Zusammenfassung als doc
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Branchenspezifische Information Inhaltsverzeichnis Informationsquellen ........................................................................................................................... 3 Allgemeines zur Online - Recherche ................................................................................................. 4 Stichwortrecherche ............................................................................................................................. 5 Recherche von Namen ....................................................................................................................... 5 Chemie ............................................................................................................................................... 6 Chemical Abstracts Service - Recherche von chemischen Verbindungen ........................................ 8 Chemische Handbücher und Lexika ................................................................................................ 10 Biologie ............................................................................................................................................ 11 Biosciences Information Service ...................................................................................................... 11 Taxonomie im Internet ..................................................................................................................... 11 Recherche von Biosequenzen........................................................................................................... 12 Biologie Lexikon .............................................................................................................................. 12 Pharmazie ......................................................................................................................................... 13 Medizin............................................................................................................................................. 13 Medline............................................................................................................................................. 14 EMBASE .......................................................................................................................................... 14 PubMed ............................................................................................................................................ 15 Klinische Studien ............................................................................................................................. 15 DIMDI .............................................................................................................................................. 16 Handbücher und Lexika in Medizin und Pharmazie ........................................................................ 17 Toxikologie ...................................................................................................................................... 18 Recherche zur Toxikologie .............................................................................................................. 18 Recherche von Patenten ................................................................................................................... 19 Patentanalyse .................................................................................................................................... 20 Internetadressen zu Chemie, Biologie, Medizin, Pharmazie, Toxikologie und Patenten ................ 21 Seite 2 Informationsquellen Originalschriften wie Beiträge in Fachzeitschriften, Patentschriften, Fortschrittsberichte, Konferenzberichte, Firmenschriften, Reports, Diplom- und Doktorarbeiten (Primärliteratur) Referate, d.h. Literatur, die Zusammenfassungen von Originalschriften und einen dazugehörigen Index (Stichwortsammlung) enthält (oft auch Sekundärliteratur genannt) Titelsammlungen von Schnellinformationsdiensten enthalten nur bibliographische Angaben und Titel von Originalschriften Zitatsammlungen erlauben Zugriff auf zitierte und zitierende Literatur Handbücher und Enzyklopädien, Übersichtsartikel (Reviews) haben Primärliteratur zur Grundlage (oft auch Tertiärliteratur genannt) Tabellenwerke zum Nachschlagen von Zahlenwerten Anleitungsbücher zur Herstellung von Präparaten Monographien und Spezialwerke behandeln Einzelgebiete wie Explosivstoffe, Pflanzengifte (oft nur drei Jahre aktuell) Lehrbücher Nachschlagewerke wie Wörterbücher der Chemie, Firmenkataloge, Lexika, Werke über Nomenklaturregeln Originalschriften bestehen aus folgenden Abschnitten Zusammenfassung Einleitung Material und Methoden Ergebnis Diskussion zitierte Literatur Die Reihenfolge der Abschnitte kann variieren. Ein Patent ist ein gewerbliches Schutzrecht und wirkt gegen die Öffentlichkeit basiert auf Gesetzen gilt für bestimmte nationale / internationale Bereiche untersagt Dritten, den im Patent geschützten Gegenstand gewerblich zu nutzen Patente enthalten folgende Informationen Patentamt, Titel, Erfinder, Patentanmelder, Anmeldedatum, Priorität (= Datum der ersten Anmeldung), Art Gebiet der Erfindung, Stand der Technik, Beschreibung der Erfindung, gewerbliche Anwendbarkeit, Beispiele und Patentansprüche Literatur vom Erfinder genannt Literatur vom Prüfer genannt .Prüfbericht Graue Literatur kann nicht im normalen Buchhandel erworben werden hat einen geringen Verbreitungsgrad und eine geringe Stückzahl Dazu gehören zum Beispiel Doktorarbeiten, Firmenschriften und Tätigkeitsberichte von Forschungsinstitutionen (Reports) Seite 3 Allgemeines zur Online - Recherche Für die Suche in Online Datenbanken werden ein PC mit Modem oder ISDN Karte, eine Telefonleitung und Kommunikationssoftware benötigt. Ein Host – Datenbankanbieter – stellt verschiedene Datenbanken auf seinem Rechner zur Verfügung. Das Recherchieren in den Datenbanken und das Herunterladen von Dokumenten sind kostenpflichtig, deshalb werden auch eine Login-ID und ein Passwort benötigt. Für die Benutzung der Datenbank gibt es eine Host spezifische Retrievalsprache (= Computerbefehle). Der Host STN International verwendet die Sprache Messenger. Die wichtigsten Grundbefehle sind File Datenbankname (lädt eine Datenbank) Expand Begriff / Feld (ermöglicht einen Blick in den Index eines Feldes) Search Begriff (sucht einen Begriff im Basic Index, wenn kein spezielles Feld angegeben ist) Display L-Nummer Felder Antwortnummern (zeigt Felder des Suchschritts L... an) Logoff (Beenden einer Sitzung; logoff hold: Antwortsatz bleibt eine Stunde gespeichert) Weitere Einzelheiten zur Retrievalsprache und weitere Kommandos können im Internet von der Homepage von STN International (http://www.stn-international.de/) heruntergeladen werden. Für die Suche gibt es Trunkierungsmöglichkeiten: ? wird für Rechts- oder Linkstrunkierung eingesetzt und erlaubt beliebig viele Zeichen, # erlaubt ein oder kein Zeichen, ! wird zur Trunkierung innerhalb eines Wortes eingesetzt und ist ein Platzhalter für ein Zeichen. Für die Verknüpfung von Suchbegriffen stehen Boole’sche Operatoren: and, or, not und Abstandoperatoren: (w) (a) (s) (p) (l) zur Verfügung. Datenbanken sind unterschiedlich aufgebaut. Das Fact Sheet einer Datenbank enthält eine Beschreibung und spezielle Such- und Anzeigemöglichkeiten der Datenbank. Fact Sheets können kostenlos aus dem Internet heruntergeladen werden. Für eine Online Recherche in einer Datenbank wird die Suchstrategie offline erstellt und in einer Datei (Upload Datei) gespeichert. Während der Online Sitzung wird die Upload Datei in einen Editor der Kommunikationssoftware geladen und zeilenweise abgeschickt. Die gesamte Sitzung wird in einer separaten Datei simultan mitgespeichert (Download Datei). Seite 4 Stichwortrecherche Für eine Stichwortrecherche gibt es zwei Vorgehensweisen: 1. Komponentenzerlegung - Die Fragestellung wird in einzelne Komponenten zerlegt. - Jeder Komponente werden Begriffe zugeordnet. - Die Begriffe werden mit einem Fachwörterbuch übersetzt, Synonyme werden ermittelt. Wortflexionen und gegebenenfalls Datenbank spezifische Abkürzungen werden berücksichtigt ebenso Klassifikationscodes und Deskriptoren. - Die Suchschritte werden in der Retrievalsprache aufgelistet, dabei wird die Beziehung der Komponenten untereinander durch Boolesche Operatoren oder Abstandsoperatoren festgelegt. 2. Zitatsuche - Es wird ein zur Fragestellung passendes Dokument gesucht. - Fachbegriffe werden dem Dokument entnommen und eine erste Suchstrategie wird aufgestellt. - Bei einer Vorrecherche mit dieser Suchstrategie werden Dokumente im kostengünstigen Format heruntergeladen (Chemical Abstracts: display scan) - Weitere Fachbegriffe, Abkürzungen, Deskriptoren und Klassifikationscodes werden diesen ersten Dokumenten entnommen. - Die Suchstrategie wird weiter variiert und optimiert. Bei einer Recherche sollten beide Strategien gleichzeitig angewandt werden. Recherche von Namen Namen von Firmen und Autoren werden unterschiedlich in eine Datenbank aufgenommen. Deshalb müssen die verschiedenen Schreibweisen durch einen Blick in den Index des entsprechenden Feldes ermittelt und gesucht werden (expand housey g/au; search e4-e6). Seite 5 Chemie Das Fach Chemie befasst sich mit der Herstellung von Stoffen und ihrer Anwendung. Zu den organischen Verbindungen werden alle Verbindungen des Kohlenstoffs (Symbol: C) gezählt bis auf die Wasserstoff freien Chalkogenide (CO, CO2 und CS2), elementarer Kohlenstoff ( C ), salzartige Carbide (Al4C3) und Metallcarbonyle (Ni(CO)4). Ethanol (CH3 – CH2 – OH) ist ein Beispiel für ein einfaches organisches Molekül. Organische Moleküle haben u.a. als Proteine (Eiweiße) und als DNA (Träger der genetischen Erbinformation) eine wichtige Rolle in der belebten Natur. Dabei ist ein Protein ein Polymer aus Aminosäuren und die DNA (Desoxyribonukleinsäure) ein Polymer aus Nukleinsäuren. Eine Nukleinsäure ist eine Verbindung aus Phosphorsäure, Zucker (Desoxyribose) und einer Nukleobase (Adenin, Cytosin, Guanin oder Thymin). Zu den synthetischen organischen Verbindungen zählen zum Beispiel Kunststoffe wie Polyvinylchlorid (PVC). Zu den anorganischen Verbindungen werden alle Elemente und die Verbindungen gerechnet, die nicht zur organischen Chemie gehören. NaCl (Kochsalz) ist ein Beispiel für ein einfaches anorganisches Molekül, zu den anorganischen Kunststoffen zählen die Polysiloxane, die aus einem Grundgerüst von -Si-O- Verbindungen bestehen. Metallorganische Verbindungen wie Diethylzink (H3C-CH2-Zn-CH2-CH3) gehören sowohl zu den anorganischen als auch zu den organischen Verbindungen. Die physikalische Chemie befasst sich mit physikalischen Erscheinungen bei chemischen Vorgängen und untersucht den Einfluss physikalischer Einwirkung auf chemische Vorgänge. Die technische Chemie befasst sich mit der Durchführung von chemischen Reaktionen im technischen Maßstab (Großanlagen). Die Biochemie umfasst den chemischen Aufbau von Lebewesen und das Zusammenwirken der daran beteiligten Verbindungen. In der analytischen Chemie werden chemische Verbindungen aus einem Stoffgemisch getrennt, gereinigt und bestimmt. Man unterscheidet Analyt (englisch analyt) als Substanz, die qualitativ oder quantitativ bestimmt werden soll, Reagenz (englisch reagent) als Chemikalie von besonderer Reinheit für den Nachweis des Analyten und die Matrix (englisch matrix) als Medium, in dem der Analyt bestimmt werden soll. Bei einer chemischen Reaktion werden Ausgangsstoffe (= Edukte, Reaktanten; englisch reactant, educt) mit Hilfe eines Reaktionspartners (englisch reaction partner), manchmal mit Zusatz eines Katalysators (englisch catalyst) in Reaktionsprodukte (englsich product) und Nebenprodukte (englisch by-product) umgewandelt. Unter einem Lösemittel (englisch solvent) versteht man anorganische oder organische Flüssigkeiten, die andere gasförmige, flüssige oder feste Stoffe lösen können. Ein Derivat (von lat. derivare = ableiten) ist ein Abkömmling einer chemischen Verbindung und steht in einem engen chemischen Verwandtschaftsgrad zur Grundsubstanz. Seite 6 Im Periodensystem sind die Symbole der chemischen Elemente mit steigender Ordnungszahl aufgelistet. Mehrere Elemente werden zu Gruppen zusammengefasst: erste bis achte Hauptgruppe (I - VIII), Akalimetalle (I), Erdalkalimetalle (II), Chalkogene (VI), Halogene (VII), Edelgase (VIII), erste bis achte Nebengruppe (Ib-VIIIb), Übergangsmetalle (Ordnungszahl: 21-30, 39-48, 57-80, 89-103), Lanthanoide (57-71) und Actinoide (69-103). Seite 7 Chemical Abstracts Service - Recherche von chemischen Verbindungen Der Chemical Abstracts Service (CAS) ist ein Referatedienst für Publikationen in der Chemie, der strukturbezogene und textbezogene Datenbanken herstellt. Registry ist eine wichtige strukturbezogene Datenbank, die alle Arten von chemischen, in der Literatur beschriebenen Verbindungen abdeckt einschließlich Legierungen, Biosequenzen, Koordinationsverbindungen, Mineralien, Gemische, Polymere und Salze. Sie enthält die CAS – Registernummer (CAS Registry Number), die der Chemical Abstracts Service jeder neuen Verbindung zuordnet. Diese Nummer ist an ihrem Aufbau zu erkennen: nach bis zu sechs Ziffern folgt ein Bindestrich, dann folgen zwei Ziffern und wiederum ein Bindestrich, gefolgt von einer Prüfziffer, Beispiel: Wasser: 7732-18-5; sie gibt keine Informationen über den Aufbau der Substanz. Die Datenbank Registry enthält weiterhin u.a. die systematischen chemischen Namen, alle Trivial- und Handelsnamen und auch die Struktur der chemischen Verbindungen. Eine Verbindung kann über ihren Namen, über ihre Registernummer und über ihre Summenformel gesucht werden. Der Suche mit dem Namen einer Verbindung geht der Blick in den Index des Feldes cn (Chemical Name) voraus (expand penicillin/cn; search e4). Die Registernummer wird im Feld rn (Registry Number) gesucht (search 113-98-4/rn). Die Summenformel wird im Feld mf (Molecular Formula) gesucht (search C6H12O4/mf). Da eine Summenformel nur die Art und die Anzahl der Atome einer Verbindung enthält und nichts über die Struktur aussagt, kann die Suche nach der Summenformel auch zu Verbindungen mit unterschiedlichen Strukturen führen. Es können entweder die exakte Struktur oder Salze und Gemische bzw. Derivate gesucht werden. Für die Suche auch nach Salzen, Gemischen und Derivaten wird die Strukturformel mit dem Befehl „STRUCTURE Registernummer“ in den Arbeitsspeicher des Hostrechners geladen. Der Befehl search fam full (full = gesamte Datenbank) führt eine Family Suche durch und umfasst auch Salze und Gemische, mit search sss full wird eine Substruktursuche durchgeführt, und es werden auch Derivate mit einbezogen. Eine chemische Verbindung kann aber auch über ihre graphische Strukturformel gesucht werden. Beim Host STN gibt es verschiedene Möglichkeiten, Strukturen für die Recherche aufzubauen, hier werden zwei vorgestellt. Einmal kann eine Struktur offline (d.h. ohne Verbindung zum Hostrechner) mit einem speziellen Editor gezeichnet werden; bei STN enthält die Software „STN Express“ ein entsprechendes Zeichenprogramm. Sie kann aber auch online mit dem Befehl „STRUCTURE Registernummer“ in den Arbeitsspeicher des STN-Hostrechners geladen werden und dann online weiter gezeichnet und verändert werden; dazu gibt es verschiedene Befehle. Die Suche in der Datenbank Registry kann nun auf drei Arten erfolgen: wenn nur die gezeichnete Struktur gesucht werden soll, wird eine exakte Suche durchgeführt: search exa full; eine Family Suche umfasst auch Salze und Gemische: search fam full und bei der Substruktursuche werden auch Derivate mit einbezogen: search sss full. Seite 8 Die Datenbank Chemical Abstracts (CA) gehört zu den textbezogenen Datenbanken und enthält Beiträge aus den allen Gebieten der Chemie und technischen Chemie seit 1907. Bei STN wird die Datenbank mit unterschiedlichem Abrechnungsmodus und unterschiedlicher Aktualisierung angeboten: „CA“ wird wöchentlich, „CAplus“ wird täglich aktualisiert. „HCA“ hat hohe Anschaltkosten und keine Suchtermgebühren, „CA“ hat niedrigere Anschaltkosten und Suchtermgebühren, „ZCA“ hat keine Anschaltkosten und hohe Suchtermgebühren. „Caplus“ enthält weitere in „CA“ nicht berücksichtigte Dokumenttypen wie zum Beispiel Editorials, Briefe an den Herausgeber und Abstracts von Meetings. Häufig verwendete Begriffe werden abgekürzt, preparation zum Beispiel mit prepn, prepared mit pred und preparing mit prepg. Die Abkürzungen sind datenbankspezifisch und eine Liste der Abkürzungen kann im Internet von der Homepage des Chemical Abstract Service heruntergeladen werden. Der Inhalt der Referate wird festgelegtem Vokabular (Controlled Terms) zugeordnet, das hierarchisch aufgebaut ist und online dem CA - Lexikon entnommen werden kann. Mit „expand dyes+all/ct“ werden der CT-Term „dye“ und die zugehörigen Hierarchiestufen angezeigt. Das Feld CO vereinigt die Einträge der Felder CS (Corporate Source) und PA (Patent Assignee) und enthält Firmennamen in verschiedenen Schreibweisen. Mit expand Firmenname/co wird eine Liste angezeigt. Der Haupteintrag (Eintrag mit den meisten Additiobnal Terms) enthält die Firmengeschichte, Tocherfirmen, Merger und Acqusisitonen (expand FirmennameHaupteintrag+all/co) Mit Hilfe von CAS Roles können Antwortsätze einer Suche nach Verbindungen weiter eingeschränkt werden. Dabei gibt es spezielle Roles, die aus drei Buchstaben bestehen, und Super – Roles mit vier Buchstaben, die sich auf eine Gruppe von speziellen Roles beziehen; zum Beispiel umfasst Super – Role PREP (Preparation) unter anderem BMF (Bioindustrial Manufacture), PNU (Preparation, Unclassified) und SPN (Synthetic Preparation). Die Suche erfolgt mit dem Befehl „search L3 (L) prep/rl, wobei L3 eine Antwortnummer einer Recherche nach Verbindungen ist. Da eine chemische Verbindung mehrere systematische Namen und auch Handels- und Trivialnamen besitzen kann, müssen. für eine möglichst vollständige Recherche von Publikationen zu einer Substanz alle Namen und auch die CAS – Registry Nummer berücksichtigt werden. Dazu werden in der Datenbank Registry alle chemischen Namen und die CAS - Registernummer ermittelt. Mit einem einfachen Computerbefehl (select chem) werden Namen und Nummer in den Arbeitsspeicher des Hostrechners geladen und nach dem Wechsel in die Datenbank Chemical Abstracts gesucht (search e1-e13). Die erhaltenen Antwortsätze können nun weiter eingeschränkt werden. Polymere werden durch ihren Aufbau unterschieden: Homoolymere bestehen aus einem Monomer, Copolymere werden aus verschiedenen Monomeren aufgebaut. Copolymere gleicher Struktur, aber hergestellt aus unterschiedlichen Monomeren, haben verschiedene CAS-Registernummern, die durch den Befehl Polylink CAS-Nummer in der Datenbank Registry erhalten werden können Seite 9 Chemische Handbücher und Lexika Das Beilstein Handbuch der organischen Chemie, Beilstein Informationssysteme GmbH, ist das umfangreichste Handbuch der organischen Chemie und enthält alle in der wissenschaftlichen Literatur abgehandelten Kohlenstoff haltigen Verbindungen seit 1779, die exakt beschrieben sind. Von jeder Verbindung werden Zusammensetzung und Struktur, natürliches Vorkommen und Gewinnung aus Naturprodukten, Herstellung, Bildung und Reinigung, Energiegrößen des Moleküls, physikalische Eigenschaften, chemisches Verhalten, Salze und Additionsverbindungen, toxikologische und pharmakologische Daten aufgenommen. Zur Erstellung des Handbuchs wird die gesamte relevante wissenschaftliche Originalliteratur ausgewertet, die Angaben werden kritisch geprüft und mit einer detaillierten Quellenangabe versehen. Das Handbuch ermöglicht so den direkten Zugriff auf Primärdaten. Der „Beilstein“ liegt als gleichnamige Fakten/Strukturdatenbank bei STN auf. Die Substanzen sind nicht nur über ihren Namen oder ihre Registernummer, sondern auch über ihre Struktur recherchierbar. Aufgrund der speziellen Preisstruktur, bei der eine Gebühr für jedes einzelne angezeigte Feld berechnet wird und da zu einer Verbindung mehr als 100 Felder belegt sein können, sollten nicht immer alle Felder mit „display all“ angezeigt werden, sondern die anzuzeigenden Felder sollten sorgfältig ausgewählt werden („Display FA“ zeigt die belegten Felder einer Verbindung an). Das umfangreichste Sammelwerk der anorganischen Chemie ist das Gmelin Handbook of Inorganic Chemistry, das Daten zu anorganischen und metallorganischen Verbindungen seit 1817 enthält. Es liegt in gedruckter Form vor und ist wie der Beilstein bei STN in einer Datenbank recherchierbar. Das sechsbändige Römpp Chemie Lexikon, Georg Thieme Verlag, umfasst 35 Fachgebiete: neben allen Disziplinen der Chemie sind auch Informationen zur Biologie, Medizin und Pharmazie sowie Arbeitssicherheit, Firmenporträts, Gesetzgebung, Pflanzenschutz und Warenzeichen enthalten. Es ist gedruckt und als CD erhältlich. Ullmanns Enzyklopädie der industriellen Chemie, Verlag Wiley VCH, gibt es seit 1914. Die Sammlung enthält Informationen zu Chemietechnik, industrieller Sicherheit und analytischen Methoden. Die fünfte Ausgabe (= die erste englisch sprachige) wurde von 1985-1996 herausgegeben und umfasst 37 Bände, der Indexband enthält 80 000 Stichwörter. Die elektronische Ausgabe des Ullmann wird jährlich aktualisiert. Seite 10 Biologie Die Biologie ist die Lehre von den Lebewesen. Man unterscheidet Anthropologie, Botanik, Zoologie und Mikrobiologie (= Biologie von Mikroorganismen wie Bakterien, Pilze, Hefen, Viren und Mikroalgen). Bei der Biotechnologie (= angewandte Mikrobiologie) werden Stoffwechselprozesse in großtechnischen Anlagen genutzt. Beispiel: Bierbrauen mit Hefen Die Molekularbiologie befasst sich mit Lebenserscheinungen im Molekülbereich. Hier werden Aufbau und Funktion zum Beispiel von Proteinen, DNA, Nervensystem, Membranen und Zellen untersucht. Biosciences Information Service Der Biosciences Information Service (BIOSIS) bietet eine der größten Sammlungen von Abstracts und bibliographischen Daten auf dem Gebiet der Biologie und der Medizin. Die Biological Abstracts/Reports, Reviews, Meetings gibt es als Print Version, als CD und als Online Datenbank (Biosis Previews) z. Bsp. bei STN. Das kontrollierte Vokabular verwendet Fachbezeichnungen u.a. aus der Chemie, der Geographie, der Medizin (medical Subject Headings) und der Archäologie. Das Feld ORGN enthält taxonomische (lateinische) und umgangssprachliche Namen für Lebewesen und Bezeichnungen aus der taxonomischen Hierarchie. In der Datenbank Biosis zeigt ein Blick in den Index des Feldes ORGN die taxonomische Hierarchie (expand Name+all/orgn). Taxonomie im Internet Die hierarchische Struktur der Lebewesen kann im Internet kostenlos unter http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Taxonomy angezeigt werden. Hier wird nicht nur die Baumstruktur der taxonomischen Bezeichnungen dargestellt, sondern es werden auch Synonyme der umgangssprachlichen Bezeichnungen aufgenommen. Hyperlinks verweisen auf Beiträge beispielsweise zum Genom der betreffenden Spezies aus anderen Datenbanken. Seite 11 Recherche von Biosequenzen Bei STN gibt es drei Datenbanken, die Biosequenzen (Aminosäure- bzw. Nukleinsäuresequenzen) enthalten. Dies sind die Datenbanken Genbank des National Center for Biotechnology Information (NCBI), Derwent Geneseq (DGene) von Derwent und Registry des Chemical Abstracts Service. Einzelne Aminosäuren werden in ihren Sequenzen entweder durch einen Drei oder einen Ein - Buchstabencode, einzelne Nukleinsäuren werden durch einen Ein – Buchstabencode abgekürzt. Die Recherche der Biosequenzen kann über ihren Namen erfolgen (z. Bsp können die Sequenzen von Stärke spaltenden Enzymen über das Stichwort „amylase“ gefunden werden). Mit einer vorgegebenen Sequenz kann in Genbank bei STN nicht recherchiert werden, in Registry und auch in DGene ist dies jedoch möglich. Dabei wird die Suchsequenz mit den in der Datenbank vorhandenen Sequenzen entweder „Buchstabe für Buchstabe“ verglichen oder es wird eine Ähnlichkeitssuche durchgeführt. Die Ähnlichkeit wird nach einem mathematischen Modell (= Algorithmus) ermittelt; in Registry wird der BLAST - Algorithmus verwendet, in DGene stehen wahlweise FASTA - oder BLAST - Algorithmus zur Verfügung. Der Score (= Maßzahl, in die die Länge der Sequenz oder der Sequenzabschnitte und der Grad der Übereinstimmung einfließen) und das Alignment (= direkter visueller Vergleich von gesuchter und gefundener Sequenz) ermöglichen, die Übereinstimmung der gesuchten und der gefundenen Sequenz zu beurteilen. Die Trefferzahl einer Ähnlichkeitssuche hängt vom verwendeten Algorithmus ab, beim BLAST Algorithmus kann die Zahl der Treffer durch Veränderung verschiedener vorgegebener Parameter beeinflusst werden. Während DGene sowohl Sequenzen als auch bibliographische Angaben und Abstracts enthält, muss einer Sequenzsuche in Registry eine Suche in der Datenbank Genbank oder Chemical Abstracts nachgeschaltet werden, um bibliographische Angaben zu den Sequenzen zu erhalten. Das Crossover von Registry zu anderen Datenbanken erfolgt mit der CAS Registernummer. Biologie Lexikon Das Lexikon der Biologie, Spektrum Akademischer Verlag, enthält neben Beiträgen aus der Pflanzenkunde, der Zoologie und der Mikrobiologie auch Beiträge aus Molekularbiologie Immunologie und Biochemie. Auch Fachgebiete wie Medizin, Pharmakologie und Ernährungswissenschaft werden berücksichtigt. Es besteht aus 14 Bänden und einem Registerband, ist gedruckt und als CD erhältlich. Seite 12 Pharmazie Die Pharmazie ist die Arzneimittelkunde und beschäftigt sich mit der Herkunft, Beschaffenheit, Darstellung, Verarbeitung und Prüfung von Arzneimitteln. Man unterscheidet pharmazeutische Chemie, pharmazeutische Biologie, pharmazeutische Technologie und Pharmakologie. Die pharmazeutische Chemie befasst sich mit der Zusammensetzung, dem chemischen Verhalten, der Analyse und der Synthese von Wirkstoffen und Arzneimittelhilfsstoffen. Die Gewinnung von arzneilich verwendeten Naturstoffen und die Herstellung von Diagnostika gehören auch zur pharmazeutische Chemie. Die pharmazeutische Biologie untersucht die biologischen Gegebenheiten der Wirkstoffe (= Drogen) liefernden Organismen (Tiere, Pflanzen, Mikroorganismen), also deren Herkunft, Anbau und Züchtung, sowie die Produktion, Gewinnung und Charakterisierung der Drogen. Die pharmazeutische Technologie (Galenik) befasst sich mit der Herstellung von Arzneimitteln im technischen Maßstab unter dem Aspekt der leichten Einnehmbarkeit und der genauen Dosierbarkeit. Die Pharmakologie ist die Lehre von den Arzneimitteln, ihrer Struktur, dem Stoffwechsel und der Wirkung. Man unterscheidet Pharmakodynamik (Wechselwirkung von Wirkstoff mit biologischem Rezeptor) und Pharmakokinetik (Resorption, Verteilung, Abbau und Ausscheidung des Wirkstoffs im Organismus). Medizin Die Medizin ist die Heilkunde und befasst sich mit Ursache, Erscheinungsform, Vorbeugung und Heilung von Krankheiten. Die medizinische Biochemie untersucht die Entstehung von Krankheiten auf molekularer Ebene und führt zur Arzneimittelentwicklung. Weiterhin sind klinische Diagnostik, Labortechnik und Medizintechnik zu nennen. Seite 13 Medline Der Index Medicus ist eine Referatesammlung in der Medizin und Pharmazie. Die Datenbestände des Index Medicus, des Dental Index und des International Nursing Index fließen in die Datenbank Medical Literature Analysis and Retrieval System Online (Medline) der amerikanischen National Library of Medicine (NLM) ein. Der Inhalt der Datenbankeinträge wird hierarchisch aufgebauten Medical Subject Headings (MeSH Terms: als Sachbezeichner oder als Ziffernfolge) zugeordnet; auch medizinische Bezeichnungen werden vereinheitlicht. Die MeSH Terms werden mit ausgewählten Subheadings oder Qualifiers verknüpft. MeSH Terms und Subheadings können den gedruckten Medical Subject Headings der National Library of Medicine entnommen werden oder auch im Internet im MeSH Browser von NLM (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/meshbrowser.cgi) recherchiert werden. In der Datenbank Medline von STN zeigt der Befehl expand Bezeichnung+all/ct die hierarchische Struktur und erlaubte Verknüpfungen der MeSH Terms an. In diesem Feld (CT) sind auch die Subheadings recherchierbar. Im Feld Document Type (DT) der Datenbank Medline von STN können unter anderem klinische Prüfungen von Medikamenten und auch Fallstudien recherchiert werden. EMBASE Eine weitere wichtige medizinische Datenbank ist die Excerpta Medica Database (EMBASE), die von Elsevier Science herausgegeben wird. Auch hier ist der Inhalt der Datenbankeinträge festgelegtem hierarchisch aufgebautem Vokabular zugeordnet, den EMTREE – Arzneimittel – und den EMTREE – Medizin – Deskriptoren. Diese stimmen nicht mit den MeSH Terms von Medline überein. Seite 14 PubMed PubMed ist eine kostenlose Internet Datenbank der National Library of Medicine (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed ). Sie enthält neben allen Datenbeständen von Medline zusätzliche Beiträge aus naturwissenschaftlichen Journals, die für Medline ausgewertet werden. In PubMed kann im Freitext, in speziellen Feldern, trunkiert, mit Phrasen oder auch mit Automatic Term Mapping gesucht werden. Weiterhin gibt es spezielle Einschränkungsmöglichkeiten (Limits) und einzelne Suchschritte können miteinander über Boole’sche Operatoren verknüpft werden. Die Suchergebnisse werden in verschiedenen Formaten angezeigt. Über den Hyperlink „LinkOut“ können die vollständigen Artikel angezeigt werden, soweit diese im Internet als Beiträge eines Online – Journals zur Verfügung stehen. Allerdings ist häufig die Subskription der Journals erforderlich, damit eine Einsicht in die vollständigen Artikel gewährt wird. Der Journal Browser (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/jrbrowser.cgi ) zeigt eine Liste der im „LinkOut“ System erfassten Online-Journals an. Für die Recherche und Anzeigemöglichkeiten in PubMed steht eine ausführliche Hilfedokumentation (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html) kostenlos zur Verfügung. Klinische Studien Es gibt spezielle Datenbanken, in denen klinische Studien auch als Volltexte recherchiert werden können. Dies sind Datenbanken von ADIS International Ltd., England (ADIS Clinical Trials Insight, ADIS R&D Insight, ADIS Newsletters), von PJB Publications Ltd., England (Pharmaprojects, Pharmaceutical & Healthcare Industry News) und von Prous Science SA, Spanien (Prous Science Drug Data Report, Prous Science Drug of the Future) .Die Suche nach klinischen Studien erfolgt als Crossfile Recherche. Seite 15 DIMDI Das Deutsche Institut für medizinische Dokumentation und Information (DIMDI) in Köln ist eine nachgeordnete Behörde des Bundesministeriums für Gesundheit und hat daher auch gesetzliche Aufgaben. Zu diesen gehören die Bereitstellung von Informationen auf dem Gesamtgebiet der Medizin und ihrer Randgebiete und die Einrichtung und der Betrieb von datenbankgestützten Informationssystemen für Arzneimittel (AMIS) und Medizinprodukte (MP) einschließlich der Herausgabe einer Nomenklatur für Medizinprodukte (Universal Medical Device Nomenclature System = UMDNS). DIMDI pflegt die Sozialdatenbank der Gesetzlichen Krankenversicherungen, die u.a. für die Erstellung von Statistiken der Krankheitsarten verwendet wird. Weiterhin übernimmt DIMDI den Aufbau einer Dokumentation und eines datenbankgestützten Informationssystems zur Bewertung medizinischer Verfahren und Technologien (Health Technology Assessment – HTA) und die Einrichtung und den Betrieb eines Informationssystems zum Lebensmittel - Monitoring. DIMDI ist auch an der Herausgabe der internationalen Klassifikation von Krankheiten, des Operationsschlüssels, der internationalen Klassifikation von Krankheiten für die Onkologie und an der deutschen Übersetzung der Medical Subject Headings beteiligt und arbeitet bei der WHO (World Health Organsation) an der Herausgabe der ATC- (anatomisch-therapeutsich-chemischen) Klassifikation für Wirkstoffe mit. Als Host bietet DIMDI Datenbanken aus den Bereichen Medizin, Gesundheit, Pharmakologie, Arzneimittel, Toxikologie, Gentechnik, Biologie, Biochemie, Ökologie, Psychologie und Soziologie an. In der Datenbank AMIS-öffentlicher Teil vom Bundesamt für Arzneimittel und Medizinprodukte können Informationen zu Fertigarzneimitteln wie zum Beispiel Zulassungen recherchiert werden, die ABDA – Datenbanken der Arbeitsgemeinschaft der Berufsvertretungen deutscher Apotheker enthalten u. a. Informationen über Indikationen, Nebenwirkungen und Wechselwirkungen von Wirkstoffen und Fertigarzneimitteln, sowie tagesaktuelle Informationen zu Änderungen, Neuerungen und Rückrufen auf dem Arzneimittelmarkt. Die DAHTA Datenbank enthält die in Deutschland erstellten HTA-Berichte und Projekte der Deutschen Agentur für Health Technology Assessment des DIMDI sowie anderer Institutionen im deutschen Gesundheitswesen wie der Bundesärztekammer oder der Bundessauschüsse im deutschen Gesundheitswesen. Die Datenbank DIQ (Dokumentations- und Informationssystem Qualitätssicherung) - Projekte der AQS (Arbeitsgemeinschaft zur Förderung der Qualitätssicherung in der Medizin) enthält Projekte zum Thema Qualitätssicherung aus den medizinischen Fachbereichen. Die Recherche erfolgt entweder über die grips – WebSearch im Internet, bei der einige Datenbanken (u.a. auch Medline, DAHTA) kostenlos zur Verfügung stehen, oder über DATEX-P oder INTERNET/TELNET, bei der die Retrievalsprache GRIPS verwendet wird. Seite 16 Handbücher und Lexika in Medizin und Pharmazie Die erste Ausgabe von Hagers Handbuch der Pharmazeutischen Praxis wurde 1876 herausgegeben. Das heute 16 bändige Handbuch enthält Beiträge zu Waren und Dienste (Krankenpflege, Pflanzenschutz und Kindernährmittel), zu Methoden der pharmazeutischen Technologie und Analytik und zu Giften. Die Beiträge zu Drogen und Stoffen umfassen gedruckt 10 Bände und sind als CD erhältlich. Das Merck Manual of Diagnosis and Therapy der Firma Merck, Sharp & Dohme, New Jersey, gibt es seit 1899. Es ist ein medizinisches Handbuch über Krankheiten, in dem sowohl Ursache und Therapie von Krankheiten als auch Wirkung und Wechselwirkung von Medikamenten beschrieben werden. Es ist gedruckt erhältlich und im Internet unter der Adresse http://www.merck.com/pubs/mmanual/ kostenfrei zugänglich. Das deutsche Pschyrembel Klinisches Wörterbuch, Walter de Gruyter Verlag, Berlin wird seit 1894 herausgegeben und enthält Stichwörter aus dem klinischen Bereich, wie z. Bsp. Krankheiten und ihre Symptome, Diagnose und Therapiemöglichkeiten, Medikamente und auch Grundlagen, Zusammenhänge und Einzelaspekte von medizinischen Themen. Es ist gedruckt, als CD und als Online Version erhältlich. Die Rote Liste, Editio Cantor Verlag, Aulendorf ist ein Verzeichnis von Fertigarzneimitteln für Deutschland und umfasst auch europäische Zulassungen und bestimmte Medizinprodukte. Sie enthält die Zusammensetzung, Anwendung, Dosierung, Darreichungsform, Gegenanzeigen, Nebenwirkungen und Wechselwirkungen von Arzneimitteln. Sie liegt gedruckt und als CD vor. Das Deutsche Arzneibuch (DAB) ist eine Sammlung anerkannter pharmazeutischer Regeln über Qualität, Prüfung, Lagerung, Abgabe und Bezeichnung, sowie Zubereitung und Dosierung von Arzneimitteln. Das europäische Arzneibuch ist darin integriert. Seite 17 Toxikologie Die Toxikologie beschäftigt sich mit der Wirkung von Schadstoffen auf alle lebenden Organismen (zum Beispiel Pflanzentoxikologie, Ökotoxikologie, Humantoxikologie). Sie ist auch ein Teilgebiet der Pharmakologie und befasst sich mit dem Stoffwechsel und der Wirkungsweise von Giftstoffen, der Behandlungsmöglichkeit von Vergiftungen und dem gerichtlichen Nachweis von Giften (forensische Chemie). Toxikologische Prüfungen müssen durchgeführt werden vor dem Inverkehrbringen von Substanzen aus den Bereichen Kosmetik, Arzneimittel, Lebensmittel, Waschmittel, Pflanzenschutzmittel, Tierfuttermittel und Chemikalien. Die toxische Wirkung kann akut oder chronisch sein, fruchtschädigend und zu Missbildungen führend (teratogen), haut- und augenreizend, allergisierend, krebserregend (cancerogen, carcinogen) oder genetische Information verändernd (mutagen, genotoxisch). Recherche zur Toxikologie Die Toxikologie ist als Teilgebiet der Chemie, Pharmazie, Medizin, Biologie und Ökologie in vielen verschiedenen Datenbanken berücksichtigt. Bei STN sind mehr als 40 Datenbanken mit toxikologischem Inhalt zu einem Cluster zusammengefasst. Bevor eine Suche in allen 40 Datenbanken gleichzeitig durchgeführt wird, sollte man durch einen kostengünstigeren Blick in den Index relevante Datenbanken ermitteln. Durch Index Clustername wird die Datenbank STNINDEX aufgerufen. Dort kann mit search Stichwörter auch ein mehrzeiliges Frageprofil gesucht werden. Beim Hostrechner wird allerdings die Suche nicht explizit durchgeführt, sondern es wird nur in den Index der jeweiligen Datenbanken geschaut. In der Antwort wird angegeben, in welcher Datenbank wie viele Einträge des jeweiligen Stichworts vorhanden sind. Für die nachgeordnete explizite Suche werden anschließend nur diejenigen Datenbanken mit fil Datenbankname ausgewählt, die viele Einträge der Stichwörter besitzen. Die Datenbank TOXCENTER des Chemical Abstract Service setzt sich aus den toxikologischen Segmenten der Datenbanken Biosis, CAplus, IPA (International Pharmaceutical Abstracts) und Medline zusammen. Einzelne für diese Ursprungsdatenbanken spezifischen Felder wurden in die neue Datenbank übernommen, so dass eine Suche in diesen Feldern nur zu Dokumenten aus dieser Ursprungsdatenbank führt. So ergibt zum Beispiel die Suche im Feld ORGN der Datenbank TOXCENTER nur Dokumente des Segments der Datenbank BIOSIS, die als einzige dieses Feld enthält. Der Antwortsatz der Datenbank TOXCENTER kann Dubletten enthalten, die mit dem Befehl duplicate remove entfernt werden. Seite 18 Recherche von Patenten Patente enthalten neben der ausführlichen Beschreibung der Erfindung, ihrer Anwendung und den Patentansprüchen auch Angaben über Erfinder, Anmelder, Anmelde- und Veröffentlichungsdatum, sowie Anmelde- und Publikationsnummer noch weitere wichtige Informationen, nämlich den internationalen Patentklassifikationscode (IPC) und den Rechtsstand. Die jeweiligen Patentämter ordnen den Inhalt der Patente einem internationalen Klassifikationscode (IPC) zu. Die Patentklassen sind hierarchisch geordnet und bestehen aus ungefähr 69 000 Unterkategorien. Seit der Version 8, die ab 2006 gültig ist, gibt es zwei Ebenen, die unterschiedlich aktualisiert werden: die Basisversion (Core Level IPC) wird alle 3 Jahre, die Vollversion (Advanced Level IPC) alle 3 Monate überarbeitet, um neue Technologien zu berücksichtigen. Es gibt acht Sektionen, dargestellt durch einen Buchstaben (A) Täglicher Lebensbedarf (B) Arbeitsverfahren; Transportieren (C) Chemie; Hüttenwesen (D) Textil;Papier (E) Bauwesen; Bergbau (F) Maschinenbau; Beleuchtung; Heizung; Waffen (G) Physik (H) Elektrotechnik Diese Sektionen werden, wie im Beispiel gezeigt, weiter unterteilt: Sektion: A / Täglicher Lebensbedarf Klasse: A61 / Medizin oder Tiermedizin; Hygiene Unterklasse: A61P / Therapeutische Aktivität von chemischen Verbindungen oder medizinischen Zubereitungen Gruppe: A61P31-00 / Antiinfektiöse Mittel, z.B. Antibiotika, Antispetika, Chemotherapeutika Untergruppe: A61P31-18 / gegen HIV Die Patentklassen können einem Print Medium oder der CD-Rom der WIPO (World Intellectual Property Organisation) entnommen oder im Internet kostenfrei bei http://www.wipo.int/classifications/fulltext/new_ipc/index.htm recherchiert werden. Für die IPC – Datenbank von Fiz Technik braucht man eine Login-ID. Der Rechtsstand (engl. legal status) eines Patents gibt Auskunft über den Stand des Verfahrens von der Offenlegung eines Patents bis zur Erteilung und auch darüber, ob eine Patenterteilung nicht mehr rechtskräftig ist, weil zum Beispiel Gebühren nicht gezahlt worden sind. Er wird überwacht, damit zum Beispiel fristgerecht nach einer Patenterteilung Einspruch erhoben werden kann. Die Art oder der Typ eines Patents (engl. patent kind) wird gekennzeichnet durch einen Buchstabencode hinter der Patentnummer (das Patent DE 10210941 A ist eine angemeldete deutsche Patentschrift). Die Bedeutung der Buchstabencodes ist abhängig vom Patentamt, bei dem das Patent angemeldet ist, so heißt A im allgemeinen angemeldetes Patent, B erteiltes Patent zum Beispiel bei europäischen Patenten, deutschen erteilten Patenten wird der Buchstabe C zugeordnet. Während die Art eines Patentes auch im World Patents Index recherchiert werden kann, kann der ausführliche Rechtsstand in der Datenbank INPADOC des europäischen Patentamts ermittelt werden. Der Rechtsstand wird durch einen kombinierten Buchstabenzahlencode verschlüsselt. Ausgewählte Codes und ihre Bedeutung finden sich im Internet unter http://www.european-patentoffice.org/inpadoc/prs_description.htm . Seite 19 Bei STN gibt es verschiedene Datenbanken, die Patentanmeldungen und erteilte Patente nur vom deutschen, europäischen, japanischen oder US-amerikanischen Patentamt oder der WIPO enthalten. Die Patentdokumente liegen bei einigen Datenbanken als Volltexte vor. Die Datenbank World Patents Index (WPIndex) des englischen Datenbankherstellers Derwent enthält Abstracts von Patenten von 40 Patentämtern weltweit. Titel und Abstract der aufgenommenen Patente werden neu und kommentiert geschrieben. Neben den Internationalen Patent Klassifikationen, die von den Patentämtern vergeben werden, werden den Patentbeschreibungen weitere Derwent spezifische Klassifikationscodes zugeordnet. Patente, die zu einer Patentfamilie gehören, erhalten einen gemeinsamen Eintrag in der Datenbank. Bei neu hinzukommenden Mitgliedern wird das Feld Patent Information (PI) aktualisiert. Wegen der unterschiedlichen Schreibweise von Firmennamen erhalten größere Firmen einen vierstelligen individuellen Code (Patent Assignee Code = PACO), der auch bei Namensänderung erhalten bleibt. Dieser lässt sich durch den Blick in den Index des Feldes PACO mit dem Firmennamen (expand Firmenname +all/paco) ermitteln. Kleinere Firmen bekommen auch einen Code zugeteilt, jedoch erhalten mehrere Firmen den gleichen Code. Deshalb ist er bei kleineren Firmen nicht spezifisch. Man erkennt ihn daran, dass der vierstellige Code durch „-N“ ergänzt wird. Die Endung „-I“ eines PACOs deutet darauf hin, dass hier Erfindernamen zusammengefasst wurden. Mit dem Befehl expand Patent Assignee Code +def/paco wird die Liste der Firmen angezeigt, denen der entsprechende PACO zugeordnet ist. Patentanalyse Die Anzahl von Patenten, die eine Firma in bestimmten Ländern in bestimmten Jahren zu bestimmten Fachgebieten anmeldet, lässt Rückschlüsse auf die Firmen aktivitäten zu. Eine Analyse eines Recherche Antwortsatzes im Hinblick auf die gefundenen Firmennamen, die Internationale Patentklassifikationen, die Bestimmungsländer und die Anmeldejahre liefert statistische Daten, die ausgewertet werden können. Bei STN stehen dazu die Befehle analyze und tabulate zur Verfügung. Mit analyze werden die Feldinhalte eines Antwortsatzes extrahiert. Es können fünf frei zu wählende Felder gleichzeitig analysiert werden, dabei kann die Zeichenlänge der Feldeinträge festgelegt werden, die berücksichtigt werden soll. Mit dem Befehl display „Antwortsatz von Analyze“ „Feld“ wird das Ergebnis der Analyse in einer einfachen Tabelle angezeigt, die unter anderem die Anzahl der Dokumente pro Feldinhalt (also zum Beispiel Anzahl der Dokumente mit einem bestimmten Anmeldejahr) enthält. Diese Tabelle kann nach Excel kopiert, dort bearbeitet und graphisch dargestellt werden. Der Befehl tabulate ermöglicht die Darstellung eines analyze – Antwortsatzes in einer Pivot Tabelle. Dazu wird die Anzahl der Dokumente bezogen auf zwei Feldinhalte gleichzeitig tabellarisch ausgegeben ( zum Beispiel Anzahl der Dokumente pro Patentanmelder und pro Anmeldejahr). Die Ausgabe muss im delimitierten Format erfolgen, damit die Tabelle anschließend in Excel in eine Pivot Tabelle oder ein Pivot Diagramm überführt werden kann. Im Internet unter http://www.stn-international.de/training_center/messenger/training/ können dazu nähere Informationen gefunden werden. Seite 20 Internetadressen zu Chemie, Biologie, Medizin, Pharmazie, Toxikologie und Patenten Chemie: Material Safety Data Sheets (MSDS) enthalten ausführliche Handhabungsvorschriften für chemische Stoffe. Die Adresse http://www.ilpi.com/msds/index.html ist eine große Linksammlung von MSDS – Datenbanken. Das ChemWeb ist mit kostenloser Anmeldung frei zugänglich und bietet Zugriff auf ChemieZeitschriften und Datenbanken. http://www.chemweb.com/ Chemiefirmen stellen sich im Internet vor und bieten ihre Produkte an, oft auch mit den zugehörigen MSDS. Chemie Wörterbücher sind unter den Adressen http://www.chemie.de/tools/dictionary/?language=d http://www.chemie.de/tools/acronym.php3?language=d zu finden. Das Wörterbuch LEO http://dict.leo.org/ ist ein technisches Wörterbuch. Biologie: Entrez ist eine Suchmaschine des National Centers for Biotechnology Information (NCBI). Von hier aus können die verschiedenen miteinander vernetzten Biologie - und Medizindatenbanken kostenfrei recherchiert werden. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/index.html . Brenda ist eine große Enzymdatenbank der Universität Köln. Sie ist für Angehörige von Universitäten und Fachhochschulen frei zugänglich und bietet u.a. auch Links auf die Datenbanken des NCBI. http://www.brenda.uni-koeln.de/ Medizin /Pharmazie: Medivista ist eine Medizin Suchmaschine von Altavista: http://www.medivista.de/ . Das Gesundheitsportal http://www.almeda.de/home/0,2674,,00.html bietet Informationen zu medizinischen Themen auf deutsch. Von der Homepage von PubMed ausgehend (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/ ) gibt es diverse weiterführende Links unter anderem unter „Consumer Health“ auf eine medizinische Enzyklopädie und auf medizinische Wörterbücher. Eine Ärzte Suchmaschine ist mit der Adresse http://www.doctoronline.de/index.asp? zu erreichen. Toxikologie: http://toxnet.nlm.nih.gov/ ist die Adresse eines Toxikologie – Netzes des NCBI. Patente: Unter http://depatisnet.dpma.de/ oder http://ep.espacenet.com/ können Patentschriften kostenlos recherchiert werden. Seite 21
