Identifikation und Analyse bakterieller und HCV relevanter Proteine

Dr. Tobias Doerks
Marktstraße 47
69123 Heidelberg
Telephon:
mobil:
Email:
Homepage:
06221 705569
0160 8345674
[email protected]
www.doerks.de
Lebenslauf
Persönliche Daten
Geboren am 01. November 1971 in Pinneberg (Schleswig-Holstein), verheiratet
Dr. phil nat der Naturwissenschaften Biologie (PhD), Bioinformatiker
Beruflicher Werdegang
12/2001 bis heute
Bioinformatiker bei Anadys Pharmaceuticals Europe

Aufbau der Abteilung Bioinformatik

Entwicklung und Betreuung einer Oracle-Datenbank
für RNA-bindende Proteine

Identifikation und Analyse bakterieller und HCV relevanter Proteine
zur Validierung potentieller „drug targets“
06/1999 bis 11/2001 Beratertätigkeiten während des Promotionsstudiums

Analyse von EST-Daten für Lion Bioscience

Planung und Entwicklung einer Datenbank für RNA-bindende
Proteine für Anadys Pharmaceuticals Europe
Studium
06/1998-11/2001
Promotionsarbeit als PhD am am Europäischen Laboratorium für
Molekularbiologie (EMBL) Abteilung Strukturbiologie/Bioinformatik
„Annotation und Klassifikation nuklearer Domänen“

Vergleichende Sequenz- und Genomanalysen

Sekundär- und 3D-Struktur-Analysen

Homologie- und auf genomischem Kontext basierende
Funktionsvorhersagen

Arbeit mit Protein- und Nukleotidsequenz-Datenbanken
09/1997-05/1998
Diplomarbeit im Fachbereich Anthropologie und Humangenetik der
Johann Wolfgang Goethe-Universität in Frankfurt am Main als
Besucher am Europäischen Laboratorium für Molekularbiologie (EMBL)
„Methodenentwicklung und Anwendungsbeispiele für Protein- und
Nukleotidsequenzanalysen“
10/1994-09/1998
Hauptstudium der Biologie
an der Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt a. M.
Hauptfächer: Humangenetik und Anthropologie,
Nebenfächer: Mikrobiologie und Pharmakologie
Schulausbildung
1978-1982
Besuch der Grundschule Quickborn
1982-1991
Besuch des Dietrich-Bonhoeffer-Gymnasium Quickborn
Abschluss Allgemeine Hochschulreife
Wehrdienst
07/1991-07/1992
Grundwehrdienst beim Heer Albersdorf/Kellinghusen
Sprachen
deutsch, englisch, französisch
Computerkenntnisse
Linux, Unix, Windows
Html, Grundlagen in Perl-Programmierung und SQL
Referenzen
Dr. Peer Bork, Gruppenleiter der Bioinformatik am EMBL
[email protected]
Dr. Silke Schumacher, Geschäftsführerin von Anadys Pharmaceuticals Europe
[email protected]
Prof.Dr. Anna Starzinski-Powitz, Humangenetik für Biologen
[email protected]
Publikationen
- zur Diplomarbeit:
Doerks, T., Bairoch, A. and Bork, P.
Protein annotation: detective work for function prediction
1998 Trends in Genetics 14, 248-250
Huynen, M., Doerks, T., Eisenhaber, F., Orengo, C., Sunyaev, S., Yuan, Y. and Bork,
P. Homology based fold predictions for Mycoplasma genitalium proteins
1998 J Mol Biol. 1998 Jul 17; 280(3): 323-326
- zum PhD
Bork, P., Doerks, T., Springer, T. A. and Snel, B. Domains in plexins: links to integrins
and transcription factors 1999 Trends Biochem Sci 24, 261-263
Schultz, J., Copley, R. R., Doerks, T., Ponting, C. P. and Bork, P.
SMART: a web-based tool for the study of genetically mobile domains
2000 Nucleic Acids Res 28, 231-234
Stutz, F., Bachi, A., Doerks, T., Braun, I. C., Seraphin, B., Wilm, M., Bork, P. and
Izaurralde, E REF, an evolutionary conserved family of hnRNP-like proteins, interacts
with TAP/Mex67p and participates in mRNA nuclear export 2000 RNA 6, 638-650
Schultz, J., Doerks, T., Ponting, C. P., Copley, R. R. and Bork P.
More than 1,000 putative new human signalling proteins revealed by EST data mining
2000 Nat Genet 25, 201-204
Doerks, T., Bork, P., Kamberov, E., Makarova, O., Muecke, S.
and Margolis, B.
L27, a novel heterodimerization domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7
2000 Trends Biochem Sci 25, 317-318
Suyama, M., Doerks, T., Braun, I. C., Sattler, M., Izauralde, E. and Bork, P. Prediction
of structural domains of TAP reveals details of its interaction with p15 and
nucleoporins 2000 EMBO Reports 1, 53-58
Dandekar, T., Huynen, M., Regula, J. T., Ueberle, B., Zimmermann, C. U., Andrade,
M. A., Doerks, T., Sanchez-Pulido, L., Snel, B., Suyama, M.,
Yuan, Y. P., Herrmann, R. and Bork, P.
Re-annotating the Mycoplasma pneumoniae genome sequence: adding value,
function and reading frames 2000 Nucleic Acids Res 28, 3278-3288
Doerks, T., Strauss, M., Brendel, M. and Bork, P.
GRAM, a novel domain in glucosyltransferases, myotubularins and other putative
membrane-associated proteins
2000 Trends Biochem Sci 25, 483-485
Doerks, T., Copley, R. R. and Bork, P.
DDT, a novel domain in differrent transcription and chromosome remodeling factors
2001 Trends Biochem Sci 26, 145-146
International Human Genome Sequencing Consortium
Initial sequencing and analysis of the human genome
2001 Nature 15, 860-921
Ciccarelli, F. D., Copley, R. R., Doerks, T., Russell, R. B. and Bork P.
CASH - a beta-helix domain widespread among carbohydrate-binding proteins
2002 Trends Biochem Sci 27, 59-62
Doerks*, T., Copley*, R. R., Schultz, J., Ponting, C. P. and Bork P.
Systematic identification of novel protein domain families associated with nuclear
functions 2002 Genome Res 12, 47-56
Francesca D. Ciccarelli, Tobias Doerks and Peer Bork
``AMOP, a protein module alternatively spliced in cancer cells.''
2002 Trends Biochem Sci 27, 113-5
Doerks, T. Huber, S., Buchner, E. and Bork P.
BSD, a novel domain in transcription factors, synapse-associated and other
hypothetical proteins 2002 Trends Biochem Sci. 27, 168-70.
Letunic, I., Goodstadt, L., Dickens, N. J., Doerks, T., Schultz, J., Mott, R., Ciccarelli,
F., Copley, R. R., Ponting, C. P. and Bork, P.
Recent improvements to the Smart domain-based sequence annotation resource
2002 Nucleic Acids Res 30,1-3
Copley, R. R., Doerks, T., Letunic, I. and Bork, P.
Protein Domain Analysis in the Era of Complete Genoms
2002 FEBS 513, 129-34
Nicodeme, P. Doerks, T. and Vingron, M.
Motif Statistics Apllied to Proteome Analysis
2002 Bioinformatics. 18 Suppl 2:S161-71
Kerkhoff, E., Simpson, J. C., Leberfinger, C. B., Otto, I. M., Doerks, T.,
Bork, P., Rapp, U. R., Raabe, T. and Pepperkok, R. 2001
The Spir actin organizers are involved in vesicle transport processes
2001 Curr Biol 11, 1963-8