Einführung in Datenbanksysteme ++ Datenbanken für Bioinformatiker
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Infos Einführung in Datenbanksysteme ++ Datenbanken für Bioinformatiker Zielgruppen Studierende in den Studiengängen Diplom Informatik ab 4 Semester Anrechenbar für Praktische und Anwendungsorientierte Informatik Bachelor Informatik, 4. Semester Magister, Lehramt, Nebenfach Informatik im Hauptstudium H. Schweppe Gemeinsame Veranstaltung Informatik / Bioinformatik bis Mitte Juni, danach spezielle Aspekte bioinformatischer Anwendungen (Dr. S. Schulze-Kremer) FU Berlin, SS 2003 [email protected] hs / FUB dbs-03-0-2 Infos Begriffe Vorlesung Di. 8.30 – 10.00 Do. 8.30 – 10.00 Informatik-Hörsaal Übungen Datenbank Strukturierte Datenmenge, meist verwaltet von DBMS Repräsentiert Schnappschuss eines RealweltAusschnittes Beispiele: Bankkonten und Kunden; Studenten, Kurse und Angestellte einer Universität Manuel Scholz (verantwortlich) Michael Zilske Volker Gramse Adrian Hass (Bioinformatik) Übungsbeginn nächste Woche! Datenbank-System (DBS oder DBMS): Software zum Erzeugen und Verwalten einer Datenbank Sprechstunden HS : Mi. 14-15, R 167 (nicht am 16.4.!) MS : Mi. 14-15, R 169 Definition der DB: Datentypen und Strukturen Erzeugen der DB: Abspeichern der Daten Email {schweppe,mscholz}@inf.fu-berlin.de Webseite : http://www.inf.fu-berlin.de/lehre/SS03/datenbanken/index.html Operationen auf der DB: Anfragen und Updates Beispiele: Oracle, DB2, SQLServer, Sybase, SAP DB, MySQL, O2, Fastobjects,…, hs / FUB dbs-03-0-3 Lernziele (1) systematischer Entwurf von DB Schwerpunkt: Relationale DB 2. Datenbanknutzung: Zugriff auf die Daten mit SQL (Structured Query Language), interaktiv oder mittels Applikationsprogrammen InformatikerInnen 1. Datenmodellierung: BioinformatikerInnen Schwerpunkte hs / FUB dbs-03-0-4 3. Datenbankimplementierung Spezielle Aspekte von Datenbanken in der Bioinformatik relationale Datenbanken für verschiedene Anwendungen entwerfen können SQL-Anfragen verstehen und entwerfen können (interaktiv und über Java-Programm) Mehrschichtarchitekturen kennen (z.B. Browser Webserver – DB) die Prinzipien relationaler, objektrelationaler und objektorientierter Datenbanksysteme verstehen die Prinzipien der physischen Datenspeicherung in einem DBMS verstehen hs / FUB dbs-03-0-5 hs / FUB dbs-03-0-6 1 Lernziele(2) Kursbestandteile die Grundlagen der Anfrageabarbeitung verstehen (Wie wird eine Operation auf der DB ausgeführt?) Umfangreiches Wissen über DB Transaktionen haben Synchronisations- und Recovery-Techniken kennen Vorlesung: wie üblich Übungen: wöchentliche (meist) theoretische Aufgaben Nachbesprechung, keine Korrektur Projekt Begleitend zur Vorlesung Spezielle Datenbanktechniken der Bioinformatik kennen Datenbank entwerfen, implementieren, nutzen Thema selbst auswählen (außer Bioinformatik) Praktische Erfahrungen mit einem Datenbanksystem haben Teamarbeit (max. 3 in einem Team) Theorie und Praxis hs / FUB dbs-03-0-7 Scheinkriterien Offizielle Anmeldung Mindestens 50% der Punkte in 3 von 4 Kurztests Erfolgreiche Bearbeitung des Projekts (mindestens 50 % der erreichbaren Punkte) 50% der Klausurpunkte Die Lösung mindestens einer Aufgabe im Tutorium vorstellen Benotete Leistungsscheine a) Bioinformatiker Je ein Schein für Übungen (4 ECTS) und VL (4ECTS) Note für VL-Schein gemäß Klausurergebnis Note für Übungen: gemäß Kurztests (2/3) und Projekt(1/3), Klausur muss bestanden sein. Achtung Alle Studierende in Bachelorstudiengängen (Bioinformatik, Informatik / Bachelor) müssen sich in die Teilnehmerliste eintragen. Eingetragene Teilnehmer können sich bis 20.5. 03 abmelden Lehrveranstaltung gilt als nicht belegt. Andernfalls: Prüfungsleistung b) Alle anderen Ein Schein für die Veranstaltung (8 ECTS) hs / FUB dbs-03-0-8 Note: 50% Klausur, 30% Kurztests, 20% Projekt hs / FUB dbs-03-0-9 Studieneinordnung(1) Studieneinordnung(2) Diplom: Schwerpunkt „Verteilte Systeme“ in der Praktischen Inf. / Vertiefungsrichtung Datenhaltung möglich Grundlagen (4./6.Semester) DBS + Vertiefung + (Projekt/Praktikum oder Seminar) anrechenbar für mündliche Abschlussprüfung in hs / FUB dbs-03-0-10 Anwendungsorientierte Informatik Praktische Informatik Bachelor: Vertiefung Datenbanksysteme II (VL 4+2) Information Retrieval (VL 2+2) Pflichtveranstaltung Bioinformatik: Wahlpflichtveranstaltung: 2 aus 3 (numerische Mathematik, Datenbanken, multivar.Statistik), Grundlage für algorithmische Bioinformatik hs / FUB dbs-03-0-11 Einführung in Datenbanksysteme (VL 4+2) Seminar: z.B Suche in XML (S 2) Datenbankprojekt / -praktikum (P 4) Methoden der Sprachverarbeitung VL /Sem 2 ) Data Warehouse (VL 2+2) Seminar: z.B Informationsverwaltung im Netz (S 2) … hs / FUB dbs-03-0-12 2 Literatur Bücher: Kemper/Eickler: Datenbanksysteme – Eine Einführung, Oldenbourg-Verlag, München, 3. Auflage, 1999 Garcia-Molina,H., Ullman, J., Widom, J.: Database Systems – the Complete Book, Prentice Hall, 2002 O’Neil, P., O'Neil, E.: Database - Principles, Programming, Performance, 2nd ed., Morgan Kaufmann, SanMatteo, 1999 Elmasri/Navathe: Fundamentals of Database Systems Addison-Wesley, 3.Auflage, 2000 Liste siehe Web-page (http://www.inf.fu-berlin.de/lehre/SS02/DBS/literatur.html) Ausgewählte wissenschaftliche Literatur: Historisch oder technisch relevant Im Reader: Link auf Web-page, Zugriff nur von 160.45.x.x Pflichtlektüre gekennzeichnet, prüfungsrelevant! Kopien der Folien: Als pdf-Datei (2/6 Folien pro Seite) auf der Web-page In English hs / FUB dbs-03-0-13 3
