6. BAKTERIENSYSTEMATIK phylogenetische Taxonomie

phylogenetische Taxonomie
Nukleinsäuren
Zusammensetzung: G+C Gehalt
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.1 Taxonomie
Sequenzähnlichkeit: Hybridisierung
phylogenetische Taxonomie
Sequenzierung ...
16S
rRNA
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.1 Taxonomie
phylogenetische Taxonomie
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.1 Taxonomie
phylogenetische Taxonomie
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.1 Taxonomie
EUBACTERIA
phylogenetische  numerische Taxonomie
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.1 Taxonomie
Proteobacteriea
numerische Taxonomie
EUbakterien
Gram-NEGATIV
 Lithoautotrophe ( 5.4.1.1)
 Phototrophe ( 5.4.3)
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.1 Pseudomonaden
6.2.1.2 Rhizobien
6.2.1.3 Agrobacterium
6.2.1.4 freilebende N2-Fixierer
6.2.1.5 Spirillen
6.2.1.6 prosthekate Bakterien
6.2.1.7 Essigsäurebakterien
6.2.1.8 Scheidenbakterien
6.2.2 gleitende Bakterien
6.2.3 Enterobakterien (+ Verwandte)
6.2.4 Anaerobier
6.2.5 Spirochaeten
Gram-POSITIV
6.2.6 einzellige Sporenbildner
6.2.7 NICHT-sporenbildende einzellige Gärer
6.2.8 Bakterien mit hohem G+C-Gehalt (‘Actinomyceten‘)
6.2.9 Mycoplasmen
ARCHAEbakterien
 extrem Halophile
 Methanogene
 Thermo-acidophile
 Thermoplasma
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2 ausgewählte Bakteriengruppen
Abbau von Aromaten
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
1,3 oder 1,4 di-substituiert
mehrfach substituiert
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.1 Pseudomonas
einfach substituiert
1,2 di-substituiert
Abbau von Aromaten
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.1 Pseudomonas
Wurzelknöllchen
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.2 Rhizobium
Bradyrhizobium
Azorhizobium
Wurzelknöllchen
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.2 Rhizobium
Bradyrhizobium
Azorhizobium
Wurzelknöllchen
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.2 Rhizobium
Bradyrhizobium
Azorhizobium
Leghämoglobin
Pflanzen-Tumore
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.3 Agrobacterium
A. tumefaciens
A. rhizogenes
Pflanzen-Tumore
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.3 Agrobacterium
Azotobacter
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.4 freilebende N2-Fixierer
Beijerinckia
Azospirillum
Schleim
Bdellovibrio
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.5 Spirillen
intestinales
Spirillum
Lebenszyklen
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
Caulobacter
Hyphomicrobium
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.6 prosthekate Bakterien
Zuckermetabolismus
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.7 Essigsäurebakterien
nicht phosphorylativ
nicht oxidativ
Unteroxidierer
Überoxidierer
Scheiden
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.8 Scheidenbakterien
Spaerotilus
Leptothrix
Fe-Oxide
MnOxide
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
EUbakterien
Gram-NEGATIV
 Lithoautotrophe ( 5.4.1.1)
 Phototrophe ( 5.4.3)
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.1 Pseudomonaden
6.2.1.2 Rhizobien
6.2.1.3 Agrobacterium
6.2.1.4 freilebende N2-Fixierer
6.2.1.5 Spirillen
6.2.1.6 prosthekate Bakterien
6.2.1.7 Essigsäurebakterien
6.2.1.8 Scheidenbakterien
6.2.2 gleitende Bakterien
6.2.3 Enterobakterien (+ Verwandte)
6.2.4 Anaerobier
6.2.5 Spirochaeten
Gram-POSITIV
6.2.6 einzellige Sporenbildner
6.2.7 NICHT-sporenbildende einzellige Gärer
6.2.8 Bakterien mit hohem G+C-Gehalt (‘Actinomyceten‘)
6.2.9 Mycoplasmen
6.2.10
ARCHAEbakterien
6.2.10.1 extrem Halophile
6.2.10.2 Methanogene
6.2.10.3 Thermo-acidophile
6.2.10.4 Thermoplasma
6.2 ausgewählte Bakteriengruppen
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.2 gleitende Bakterien
Myxobakterien
Schwefel-Oxidierer
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.2 gleitende Bakterien
Flavobacterium johnsoniae
Myxococcus xanthus
Myxobakterien
Schwefel-Oxidierer
Myxobakterien: Lebenszyklus
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.2 gleitende Bakterien
Myxobakterien: Fruchtkörperbildung
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.2 gleitende Bakterien
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
Enterobacteriaceae
Coliforme
Escherichia
Shigella
Salmonella
meist freilebend
Enterobacter
Serratia
Proteus
Pflanzen-pathogen
Erwinia
Tier-pathogen
Yersinia
„Verwandte“
Photobacterium
Vibrio
6.2.3 Enterobakterien + Verwandte
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
Enterobacteriaceae
Coliforme
Escherichia
Shigella
Salmonella
meist freilebend
Enterobacter
Serratia
Proteus
Pflanzen-pathogen
Erwinia
Tier-pathogen
Yersinia
6.2.3 Enterobakterien + Verwandte
Proteus
„Schwärmen“
Serratia
Prodigiosin
„Verwandte“
Photobacterium
Vibrio
Photobacterium
Biolumineszenz
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
obligate Fermentierer
Sulfat- und Schwefel-Reduzierer
6.2.4 Gram-negative Anaerobier
Fusobacterium
Succinivibrio
dissimilatorische Sulfat-Reduktion
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.4 Gram-negative Anaerobier
Desulfobacter
Desulfococcus
Desulfomonas
Desulfosarcina ...
Lactat
Acetat
→ Pyruvat + H2 Lactat- Dehydrogenase
→ → .... CO2 + H2 CO- Dehydrogenase
Axialfilament
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.5 Spirochaeten
Borrelia
Treponema pallidum
Leptospira
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
EUbakterien
Gram-NEGATIV
 Lithoautotrophe ( 5.4.1.1)
 Phototrophe ( 5.4.3)
6.2.1 chemoheterotrophe Aerobier
6.2.1.1 Pseudomonaden
6.2.1.2 Rhizobien
6.2.1.3 Agrobacterium
6.2.1.4 freilebende N2-Fixierer
6.2.1.5 Spirillen
6.2.1.6 prosthekate Bakterien
6.2.1.7 Essigsäurebakterien
6.2.1.8 Scheidenbakterien
6.2.2 gleitende Bakterien
6.2.3 Enterobakterien (+ Verwandte)
6.2.4 Anaerobier
6.2.5 Spirochaeten
Gram-POSITIV
6.2.6 einzellige Sporenbildner
6.2.7 NICHT-sporenbildende einzellige Gärer
6.2.8 Bakterien mit hohem G+C-Gehalt (‘Actinomyceten‘)
6.2.9 Mycoplasmen
6.2.10
ARCHAEbakterien
6.2.10.1 extrem Halophile
6.2.10.2 Methanogene
6.2.10.3 Thermo-acidophile
6.2.10.4 Thermoplasma
6.2 ausgewählte
Bakteriengruppen
Endosporen
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.6 einzellige Endosporenbildner
Aerobe
Bacillus
Thermoactinomyces
Sporosarcina
(Sporolactobacillus)
Anaerobe
Clostridium
Desulfotomaculum
Heliobacterium
Bacillus thuringiensis
Sporen-Keimung
Bacillus polymyxa
Bacillus polymyxa
Thermoactinomyces
Bacillus circulans
Stickland-Reaktion
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.6 einzellige Endosporenbildner
Aerobe
Bacillus
Thermoactinomyces
Sporosarcina
(Sporolactobacillus)
Anaerobe
Clostridium
Desulfotomaculum
Heliobacterium
Clostridium
Fermentation von Aminosäuren
Morphologie
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.7 NICHT-sporenbildende einzellige Gärer
fakultative Gärer
Staphylococcus
obligate Gärer
Milchsäurebakterien
Kokken
Lactococcus
Enterococcus
Streptococcus
Leuconostoc
Stäbchen
Lactobacillus
Staphylococcus
Streptococcus
Lactobacillus
Gärung
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.7 NICHT-sporenbildende einzellige Gärer
fakultative Gärer
Staphylococcus
obligate Gärer
Milchsäurebakterien
Kokken
Lactococcus
Enterococcus
Streptococcus
Leuconostoc
Stäbchen
Lactobacillus
homo-
heterofermentativ
pleomorph
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.8 Bakterien mit hohem G+C-Gehalt
 Coryneforme Bakterien
Corynebacterium
Arthrobacter
 Propionibacterium
 Mycobacterium
 Streptomyces
pleomorph
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.8 Bakterien mit hohem G+C-Gehalt
 Coryneforme Bakterien
Corynebacterium
Arthrobacter
 Propionibacterium
 Mycobacterium
 Streptomyces
Arthrobacter
Mycobacterium
Ara-Gal-...
Carbolfuchsin
Isonicotinsäure-Hydrazid = INH
strikt filamentös
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.8 Bakterien mit hohem G+C-Gehalt
 Coryneforme Bakterien
Corynebacterium
Arthrobacter
Streptomyces
 Propionibacterium
 Mycobacterium
 Streptomyces
Kolonie-Querschnitt
antibiotisch
Sporen
zellwand-los
6. BAKTERIENSYSTEMATIK
6.2.9 Mycoplasmen
Mycoplasma
Ureoplasma
Acholeplasma
Pleomorphismus
Kolonieform
Mycoplasma mycoides