1 Struktur von Biomolekülen

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1 Struktur von Biomolekülen
Modul 10-202-2208
Bioinformatik von RNA- und Proteinstrukturen
Jana Hertel
Lehrstuhl Bioinformatik
8. April 2013
Jana Hertel (Lehrstuhl Bioinformatik)
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8. April 2013
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Organisatorisches
Vorlesung
08.04.2013 - 03.06.2013, Montags 12:45 - 16:00 Uhr
Seminar
24.06.2013 - 28.06.2013, Nachmittags/Abends
Praktikum
28.06.2013 - Vorbesprechung
01.07.2013 - 12.07.2013, ganztägig (ca.8h)
Alle Veranstaltungen nden im Raum 109, Härtelstr. 16-18 statt.
(Auÿnahmen werden auf unserer Website o. in der Vorlesung bekannt gegeben)
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Inhalt heute
1
4
Molekülstrukturen
Experimentell
Allgmeines
2
Strukturbestimmung
Berechnung
Struktur von RNA
Vorhersage
Primärstruktur
Sekundärstruktur
Tertiärstruktur
3
Struktur von Proteinen
Primärstruktur
Sekundärstruktur
Stukturen höherer Ordnung
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1 Molekülstruktur
.. räumliche relative Anordnung der Atome in einem Molekül.
Wie erhält man diese?
→
experimentell, präzise Berechnung, Vorhersage
Beschreibung durch:
kartesische Koordinaten
(x , y , z )
interne Koordinaten (Bindungslängen,
Bindungswinkel)
→
wohldenierte Zusammensetzung
Grundzustand
=
Zustand mit niedrigster Energie.
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2 Struktur von RNA
Primärstruktur - Bausteine der RNA:
Basen
Purine (Adenin, Guanin)
Pyrimidine (Cytosin, Uracil))
Ribose
Phosphat
Verbindung 2er Nucleotide durch
Phosphatgruppe
→
negative Ladung am Phosphatrest
Human miRNA let-7a1:
UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUA
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Sekundärstruktur von RNA
.. Interaktionen zwischen den Basen der Nukleotide
Wasserstobrückenbindungen
+ Stapelwechselwirkungen
nicht-benachbarte Basen
benachbarte Basen(paare)
Energiegewinn gering
energetisch sehr günstig
Jede der 4 Basen kann mit einer anderen Base
≤3
H2 -brückenbindungen bilden.
RNA einzelsträngig, faltet auf sich selbst.
Kanonische (Watson-Crick,
WC) Paare: Purin mit Pyrimidin; AU und GC
Wobble-Basenpaar: GU und AC
Basiselemente der Sekundärstruktur sind:
Helices, hairpin-loops,
Bulges/Interne Loops und Verzweigungsloops
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Loops
Hairpin-Loop
Loop, der Helix überbrückt
Spezialfall:extra-stabile Tetraloops thermodynam. am stabilsten
Bulges, Interne Loops
unterbrechen Helices an nicht-komplemenären Bereichen
einseitig
→
Bulge, zweiseitig
biegen, knicken Helices
→
→
Interner Loop -
Einuss auf Tertiärstruktur
Verzweigungsloops
verbinden
>2
Helices
können ungepaarte Basen enthalten
Destabiliserende Wirkung von Loops abhängig von deren Gröÿe (Anzahl
ungepaarter Basen), Sequenz und Art der Randbasenpaare.
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Tertiärstruktur von RNA
.. zusätzlicher H2 -brückenbindungen
und Stapelwechselwirkungen werden gebildet
für biologische
Aktivität vieler RNAs unabdingbar
häug Wechselwirkungen zwischen
Loops, o. zw. Loop und freien Enden
schnelle Bildung
der Sekundärstruktur aus Primärstruktur
vs. langsamere
Entstehung der Tertiärstruktur
Annahme:
Tertiärstruktur wird aus Sekundärstruktur gebildet ohne diese maÿgebliche
zu beeinussen.
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3 Struktur von Proteinen
Proteine sind Polymere, deren Bausteine 20 verschiedene Aminosäuren
(As):
Cα -Atom mit verbundenem Proton
Seitenkette
−H
−R
Carboxylgruppe
Aminogruppe
−COOH
−NH2
Primärstruktur
.. lineare Abfolge der As vom N-terminalen
zum C-terminalen Ende
Synthese katalysiert durch Ribosomen
Hydrolyse enzymatisch o. durch Kochen in
HCl o. NaOH katalyisert
Struktur und Funktion ergibt sich aus chem. Eigenschaften der Kette.
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Peptidbindung
.. Verbindung 2er Aminosäuren;
Kondensationsreaktion katalysiert durch Ribosomen
Carboxylgruppe der einen As reagiert mit Aminogruppe der anderen:
Rotation um Peptidbindung ist eingeschränkt (cis, trans).
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Sekundärstruktur
α-Helix
rechts gedrehte Spirale, 3,6 As pro Windung
stabilisert durch H2 -Brückenbindungen zw. 1. und
4. As (in Windung)
Seitenketten zeigen nach auÿen
sehr stabil
β -Faltblatt
2 Pp-ketten zieharmonikaartig verknüpft
antiparallel, parallel
Peptidgruppen - Fächern, C-Atome - Kanten
Stabilisierung durch H2 Bb zw. Peptidbindungen
Seitenketten sehr nah beieinander
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Stukturen höherer Ordnung
Supersekundärstruktur
β -Hairpin
- verbindet 2 antiparallele
αα-Hairpin
-
verbindet 2 antiparallele
Coiled-coil
β -Faltblätter
α-Helix
α-Helices →
- Superhelix aus 2
Helix-Turn-Helix Motife
α-Helices
Tertiärstruktur
Verdichtung von Sekundärstrukturelementen zu Domains
Quartärstruktur
Zusammengesetzt
aus Tertiärstrukturelementen, desselben o. versch. Proteine
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4 Strukturbestimmung
Wie kann man die Strukturen von RNA oder Proteinen ermitteln?
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Experimentelle Ermittlung von Molekülstrukturen
Optische Methoden
UV-, CD- o. Raman Spektroskopie
→
thermodynamische/kinetische
Eigenschaften
Hydrodynamische Eigenschaften
Ultrazentrifugation
→
grobe Form der Struktur
Form/Ladungstrennung
Gelelektrophorese
→
Atomkoordinaten
Strukturverteilungen, thermodynam. Parameter
Kernmagnetische Resonanzspektroskopie und Kristallstrukturanalyse
chem./molekularbiol. Methoden (RNA)
Enzymat./chem. Mapping, Nucleotidsubstitutionen
→
Unterscheidung zw.
gestapelten, gepaarten u. ungepaartem Zustand einzelner Nucleotide
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Gelelektrophorese
.. Methode zur Trennung unterschiedlich groÿer Moleküle
Mischung aus zu trennenden,
elektr. geladenen Molekülen (RNAs) wandert
unter Einuss eines elektr. Feldes durch ein Gel
Geschwindigkeit abhaengig von Gröÿe
des Moleküls (kurz
→
schnell, lang
→
langsam)
Reibung wirkt Fluss entgegen
→
Moleküle
bleiben stehen, wenn beide Kräfte ausgeglichen
Gröÿe an Kontrolle ablesbar
Moleküle sortiert, können spezisch extrahiert werden
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Kernmagnetische Resonanzspektroskopie (NMR)
.. misst Energieabsorption von Kernen beim Übergang zw. benachbarten
kernmagnet. Spin-Niveaus.
elektronische Umgebung einzelner Atome + Wechselwirkungen mit
Nachbaratomen
benötigt Moleküle in gelöstem Zustand (hohe Konzentration)
+ hohe Auösung
→
genauere Strukturen
- unerwünschte Strukturänderung in
hochkonzentr. Moleküllösungen
- auf kleine Moleküle beschränkt (50nt
bzw. 100aa)
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Kristallstrukturanalyse
.. bestimmt atomare und molekulare Struktur eines Kristalls mittels
(Röntgen)-Strahlung.
Kristallatome beugen Strahlen in spezische
Richtungen
Winkel und Intensitäten sind messbar
→
3D Bild von Elektronen eines Kristalls
⇒
mittlere Position von Atomen u. chem. Bindungen
Primärstruktur wird aufgelegt - Atome zugeordnet
+ mächtigste Technik zur Strukturaufklärung
+ beliebig groÿe Moleküle analysierbar
- Kristallisation von Molekülen kann native Struktur verändern
- enorme Datenmengen auszuwerten
- Vorzeichenfehler durch quadrat. Amplitudenmessung
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Präzise Berechnung von Molekülstrukturen
1
bestimme Gesamtenergie
E
aller möglichen Geometrien eines
Aggregates aus Ionen und Elektronen
2
Grundzustand ist die Geometrie mit geringster Energie
+ Exakte Bestimmung des räumlichen Aufbaus
- bei N
>2
Atomen zu viele Geometrien möglich, Globales
Energieminimum schwierig zu nden, da Anzahl lokaler Minima sehr
groÿ werden kann.
- der Zwang vereinfachte Formen interatomarer Kräfte zu benutzen
schränkt Aussagekraft der Rechnung stark ein.
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Vorhersage von Molekülstrukturen
Valenzschalen-Elektronenpaar-Abstoÿungsmodell (VSEPR/EPA-Modell)
.. Elektronenwolken in der Valenzschale eines Atoms entfernen sich so weit
wie möglich
→
Molekülgestalt ist Resultat der gegenseitigen Abstoÿung von
Elektronenwolken der Atome
◦ vs. 90◦ im Quadrat!
Tetraederwinkel: 109.5
Für groÿe Moleküle nicht eindeutig, da zu viele versch. Geometrien für
gleiche Anzahl Atome möglich..
⇒
Vorhersage der Sekundärstruktur von Nukleinsäuren u. Proteine mittels:
Graphentheorie, Informationstheorie und genetischen Algorithmen
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Referenzen
Bilder
Sämtliche Bilder wurden Wikipedia oder der Rfam Database entnommen
und unterliegen somit keinem Copyright.
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