die Aufnahme ist auch Jahre später unter identischen Bedingungen reproduzierbar. Einfach wirtschaftlich Das ganze Leistungsspektrum der zeitgemäßen digitalen Mikroskopie zu einem erstklassigen Preis-Leistungsverhältnis: AxioVision begeistert auch in wirtschaftlicher Hinsicht. Modul für Modul bedarfsgerecht ausbaubar, investieren Sie nur in die Funktionalität, die Sie wirklich brauchen. Und genießen dabei die Sicherheit, technisch an der Spitze der Entwicklungen zu stehen. Übrigens: für einfache Bildanalyseaufgaben steht Ihnen mit AxioVision LE ein Starterpaket für Bildbetrachtung und einfaches interaktives Messen kostenlos zur Verfügung. 5 Alle Module im Überblick Schnelles MosaiX Schnelles Scannen großer Oberflächen Dual Kamera HDR Bildaufnahme Synchrone Bildaufnahme Erweiterung des aufgenommenen Dynamikbereiches Entfernen von Crosstalk in MehrkanalFluoreszenz-Bildern Digitaler High Speed Rekorder Schnelle Bildaufnahme Schnellstmögliche Aufnahme von Zeitreihen-Bildern Freischaltung schneller Bildaufnahmefunktionen anderer Aufnahmemodule Panorama Mark&Find ApoTome 3D Messen TMA Zusammensetzen von Übersichtsbildern Aufzeichnen und Wiederauffinden von Positionen Erzeugen optischer Schnitte Volumen-Messung Aufnahme und Analyse von Tissue Micro Arrays MosaiX Zeitreihe 3D Dekonvolution QuantiFISH Ratio Automatisches Scannen großer Oberflächen Flexible Aufnahme von Bildserien über die Zeit Restauration von Z-Stapel-Bildern Quantitative Auswertung von FISH Signalen Offline-Analyse von Ionen-Konzentrationsänderungen Erweiterte Tiefenschärfe Berechnung eines scharfen Bildes aus mehreren Fokusebenen Autofokus Automatische Fokussierung 6 Widefield Multichannel Unmixing Imaging Plus ASSAYbuilder ELISPOT Bildverbesserung, Grauwertmorphologie, Bildtransformation High Content Analyse von Mehrkanal-Bildern Exakte ImmunreaktionsMessung Z-Stapel 2D Dekonvolution AutMess AutMess Plus Aufnahme von Bildserien aus verschiedenen Fokusebenen Restauration von zweidimensionalen Bildern Erstellen einfacher Messprogramme mit Messassistent Segmentierung, Binärbildverarbeitung, Automatisches Messen MehrkanalFluoreszenz Inside4D IntMess Online Messen Visualisieren in 3D Erweiterte interaktive Messverfahren Interaktive Messungen im Livebild Bildaufnahme in mehreren Fluoreszenzkanälen Bildaufnahme Bildverarbeitung Bildanalyse Aufnahme mit Video- und Digitalkameras, Mikroskopsteuerung Text, Grafik, sowie Filterverfahren und Schärfe Interaktives Messen von Standardparametern Wachsende Möglichkeiten Die Dynamik, mit der sich Aufgaben und Arbeitsfelder verändern, verlangt nach Lösungen, die diesen Veränderungen standhalten. Das Konzept von AxioVision bietet deshalb ein hohes Maß an Flexibilität. Und das von Anfang an. Flexibilität, weil die Carl Zeiss Software mit jeder Aktualisierung, jeder Erweiterung die technologischen Möglichkeiten ausreizt. Flexibilität vor allem jedoch durch ihr modulares Ausbauprinzip. Die Funktionalitäten des Basismoduls wie Bilderfassung, Bildverarbeitung, Annotationen, Bildverwaltung, Berichterstellung oder Mikroskopsteuerung lassen sich durch zusätzliche Module bedarfsgerecht erweitern. Einfach und schnell. Hinzu kommen ständig neue, anwendungsspezifische Lösungen. Beispiele dafür reichen von zusätzlichen Funktionen für die Bildverarbeitung und interaktive Messungen bis hin zu Modulen für die vollautomatische Bildanalyse oder den Steuerungsmodulen für Filterräder, Shutter und Motortische. SFM Zellbezogene morphometrische und densitometrische Datenanalyse Tracking Zellbewegungsanalyse Kolokalisation VBA Quantitative Analyse der Kolokalisation in zwei Fluoreszenzkanälen Integrierte Entwicklungsumgebung Physiologie Asset-Archiv Commander Analyse von IonenKonzentrationen in lebenden Zellen mit schneller Bildaufnahme Asset-Katalogisierung und -Archivierung Aufzeichnen/Ausführen von Arbeitsschritten Dokumentation Konfiguration Bildverwaltung und Berichterstellung Anpassen der Bedienoberfläche Wer sich heute für das Basisprogramm von AxioVision entscheidet, entscheidet sich für Zukunftssicherheit im Digital Imaging. Für eine Systemlösung, die sich an wechselnde Anforderungen und Ansprüche anpassen lässt. Jederzeit. Und dies bei voller Kompatibilität. Das sichert Ihnen ein Höchstmaß an Flexibilität bei gleichzeitigem Investitionsschutz. 7 Basisprogramm Überzeugend funktional Schon in der Basisversion ein leistungsfähiges Bildbearbeitungs- und Analysesystem – der Einstieg in die Mikroskop-Software von Carl Zeiss wird Sie mit einer Fülle von Funktionalitäten begeistern. Und erfüllt alle wichtigen Anforderungen an die zeitgemäße digitale Mikroskopie. Effiziente Mikroskopsteuerung Mit AxioVision steuern Sie alle motorischen Mikroskope von Carl Zeiss vollautomatisch oder interaktiv. Ihre Mikroskopeinstellungen lassen sich so beliebig speichern und bei späteren Experimenten wieder verwenden. Mikroskopsteuerung 8 Vergrößerungen werden automatisch ermittelt, komplexe Zeitreihen-Aufnahmen (Time Lapse) lassen sich leicht konfigurieren und jederzeit reproduzieren. Auch für manuelle Standardmikroskope einsetzbar. Digitalkamera Einfache, übersichtliche Bedienoberfläche zur Kamerasteuerung und Bildaufnahme Flexibilität in der Kameranutzung Durch seine Schnittstellen für Standardtechnologien lässt Ihnen AxioVision alle Möglichkeiten der Kameranutzung offen. Angefangen bei digitalen Consumer-Kameras bis hin zu den wissenschaftlichen Mikroskopkameras. Allen voran die Carl Zeiss Kamerafamilie AxioCam. Die nahtlose Einbindung der Kameras in die AxioVision Software erlaubt Ihnen, auch mehrdimensionale Bilder per Mausklick zu erstellen. Zum Beispiel Bildstapel aus unterschiedlichen AxioCam Bildaufnahme Fokusebenen. Die perfekte Integration der Carl Zeiss Kameras bringt Ihnen darüber hinaus viele weitere Vorteile: in puncto Geschwindigkeit und Auflösung, optimiertes Livebild, automatische Belichtungseinstellungen oder in der Bildaufnahme. Gesteuert werden alle Kameras der AxioCam Familie über eine einheitliche Bedienoberfläche. Mikroskop, manuell oder motorisch 9 Basisprogramm Überzeugend funktional Schnelle Bildverarbeitung Bereit zur schnellen Optimierung – AxioVision bietet Ihnen dafür alle Werkzeuge: • • • • Kontrast-, Helligkeits- und Farbregelung Rauschunterdrückung, Glättung und Konturverstärkung Verbesserung der Schärfe bzw. Hervorheben von Details Korrektur von Beleuchtungseinflüssen und Weißabgleich Text und Grafik integriert Von Maßstabsbalken und farbigen Markierungen bis hin zu Texten und Grafiken – mit AxioVision ergänzen Sie Ihre Bilder mit allen wichtigen Annotationen. Und dies in einem Programm. Die Skalierung wird mit jedem Bild gespeichert, Skalierungsbalken können automatisch eingefügt werden. 10 Bildverarbeitung: Kontrastoptimierung durch Histogrammnormalisierung (links: nicht optimaler Kontrast, rechts: aufgehelltes, kontrastverbessertes Bild) Text und Grafik: Aufnahme einer Jochalge und ihre Kennzeichnung durch Probennummer und Name Bildvermessung: Längenbestimmung von Kieselalgen Berichte: Darstellung von gemessenem Bild, Messwertstatistik und Histogramm Bildvermessung einfach präzise Das Basisprogramm erlaubt einfache, interaktive Messung z. B. von Längen, Flächen und Winkeln, wahlweise auch mit einem Messassistenten zur Optimierung Ihres Arbeitsablaufs. Die Messwerte sind in einem Arbeitsblatt verfügbar und können mit Tabellenkalkulationsprogrammen wie Microsoft® Excel weiterverarbeitet werden. Berichte perfekt erstellt Individuell oder praktisch vordefiniert – AxioVision bietet Ihnen alle Möglichkeiten für das komfortable Erstellen von Berichten oder Präsentationen. Die Optionen: • Vordefinierte Layouts für die Kombination von Bild und Kommentaren in verschiedenen Formaten • Benutzerdefinierbare Gestaltung Zudem können in den Berichten neben Bildern und Bildinformationen wie Kommentaren etc. auch Messwerttabellen und Grafiken (z. B. Histogramme) dargestellt werden. 11 Module Bildaufnahme Live perfekt im Bild Mit der Qualität der aufgenommen Bilder steht und fällt das Ergebnis Ihrer Analysen. Gerade im Live Cell Imaging. Die Basis dafür bietet AxioVision mit leistungsfähigen Zusatzmodulen von Mehrkanal-Fluoreszenz und Mark&Find über MosaiX bis Dual Kamera. Sie sichern Ihnen das oft entscheidende Plus an Informationsgehalt Ihrer Bilder. Die Positionen in einer 96-Wellschale, von denen eines oder mehrere Bilder aufgenommen werden sollen, können durch Anklicken ausgewählt werden. Mark&Find Dieses Modul dient zur Aufzeichnung, Speicherung und zum automatischen Wiederfinden verschiedener Positionen auf Präparaten und in Kulturschalen. Die Voraussetzung dafür: der Einsatz von motorischen xy-Tischen. Positionen auf einem Objektträger werden mit dem aufgenommenen Bild archiviert und können so auch in Zukunft wieder aufgefunden werden. Und es erlaubt das einfache Absuchen von Multiwellschalen. Auch extern erstellte Positionslisten können importiert werden. Vorteil: Zuverlässigkeit und Dokumentierbarkeit des Aufnahmeorts. Außerdem Zeitersparnis und statistische Sicherheit: von einem Präparat können gleich mehrfach Datensätze gewonnen werden. Autofokus Das Modul Autofokus berechnet für Sie die optimale Fokusposition – in Auflicht, Durchlicht und in der Fluoreszenz. Das System „lernt“ diese optimale Position durch den Anwender und wird so auf korrekte Fokussierung trainiert. Ein weiterer Vorteil: bei Bildern, die über die Zeit oder an verschiedenen Positionen aufgenommen werden, fokussiert das System stets automatisch neu. Autofokus arbeitet mit allen Kameras, die von AxioVision direkt angesteuert werden. Voraussetzung ist der Einsatz eines motorischen z-Triebes wie er in den motorischen Stativen von Carl Zeiss Standard ist. 12 MosaiX und Schnelles MosaiX Entwickelt zur Analyse großer Oberflächen, scannt MosaiX Ihre Präparate großflächig ab. In nur einem Vorgang. Aus einzelnen Kacheln wird dann ein virtuelles Gesamtbild erzeugt, ideal als Übersichtsbild zur Navigation auf der Probe oder als Grundlage für weitere Analysen. Dabei lassen sich auf dem MosaiX-Bild feldübergreifend Messungen vornehmen – die Kacheln stellen keine Begrenzung dar. Für ein deutliches Plus an Aufnahmegeschwindigkeit sorgt das Modul Schnelles MosaiX. Durch den Einsatz ausgewählter Motortische und Hardware-Komponenten kann der Motortisch an jeder Kachelposition ohne Stop kontinuierlich weiterfahren. Die Aunahme Ihres MosaiX-Bildes wird wesentlich beschleunigt. Sagittalschnitt einer jungen Maus. Die Übersicht ermöglicht einfache Navigation, ohne dabei auf hoch aufgelöste Details verzichten zu müssen. Panorama Ideal für Objekte, die nicht in ein Bildfeld passen – mit diesem Modul lassen sich aus Einzelaufnahmen hochaufgelöste Panorama- oder Übersichtsbilder erstellen. Bilder werden pixelgenau zusammengesetzt. Vorteil: auch versetzte Bilder lassen sich passgenau zusammenfügen, so dass die wichtigen Details Ihrer Probe in einem einzigen Bild enthalten sind. Erweiterte Tiefenschärfe Die Tiefenschärfe Ihres Mikroskops reicht in vielen Fällen nicht aus, um ein einziges, über die gesamte Dicke der Probe scharfes Bild zu erzeugen. Die Software-Lösung heißt Erweiterte Tiefenschärfe. Das Prinzip ist einfach: während Sie durch die Probe fokussieren, lösen Sie eine Reihe von Bildaufnahmen aus oder nutzen Ihre Z-Stapel-Bilder als Eingangsdaten. Auf Basis modernster Algorithmen werden in beiden Fällen die scharfen Details jeder Einzelaufnahme extrahiert und rechnerisch zusammengefügt. Das Ergebnis ist ein detailreiches, durchgehend scharfes Bild von erstklassiger Qualität. Einzelaufnahmen aus verschiedenen Schärfeebenen einer Seeigellarve (Pluteus Stadium, Autofluoreszenz, FITC Filtersatz, Objektiv Plan-NEOFLUAR 10x, AxioCam MRm). Das Ergebnis der Erweiterten Tiefenschärfe ist ein durchweg scharfes Bild. 13 Module Bildaufnahme Live perfekt im Bild Z-Stapel Zur automatischen Erstellung von Z-Stapel-Bildern steuert die Software den z-Trieb des motorischen Mikroskops exakt in den richtigen Schritten und synchronisiert ihn mit der Aufnahme. Die Schrittweiten können auf Wunsch automatisch berechnet oder von Ihnen festgelegt werden. Vorteil des Moduls: optimale Erfassung der vorhandenen Information in der 3. Dimension. Dabei gut zu wissen: schon das AxioVision Basispaket bietet Ihnen mit der Funktion Schnittansicht eine wichtige Methode zur Analyse von Z-Stapeln an. 6-Kanal-FISH-Bild: Anzeige jedes Kanals einzeln und in Farbüberlagerung mit Hilfe der mächtigen Galerieansicht Bild: Dr. Michael Speicher, Medizinische Universität Graz, Österreich Mehrkanal-Fluoreszenz Das Modul zum Erstellen von Bildern mit bis zu 32 Kanälen. Verschiedene Fluoreszenzkanäle können frei mit Durchlichtbildern (z. B. Phasenkontrast) kombiniert werden. Für jede Anregungswellenlänge wird ein Kanal mit der optimalen Belichtungszeit aufgenommen. Mit der Funktion ReUse lassen sich aus einem gespeicherten Mehrkanal-Bild die Aufnahmeparameter extrahieren, um Aufnahmen unter identischen Bedingungen zu ermöglichen. Vorteil: unerreichte Flexibilität bei der Darstellung komplexer Zusammenhänge in biologischen Proben. 14 Unterschiedliche Entwicklungsstadien einer befruchteten Seeigeleizelle (Blastula, 8 bis 256 Zellen). Der rote Kanal (Rhodamin) markiert den vegetativen Pol der im Differentiellen Interferenz Kontrast aufgenommenen Blastula. Zeitreihe Lebende Präparate beobachten, Veränderungen über die Zeit untersuchen, festhalten, die Ergebnisse anschaulich dokumentieren – mit dem Modul Zeitreihe steuern Sie präzise Aufnahme und Mikroskop. Schnellste Lichtsteuerung verhindert die Schädigung der Proben. Die Funktion Smart Experiments gibt Ihnen kompletten Freiraum zur Konfiguration inhomogener Aufnahmeprotokolle. Mit einem grafischen Editor lassen sich so Zeitreihen-Aufnahmen mit unterschiedlichen Zusammenstellungen der Dimensionen definieren wie Anzahl der Kanäle, Einzel- oder Z-StapelAufnahme. Ein Beispiel: im ersten Segment alle 10 Minuten Aufnahme im Phasenkontrast für 1 Stunde, gefolgt von einem weiteren Segment mit einem einzelnen Zeitpunkt Phasenkontrast und Fluoreszenz. Durch die Wiederholung dieses Smart Experiments entsteht ein Zeitreihen-Experiment, bei dem die Proben nur einmal pro Stunde durch Fluoreszenz-Beleuchtung belastet werden und die Zellen dennoch häufig beobachtet werden. Kombinationen Mark&Find, Autofokus, MosaiX, Mehrkanal-Fluoreszenz, Z-Stapel, Zeitreihe, ApoTome – all diese Module lassen sich frei miteinander kombinieren und bilden Systemlösungen, die verschiedenste Anforderungen punktgenau erfüllen. Ergebnis: wirtschaftliche Anpassung jeder Lösung an die definierte Aufgabenstellung, keine überflüssigen Investitionen. Schnelle Bildaufnahme Das Modul Schnelle Bildaufnahme beschleunigt die Aufnahme Ihrer Z-Stapel-, Mehrkanal- und Zeitreihen-Aufnahmen. Die Bilder werden dabei im Streaming-Verfahren direkt auf die Festplatte geschrieben. Der entscheidende Vorteil: die maximale Geschwindigkeit der eingesetzten Komponenten wie Kamera, Lichtquelle oder Piezo-Fokussiereinheit kann so vollständig ausgenutzt werden. Grenzen in der Anzahl der Bilder oder in der Höhe der Auflösung werden nur noch durch die Kapazität Ihrer Festplatte gesetzt. 15 Schnitteditor zum Bearbeiten von schnellen Zeitreihen-Aufnahmen. Blutfluss in Kapillaren eines Hamsters Institut für Experimentelle Chirurgie, Klinikum Großhadern Digitaler High Speed Rekorder Das Modul für schnellere Zeitreihen-Aufnahmen: Digitaler High Speed Rekorder speichert Ihre Zeitreihen bereits während der Aufnahme – direkt auf die Festplatte. Die maximale Auslesegeschwindigkeit Ihrer Kamera bleibt so zu 100 Prozent erhalten. Die Aufnahmedauer wird nur noch durch die Größe Ihrer Festplatte beschränkt. Die Zeitabstände zwischen den Einzelbildern lassen sich exakt einstellen und liefern Ihnen die Grundlage für präzise Bewegungsanalysen. Interessante Bildsequenzen können mit dem Schnitteditor einfach herausgeschnitten werden, Rohdaten der interessanten Bildsequenzen lassen sich in das AxioVision ZVI-Bildformat umwandeln, weiter bearbeiten und analysieren. Cell Observer® HS mit AxioCam HRm, Inkubator XL S1 und Scanningtisch mit Piezo-Fokussiereinsatz. Das System für Live Cell Imaging ermöglicht sowohl Aufnahmen extrem schneller Prozesse wie z. B. Calcium Imaging als auch Langzeitaufnahmen über mehrere Tage. 16 Dual Kamera Das Modul Dual Kamera erweitert die Funktionen der Schnellen Bildaufnahme oder des Moduls Physiologie um den gleichzeitigen Betrieb zweier Kameras. Damit kann einerseits die mögliche Aufnahmegeschwindigkeit deutlich erhöht werden. Andererseits garantiert die synchrone Aufnahme in zwei Kanälen Zeitgleichheit: auch sehr schnelle Vorgänge können so ohne Zeitversatz in zwei Kanälen aufgezeichnet werden. Dual Kamera ist die Voraussetzung für effizientes Emissions-Ratio Imaging und schnelle FRETAufnahmen. Module Bildverarbeitung Mehr erkennen Die wichtigsten Verfahren der digitalen Bildverarbeitung in einem Modul – mit Imaging Plus bearbeiten Sie Ihre Aufnahmen. Für ein Maximum an Informationsgehalt und beste Analyseergebnisse. Imaging Plus • Bildverbesserung Diese Funktionalität verbessert Kontrast, Helligkeit und Farbe und dient der Unterdrückung von Beleuchtungseinflüssen und Shading. Inklusive: Filter zum Glätten, Scharfrechnen und zur Kantenfindung, dazu benutzerdefinierbare Filter-Operatoren. • Graumorphologie Eine Reihe von Funktionen ermöglichen die präzise Trennung von zusammenhängenden Strukturen wie z. B. einzelne Zellen in Zell-Agglomeraten. • Bildarithmetik Bilder pixelweise miteinander verrechnen – das AxioVision Modul Imaging Plus ermöglicht das quantitative Kombinieren von Bildern. • Geometrische Korrekturen Diese Funktion richtet einzelne Kanäle eines MehrkanalBildes automatisch aus und korrigiert so den Pixelshift. • Elastische Registrierung Die Lösung, um zwei inhaltlich gleiche Bilder zur Deckung zu bringen, die nicht ganz deckungsgleich sind und sich dies nicht durch einfache Verschiebung, Drehung oder Größenanpassung korrigieren lässt. Funktionen der Graumorphologie helfen, agglomerierte Zellen zu trennen – sie werden so für die automatische Messung vorbereitet. Subpixel-genaue Korrektur des Pixelshifts, 4 µm TetraSpeck Microspheres (Invitrogen) 17 Module Bildverarbeitung Präzision in allen Dimensionen der Fluoreszenz Weil gerade in der Fluoreszenz-Mikroskopie ohne bildverbessernde Methoden kaum zuverlässige Aussagen zu machen sind, liefert AxioVision Ihnen die leistungsfähigen Werkzeuge. Für kontrastreiche, überstrahlungsfreie Bildergebnisse in 3D oder 4D. 2D und 3D Dekonvolution Die Qualität optischer Schnitte wird durch Überstrahlung aus Bereichen unter- und oberhalb der Fokusebenen oft stark beeinträchtigt. Die Folge: 3D Fluoreszenz-Imaging und -analyse sind ohne bildoptimierende Zusatzsysteme nicht realisierbar. Eine etablierte und von Carl Zeiss optimierte Technik ist die 3D Dekonvolution. Die mathematische Methode restauriert mit Hilfe der Übertragungsfunktion (PSF) die aufgenommenen 3D Bildstapel: Licht unter- und oberhalb der Fokusebene wird zurück zu seinem Ursprung gerechnet. Mit dem AxioVision Modul 2D Dekonvolution können Sie sowohl zweidimensionale Fluoreszenz-Bilder verbessern als auch Z-Stapel zweidimensional verarbeiten. Die 2D Dekonvolution kann dabei auch in axialer Richtung auf Z-Stapel angewendet werden mit deutlich stärkerer Verbesserung als bei lateraler Verarbeitung. 18 ApoTome Gewebe und andere dickere Proben stellen die Fluoreszenz-Mikroskopie vor besondere Herausforderungen. Konzipiert zur Erstellung überstrahlungsfreier optischer Schnitte, liefert ApoTome eine deutliche Steigerung von Bildqualität, Bildschärfe, Kontrast und Auflösung in axialer Richtung. Dabei bringt ApoTome weitere entscheidende Vorteile in die 3D Fluoreszenz-Mikroskopie: höherer Durchsatz, hohe Variabilität im Einsatz der FluoreszenzFarbstoffe und einfaches Handling. ApoTome ist ein Schieber für die Leuchtfeldblendenebene der FluoreszenzBeleuchtung, kombiniert mit einer speziellen Software. 1 2 3 4 5 6 Vergleiche der vier verschiedenen Dekonvolutionsalgorithmen: 1) Original, 2) Nearest Neighbour, 3) Regularisierter inverser Filter, 4) Iterativ schnell, 5) Iterativ mit Nebenbedingungen. 6) Dieselbe Zelle nach Aufnahme mit dem ApoTome. Bild: Z-Stapel-Aufnahme von PC12 Zellen: Kernfärbung DAPI (blau), Immunfärbung gegen Tubulin mit Alexa-488, gegen Nucleoporin mit Alexa-568 Campbell, Cold Spring Harbor, USA 1 2 1) 3D Distanzmessung von der Oberfläche eines Hefepartikels zur Oberfläche des nächsten. Zusätzliches Messen des Durchmessers beider Partikel. Anschnittansicht durch die Einführung einer Schnittebene (durch grünen Rahmen angedeutet). Zellen: RAW 264.7 Makrophagen mit Zellkernfärbung (blau) und Zymosan Hefe-Partikel (grün) Probe: Dr. Birgit Kraus, Universität Regensburg 2) 3D Distanzmessung von der Oberfläche eines Hefepartikels zur Oberfläche des nächsten. Zellen: RAW 264.7 Makrophagen mit Zellkernfärbung (blau), Aktinfärbung (rot) und Zymosan Hefepartikel (grün) Probe: Dr. Birgit Kraus, Universität Regensburg Inside4D Mikroskopbilder in 3D visualisieren, animieren und skalieren – das AxioVision Modul Inside4D von Carl Zeiss öffnet Ihnen die Tür zu Raum und Zeit. Einfacher, schneller und direkter als je zuvor. Integriert in das anwenderorientierte Systemkonzept von Carl Zeiss, bietet Ihnen Inside4D den unmittelbaren Zugriff auf Ihre Z-Stapel-Bilder aus Cell Observer oder 3D Dekonvolution. Und dies mit einem einzigen Mausklick. Ein sehr interessantes funktionales Plus ist die Möglichkeit interaktiver Messungen im 3D Raum. Dazu stehen Ihnen eine Reihe von Werkzeugen zur Messung von Winkeln oder Distanzen zur Verfügung. Wählen Sie aus, markieren Sie die interessanten Objekte einfach mit der Maus und augenblicklich werden alle Messwerte Ihrer 3D Rekonstruktion im Bild angezeigt. Inside4D ist das Modul, mit dem sich neue Zusammenhänge erkennen lassen. In realitätsnahen 3D Animationen und Zeitreihen-Movies. Für Präsentationen, die überzeugen – und begeistern. Widefield Multichannel Unmixing Überstrahlungen – Crosstalks – treten immer dann auf, wenn fluoreszierende Farbstoffe oder Proteine durch mehr als eine Filterkombination zur Fluoreszenz angeregt werden. Ein ernsthaftes Problem in der quantitativen Mikroskopie. Unmixing löst dieses Problem ohne zusätzliche Hardware. Dieses Modul entfernt zuverlässig Überstrahlungen unterschiedlicher Farbstoffe in den Kanälen und spart Ihnen die aufwändige Suche nach passenden FarbstoffKombinationen. Ganz einfach durch die Kalibrierung Ihres Systems mit reinen Farbstoffen oder alternativ durch Automatische Komponenten Erkennung von Carl Zeiss. Auch Farbkombinationen von eng überlappenden Farbstoffen wie CFP und GFP oder YFP und DsRed innerhalb eines Präparates ergeben so hervorragende Resultate ohne Crosstalk. Zell- oder gewebetypische sowie substanzbedingte (Auto-)Fluoreszenzen in Ihrer Probe lassen sich einfach entfernen. Vorteil von Unmixing bei Verwendung von zwei spektral ähnlichen fluoreszierenden Proteinen. Obwohl mit geeigneten Filtersätzen erstellt, ist in der unbearbeiteten Aufnahme oben deutlich die Überstrahlung von grün fluoreszierendem Protein (GFP) in den Kanal von Cyan fluoreszierendem Protein (CFP) zu erkennen. Erst nachdem durch Anwendung von Mehrkanal-Unmixing die Überstrahlung durch GFP entfernt wurde, ist in der unteren Aufnahme die Cyan fluoreszierende Zelle zu erkennen. Ganz rechts ist die Überlagerung des CFP- und GFP-Kanals gezeigt. 19 Module Bildanalyse Kompromisslos präzise Ausreizen, was das Bild an Informationen bietet – AxioVision stellt Ihnen ein leistungsfähiges Spektrum an Zusatzmodulen für die Bildanalyse zur Verfügung. Für deutlich vereinfachte Prozesse, schnellere Arbeitsergebnisse, kompromisslose Zuverlässigkeit und ein Maximum an Reproduzierbarkeit. IntMess Bestimmt interaktiv objektbeschreibende Parameter wie z. B. Größe. Das Besondere: mit Hilfe eines MessprogrammAssistenten können Sie genau festlegen, welche Messgrößen ermittelt werden sollen. Diese werden dann in der festgelegten Reihenfolge abgearbeitet. Die Ergebnisse: geometrische und densitometrische Parameter. Dargestellt in einer übersichtlichen Messwertliste und zusammen mit dem Bild im Archiv jederzeit abrufbar. Vorteile: die subjektive Wahrnehmung wird durch reelle Messwerte bestätigt. Darüber hinaus können alle erforderlichen Messwerte exportiert werden (z. B. nach Microsoft® Excel). Online Messen Proben live und direkt am Bildschirm vermessen – und dies ohne Bildaufnahme: dieses Modul erlaubt die interaktive Analyse von Strukturen schon in Online-Bildern. Visuelle Inspektionen führen Sie jetzt bequem und schnell am Bildschirm durch. Dabei stehen Ihnen alle Messwerkzeuge zur Verfügung, die Sie auch bei aufgenommenen Bildern verwenden. Wählen Sie aus bis zu 90 verschiedenen Messgrößen Ihre gewünschten Parameter. Okularstrichplatten gehören so der Vergangenheit an. AutMess Automatische Messroutinen einfach selbst erstellen – das Modul AutMess lässt Sie schnell zu präzisen Ergebnissen kommen. Ohne komplizierten Programmieraufwand. Basis dafür bildet ein Messprogramm-Assistent. Selbst komplexe Messaufgaben lassen sich so innerhalb weniger Minuten sicher lösen. Einmal definiert, stehen Ihnen die Programme für unbegrenzt viele Bilder zur Verfügung. Dabei bleibt Ihnen die volle Kontrolle über den Messprozess: für jeden Schritt kann festgelegt werden, ob er ausgeführt werden soll. Auch automatisch ablaufende Prozesse lassen sich jederzeit unterbrechen, jeder Funktionsparameter ist einzeln über den Funktionsdialog nachregelbar. 20 Interaktive Messung an den Fruchtkörpern einer Flechte (Xanthoria parietina) Messparameter-Auswahlliste Die Messwerttabellen können im Microsoft® ExcelFormat gespeichert werden. Automatische Analyse eines histologischen Präparats mit braungefärbten Zellkernen: Originalbild, Kontrastoptimierung, Entfernen der Artefakte und Trennung der Zellkerne im Binärbild. Das Ergebnis wurde dem Originalbild farbig überlagert. AutMess Plus Die gesamten Strukturen des Bildes vollautomatisch erfassen – dieses Modul leistet dies in einem einzigen Messdurchgang. Das Ergebnis: quantitative Analysen – schnell, genau und reproduzierbar. Weitere Vorteile: der direkte Zugriff auf alle Funktionen über die Menüleiste und die Kombinierbarkeit mit dem Automatisierungsmodul Commander. Damit verknüpfen Sie Folgen immer wiederkehrender Arbeitsschritte unter einem einzigen Befehl. Ideal für die Automatisierung und Reproduktion typischer Laboraufgaben. Das Modul setzt sich aus drei Funktionsgruppen zusammen: • AutMess Plus – Segmentierung Diese Funktion setzt Schwellwert-Operatoren für monochrome und Farbbilder, die zum Identifizieren Ihrer Objekte notwendig sind. Die Identifizierung kann auch über Region Growing (Bereichswachstumsverfahren) durch einfaches Anklicken erfolgen. Beide Verfahren werden ergänzt durch komplexe Methoden zur Segmentierung automatisch und dynamisch ermittelter Schwellwerte und Kantendetektion. Ergebnis: ein Binärbild, in dem alle Objekt-Pixel weiß auf schwarzem Hintergrund dargestellt sind. • AutMess Plus – Binärbildverarbeitung Funktionen zur Verknüpfung, Maskierung und zum Füllen von Löchern sorgen für die optimale Vorbereitung des Binärbilds auf den Messvorgang. Artefakte werden entfernt, Konturen geglättet. • AutMess Plus – Automatisches Messen Die Funktionalität zum Ermitteln morphometrischer Messparameter aus der Objektkontur. Hierbei wird das Binärbild als Maske verwendet, um aus dem Originalbild geometrische und densitometrische Parameter zu errechnen. Die Ergebnisse lassen sich in Microsoft® Excel importieren – ideal für statistische Aussagen zur Objektbeschaffenheit. 3D Messen Dieses Modul bietet Ihnen eine Fülle an Möglichkeiten zur Vermessung dreidimensionaler Objekte. Die Bildstapel werden als 3D Volumen-Modell dargestellt, so kann der Anwender die Oberflächen interessanter Objekte interaktiv festlegen. Aus diesen Einstellungen wird ein segmentierter Datensatz erzeugt. Mit der Funktion Binärbildverarbeitung können die gewonnenen Objekte weiter bearbeitet werden, z. B. durch interaktives Trennen von Objekten. Die Vermessung der 3D Objekte erfolgt dann automatisch für den gesamten Bildstapel oder interaktiv durch Anklicken einzelner Objekte in der 3D Ansicht. Die Funktion berechnet für alle Objekte morphometrische Parameter (z. B. Schwerpunktskoordinate in x, y, z, Volumen oder Oberflächeninhalt) sowie densitometrische Parameter (wie mittlerer Grauwert des Objekts oder Standardabweichung der Grauwerte). Zudem können für das gesamte 3D Bild feldspezifische Parameter ermittelt werden, z. B. Anzahl der 3D Objekte im Bild, Gesamtvolumen aller 3D Objekte oder Summe der Oberflächen aller 3D Objekte. 3D Darstellung aller identifizierten Objekte mit umschreibendem Quader Messergebnisse für die vier größten Objekte 21 Module Bildanalyse Kompromisslos präzise Physiologie Entwickelt um Veränderungen von Fluoreszenz-Intensitäten in Zellen zu untersuchen, erweitert dieses Modul Ihre Zeitreihen-Aufnahmen um quantitative Messfunktionen. Intensitätsveränderungen lassen sich online oder offline entweder direkt messen oder ihre Verhältnisse (Ratios) auswerten. Hierfür bietet Ihnen das Modul Physiologie eine Fülle von Funktionalitäten: Eine mit Hilfe des Moduls Physiologie als Ratio-Bild dargestellte Kalziummessung von Fura-2 gefärbten Neuroblastoma-Zellen. Das Modul kann schon während der Aufnahme Daten aus Messregionen gewinnen und ermöglicht so eine aktive Steuerung des Experiments. Zellen: Dr. Roberto Levi und Dr. Randi Silver, Weill-Cornell University, New York, USA • Ratio-Messung von Ionenkonzentration und pH-WertÄnderungen • Einsatz von Einkanalfarbstoffen (wie Fluo-4) oder Zweikanalfarbstoffen (wie Fura-2 oder Indo-1) • Freies Einzeichnen von bis zu 100 ROIs • Online-Messung mit zeitgleicher Anzeige der Messdiagramme zur exakten Steuerung des Experimentablaufs • Anzeige von oberen und unteren Ratio-Schwellwerten und Übernahme als Annotation in die Farbskala • Aufnahme von Zeitreihen im Streaming-Verfahren mit maximaler Geschwindigkeit • Ausschneiden von interessanten Bildsequenzen mit dem Schnitteditor • Umwandeln in das AxioVision ZVI-Bildformat • Offline-Auswertung von beliebigen ZVI-Zeitreihen-Bildern Voraussetzung für den Einsatz von Physiologie sind die Module Schnelle Bildaufnahme, Zeitreihe, Mehrkanal-Fluoreszenz sowie eine geeignete Lichtquelle (z. B. Colibri). Kolokalisation quantitativ: Fluoreszenz-Information aus zwei Kanälen ist in einem ScatterDiagramm dargestellt, verschiedene Kolokalisationsparameter können ermittelt werden. 22 Kolokalisation Die Analyse der räumlichen Beziehung von unterschiedlich gefärbten Strukturen geschieht häufig durch rein visuelle Beurteilung des farbigen Überlagerungsbildes von zwei Kanälen. Oft mit nicht objektivierbaren Ergebnissen, denn verschiedene Faktoren wie Einstellungen von Gamma oder Farbtemperatur beeinflussen die Helligkeit der Mischfarbe. Mit dem Modul Kolokalisation lässt sich die räumliche Beziehung dieser unterschiedlich markierten Strukturen jetzt objektiv analysieren. Unabhängig von der Darstellung der Mischfarbe. Das praxisorientierte Modul erfasst für Sie automatisch bis zu 17 Messparameter in allen Bilddimensionen und stellt das Ergebnis übersichtlich im Bild, als Scatterplot und tabellarisch dar. Links: Startposition eines Partikels. Mitte: Endposition des Partikels. Rechts: Markierung und Nummerierung der Bewegungsspur des Partikels über die Zeit. Maus-Hippocampus-Kulturen im Differentiellen Interferenz Kontrast: axonale Transportvorgänge analysiert mit Hilfe des Moduls Tracking Proben: Prof. Okabe, Tokyo Medical University, Dept. f. Cell Biology, Japan Tracking Die Bewegungsanalyse von Zellen, Zellorganellen oder anderen beweglichen Objekten – Tracking – ist insbesondere für Tumorforschung, Neurobiologie, Entwicklungsbiologie und Immunologie von Interesse. Voraussetzung ist die Aufnahme der Zellbewegungen über die Zeit (AxioVision Modul Zeitreihe). Durch Referenzmarkierungen auf dem Objektträger können Gewebeproben auch dann gezielt wiedergefunden werden, wenn der Objektträger vom Mikroskoptisch entfernt wurde. Die AxioVision Funktionen bieten vielfältige Möglichkeiten für mehrdimensionale Bildaufnahme oder Analyse, z. B. Zählen von Zellen, Quantifizieren der Färbeintensität, Bestimmung des positiven Prozentanteils und andere Parameter. Das Modul Tracking bietet mit automatischer und interaktiver Tracking-Methode die Voraussetzung für die Verfolgung dieser Zellbewegungen. Dabei werden Parameter wie Abstand, Geschwindigkeit, Richtung, aber auch die Rekonstruktion des zurückgelegten Weges im Bild analysiert. Der Verlauf der Bewegung wird mit einer farbigen Linie im Bild markiert. Die Farbe der Markierung kann zur Unterscheidung z. B. verschiedener Zelltypen frei gewählt werden. Außerdem werden die zugehörigen Tracking-Messwerte als Datenliste direkt im Benutzerdialog angezeigt. Eine Nummerierung der einzelnen Tracks gewährleistet eine eindeutige Zuordnung der farbig markierten Zellen im Bild zu den Messwerten in der Datenliste. TMA Tissue Micro Arrays, kurz TMA, werden z. B. für pharmazeutische Wirkstoffsuche, Genexpression und therapeutische Antikörper eingesetzt. Mit diesem AxioVision Modul erstellen Sie schnell und einfach Übersichtsbilder für Hellfeld oder Fluoreszenz-Beleuchtung. Zudem können Sie Vorlagen für verschiedene Micro Array Layouts laden und speichern. Gewebeproben werden im Übersichtsbild automatisch detektiert, ihre Koordinaten in Positionslisten gespeichert, fehlende oder deformierte Gewebeproben erkannt. Automatische Detektion der Proben im Übersichtsbild und anschließende Aufnahme mit hoher Vergrößerung 23 Module Bildanalyse Kompromisslos präzise QuantiFISH Die Fluoreszenz-In-Situ-Hybridisierung (FISH) ist ein hochsensibles Analyseverfahren mit vielseitigen Anwendungsgebieten in Diagnostik und Forschung. Die Visualisierung und bildanalytische Auswertung der FISH-Signale erfordern ein perfektes Zusammenspiel von Mikroskop- und SoftwareKomponenten. Das Modul QuantiFISH ermöglicht die quantitative Auswertung der FISH-Signale pro Kern und Fluoreszenzkanal in den DAPI-gefärbten Interphasezellkernen. Die Detektion erfolgt automatisch oder benutzergeführt, in Einzelbildern oder als Stapelverarbeitung. Ein wichtiger Vorteil des AxioVision Moduls gegenüber der zeitaufwändigen konventionellen Auswertung der verschiedenen Fokusebenen eines Z-Stapels liegt in der Umwandlung des Z-Stapels in ein Tiefenschärfebild, in dem alle Zellkerne und Signale auf einer Ebene exakt automatisch detektiert und vermessen werden. Für die Vermessung von Zell-Agglomeraten oder zum Entfernen von Artefakten stehen interaktive Korrekturmöglichkeiten zur Verfügung. Die Messergebnisse werden in Datenlisten präsentiert und gespeichert. Original-, Tiefenschärfe- und Signalbild sind nach Ablauf der FISHAnalyse nebeneinander angeordnet und können mit einem Navigator miteinander verglichen werden. Voraussetzung für den Einsatz von QuantiFISH sind Mehrkanal-FluoreszenzZ-Stapel-Bilder, die mit den AxioVision Modulen MehrkanalFluoreszenz und Z-Stapel erzeugt werden. MaxDens_ch3 [Grey] 65520 56000 46000 36000 26000 16000 6592 4640 Ratio Von der Bildberechnung und der Markierung zu messender Bereiche bis zur Darstellung der Messergebnisse: Ratio ist das Einstiegsmodul zur Quantifizierung von Konzentrationsänderungen (Ionen, pH-Wert) in intrazellulären Prozessen nach der Aufnahme (offline). Dabei entsteht das Ratio-Bild als Quotient aus den zwei eingesetzten Fluoreszenz-Farbstoffen (Messsignal, Referenzsignal) und zeigt eine Falschfarbkodierung der Fluoreszenz-Verhältnisse. Die Fluoreszenz-Intensitäten einzelner Zellen können einfach durch Umfahren mit der Maus vermessen werden. Die Farbe der Markierung und die Bezeichnung lassen sich zur Unterscheidung unterschiedlicher Zelltypen frei wählen. Die simultane Darstellung von Rohdaten, Intensitätsdiagramm und Ratio-Bild bietet einen direkten Vergleich von markier-ten Zellen und zugehörigen Messwerten. 24 15000 25000 35000 45000 55000 65520 MaxDens_ch2 [Grey] SFM-Auswertung von CD45-CK Zellen (Markierung mit Hoechst, FITC, Texas Red, Objektiv Plan-NEOFLUAR 20x, AxioCam MRm). Oben: Die zugehörigen Zellen der markierten Dots werden in einer Galerie mit der Farbmarkierung der Fenster dargestellt. Unten: Plot der maximalen Dichte im FITC Kanal (ch-2) gegen den Texas Red Kanal (ch-3). Drei Bereiche wurden über Fenster markiert. SFM Für den Nachweis seltener Zellen ist SFM – Scanning Fluoreszenz-Mikroskopie – eine zuverlässige alternative Methode zu Laser Scan Zytometern (LSC) bzw. Durchflusszytometern (FCM). Das AxioVision Modul SFM führt die zuvor tabellarisch dokumentierten Messergebnisse aller untersuchten Zellen mit dem Mehrkanal-Ausgangsbild zusammen. Aus diesen Daten werden über verschiedene Verteilungen seltene Ereignisse herausgefiltert. Diese Rare Links: Auswertung von AP gefärbten IFN-g Spots bei Messung in der Platte. Rechts: Exakte Immunreaktionsmessung auch von Fluoreszenzmarkierten Spots – IFN-g grün (FITC), IL-5 rot (Rhodamin), Doppelmarkierung gelb Events, die bei den Filterprozessen übrig bleiben, können in einer Galerie als Bilder mit anpassbaren Größen und Zoomstufen dargestellt werden, oder Sie erzeugen eine eingegrenzte Datentabelle. Mit einem kalibrierten Mikroskop lassen sich die interessierenden Zellen über die Objektkoordinaten jederzeit wieder anfahren. ASSAYbuilder Speziell für die anspruchsvolle High Content Analyse Forschung (HCA) entwickelt, analysiert das AxioVision Modul ASSAYbuilder Ihre mit AxioVision aufgenommenen Bilder. Aus einer Vielzahl von bildbeschreibenden Schlüsselparametern erhalten Sie schnell objektive biologisch relevante Daten z. B. als Entscheidungsgrundlage für die Planung weiterer Experimente. Fünf „Analyst“ Funktionen unterstützen Sie mit jeweils speziell auf unterschiedliche biologische Aufgabenstellungen zugeschnittenen Lösungen: Physiology Analyst zur Quantifizierung von MakromolekülIntensitäten in zellulären Kompartimenten. Morphology Analyst für morphologische Fragestellungen wie intrazelluläre Lokalisation, Ausrichtung und Struktur von zellulären Bestandteilen u. v. m. Membrane Analyst zur Analyse der Umlagerung von Signalen in der Zelle von Zytoplasma zur Zellmembran oder umgekehrt. Cell Cycle Analyst zur Bestimmung, in welcher Phase des Zellzyklus sich einzelne Zellen gerade befinden. Schließlich Motility Analyst für die Analyse der Zellbeweglichkeit sowie grundlegender Parameter der Zellmorphologie. ELISPOT ELISPOT führt schnell und komfortabel Untersuchungen zur Überprüfung von Immuntherapien und Entwicklung von Impfstoffen durch. Speziell Immunologen, Onkologen und Pharmakologen in der Tumor-, AIDS- und ImpfstoffForschung werden von den spezifischen Eigenschaften der Software profitieren. Ihre Proben werden auf einem Axio Imager Mikroskop mit Motortisch ausgewertet. Bei Verwendung nur eines Bildes pro Well können extrem schnelle Auswertezeiten von weniger als 5 Minuten erreicht werden. Eine zuverlässige Erkennung auch kleiner Spots wird durch die hochauflösende digitale Farbkamera AxioCam MRc sichergestellt. Die Identifikation der Produktion mehrerer Zytokine ist durch die gleichzeitige Verwendung von zwei Farbstoffen möglich. Eine optimale Identifizierung erreichen Sie bei Verwendung von zwei unterschiedlichen Fluorochromen (FITC – grüne Spots, Rhodamin – rote Spots, Doppelmarkierung – gelbe Spots). Wichtig ist auch die einfache Bedienung des Systems. Mit der einzigartigen Anlernen-Funktion passen Sie alle Parameter auf die gewünschten Spots an. Durch einen einzigen Mausklick. Schematischer Ablauf einer High Content Analyse: Zellen und intrazelluläre Strukturen im aufgenommenen Bild (links) werden durch die Bildanalysefunktionen von ASSAYbuilder automatisch erkannt (mitte) und die daraus gewonnenen Daten in Graphen oder Tabellen ausgegeben (rechts). Die ausgewählte Zelle ist gelb hervorgehoben. Assaybild 25 Modul Archivierung Durchdachte Datenverwaltung Bilder, Messergebnisse und Berichte im Überblick: in AxioVision verwalten Sie alle Ihre Daten einfach, transparent und vollständig. Asset-Archiv Mit dem leistungsfähigen AxioVision Modul Asset-Archiv zur Asset-Katalogisierung und -Archivierung archivieren Sie nicht nur Bilder, sondern auch Mikroskopparameter wie Objektiveinstellung, Filterposition, Annotationen oder Kommentare direkt im Bild. Dabei lassen sich alle zusammengehörigen Bilddaten, Messergebnisse und Berichte Ihrer Untersuchungen speichern. Ganz einfach unter einer Projektnummer. Die Orientierung in einer Vielzahl von Datensätzen wird so deutlich einfacher und schneller. Die zeitgemäße Bildverwaltungs-Software bietet Ihnen eine Reihe von Vorteilen: • Schnelle, flexible Suchfunktionen nach allen Projekten eines Kunden/Auftraggebers, nach Projekten der letzten Woche/des letzten Monats, nach Bild- oder Probenname, nach Datum, Kennzeichnungen etc. • Übersichtliche Anzeige aller mit dem Bild erfassten Informationen • Logisch aufgebaute, hierarchische Struktur: Kunde/Auftraggeber Projekt/Auftrag Asset • Verwaltung der Kundendaten/Kontakte/Projekte Asset-Archiv: strukturierte Ablage von zusammengehörenden Bildern, Messergebnissen und Berichten in einem Projekt 26 Module Konfiguration Automatisch schneller Bereits die Basisversion von AxioVision bietet Ihnen mit My AxioVision jede Menge Spielraum, individuelle Bedienfenster zu gestalten. Möglichkeiten, die sich mit zwei Zusatzmodulen praktisch endlos ausbauen lassen – bis hin zur freien Entwicklung eigener Programme in AxioVision. Commander Nacheinander auszuführende Arbeitsschritte aufzeichnen, diese Aufzeichnung bearbeiten und verfeinern, Parameter festlegen und alles unter einem einzigen Befehl verfügbar machen – das leistet das Modul Commander. Die Vorteile sind vielfältig: automatisierte Bearbeitung typischer Messaufgaben, vollständige Reproduzierbarkeit der Ergebnisse und schnelle Anpassung an neue Anforderungen. VBA Anwender, denen die umfangreichen Funktionalitäten von AxioVision nicht genügen, können die Leistung der Carl Zeiss Software steigern und erweitern sowie ihren 1 Bedürfnissen anpassen. Basis hierfür bildet VBA (Visual Basic® for Applications) – die Programmiersprache, in der Carl Zeiss alle AxioVision Funktionalitäten verfügbar macht. VBA bietet die komplette integrierte Entwicklungsumgebung, mit der Programmierer vertraut sind. Da VBA direkt in die Host-Anwendung integriert wird, bietet es die Vorteile der schnellen, prozessinternen Zusammenarbeit und die Möglichkeit, Lösungen ohne zusätzliche Programme zu entwickeln. Die Ergebnisse haben das Erscheinungsbild und das Verhalten von AxioVision. Vorteil: geringer Lernaufwand für die Anwender Ihrer individuell erstellten Software. 2 3 1) Individueller Dialog zur Bedienung von Mikroskop und Kamera, 2) Commander-Fenster zum Aufzeichnen von Arbeitsschritten für automatische Abläufe, 3) Benutzerdefinierte Werkzeugleiste mit dem täglichen Workflow 27 Tabellarischer Überblick Funktionen Basisprogramm Bildaufnahme Funktion Inhalt/Beschreibung • Bildimport zvi, bmp, tif, jpg, j2k, jp2, gif, tga, png, psd, cmp, pct, ras, eps, wmf, mac, msp, img, czi, lsm, vgi, rek, raw, avi, zvhi • Bildexport avi, bmp, j2k, jp2, jpg, lsm, mov. pct, pcx, png, psd, tga, tif, wmf Kamera- • Belichtungszeit Einstellung, Messung und automatische Belichtung Einstellparameter: • Automatische Belichtungszeit Nachführung der Belichtungszeit im Livebild • Zielwert für Belichtungszeitmessung Festlegung des Aussteuerungspegels des Sensors bei einer Belichtungszeitmessung Formate: • Fokus/Belichtungszeitmessfenster Optionaler Messrahmen als Fokussierhilfe und zur Spotmessung der Belichtungszeit • Livebild-Geschwindigkeit Auswahl: Schnell/Mittel/Langsam für bestmögliche Darstellung des Livebildes • Auflösung Auswahl der Microscanning-Auflösungsmodi (AxioCam HR) • Binning Steigerung der Lichtempfindlichkeit durch Zusammenfassen benachbarter Pixel • Farbeinstellung Manuelle Einstellung der Farbbalance • Farbsättigung Einstellung des Grads der Farbsättigung • Ausschnitt Interaktive Auswahl eines Sensor-Ausschnittes • Weißabgleich Interaktive und automatische Ermittlung des optimalen Abgleichs der Farbkanäle • 3200K Reproduzierbar einstellbarer Standard für den Weißabgleich bei 3200K • Grauwert-Skalierung Einstellen des Grauwertumfangs (Original beibehalten, nach 8 Bit konvertieren, nach 16 Bit konvertieren) • Histogramm Aussteuerungsanzeige der einzelnen Farbkanäle • Schwarzreferenz Erstellung eines Korrekturbildes für lange Belichtungszeiten (Dunkelstromkompensation) • Shading-Korrektur Erstellung eines Korrekturbildes zur Kompensation von optischen Inhomogenitäten • Bildausrichtung Rotation und Spiegelung des Kamerabildes für lagerichtige Bilddarstellung • S/W- oder Farbmodus Umrechnung von Farbbildern in monochrome Bilder bei der Aufnahme • Digitale Verstärkung Festlegung der digitalen Verstärkung • Analoge Verstärkung Analoge Signalverstärkung vor der Digitalisierung • NIR Modus bei S/W-Kameras Modus für zusätzlich gesteigerte Empfindlichkeit im nahen IR bei monochromen AxioCam Kameras • EM CCD-Verstärkung Einstellung der Signalverstärkung bei Kameras mit EM CCD-Sensor • CCD-Port Auswahl des Verstärker-Ausgangs bei Kameras mit mehreren Ausleseverstärkern • Offset Einstellung des Helligkeits-Grundwerts • Modus Auswahl von verschiedenen herstellerabhängigen Spezial-Modi • Unscharfmaskierung Anschärfen der Bilder sofort bei der Aufnahme • Trigger Input Auslösen einer Aufnahme durch TTL-Signal • Trigger Output Auslösen eines Trigger-Signals, z. B. zur Steuerung eines externen Verschlusses Kommentieren: • Annotation Hinzufügen von Texten, Zeichenobjekten (Pfeile, Maßstabsbalken usw.) Einstellen: • Helligkeit/Kontrast/Gamma Einstellen von Helligkeit, Kontrast und Gammawert • Farbbalance Manuelle Einstellung und Nachregelung der Farbwiedergabe Bildverarbeitung 28 • Farbton/Helligkeit/Sättigung Einstellung von Farbwert und Sättigung • Shading-Korrektur Korrektur von unregelmäßiger Beleuchtung • Z-Stapel-Korrektur Korrektur von Ausbleicheffekten bei Z-Stapel-Fluoreszenz-Bildern • Anzeigeeinstellungen übertragen Übertragung der Anzeigeeinstellungen (Helligkeit, Kontrast, Gammawert) auf andere Bilder • Anzeigeeinstellungen anpassen Anpassung der Anzeigeeinstellungen (Helligkeit, Kontrast, Gammawert) an vordefinierte Werte • Weißbalance Veränderung der Weißbalance eines Farbbildes Tabellarischer Überblick Funktionen Geometrische Transformation: • Verschieben Verschiebung von Bildern in x-, y- und z-Richtung • Drehen90 Drehen eines Bildes um 90° • Z-Stapel ausrichten Ausrichten einzelner Ebenen eines Z-Stapel-Bildes, das z. B. mit einem Stereomikroskop aufgenommen wurde • Orthogonale Ansicht Erstellen von Projektionen entlang orthogonaler Achsen bei 3D Bildern Bildglättung: • Gauss, Sigma Bildglättung durch Gauss- und Sigma-Filter Bildschärfe: • Konturanhebung Verbesserung der Bildschärfe durch Verstärken der Konturen • Unscharfmaskierung Verstärkung der Bildschärfe durch Kontrastanhebung an kleinen Strukturen und Kanten • Bildgröße ändern Verkleinern/Vergrößern eines Bildes • Bild kopieren Kopieren eines Bildes und auswählbarer Bildinformation Hilfsfunktionen: • Look-up-Tabelle laden Laden einer Falschfarbentabelle • Bild exportieren Bild in andere Formate exportieren • Bilddatenformat ändern Pixelformat eines Bildes ändern • Teilbild erzeugen Untermenge aus einem mehrdimensionalen Bild erzeugen • Kanäle hinzufügen Kombinieren von gleichdimensionalen Bilden (Z-Stapel, Zeitreihe) zu Mehrkanal-Bildern • Magnetischer Cursor Der Cursor detektiert Kanten, so dass diese z. B. bei Längenmessungen leichter getroffen werden • Skalierungen Skalierung in geometrische Einheiten Bildanalyse Interaktive Messwerkzeuge und Messparameter: • Automatische Skalierung Automatische Erkennung der Pixelgröße • Tabellen erzeugen/anhängen Erstellen/Anhängen einer Datentabelle, basierend auf den eingezeichneten Messwerkzeugen • Länge Definition durch 2 Punkte • Kontur, Kontur (Spline) Messung von: Durchmesser, Fläche, Umfang, Länge und Breite des umschreibenden Rechtecks, Radius, Schwerpunkt, Mittlerer Grauwert, Standardabweichung der Grauwerte • Winkel 3, Winkel 4 Definition durch 3 Punkte bzw. 4 Punkte • Kreis Messung von: Durchmesser, Fläche, Umfang, Länge und Breite des umschreibenden Rechtecks, Radius, Schwerpunkt, Mittlerer Grauwert, Standardabweichung der Grauwerte • Ereignisse Anzahl durch Anklicken • Profil Grauwertprofil entlang einer Linie • Auswertung Funktionen zur Verarbeitung und statistischen Auswertung von Datentabellen • Bildgalerie Übersichtliche Darstellung der geladenen Bilder Dokumentation • Info-Fenster Darstellung von Informationen zum Bild • Schnittansicht Darstellung von Z-Stapel-Bildern in 3 orthogonalen Schnittansichten (x, y - x, z - y, z) • Galerieansicht Übersichtliche Darstellung mehrdimensionaler Bilder • Bildvergleich Vergleich von bis zu 12 Bildern, auch mehrdimensional; Erzeugung des Vergleichs als neues Bilddokument für Präsentationszwecke. • Druck von Bildern/Daten Ausdruck von Bildern • Berichte Erstellung von frei definierbaren Berichten • Werkzeugleisten/Dialoge/Arbeitsabläufe Erstellung individueller Werkzeugleisten, Dialoge und Arbeitsabläufe • Tastaturkürzel Freie Belegung von Tastenkombinationen mit AxioVision Funktionen • Symbole Freie Zuordnung von Symbolen zu AxioVision Funktionen • Mikroskop Freie Zuweisung von AxioVision Funktionen an bis zu 10 Mikroskop-Softkeys My AxioVision 29 Tabellarischer Überblick Funktionen Module Bildaufnahme MehrkanalFluoreszenz Z-Stapel Bildaufnahme in mehreren Fluoreszenzkanälen • 32 Kanäle Gleichzeitige Aufnahme von bis zu 32 Kanälen pro Bild • Kanalkonfiguration Einstellung von Belichtungszeit und Mikroskopkomponenten für jeden Kanal • Optimale Darstellung Darstellung der Kanäle als Pseudofarbenmischbild oder monochrome Darstellung jedes einzelnen Kanals • Farbzuordnung Freie Farbzuordnung bei Kanälen über einfache Listenauswahl • Erweiterte Einstellungen Tabellarische Darstellung aller Kanäle mit erweiterten Einstellmöglichkeiten • Farbstoffauswahl Auswahl der gebräuchlichsten Fluoreszenz-Farbstoffe aus einer Liste • Fokusposition Zuweisung unterschiedlicher Fokuspositionen zum Ausgleich von Abberationen • Pixelverschiebung Eingabe einer Korrektur der Pixelverschiebung bei der Verwendung nicht keilfreier Filter • Kanalpool Abspeichern einzelner Kanaleinstellungen im Kanalpool zur einfachen Kombination für neue Experimente • Bildinformationen Anzeige kanalspezifischer Informationen als Annotationen • Experiment Speichern von Einstellungen als Experiment zur exakten Reproduktion der Aufnahmebedingungen • ReUse Extraktion der Experiment-Parameter aus bereits aufgenommenen Bildern zur exakten Reproduktion der Aufnahmebedingung Aufnahme von Bildserien aus verschiedenen Fokusebenen • Fokus-Ansteuerung Zeitreihe Automatische Anpassung der minimalen Schrittweite entsprechend Mikroskoptyp • Z-Stapel-Konfiguration Definition von Start- und Stop-Position (oder Zentrum) und Intervall des gewünschten Z-Stapel-Bildes • Nyquist-Kriterium Automatische Berechnung des optimalen z-Abstands für 3D Dekonvolution oder ApoTome • Navigation Präzise Navigation durch definierte Z-Stapel in Schritten oder in Start-, Stop- oder Zentrumsposition • Experiment Speichern von Einstellungen als Experiment zur exakten Reproduktion der Aufnahmebedingungen • ReUse Extraktion der Experiment-Parameter aus bereits aufgenommenen Bildern zur exakten Reproduktion der Aufnahmebedingungen Flexible Aufnahme von Bildsequenzen über die Zeit • Zeitkonfiguration Definition von Intervall, Zyklenanzahl oder Gesamtdauer • Belichtungszeit Automatische Ermittlung der korrekten Belichtungszeit für den ersten Aufnahmezeitpunkt • Anzeige Bildinformation Aufnahmezeitpunkt als Annotation im Bild • Autosave Hohe Datensicherheit bei langen Zeitreihen-Experimenten durch Autosave-Funktion • Bildgröße Erstellung beliebig großer Bilder je nach experimentellen Notwendigkeiten (> 2 GB) • Zeitreihenverarbeitung 30 - Gleitender Mittelwert Berechnung von Mittelwerten aus Zeitreihen-Bildern - Zeit Differential Berechnung der ersten und zweiten Ableitung aus Zeitreihen-Bildern - Zeitreihenkombination Zusammenfügen von zwei Zeitreihen-Bildern zu einem neuen Zeitreihen-Bild - Ratiometrische Division Division zweier Zeitreihen-Bilder - Zeitreihe ausrichten Ausrichten einzelner Zeitpunkte eines Zeitreihen-Bildes - Zeitreihensortierung Zusammenfügen heterogener Zeitreihen-Bilder zu einem kontinuierlichen Zeitreihen-Bild • Experiment Speichern von Einstellungen als Experiment zur exakten Reproduktion der Aufnahmebedingungen • ReUse Extraktion der Experiment-Parameter aus bereits aufgenommenen Bildern zur exakten Reproduktion der Aufnahmebedingung • Smart Experiments Freie Zusammenfügung verschiedenartiger Experimente zu einem Smart Experiment, mit dem heterogene mehrdimensionale Bilder aufgenommen werden können Tabellarischer Überblick Funktionen Mark&Find MosaiX Schnelle MosaiXAufnahme Schnelle Bildaufnahme ApoTome Aufzeichnen und Wiederfinden von Positionen • Datenbank Verwaltung von Projekten mit unterschiedlichen Typen von Objektträgern in der Datenbank (Objektträger, Mehrfachobjekthalter, Petrischalen, Multiwellschalen) • Interaktiv markieren Interaktive Farbmarkierung von Objektpositionen in der Datenbank • Klassifizieren Zuordnung von Farben und Vergabe von Namen für Objektpositionen • Selektieren Aktivieren/Deaktivieren von einzelnen Positionen • Visualisieren Visualisierung der Positionen auf einem grafischen Objektträger, direktes Anfahren der Positionen durch Anklicken • Fokusposition Repositionierung wahlweise mit gespeicherter Fokusposition • Import/Export Import und Export von Positionslisten in Microsoft® Excel-kompatiblem Dateiformat • Kalibrieren Kalibrierung mit Hilfe eines Home Slides Automatisches Scannen großer Oberflächen • Ausführen Abscannen der gesamten Oberfläche eines Präparates (Voraussetzung: Motortisch) • Fokuskorrektur Korrektur der Fokusposition bei unebenen Präparaten • Stitching Korrekte Ausrichtung der Kacheln zueinander • Konvertierung Konvertieren von Kachelbildern in ein zusammenhängendes Bild • Kombinierbarkeit MosaiX kann mit allen Modulen der Mehrdimensionalen Bildaufnahme frei kombiniert werden Schnellstmögliches Scannen großer Oberflächen • Ausführen Abscannen der gesamten Oberfläche eines Präparates in kontinuierlicher Fahrt (Voraussetzung: ausgewählte Motortische, Spezial-Hardware zur Synchronisation) • Fokuskorrektur Korrektur der Fokusposition bei unebenen Präparaten • Stitching Korrekte Ausrichtung der Kacheln zueinander • Konvertierung Konvertieren von Kachelbildern in ein zusammenhängendes Bild Schnellstmögliche Aufnahme von mehrdimensionalen Bildern (Zeitreihen, Z-Stapel, Mehrkanal-Fluoreszenz) • Bildaufnahme Kontrolle der Aufnahme (Start, Stop, Pause, Fortsetzen) • Schnitteditor Konvertierung der Streaming-Daten in ZVI-Bilder, Definition von Anfang- und Endemarken • Informationen Zusammenfassung der Informationen über die Aufnahme Erzeugen optischer Schnitte • Bildaufnahme Erweiterte Tiefenschärfe Vollautomatische Aufnahme dreier Teilbilder mit schneller Berechnung eines optischen Schnittbildes • Scannersteuerung Automatische Verschiebung einer Gitterstruktur in der Präparatebene • Gitterkalibrierung Kalibrierung des Gitterfokus zur korrekten Aufnahme unterschiedlicher Fluoreszenz-Wellenlängen • Phasenkalibrierung Kalibrierung der Gitterfrequenz mittels eines leicht zu bedienenden Software-Assistenten • Ausgleichsalgorithmen Automatischer Ausgleich von Schwankungen in der Lichtintensität sowie von Ausbleicheffekten • Gitterpositionen Erhöhung der Anzahl aufgenommener Gitterpositionen zur Verbesserung der Auflösung • Aufnahmemodi Bereitstellung dreier Aufnahmemodi (Prozessiert, Weitfeld und Rohdatenmodus) Berechnung eines scharfen Bildes aus mehreren Fokusebenen • Aufnahme/Berechnung aus Z-Stapel-Bild Erzeugen eines Bildes mit hoher Tiefenschärfe aus Einzelbildern unterschiedlicher Fokuspositionen direkt von der Kamera oder aus einem aufgenommenen Z-Stapel • Ausrichtung Korrektur der Ausrichtung der Einzelbilder bei der Aufnahme mit einem Stereomikroskop 31 Tabellarischer Überblick Funktionen Autofokus Panorama Digitaler High Speed Rekorder Dual Kamera Automatische Fokussierung • Methoden Auswahl zwischen kalibrier- und parametrierbarem Autofokus und immer kalibriertem Autofokus ohne Notwendigkeit zur Parametrierung • Kalibrieren Kalibrierung durch Vorgabe der optimalen Fokusposition unter Verwendung der aktuellen Mikroskopeinstellung bei motorischen Mikroskopen • Fokussieren Automatische Bestimmung der optimalen Fokusebene auf Knopfdruck, verwendbar für Durchlicht, Auflicht sowie Hellfeld, Dunkelfeld, Fluoreszenz Zusammensetzen von Übersichtsbildern • Bildaufnahme Erstellung aus einzeln aufgenommenen Kamerabildern • Import aus Dateien Erstellung aus bereits gespeicherten Bildern • Stitching Korrekte Ausrichtung der Kacheln zueinander • Konvertierung Konvertieren von Kachelbildern in ein zusammenhängendes Bild Schnellstmögliche Aufnahme von Zeitreihen-Bildern • Rekorder Kontrolle der Aufnahme (Start, Stop, Pause, Fortsetzen) • Schnitteditor Konvertierung der Streaming-Daten in ZVI-Bilder, Definition von Anfang- und Endemarken • Informationen Zusammenfassung der Informationen über die Aufnahme Gleichzeitige Bildaufnahme von zwei Kameras • Dual Kamera – Livebild HDR Bildaufnahme (High Dynamic Range) Zeigt ein Livebild von jeder Kamera sowie ein überlagertes Livebild, was bei der Justage beider Kameras behilflich ist. Zusätzlich wird ein mathematisch verrechnetes Bild angezeigt, in dem die Unterschiede zwischen beiden Kamerabildern sichtbar gemacht werden • Automatische Pixelshift-Korrektur Vollautomatische Behebung von Pixelshift zwischen beiden Kamerabildern • Synchrone Aufnahme Bilder werden von beiden Kameras zeitgleich aufgenommen. Dadurch Erhöhung der Aufnahmegeschwindigkeit. Bei Aufnahme sehr schneller Vorgänge in zwei Kanälen wird dadurch ein geschwindigkeitsabhängiger Bildversatz vermieden • Erweiterung Schnelle Bildaufnahme Erhöhung der Geschwindigkeit der Schnellen Bildaufnahme • Erweiterung Physiologie Erhöhung der Geschwindigkeit sowie Voraussetzung für Emissions-Ratio Imaging (z.B. Indo-1, FRET) Aufnahmemethode zur Erweiterung des verfügbaren Dynamikbereichs von Digitalkameras • HDR Bildaufnahme Erstellung und Verrechnung eines HDR-Bildes mit voreingestellten Parametern • HDR Serie Erstellung eines HDR-Rohdatenbildes mit verschiedenen Belichtungszeiten • HDR Verrechnung Verrechnung eines HDR-Rohdatenbildes zu einem HDR-Bild mit Offset-Korrektur • HDR Setup Grundeinstellungen und Aktivierung von HDR-Aufnahmen für alle Aufnahmeverfahren Module Bildverarbeitung 3D Dekonvolution Restauration von Z-Stapel-Bildern • Automatische PSF-Berechnung 32 Automatisches Auslesen aller Mikroskop-Parameter aus dem ZVI-Bildformat zur Berechnung einer optimierten theoretischen Point Spread Funktion (PSF) • PSF-Erzeugung Messung der PSF mittels fluoreszierender Beads • Nearest Neighbor Methode zur schnellen Kontrastanhebung für alle Arten von Z-Stapeln • Regularisierter inverser Filter Regularisierte, nicht iterative Methode zur schnellen 3D Verbesserung • Iterativ Schnell Sehr schnelle iterative Methode nach Meinel für 3D Verbesserung, nicht regularisiert • Iterativ mit Randbedingungen Beste Methode zur quantitativen 3D Restauration, beschleunigt, regularisiert, mit Autostop bei Erreichen eines objektiv gemessenen Qualitätskriteriums • Vorschaufunktion Berechnung der Dekonvolution in einer interaktiv definierbaren Region eines Bildstapels Tabellarischer Überblick Funktionen • Optimales Bildergebnis 2D Dekonvolution • Optimale Berechnungszeit Automatischer Abbruch der Berechnung bei Erreichen der optimalen Bildqualität • Darstellung Drei Normalisierungsmethoden zur individuellen Behandlung der Ergebnisbilder (Clip, AutoLinear, MatchInput) • Korrekturen Verfahren zur Hintergrund- und Ausbleichkorrektur sowie Korrektur von Schwankungen in der Lampenhelligkeit Restauration von zweidimensionalen Bildern • Automatische PSF-Berechnung Inside4D Widefield Multichannel Unmixing Automatische Berücksichtigung des Rauschanteils zur optimalen Rekonstruktionsstärke durch General Cross Validation Automatisches Auslesen aller Mikroskop-Parameter aus dem ZVI-Bildformat zur Berechnung einer optimierten Point Spread Funktion (PSF) • Regularisierter inverser Filter Methode zur schnellen 2D Verbesserung • Iterativ Schnell Sehr schnelle iterative Methode nach Meinel für 2D Verbesserung, nicht regularisiert • Iterativ mit Randbedingungen Methode zur quantitativen 2D Restauration • Berechnungsrichtung Berechnung wahlweise in lateraler (x, y-) oder axialer (x, z-) Richtung • Vorschaufunktion Berechnung der Dekonvolution in einer interaktiv definierbaren Region eines Bildstapels • Optimale Berechnungszeit Automatischer Abbruch der Berechnung bei Erreichen der optimalen Bildqualität • Korrekturen Verfahren zur Hintergrund- und Ausbleichkorrektur sowie Korrektur von Helligkeitsschwankungen aufgrund von Schwankungen in der Lampenhelligkeit Visualisierung in 3D • Bilddarstellung Darstellung von Z-Stapel-Bildern mit bis zu 8 Kanälen mit selektiver Zuschaltung und Gewichtung einzelner Kanäle • Schattenprojektion Für die Erstellung von Animationen • Transparenzmodus Für die Darstellung durchsichtiger Zellgewebe und -kulturen • Oberflächenmodus Für die Betonung einzelner Strukturen • Maximumprojektion Für den optimalen Druck und Publikation Ihrer Bilder • Mixed Mode Gleichzeitige Darstellung von oberflächen- und transparenzgerenderten Daten. Erleichtert Darstellung kleiner Objekte im Kontext größerer Strukturen • Räumliche Interaktion Freie Positionierung der 3D Volumen im Raum (freie Winkelwahl für x, y und z; laterale Position, Zoomfaktor) • 3D Innenansicht Bewegung innerhalb des 3D Volumens • Bildannotationen Anzeige der Volumenkanten, Achsenkodierung und -skalierung • Animationen Erstellung von Animationen als fertig berechnete Bildserien mit Exportmöglichkeit in Videoformate (AVI, QuickTime) • Maximale Berechnungsgeschwindigkeit Beschleunigung durch leistungsstarke Grafikkarten (Unterstützung des OpenGL-Standards) • Schnittebenen Freilegen von interessanten Strukturen durch bis zu drei frei bewegliche und konfigurierbare Schnittebenen Entfernen von Crosstalk zwischen Kanälen eines Mehrkanal-Fluoreszenz-Bildes • Automatische Komponenten Extraktion Direktes Unmixing von Mehrkanal-Bildern ohne Messung von Referenzproben. Anzeige automatisch identifizierter Bereiche im Bild, die nur einen der beteiligten Farbstoffe enthalten • Messung von Referenzproben Direkte Crosstalk-Messung unter Verwendung von Referenzproben, die nur einen Farbstoff enthalten • Software-Assistent Referenzmessung ist in einem leicht bedienbaren Software-Assistenten verfügbar • Unmixing Matrix Erzeugung einer Unmixing Matrix für Bilder mit bis zu 32 Fluoreszenzkanälen • Mehrdimensionale Bilder Auch Mehrkanal-Fluoreszenz-Bilder mit zusätzlichen Dimensionen wie Z-Stapel oder Zeitreihen können verarbeitet werden (die Aufnahme solcher Bilder erfordert die entsprechenden Module) • Automatische Kanalauswahl Kanäle, die keine Fluoreszenz-Information enthalten, werden automatisch von der Verarbeitung ausgenommen 33 Tabellarischer Überblick Funktionen Imaging Plus Bildverbesserung, Graumorphologie, Fourier-Transformation, Farbraum-Transformation • Einstellen - Kontrast Kontrastverbesserung durch interaktive oder automatische Histogramm-Anpassung - Invertieren Negativ eines Bildes berechnen - Grauwert-Transformation Anpassung der Grauwerte über Transformationstabellen • Geometrische Transformationen - Kanäle ausrichten Ausrichten einzelner Kanäle eines Mehrkanal-Bildes - Drehen Rotation um eine Achse - Spiegeln Spiegelung an horizontaler und vertikaler Achse - Ausrichten Affine Transformation - Elastisch ausrichten Ausrichtung mittels Referenzbild • Bildglättung - Entrauschung Entrauschung mittels Wavelet-Transformation - Tiefpass Tiefpass-Filterung (gleitender Mittelwert) - Median Median-Filter (nicht-lineare Methode) - Rangordnung Allgemeiner Rang-Operator - Gauss anisotrop Anisotroper Gauss-Filter mit wählbaren Sigma-Werten • Bildschärfe - Kantenverstärkung Hervorhebung von Objektkanten • Kanten - Sobel Filter zur Kantendetektion - Laplace Laplace-Kantenfilter - Hochpass Hochpass-Filterung • Grauwert-Morphologie - Erosion, Dilatation Verkleinern, Vergrößern von Objekten - Opening, Closing Erosion gefolgt von Dilatation; Dilatation gefolgt von Erosion - Tophat weiß Unterdrücken von hellen Arealen - Tophat schwarz Hervorheben von dunklen Arealen - Gradient Morphologischer Gradient zur Detektion von Konturen - Wasserscheiden Wasserscheiden-Algorithmus zur Trennung/Rekonstruktion • Bildarithmetik - Addition, Subtraktion Addition bzw. Subtraktion zweier Bilder - Addition Konstante Addition eines konstanten Wertes auf ein Bild - Multiplikation, Division Multiplikation bzw. Division zweier Bilder - Multiplikation Konstante Multiplikation eines Bildes mit einem konstanten Wert - Mittelwert Mittelwert aus zwei Bildern - Maximum, Minimum Maximum bzw. Minimum aus zwei Bildern - Quadrat, Quadratwurzel Quadrat bzw. Quadratwurzel eines Bildes - Logarithmus, Exponent Logarithmus bzw. Exponent eines Bildes - Kombination Linearkombination zweier Bilder • FFT - Transformation 34 Fourier-Transformation eines Bildes - Spektrum Berechnung des Energie- bzw. Phasenspektrums - Filter Filterung im Fourier-Raum mit vorgegebener Filtermaske - Invers Inverse Fourier-Transformation Tabellarischer Überblick Funktionen • Hilfsfunktionen - Region kopieren Kopieren von Bildausschnitten - Farbmodell konvertieren Transformation vom RGB-Farbraum in den HLS-Farbraum und umgekehrt - RGB-Auszüge trennen Aufteilen eines RGB-Bildes in einzelne Farbkanäle - RGB-Auszüge verbinden Kombination einzelner Farbkanäle zu einem Farbbild - Benutzerdefinierte Filter Filtern eines Bildes mit benutzerdefinierten Koeffizienten • Zeitreihenverarbeitung - Gleitender Mittelwert Berechnung von Mittelwerten aus Zeitreihen-Bildern - Zeit Differential Berechnung der ersten und zweiten Ableitung aus Zeitreihen-Bildern - Zeitreihenkombination Zusammenfügen von zwei Zeitreihen-Bildern zu einem neuen Zeitreihen-Bild - Ratiometrische Division Division zweier Zeitreihen-Bilder - Zeitreihe ausrichten Ausrichten einzelner Zeitpunkte eines Zeitreihen-Bildes - Zeitreihensortierung Zusammenfügen heterogener Zeitreihen-Bilder zu einem kontinuierlichen Zeitreihen-Bild Module Bildanalyse IntMess Erweiterte interaktive Messverfahren • Abstand, Linie, Messschieber Online Messen Längenmessung • Mehrfach-Messschieber, Mehrfach-Abstand Messung der Länge von einzelnen Abschnitten • Kurve, Kurve (Spline) Messung der Länge der gezeichneten Kurve • Rechteck achsenparallel oder frei gedreht, Kontur (Spline), Kreis Messung von geometrischen und densitometrischen Objektparametern • Kreis (Radius), Kreis (Punkte) Aufziehen von Radius zum Mittelpunkt, Anklicken von Konturpunkten • Marker xy-Koordinaten eines Punktes • Punkte, Punkte relativ xy-Koordinaten eines oder mehrerer Punkte mit freier Definition des Koordinatensystems • Messprogramm-Assistent Geführte Erstellung eines Programms zur interaktiven Messung • Interaktive Messprogramme Laden und Ausführen von interaktiven Messprogrammen Interaktive Messungen im Online-Bild • Online-Messen aktivieren Interaktive Messungen in einem Online-Bild ausführen • Raster Vordefinierte und individuelle Raster können im Online-Bild dargestellt werden AutMess Erstellung einfacher Messprogramme mit Messassistent Erstellung von Messprogrammen • Messprogramm-Assistent Geführte Erstellung eines Programms zur automatischen Messung • Bildverbesserung Kontrast, Helligkeit, Gamma, Rauschunterdrückung (Sigma), Shading-Korrektur, Kantenverbesserung • Segmentierung Detektion von Einzelbereichen oder gesamtem Bild durch einfaches Anklicken oder Umfahren von Referenzobjekten, Festlegung von Schwellwerten im Histogramm, Definition mehrerer Phasen • Binärbildreinigung Löschen von Artefakten, Füllen von Löchern • Automatische Objekttrennung Erosion und Dilatation, Wasserscheiden • Interaktive Bearbeitung der Messmaske Einzeichnen von Trennlinien, Löschen von Objekten, Hinzufügen von Objekten • Auswahl von Messparametern Regionenspezifische, feldspezifische, geometrische und Zeichen-Parameter, benutzerdefinierte Parameter • Definition von Messbedingungen (Objektfilter) Logische Verknüpfung (Und, Oder) regionenspezifischer Parameter, Definition durch einfaches Anklicken von Referenzobjekten • Definition eines Messrahmens Rechteck, Kreis, Freihand • Messen Messung geometrischer und densitometrischer Parameter an einzelnen Objekten oder im gesamten Bild • Dokumentation Markierung der gemessenen Objekte und Anzeige frei wählbarer Messparameter in der Grafikebene • Datenspeicherung Speichern der Messdaten in Microsoft® Excel-kompatiblem Dateiformat (CSV oder XML) 35 Tabellarischer Überblick Funktionen Ausführung von Messprogrammen AutMess Plus • Bildauswahl Bildaufnahme über Kamera, alle Bilder eines Ordners, alle geladenen Bilder • Steuerung des Programms Aktivierung/Deaktivierung sowie Veränderung von Funktionsparametern während des Programmablaufs • Anzeige Programminformation Liste der ausgeführten Funktionen mit Parametereinstellungen Segmentierung, Binärbildverarbeitung, Automatisches Messen • Segmentierung - Schwellwerte Einstellung der Schwellwerte interaktiv mit Histogramm-Unterstützung und unter Vorgabe fester Werte - Bereichswachstum Detektion von zusammenhängenden Bereichen (Grauwerte innerhalb Toleranzbereich) - Mehrphasen Einstellung der Schwellwerte für mehrere Phasen eines Bildes mit Histogrammunterstützung - Automatisch Automatische Schwellwertbestimmung aus einem Histogramm - Dynamisch Verfahren zur Schwellwertfindung unter Verwendung von Größeninformationen - Valleys Erkennung dunkler Linien („Täler”) auf einem hellen Hintergrund mit Farbkodierung - Canny Kantendetektion unter Berücksichtigung der „Steilheit” - Marr Erkennung von Kanten und zusammenhängenden Bereichen • Binärbildfunktionen - Erosion, Dilatation Verkleinern/Vergrößern von Binärobjekten - Ultimative Erosion Verkleinern von Binärobjekten unter Erhaltung der kleinsten Strukturen - Opening, Closing Erosion gefolgt von Dilatation; Dilatation gefolgt von Erosion - Löcher füllen Füllen von Löchern - Binärbild bereinigen Füllen von Löchern und Entfernen von Artefakten - Regionen markieren Markierung von Regionen mittels eines Maskenbildes - Objekttrennung Automatische Trennung von Regionen, die sich berühren - Binärbild-Editor Interaktive Nachbearbeitung (Trennung, Zusammenführung) von Binärbildern - Und, Oder, Exklusiv Oder, Nicht Bitweise „logische” Verknüpfung - Distanztransformation Erstellen einer „Distanzkarte“, d. h. Bestimmung des Abstands jedes Pixels eines Binärobjektes zum Objektrand • Binärbilder skelettieren - Verdünnung 3D Messen 36 Verdünnung binärer Objekte auf 1 Pixel breite Linien („Skelett“) - Skelettierung Ermittlung des Bildhintergrund-„Skeletts“ zur Trennung von Objekten • Auswahl von Messparametern Regionenspezifische, feldspezifische, geometrische und Zeichen-Parameter, benutzerdefinierte Parameter • Definition von Messbedingungen (Objektfilter) Logische Verknüpfung (Und, Oder) regionenspezifischer Parameter, Definition durch einfaches Anklicken von Referenzobjekten • Definition eines Messrahmens Rechteck, Kreis, Freihand • Messen Automatische Messung geometrischer und densitometrischer Objektparameter, Einzeichnen von Messwerten in die Grafikebene des Bildes Messen dreidimensionaler Strukturen und Parameter • Interaktive Messung im 3D Raum Einzeichnen von Linien, Winkeln, Markern und Kurven in gerenderten 3D Ansichten • Segmentierung Einstellung von Schwellwerten interaktiv in gerenderter 3D Ansicht und unter Vorgabe fester Werte • Binärbildeditor Interaktive Nachbearbeitung (Trennung, Zusammenführung) von 3D Binärbildern • Messen Automatische Messung geometrischer und densitometrischer Objektparameter Tabellarischer Überblick Funktionen Kolokalisation Physiologie ASSAYbuilder Erstellen von HCA Messprotokollen Ausführen von HCA Messprotokollen Ratio Quantitative Analyse der Kolokalisation von zwei Fluoreszenzkanälen • Quantitative Analyse Quantifizierung des Maßes der Kolokalisation von Signalen in zwei Kanälen unabhängig von Monitordarstellung wie Kontrast oder Helligkeit • Scatter-Diagramm Darstellung der Pixelintensitäten von Kanal 1 gegen Kanal 2. Das erzeugte Scatter-Diagramm ist in vier Quadranten aufgeteilt und stellt die Basis für Kolokalisationsanalyse • Maskierung Pixelwerte können nach Zugehörigkeit zu einerm der 4 Kolokalisationsquadranten maskiert werden. Maskierte Pixel können als neues Bild extrahiert werden • ROI Einzeichnen von Regionen von Interesse sowohl in Bild als auch in Scatter-Diagramm • Messparameter Korrelationskoeffizienten nach Pearsons und Manders sowie weitere 15 Messwerte können als Tabelle ausgegeben werden • Ausgabedokumente Messwerttabelle, durch Maskierung extrahierte Bilder, Scatter-Diagramm, in mehreren Dimensionen wie Zeit und Z-Stapel • Auto-Schwellwert Automatische Definition der Schwellwerte nach Costes Analyse von Ionenkonzentrationen in lebenden Zellen • Bildaufnahme Schnelle Bildaufnahme von bis zu 4 Fluoreszenzkanälen • Reproduzierbarkeit Äquidistante sowie präzise Hardware-Steuerung garantiert höchste Reproduzierbarkeit der Experimente • Online Diagramme Berechnung eines Ratio-Bildes sowie Verlaufsdarstellung von Intensitätsänderungen als Diagramme über die Zeit während der Aufnahme (online) • Messmodi Anregungs-Ratio (z.B. Fura-2), Einkanal-Messung (z.B. GFP), Einkanal-Pseudo-Ratio (Fluo-4), EmissionsRatio (z.B. Indo-1, im Zusammenhang mit Dual Kamera-Option), FRET • ROI Es können bis zu 100 freie Messregionen (ROI) eingezeichnet werden • Geschwindigkeitsmarker Beeinflussung des Experimentablaufs durch das Setzen von frei definierbaren Geschwindigkeitsmarkern • Ereignismarker Protokollierung von experimentellen Änderungen durch das Setzen von frei definierbaren Ereignismarkern • Schnitteditor Freie Auswahl, welche Bereiche bzw. Bildregionen der aufgenommenen Rohdaten in ZVI-Bilder konvertiert werden sollen, dadurch z. T. erhebliche Platzersparnis • Analyse Flexible Einkanal-, ratiometrische oder FRET-Analyse von ZVI-Bildern mit beliebiger Kanalwauswahl High Content Analyse (HCA) von Mehrkanal-Bildern • Objekte erkennen Grafische Benutzeroberfläche und geleitete Arbeitsabläufe zum Erstellen und Optimieren von Protokollen • Parameter auswählen Anwendungsorientiertes und umfangreiches Angebot an biologisch relevanten Messparametern • Visualisieren Messdaten werden in Tabellen, Diagrammen oder Histogrammen dargestellt und sind interaktiv mit den Bilddaten verbunden • Analysieren Einzelbilder oder Bildverzeichnisse werden mit vorhandenen HCA-Protokollen analysiert • Visualisieren Messdaten werden in Tabellen, Diagrammen oder Histogrammen dargestellt und sind interaktiv mit den Bilddaten verbunden • Exportieren Messdaten können zur Nutzung in anderen Auswertungspaketen exportiert werden Einfache ratiometrische Offline-Analyse von Ionenkonzentrationen • Methoden Verrechnung von ein oder zwei Fluoreszenzkanälen in Mehrkanal-Zeitreihen-Bildern • Ratio-Kanal erzeugen Erstellung eines Ratio-Bildes als Falschfarben- oder Graubild • Messung Messung von Fluoreszenz-Intensitäten in frei definierbaren Regionen über die Zeit 37 Tabellarischer Überblick Funktionen SFM Zellbezogene morphometrische und densitometrische Datenanalyse • Aufnahmemodus Aufnahme von Mehrkanal-MosaiX-Bildern • Auswertemodus Messung geometrischer Daten Messung densitometrischer Daten Messung der Zellkoordinaten • Darstellungen Histogramm mit Fenstern Scatter-Diagramm mit Fenstern Ausschneiden der Zellteilbilder und Darstellung in Rare Events-Galerie Positionierung der Galeriebilder im Originalbild QuantiFISH Quantitative Auswertung von FISH-Signalen • FISH-Signale detektieren TMA Tracking ELISPOT Automatische Detektion von FISH-Signalen in Mehrkanal-Z-Stapel-Bildern • Kerngrenzen und FISH-Signale überprüfen Korrekturmöglichkeiten zum Entfernen von Artefakten und Trennen von Zellkern-Agglomeraten • FISH-Signale messen Bestimmung der Anzahl von FISH-Signalen in einzelnen Zellkernen pro Fluoreszenzkanal Aufnahme und Analyse von Tissue Micro Arrays • Übersicht erstellen Erstellung eines Übersichtsbildes für Hellfeld- oder Fluoreszenz-Probe • Proben detektieren Automatische Detektion und Identifikation der Gewebeproben • Liste exportieren Speichern der Koordinaten in einer Mark&Find-Positionsliste Zellbewegungsanalyse • Objekte verfolgen Automatische und interaktive Verfolgung von beweglichen Objekten in Zeitreihen-Bildern • Tracks messen Bestimmung spezifischer Tracking-Parameter (Abstand, Geschwindigkeit, Richtung, etc.) Exakte Immunreaktions-Messung • Anwendermodi Administratormodus für Systemeinstellung Benutzermodus für die Routinemessung • Direktauswertung der Wells Definition der auszuwertenden Wells auf dem Motortisch Auswahl der Konfigurationsdatei für die Auswertung Start der Bildaufnahme einschließlich Messung Speicherung der Rohdaten • Auswertung gespeicherter Bilder Definition des Bildordners Definition der auszuwertenden Wells im Plattenfeld Auswahl der Konfigurationsdatei für die Auswertung Start der Bildauswertung Speicherung der Rohdaten 38 • Darstellen Ausgabe der Ergebnisse im internen RTF-Format • Anpassen Anlernen des Systems mittels universeller Anlern-Funktion • Bericht Ausgabe der Ergebnisse als Microsoft® Word Bericht Tabellarischer Überblick Funktionen Module Dokumentation und Konfiguration Asset-Archiv Archivierung von Bildern, Messdaten und Berichten Commander • Strukturierte Ablage der Assets Zuordnung der Assets zu Projekten, Kontakten und Kategorien • Suche Schlüsselwortsuche und frei definierbare Suchanfragen nach Feldinhalten • Wertelisten Dateneingabe mit anpassbaren Wertelisten • Lokale Verwaltung der Archive Einzelplatz-System, wählbarer Speicherort für die Datenbank Aufzeichnung/Ausführung von Arbeitsschritten VBA • Protokollieren, Speichern Protokollierung von Arbeitsschritten und Speicherung von Protokollen • Start Automatischer Ablauf von aufgezeichneten Protokollen • Nachbearbeiten Nachbearbeitung von Protokollen Integrierte Entwicklungsumgebung • Visual Basic Editor VBA-Programmierumgebung auf Basis der vollständigen AxioVision Funktionalität Tabellarischer Überblick Regionenspezifische Messparameter Regionenspezifische Parameter X IntMess AutMess 3D Messen Basis • Geometrische Messparameter X X X xy-Koordinate des ersten Objektpunktes der Region AcpZ z-Koordinate des ersten Objektpunktes der 3D Region X X Fläche Fläche der Region in skalierten und unskalierten Einheiten X X Fläche konvex, Fläche gefüllt Fläche der konvexen Hülle der Region und der gefüllten Region X Fläche zu Gesamtfläche Fläche der Region bezogen auf die Gesamtfläche aller Regionen X Fläche zu Messrahmenfläche Fläche der Region bezogen auf die Messrahmenfläche X X AcpX, AcpY X X X X X X Oberfläche, Oberfläche gefüllt Oberflächeninhalt der 3D Region und der gefüllten 3D Region X Volumen Volumen der 3D Region in skalierten und unskalierten Einheiten X Volumen gefüllt Volumen der gefüllten 3D Region X Volumen zu Gesamtvolumen Volumen der 3D Region bezogen auf das Gesamtvolumen aller 3D Regionen X Volumen zu Messrahmenvolumen Volumen der 3D Region bezogen auf das Volumen des Messrahmens X Anzahl der inneren Teile Anzahl der Löcher und Regionen innerhalb von Löchern X Schwerpunkt X, Y xy-Koordinaten des geometrischen Schwerpunktes der Region X Schwerpunkt Z z-Koordinate des geometrischen Schwerpunktes der 3D Region X Ellipse große, kleine Halbachse Länge der Hauptachse und Nebenachse der Ellipse mit gleichem geometrischem Trägheitsmoment wie die Region/3D Region X Ellipse mittlere Halbachse Länge der Mittelachse der Ellipse mit gleichem geometrischem Trägheitsmoment wie die 3D Region 39 Tabellarischer Überblick Regionenspezifische Messparameter Regionenspezifische Parameter X X IntMess AutMess 3D Messen Basis • Geometrische Messparameter X X X Winkel der Hauptachse der Ellipse mit gleichem Trägheitsmoment wie die Region/3D Region X X Umfang Umfang der Region X X Umfang konvex Umfang der konvexen Hülle der Region X X Umfang gefüllt Umfang der gefüllten Region X X Umfang Crofton, Umfang Crofton gefüllt Umfang der Region und Umfang der gefüllten Region nach Crofton X X Umfang X, Umfang Y x- und y-Projektion des Umfangs X X Umfang X gefüllt, Umfang Y gefüllt x- und y-Projektion des Umfangs der gefüllten Region X X Umfang XY, Umfang XY gefüllt Diagonale Projektion des Umfangs und des Umfangs der gefüllten Region X X X Rahmen links, Rahmen oben, Rahmen rechts, Rahmen unten xy-Koordinaten des umschreibenden Rechtecks/des umschreibenden Quaders einer 3D Region X Rahmen vorne, Rahmen hinten z-Koordinaten des umschreibenden Quaders einer 3D Region X X X Rahmenbreite, Rahmenhöhe Breite und Höhe des umschreibenden Rechtecks/des umschreibenden Quaders einer 3D Region X Rahmentiefe Tiefe des umschreibenden Quaders einer 3D Region Messrahmenfläche Fläche des Messrahmens in skalierten und unskalierten Einheiten X Messrahmenvolumen Volumen des Messrahmens in skalierten und unskalierten Einheiten X Feret Minimum, Feret Maximum Minimaler bzw. maximaler Feret der Region Feret Min. Winkel, Feret Max. Winkel Winkel des minimalen bzw. maximalen Ferets der Region X X Ellipse Winkel X X X X X Feret Min. Azimut, Feret Max. Azimut Horizontale Ausrichtung des minimalen bzw. maximalen Ferets der 3D Region X Feret Min. Elevation, Feret Max. Elevation Vertikale Ausrichtung des minimalen bzw. maximalen Ferets der 3D Region Verhältnis der Ferets (FeretMin/FeretMax) X X X Feretverhältnis X X X Durchmesser, Radius Durchmesser, Radius des flächengleichen Kreises/der volumengleichen Kugel X X X Formfaktor Kreisformfaktor der Region/Kugelformfaktor der 3D Region X X Faserlänge Länge einer faserähnlichen Region X X Index/ID Eindeutige Kennzeichnung für die Region X X X X X X X X Abstand, Länge Abstand zwischen 2 Punkten, Länge einer Linie Abstände Mittelwert Mittlerer Abstand bei Mehrfach-Abständen Winkel Winkel in Grad • Densitometrische Messparameter X X X Grauwert Mittelwert Densitometrischer Mittelwert der Region (Grau- und Farbwerte) X X X X Grauwert Standardabweichung Standardabweichung der densitometrischen Werte der Region (Grau- und Farbwerte) X X X Grauwert Min., Grauwert Max. Kleinster und größter densitometrischer Wert (Grau- und Farbwerte) X X X Grauwert Summe Summe der densitometrischen Werte der Region X Grauwert Summe der Quadrate Summe der quadrierten Werte (Grau- und Farbwerte) X 40 Tabellarischer Überblick Feldspezifische Messparameter Feldspezifische Parameter 3D Messen AutMess IntMess Basis • Geometrische Messparameter X X X X Fläche Fläche aller Regionen in skalierten und unskalierten Einheiten Fläche gefüllt Fläche aller gefüllten Regionen Fläche % Gesamtfläche aller Regionen relativ zu der Fläche des Messrahmens (in Prozent) Anzahl Regionen Anzahl der gemessenen Regionen Umfang Summe der Umfänge aller Regionen X Oberfläche Oberflächeninhalt aller 3D Regionen X Volumen Volumen aller 3D Regionen in skalierten und unskalierten Einheiten X Volumen gefüllt Volumen aller gefüllten 3D Regionen X Volumen % Gesamtvolumen aller Regionen relativ zum Volumen des Messrahmens (in Prozent) X • Densitometrische Messparameter X X Grauwert Mittelwert Densitometrischer Mittelwert aller Regionen (Grau- und Farbwerte) X X Grauwert Standardabweichung Standardabweichung der densitometrischen Werte aller Regionen (Grau- und Farbwerte) X X Grauwert Min., Grauwert Max. Kleinster und größter densitometrischer Wert in allen Regionen (Grau- und Farbwerte) Weitere Messparameter X X X X Zählen von Ereignissen Anzahl der angeklickten Objekte X X Marker Koordinaten eines angeklickten Objekts Grau-/Farbwertprofile Grauwert/Farbwert entlang einer Profillinie Anwendermerkmal Durch den Anwender definierbarer Parameter X X X Bildspezifische Messparameter X X X X Name Name des Bildes X X X X Aufnahmezeitpunkt Aufnahmezeitpunkt des Bildes X X X X Belichtungszeit Belichtungszeit des Bildes X X X X Fokusposition Fokusposition des Bildes X X X X Mikroskopvergrößerung Bei der Aufnahme eingestellte Mikroskopvergrößerung X X X X Speicherdatum Speicherdatum des aufgenommenen Bildes X X X X Tischposition X, Y x, y-Tischposition, an der das Bild aufgenommen wurde X X X X Kanalname Name des Kanals bei Mehrkanal-Bildern X X X X Phasenname/Index Phasenname/Index bei Mehrphasen-Bildern X X X X Index/ID Kanal Index/ID des Kanals des Mehrkanal-Bildes X X X X Index/ID Z-Ebene z-Index/ID bei Z-Stapel-Bildern X X X X Index/ID Zeit Zeitindex/ID bei Zeitreihen-Bildern 41 60-4-0002/d – gedruckt 05.08 www.zeiss.de/axiovision Gedruckt auf umweltfreundlich chlorfrei gebleichtem Papier. 42 BioSciences | Standort Göttingen Telefon: +49 551 5060 660 Telefax: +49 551 5060 464 E-Mail: [email protected] Änderungen vorbehalten. 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