Biochemie Biochemie Seite 2 Inhaltsverzeichnis 1. Kohlenhydrate............................................................................................................................. 3 1.1. 1.1.1. 1.1.2. Disaccharide.................................................................................................................................... 7 1.3. Polysaccharide ................................................................................................................................ 8 1.4. Stoffwechselwege der Kohlenhydrate......................................................................................... 11 2.1. Nucleotide...................................................................................................................................... 25 2.2. DNA und RNA.............................................................................................................................. 26 Metabolismus................................................................................................................................ 37 2.4. Weitere Funktionen von Nucleosiden......................................................................................... 38 Lipide......................................................................................................................................... 40 3.1. Eigenschaften der Lipide ............................................................................................................. 40 3.2. Biomembrane und Stofftransport............................................................................................... 41 3.3. Fettsäuren und Speicherfette ...................................................................................................... 42 3.4. Membranbestandteile und Folgeprodukte................................................................................. 47 3.5. 3.5.1. 3.5.2. 3.5.3. Phospholipide ........................................................................................................................................... 47 Sphingolipide............................................................................................................................................ 49 Steroide..................................................................................................................................................... 50 Fettsäuremetabolismus ................................................................................................................ 51 Anabole Stoffwechselwege ...................................................................................................................... 51 Katabole Stoffwechselwege ..................................................................................................................... 53 Verknüpfung der Stoffwechselwege......................................................................................................... 54 Proteine ..................................................................................................................................... 56 4.1. Aminosäuren................................................................................................................................. 56 4.2. Peptide und Proteine.................................................................................................................... 58 4.2.1. 4.2.2. 4.2.3. 4.2.4. 4.3. 4.3.1. 4.3.2. 5. Struktur und Funktion............................................................................................................................... 26 Mutationen................................................................................................................................................ 33 Editieren von RNA ................................................................................................................................... 36 2.3. 3.4.1. 3.4.2. 3.4.3. 4. Glycolyse.................................................................................................................................................. 11 Citratcyklus .............................................................................................................................................. 14 Endoxidation oder Substratkettenphosphorylierung................................................................................. 18 Katabolismus anderer Kohlenhydrate....................................................................................................... 22 Nucleotide und Nucleinsäuren................................................................................................. 25 2.2.1. 2.2.2. 2.2.3. 3. Strukturen und Namen................................................................................................................................ 3 Wichtige Monosaccharide .......................................................................................................................... 7 1.2. 1.4.1. 1.4.2. 1.4.3. 1.4.4. 2. Monosaccharide.............................................................................................................................. 3 Primärstruktur........................................................................................................................................... 58 Sekundärstruktur ...................................................................................................................................... 59 Tertiärstruktur........................................................................................................................................... 63 Quartärstruktur ......................................................................................................................................... 63 Stoffwechsel der Aminosäuren.................................................................................................... 67 Anabolismus............................................................................................................................................. 67 Katabolismus ............................................................................................................................................ 67 Literatur .................................................................................................................................... 70 Biochemie Seite 3 Die vorliegende Übersicht ist als Ergänzung zu Ihrem Biologie- und Chemiebuch1 gedacht, und es werden deshalb ab und zu Hinweise zu Text- und Bildstellen in diesen Büchern gemacht. Es ist nicht die Idee, hier eine vollständige biochemische Abhandlung zu finden, sondern es soll vielmehr ein kleiner Einblick in die Stoffgruppen der Biochemie geben, sowie die wichtigsten anabolen und katabolen Stoffwechselwege beleuchten. 1. Kohlenhydrate2 Der grösste Teil der von lebenden Organismen synthetisierte Verbindungen sind Kohlenhydrate. Dementsprechend sind ihre Funktionen ausserordentlich vielfältig. Sie kommen als rasch metabolisierbare Substrate oder Speicherstoffe hoher Energiedichte vor. Sie sind die Gerüstsubstanz mancher Organismen, bilden einen wichtigen Bestandteil der extrazellulären Matrix und sind ergänzende Bauteile vieler Proteine. Ihren Namen haben die Kohlenhydrate wegen ihrer Summenformel erhalten. Bei der Analyse der Zusammensetzung der Kohlenhydrate merkte man, dass sie alle die Summenformel Cn(H2O)n haben, was fälschlicherweise interpretiert werden könnte, dass sie aus an Kohlenstoff gebundenes Wasser bestehen würden. 1.1. Monosaccharide 1.1.1. Strukturen und Namen Das Wort Saccharid stammt aus dem griechischen und heisst Zucker. Monosaccharide sind also Einfachzucker mit der Summenformel (CH2O)n, wobei n > 2 ist. Dabei trägt C1 oder C2 eine Carbonylgruppe, jedes weiter C eine Hydroxylgruppe. Ist die Carbonylgruppe am Anfang der Kohlenstoffkette, der Zucker also ein Aldehyd, spricht man von einer Aldose, ist die Carbonylgruppe aber am C 2, der Zucker also ein Keton, spricht man von einer Ketose. Ausser der Ketose Dihydroxyaceton Monosaccharide ein besitzen oder mehrere asymmetrische C-Atome, und kommen daher in optisch aktiven, isomeren Formen vor. Die vor den Namen gestellte Bezeichnung D oder L verwendet man für das am weitesten vom Carbonyl-C entfernten CHO CHO alle H C OH CH2OH D-Glycerinaldehyd HO C H CH2OH L-Glycerinaldehyd Abbildung 1: Räumliche Anordnung beim Glycerinaldehyd asymmetrischen Kohlenstoffatom. Weist die Hydroxylgruppe dieses C-Atoms in der Fischerprojektion nach rechts, so kennzeichnet sie einen D-Zucker, weist sie nach links, einen L-Zucker. In der Natur kommen praktisch nur die Monosaccharide der D-Reihe vor. Die Strukturen und Namen aller Stereoisomere der Aldotriosen, Aldotetrosen, Aldopentosen und Aldohexosen der D-Reihe finden Sie in Abbildung 2. Die systematische Bezeichnung der Ketosen erfolgt durch Einfügen von „ul“ in den Namen der entsprechenden Aldose, also 1 Günter Baars, Hans Rudolf Christen: Allgemeine Chemie: Theorie und Praxis; Neil A. Campbell, Jane B.Reece: Biologie 2 Grafiken im Campbell S. 77-82 Biochemie D-Ribulose Seite 4 oder D-Sedoheptulose. Die Monosaccharide der L-Reihe werden jeweils nach entsprechenden Enantiomer der D-Reihe benannt: das Enantiomer der D-Glucose ist die L-Glucose. dem Biochemie Seite 5 H Triose H C O C OH CH2 OH D-Glycerinaldehd H Tetrosen H C O H C OH H C OH C O HO C H H C OH CH2 OH CH2 OH D-Erythrose D-Threose H Pentosen C O H C OH H C H C C O H C OH OH HO C H OH H C OH C O HO C H OH H C OH H C CH2 OH D-Ribose H C C OH H C OH H H H C H H C OH CH2 OH H OH C HO H H H H H C OH C D-Lyxose HO C HO D-Xylose O H O D-Arabinose C O C CH2 OH CH2 OH H C H H H O HO C H HO C H OH H C OH OH H C OH O H C OH OH HO C H C OH H C C OH H C CH2 OH CH2 OH C C CH2 OH CH2 OH D-Allose D-Altrose D-Glucose D-Mannose H H H H Hexosen C O H C OH H C OH HO C H H C OH CH2 OH D-Gulose C O HO C H H C OH HO C H H C OH CH2 OH D-Idose Abbildung 2: Fischerprojektion und Namen einiger Zucker C O H C OH HO C HO H C O HO C H H HO C H C H HO C H C OH H C OH CH2 OH D-Galactose CH2 OH D-Talose Biochemie Seite 6 Konfiguration am Ringgrösse zweitletzten C Zucker Konfiguration an C-1 HO 4 OH 1 3 2 OH Glucosid Methyl- β- D- ribo furan osid O 5 Zucker Konfiguration an C-1 C-1 frei α- D- Ribo pyran ose Konfiguration am Ringgrösse zweitletzten C Substituent an C-1 5 α 4 OH O CH3 O 3 OH 2 1 β OH OH Abbildung 3: Benennung der Zucker Monosaccharide mit fünf und mehr C-Atomen kommen aber in wässrigen Lösungen nicht in einer offenkettigen CH2 OH CH2 OH C O C O HO C H vor, CH2 OH sondern besitzen eine cyclische C O Struktur. Sie entsteht durch eine intramolekulare H C OH nucleophile Addition HO C H der H C OH H C OH H C OH Hydroxylgruppe am C4 bzw. C5 H C OH H C OH H C OH an die Carbonylgruppe, wobei CH2 OH CH2 OH CH2 OH ein Fünfring (Furanose) bzw. D-Ribulose D-Fructose D-Sedoheptulaose D-Sedoheptulose Abbildung 5: Strukturen einiger Ketosen ein Sechsring (Pyranose) entsteht. Der Carbonylkohlenstoff wird dabei in ein zusätzliches asymmetrisches C-Atom umgewandelt und führt zu einer α- und einer β-Form. Die α- und β-Form ist über die offenkettige Form des Monosaccharids ineinander überführbar. So stellt sich zum Beispiel in wässriger Lösung von Glucose (Glc) ein Gleichgewicht ein, bei dem etwa ein Drittel α-D-Glc, zwei Drittel β-D-Glc und eine sehr kleine Menge in der offenkettigen Form vorliegen. Diese offenkettige Form hat aber die wichtige Eigenschaft, dass sie reduzierend wirken kann. Die Carbonylgruppe wird dabei oxidiert3, was zur Folge hat, dass die offenkettige Form aus dem Gleichgewicht weggenommen wird, und aller vorhandene Zucker oxidiert wird. Auf diese Weise kann der Zuckergehalt (Glucosegehalt) des Blutes oder des Urins analysiert werden, was bei der Abbildung 4: Offene Form und Ringformen der Glucose 3 Form vgl. Chemiepraktikum (Fehlingreaktion) zu Kapitel 14; wurde bereits in der Tertia (Biologie) durchgeführt Biochemie Seite 7 Diagnose des Diabetes mellitus eine wichtige Rolle spielt. Zur Verdeutlichung der Ringformen werden häufig sogenannte Haworth-Projektionsformen verwendet. Obwohl die dem Leser zugewandte Ringseite fettgedruckt wird, ist der Pyranosering nicht planar. Bei den meisten Zuckern liegt der Sechsring in der Sesselform vor, bei einigen aber auch in der Wannenform (vgl. Chemiebuch S. 130 und 131). 1.1.2. Wichtige Monosaccharide Die höchste Umsatzrate im Organismus und die grösste biologische Bedeutung haben Hexosen und Pentosen. Daneben kommen in geringem Umfang als Zwischenprodukte von Stoffwechselwegen die Erythrose und die Sedoheptulose in Form ihrer Phosphorsäureester vor. Glc ist der zweifellos bedeutendste Zucker. Fast alle mit der Nahrung aufgenommenen Zucker müssen zuerst in Glc umgewandelt werden, bevor sie unter Energiegewinn abgebaut werden können. Glc ist also mengenmässig der bedeutendste Energielieferant des Organismus. Darüber hinaus können auch alle im Organismus vorkommenden Monosaccharide aus Glc synthetisiert werden. D-Glucose kommt als „Traubenzucker“ in Fruchtsäften vor, ist Bestandteil von Stärke, Glykogen, Saccharose und Lactose (s. unten). Im weiteren ist Glucose für den Wasserpfeifer, ein nordamerikanischer Laubfrosch, überlebenswichtig. Dieser Frosch verbringt praktisch den ganzen Winter mit einem Grossteil seines Körpers solide gefroren. Sein Blut und fast seine gesamte interstitielle4 Flüssigkeit wird zu Eis, doch seine Zellen und einen sie umgebenden Flüssigkeitsfilm schützen spezialisierte Proteine und ein sehr hoher Glucosegehalt vor dem Einfrieren. Ohne dieses Gefrierschutzmittel würden Eiskristalle die Plasmamembran der Zellen zerstören, und das Tier würde sterben. D-Galaktose (Gal) ist Bestandteil der Lactose (Milchzucker), und wird vom Organismus in Sphingolipide 5 und Glykoproteine6 eingebaut. Die D-Mannose (Man) ist Bestandteil von tierischen und pflanzlichen Glykoproteinen, und dient auch als Bestandteil eines sogenannten Glykosylphosphatidylinositol-Ankers (GPI-Anker), eine Möglichkeit, Proteine auf Zelloberflächen festzumachen. Mannose dient zudem dazu, lysosomale Proteine für ihren Bestimmungsort (Lysosomen) zu adressieren. D-Fructose (Fru) ist wie die Glc Bestandteil der Saccharose. Als einzige Hexose ist sie neben der Glc in der Leber abbaubar. In allen übrigen Geweben muss sie zuerst in Glc umgewandelt werden. Die D-Ribose und D-Desoxyribose sind Bestandteile der RNA bzw. DNA (siehe dort). Die D-Arabinose (Ara) und D-Xylose (Xyl) sind beides Bestandteile von Glykoproteinen und Proteoglykanen 7. 1.2. Disaccharide Disaccharide entstehen durch Kondensation8 von zwei Monosacchariden, wobei eine sogenannte Glycosidbindung entsteht. Die kovalente Bindung entsteht zwischen der Hydroxylgruppe am C 1 des einen Monosaccharids und einer beliebigen Hydroxylgruppe des anderen Monosaccharids. Da das C 1 sowohl in der 4 5 6 7 8 Raum zwischen den Zellen Bestandteile der Plasmamembran der Zellen Praktisch alle extrazellulären Proteine enthalten zu unterschiedlichen Zwecken Zucker Extrem grosse Molekülkomplexe bestehend aus KH (95 %) und Proteinen (5 %) Reaktion, bei der Wasser abgespalten wird Biochemie Seite 8 α-, als auch in der β-Form vorkommen kann, muss bei der Bindung auch seine Konformation angegeben werden. In Abb. 6 sind einige wichtige Disaccharide dargestellt. Über die Saccharose und die Maltose finden Sie im Chemiebuch Kapitel 27.1 und 27.2 weitere Informationen. Die Trehalose kommt in Pilzen vor, und ist als der „Blutzucker“ der Insekten identifiziert worden. Die Insekten überleben ein Einfrieren im Winter dank der schützenden Wirkung der Trehalose. Auch für das Bärtierchen, ein mikroskopisch kleines Lebewesen, ist die Trehalose von wichtiger Bedeutung. Bärtierchen bewohnen temporäre Pfützen und Wasserfilme in Laubstreu und lockerem Boden oder auf niedrigen Pflanzen. Auch ein bemoostes Dach ist ein geeigneter Lebensraum. Ist ihre Umgebung feucht, sind die Bärtierchen aktiv und ernähren sich von Pflanzensäften. Beim Austrocknen kann das Tier mehr als 95 % seines Körperwassers verlieren und dann als inaktives Tönnchen mehrere Jahrzehnte überdauern. Dehydrierte Tiere enthalten grosse Mengen an Zuckern, vor allem Trehalose. Diese scheint die Zellen zu schützen, indem sie den Wassermantel ersetzen, der Membrane und Proteine umgibt. Die Lactose ist das wichtigste Kohlenhydrat der Milch (menschliche Muttermilch: 5-7 g / 100 ml), und die Cellobiose ist der Baustein der Cellulose. Die verschiedenen Kohlenhydrate können zum süssen von Nahrungsmittel verwendet werden. Dabei haben nicht alle Stoffe O die gleiche Süsskraft. Die Süsskraft wird durch NH SO 2 Abbildung 7: Saccharin freiwillige Testpersonen ermittelt. Der künstliche Süssstoff Saccharin, der 400 mal stärker als Saccharose ist, eignet Übergewichtige, oder Künstliche Süssstoffe sich vor allem für Diabetes-Patienten. stimulieren die selben Geschmacksknospen der Zunge, die auch von Saccharose stimuliert Abbildung 6: Trehalose, Saccharose, Maltose, Lactose und Cellobiose (von oben nach unten) werden, sie werden jedoch vom Körper nicht als Nahrungsmittel, also Energielieferanten verwertet. 1.3. Polysaccharide Die wichtigsten Polysaccharide sind Glykogen, Stärke, bestehend aus Amylose und Amylopektin, und Cellulose9. All diese Polysaccharide bestehen aus Glucoseeinheiten, die jedoch unterschiedlich miteinander verknüpft sind. Allen gemeinsam ist eine 1→4 Verknüpfung, wobei sie bei der Zellulose in β-Stellung erfolgt, bei allen anderen in α-Stellung. Amylopektin und Glykogen haben zusätzlich noch eine α1→6-Verknüpfung als Verzweigung (Abb. 8), wobei Glykogen häufiger verzweigt wird (ca. alle 10 Glc-Einheiten) als Amylopektin (alle 30 Glc-Einheiten). Während die Amylose durch die α-Verknüpfung eine Helix ausbildet, Biochemie Seite 9 ergibt sich bei der Cellulose ein lineares Makromolekül. Mehrere Cellulosestränge können sich mit Hilfe von Wasserstoffbrücken aneinander lagern und so eine sehr stabile Struktur ausbilden. Tierische Organismen können nur α1→4-Verknüpfungen lösen, und somit die frei werdende Glucose verdauen. Lediglich gewisse Pilze und Bakterien können Cellulase, ein Cellulose hydrolysierendes Enzym produzieren. Trotzdem können Termiten und Wiederkäuer Cellulose als Nahrungsmittel nutzen. Der Grund liegt in der symbiotischen Beziehung, in der diese Tiere leben. Bei den Wiederkäuern bewerkstelligen dies Mikroorganismen im Pansen (ersten zwei Mägen) der Tiere. Hier wird Cellulose zu D-Glucose abgebaut, und weiter zu kurzkettigen Fettsäuren, CO2 und CH4 umgewandelt bzw. abgebaut. Die Fettsäuren werden vom Wiederkäuer als Nahrung aufgenommen, CO2 und CH4 in der Frequenz von 2 Litern pro Minute ausgestossen. In den anderen beiden Mägen werden anschliessend die Mikroorganismen selbst vom Wiederkäuer verdaut, und liefern so wertvolle Aminosäuren, Fette und Kohlenhydrate. Diese verbringen also ein kurzes, aber angenehm warmes Leben! Abbildung 8: Glykogen Weitere Kohlenhydratketten kommen hauptsächlich als Proteoglykane, u.a. auch Derivate der Glucose in der extrazellulären Matrix vor. Man findet sie in den folgenden Körperteilen: • Bindegewebe (Hyaluronsäure, Chondroitinsulfate, Dermatansulfat) • Glaskörper des Auges (Hyaluronsäure) • Nabelschnur (Hyaluronsäure) • Knorpel (Chondroitinsulfate) • Hornhaut (Chondroitinsulfate) • Haut (Chondroitinsulfate, Dermatansulfat) 9 Vgl. dazu Chemiebuch Kapitel 27.3 Biochemie • Herzklappen (Dermatansulfat) Auch Murein, ein Bestandteil der Bakterienzellwände, besteht aus Proteoglykanen. Abbildung 9: Struktur der wichtigsten Proteoglykane Seite 10 Biochemie Seite 11 1.4. Stoffwechselwege der Kohlenhydrate10 1.4.1. Glycolyse Die Glycolyse ist ein fast universeller zentraler Weg des Glucosekatabolismus, nicht nur bei Pflanzen und Tieren, sondern auch bei vielen Mikroorganismen. Der Unterschied liegt lediglich darin, wie ihre Geschwindigkeit reguliert wird und wie das gebildete Pyruvat11 weiterverarbeitet wird. Dazu gibt es im wesentlichen drei Möglichkeiten. Unter aeroben Bedingungen wird das Pyruvat im Citratcyklus und der Elektronentransportkette zu H2O und CO2 abgebaut. Unter anaeroben Bedingungen wird das Pyruvat zu Lactat12 reduziert (Skelettmuskel oder Milchsäure produzierende Mikroorganismen) oder, wie bei der alkoholischen Gärung der Bierhefe, zu Ethanol und CO2 umgesetzt. Da die ersten lebenden Organismen in einer sauerstofffreien Atmosphäre entstanden sind, stellt der anaerobe Glucoseabbau den ältesten Typ biochemischer Mechanismen zur Energiegewinnu ng aus Brennstoffmolekülen dar. Bei der anaeroben Glycolyse in Bierhefe wird Pyruvat zuerst decarboxyliert (CO2 weg) und anschliessend zu Ethanol reduziert. Die Summengleichung lautet demnach: Glc + 2 Pi13 + 2 ADP → 2 Ethanol + 2 CO2 + 2 ATP + 2 H2O oder ausgeschrieben (Ladungen beachten; zur Struktur von ADP und ATP s. Kapitel Nucleinsäuren): C6H12O6 + 2 H2PO4- + 2 ADP3- → 2 CH3CH2OH + 2 CO2 + 2 ATP4- + 2 H2O Die Summengleichung bei der anaeroben Glycolyse zu Lactat lautet: Glc + 2 Pi + 2 ADP → 2 Lactat + 2 H+ + 2 ATP + 2 H2O C6H12O6 + 2 H2PO4- 3- - bzw.: + + 2 ADP → 2 CH3CH(OH)COO + 2 H + 2 ATP4- + 2 H2O Dabei werden 197 kJ pro mol Glc frei, wobei 61 kJ weiterhin im ATP gespeichert bleiben. Das gebildete Lactat wird anschliessend via Blutbahn in die Leber transportiert, wo es in der Gluconeogenese wieder zu Glc aufgebaut wird. Die Glc kann so wieder via Blutbahn in die Muskulatur zurück transportiert werden, und zu erneutem Energiegewinn gebraucht werden. 10 Glykolyse, Citratcyklus, Endoxidation und ATP-Synthese: gehen Sie die Grafiken (inkl. Beschriftung) im Campbell auf den Seiten 190 bis 205 durch 11 Konjugierte Base der Brenztraubensäure; kommt bei physiologischem pH-Wert (7.4) deprotoniert vor 12 Konjugierte Base der Milchsäure; kommt bei physiologischem pH-Wert (7.4) deprotoniert vor 13 anorganisches Phosphat (H2PO4 bzw. HPO42) Biochemie Seite 12 Abbildung 10: Die wichtigsten Schritte der Glykolyse und die Lokalisation der Stoffwechselwege in der Zelle; die Säuren müssten deprotoniert gezeichnet werden. Biochemie Seite 13 Durch die Glycolyse wird nur ein kleiner Teil der insgesamt verfügbaren Energie des Glucosemoleküls freigesetzt. Bei der vollständigen Oxidation der Glc zu CO2 und H2O im Citratcyklus beträgt der Energiegewinn 2870 kJ pro mol Glc. Somit wird beim anaeroben Abbau der Glc zu Lactat nur 6.9 % der Energie frei, die im Glucosemolekül stecken würde. Die Glycolyse verläuft in zwei Stufen, wovon die erste dazu dient, die Kohlenstoffketten aller Hexosen des Stoffwechsels zusammenzufassen und zu ein und demselben Produkt, dem Glycerinaldehyd-3-phosphat umzusetzen (s. Abb. 10). Bei dieser präparativen Stufe, bei der 2 ATP verbraucht werden, wird das Glucosemolekül aktiviert. In der zweiten Stufe werden dann pro mol Glucose 4 ATP gewonnen. Man nennt dies die energiekonservierenden Phosphorylierungsschritte, da die Energie nun in Form von ATP konserviert wird. Die Glykolyse erfolgt bis zum Pyruvat im Cytosol. Die Glucose selber wird via Blutbahn zur Zelle geführt, und anschliessend in die Zelle hinein befördert. Das Pyruvat wird danach ins Mitochondrium geschleust. Je nach Verwendungszweck kann Pyruvat via Malat wieder in der Gluconeogenese verwendet werden, es kann Fett aufgebaut werden, oder es kann weiter Energie im Citratcyklus gewonnen werden. Biochemie Seite 14 1.4.2. Citratcyklus Abbildung 11: Die Reaktionen des Citratcyklus (aussen); Produkte des Citratcyklus und Kohlenstoffgerüst im Cyklus (innen); Wichtig: α-Ketoglutarat und 2-Oxoglutarat sind zwei Namen für das gleiche Molekül! Bei einer intensiven sportlichen Anstrengung können mit der Glykolyse 2 ATP 14 gewonnen werden. Dabei entsteht, wie schon erwähnt, Lactat als Endprodukt. Dies ist jedoch nicht die gesamte Energie, die in der Glucose steckt. Falls genügend Sauerstoff vorhanden ist, kann Pyruvat im Mitochondrium weiter zu CO 2 und Wasser oxidiert werden. Dies geschieht u.a. im Citratcyklus, dem zentralen Kreislauf des Katabolismus. In diesem Cyklus werden also nicht nur die Produkte der Glykolyse weiterverarbeitet, sondern auch Fette und Aminosäuren. Als erster Reaktionsschritt wird Pyruvat auf das Coenzym A (CoA) übertragen und bildet das Acetylcoenzym A. 14 vor allem auch notwendig für die Muskelbewegung Biochemie Seite 15 Abbildung 12: Übertragung einer Acetyl-Gruppe des Pyruvat auf das Coenzym A (oben) und der erste Schritt des Citratcyklus (unten) Ein Coenzym ist ein Molekül, das an einem Enzym „hängt“, und massgeblich an der zu katalysierenden Reaktion teilnimmt. Das CoA besteht seinerseits auch aus Pantothensäure, die für den Menschen ein Vitamin15 ist. Der tägliche Bedarf eines Menschen beträgt 10 mg (46µmol). Da sie aber in fast allen Nahrungsmitteln vorkommt (daher der Name), sind Mangelerscheinungen nicht bekannt. Abbildung 13: Das Vitamin Pantothensäure, das zum Vitamin-B-Komplex gehört (oben), und das Coenzym A, das aus einem am C 3‘ phosphorylierten ADP, Pantothensäure und 2-Mercaptoethylamin besteht. 15 Lebensnotwendige organische Verbindungen, die der tierische Organismus nicht selber aufbauen kann Biochemie Acetyl-CoA, Seite 16 das auch Intermediärstoffwechsels als „aktivierte bezeichnet. Es Essigsäure“ ist das bezeichnet wird, Endprodukt das wird als Drehpunkt Kohlenhydrat-, Fett-, des und Aminosäurenstoffwechsels. Durch direkte Addition an Oxalacetat werden nun unter Bildung von Citrat zwei neue Kohlenstoffe in den Citratcyklus eingeschleust. Im Citratcyklus werden 2 CO2, ein GTP, ein FADH2 (Flavinadenindinucleotid) und drei NADH (Nicotinamidadenindinucleotid) gebildet (Abbildung 11). GTP übergibt ein Phosphat an ein ADP. Somit ist im Citratcyklus ein ATP gebildet worden. Wichtig für die Energiegewinnung ist jedoch die Bildung von FADH2 und NADH aus FAD bzw. NAD+. Diese zwei Moleküle sind sogenannte Reduktionsäquivalente. Riboflavin, ein Bestandteil des FAD ist Vitamin B2, Nicotinsäure oder Niacin wie es auch genannt wird, ein Bestandteil des NAD+, ist ebenfalls ein Vitamin. In der Pathobiochemie führt ein Mangel an Riboflavin zu Schäden der Lippe, lokale seborrhoische16 Dermatitis17 am Gesicht, Glossitis18 (Landkartenzunge) und verschiedene funktionelle und organische Störungen der Augen. Ein Mangel an Nicotinsäure führt zu Pellagra (Pelle agra = kranke Haut). Auch weitere Vitamine sind massgeblich am Citratcyklus beteiligt. Es sei hier noch Thiamin (Vitamin B1) erwähnt. Thiamin ist das Coenzym bei der Reaktion von α-Ketoglutarat zu Succinyl-CoA und von Pyruvat zu Acetyl-CoA. Ein Mangel an Thiamin führt zu Beriberi. Bei dieser Erkrankung kommt es beim Menschen zu neurologischen Störungen vor allem im peripheren Nervensystem, was zu Gliederschmerzen führt, Paralyse19 Abbildung 14: Thiamin (oben) und seine aktiven Formen oder „nur“ Muskelschwäche und Gewichtsverlust. Das Herz kann vergrössert und die Herzleistung unzureichend sein. Im 19. und frühen 20. Jahrhundert führte Beriberi in Asien bei Hunderttausenden von Menschen, für die geschälter und polierter Reis das Hauptnahrungsmittel war, zum Tod. Die Hülsen, die beim Polieren des Reises entfernt werden, enthalten fast das gesamte im Reis enthaltene Thiamin. 16 17 18 19 gesteigerte Talgabsonderung Entzündliche Hautreaktion Zungenentzündung Vollständige motorische Lähmung Biochemie Seite 17 C „Nucleotide und Nucleinsäuren) zwei Nucleotide (Dinucloetid; vgl. Kapitel Abbildung 15: Links oben: Riboflavin (Vitamin B2); Rechts: FAD; Links unten: Reaktion vom FAD zum FADH2 N OH O Nicotinsäure (Niacin) C N NH2 O Nicotinamid (Niacinamid) Abbildung 16: Strukturen der Nicotinsäure, von Nicotinamid und NAD +. Reaktion von NAD+ zu NADH Biochemie Seite 18 Gehen wir zurück zum im Citratcyklus gebildeten NADH und FADH2. Diese zwei reduzierten Moleküle bringen die Elektronen nun zur inneren Mitochondrienmembran, wo jetzt die Endoxidation stattfindet. Endoxidation oder Substratkettenphosphorylierung20 1.4.3. Der Energiegewinn bei der Endoxidation entspricht im Prinzip der Knallgasreaktion: 1 /2 O2 + H2 → H2O Abbildung 17: Frei werdende Energie bei der Verbrennung von Wasserstoff (links) und gestaffelte Energiegewinnung bei der Endoxidation in der Mitochondrienmembran (rechts). Da bei dieser Reaktion aber sehr viel Energie frei wird, muss dies gestaffelt ablaufen. Alle in oder an der Mitochondrieninnenmembran ablaufenden Reaktionen sind Redoxreaktionen. Dabei ist das Edukt NADH in der Redoxreihe relativ weit vom Produkt H2O entfernt. NAD+ + H+ + 2 e → NADH E0: -0.32 V /2 O2 + 2 H+ + 2 e → H2O E0: +0.82 V 1 Diese Spannweite von 1.14 V entsprechen 220 kJ. Dies ist also vergleichbar mit einer Batterie, bei der die frei werdende Energie zum Transport von Protonen in den Intermembranraum dient. Der Sauerstoff kommt durch Diffusion von der Zellmembran zum Mitochondrium. Die Elektronen werden in der Mitochondrienmembran von Protein zu Protein weitergegeben. In den Proteinen gibt es Möglichkeiten, meist in Form von Metallen, die verschiedene Oxidationsstufen einnehmen können, die Elektronen aufzunehmen. Beim Cytochrom c zum Beispiel befindet sich das Eisen in einem Häm, das sich wiederum in einem Protein 20 Betrachten und lesen Sie im Campbell die Grafiken 9.13 und 9.15 Biochemie Seite 19 befindet21. Da aber das Häm in den Cytochromen wie gesagt vom Protein völlig eingehüllt ist, muss die Reaktion über eine verhältnismässig lange Strecke erfolgen, nämlich durch das Protein hindurch. Man nimmt dafür einen nur quantenmechanisch erklärbaren Tunneleffekt an: das Elektron überwindet eine Energiebarriere, ohne genügend Energie zu ihrer Übersteigung zu haben (Wellenmodell)! Am Schluss werden die Elektronen an den Sauerstoff abgegeben. Dabei sind Eisen- und Kupferionen mit im Spiel. Der Grund ist der folgende: Sauerstoff ist ein idealer Elektronenakzeptor, es besteht jedoch die Gefahr, dass nur ein Elektron aufgenommen wird, und so das ausserordentlich reaktive Superoxidanion (O2) entsteht. Die Strategie ist also klar: Der Katalysator darf keine teilweise reduzierten Zwischenprodukte freisetzen. O2 wird also im (Komplex IV) zwischen das Fe dritten 2+ Komplex und das Cu+ geklemmt (Abbildung 20). Jedes Metall überlässt dann dem O2 je ein Elektron. Das Sauerstoff wird in ein Dianion überführt. Beim Einschleusen des ersten Abbildung 18: Kristallographische Struktur von Cytochrom c Elektrons wird das Eisen weiter zum Fe4+ oxidiert. Nach der Aufnahme eines zweiten Elektrons wird nun Wasser gebildet und freigesetzt. Ein OH gebunden an Fe3+ bleibt zurück. Ein drittes Elektron dient zur Reduktion des Cu2+ zu Cu+. In den letzten Schritten des Zyklus treten wieder ein Elektron und ein O 2 ein. Es entsteht ein zweites Wasser und wieder ein Dianion. Abbildung 19: Redoxpotential der an der Elektronentransportkette beteiligten Proteine, mit der Möglichkeit, ATP zu bilden. 21 vgl. Sauerstofftransport im Hämoglobin Biochemie Seite 20 Abbildung 20: Mutmasslicher Reaktionszyklus für die Reduktion des O 2 mit vier Elektronen Mit dem nun aufgebauten Protonengradienten (vgl. Biobuch) wird an der ATPase ATP gebildet 22. Die ATPase besteht aus einem F0 und einem F1 Teil, wobei der F1 Teil wiederum aus 9 Untereinheiten aufgebaut ist. Sechs Untereinheiten bilden je zu zweit wieder einen isolierten Teil (αβ-Paare), die restlichen drei sind für sich verschieden (γ, δ und ε). Der F0 Teil befindet sich in der Mitochondrienmembran, der F1 Teil ragt in die Mitochondrienmatrix (Innenraum) hinein. Durch Rotation des F1 Teils wird nun ATP gebildet. Die Protonen sind für diese Rotation verantwortlich, wobei noch nicht ganz klar ist, ob 2 oder 3 Protonen zur Bildung eines ATP gebraucht werden. 22 vgl. Biobuch Abb. 9.14 Biochemie Seite 21 Abbildung 21: ATPase Komplex (a) und seine Lokalisation in der Membran (b). Die ATP-Produktion ist vergleichbar mit einem Wasserrad, das Energie produziert (rechts oben). Rotation des ATPase Komplexes. L, O und T symbolisieren je eine αβ-Untereinheit, der Mittelteil besteht aus γ, δ und ε (rechts unten). Zusammenfassend kann die Ausbeute an ATP von einem Molekül Glucose auf 36 oder 38 beziffert werden 23. Der Unterschiede liegt darin, dass ein NADH bei der Glykolyse entsteht, die bekanntlich im Cytosol abläuft. Dieses NADH muss für die Endoxidation in das Mitochondrium gebracht werden. Dies ist jedoch unmöglich, da die innere Mitochondrienmembran für NADH undurchlässig ist. Also werden nur die Elektronen übergeben. Dazu gibt es zwei Möglichkeiten: den Glycerinphosphat-Shuttle und, in der Leber und im Herz, den Malat-Aspartat-Shuttle. Die Elektronen werden auf ein Molekül übergeben, das die Membran durchdringen kann. Dieses Molekül ist einerseits Glycerinphosphat, andererseits Malat. Auf der anderen Seite übergibt das Malat die Elektronen wieder einem NAD+, wobei ein NADH entsteht, Glycerinphosphat übergibt jedoch seine Elektronen einem FAD, wobei ein FADH2 entsteht. Im Gegensatz zum NADH, bei dem 3 ATP gebildet werden, werden beim FADH2 nur 2 ATP gebildet. 23 zählen Sie selber nach! Biochemie Seite 22 Abbildung 22: Energiegewinnung nach der Glykolyse schematisch dargestellt (links) und die Lokalisation im Mitochondrium (rechts). 1.4.4. Katabolismus anderer Kohlenhydrate Grundsätzlich kann gesagt werden, dass alle anderen Kohlenhydrate irgendwie in die Glykolyse eingeschleust werden müssen. Biochemie Seite 23 Abbildung 23: Einschleusen der wichtigsten Monosaccharide in die Glykolyse. Die Fructose, Bestandteil der Saccharose, wird entweder direkt am C6 phosphoryliert (Muskel und Niere) und ist somit in der Glykolyse, oder aber am C1. Dabei entsteht Fructose-1-phosphat. Über mehrere Zwischenschritte werden daraus zwei Glycerinaldehyd-3-phosphat gewonnen, ebenfalls Zwischenprodukte der Glykolyse. Die Mannose wird auch an Position 6 phosphoryliert, anschliessend in das Fructose-6-phosphat, einem Zwischenprodukt der Glykolyse, isomerisiert. Die Lactose (Milchzucker) wird, wie übrigens auch die Saccharose, im Dünndarm gespalten. Dabei entstehen Glucose und Galactose. Die Galactose wird weiter in der Leber abgebaut. Sie wird als erstes phosphoryliert. Anschliessend wird ein UMP24 von einer UDP-Glucose übertragen. Die dabei entstandene und aktivierte UDP- 24 Uridinmonophosphat Biochemie Seite 24 Galactose kann zu einer UDP-Glucose epimerisiert werden. Ein UMP wird abgespalten, es entsteht ein Glucose-1-phosphat, ein Zwischenprodukt der Glykolyse. In umgekehrter Richtung wird diese Reaktionsfolge in der Milchdrüse für die Bildung von Milchzucker verwendet. In der Pathobiochemie gibt es zwei Defekte. Einerseits die Lactoseintoleranz, andererseits die Galactosämie. Bei der Lactoseintoleranz verliert die Lactase, die im Darm für die Spaltung der Lactose in Glucose und Galactose verantwortlich ist, ihre Aktivität. Dieses Enzym besitzt bei Säuglingen eine hohe Aktivität, im Erwachsenenalter behalten aber nur Nordeuropäer und einige afrikanische Stämme die Darm-Lactase. Erwachsene der meisten anderen Völker besitzen nur wenig bis gar keine Darm-Lactase, und weisen eine Lactoseintoleranz auf. Auch nach z.T. nur geringen Darmerkrankungen, wie Durchfall, kann bei Nordeuropäern eine Lactoseintoleranz auftreten. Dieser Gal Unterschied zwischen den Völkern ist genetisch bedingt. Da Lactose bei einer Lactoseintoleranz nicht in den Blutkreislauf aufgenommen werden kann, verbleibt sie im Darm. Bei diesen Patienten führt die Aufnahme einer Gal-1-P Glc-1-P grösseren Menge Milch zu einem wässrigen Durchfall, abnormaler Darmpassage und kolikartigen Schmerzen. Bei der Galactosämie, einer erblichen Mangelkrankheit, UMP kann UMP nicht auf das Galactose-1-phosphat übertragen werden. Als Folge häufen sich Galactose und Galactose-1-phosphat im Blut an. Die Leber und andere UDP-Glc UDP-Gal Organe werden vergrössert und funktionieren nicht mehr optimal, die Sehfähigkeit wird durch den grauen Abbildung 24: Verwertung der Galactose Star beeinträchtigt und die geistige Entwicklung wird verzögert. Biochemie Seite 25 2. Nucleotide und Nucleinsäuren Nucleotide und Nucleinsäuren sind für die Lebensvorgänge aller bekannten Organismen von entscheidender Bedeutung. Mononucleotide sind an der Energiespeicherung im Körper und der Informationsweiterleitung in Zellen beteiligt, sind Teile von Coenzymen und können als aktivierende Bausteine bei Biosynthesen anderer Stoffe figurieren. Und natürlich sind sie die Bausteine der Nucleinsäuren, die ihrerseits in Form der Desoxyribonucleinsäure (DNA; der A steht für engl. „acid“) Träger der genetischen Information sind, oder in Form der Ribonucleinsäure (RNA) Träger der Information zum Bau von Proteinen oder Bauelemente von Ribosomen sind. RNA kann auch enzymatische Funktionen wahrnehmen, und es wird sogar darüber spekuliert, dass zu Beginn der Evolution die ersten Enzyme aus RNA bestanden. 2.1. Nucleotide25 Ein Nucleosid besteht aus einer Base und einer Pentose. Kommt zu dieser Einheit eine Phosphatgruppe dazu, spricht man von einem Nucleotid. Als Zucker kommt ausschliesslich Ribose (vgl. Abb. 2) oder Desoxyribose, bei der die Hydroxylgruppe am C-2 fehlt, in Frage. Die Ribose kommt in den Nucleotiden in der β-Furanose-Form vor Abbildung 26: Struktur der Nucleoside bzw. Nucleotide Abbildung 25: Numerierung der Basen und der Zucker 25 vgl. Biobuch S. 98 Biochemie Seite 26 (s. Kohlenhydrate). Die Basen leiten sich formal vom Purin oder vom Pyrimidin ab. Als Bausteine der DNA findet man die Purinbasen Adenin und Guanin und die Pyrimidinbasen Thymin und Cytosin. Die RNA enthält an Stelle von Thymin Uracil. Die Numerierung der Ringatome erfolgt in den Basen von 1 bis 6 bzw. 9. Damit die Atome der Base von denjenigen im Zucker unterschieden werden können, wird die Ribose von 1‘ bis 5‘ durchnumeriert. Die Phosphatgruppe ist mit der Hydroxylgruppe am C-5‘ verestert, d.h. unter Wasserabspaltung bildet sich aus einem anorganischen Phosphat und der Hydroxylgruppe ein Phosphatester (Abbildung 30). Verknüpft sind die Basen N-glykosidisch mit dem Zucker. Ausnahme bildet Pseudouridin, das mit dem C-5 der Base am Zucker hängt. Pseudouridin ist ein Nucleotid, das man nur in der tRNA findet. Weitere seltene Basen in der tRNA sind Inosin, Dihydrouridin und 1-Methylguanosin (Abbildung 29). 2.2. DNA und RNA26 2.2.1. Struktur und Funktion RNA und DNA enthalten als Bausteine die oben beschriebenen Nucleotide. Die Aufgabe der DNA ist die Weitergabe der Erbinformation an die Tochterzellen. Zudem dient sie als Vorlage für die Transkription auf die RNA. Bei der RNA unterscheidet man zwischen hnRNA (heterogen nuclear RNA), snRNA (small nuclear RNA), mRNA, tRNA und rRNA. Die hnRNA ist das direkte Transkriptionsprodukt der DNA, enthält also sowohl Introns Abbildung 27: Bei der Bildung von Adenosin aus Adenin und Ribose wird Wasser abgespalten als auch Exons. Im Zellkern müssen die Introns noch aus der hnRNA weggeschnitten werden, um die korrekte mRNA zu erhalten. Dabei hilft die snRNA, die etwa 100 Nucleotide lang ist. Ihre Basensequenz ist komplementär zu den beiden Enden der Introns. Durch Basenpaarung zwischen der snRNA und den Enden der Intron-Schleife werden die Sequenzen der Abbildung 28: Aufgabe der snRNA beiden Exons in die für das enzymatische Zusammenspleissen der Exons und die Entfernung der sie trennenden Introns richtige Stellung nebeneinander gebracht. Die snRNA dient also vorübergehend als Matrize, um die beiden Enden der Exons so zusammenzuhalten, dass das Spleissen an der richtigen Stelle erfolgt. Für die Synthese der tRNA und der rRNA dient die DNA als Matrize. 26 Voraussetzung: Biologieunterricht zum Thema DNA und RNA; Biobuch S. 136 bis 147 Biochemie Abbildung 29: Seltene Basen Seite 27 Biochemie Seite 28 Abbildung 30: Strukturen der Hauptbestandteile der DNA (a) und der RNA (b). Normalerweise wird die Einbuchstabenabkürzung verwendet. Der Buchstabe beinhaltet automatisch, dass sich die Phosphatgruppe in der Position 5‘ befindet. Biochemie Seite 29 Nun zum Aufbau und der Struktur der Nucleinsäuren. Nucleinsäuren sind Polymere, die aus Ketten von Mononucleotiden bestehen, welche untereinander mit Phosphodiesterbindungen verknüpft sind, d.h. die Phosphatgruppe dient als Bindeglied zwischen den Nucleosiden, wobei sie am C-5‘ des einen Nucleosids und am C-3‘ des anderen Nucleosids hängt. In der DNA ist dies die einzig mögliche Verbindung, da die Hydroxylgruppe am C-2‘ fehlt, und am C-1‘ die Base hängt. Bei der Angabe einer Basensequenz auf dem Papier wird nach Konvention das 5‘-Ende rechts, das 3‘-Ende links geschrieben. Abbildung 31: Kettenverlängerung der DNA Die DNA kommt in der Zelle als Doppelhelix vor, wobei immer zwei Stränge antiparallel zueinander verlaufen (Abbildung 32). Das Rückgrat der Doppelhelix bilden die hydrophilen Zuckerreste und Phosphate, innen befinden sich die hydrophoben Purin- und Pyrimidinbasen. Dabei paaren sich jeweils Adenin (A) und Thymin (T) mit zwei 27 Wasserstoffbrücken , und Cytidin (C) und Guanin (G) mit drei Wasserstoffbrücken. Wasserstoffbrücken Die sind also direkt dafür verantwortlich, dass die Erbinformation weitergegeben Abbildung 32: Zwischen A und T können sich zwei, zwischen C und G drei Wasserstoffbrücken bilden wird. Das Ringsystem der Basen ist relativ planar, d.h. es bildet sich innerhalb der Helix eine Art Treppe aus. Die Zucker und Phosphate bilden durch ihre Bindungswinkel eine grosse und eine kleine Furche innerhalb der Helix (Abbildung 34). Biochemie Abbildung 34: Treppenförmiger Aufbau der DNA mit dem Zucker-Phosphat-Rückgrat und den Basen in der Mitte (oben). Die grosse und die kleine Furche in der DNA ergeben sich aus den Bindungswinkeln in den Molekülen (oben und rechts) Abbildung 33: Originalbild der Röntgenstrukturanalyse der DNA von Rosalind Franklin (links). DNA-Modell hergestellt von James Watson und Francis Crick (rechts). 27 vgl. Chemiebuch S. 115 Seite 30 Biochemie Seite 31 Abbildung 35: Synthese neuer DNA. Die Syntheserichtung der Polymerase erfolgt bei beiden Strängen von 5‘ nach 3‘ Die Kettenverlängerung beim Erneuern der DNA erfolgt jeweils mit einem Nucleosidtriphosphat, das durch die energiereiche Phosphatbindung, die während der Reaktion gespalten wird, der Polymerase die Energie liefert (vgl. Abbildung 31). Es handelt sich hier um einen nucleophilen Angriff der Hydroxylgruppe an das Phosphor der ersten Phosphatgruppe. Da die Polymerase nur von 3‘ nach 5‘ synthetisieren kann, muss beim gegenläufigen Strang das jeweilige Okazaki-Fragment28 am Schluss mit einer Ligase geschlossen werden. Auch dies erfolgt durch einen nucleophilen Angriff. Genau gleich verläuft die Synthese der RNA. Das primäre Transkript eukaryotischer Zellen, die hnRNA, wird, wie schon erwähnt, im Zellkern weiter modifiziert. Einerseits erhält sie eine Kopfgruppe und einen polyA-Schwanz. Andererseits wird sie noch gespleisst, d.h. die Exons werden herausgeschnitten. Am 5‘-Ende wird schon während der Transkription die sogenannte Cap-Gruppe angehängt. Diese besteht aus einem 7-Methylguanosintriphosphat. Oft werden an die 2‘-Hydroxygruppe der folgenden zwei Nucleotide zusätzlich eine Methylgruppe angehängt. Diese Kopfgruppe hat folgende Funktionen: 28 Abbildung 36: Verknüpfung der Okazaki-Fragmente benennt nach dem Japaner Reiji Okazaki, der herausfand, dass die Synthese in diesem Strang diskontinuierlich in Stücken von 1000 bis 2000 Basen erfolgt. Biochemie Seite 32 - Sie dient als Schutz vor Nucleasen - Es ist ein Signal für die mRNA für den Transport durch die Kernporen - Sie dient zur Anheftung der mRNA an das Ribosom Am 3‘-Ende werden 50 bis 200 Adenylreste (A), der sogenannte polyASchwanz, bei einem bestimmten Signal, d.h. einer bestimmten Basensequenz, auf der RNA angehängt. Auch dieser wahrscheinlich Schwanz dient dem höchst Schutz vor Nucleasen. So wird die Halbwertszeit der mRNA beträchtlich schlussendlich erhöht. muss die Und RNA noch gespleisst werden. Dies geschieht durch mehrfache Umesterung in einem dazu spezialisierten dafür, dass Enzym. die aneinandergehängt Verantwortlich Exons werden, richtig ist die snRNA. Abbildung 38: PolyA-Schwanz Abbildung 37: CAP-Struktur am Kopf der mRNA Abbildung 39: Wegschneiden der Exons durch zweimalige Umesterung Biochemie Seite 33 Abbildung 40: Galacidalacidesoxyribonucleicacid. Auch der Surrealist Salvador Dalí liess sich 1963 von der DNAStruktur inspirieren. Die drei Teile der Existenz (Leben, Tod, Leben nach dem Tod) wird von der DNA-Helix links symbolisiert. Rechts befinden sich Menschen, die je in einer Ecke eines Salzkristalls stehen. Die Verbindung zum Nachbarn ist durch ein Gewehr gewährleistet. Im Zentrum oben befindet sich Gott, der Jesus hinauf holt. Die ganze Szene wird von Gala, Dalís Lebensgefährtin beobachtet. 2.2.2. Mutationen29 Mutationen an der DNA durch äussere Einflüsse können, falls sie nicht durch Reparaturenzyme geflickt werden, unproblematisch (Ersatz einer Aminosäure durch eine ähnliche Aminosäure) bis letal (Protein nicht mehr funktionsfähig) sein. Andererseits sind Mutationen zwingend dazu notwendig, dass sich eine Art den gegebenen Einflüssen ihrer Umwelt anpassen kann (survival of the fittest). So ist die Sichelzellanämie 30 in Afrika und Süd- und Mittelamerika relativ häufig vertreten. Obwohl homozygote Sichelzellanämieträger schon als Kinder sterben, wird heterozygoten Trägern eine gewisse Resistenz gegen Malaria gewährleistet. Bei tiefer entwickelten Lebewesen werden Mutationen, entwickelten repariert. im Gegensatz Lebewesen, So Anpassungsfähigkeit ist von zu höher kaum mehr die schnelle Bakterien zu erklären. Direkt wirkt sich dies auf die Abbildung 41: Keto-Enol-Tautomerie von Thymin. Links befindet sich Thymin in der Ketoform, rechts in der Enolform. Antibiotikaresistenz vieler pathogener Bakterien aus, was immer zu grösseren Problemen in Spitälern führt. 29 30 vgl. Biounterricht Biobuch in diversen Kapiteln Biochemie Seite 34 Mutationen können durch UV-Licht, durch Chemikalien oder spontan hervorgerufen werden. Spontane Mutationen sind vor allem während der Replikation der DNA von entscheidender Bedeutung. Jede Base kann in verschiedenen tautomeren Formen vorkommen (Abbildung 42). Diese Formen befinden sich im Gleichgewicht. Normalerweise liegt die Base in der DNA in der Ketoform vor. Kommt es während der Replikation zu einer Umlagerung in die Enolform, führt dies zu einer Fehlbasenpaarung und damit zu einer Mutation während der DNA-Replikation. Abbildung 42: Thymin als Keton paart sich mit Adenin, Thymin als Alkohol mit Guanin. Eine nächste spontane Mutation kann durch den Verlust einer Purinbase oder, etwas seltener, einer Pyrimidinbase zustande kommen. Grund ist die hydrolytische Spaltung der glykosidischen Bindung zwischen der Base und dem Zucker. Bei der Replikation wird in diese daraus entstehende Lücke durch die Polymerase irgendeine beliebige Base eingefügt. Auch reaktive Sauerstoffverbindungen wie Wasserstoffperoxid und Hydroxylradikale können zu Mutationen führen. UV-Licht bewirkt eine Dimerisierung zweier Pyrimidinbasen, wie dies am Beispiel von Thymin gezeigt ist (Abbildung 43). Chemische Mutagene sind viele bekannt (Abbildung 45). So zum Beispiel 5-Bromuracil, salpetrige Säure, Benzol und Benzpyren. 5-Bromuracil ist ein Thyminanaloga. Der Anteil des Enoltautomers ist jedoch höher als beim Thymin, wahrscheinlich wegen der höheren Elektronegativität das Br gegenüber der Methylgruppe. So kommt es zu einer Paarung mit Guanin anstelle von Adenin (Abbildung 46). Salpetrige Säure wirkt auf die Aminogruppen in den Basen. Adenin wird zum Beispiel zu Hypoxanthin desaminiert, das statt mit Thymin mit Cytosin paart. Aromatische Verbindungen können, da sie flach sind, gut in die DNA hinein geschoben werden, was zu einer Verschiebung der Basen führt. Das vor allem in Zigarettenrauch aber auch in Dieselabgasen und zu stark gebratenem Fleisch vorkommende Benzpyren wird zuerst durch körpereigene Enzyme so abgewandelt, dass es einen Dreiring gibt. Dieser wird durch den Stickstoff des Guanins nucleophil angegriffen (Abbildung 47). Abbildung 43: Eine durch UVLicht hervorgerufene Dimerisierung Biochemie Seite 35 Abbildung 47: Cancerogene Wirkung von Benzpyren Abbildung 46: 5-Bromuracil, das leichter in seine Enolform übergeht Abbildung 45: Einige chemische cancerogene Stoffe Abbildung 44: Wirkung von salpetriger Säure auf die DNA Biochemie Seite 36 2.2.3. Editieren von RNA Ein ursprünglich bei Trypanosomen beschriebenes Phänomen ist das editieren von RNA. Dabei versteht man die nachträglich Korrektur der RNA, indem U eingefügt oder seltener weggeschnitten wird. Gesteuert wird dieser Vorgang durch guide-RNA (gRNA), die komplementär zur RNA ist, die editiert werden soll. In Trypanosomen können so bis zu 50 % Proteincodierung der Nucleotide, notwendig sind, die zur eingefügt werden. RNA-Editing wurde in mRNA, tRNA und rRNA von eukaryontischen Zellen beobachtet, nicht aber bei Prokaryonten. Eine weitere Art von RNA-Editing ist erst seit kurzem bekannt. So kann bei Säugern die mRNA für Apolipoprotein B editiert werden (Abbildung 49). Dabei wird in Darmzellen ein Cytidin desaminiert, resultierend in einem Uridin, was zu einem Stoppcodon führt. Dieses Editing geschieht aber nicht in Leberzellen. Ausgehend von der gleichen mRNA Abbildung 48: Desaminieren von Cytidin zu Uracil (oben) und von Adenosin zu Inosin (unten) können somit zwei von der Grösse unterschiedliche Proteine produziert werden. Weiter kann Adenosin zu Inosin, das als Guanosin gelesen wird, desaminiert werden. Ein Beispiel dafür ist ein Serotoninrezeptor im Gehirn, bei dem durch RNA-Editing drei Aminosäuren ausgetauscht werden.. Neuere Forschungsresultate weisen darauf hin, dass bei depressiven Selbstmordopfern ein erhöhtes Editing statt findet. Mäuse, die mit dem Psychopharmaka Fluoxetin (Fluctin, Sarafem, Prozac) behandelt werden, vermindern das Editing im Serotoninrezeptor. CAA apo-B gene TAA 5’ CAA _ UAA No editing CAA 5’ UAA 3’ UAA An apo-B mRNA 5’ Apo-B100 Protein In Liver Abbildung 49: mRNA ohne Editing in der Leber (links) und mit Editing im Darm (rechts) Apo-B48 Protein In Intestine UAA An Biochemie Seite 37 2.3. Metabolismus Purine und Pyrimidine können grundsätzlich im Körper selbst hergestellt werden, d.h. sie müssen nicht mit der Nahrung aufgenommen werden. Die Stickstoffe stammen ausnahmslos aus Aminosäuren, aber auch die meisten C-Atome haben ihren Ursprung bei Aminosäuren (Abbildung 50). Neben diesem Syntheseweg gibt es für Purinbasen auch die Möglichkeit, recycliert zu werden. D.h. beim Abbau von Nucleinsäuren können Purine auf einfache, energetisch viel günstigere Art, wieder zu neuen, den Bedürfnissen entsprechenden Weise hergestellt werden. Abbildung 50: Herkunft der Kohlenstoff- und Stickstoffatome bei den Pyrimidinen Der Abbau der Purine endet bei den Primaten bei der Harnsäure (Urat). Der Mensch scheidet pro Tag ungefähr 0.6 g Harnsäure aus. Sie stammt z.T. aus den mit der Nahrung aufgenommenen Purinen, z.T. aus dem Turnover der Purinnucleotide aus den Nucleinsäuren. Die Gicht, deren Ursachen lange Zeit irrtümlicherweise in einem „zu guten Leben“ gesehen wurde, ist eine Erkrankung der Gelenke, die O O O H3 C NH HN NH NH O NH N CH3 O NH N CH3 Theophyllin NH O CH3 N HN N gewöhnlich bei Männern auftritt. Sie wird durch erhöhte Harnsäurekonzentration in Blut und Gewebe verursacht. Durch die Ablagerung von Natrium-Urat-Kristallen entzünden sich die Gelenke, schmerzen und werden arthritisch. Auch die Nieren werden betroffen, denn überschüssiges Urat wird in den Koffein O N N N O Xanthin H3 C CH3 NH CH3 Theobromin Abbildung 51: Natürlich vorkommende Xanthin-Derivate. Koffeinkonzentrationen in Lebensmitteln: Kaffee (40 – 90 mg/dl); Schwarztee (15 – 25 mg/dl); Cola-Getränke (7 – 24 mg/dl); Red Bull (32 mg/dl); Schokolade (20 – 30 mg/100g) Nierentubuli abgelagert. Die genaue Ursache der Gicht ist nicht bekannt, aber man vermutet, dass sie durch einen partiellen genetischen Defekt eines oder Purinstoffwechsels verursacht Krankheit anderem unter mehrerer wird. mit Enzyme Gelindert einer Diät, des wird die bei der Nahrungsmittel, die besonders reich an Nucleinsäuren oder Nucleotiden sind (Leber), gemieden werden. Zudem darf kein Kaffee und Tee getrunken werden, da sie die Purine Coffein und Theobromin enthalten (Abbildung 51). Ein fast völliges Fehlen des Enzyms, das bei der Gicht schon vermindert ist, führt zum Lesch-Nyhan-Syndrom. Die Patienten zeigen einen zwanghaften Drang zur Selbstzerstümmelung. Im Alter von zwei bis drei Jahren fangen Kinder an, ihre Finger und Lippen anzunagen. Gegenüber anderen Kindern zeigen sie sich aggressiv. Geistige Behinderung und spastisches Verhalten sind weitere Charakteristika der Krankheit. Schon bald tritt die Gicht ein. Die Krankheit wird geschlechtsgebunden rezessiv vererbt. Biochemie Seite 38 Bei Amphibien und den meisten Fischen geht der Abbau der Nucleoside weiter bis zu zwei Molekülen Harnstoff und einem Glyoxylat. Das gleiche gilt bei den Menschen für den Abbau der Pyrimidine. Auch hier ist Harnstoff das Ausscheidungsprodukt des Stickstoffs. Das Kohlenstoffgerüst wird via Succinyl-CoA in den Citratcyklus geschleust, und dort weiter verwertet (s. Kapitel 1). Abbildung 52: Der Abbau der Harnsäure 2.4. Weitere Funktionen von Nucleosiden Nucleosidmono-, -di- und –triphosphate spielen aber nicht nur bei den Nucleinsäuren eine wichtige Rolle, sondern sie sind auch für andere Aufgaben im Körper wichtig. Die wohl bekannteste Aufgabe ist diejenige des Adenosintriphosphates (ATP4-), das der Energiespeicher im Körper ist, und somit das chemische Bindeglied darstellt zwischen energieerzeugenden und energieverbrauchenden Zellaktivitäten. Mehr dazu finden Sie in Ihrem Biologiebuch und im ersten Kapitel. Moleküle mit Phosphatgruppen sind generell sehr energiereiche Verbindungen. Bei der Hydrolyse von ATP zu ADP + Pi werden beispielsweise 30.5 kJ/mol frei. Selten wird ATP auch zu AMP hydrolysiert, wobei eine Diphosphatgruppe (PPi) abgespalten wird. Adenosin hat eine weitere Aufgabe als cyklisches Adenosinmonophosphat (cAMP). cAMP dient als sogenannter „second messenger“ innerhalb der Zelle, d.h. es gibt ein Signal, das von ausserhalb der Zelle kommt, innerhalb der Zelle weiter. Vor allem das Signal von lipophoben Hormonen wie Adrenalin und Glucagon wird so weitergeleitet, da die Hormone selber die Zellwand nicht durchdringen können. ATP wird dabei mit einem speziellen Protein, Adenylatcyklase genannt, zu cAMP cyclisiert, anschliessend mit einem anderen Enzym wieder zu AMP deaktiviert, nachdem es das Signal Abbildung 53: Biosynthese und Abbau von cAMP Biochemie Seite 39 weitergegeben hat. Wie aber wird die Adenylatcyklase aktiviert? Die Antwort liegt in einem zweiten Protein (G-Protein), das seinen aktiven Zustand erhält, wenn es GTP, also ein weiteres Nucleosidtriphosphat, bindet. Die Reaktionsfolge ist in Abbildung 54 zusammengefasst. Inaktiviert wird die Adenylatcyklase, indem GTP zu GDP + Pi hydrolysiert wird. Bei der Cholera, einer Krankheit, die durch ein Bakterium verursacht wird, kann GTP nicht mehr hydrolysiert werden. Der Grund ist ein Protein, das vom Bakterium stammt und diese Reaktion hemmt. Die Folge ist eine dauernde Produktion von cAMP, das wiederum einen dauernden aktiven Transport von Na+ und Wasser in den Darm bewirkt. Der Patient leidet unter einem starken Durchfall, bei dem innerhalb weniger Stunden mehrere Liter Wasser verloren werden. Wenn die Flüssigkeit nicht ersetzt wird, führt der Wasserverlust zu einem Schock und zum Tod. Auch Uridin wird als Aktivator für gewisse Reaktionen gebraucht, wie Sie es bereits beim Abbau der Galactose kennengelernt haben. Abbildung 54: Weiterleitung des Signals, ausgehend von einem Hormon, via ein G-Protein an die Adenylatcyklase. Biochemie Seite 40 3. Lipide Ohne Lipide könnte keine bekannte Lebensform existieren. Zur Klasse der Lipide gehören die amphiphilen Phospholipide und Sphingolipide, welche die Membranstruktur der Zellen ausmacht. Triacylglicerine, die ebenfalls zu den Lipiden gehören, sind die energiedichtesten Speicherverbindungen, und werden im Fettgewebe gespeichert. Bei ihnen handelt es sich um wasserunlösliche, ölige oder fettige organische Verbindungen. Aber nicht nur Lipide bauen die Zellmembran auf, sondern auch weitere Bestandteile wie das Cholesterin, von dem sich die Steroidhormone und die Gallensäure ableiten lassen. 3.1. Eigenschaften der Lipide Der amphiphile (gr.: amphi: beidseitig; philos: Liebe) Charakter der Lipide ist eine wichtige Voraussetzung für den Bau von Zellmembranen. Je nach Anteil in einer wässrigen Lösung ordnen sich die Lipide zu einer bestimmten Struktur an. In geringen Konzentrationen werden Micellen gebildet, bei denen sich die hydrophoben Schwänze gegeneinander richten, während die hydrophilen Teile nach aussen zeigen. Triacylglyceride (Speisefette) Cholesterin können selber keine Micellen bilden, da sie keinen hydrophilen Teil haben. Sie imstande, sind sich an aber die polaren Lipide anzulagern und so gemischte Micellen zu bilden. Protein (%) und Lipid (%) Kohlenhydrat (%) HepatocytPlasmamembran 46 54 2-4 ErythrocytPlasmamembran 49 43 8 Innere Mitochondrienmembran 76 24 0 Myellinmembran 18 79 3 Tabelle 1: Zusammensetzung verschiedener Biomembranen Derartige gemischte Micellen sind eine wichtige Voraussetzung für die Lipidresorption im Darm. Eine wichtige Eigenschaft von Lipiden ist die Ausbildung von Doppelschichten. Dabei richten sich die hydrophoben Schwänze gegeneinander, die hydrophilen Köpfe verbinden sich aussen mit der wässrigen Phase. Auf diese Weise können biologische Membranen ausgebildet werden. Behandelt man solche Membrane mit Ultraschall, entstehen Liposomen, die aufgrund ihrer strukturellen Ähnlichkeit mit zellulären Membranen die Plasmamembran vieler Zellen relativ leicht permeieren können. Liposomen werden deshalb zum Teil mit nicht membrangängigen Wirkstoffen beladen und auf diese Weise als Vehikel benutzt, so dass Arzneimittel, Enzyme und DNA in den intrazellulären Raum transportiert werden können. Auch das Sonnenschutzmittel „Daylong“ basiert auf Liposomen und garantiert so einen wasserfesten Schutz vor Sonnenstrahlung. Biochemie Seite 41 Monomolekulare Schicht Micelle Doppelschicht Liposom Abbildung 55: Möglichkeiten der Anordnungen der amphiphilen Lipide 3.2. Biomembrane und Stofftransport Die wichtigsten Grundlagen über Biomembrane und den Stoffaustausch finden Sie im Kapitel 8 Ihres Biobuches (nur Grafiken durch gehen). Die Zusammensetzung der Membranen kann je nach Zelltyp und Organell stark variieren (Tab. 1). Beim aktiven Transport durch eine Zellmembran unterscheidet unterscheiden zwischen einem Uniport, einem Symport und einem Antiport. Dabei ist zwingend nötig, dass beide Stoffe gleichzeitig transportiert werden. Als Beispiel solcher Transportprozesse sei hier die Aufnahme von Glucose aus dem Dünndarm erwähnt. Der gegen einen Konzentrationsgradienten erfolgende Glucosetransport aus dem Dünndarm in die Abbildung 56: Möglichkeiten für den aktiven Transport durch eine Zellmembran Zelle wird durch einen Natriumgradienten getrieben (Symport). Die zu diesem Zweck notwendige niedrige Natriumkonzentration im Zellinnern wird durch die hohe Aktivität der Na/K-ATPase (Antiport) auf der gegenüberliegenden Zellwand gewährleistet. Glucose wird ebenfalls auf der anderen Seite der Zelle wieder entlassen, jedoch durch ein passives Transportsystem. Biochemie Seite 42 Abbildung 57: Transport der Glucose aus dem Darm 3.3. Fettsäuren und Speicherfette Informationen über Fettsäuren finden Sie im Biobuch auf Seite 83 und im Chemiebuch im Kapitel 16.2. Fast alle natürlich vorkommenden Fettsäuren haben eine gerade Anzahl C-Atome; diejenigen mit 16 und 18 C-Atomen sind die häufigsten. Diese Kohlenstoffketten können gesättigt oder ungesättigt sein mit einer oder mehreren Doppelbindungen. Ganz allgemein sind ungesättigte Fettsäuren sowohl in tierischen wie in pflanzlichen Fetten doppelt so häufig wie gesättigte. Die meisten ungesättigten Fettsäuren haben eine Doppelbindung zwischen den C-Atomen 9 und 10. Bei zwei oder mehr Doppelbindungen sind diese niemals konjugiert (Einfach- und Doppelbindung abwechselnd; -CH=CH-CH=CH-), sondern stets isoliert. Die Doppelbindungen fast aller natürlich vorkommenden ungesättigten Fettsäuren haben cis-Konfiguration, wodurch ein Knick in der Kette entsteht. Die gesättigten Fettsäuren mit Kettenlängen zwischen C12 und C24 sind bei Körpertemperatur fest und haben eine wachsartige Konsistenz, während die ungesättigten Fettsäuren bei dieser Temperatur ölige Flüssigkeiten sind. Die folgende Tabelle zeigt einige häufige Fettsäuren. Biochemie Seite 43 Anzahl C-Atome Formel Systematischer Name Trivialname Gesättigte Fettsäuren 12 CH3(CH2)10COOH Dodecansäure Laurinsäure 14 CH3(CH2)12COOH Tetradecansäure Myristinsäure 16 CH3(CH2)14COOH Hexadecansäure Palmitinsäure 18 CH3(CH2)16COOH Octadecansäure Stearinsäure 20 CH3(CH2)18COOH Eicosansäure Arachidonsäure 24 CH3(CH2)22COOH Tetracosansäure Lignocerinsäure Ungesättigte Fettsäuren 16 CH3(CH2)5CH=CH(CH2)7COOH Palmitoleinsäure 18 CH3(CH2)7CH=CH(CH2)7COOH Ölsäure 18 CH3(CH2)4CH=CHCH2CH=CH(CH2)7COOH Linolensäure 18 CH3CH2=CHCH2CH=CHCH2CH=CH(CH2)3COOH Linoleninsäure 20 CH3(CH2)4CH=CHCH2CH=CHCH2CH=CHCH2CH=CH(CH2)3COOH Arachidonsäure Tabelle 2: Einige natürlich vorkommende Fettsäuren Im tierischen Organismus produziert das Fettsäure-SynthaseSystem die Palmitinsäure (s. Kapitel 3.5.). Von ihr ausgehend können weitere gesättigte Fettsäuren und die einfach ungesättigte Fettsäure Ölsäure hergestellt werden. Dem tierischen Organismus fehlen dann aber die Enzyme, weitere Doppelbindungen einzuführen, obschon auch diese Fettsäuren für den Körper notwendig sind. Sie müssen deshalb mit der Nahrung essentielle aufgenommen Fettsäuren. werden. Man Linolsäuremangel nennt sie verursacht daher zum Beispiel bei der Ratte eine schuppige Dermatitis. Weiter sind eine Wachstumsverlangsamung, Schäden der Nieren und Fertilitätsstörungen bekannt. Man hat auch beobachtet, dass Hautveränderungen bei Kleinkindern, die mit einer speziell fettarmen Diät ernährt wurden, nach der Zugabe von Linolsäure verschwinden. Die ungesättigte C20-Fettsäure ist Edukt zur Synthese der Eikosanoiden, zu denen die Prostaglandine, Thromboxane und Leukotriene gehören (Abbildung 57). Dies sind hormonähnliche Substanzen, die in den meisten tierischen Geweben produziert werden. Die Prostaglandine sind vor allem an der Sensibilisierung der Schmerzrezeptoren beteiligt und für den Dauerschmerz verantwortlich. Eine wichtige Rolle spielen sie Abbildung 58: Biosynthese der ungesättigten Fettsäuren und der Eikosanoide Biochemie Seite 44 zusätzlich auch beim Fieber. Ein viraler oder bakterieller Infekt Prostaglandinen, die bewirkt auf die den Bildung von Hypothalamus wirken. Ein Teil des Hypothalamus dient als Thermoregulationszentrum des Körpers, d.h. er reguliert typische Reaktionen wie Schwitzen oder Wärmeproduktion im Körper. Durch die Einwirkung via den „second messenger“31 cAMP auf dieses Zentrum wird der Sollwert der Körpertemperatur hinaufgeschraubt, was nichts anderes als Fieber bedeutet. Acetylsalicylsäure, der Hauptbestandteil von Aspirin und Alka-Selzer, ist das am meisten verwendete Schmerzmittel. ausgeprägte Es hat zusätzlich entzündungshemmende und fiebersenkende Wirkungen. Daneben ist es der wichtigste Thrombozytenaggregationshemmer. All diese Auswirkungen werden durch die Hemmung der Cyclooxigenase, einem Enzym, das nötig ist zur Biosynthese der Prostaglandine, ausgelöst. Die Nebenwirkungen von Acetylsalicylsäure treten erst bei sehr hohen und sehr langer Anwendung des Medikaments auf. Abbildung 59: Biosynthese der Eikosanoide. Die Cyclooxigenase wird durch Aspirin gehemmt 31 Stoff, der ein Signal innerhalb der Zelle weiterleitet (vgl. Kapitel Nucleotide und Nucleinsäuren) Biochemie Seite 45 - - COO COO O O O C CH3 + E NH2 OH + E NH C CH3 Abbildung 60: Aspirin inaktiviert die Cyclooxigenase (E) der Prostaglandinsynthese Thromboxane sind zum Teil Antagonisten zu den Prostaglandinen, d.h. sie bewirken in den Zielzellen einen Abfall der cAMP-Konzentration. Ein gestörtes Verhältnis von Thromboxanen zu Prostaglandin I2 wird für eine Reihe pathologischer Zustände verantwortlich gemacht. So vor allem bei Diabetes und Arteriosklerose. Leukotriene bewirken eine starke Kontraktion der glatten Muskulatur. Sie spielen deshalb eine entscheidende Rolle bei Asthmaanfällen. Auch bei einer Reihe entzündlicher Reaktionen sind die Leukotriene, neben den Prostaglandinen, eingeschaltet. Sie können eine Ödembildung verursachen, und es wird vermutet, dass sie die weissen Blutzellen dazu veranlassen, an den Entzündungsherd zu wandern. Die eigentliche physiologische Funktion ist aber noch nicht geklärt. Knock out Mäuse, die keine Leukotriene mehr produzieren, entwickeln sich normal und überstehen eine Reihe von experimentell ausgelösten Entzündungsund Schockreaktionen besser als Wildtypmäuse. Werden drei Fettsäuren mit dem Alkohol Glycerin verestert, entstehen Triacylglycerine, die Speicherlipide. Je nach Anteil an ungesättigten und kurzen Fettsäuren sind die Triacylglycerine bei Raumtemperatur fest oder flüssig. Tristearoylglycerin ist zum Beispiel der Hauptbestandteil des Rindertalgs, und Trioleolylglycerin der Hauptbestandteil des Olivenöls. Abbildung 61: Der Wedell-Seehund der Antarktis. Die dicke Fettschicht unter der Haut ist nicht nur ein Fettspeicher, sondern sie dient auch wie ein gut sitzender Taucheranzug zur Isolierung gegen die Kälte. Bei Triacylglycerinen der mit Hydrolyse KOH oder von NaOH entstehen Kalium- oder Natriumseifen und Glycerin (Verseifung32). Triacylglycerine kommen nicht in den Zellmembranen vor, sondern bilden im Cytosol der pflanzlichen und tierischen Zellen fein verteilte mikroskopisch kleine Tröpfchen. In den Adipozyten (Fettzellen), bei denen es sich um spezialisierte Zellen des Bindegewebes handelt, füllen diese Fetttröpfchen fast das ganze Zellvolumen aus. Adipozyten befinden sich in grossen Mengen unter der Haut, in der Bauchhöhle und in den Milchdrüsen. Fettleibige Personen können so den Grundenergiebedarf des Körpers von mehreren Monaten speichern. Im Gegensatz dazu kann der Körper nicht einmal den Tagesbedarf an Glykogen speichern. Neuere Untersuchungen über die Anatomie und das Fressverhalten des Pottwales brachten eine weitere biologische Funktion der Triacylglycerine ans Tageslicht. Pottwale erreichen im Durchschnitt eine Länge von 18 m. Ihr Kopf ist sehr gross. Seine Länge macht einen Viertel der Gesamtlänge aus, sein Gewicht mehr als Biochemie Seite 46 ein Drittel des gesamten Körpergewichtes. Der Kopf enthält das Walrat-Organ, das etwa 90 % des Gewichtes des Kopfes ausmacht und sich über dem Oberkiefer befindet. Die speckige Masse dieses Organs besteht aus Bläschen die von einem öligen Bindegewebe umgeben sind. Das Organ enthält bis zu 4 Tonnen Walrat, eine Mischung aus Triacylglycerinen mit einem Überschuß an ungesättigten Fettsäuren. Bei der normalen Körpertemperatur des ruhenden Wals, etwa 37 °C, ist dieses Öl flüssig, bei 31 °C beginnt es aber zu kristallisieren und wird bei einem weiteren Temperaturabfall um einige Grade fest. Über die biologische Bedeutung des Walrats ist lange spekuliert worden. Aus Untersuchungen über die Anatomie und das Fressverhalten des Pottwales war es möglich, Rückschlüsse auf die wahrscheinliche Funktion dieses Öls zu ziehen. Pottwale leben fast ausschliesslich von Tintenfischen, die in großer Tiefe leben. Bei der Nahrungssuche bleiben die Wale etwa 50 min untergetaucht. Danach brauchen sie nur 10 min an der Oberfläche zu bleiben, um ihren Sauerstoffvorrat wieder aufzufüllen und das CO2 auszublasen. Pottwale können sehr tief tauchen, 1000m und mehr. Der gemessene Rekord liegt bei 3000 m. In dieser Tiefe gibt es für den Pottwal keine Konkurrenten für die großen Mengen an Tintenfisch. Während des Tauchens verbringt der Pottwal nur etwa 25 % der Zeit mit Herumschwimmen. Die restliche Zeit liegt er in großer Tiefe unbeweglich auf der Lauer und wartet auf Tintenfischschwärme, die er gierig verschlingt. Nun zurück Walrat-Organ zum Walrat. Will sich ein marines Tier in einer bestimmten Wassertiefe aufhalten, so muß es die gleiche Dichte haben wie das umgebende Wasser. Zu diesem Zweck haben manche Arten eine mit Luft oder Stickstoff gefüllte Schwimmblase, andere speichern Fett, das eine geringere Dichte als Seewasser hat. Der Pottwal aber ist in der Lage, seinen Auftrieb zu variieren. Er kann Abbildung 62: Seitenansicht eines Pottwals. Das Walrat-Organ befindet sich oberhalb des Oberkiefers in dem gewaltigen Kopf des Tieres. ihn der Dichte des Oberflächenwassers des tropischen Ozeans anpassen, aber auch der höheren Dichte des viel kälteren Wassers in großen Tiefen. Der Schlüssel zur Erklärung dieses Phänomens liegt im Gefrierpunkt des Walrats. Wird die Temperatur des flüssigen Öls beim Tauchen um mehrere Grade gesenkt, so erstarrt es und seine Dichte nimmt zu. Dadurch kann der Auftrieb des Wales auf die größere Dichte des Wassers in der Tiefe eingestellt werden. Um ein schnelles Abkühlen des Öls während des Tauchens zu erreichen, ist das Walrat-Organ stark von Blutkapillaren durchzogen. Bevor das schnell zirkulierende Blut in diese Kapillaren gelangt, fließt es eine lange Strecke durch die Nase, die der Wal abschließen und während des Tauchens mit kaltem Wasser füllen kann. Dadurch wird das Absinken der Temperatur im Walrat-Organ beschleunigt. Während der Rückkehr zur Oberfläche wird das erstarrte Öl wieder angewärmt und geschmolzen, so daß seine Dichte abnimmt und der Wal eine Dichte erhält, die dem Oberflächenwasser entspricht. Wir sehen also, daß die Evolution beim Pottwal eine bemerkenswerte anatomische und biochemische Anpassung hervorgebracht hat. Die vom Pottwal synthetisierten Triacylglycerine enthalten die Fettsäuren der passenden Länge und mit dem passenden Sättigungsgrad für den passenden Schmelzpunkt des Walrats. Dadurch kann das Tier mit einem minimalen Aufwand an Energie in großer Tiefe verweilen und Nahrung aufnehmen, ohne dauernd Schwimmbewegungen machen zu müssen. 32 vgl. Praktikum Biochemie Seite 47 3.4. Membranbestandteile und Folgeprodukte Die Zellmembran wird als sogenanntes „flüssiges Mosaik“ betrachtet, demzufolge eine seitliche Bewegung der Membranproteine möglich ist. Je mehr ungesättigte Fettsäuren eine Zellmembran enthält, desto höher ist die Fluidität. Zudem sind die meisten Membrane nach einer Seite ausgerichtet (asymmetrisch), d.h. einige Lipide sind vermehrt auf der einen Seite, andere vermehrt auf der anderen Seite anzutreffen. Die Fettsäuren aller Membranen werden auf der dem Cytosol zugewandten Seite des ER gebildet, ein Teil der neu gebildeten Fettsäuren muss also auf die andere Seite der ER-Membran befördert werden. Dieser sogenannte flip-flop Mechanismus wird durch Flippasen in der ER-Membran katalysiert. Das ER produziert auch Cholesterol und Ceramid. Das Ceramid wird in den Golgi-Apparat befördert. Dort werden ihm auf der dem Cytosol abgewandten Seite die polaren Kopfgruppen angehängt. Diese Art von Lipiden sind also nur auf der dem Cytosol abgewandten Seiten der Membranen anzutreffen, da es im Golgi keine Flippasen gibt. 3.4.1. Phospholipide Die häufigsten Vertreter von Zellmembranen sind Phospholipide. Sie enthalten zwei Fettsäuren am Glycerin, vorwiegend mit 16 oder 18 C-Atomen, wobei die erste Fettsäure meist gesättigt, die zweite jedoch ungesättigt ist. Die dritte Hydroxylgruppe des Glycerins ist mit Phosphorsäure verestert, was zur Phosphatidsäure (oder Phosphatidat), (Abbildung der Ausgangsverbindung 63). Die der häufigsten Phosphoglyceride Phosphoglyceride führt sind Phosphatidylethanolamin (PE) und Phosphatidylcholin (PC), auch Lecithin genannt. Weitere Phosphoglyceride sind Phosphatidylserin (PS) und Phosphatidylinositol (PI). Bei allen Phosphoglyceriden sind die Phosphatgruppen bei pH 7 negativ geladen. Aber auch die unterschiedlichen Kopfgruppen können bei physiologischem pH-Wert Ladungen tragen (Abbildung 65). Unter der Einwirkung von Phospholipasen33 entstehen aus Phosphoglyceriden durch Abspaltung einer Fettsäure die entsprechenden Lysophosphoglyceride. Der bekannteste Vertreter dieser Gruppe ist das Lysophosphatidylcholin, welches schon in geringen Mengen hämolytisch (die roten Blutkörperchen auflösend) wirkt. Phospholipasen, die zur Bildung von Lysophosphoglyceriden führen, kommen u.a. in Schlangengiften vor und sind mit ein Grund für die Gefährlichkeit dieser Gifte. Cardiolipin, ein charakteristischer Bestandteil der inneren Mitochondrienmembran, ist eine Art doppeltes Phosphoglycerid (Abbildung 64). Abbildung 63: Phosphatidat, die Ausgangssubstanz der Phosphoglyceride 33 Enzyme, die eine bestimmte Bindung an den Phosphoglyceriden hydrolysieren. Biochemie Seite 48 Abbildung 65: Die häufig vorkommenden Phosphoglyceride. Die Phosphatgruppe ist mit einem „Kopf“ verestert. Die Ladungen entsprechen einem pH-Wert von 7. Biochemie Seite 49 3.4.2. Sphingolipide Die Sphingolipide, die zweite grosse Klasse der Membranlipide, enthalten ebenfalls einen polaren Kopf und zwei unpolare Schwanzketten, aber kein Glycerin. Dabei ist Sphingosin meistens die Ausgangsverbindung. Man unterscheidet bei den Sphingolipiden zwischen den Sphingomyelinen, den Cerebrosiden und den Gangliosiden. Die Sphingomyeline kommen besonders reichlich in den Myelinscheiden vor, von denen bestimmte Nervenzellen umgeben sind. Als Kopfgruppe enthalten sie Phosphocholin oder Phosphoethanolamin. Die Cerebroside enthalten einen oder mehrere Zucker als Kopfgruppe (Abbildung 67). Charakteristische Bestandteile der Zellmembranen im Gehirn ist das Galactocerebrosid, das als Zucker die Galactose enthält. Mehrere Zuckereinheiten bilden komplexere Cerebroside, die wichtige Bestandteile der Zelloberfläche sind. Die Ganglioside enthalten sehr grosse polare Kopfgruppen mit mehreren Zuckern. In der grauen Substanz des Gehirns machen Ganglioside bis zu 6% der Membranlipide aus. Sie sind wichtige Bestandteile der Rezeptorstellen auf der Oberfläche von Zellmembranen. Sie werden z.B. an den Nervenenden gefunden, an die die Neurotransmitter während der chemischen Übertragung eines Impuls von einem Nerv zum nächsten gebunden werden. Abbildung 66: Sphingosin Biochemie Seite 50 Abbildung 67: Links: ein Gangliosid; Sie kommen besonders häufig auf den Zelloberflächen von Nervenenden und an spezifischen Rezeptorstellen vor. Mitte: Sphingomyelin; Kommt in den Membranen vieler tierischer Gewebe vor; wurde erstmals aus der Myelinscheide isoliert. Rechts: Galactocerebrosid mit einer Galactose als Kopfgruppe. 3.4.3. Steroide Steroide sind fettlösliche, unverseifbare Moleküle mit vier kondensierten Ringen. Die verbreitetsten Steroide sind die Sterine, das sind Steroidalkohole, deren Hauptvertreter in tierischen Geweben das Cholesterin ist. Cholesterin und seine Ester mit langkettigen Fettsäuren sind wichtige Bestandteile der äusseren Zellmembranen. Das Cholesterin enthält die Hydroxylgruppe als polaren Kopf. Wegen der Starrheit des 4-Ring-Systems bewirkt die Gegenwart von Cholesterin eine Verringerung der Fluidität der Membranen. Abbildung 68: Cholesterin Cholesterin ist das Edukt zur Biosynthese der Steroidhormone, die in der Nebennierenrinde (Cortisol), in den Eierstöcken (β-Östradiol), dem Gelbkörper (Progesteron) und den Hoden (Testosteron) gebildet werden. Weitere Steroide sind die für die Lipidaufnahme wichtigen Gallensäuren und die für den Calciumhaushalt und somit für die Knochenbildung wichtigen D-Vitamine. Biochemie Seite 51 3.5. Fettsäuremetabolismus Verlassen wir nun wieder die Zellmembrane und betrachten wir die Stoffwechselwege der Fettsäuren. 3.5.1. Anabole Stoffwechselwege In tierischen Geweben sind die sieben an der Fettsäurebiosynthese beteiligten Enzyme zu einem Komplex zusammengeschlossen, dem FettsäureSynthase-System, dessen gesamtes Molekulargewicht 400'000 unit beträgt. Der Komplex befindet sich im Cytosol. In der Mitte befindet sich ein Enzym mit einem Pendelarm, das die Zwischenprodukte von einem aktiven Zentrum an das nächste weitergibt. Als Ausgangssubstanz Dieses im dient Acetyl-CoA. Mitochondrium bei der Glykolyse entstehende Produkt muss also in das Cytosol transportiert werden. Dies erfolgt indirekt via Citrat (Abbildung 69). Reaktionen im Die einzelnen Fettsäure-Synthase- System sind in der nächsten Abbildung zusammengefasst. Als Endprodukt entsteht die Palmitinsäure, die nach Abbildung 69: Der Acetylgruppen-Shuttle für den Transport von Acetylgruppen aus dem mitochondrialen Acetyl-CoA ins Cytosol. Damit bleibt gewährleistet, dass der mitochondriale und der cytosolische Coenzym A-Pool konstant bleibt. Wunsch zu weiteren Fettsäuren metabolisiert werden kann (s. Kapitel „Fettsäuren und Speicherfette). Biochemie Seite 52 CO2 CO2 Abbildung 70: Einzelreaktionen der Biosynthese langkettiger, geradzahliger Fettsäuren aus Acetyl-CoA Abbildung 71: „Pendelarm“, an dem die neu entstehende Fettsäure hängt; oben nur noch als „S“ angegeben Biochemie Seite 53 3.5.2. Katabole Stoffwechselwege Fette bestehen, wie schon erwähnt wurde, aus einem Glycerin, das mit drei Fettsäuren verestert ist. Falls Energie benötigt wird, spalten Lipasen im Cytosol die drei Fettsäuren vom Glycerin ab. Das dabei Glycerinaldehyd-3-phosphat Fettsäureabbau, die in entstandene die sogenannte Glycerin Glykolyse β-Oxidation, wird beim eingeschleust. findet Der jedoch im Mitochondrium statt. Zu diesem Zweck muss die Fettsäure in einem dreistufigen Prozess in das Mitochondrium gebracht werden. Zuerst wird ein Coenzym A ATP-abhängig an die Fettsäure gehängt: RCOOH + ATP + CoA → Acyl-CoA + AMP + PPi Dabei entsteht ein Acyl-CoA34 und anorganisches Diphosphat. Das Acyl-CoA übergibt anschliessend die Fettsäure an Carnithin, einem Protein in der inneren Mitochondrienmembran. Das Carnithin seinerseits übergibt die Fettsäure wieder einem Coenzym A, jedoch im Innern des Mitochondriums. Dieser Dreistufenvorgang für den Transport der Fettsäuren in das Mitochondrium mag unnötig erscheinen, aber durch ihn wird der intramitochondriale vom cytosolischen CoA-Pool getrennt gehalten, und das ist nötig, weil sie verschiedene Funktionen haben. Der CoA-Pool in den Mitochondrien wird hauptsächlich für den Abbau von Pyruvat, Fettsäuren und einigen Aminosäuren gebraucht, während der cytosolische CoA-Pool für Biosynthese die von Fettsäuren verwendet wird. Der Abbildung 72: Palmitinsäure mit dem Coenzym A verestert und somit parat zum Abbau eigentliche Abbau der Fettsäure erfolgt dann in einem Abbildung 73: Transport der Fettsäure durch die innere Mitochondrienmembran. Somit bleibt der Coenzym A-Pool auf beiden Seiten erhalten. Cyklus, bei dem jeweils zwei C-Atome in Form eines Acetyl-CoA abgeschnitten werden. Zusätzlich entstehen pro Cyklus ein FADH2 und ein NADH + H+, die direkt in die Elektronentransportkette eingebracht werden können. Das Acetyl-CoA geht seinen bekannten weg in den Citratcyklus. 34 Nicht zu verwechseln mit dem Acetyl-CoA, bei dem „nur“ eine Essigsäure am Coenzym A hängt. Biochemie Seite 54 Abbildung 74: Abbau der Fettsäuren durch β-Oxidation (links). Pro Umlauf entsteht ein Acetyl-CoA, bis nur noch ein Acetyl-CoA übrig bleibt (rechts). 3.5.3. Verknüpfung der Stoffwechselwege Der erste Stoff für die Fettsäurebiosynthese ist das Acetyl-CoA, das unter anderem auch beim Zuckerabbau entsteht. Mit anderen Worten: ist zu viel Glucose vorhanden und der Glykogenspeicher gefüllt, wird im Körper aus Glucose Fett aufgebaut, da der Energiegehalt in Bezug auf das benötigte Volumen bei Fett günstiger ist als beim Glykogen. Der erste Stoff für die Gluconeogenese ist Oxalacetat bzw. Malat. Bei der β-Oxidation entsteht jedoch Acetyl-CoA. Um von da zum Oxalacetat zu kommen, müssen Schritte des Citratcyklus durchlaufen werden. Wird nun Abbildung 75: Der Glyoxylatcyklus das entstehende Oxalacetat für die Gluconeogenese verwendet, entleert sich der Citratcyklus, was nicht passieren darf. Mit anderen Worten: die Nettosynthese von Glykogen aus Fetten ist Biochemie Seite 55 im tierischen Organismus nicht möglich. Dies alles gilt für den tierischen Organismus, Pflanzen jedoch haben eine Lösung für dieses Problem gefunden: den Glyoxylatcyklus (Abbildung 75). In diesen Cyklus werden zwei Acetyl-CoA eingeschleust, und ein Succinat abgezweigt. Ausser den Schritten vor und nach dem Glyoxylat sind alles Reaktionen des Citratcyklus. Auch das Succinat geht via Fumarat und Malat zum Oxalacetat, also auch Reaktionen des Citratcyklus. Das Oxalacetat kann anschliessend für die Gluconeogenese verwendet werden. Sehr aktiv ist der Glyoxylatcyklus in keimenden Pflanzensamen, wo er die aus den gespeicherten Fetten stammenden Acetylreste in Glucose umwandelt, damit Cellulose hergestellt werden kann35. Abbildung 76: Die zwei neuen Reaktionen, die in der tierischen Zelle nicht möglich sind. Alle anderen Reaktionen des Glyoxylatcyklus sind Reaktionen des Citratcyklus. 35 Zeichnen Sie den Citratcyklus und den Glyoxylatcyklus ineinander verknüpft auf und beachten Sie die zum grossen Teil identischen Zwischenprodukte. Die individuellen Moleküle können natürlich nicht nur einem Cyklus zugeordnet werden, da die Cyklen nicht getrennt voneinander ablaufen. Biochemie Seite 56 4. Proteine Proteine sind Polykondensate aus den Aminosäuren und machen mit mehr als 20 % des Feuchtgewichtes den bedeutendsten Anteil organischer Makromoleküle von Zellen, Geweben und Organen aus. Nach groben Schätzungen enthält der menschliche Organismus etwa 50'000 verschiedene Proteine. Proteine sind für die Zellstruktur und den Aufbau und Funktion von Geweben verantwortlich. Proteine regulieren und katalysieren chemische Reaktionen (Enzyme), übermitteln Signale von Zelle zu Zelle (Hormone, Zytokine), erkennen diese Signale und leiten sie dem Zellinnern weiter (Rezeptoren und Signalübermittlungssysteme), transportieren schlecht wasserlösliche Stoffe wie Sauerstoff (Hämoglobin) und leiten oder pumpen Ionen durch Zellmembranen (Ionenkanäle und –pumpen). 4.1. Aminosäuren Die Struktur der Aminosäuren finden Sie in Ihrem Chemiebuch Kapitel 27.5 Aminosäure 3-BuchstabenAbkürzung 1-BuchstabenAbkürzung und im Biobuch S. 87. Meistens Alanin Ala A werden die Aminosäuren nicht mit Arginin Arg R ihrem vollen Namen ausgeschrieben, Asparagin Asn N sondern Asparaginsäure Asp D Einbuchstabenabkürzungen. Unterteilt Cystein Cys C werden die Aminosäuren in solche mit Glutamin Gln Q unpolaren es gibt Drei- oder (hydrophoben) Glutaminsäure Glu E Restgruppen (Ala, Val, Leu, Ile, Pro, Glycin Gly G Met, Phe, Trp), mit polaren aber Histidin His H ungeladenen Restgruppen (Gly, Ser, Isoleucin Ile I Thr, Cys, Tyr, Asn, Gln), mit negativ Leucin Leu L geladenen Restgruppen (Asp, Glu) Lysin Lys K und mit positiv geladenen Methionin Met M Restgruppen (Lys, Arg, His). Damit die Phenylalanin Phe F Restgruppen geladen sind, muss ein Prolin Pro P pH-Wert also Serin Ser S Das von physiologische 7.4 vorliegen, Bedingungen. Threonin Thr T heisst aber auch, dass Aminosäuren in Tryptophan Trp W wässriger Lösung ionisiert sind und Tyrosin Tyr Y sogenannte Zwitterionen bilden. Wie Valin Val V Wasser auch sind sie Ampholyte: Tabelle 3: Abkürzungen für die Aminosäuren Biochemie Seite 57 H R C H COOH H+ NH3 + R H H+ COO- C R COO- C NH3 NH2 + Abbildung 77: Allgemeine Struktur der Aminosäuren mit zunehmendem pH-Wert Neben den 20 Standard-Aminosäuren, die in allen Proteinen vorkommen, wurden besondere Aminosäuren als Bestandteil nur einiger bestimmter Proteinarten gefunden. Jede der besonderen Aminosäuren leitet sich von einer der 20 häufigen Aminosäuren ab. 4-Hydroxyprolin und 5-Hydroxylysin findet man im fibrillären Collagen des Bindegewebes, N-Methyllysin im Myosin, einem Muskelprotein, und das komplizierte Desmosin, ein Lysin-Derivat, im fibrillären Protein Elastin. Weiter scheint es auch Selenocystein zu geben. Diese Aminosäure enthält statt des Schwefels im Cystein ein Selen. Bemerkenswert ist, dass diese AS durch ein Stoppcodon codiert wird. Dass die Proteinsynthese hier nicht endet, scheint vor dem Startcodon codiert zu sein; ein bisher unbekanntes Phänomen. Aminosäuren kommen in der Natur ausschliesslich als L-Aminosäuren vor. Die optischen Isomere von Aminosäuren werden spontan, d. h. nicht-enzymatisch, sehr langsam in Racemate umgewandelt, so dass über einen langen Zeitraum eine äquimolare Mischung von D- und L-Isomeren aus dem reinen L- oder reinen Abbildung 78: Seltene Aminosäuren D-Isomer gebildet wird. Jede Aminosäure bildet bei vorgegebener Temperatur Racemate mit einer bekannten Geschwindigkeit. Diese Tatsache kann zur Bestimmung des Alters von lebenden Personen und Tieren oder des Alters fossiler Knochen verwendet werden. So racemisiert zum Beispiel das L-Aspartat des Proteins Dentin, das im äußeren, harten Zahnschmelz vorkommt, bei Körpertemperatur spontan mit einer Geschwindigkeit von 0.10% pro Jahr. Dentin enthält zur Zeit der Zahnbildung während der Kindheit nur L-Aspartat. Das Dentin eines Zahnes kann isoliert und sein Gehalt an D-Aspartat bestimmt werden. Solche Dentin-Analysen wurden an Bewohnern von Bergdörfern in Ecuador vorgenommen, wo einige Menschen behaupteten, ein besonders hohes Lebensalter erreicht zu haben. Einige dieser Behauptungen sind natürlich mit Vorsicht zu beurteilen. Die Racemat-Tests ergaben jedoch relativ genaue Ergebnisse. So ergab der Test z. B. bei einer Frau, deren Alter nach amtlichen Urkunden 97 Jahre war, ein tatsächliches Lebensalter von 99 Biochemie Seite 58 Jahren. Untersuchungen an prähistorischen fossilen Skeletten von Elefanten, Delphinen und Bären zeigten, dass diese Methode sehr gut mit den Ergebnissen von Altersbestimmungen übereinstimmt, die auf Daten des radioaktiven Zerfalls basieren. 4.2. Peptide und Proteine 4.2.1. Primärstruktur Die Biosynthese der Proteine erfolgt im Cytosol. Der Mechanismus ist in Ihrem Biobuch auf der Seite 90 und im Chemiebuch Kapitel 27.6 beschrieben. Die Peptidbindung ist durch die Mesomerie starr. Abbildung 79: Planare Peptidbindung (unten); Polypeptid mit den möglichen Drehachsen (oben) Insulin war das erste Protein, dessen Primärstruktur aufgeklärt wurde. Dabei merkte man aber, dass Insulin aus zwei Ketten besteht, die miteinander durch zwei Disulfidbrücken verknüpft sind. Disulfidbrücken sind zwischen zwei Cys möglich, da dies die einzige Aminosäure mit Schwefel ist. Zwei Cysteine mit einer Disulfidbrücke verbunden nennt man Cystin. Abbildung 80: Primärstruktur von Insulin mit den Disulfidbrücken Biochemie Seite 59 4.2.2. Sekundärstruktur36 Bei der Sekundärstruktur unterscheidet man zwischen α-Helix Collagenhelix β-Faltblatt parallel oder antiparallel β-Schleifen Obwohl alle Strukturen in einem Protein vorkommen können, gibt es trotzdem einige Proteine, die ein Strukturelement vorzugsweise enthalten. So besitzen α-Keratine hauptsächlich eine α-Helix. α-Keratine sind die wichtigsten Faserproteine zum äusseren Schutz der Wirbeltiere. Sie machen fast die gesamte Trockenmasse von Haaren, Wolle, Federn, Nägeln, Krallen, Stacheln, Schuppen, Hörnern, Hufen und Schildkrötenpanzer aus, und sie bilden einen grossen Teil der äusseren Hautschicht. Die einzelnen Schichten der α-Helix werden durch Wasserstoffbrücken zusammengehalten, d.h. aber auch, dass nur die geeigneten Aminosäuren sich zu einer solchen Struktur formieren (gilt für alle Abbildung 81: Der Schildkrötenpanzer besteht vor allem aus Keratin Sekundärstrukturen). Zusätzlich werden benachbarte Helices mit Disulfidbrücken zusammengehalten. Dieser Umstand wird für die Herstellung von Dauerwelle ausgenutzt. Das zu wellende Haar wird zunächst um einen Gegenstand von geeigneter Form aufgedreht. dann wird die Lösung eines Reduktionsmittels aufgetragen und erwärmt. Das Reduktionsmittel spaltet die Disulfidbrücke durch Reduktion der Cystine zu Cysteinresten, ein Rest in jeder Kette. Die feuchte Wärme bricht die Wasserstoffbrücken auf und bewirkt die Entspiralisierung und Dehnung der α-Helix. Nach einiger Zeit wird die Reduktionslösung entfernt und ein Oxidationsmittel aufgetragen, um neue Disulfidbindungen zwischen Cysteinresten benachbarter Polypeptidkette herzustellen. Dies entstehen jedoch nicht zwischen denselben Paaren wie vor der Behandlung. Beim Waschen und Abkühlen der Haare kehren die Polypeptidketten zu einer α-Helix zurück. Die Haarfasern wellen sich nun in der gewünschten Weise, da die neuen Disulfidbrücken eine gewisse Dehnung oder Windung der Bündel des α-Helixstranges in den Haarfasern bewirken. 36 vgl. Biobuch S. 91-93 Biochemie Seite 60 Abbildung 82: α-Helix mit starren Peptidbindungen (oben links), den Wasserstoffbrücken (oben Mitte) und dem Gangunterschied ohne Aminosäurereste (oben rechts). Mechanismus zur Ausbildung einer Dauerwelle (unten) Collagen macht fast ein Drittel der gesamten Proteinmasse aus und ist somit das häufigste Protein. Collagen kommt neben dem Protein Elastin und Proteoglykanen im Bindegewebe vor. Das Bindegewebe umfasst Sehnen, Ligamente, Knorpel und die Grundsubstanz der Knochen (Gelatine). Aber es umfasst auch die Blutgefässe, bildet eine wichtige strukturelle Schicht unter der Haut, hilft beim Zusammenhalt von Zellen und bildet eine extrazelluläre Grundsubstanz zwischen den Zellen. Da Collagenfasern nicht dehnbar sind, bestehen Sehnen, welche die Muskelspannung auf das Skelett übertragen, hauptsächlich aus Collagen. Collagen bildet auch eine Helixstruktur, jedoch mit einem viel grösseren Unterschied zwischen den Spiralen, was eine Wasserstoffbrücke verunmöglicht. Collagen ist deshalb nur stabil, wenn sich drei Helices umeinander winden. Dieses dreisträngige Seil ist seinerseits wieder ein Teil eines grösseren Gebildes, bei dem sich mehrere Seile zu einer Fibrille zusammenlagern. Solche Fibrillen können ungefähr das 10'000-fache Biochemie Seite 61 ihres eigenen Gewichts tragen, und sollen eine grössere Festigkeit haben, als ein Stahldraht gleichen Durchmessers. Abbildung 83: Struktur einer Kollagenfaser Wie schon erwähnt ist auch Elastin ein Bestandteil des Bindegewebes, vor allem da wo eine hohe Elastizität gefragt ist, wie dem Herzkreislaufsystem, den Lungen, den Stimmbänder und der Haut. Elastin enthält die seltene Aminosäure Desmosin, die vier Proteinketten zusammenführen kann. Wie Collagen ist Elastin reich an Gly und Ala, enthält aber statt Pro wie im Collagen Lys. Biochemie Seite 62 Abbildung 84: Verzweigung beim Elastin mit der seltenen Aminosäure Desmosin Die zweite entdeckte Struktur war die Faltblattstruktur, die deshalb auch als β-Struktur oder als β-Faltblatt bezeichnet wird. Im Faltblatt sind die Ketten relativ stark gestreckt und, wie auch in der Helix, gegenseitig durch Wasserstoffbrücken stabilisiert. Die Ketten bilden eine zick-zack Form, wobei sich die Wasserstoffbrücken zwischen den Ketten und nicht innerhalb der Ketten wie bei der α-Helix bilden. βFaltblattstrukturen kommen hauptsächlich in der Seide und den Spinnweben vor, und zeichnen sich durch ihre grosse Elastizität und geringe Dehnbarkeit aus. Wenn zwei eine Faltblattstruktur bildende Peptidketten dieselbe Richtung vom N- zum C-Terminus haben, spricht man von parallelem, bei entgegengesetzter Richtung von antiparallelem Faltblatt. In der Seide sind die Stränge antiparallel angeordnet. Abbildung 85: Räumliche Anordnung der β-Faltblattstruktur (links). Schematische Zeichnung von oben (a) und von der Seite (b) gezeichnet Biochemie Seite 63 An Stellen, an denen die Peptidkette ihre Richtung ändert, findet man häufig sogenannte β-Schleifen. Hier sind vier Aminosäuren so angeordnet, dass sich der ursprüngliche Verlauf der Kette um etwa 180° in die Gegenrichtung umkehrt. Die Schleife wird durch eine Wasserstoffbrücke zwischen den Resten 1 und 4 stabilisiert. 4.2.3. Tertiärstruktur Die dreidimensional Konformation eines gefaltete, Proteins biologisch aktive bezeichnet man als Tertiärstruktur. Die meisten Proteine bestehen aus Kombinationen von Sekundärstrukturelementen, d.h. α-Helices und Schleifenregionen β-Faltblättern, mit die über unterschiedlicher Länge miteinander verbunden sind. In den Abbildungen werden Faltblätter oft als Pfeile, Helices als Spirale oder Zylinder dargestellt. Ein wichtiger Faktor spielt die Tertiärstruktur bei den Prionenerkrankungen, zu denen Scrapie, BSE (bovine spongiforme encaphalopathie) und die CreutzfeldtJakob-Krankheit (CJK) gehören. Die Krankheit wird höchst wahrscheinlich durch eine veränderte dreidimensionale Struktur des Prion Proteins ausgelöst. Das im Hirn vorkommende zelluläre Prion Protein (PrPC) enthält mehr α-Helices, während das Scrapie Prion Protein (PrPSc) eher β-Faltblattstrukturen 37 aufweist . Es könnte also sein, dass sich Teile des Proteins falsch anordnen, und das Protein somit nicht mehr abgebaut werden kann. Jedoch gibt es noch weitere Änderungen, die so interpretiert werden Abbildung 86: Verschiedene Sekundärstrukturen sind zu einem 3-dimensionalen Protein gefaltet 4.2.4. können, dass PrPSc nicht abgebaut werden kann. Quartärstruktur Zusätzlich zu der Tertiärstruktur besitzen manche Proteine einen noch höheren Organisationsgrad, die sogenannte Quartärstruktur. Bei dieser treten mehrere identische oder nichtidentische Untereinheiten mit eigener Primär-, Sekundär- und Tertiärstruktur zu einer Funktionseinheit zusammen. Die Untereinheiten, deren Anzahl von wenigen (4 beim Hämoglobin, 9 bei der ATPase) bis zu einigen Tausenden (Hüllprotein des Tabakmosaikvirus mit 2130 Untereinheiten) reichen kann, werden durch hydrophobe Wechselwirkungen oder Wasserstoffbrücken zusammengehalten. Biochemie Seite 64 Ein bekanntes und gut untersuchtes Protein mit einer Quartärstruktur ist das Hämoglobin. Hämoglobin besitzt vier Untereinheiten, wobei immer zwei identisch sind, und dementsprechend α1, α2, β1 und β2 genannt werden. Die β-Untereinheit ist ihrerseits identisch zum Myoglobin, dem Sauerstoffspeicher in den Muskeln und dem Herz. Beide Proteine besitzen, wie übrigens auch andere Proteine, die Hämgruppe als funktionellen Bestandteil. Häm besteht aus einem Porphyringerüst, in dessen Mitte ein Fe2+ ist. Das Eisenion kann von sechs Seiten koordiniert sein. Vier Koordinationsstellen, alle Abbildung 88: Struktur des Porphyrinringes im innern des Hämoglobins in der gleichen Ebene, werden vom Porphyringerüst besetzt und eine senkrecht dazu von einem Stickstoffatom eines Histidinrestes im Hämoglobin oder Myoglobin. Die zweite senkrecht zum Porphyringerüst stehende Bindung ist offen und dient als Bindungsstelle für ein Sauerstoffatom Abbildung 87: Sauerstoffsättigungskurven von Hämogloboin und Myoglobin (Abbildung 88). Was aber ist der Vorteil, dass Hämoglobin aus 4 Untereinheiten besteht, die alle die gleiche Funktion haben? Ein Blick auf die Sauerstoffanlagerungskurve von Myoglobin und Hämoglobin geben die Antwort. Myoglobin besitzt eine sehr hohe Affinität zu Sauerstoff. Bereits bei 1 bis 2 mbar ist es zu 50 % mit Sauerstoff gesättigt. Dies macht Sinn, da Myoglobin im Herzmuskel bei der Sauerstoffversorgung während der Kontraktionsphase verantwortlich ist. Zudem dient es im Muskel zur Sauerstoffreserve, die bei erhöhtem Sauerstoffbedarf und somit tiefem Druck angezapft werden kann. Hämoglobin jedoch muss Sauerstoff im Blut transportieren. Es ist erst bei 35 mbar zu 50 % gesättigt. Zur Bindung des ersten Sauerstoffmoleküls braucht es einen relativ hohen Druck. Die Affinität von Hämoglobin vervielfältigt sich jedoch nach Bindung des ersten Sauerstoffs um fast das 500-fache. Die vier Untereinheiten sind also nicht voneinander unabhängig. Vielmehr bewirkt die Bindung des ersten Sauerstoffmoleküls eine Konformationsänderung der anderen Untereinheiten, die somit Sauerstoff besser 37 vgl. dazu die Struktur unter http://www.mol.biol.ethz.ch/groups/wuthrich_group/research/struc_pics/mammalian_prions Biochemie Seite 65 binden können (Abbildung 87). Ist man sich der Grössenunterschiede zwischen dem Sauerstoff (32 u) und dem Hämoglobin (64'500 u) bewusst, erscheint dies ziemlich bemerkenswert. Dies ist, als würde ein Floh einen Elefanten zum hüpfen bringen! Was aber ist der Vorteil dieser positiven Kooperativität38? Dazu müssen wir nicht die Aufnahme, sondern die Abgabe von Sauerstoff betrachten. In der Lunge ist es für das Hämoglobin kein Problem, zu 95 % gesättigt zu sein, da hier der Druck (135 mbar) hoch genug ist. In den Zellen arbeitender Muskeln beträgt der Sauerstoff-Partialdruck jedoch nur 35 mbar, da Muskelzellen Sauerstoff mit hoher Geschwindigkeit verbrauchen und daher die lokale Konzentration rasch herab setzen. Der Sauerstoff kann so gut im Muskel abgegeben werden. Nehmen wir nun einmal an, das Hämoglobin würde durch Myoglobin ersetzt. Aus der Sauerstoff-Sättigungskurve sehen wir, dass nur 1-2 % des gebundenen Sauerstoffs vom Myoglobin freigesetzt werden könnten, wenn der Sauerstoff-Partialdruck von 135 mbar in den Lungen auf 35 mbar in den Muskeln herabgesetzt würde. Hämoglobin und Myoglobin sind also für verschiedene Funktionen spezialisiert und adaptiert. Abbildung 89: Struktur von Myoglobin 38 Die Bindung eines Sauerstoffmoleküls erhöht die Wahrscheinlichkeit, dass weitere Sauerstoffmoleküle an die übrigen Untereinheiten gebunden werden. Biochemie Seite 66 Abbildung 90: Quartärstruktur von Hämoglobin mit und ohne Sauerstoff (vgl Biobuch S. 93) Hämoglobin ist aber nicht nur für den Sauerstofftransport zuständig, sondern auch für den Abtransport von zwei Stoffwechselendprodukten: den Protonen zu den Nieren und dem CO2 zu den Lungen. Diese zwei Produkte werden umgekehrt proportional zum Sauerstoff gebunden. Ist also die Sauerstoffkonzentration hoch wie in den Lungen, wird Sauerstoff gebunden und CO2 und H+ abgegeben, in den Muskeln, wo der Sauerstoffdruck tief, die CO2-Konzentration hoch und der pH tief ist, verhält es sich genau umgekehrt. Die Protonen werden in den βAbbildung 91: Sauerstoffsättigungskurve von Hämoglobin in Abhängigkeit vom pH-Wert Ketten an His 146 gehängt, in den α-Ketten an einen anderen Rest. CO2 hingegen wird an den N-Terminus des Proteins angehängt: Biochemie Seite 67 H+ O C + H C NH2 O C C N H H C C O R O R O O Wir sehen also, dass nicht nur die Ketten untereinander „kommunizieren“ müssen, sondern dass auch innerhalb der Kette eine gewisse Absprache vorhanden sein muss. 4.3. Stoffwechsel der Aminosäuren 4.3.1. Anabolismus Die Biosynthesewege der Aminosäuren sind relativ komplex, da es für fast jede Aminosäure einen anderen Weg gibt. Es besteht jedoch auch die Möglichkeit, dass einzelne Aminosäuren Vorstufen von anderen Aminosäuren sind, so zum Beispiel Serin für Glycin oder die zwei Aminosäuren Methionin und Serin für Cystein. Andere wiederum werden über einen gemeinsamen Weg synthetisiert, so zum Beispiel Glutamat, Glutamin und Prolin. Wichtig jedoch ist, dass es 10 für den Menschen essentielle Aminosäuren gibt. Dies sind: Ile, Leu, Lys, Met, Phe, Thr, Try, Val, His und Arg Ein gesunder Erwachsener sollte täglich 32 g Protein zu sich nehmen, damit das Stickstoffgleichgewicht beibehalten wird. In den Industriestaaten der westlichen Welt liegt die Zufuhr mit rund 100 g deutlich höher. Dazu kommen noch rund 300 g, die ein erwachsener Mann mit einem Gesamtbestand von etwa 10 kg Protein synthetisiert. Die Leber dient dabei als zentrales Pufferorgan, um eine Überschwemmung der peripheren Organe mit Aminosäuren zu verhindern. In der Leber werden die Aminosäuren entweder zur Biosynthese von Proteinen (Leber- und Plasmaproteine) oder unter Ammoniakabspaltung in Ketocarbonsäuren umgewandelt. Diese können in Fettsäuren oder Glucose überführt oder unter ATP-Bildung zu CO2 und Wasser oxidiert werden. 4.3.2. Katabolismus Beim Abbau der Aminosäuren macht es Sinn, den Stickstoff und das Kohlenstoffgerüst separat zu betrachten. Obwohl die Hauptaufgabe der Aminosäuren in der Nahrung der Aufbau von körpereigenem Protein ist, beträgt der Anteil der Aminosäuren an der Stoffwechselenergie je nach Nahrungszusammensetzung 10 bis 15 %. Andererseits greift der Körper auch während einer Fastenperiode auf sein körpereigenes Protein als Brennstoff zurück. Für die Energiegewinnung ist das Kohlenstoffgerüst ohne Aminogruppe verwertbar. Da sich alle Aminosäuren in ihrem Kohlenstoffgerüst unterscheiden, gibt es dementsprechend 20 verschiedene Abbauwege. Da diese Abbauwege zusammen nur etwa 10 % der Körperenergie liefern, macht jeder einzelne von ihnen im Durchschnitt nur etwa 0.5 % des Gesamtkatabolismus aus. Die einzelnen Wege haben deshalb in keinem Fall auch nur entfernt die Aktivität der Glykolyse oder des Citratcyklus. Die Abbauwege der 20 Aminosäuren konvergieren in der Bildung von nur fünf Produkten, die alle in den Citratcyklus eingeschleust und dort zu CO 2 und H2O oxidiert werden (Abbildung 92). Biochemie Seite 68 Abbildung 92: Abbau des Kohlenstoffgerüsts der Aminosäuren Obwohl Ammoniak für die Proteinsynthese benötigt wird, ist es ein starkes Gift. Ammoniak darf daher nie in grossen Konzentrationen frei auftreten, sondern muss immer gebunden sein. Seine toxische Wirkung macht sich vor allem im Hirn bemerkbar. Symptome sind: • Zittern der Hände • Eine verwaschene Sprache • Sehstörungen • Koma und Tod Beim Abbau der Aminosäuren muss deshalb besonders grosse Sorgfalt angewendet werden. Alle Aminogruppen der Aminosäuren werden auf 2-Oxoglutarat39 übertragen, einem Zwischenprodukt des Citratcyklus. Ziel dabei ist es, alle Aminogruppen in einem Produkt zu sammeln, das dann weiter abgebaut werden kann. Essentiell für diese Übertragung ist Pyridoxalphosphat, ein Stoff, der zur Vitamin B 6-Gruppe gehört. Beispiele für diese Übertragung, auch Transaminierung genannt: Alanin + 2-Oxoglutarat → Pyruvat + Glutamat40 Aspartat + 2-Oxoglutarat → Oxalacetat + Glutamat 39 40 in einigen Lehrbüchern auch α-Ketoglutarat genannt vergleichen Sie die Lewis-Formeln aller an der Reaktion teilnehmenden Teilchen Biochemie Abbildung 93: der Harnstoffcyklus ohne (oben) und mit (unten) Lewis-Formeln Seite 69 Biochemie Seite 70 Dabei wird klar, dass die Aminosäure Glutamat41 das Sammelmolekül für die Aminogruppen ist. Glutamat gibt anschliessend den Stickstoff in den Harnstoffcyklus Dieser Cyklus (Abbildung befindet sich 93). im Mitochondrium und im Cytosol. Dabei werden pro Umgang zwei Mal ein Glutamat eingeschleust. Als Produkte entstehen 2-Oxoglutarat und Fumarat, beides Zwischenprodukte des Citratcyklus, und Harnstoff, der über die Niere ausgeschieden wird. Dabei werden 3 ATP, ein Wasser und Abbildung 94: Guano-Vögle produzierten im Laufe von Jahrhunderten klippenartige Guano-Ablagerungen, die grösstenteils aus fester Harnsäure bestehen. ein Hydrogencarbonation verbraucht. Der Harnstoffcyklus ist also nebenbei auch an der Blut-pH-Wertes Vorteil Harnstoff statt Ammoniak ausscheiden zu können, verlieren ureotelische 42 Regulation beteiligt. Für des den Tiere etwa 15 % der Energie der Aminosäuren, aus denen der Stickstoff stammt. Dieser Verlust wird bei einigen Wiederkäuern, z.B. der Kuh, dadurch ausgeglichen, dass ein grosser Teil des Harnstoffs aus dem Blut in den Pansen sezerniert wird. Dort wird er von Mikroorganismen des Pansen für die Synthese von Aminosäuren benutzt, die dann wieder von der Kuh absorbiert und verwendet werden. Bei den urikotelischen Tieren ist die Harnsäure die Hauptausscheidungsform des Aminostickstoffs. Zufälligerweise ist Harnsäure auch das hauptsächliche Endprodukt des Purinstoffwechsels bei Primaten, Vögeln und Reptilien (vgl. Kapitel 2.3). Harnsäure wird auf manchen Inseln vor der südamerikanischen Küste, die unzähligen Seevögeln als Nistplätze dienen, in riesigen Mengen abgelagert und als Düngemittel (Guano) abgebaut. Der Preis pro Tonne Guano liegt bei etwa 300 Franken. 5. Literatur Albert L. Lehninger, Prinzipien der Biochemie, 1987 Georg Löffler, Petro E. Petrides, Biochemie und Pathobiochemie, 1998 B. Alberts, D. Bray, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, J.D. Watson, Molekularbiologie der Zelle, 1990 L. Stryer, Biochemie, 1994 Ernst Mutschler, Arzneimittelwirkungen; Lehrbuch der Pharmakologie und Toxikologie, 1997 41 wird vor allem in der asiatischen Küche als Geschmacksverstärker verwendet (Aromat) die meisten im Wasser lebenden Formen scheiden den Aminostickstoff als Ammoniak aus und werden daher ammonotelisch genannt, die meisten Landtiere und Haifische scheiden den Aminostickstoff als Harnstoff aus und werden ureotelisch genannt, während Vögel, Eidechsen und Schlangen ihn als Harnsäure ausscheiden und urikotelisch genannt werden. 42