1/23/2017 Vom Molekül zur Zelle Block 3 Seminar / Praktikum 2 Die 2. Übung findet im Übungssaal I, Währingerstraße 10 1. Stock, rechts statt. Georg Weitzer, Ernst Müllner Department für Medizinische Biochemie Medizinische Universität Wien, Jan 2017 2016 Enzymatische Reaktionen https://www.google.at/search?q=model+enzymatic+reaction&biw=1498&bih=916&tbm=isch&tbo=u&source=univ&sa=X&ved=0ahUKEwjt1ZCxn6vKAhVH1hQKHeeACYkQsAQIJg#imgrc=FhjOKoBeaEkxJM%3A Laktose Glukose Galaktose ß-Galaktosidase vom Lac Z Gen in E. coli https://www.google.at/search?q=model+enzymatic+reaction&biw=1498&bih=916&tbm=isch&imgil=FhjOKoBeaEkxJM%253A%253BXAx8mf-ucQSvPM%253Bhttps%25253A%25252F%25252Fcommons. wikimedia.org%25252Fwiki%25252FFile%25253AInduced_fit_diagram.svg&source=iu&pf=m&fir=FhjOKoBeaEkxJM%253A%252CXAx8mf-ucQSvPM%252C_&usg=__WhKzyJoUP4X8vdYrPh0v5v7iZPc %3D&ved=0ahUKEwjt1ZCxn6vKAhVH1hQKHeeACYkQyjcIMA&ei=GZmYVq3lOcesU-eBpsgI#imgrc=FTxBeIzOO7jiMM%3A&usg=__WhKzyJoUP4X8vdYrPh0v5v7iZPc%3D https://www.google.at/search?q=model+enzymatic+reaction&biw=1498&bih=916&tbm=isch&imgil=FhjOKoBeaEkxJM%253A%253BXAx8mf-ucQSvPM%253Bhttps%25253A%25252F%25252Fcommons.wikimedia.org%25252Fwiki%25252FFile%25253AInduced_fit_diagram.svg&source=iu&pf=m&fir=FhjOKoBeaEkxJ M%253A%252CXAx8mf-ucQSvPM%252C_&usg=__WhKzyJoUP4X8vdYrPh0v5v7iZPc%3D&ved=0ahUKEwjt1ZCxn6vKAhVH1hQKHeeACYkQyjcIMA&ei=GZmYVq3lOcesU-eBpsgI#imgrc=P7ne2Qfvv8hYRM%3A&usg=__WhKzyJoUP4X8vdYrPh0v5v7iZPc%3D Georg Weitzer, MUW 2016 1 1/23/2017 Enymatische Methoden Enzymatische Reaktionen • • • • Enzym = E Substrat = S Produkt = P Coenzym (Cosubstrat) = E +S ES E + S + CoE EP ES-CoE Langsamste = geschwindigkeitsbestimmende Teilreaktion CoE E+P EP-CoE´ E + P + CoE´ Coenzym wird verändert (CoE, CoE’), wird aber in einer anderen Reaktion recyclet, daher auch der Name “Cosubstrat Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 01/2017 Was Sie wissen sollten: Aktivität von Enzymen (Biokatalysatoren) wird beeinflusst durch • pH- Wert (Optimum, aber auch Denaturierung) • Temperatur (Optimum, aber auch Denaturierung) • Hemmstoffe (in der Medizin: Medikamente!) – kompetitive (erhöhen den Km Wert) – nicht-kompetitive Anmerkung: bei der kompetitiven Hemmung konkurrieren ein Agonist (Substrat) und ein Antagonist (Hemmstoff) um die Bindungsstelle an einem Enzym. Bei der nicht-kompetitiven Hemmung bindet der Antagonist nicht an der Substrat-Bindungsstelle. Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 01/2013 2 1/23/2017 Änderung der Reaktionsgeschwindigkeit mit der Substratkonzentration einer enzymatische katalysierten Reaktion Unkompetitive Hemmung Bei der unkompetitiven Hemmung bindet der Inhibitor außerhalb des aktiven Zentrums, wie bei der nichtkompetitiven Hemmung, aber nur dann, wenn bereits ein Substrat an das Enzym gebunden ist. Quelle: http://www3.hhu.de/biodidaktik/Steuerung_Regelung/enzyme/enzy2_2.html Georg Weitzer, MUW 2017 2016 Für die Reaktionsgeschwindigkeit v einer enzymatischen Reaktion gilt: Gleichgewichtskonstante für die vereinfachte enzymatische Reaktion [E] x [S] vmax x [S] Km = v= [ES] [S] + Km Km entspricht der SubstratKonzentration, bei der das Enzym mit der Hälfte der maximalen Geschwindigkeit arbeitet. Michaelis-Menten Gleichung Die Michaelis-Menten Gleichung gilt nur unter der Annahme eines Fließgleichgewichtes, also [ES] = konstant. Die Reaktionsgeschwindigkeit v einer enzymatischen Reaktion in Abhängigkeit von der Substratkonzentration [S] nach der Michaelis-Menten Gleichung kann auch grafisch dargestellt werden. Georg Weitzer, Ernst Müllner, MUW 2016 3 1/23/2017 Graphische Darstellung der Geschwindigkeit einer enzymatischen Reaktion v Bestimmung der Substratkonzentration Bestimmung der Enzymmenge v... Umsatzgeschwindigkeit vmax ... Maximale Reaktionsgeschwindigkeit Km = [S] bei vmax / 2 (Km = Michaelis-Menten Konstante) ([S] = Substratkonzentration) Abbildung aus: Ergänzung der theoretischen Grundlagen und biochemisches Praktikum im Block 3 - Vom Molekül zur Zelle, Facultas Verlag, Hans Goldenberg (Hg.) [S] Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL ... daher Km in mol/l es gilt bei Vmax/2: [E] = [ES] 01/2007 Lineweaver-Burk Diagramm y = kxx + d y = d + kxx Geradengleichung k = Steigung Ordinate 1 / v = 1 / vmax + (Km / vmax) x 1 / [S] Durch Umformung der MichaelisMenten Gleichung in eine doppeltreziproke Form kann die Reaktionsgeschwindigkeit einer enzymatischen Reaktion in einem Linweaver-Burk Diagramm dargestellt werden. Dies hat vor allem für die Auswerung der Daten Vorteile. Wikipedia k = (1 / vmax) / (1 / Km) Abszisse k wie , eine Material-spezifische Konstante Georg Weitzer, Ernst Müllner, 01/2015 4 1/23/2017 Beispiel 1 Kinetische Untersuchung der Lactatdehydrogenase: Bestimmung der Km Bestimmung der Substratkonzentration v modiziert nach „Ergänzung“, H. Goldenberg Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL [S] 01/2007 Was macht die Lactatdehydrogenase? Coenzym CH3CO-COOH + NADH + H+ Pyruvat Gemessene Reaktionsrichtung C2H5OH-COOH + NAD+ Lactat COO- COO- C O HO C H CH3 CH3 Die rasche Diagnose des Herzinfarktes wird durch die Aktivitätsbestimmung von herzspezifischen Enzymen im Blut ermöglicht. Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 2016 5 1/23/2017 Was macht NAD+? Nicotinamid-AdeninDinucleotid ist ein Elektronen transportierendes Coenzym, das an zahlreichen RedoxReaktionen des Stoffwechsels beteiligt ist. Dabei kann es reduziert werden und maximal zwei Elektronen (dann geschrieben als NADH) aufnehmen. Hier gezeigt am Beispiel der Umwandlung (Oxidation) von Ethanol zu Acetaldehyd. Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL -H 01/2007 Absorptionsspektrum von NAD+ und NADH Im Gegensatz zu NAD+ zeigt NADH ein starkes Absorptionsmaximum bei 340 nm (langwelliges UV-Licht). Im Zuge der Reaktion von Pyruvat zu Lactat nimmt (durch gleichzeitige Umwandlung von NADH in NAD+) die Absorption von UV-Licht ab. Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 340 01/2007 6 1/23/2017 Messung der Lactatdehydrogenaseaktivität ... ... und Darstellung der Ergebnisse in einem Lineweaver-Burk Diagramm LDH spielt eine (Neben)rolle bei der Glykolyse im Citratzyklus. Durch die Umwandlung von Lactat in Pyruvat wird NADH produziert, das seinerseits als energielieferndes Coenzym der Atmungskette zur ATP Bildung beiträgt. Im Praktikum wird hingegen die Umwandlung von Pyruvat in Lactat gemessen, wobei NAD+ gebildet wird. -1 / Kapp Siehe Milchsäuregärung in der Vorlesung Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 2016 Messen der Umsatzgeschwindigkeít bei verschiedenen Substratkonzentrationen [S] = Pyruvat nochmals: gemessen wird die Reaktion in der Richtung vom Pyruvat zum Lactat, wobei NADH in NAD+ umgewandelt wird. zunächst Herstellung einer Verdünnungsreihe „Ergänzung“, H. Goldenberg Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 01/2007 7 1/23/2017 Probenvorbereitung alle Volumina in µl „Ergänzung“, H. Goldenberg Durch Zugabe von 20 µl Lactatdehydrogenase wird die Reaktion gestartet Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 01/2007 Arbeitsplatz Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 01/2007 8 1/23/2017 Photometer Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 01/2007 Lambert-Beersches Gesetz E= x cxd E = Extinktion c = Konzentration E = log (1/T) = log (I0/I) = spez. Molarer Extinktionskeoff. d = Schichtdicke T = Transmission I I0 Lichtquelle Photometer Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL Prisma Detektor Küvette d = 1 cm 01/2007 9 1/23/2017 Messung der Lactatdehydrogenaseaktivität Zusatz von LDH niedrige Pyruvatkonzentration hohe Pyruvatkonzentration modifiziert nach „Ergänzung“, H. Goldenberg k = v für gegebene [S] Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 01/2007 Messung der Extinktionsänderung bei jeder Substratkonzentration E=xcxd c = E / ( x d) c / t = E / ( x d x t) = v Abnahme der Extinktion in Abhängigkeit von der Dauer der Reaktion messen (wie in der Grafik zuvor dargestellt). Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 01/2007 10 1/23/2017 Auswertung der Messdaten durch Umwandlung in ein Lineweaver-Burk Diagramm ... Zusatz von LDH Jedes “k” (Steigung links) entspricht einem Punkt im Diagramm rechts Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 01/2007 11 1/23/2017 ... Pipettierfehler oder Messfehler ? nicht alles muss immer stimmen ... Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 01/2007 12 1/23/2017 … zu wenig NADH+H+ Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 01/2007 13 1/23/2017 Beispiel 2 Bestimmung der Lactatdehydrogenaseaktivität im Serum bei verschiedenen Enzymmengen Bestimmung der Enzymmenge vmax x [S] v v= [S] + Km Bei [S] >> Km: v = Vmax Und damit: v = f {[E]} modiziert nach „Ergänzung“, H. Goldenberg Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL [S] 01/2013 14 1/23/2017 Experimentelle Vorbereitungen „Ergänzung“, H. Goldenberg 1. Lösungen 2 bis 4 mischen 2. LDH Lösung zugeben 3. Abnahme der NADH Konzentration messen Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 01/2007 Gemessen wird wieder die Abnahme der Extinktion pro Zeiteinheit, aber diesmal in Abhängigkeit von der Enzymmenge k = E / min Zusatz von LDH wenig Enzym viel Enzym modiziert nach „Ergänzung“, H. Goldenberg Aktivität (U/l) = E / min x Konstante Georg Weitzer, Ernst Müllner, MFPL 01/2014 15 1/23/2017 16 1/23/2017 Durchführung und Diskussion im 3. Semiar Georg Weitzer, MUW 2017 17