Java-Version >= "6 Update 4" - Friedrich-Schiller

Java unter Linux für die Arbeit mit der SciFinder
Webversion-ein Anwenderbericht
Java-Version >= "6 Update 4":
Wichtig ist, dass Java wenigstens in der Version "6 Update 4"
installiert ist. Der Hänger beim Schließen des Fensters zum
Molekülezeichnen, den ich beim ersten Test unter Linux hatte, war verschwunden,
sobald ich meine veraltete Version "6 Update 3" auf "6 Update 4" akualisiert hatte.
Als Browser am besten Firefox verwenden:
Als Browser ist Firefox eine gute Wahl, weil er für alle
Linux-Distributionen erhältlich ist und auch meistens schon
vorinstalliert ist.
Linux-Distributionen, die jünger sind als 1 Jahr, sollten direkt
funktionieren:
Bei openSUSE 10.3 ist Java 6 gleich dabei und muss nur aktualisiert
werden. Die Aktualisierung erfolgt am besten via Yast ->
"Online-Aktualisierung". Bei anderen Linux-Varianten gibt es
vergleichbare Administrationstools.
Da openSUSE 10.3 schon vor über einem Jahr erschienen ist, sollten
alle 32-bit-Linux-Systeme (nicht nur openSUSE), die jünger sind, von
Hause aus eine genügend aktuelle Java-Version mitbringen. Und dann sind
auch die bei der Linux-Distribution enthaltenen Browser gleich mit dem
passenden Java-Plugin ausgestattet. Hier sollte der SciFinder Web also
direkt funktionieren (ggf. Browser-Konfiguration überprüfen
(siehe unten)).
Bei 64-bit-Linux-Systemen wird es schwieriger (siehe unten).
ältere Linux-Distributionen:
openSUSE 10.2 (und damit alle Linux-Distributionen, die deutlich älter
sind, als 1 bis 1,5 Jahre) kommt noch mit Java 5 daher. Da muss man
Java 6 von Hand einspielen.
Hier kommt es auf die Linux-Distribution an. Kann man mit dem
distributions-eigenen Administrations-Tool auf Java >= "6 Update 4"
aufrüsten, sollten alle Probleme behoben sein.
Andernfalls muss eine aktuelle Java-Version von Hand installiert werden.
Die Webseite von Sun zum Herunterladen von Java ist zu finden unter:
http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp
Für das passende Browser-Plugin braucht man nur die reine LaufzeitUmgebung -> "Java SE Runtime Environment ...".
Für die heruntergeladene Datei "jre-6u11-linux-i586.bin"
(die aktuelle Version "6 Update 11") wird im Folgenden angenommen, dass
sie in das Verzeichnis /opt/jre1.6.0_11 entpackt werden soll. Dafür
muss sie in das Verzeichnis "/opt" kopiert und mit root-Rechten in
einer Linux-Shell ausgeführt werden:
chmod +x /opt/jre-6u11-linux-i586.bin
/opt/jre-6u11-linux-i586.bin
Die Anzeige der Lizenz kann mit "q" abgebrochen werden, aber die
Lizenz muss durch Eingabe von "yes" bestätigt werden.
Nachdem Entpacken liegen die Dateien im neu angelegten Unterverzeichnis
/opt/jre1.6.0_11.
Nun muss noch eine Verknüpfung der Datei
/opt/jre1.6.0_11/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so
im Plugin-Verzeichnis des Firefox-Browsers angelegt werden. Unter
openSUSE 11.0 ist das das Verzeichnis "/usr/lib/browser-plugins".
Eine eventuell gleichlautende Verknüpfung in diesem Verzeichnis muss
zuvor umbenannt werden.
cd /usr/lib/browser-plugins
ln -s /opt/jre1.6.0_11/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so
Die erzeugte Verknüpfung ist im folgenden Bildschirmfoto mit einem roten Pfeil
markiert:
Browser-Konfiguration:
Neben einem installierten Java ist noch wichtig, dass im Browser
JavaScript aktiviert ist (Browsereinstellungen).
Beim Konqueror-Browser unter Linux muss man noch in den
JavaScript-Einstellungen das Öffnen neuer Fenster erlauben.
Diese Funktion ist beim Konqueror offenbar standardmäßig ausgeschaltet.
64-bit-Linux-Systeme:
64-bit-Linux-Systeme verkomplizieren die Verwendung von Java, weil Sun
aus unerfindlichen Gründen keine 64-bit-Java-Plugins bereitstellt.
Bietet nun der Linux-Distributor ein eigenes 64-bit-Java-Plugin, so
entspannt das die Sache schon wieder, weil man dann annehmen kann,
dass zumindest der distributions-eigene Standard-Browser (im Falle
von openSUSE ist das der Konqueror) auf dieses Plugin zurückgreifen
wird. Der Firefox-Browser hingegen verwendet das Java-Plugin von Sun.
Daher fehlt ihm z.B. unter einer 64 bit-Version von openSUSE die
Java-Unterstützung.
Folglich würde der SciFinder Web auf einem 64 bit-openSUSE-Linux
allenfalls mit dem Konqueror funktionieren, jedoch straft der Rechner
eines Kollegen mit openSUSE 11.0 (64 bit) diese Theorie zurzeit
noch Lügen. Es geht - warum auch immer - trotzdem nicht.
Verfasser: Jörn Behre, Friedrich-Schiller-Universität Jena, Lehrstuhl Bioinformatik
16. Dezember 2008