„Molekulare Biophysik“ NMR-Spektroskopie (Teil 1)

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„Molekulare Biophysik“
NMR-Spektroskopie
(Teil 1)
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Das Vorlesungs-Programm
Vorlesung “Molekulare Biophysik”: NMR-Spektroskopie
Tag 1
Tag 2
Theoretische Grundlagen der
Theoretische Grundlagen der
NMR-Spektroskopie (1)
NMR-Spektroskopie (2)
Tag 3
Mehrdimensionale NMRSpektroskopie
Tag 4
NMR-Spektroskopie an Peptiden
Tag 5
Tag 6
NMR-Spektroskopie an Proteinen
NMR-Spektroskopie an Proteinen
(1)
(2)
Vorlesung "Molekulare Biophysik": NMR-Spektroskopie
Peter Schmieder
FMP
Allgemeine Aspekte
der
NMR-Spektroskopie
Allgemeine Aspekte der NMR-Spektroskopie
4/93
Nuclear Magnetic Resonance
NMR-Spektroskopie beobachtet die Resonanz von
Atomkernspins mit elektromagnetischer Strahlung. Der
Effekt ist nur in einem starken Magnetfeld beobachtbar.
Jeder Atomkern wird getrennt beobachtet und eine
Wechselwirkung zwischen Atomkernen kann detektiert
werden. NMR entspricht daher sehr gut der Sicht eines
Chemikers, der Moleküle als Atome und Bindungen
betrachtet.
Vorlesung "Molekulare Biophysik": NMR-Spektroskopie
Peter Schmieder
FMP
Allgemeine Aspekte der NMR-Spektroskopie
NMR ist extrem wichtig bei der Synthese-Analytik.
12
11
10
9
8
7
6
5
4
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3
2 ppm
Peter Schmieder
FMP
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Allgemeine Aspekte der NMR-Spektroskopie
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Strukturbestimmung von Naturstoffen
NMR ist sehr hilfreich
bei der Bestimmung der
Konstitution von
Naturstoffen.
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Allgemeine Aspekte der NMR-Spektroskopie
Bestimmung der 3D Struktur von Proteinen
Mit NMR kann die
Raumstruktur von
Proteinen bestimmt
werden, in Lösung und
im Festkörper.
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Allgemeine Aspekte der NMR-Spektroskopie
Detektion von Molekül-Molekül-Wechselwirkungen
NMR kann für die
Detektion von
Protein-Ligand
Wechselwirkungen
genutzt werden.
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Allgemeine Aspekte der NMR-Spektroskopie
Detektion von Dynamik in Biomolekülen
Mit der NMRSpektroskopie kann
die interne
Beweglichkeit von
Proteinen bestimmt
werden.
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Allgemeine Aspekte der NMR-Spektroskopie
Detektion von Vorgängen in lebenden Zellen
Mit der in-cell-NMRSpektroskopie kann
man Veränderungen
von Proteinen in
Zellen beobachten.
15
N
N
15
Ser
H
1
Serine
H
1
15
N
N
15
1
H
pSer
H
1
phospho-Serine
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Allgemeine Aspekte der NMR-Spektroskopie
Bücher
James Keeler gibt es auf:
z.B. http://www.youtube.com/watch?v=nM7jQFhrvR0
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FMP
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Grundlagen
der
NMR-Spektroskopie
Grundlagen der NMR-Spektroskopie
13/93
Das Konzept des „Spins“ wurde von Wissenschaftlern
eingeführt um bestimmte experimentelle Beobachtungen zu
erklären.
Als quantenmechanisches Konzept ist es außer im Rahmen
von mathematischen Gleichungen nicht vollständig zu
verstehen.
Man kann aber im Rahmen von physikalischen und
geometrischen Modellen gut damit umgehen, solange man
sich der Limitierungen dieser Modelle bewusst ist.
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FMP
Grundlagen der NMR-Spektroskopie
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Grundlage für die NMR-Spektroskopie ist der Kernspin,
den man sich als Mischung von Kreisel und Stabmagnet
vorstellen kann.
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
Ein Kreisel hat ein Drehmoment
dessen Achse im Raum stabil ist.
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
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Ein Magnet richtet sich in einem statischen Magnetfeld aus,
diese Ausrichtung wird durch die Kreiseleigenschaft
verhindert, die Kerne beginnen mit einer Präzesionsbewegung.
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
Der Kernspin hat aber, als quantenmechanische Größe,
einige Eigenschaften, die vom klassischen Bild
abweichen. Er wird charakterisiert durch ein
Kernspindrehmoment I, dessen Betrag
I=  (ћ2 [I(I+1)])
ist, wobei I die Kernspinquantenzahl ist.
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
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Es kann nur der Betrag I und die z-Komponente Iz des
Kernspins gleichzeitig angegeben werden. Die z-Komponente
ist parallel zum äußeren Magnetfeld B0 und gegeben durch
Iz = ћ m
wobei m die magnetische Quantenzahl ist
m = (-I, -I+1, .... ,I-1, I)
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
Für die hochauflösende NMR
sind fast ausschließlich Kerne
mit einem Kernspin von I = 1/2
interessant.
I=
√3
ћ/2
Iz = ћ/2
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
Der Zustand mit m = +1/2 wird als -Zustand, der
Zustand mit m = -1/2 als den -Zustand bezeichnet.
Die Bilder oben sind graphische Repräsentationen,
keine physikalischen Darstellungen.
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
Verbunden mit dem Kernspindrehmoment ist ein
magnetisches Moment, das sich aus dem Drehmoment
über das gyromagnetische Verhältnis ergibt:
=I
z =  Iz =  ћ m
Je größer das gyromagnetische Verhältnis,
desto größer das magnetische Moment.
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
In einem externen Magnetfeld ergibt sich die Energie
der Spinzustände als das Skalarprodukt von
magnetischem Moment  und externem Magnetfeld B.
E=-B
Em =-z B0= - Iz B0= -  ћ mB0
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
Es ergeben sich 2I+1 (2 für I = 1/2) unterschiedliche
Energieniveaus, die hier geltende Auswahlregel ist:
m = 1
E1/2 =-z B0= - Iz B0= -  ћ 1/2B0
E-1/2 =-z B0= - Iz B0=  ћ 1/2B0
}
 E = ћ  B0
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
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Der Energieunterschied
entspricht einer Frequenz
E = ћ  B0
elektromagnetischer
Strahlung.
B=0
B = B0
E = h
0 =  B0 / 2
0 = 2 0 =  B0
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
Das ist auch genau die
B0 [Tesla]
0 [MHz]
Rotationsfrequenz der
1.4
60
5.9
250
9.4
400
14.1
600
21.2
900
Spins. Sie ist somit dem
äußeren Magnetfeld
direkt proportional.
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
Eigenschaften der wichtigsten NMR-Kerne
Kern
I
natürliche Häufigkeit
gyromagnetisches
Verhältnis
1H
1/2
99.98 %
26.75
12C
0
98.89 %
0
13C
1/2
1.11 %
6.73
14N
1
99.63 %
1.93
15N
1/2
0.37 %
-2.71
19F
1/2
100 %
25.18
31P
1/2
100 %
10.84
113Cd
1/2
12.26 %
-5.96
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
Wir kennen jetzt die Eigenschaften einzelner
Kerne, messen werden wir aber immer Proben mit
sehr vielen Kernen. Was im Magneten passiert
wollen wir uns jetzt bis hin zur Aufnahme eines 1DSpektrums anschauen.
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
Ohne externes Magnetfeld sind die Spins in alle
Raumrichtungen gleichmäßig verteilt.
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
Wenn ein Magnetfeld eingeschaltet wird, ändert sich
das nicht sofort, aber die thermische Bewegung
erzeugt eine Orientierung mit Vorzugsrichtung.
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
Es baut sich eine
Magnetisierung...
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
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…entlang des Magnetfeldes auf, man erhält eine
Bolzmannverteilung. In x,y-Richtung ist dagegen alles
gleich verteilt und kein magnetisches Moment vorhanden.
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
Aus dem Energieunterschied
ergibt sich auch die Differenz
in der Besetzung der
Energieniveaus, es liegt eine
Boltzmannverteilung vor, die
man mit einem
Energieniveauschema
darstellen kann.
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Grundlagen der NMR-Spektroskopie
N/N = exp(-E/kT) = exp(- h B0 / 2kT)
Bei 600 MHz Messfrequenz ergibt
sich
N/N = 0.999904
Dieser kleine Unterschied ist der
Grund für die Unempfindlichkeit
der NMR-Spektroskopie.
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CW vs. FT
35/93
CW vs. FT
Nun haben wir die Probe im Magneten und wollen die
Messung durchführen. Dazu gibt es zwei grundsätzliche
Methoden, die Messung durchzuführen:
CW-Technik
(continous wave)
FT-Technik
(fourier transform)
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CW vs. FT
Die CW-Technik ist die Methode, die man von
anderen Spektroskopie-Arten kennt (z.B. UV), sie
wird aber heute kaum mehr verwendet, da das
Signal-zu-Rausch-Verhältnis ein Problem ist.
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CW vs. FT
Moderne NMR-Experimente verwenden alle die FT-
NMR-Technik, die auch als „gepulste NMR“ bezeichnet
wird und bei der sich das Signal-zu-Rausch-Verhältnis
leichter verbessern lässt.....
FT
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CW vs. FT
.... durch Wiederholung
der Messung und
Addition der
aufgenommenen Signale.
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CW vs. FT
Wir führen also in Wirklichkeit unsere Messung
mehrmals durch, man spricht von dabei immer
noch von eine Anzahl von „scans“.
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Das rotierende Koordinatensystem
( Wie funktioniert ein Puls ? )
Das rotierende Koordinatensystem
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Die Experimente werden heute fast ausschließlich mit
der FT-Methode durchgeführt.
Während des NMR-Experiments werden Radiowellen (RF)
auf die Probe eingestrahlt, die von der Probe im Falle der
richtigen Frequenz aufgenommen werden.
Um dieses „Resonanzphänomen“ gut verstehen zu können,
bedient man sich des „rotierenden Koordinatensystems“.
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Das rotierende Koordinatensystem
Ausgangspunkt ist unsere Bolzmannverteilung
von Spins im Magnetfeld.
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Das rotierende Koordinatensystem
Alle Kerne vollführen
immer noch ihre
Rotationsbewegung,
Wir wechseln jetzt in
ein rotierendes
Koordinatensystem.
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Das rotierende Koordinatensystem
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Die Idee des rotierenden
Koordinatensystems ist
einleuchtend, bedenkt man
dass wir uns auf der Erde auch
auf einem rotierenden Objekt
Befinden.
Der Beobachter rotiert mit einer
Frequenz , der Spin mit einer
Frequenz 0.
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Das rotierende Koordinatensystem
Die Bewegung des Spins
wird durch das Magnetfeld
Hervorgerufen:
0 = 2 0 =  B0
Ist die Bewegung langsamer,
erscheint dem Beobachter
das Magnetfeld schwächer:
0 -  =  =  (B0 - /)
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Das rotierende Koordinatensystem
Innerhalb dieses Bildes sind
dann auch negative
Frequenzen möglich, d.h.
Rotationen in die
entgegengesetzte Richtung.
Keine Bewegung bedeutet
kein Magnetfeld !!
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Das rotierende Koordinatensystem
z
x
y
Die Anregung erfolgt durch das Einstrahlen von
Radiowellen. Die sind linear polarisiert und enthalten
eine elektrische und eine magnetische Komponente,
letztere interessiert uns hier.
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Das rotierende Koordinatensystem
normale
Darstellung
p
Das Einstrahlen funktioniert über die Messspule, die
Radiofrequenz wird (in der modernen Form der NMRSpektroskopie) in Form eines kurzen „Pulses“ in der
x,y-Ebene ins System eingebracht.
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Das rotierende Koordinatensystem
Die linear polarisierte
Oszillation wird als eine
Überlagerung von zwei in
umgekehrter Richtung
wandernde Komponenten
betrachtet.
Eine Komponente ist sehr
schnell und kann ignoriert
werden....
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Das rotierende Koordinatensystem
....während die andere im rotierenden
Koordinatensystem fast statisch erscheint,
sie ist „on resonance“ oder zumindest nahe an der
Resonanzfrequenz, man spricht vom B1-Feld.
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Das rotierende Koordinatensystem
Im rotierenden
Koordinatensystem
sind somit
das Hauptfeld
und das RF-Feld von
θ
ähnlicher Größe,
es resultiert ein
„effektives Feld“, Beff.
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Das rotierende Koordinatensystem
Beff =  (B1)2 + (B0 – /)2
2
2
BeffBeff =(B1 )(B
 (1)B20 +
/

)
2

θ
(B0 – /)
B1

tan


tan  =
=
( B1 0   /  ) B1
B
BB11
BB
eff 
eff
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Das rotierende Koordinatensystem
Die Präzession der
Magnetisierung erfolgt nun
natürlich um das neue
„effektive Feld“, Beff.
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53/93
Das rotierende Koordinatensystem
54/93
Ist der RF-Puls „on resonance“
verschwindet das Hauptfeld und
die Magnetisierung beginnt eine
Präzession um das B1-Feld.
Der Winkel  wird von der
Länge und Stärke
des Pulses bestimmt
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Pulse und Vektor-Model
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Pulse und Vektormodel
Die Pulse werden durch ein starkes B1-Feld erzeugt
und decken so eine große Frequenzregion ab
Frequenz 600 MHz
90° Puls = 10 sec
θ
B1 = 25 kHz
3000 Hz
10 ppm
0 Hz
5 ppm
 = 3000
tan  = 0.12
 = 6.8°
on-resonance
=0
tan  = 0
 =0
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-3000 Hz
0 ppm
 = -3000
tan  = -0.12
 = -6.8°
Peter Schmieder
FMP
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Pulse und Vektormodel
Jeder einzelne Spin wird um
den gleichen Winkel gedreht
und somit auch das in der
Summe resultierende
magnetische Moment
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FMP
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Pulse und Vektormodel
Nach einem 90°-Puls resultiert ein magnetisches Moment in der
x,y-Ebene, es liegt keine Z-Magnetisierung mehr vor.
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FMP
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Pulse und Vektormodel
Strahlt man die Radiowellen noch länger ein, dann kommt man über
den 90° Winkel hinaus und erreicht irgendwann die 180°
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FMP
60/93
Pulse und Vektormodel
Diese beiden Winkel sind von besonderer Bedeutung: der 90° Puls und der
180° Puls. Weil die Länge so wichtig ist, gibt man Pulswinkel in sec an
90° Puls (/2) aus x:
Der Vektor dreht sich
um die x-Achse nach (-y)
Ein typischer Wert
für einen 90° Puls
sind 10 sec
180° Puls () aus x:
Der Vektor dreht sich
um die x-Achse nach (-z)
Der Wert für den
180° Puls ist dann
20 sec
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FMP
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Pulse und Vektormodel
Die Richtung des B1-Feldes (die Phase des Pulses) kann im
Experiment festgelegt werden und verändert dann die Wirkung
des Pulses auf die Magnetisierung.
z
y
z
y
B1 aus x
x
y
B1 aus x
x
B1 aus y
x
y
Kommen Puls und
Magnetisierung aus der
gleichen Richtung
passiert nichts !!
Vorlesung "Molekulare Biophysik": NMR-Spektroskopie
B1 aus x
x
Peter Schmieder
FMP
62/93
Pulse und Vektormodel
Diese „klassische“ Betrachtung eines magnetischen Moments
unter dem Einfluss von Magnetfeldern (Hauptfeld oder Pulse) wird
als „Vektormodel“ bezeichnet, es wird mathematisch durch die
Bloch-Gleichungen beschrieben.
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Detektion des Signals
64/93
Detektion des Signals
Das FT Experiment besteht also zunächst
aus einem Radiofrequenzpuls, der die
Magnetisierung dreht.
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65/93
Detektion des Signals
Die Drehung führt die Magnetisierung von der zRichtung in die x,y Richtung.
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66/93
Detektion des Signals
Wird der Puls nach 90 ° abgeschaltet, ist wieder
das statische Magnetfeld das entscheidende, die
Spins führen wieder ein Präzession um dieses
Feld durch, aber mit ihrer neuen Orientierung.
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67/93
Detektion des Signals
Die Präzession induziert einen Strom in der Detektionsspule,
das resultierende Signal wird aufgezeichnet.
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68/93
Detektion des Signals
Entlang der x und y Achse
ergeben sich Sinus- und
Cosinus-Funktionen.
Mx
cos t
y
t
sin t
x
t
Mx = cos t exp (-t/T2)
My
t
My = sin t exp (-t/T2)
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69/93
Detektion des Signals
Zusätzlich kehrt das System wieder in den
Ausgangszustand zurück, es “relaxiert”, was durch
eine Exponentialfunktion beschrieben wird:
Mx,y ~ exp (-t/T2)
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FMP
70/93
Detektion des Signals
Beide Signale werden aufgezeichnet,
es ergibt sich ein komplexes Signal:
M = Mx + i My
M = exp (it) exp (-t/T2)
Dabei werden die berühmten “Euler-Gleichungen”
verwendet:
exp(i) = cos + i sin
exp(-i) = cos - i sin
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FMP
71/93
Detektion des Signals
Mx
M
y
Berechnung von
Pulssequenzen
t
Mx = cos 0t exp (-t/T2)
t
My = sin 0t exp (-t/T2)
M = Mx + i My = [cos 0t + i sin 0t ] exp (-t/T2)
M = exp (i0t) exp (-t/T2)
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FMP
72/93
Detektion des Signals
Die Aufnahme beider Signale nennt man
„Quadraturdetektion“, man erhält einen komplexen
Datenpunkt und kann in der Mitte des Spektrums „sitzen“
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FMP
73/93
Detektion des Signals
Zur Verarbeitung des Signals muss es in eine
computergerechte Form gebracht werden, dazu wird
ein Analog-Digital-Konverter (ADC) verwendet.
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74/93
Detektion des Signals
Das hat aber Konsequenzen: die Punkte müssen
equidistant sein (wegen der DFT) und man
braucht drei Punkte pro Periode
2t
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75/93
Detektion des Signals
Also gibt es Grenzen bei den Frequenzen die digitalisiert
werden können. Es gilt das die Nyquist-Frequenz
fn = 1/(2t)
die größte Frequenz ist, die bei einem Abstand t der
Datenpunkten noch erfasst werden kann. Da wir in der Mitte
sitzen und +/- fn detektieren können gilt für die spektrale
Breite („spectral width“)
SW = 2 * fn = 1/t
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FMP
76/93
Detektion des Signals
Das schauen wir uns noch näher an
z
z
y
90°-x
x
y
x
2000 Hz
-500 Hz
-1500 Hz
y
Das Spektrum nehmen wir mit
SW = 6000 Hz auf (+/- 3000),
t = 0 sec
x
also einem t = 166 sec
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FMP
77/93
Detektion des Signals
y
y
y
x
y
x
t = 0 sec
t = 166 sec
x
t = 332 sec
x
t = 498 sec
1
Iy
0
0.2
0.5
0.3
0.1
0.4
t [msec]
-1
1
Ix
0
0.2
0.1
0.4
0.3
0.5
-1
Man erkennt das die Ränder (+/- 3000 Hz) in 166 usec 180° laufen würden !
Vorlesung "Molekulare Biophysik": NMR-Spektroskopie
Peter Schmieder
FMP
78/93
Detektion des Signals
1
Iy
0.2
0
0.3
0.1
0.4
-1
0.5
t [msec]
1
Ix
0.2
0
0.3
0.1
0.4
0.5
-1
FT
3000
2000
1000
0
-1000
-2000
-3000
[Hz]
10
8.33
6.66
5
3.33
1.66
0
[ppm]
Vorlesung "Molekulare Biophysik": NMR-Spektroskopie
Peter Schmieder
FMP
Die
Fourier-Transformation
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Fourier-Transformation
Die FT ermittelt aus dem Signal von überlagerten
Schwingungen welche Frequenzen enthalten sind.
FT
Wie funktioniert das ?
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Fourier-Transformation
Von der folgenden Schwingung soll die Frequenz
ermittelt werden.
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Fourier-Transformation
Dazu „raten“ wir eine Frequenz und erzeugen das
dazugehörige Zeitsignal.
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Fourier-Transformation
Dann werden die beiden miteinander multipliziert.
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Fourier-Transformation
Schließlich wird über alle Zeitpunkte aufsummiert.
Hier „passt“ die Frequenz nicht, es gibt ähnlich viele
positive wie negative Punkte, das Resultat ist nahe 0 !
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Fourier-Transformation
Hier „passt“ die Frequenz sehr gut, fast alle
Punkte sind größer als null, das Resultat der
Summe ist daher auch sehr groß.
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Fourier-Transformation
Das machen wir nun
ganz systematisch für
alle möglichen
Frequenzen und
erhalten eine Kurve
aufgetragen gegen die
Frequenz, ein
„Spektrum“.
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Fourier-Transformation
Die Fouriertransformation ist in Gleichungen am
einfachsten mit einem komplexen Signal zu erläutern
Ein komplexes NMR-Signal hat - wie gesehen - die Form
s(t) = exp (i0t) exp (-t/T2)
Signaloszillation
Signalabfall
(die Frequenz)
(Relaxation)
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Fourier-Transformation
Wir führen eine Fouriertransformation durch, die
Summation ist eine Integration.

S() =∫s(t) exp (-it) dt

0
S() =∫exp (i0t) exp (-t/T2) exp (-it) dt
0
S() =
1
(1/T2) + i( – 0)
Lorentzlinie
Eine komplexe Funktion besteht aus Realteil und
Imaginärteil: S () = R() + i I()
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Fourier-Transformation
Im einfachsten (besten) Fall ist der Realteil “absorbtiv”
und der Imaginärteil “dispersiv”:
S () = A() + i D()
A() =
D() =
(1/T2)
(1/T2)2 + ( – 0)2
- ( – 0)
(1/T2)2 + ( – 0)2
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Fourier-Transformation
s(t) = exp (i0t) exp (-t/T2)
Signaloszillation
Signalabfall
(die Frequenz)
(Relaxation)
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Fourier-Transformation
FT
FT
Die Einhüllende ergibt die Linienform, die
Oszillation die Position im Spektrum.
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Fourier-Transformation
Was ist mit konstanten Faktoren ?
s(t) = A exp (i0t) exp (-t/T2)

S() =∫s(t) exp (-it) dt
0

S() = ∫A exp (i0t) exp (-t/T2) exp (-it) dt
0
S() =
A
(1/T2) + i( – 0)
Die Fouriertransformation ist eine lineare Operation,
deshalb kann man Spektren integrieren.
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That‘s it
Fragen: [email protected]
Scripte: schmieder.fmp-berlin.info/teaching/vorlesung_mbph.htm
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