histo match - BAG Health Care

DE
HISTO MATCH

IVD
Gebrauchsinformation
Version: 17 / 2016
ÄNDERUNGEN ZUR LETZTEN VERSION
Version Datum
14/2015 06/01/2015
gültig für
HISTO MATCH V2.5
15/2015 01/07/2015
Wurde nicht
freigegeben
16/2015 10/10/2015
HISTO MATCH V2.6
17/2016 28/01/2016
HISTO MATCH 2.6.2
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Beschreibung
Verbesserungen in der Ergebnisdarstellung (Differenzierung der CWD
Allele in der Anzeige) und in den
Berichten, Verbesserungen im Interpretationsalgorithmus.
Einfügen der Interpretation für die CWD
high resolution Kits (mehr als ein
Testgefäß pro Test)
Integration der Xtend Tests und des Null
Kits
Filter für abgelaufene SSP Kits,
Korrekturen
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
INHALTSVERZEICHNIS
1
Einleitung ........................................................................................................................ 1
1.1
Grenzen der Software .................................................................................................. 1
Voraussetzungen............................................................................................................. 1
2.1
2.2
Hardwareanforderungen ............................................................................................. 1
Betriebssystem ............................................................................................................ 1
HISTO MATCH Software Struktur.................................................................................... 2
3.1
3.2
3.3
3.4
3.5
Patienten und Proben .................................................................................................. 2
Arbeitslisten für SSO .................................................................................................... 2
SSP Tests ...................................................................................................................... 2
Kits, Lots und Batches für SSO ..................................................................................... 2
Kits und Lots für SSP .................................................................................................... 2
Installation und Datenbank-Verwaltung......................................................................... 3
2
3
4.
4.1 HISTO MATCH Installation ........................................................................................... 3
4.2 Datenbank.................................................................................................................... 3
4.2.1
User Instance Modus ........................................................................................... 3
4.2.2
SQL SERVER Modus .............................................................................................. 3
4.3 Anfängliche Datenbank-Installation ............................................................................ 3
4.3.1
User Instance Modus ........................................................................................... 4
4.3.2
SQL Server Modus ................................................................................................ 5
4.4 HISTO MATCH Upgrade ............................................................................................... 7
4.5 Eine neue Datenbank erstellen.................................................................................... 7
4.5.1
User Instance Modus ........................................................................................... 8
4.5.2
Server Modus ....................................................................................................... 8
4.5.3
Anzeige der aktuellen Datenbank ........................................................................ 9
5
4.6.
Werkzeuge zur Wartung der Datenbank ..................................................................... 9
Starten der HISTO MATCH Software............................................................................. 11
6
Einrichtung der Software .............................................................................................. 11
6.1
6.2
6.3
6.4
6.5
6.6
Login ........................................................................................................................... 11
Benutzer hinzufügen und Funktionen zuordnen ....................................................... 12
Passwort ändern ........................................................................................................ 14
Kits importieren ......................................................................................................... 14
Batches finden ........................................................................................................... 18
Batches sortieren ....................................................................................................... 18
Der Ausgangsbildschirm................................................................................................ 19
7.1
Das Hauptmenü ......................................................................................................... 20
Benutzerverwaltung...................................................................................................... 20
8.1
8.2
8.3
8.4
8.5
8.6
Der Benutzer-Bildschirm ............................................................................................ 20
Einen Benutzer hinzufügen ........................................................................................ 21
Einen Benutzer bearbeiten ........................................................................................ 21
Ein Benutzer-Passwort zurücksetzen......................................................................... 21
Einen Benutzer löschen ............................................................................................. 22
Passwort ändern ........................................................................................................ 22
7
8
S e i t e | ii
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9
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Patientenverwaltung .................................................................................................... 23
9.1 Patienten finden ........................................................................................................ 24
9.2 Sortieren .................................................................................................................... 24
9.3 Einen neuen Patienten hinzufügen ........................................................................... 24
9.4 Einen vorhandenen Patienten bearbeiten ................................................................ 26
9.5 Vorhandene Proben zuordnen .................................................................................. 27
9.6 Patienten löschen ...................................................................................................... 27
10.1 Proben finden ............................................................................................................ 29
10.2 Sortieren .................................................................................................................... 29
10.3 Neue Proben hinzufügen ........................................................................................... 29
10.4 Eine vorhandene Probe bearbeiten........................................................................... 31
10.5 Proben importieren ................................................................................................... 31
10.5.1 Dateiformat für den Import ............................................................................... 31
10.5.2
Textdatei importieren ........................................................................................ 32
10.6 Verbindung von der Probe zum Ergebnis .................................................................. 32
11
Verwaltung der Arbeitslisten ........................................................................................ 33
11.1 Arbeitslisten-Ansichten und Log Daten ..................................................................... 34
11.2 Arbeitslisten finden.................................................................................................... 36
11.3 Sortieren .................................................................................................................... 36
11.3.1 Arbeitslisten Status ............................................................................................ 36
11.4 Eine neue Arbeitsliste erstellen ................................................................................. 37
11.4.1 Arbeitsliste ID ..................................................................................................... 37
11.4.2
Verfügbare Tests ................................................................................................ 37
11.4.3
Proben mit Barcodelesegerät einfügen ............................................................. 38
11.4.4
Die Plattenanordnung bearbeiten ..................................................................... 39
11.5
11.6
11.7
11.8
Eine neue Arbeitsliste importieren ............................................................................ 40
Eine existierende Arbeitsliste bearbeiten ................................................................. 41
Arbeitslisten Layout Bericht....................................................................................... 41
Arbeitsliste für einen Kombi-Streifen erstellen (On-Call Typing Kit, CWD high res
Kits) ............................................................................................................................ 42
11.9 Tests und Arbeitslisten mit Xtend und Null Kits erstellen ......................................... 45
11.9.1 Initialer Test mit Xtend und Null Kits ................................................................ 45
11.9.2
Xtend und Null Tests zu bereits durchgeführten Tests hinzufügen .................. 46
11.10 Arbeitsliste zum Prozessor senden ............................................................................ 48
11.11 Eine verarbeitete Arbeitsliste importieren ................................................................ 48
11.11.1 Import über einen USB Speicher ......................................................................... 48
11.11.2 Import über ein Netzwerk ................................................................................... 49
11.12 Eine Arbeitsliste exportieren ..................................................................................... 49
12
MR.SPOT Prozessor..................................................................................................... 51
12.1 Prozessoren Bildschirm.............................................................................................. 51
12.1.1 Prozessoren Liste ............................................................................................... 51
12.1.2
Prozessorauswahl .............................................................................................. 52
S e i t e | iii
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12.1.3
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Nachrichten vom Prozessor ............................................................................... 52
12.2 Einen neuen Prozessor hinzufügen ........................................................................... 53
12.3 Einen Prozessor löschen ............................................................................................ 53
12.4 Ergebnisse vom MR.SPOT Prozessor importieren ................................................... 53
13
Bildanalyse .................................................................................................................... 54
13.1 Automatisches Rastern .............................................................................................. 54
13.2 Manuelles Rastern ..................................................................................................... 55
13.3 Spotmessung.............................................................................................................. 55
13.4 Bilder drehen ............................................................................................................. 56
13.4.1 Automatische Rotation der Bilder ..................................................................... 56
13.4.2
Manuelle Drehung der Bilder ............................................................................ 57
13.5 Referenzwerte für ausgefallene Kontrollsonden ...................................................... 58
14
Interpretations-Bildschirm ............................................................................................ 59
14.1 Hauptsymbollleiste .................................................................................................... 59
14.2 Plattenansicht ............................................................................................................ 59
14.3 Testinformationen ..................................................................................................... 60
14.4 Interpretationsfunktionen ......................................................................................... 61
14.5 Ergebnisansicht .......................................................................................................... 62
14.6 Zuordnung der Ergebnisse ......................................................................................... 63
14.6.1 Vorgeschlagene Ergebnisse ............................................................................... 64
14.6.2
Filter für häufige Allele...................................................................................... 65
14.6.3
Optionen für die Darstellung der Zusammenfassung ........................................ 67
14.6.4
NMDP Codes ...................................................................................................... 68
14.6.5
Serologische Äquivalente................................................................................... 68
14.6.6
Ergebnisanzeige für DPB1 .................................................................................. 68
14.6.7
Negativkontrolle ................................................................................................ 68
14.7 Sonden manuell ignorieren ....................................................................................... 69
14.8 Ergebnisse automatisch editieren ............................................................................. 70
14.9 Eingeschränkte Interpretation ................................................................................... 70
14.10 Interaktivität zwischen Ergebnisansicht und Bild ...................................................... 72
14.11 Anzeige der Sondenreaktionen und Änderung der Schwellenwerte ........................ 73
14.12 Spezifität der Sonde anzeigen ................................................................................... 74
14.13 Anzeige des Reaktionsmusters für Allele .................................................................. 74
14.14 Nomenklaturanzeige.................................................................................................. 75
14.15 Ergebnisse freigeben und autorisieren...................................................................... 76
14.16 Sondenansicht ........................................................................................................... 76
14.17 Historie....................................................................................................................... 77
14.18 Kommentare zu Ergebnissen ..................................................................................... 77
14.19 Interpretation des HISTO SPOT Coeliac Disease (Zöliakie) und des DQB1 4D /
DQA1 Tests................................................................................................................. 78
14.19.1
Zöliakie-Ansicht .............................................................................................. 78
14.19.2
DQB1 / DQA1 Auswertung ............................................................................. 79
S e i t e | iv
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
14.20 Interpretation der HISTO SPOT® CWD high res und Xtend Kits ................................ 81
15
Interpretation von HISTO Type SSP Kits .................................................................... 84
15.1 Importieren eines Typisierungskits ........................................................................... 84
15.2 Festlegen von Patienten, Proben und Testen ........................................................... 84
15.3 Auswertung der HISTO TYPE SSP Kits ........................................................................ 86
15.4 Testinformationen ..................................................................................................... 88
15.5 Interpretationsfunktionen ......................................................................................... 88
15.6 Ergebnisansicht .......................................................................................................... 89
15.7 Vorgeschlagene Ergebnisse ....................................................................................... 91
15.8 Filter für häufige Allele, NMDP Code und Serologische Äquivalente ........................ 91
15.9 Optionen für die Darstellung der Zusammenfassung ............................................... 92
15.10 Anzeige des Reaktionsmusters für Allele .................................................................. 92
15.11 Historie und Kommentare ......................................................................................... 93
15.12 Interpretation des HISTO TYPE Celiac Disease (Zöliakie) Tests ................................. 93
15.12.1
Zöliakie-Ansicht .............................................................................................. 93
15.12.2
16
DRB1 / DQB1 / DQA1 Ansicht......................................................................... 95
ERGEBNISBERICHTE ...................................................................................................... 96
16.1 Kompaktbericht/Übersichtbericht............................................................................. 96
16.2 Arbeitslistenbericht ................................................................................................... 97
16.3 Patienten- oder Probenbericht .................................................................................. 98
17
Setup ............................................................................................................................. 99
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1
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
EINLEITUNG
Dieses Dokument enthält Anweisungen für die Installation und die Verwendung der HISTO MATCH
Software. Die HISTO MATCH Software wurde für die Interpretation und die Verwaltung von HLA
Typisierungsergebnissen entwickelt, die mit dem HISTO SPOT SSO System oder HISTO TYPE SSP
Kits generiert wurden.
1.1
Grenzen der Software
Die HISTO MATCH Software soll Personal mit Erfahrung in der HLA-Typisierung helfen, indem sie
Ergebnisse vorschlägt. Jeder klinische oder diagnostische Befund muss jedoch von einer
erfahrenen Person sorgfältig überprüft werden, um die Richtigkeit sicher zu stellen. Die Software
kann als Unterstützung beim Finden der Ergebnisse genutzt werden, aber darf nicht als einzige
Methode zur Erstellung von Befunden betrachtet werden. Die Software ist als Werkzeug im Labor
gedacht, nicht als Quelle endgültiger Ergebnisse.
2
VORAUSSETZUNGEN
2.1
Hardwareanforderungen
Diese Anwendung läuft auf den meisten modernen PCs. Es wird jedoch empfohlen, dass folgende
Mindestvoraussetzungen erfüllt sind:




2.2
Minimum 4 GB RAM (8 GB empfohlen)
Eine minimale Bildschirmauflösung von 1280 x 1024
Ein 2Ghz Multi Core Prozessor
Ausreichend Speicherplatz für die Datenbank (eine Arbeitsliste mit 96 Tests benötigt z.B.
etwa 15 MB Speicherplatz in der Datenbank)
Betriebssystem
Die HISTO MATCH Anwendung wurde auf der Grundlage von Microsoft .Net Framework 4.0
entwickelt. Folgende Microsoft Betriebssysteme (sowohl 32 Bit, als auch 64 Bit, 64 Bit-Systeme
werden empfohlen) unterstützen diese Umgebung:




Windows Vista
Windows 7
Windows 8 (SQL Server 2012 Express Edition erforderlich)
Windows 10 (SQL Server 2012 Express Edition erforderlich)
Für die Anwendung ist eine SQL Datenbank erforderlich, um Daten, Ergebnisse und Bilder zu
speichern. Die Microsoft SQL Server 2008 Express Edition ist in der Installation enthalten. Diese
Datenbank ist für eine lokale Installation oder eine Netzwerkinstallation mit bis zu 10 Benutzern
ausreichend. Für eine höhere Anzahl an Benutzern oder wenn zu erwarten ist, dass die benötigte
Speicherkapazität 4 GB überschreitet, wird eine Vollversion von SQL Server benötigt.
Die Kommunikation zwischen der HISTO MATCH Anwendung und dem MR.SPOT  Prozessor kann
optional in einem lokalen Netzwerk erfolgen.
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HISTO MATCH Software
3
HISTO MATCH SOFTWARE STRUKTUR
3.1
Patienten und Proben
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Die HISTO MATCH Anwendung speichert Probeninformationen und optional Patienteninformationen, die mit einer Probe verknüpft sind.
3.2
Arbeitslisten für SSO
Um eine Analyse durchzuführen, muss ein Test zu einer Probe erstellt werden und zu einer
Arbeitsliste hinzugefügt werden. Eine Arbeitsliste ist eine Sammlung von Tests, die zusammen auf
dem MR.SPOTProzessor durchgeführt werden sollen. Jede Arbeitsliste kann bis zu 96 Tests in
beliebiger Kombination aus der HISTO SPOT Produktgruppe enthalten (mit Ausnahme von
Kombistreifen).
3.3
SSP Tests
Wenn eine SSP Auswertung durchgeführt werden soll, muss zunächst eine Probe und ein Test mit
dem zugehörigen Lot erstellt werden. Doppelklicken auf den Test öffnet dann den
Auswertebildschirm. Eine genaue Beschreibung finden Sie in Kapitel 15.
3.4
Kits, Lots und Batches für SSO
Eine Auswahl an HISTO SPOT SSO Kits ist in der Datenbank gespeichert. Zu jedem Kit können
mehrere Lots vorhanden sein:
 Kit: z.B. HISTO SPOT A, definiert den getesteten Genort.
 Lot: z.B. A084, A085, definiert die Anordnung und die Spezifität der Sonden in einem Kit.
Jedes Lot kann viele verschiedene Batches umfassen.
 Batch: z.B. A085-1, A085-2, A085-3, definiert wie die Sonden im Vergleich zur Kontrollsonde reagieren (Schwellenwerte) und hat ein definiertes Herstellungs- und Verfallsdatum.
Einzelne Sonden können in einigen Batches derselben Lot ausgeschaltet sein. Diese
Information befindet sich auf der mitgelieferten lot-spezifischen CD (Hit Tables – Excel
Datei).
Für die Erstellung eines Tests ist nur der Name des Kits (d.h. der HLA-Genort) erforderlich. Die
Batch-Information wird über einen Barcode hinzugefügt, wenn die Arbeitsliste auf dem Prozessor
zusammengestellt wird.
3.5
Kits und Lots für SSP
Eine Auswahl an HISTO TYPE SSP Kits kann in der Datenbank gespeichert werden. Zu jedem Kit
können mehrere Lots vorhanden sein:
 Kit: z.B. HISTO TYPE A low, definiert den getesteten Genort
 Lot: z.B. 145A1, 146A2, definiert das Produktionslot mit einem spezifischen Set an Primern
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
4.
INSTALLATION UND DATENBANK-VERWALTUNG
4.1
HISTO MATCH Installation
HISTO MATCH wird auf einer CD oder als Download geliefert Zum Installieren der Anwendung die
CD in den PC einlegen. Die Installationsroutine sollte automatisch starten. Sollte dies nicht der Fall
sein, gehen Sie zum CD Laufwerk und starten Sie das setup.exe Programm, um die Installation zu
starten. Für die Installation ist keine Konfiguration des PC notwendig, da alle benötigten
Programme (.NET Framework und SQL Server) automatisch installiert werden.
4.2
Datenbank
HISTO MATCH nutzt SQL Server als Datenbank-Server. SQL Server Express 2008 R2 wird mit der
Installation zur Verfügung gestellt. Mit der 2008 R2 Express Version ist die Größe der Datenbank
auf 10 GB begrenzt. Der Server kann im “User Instance” Modus oder im “Server” Modus
konfiguriert werden. Die Datenbank kann an einer beliebigen Stelle auf dem PC gespeichert
werden, der Ordner sollte aber für alle Anwender zugänglich sein. In früheren Versionen von
HISTO MATCH wurde der “C:\ExpediteDatabase” Ordner verwendet.
4.2.1 User Instance Modus
Dieser Modus erlaubt eine einfache Konfigurierung und Verwendung der Datenbank. Außerdem
braucht er weniger Kapazitäten auf dem verwendeten Rechner wenn HISTO MATCH nicht läuft,
aber die Initialisierung des Programmes braucht etwas mehr Zeit. Da die Datenbank-Dateien nicht
verwendet werden, wenn HISTO MATCH nicht läuft, erfolgt die Datensicherung einfach durch
Kopieren der Datenbank-Dateien.
4.2.2 SQL SERVER Modus
Dieser Modus ermöglicht die Nutzung der Datenbank in einem Netzwerk. Da das Programm als
Server läuft, ist die Datenbank immer verfügbar, auch wenn HISTO MATCH nicht gestartet ist. Der
Start der Datenbank erfolgt schneller, erfordert aber auch mehr Ressourcen als im User Instance
Modus.
4.3
Anfängliche Datenbank-Installation
Wenn HISTO MATCH das erste Mal gestartet wird, öffnet sich das “Database Tools” Fenster.
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An diesem Punkt muss entschieden werden, ob der “User Instance” Modus oder der “SQL Server”
Modus verwendet werden soll, der Standard-Modus der HISTO MATCH Versionen vor Version 2.0
ist der “User Instance“ Modus.
4.3.1 User Instance Modus
Die verfügbaren Optionen sind:
 Öffnen – um eine bestehende HISTO MATCH Datenbank auszuwählen. Wählen Sie diese
Option, wenn Sie eine schon bestehende Datenbank verwenden wollen. Dafür die Datei im
Datei Öffnen Dialog auswählen.
 Neu
- um einen neue Datenbank zu erstellen. Wählen Sie einen Speicherort und einen
Dateinamen (keine Leerzeichen verwenden)– wählen Sie keinen existierenden Dateinamen
zum Überschreiben, da dies nicht möglich ist. Stellen Sie sicher, dass alle Anwender Zugang
zum gewählten Ordner haben.
Die Datenbank wird erstellt.
Nach der Erstellung oder Auswahl der Datenbank werden die “User Instance” Funktionen
angezeigt. Klicken Sie auf den grünen Haken
und zu HISTO MATCH zurückzukehren.
um die angezeigte Datenbank auszuwählen
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Die verfügbaren Optionen sind:
 Neu
 Upgrade
:
Eine neue Datenbank-Datei erstellen.
:
 Auswählen
 Trennen
Eine Datenbank der Version 1.0 oder 1.1 in Version 1.2 (HISTO MATCH 2.1
und höher) umwandeln.
:
:
Eine bestehende HISTO MATCH Datenbank auswählen.
Beendet den “User Instance” Modus und kehrt zum ursprünglichen
„Database tool window“ zurück.
4.3.2 SQL Server Modus
Wählen Sie einen Server aus der Auswahlliste. Wenn die Liste leer ist, drücken sie den
Aktualisieren Knopf
. Es kann ein paar Minuten dauern bis die verfügbaren SQL Server in
einem lokalen Netzwerk gefunden werden. Sofern erforderlich kann der Servername auch manuell
eingegeben werden. Wählen Sie die Authentifizierungsmethode (abhängig von der ServerKonfigurierung), den Nutzernamen und das Passwort, wenn erforderlich. Drücken Sie den
Verbinden Knopf
, um einen Verbindungsversuch zu starten.
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Wenn dies erfolgreich ist, wird die Funktion nach HISTO MATCH Datenbanken auf dem Server
suchen.
Alle Datenbanken werden in einer Liste dargestellt und verschiedene Optionen sind verfügbar.


Refresh – Aktualisieren der Datenbankliste vom Server.
New – Eine neue Datenbank erstellen.
Für die neue Datenbank muss ein eindeutiger Datenbank-Name vergeben werden und es
muss ein Dateiname eingegeben werden. Der Durchsuchen Knopf kann zum Auswählen einer
Datei verwendet werden. Stellen Sie sicher, dass alle Nutzer Zugang zum Speicherort der Datei
haben.


Upgrade – diese Option ist verfügbar, wenn die ausgewählte Datenbank die Version 1.0 oder
1.1 hat und zu Version 1.2 umgewandelt werden soll (HISTO MATCH 2.1 und höher).
Attach – Eine bestehende Datenbank mit dem Server Verknüpfen.
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



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Detach – Verknüpfung einer ausgewählten Datenbank mit dem Server aufheben. Die Datei
kann anschließend mit einem anderen Server verknüpft werden.
Delete – Löschen einer Datenbank vom Server und aller zugehörigen Dateien aus dem System.
Backup – Erstellt eine Sicherungskopie der ausgewählten Datenbank.
Disconnect – Unterbricht die Verbindung zum Server und kehrt zum ursprünglichen “Database
Tools Window“ zurück.
wählt die “ausgewählte” Datenbank für die Verwendung in HISTO MATCH und kehrt zum
HISTO MATCH Programm zurück. Diese Option ist nur verfügbar, wenn eine Datenbank der
Version 1.2 aus der Liste ausgewählt ist.
4.4
HISTO MATCH Upgrade
Bevor Sie ein Upgrade durchführen, sollten Sie eine Sicherungskopie Ihrer bestehenden Datenbank
anfertigen. Die entsprechende Anweisung befindet sich in der Gebrauchsinformation für die
vorherige Version.
Installieren Sie HISTO MATCH von der gelieferten CD-ROM. Es wird empfohlen, bestehende
Installationen zunächst zu deinstallieren. Ihre bestehenden Daten werden nicht gelöscht. Wenn
HISTO MATCH das erste Mal nach dem Upgrade gestartet wird, öffnet sich direkt das “Database
Tools Window“ in der die aktuelle Datenbank ausgewählt ist.
“User Instance” oder
Server Modus
In beiden Fällen muss die Datenbank zunächst in Version 1.2 umgewandelt werden. Dieser Prozess
führt zu einem Upgrade der Datenbank, die Daten werden aber erhalten. Dies ist ein irreversibler
Prozess – er kann nicht rückgängig gemacht werden.
4.5
Eine neue Datenbank erstellen
Wenn Ihre Datenbank sich füllt und sich der 10 GB Grenze nähert oder sie überschreitet, können
Sie eine neue leere Datenbank erstellen.
Halten Sie während des Startens von HISTO MATCH die Strg Taste gedrückt. Bevor der HISTO
MATCH Start-up Bildschirm erscheint, öffnet sich folgendes Fenster:
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Wählen Sie die Option “Datenbank auswählen”.
Abhängig von Ihrer Konfiguration wird entweder das “User Instance“ Fenster oder das „SQL
Server“ Fenster geöffnet.
4.5.1 User Instance Modus
 Neu
auswählen.
 Im Datei Speichern Fenster einen Speicherort und einen Dateinamen (keine Leerzeichen
verwenden) für die Datenbank eingeben.
 Eine neue “leere” Datenbank wird erstellt.
 Die bestehenden Benutzer, Kits, Installationsdaten und Einstellungen werden in die neue
Datenbank kopiert.
 Wählen Sie
um die neue Datenbank auszuwählen und mit dem Starten von HISTO
MATCH fortzufahren.
4.5.2 Server Modus
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 New auswählen.
 Einen eindeutigen Namen für die neue Datenbank eingeben. Das Textfeld ist rot eingerahmt,
wenn es leer ist oder der Name schon vorhanden ist.
 Im Datei speichern Fenster einen Speicherort auswählen und einen Namen für die neue Datei
eingeben.
 Eine neue „leere“ Datenbank wird erstellt.
 Die bestehenden Benutzer, Kits, Installationsdaten und Einstellungen werden in die neue
Datenbank kopiert.
 Wählen Sie
um die neue Datenbank auszuwählen und mit dem Starten von HISTO
MATCH fortzufahren.
4.5.3 Anzeige der aktuellen Datenbank
Der Name der aktuell benutzten Datenbank kann in allen Bildschirmen durch Klicken auf die HISTO
MATCH Versionsnummer in der rechten oberen Ecke angezeigt werden.
4.6.
Werkzeuge zur Wartung der Datenbank
Bei der Verwendung von HISTO MATCH werden regelmäßig Daten in der Datenbank
abgespeichert, ergänzt oder verändert. Diese Daten werden indiziert und durch die SQL
Datenbank Engine verwaltet. Durch die zeitlichen Unterschiede der Veränderung werden die
indizierten Daten physisch an anderen Orten abgespeichert. Dies bedeutet, dass logisch
zusammenhängende Daten örtlich voneinander getrennt sein können (fragmentierter Index). Im
Laufe der Zeit schreitet die Fragmentierung fort. Hochgradig fragmentierte Indizes reduzieren die
Abfrageleistung der Datenbank und damit die Leistung der Anwendung (HISTO MATCH).
Die Wartungsfunktion ermöglicht die Reorganisation bzw. Neubildung der Indizes. Hierbei werden
die Daten entsprechend der logischen Folge geordnet. Die Funktionen Reorg und Rebuild können
helfen, die Leistung der Anwendung zu optimieren.
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Reorg (Reorganisieren): Bei einer Fragmentierung >5 empfohlen. Die Daten werden neugeordnet
und defragmentiert.
Rebuild (Neuerstellung): Bei einer Fragmentierung >30 empfohlen. Stark fragmentierte Indizes
können durch Löschen und Neuerstellung neu geordnet werden. Diese
Aktion erfordert einen exklusiven Zugriff auf die Datenbank. Es darf kein
anderer Benutzer angemeldet sein.
In Abhängigkeit von der Indexgröße gibt es keine Empfehlung. Jedoch werden die jeweiligen
Aktionen erst ab einer Indexgröße >1000 effektiv.
Analyze:
Analyisert die Datenbank Indizes auf Fragmentierung.
Apply All:
Wendet die empfohlene Maßnahme für jeden Index an (Spalte „Action“ in der
Tabelle).
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
STARTEN DER HISTO MATCH SOFTWARE
Die Installation der Anwendung richtet eine Verknüpfung auf dem Desktop des Computers und im
Windows Start Menü ein. Doppelklicken auf eine der beiden Verknüpfungen öffnet die
Anwendung. Beim Starten versucht die Anwendung, eine Verbindung zur lokalen Datenbank
herzustellen. Auf dem Bildschirm wird der aktuelle Verlauf angezeigt.
6
EINRICHTUNG DER SOFTWARE
6.1
Login
Die Anwendung wird mit einem Standard-Benutzer mit der Funktion Administrator zur Verfügung
gestellt. Das Login für diesen Anwender erfolgt mit “Admin” und dem Passwort “Password123”.
Enter drücken oder auf „Anmelden“ klicken.
An diesem Punkt kann der Administrator nur die Rubrik “Benutzer” bearbeiten.
S e i t e | 11
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6.2
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Benutzer hinzufügen und Funktionen zuordnen
Die Anwendung definiert 3 Funktionen:



User: kann die meisten allgemeinen Aufgaben ausführen, Proben und Arbeitslisten
hinzufügen, Ergebnisse analysieren und Allele zuordnen.
Supervisor: kann Ergebnisse autorisieren.
Administrator: kann die Software und die Benutzer verwalten.
Einem Benutzer sollten alle erforderlichen Funktionen zugeordnet werden, z.B. sollte ein
Supervisor sowohl die “User” Funktion als auch die “Supervisor” Funktion erhalten.
1.
Den „Benutzer“ Knopf auswählen.
S e i t e | 12
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
2. Eine Liste der aktuellen Benutzer wird angezeigt.
3. Den Hinzufügen Knopf drücken.
4. Die Benutzermerkmale eintragen: Benutzername ist der spezifische Name des Benutzers
zum Einloggen.
5. Funktionen: Aus der Auswahlliste wählen.
6. Den OK Knopf zum Speichern oder Cancel zum Abbrechen des Vorgangs drücken.
7. Der neue Benutzer wird in der Benutzerliste angezeigt.
8. Den Abmelden Knopf zum Ausloggen drücken.
9. Nun ist ein Einloggen mit dem neuen Benutzernamen möglich. Alle neuen Benutzer haben
das Passwort “Password123”.
S e i t e | 13
BAG Health Care GmbH
6.3
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Passwort ändern
1. Mit Benutzernamen und Passwort einloggen.
2. Setup auswählen.
3. Das aktuelle Passwort und das neue Passwort eingeben, sowie das neue Passwort
bestätigen.
4. Den OK Knopf
drücken um Änderungen zu speichern.
5. Änderungen speichern auswählen um zum Ausgangsbildschirm zurückzukehren.
6.4
Kits importieren
Kits und Batches werden als XML Dateien geliefert. Eine einzelne Datei kann mehrere Kits, Lots
und Batches enthalten. Die Datei enthält Informationen über die Anordnung der Sonden und die
Reaktionsintensitäten, die zur Auswertung der Ergebnisse benötigt werden.
1. Einloggen.
2. Den Kits Knopf auswählen.
S e i t e | 14
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Zu Beginn sind keine Kits installiert:
Folgende Funktionen sind verfügbar:
Eine neue Batch importieren.
Anzeigen der Hit Table für den ausgewählten Batch.
Anzeigen der Schwellenwerte für den ausgewählten Batch.
Hit Tables für ältere IMGT Datenbank Versionen generiereren.
Anzeigen / Verbergen abgelaufener Batches.
Den ausgewählten Batch löschen (nur möglich, wenn der Batch nicht verwendet
wird).
Alle Batches auf die neueste verfügbare IMGT Datenbank updaten.
S e i t e | 15
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
3. Den Importieren Knopf wählen.
4. In der Dialogbox eine oder mehrere xml Kitdateien zum Importieren auswählen, dann Öffnen
wählen.
5. Die Software lädt die Dateien und zeigt sie an. Dies kann einige Zeit dauern, in der scheinbar
nichts passiert. Bitte warten Sie bis die Kitdateien angezeigt werden.
Die Anwendung lädt die Dateien und zeigt deren Inhalt an.
6. Speichern
wählen, um die Kits in der Datenbank zu speichern, oder Abbrechen
drücken, um den Import abzubrechen.
7. Nach dem Import werden die Kits auf dem Kits-Bildschirm sichtbar. Die verfügbaren Datenbanken sind für jede Batch aufgelistet. Die verwendete Datenbank wird in Grün angezeigt,
wenn die aktuellste verfügbare Datenbank verwendet wird. Ältere Datenbanken werden in
Gelb angezeigt. Ein Mausklick auf die Versionsnummer zeigt ältere Datenbanken an. Die
Datenbank kann durch Klicken auf die Versionsnummer verändert werden. Alle Batches, die zu
einem Lot gehören, werden gemeinsam geändert (z.B. A084-1 bis A084-5).
S e i t e | 16
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
SSO und SSP Kits können anhand des Symbols unterschieden werden:
: HISTO SPOT SSO Kit
: Kombi-Streifen: HISTO SPOT On-Call Typing kit, ABC
CWD high res, ABDR CWD high res, DR/DQ CWD high res
: HISTO TYPE SSP Kit
: HISTO SPOT Coeliac Disease Kit (Zöliakie)
Durch Klicken auf die Ansichtssymbole
in der oberen rechten Ecke des Bildschirms kann
zwischen der Listenansicht und der Symbolansicht gewechselt werden. In dieser Ansicht werden
alle verfügbaren Lots angezeigt. Durch Klicken auf ein Symbol werden alle verfügbaren Batches für
das entsprechende Lot angezeigt.
S e i t e | 17
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6.5
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Batches finden
Batches können über die „Suche“-Werkzeugleiste gesucht werden:
Geben Sie die Suchkriterien in das Feld ein und drücken Sie Enter oder klicken Sie auf den SuchenKnopf
. Batches können anhand des Namens, Batch/Lot oder Genort gesucht werden.
Batches, die den Suchkriterien entsprechen werden in der Liste darunter angezeigt.
6.6
Batches sortieren
Batches können durch Klicken auf das Sortieren nach Feld sortiert werden.
Die Sortierung kann durch erneutes Klicken auf das entsprechende
Feld umgekehrt werden.
S e i t e | 18
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7
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
DER AUSGANGSBILDSCHIRM
Der Ausgangsbildschirm ist der Startpunkt der Software. Er ist in den meisten Situationen über den
„Startseite“ Knopf im Hauptmenü zugänglich.
Die Hauptfunktionen des Ausgangsbildschirms sind
 Suche:
 Neue HISTO SPOT Arbeitsliste:
 Neue Combistrip Arbeitsliste:
 Import Arbeitsliste:
 Neue Probe:
Zugang zum Suchbildschirm.
Erstellt eine neue Arbeitsliste.
Erstellt eine neue Arbeitsliste für einen Kombi-Streifen
(HISTO SPOT On-Call Typing Kit; ABC CWD high res, ABDR
CWD high res, DR/DQ CWD high res).
Importiert eine neue Arbeitsliste (csv Format) oder eine
prozessierte Arbeitsliste vom MR.SPOT Prozessor.
Erstellt eine neue Probe.
S e i t e | 19
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7.1
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Das Hauptmenü
Das Hauptmenü ist von den meisten Bildschirmen der Software aus zugänglich. Die Verfügbarkeit
der einzelnen Rubriken hängt von der Funktion des aktuellen Benutzers ab. Das Menü enthält
folgende Funktionen:
Startseite:
Rückkehr zum Ausgangsbildschirm.
Patienten:
führt zum Patienten-Bildschirm.
Proben:
führt zum Proben-Bildschirm.
Arbeitslisten: führt zum Arbeitslisten-Bildschirm.
Kits:
führt zum Kits-Bildschirm.
Benutzer:
führt zum Benutzer-Bildschirm.
Prozessoren: führt zur MR.SPOT Ansicht.
Setup:
Zugang zum Konfigurationsfenster (Setup).
Abmelden:
Ausloggen des aktuellen Benutzers.
8
BENUTZERVERWALTUNG
Es ist erforderlich, Benutzer mit einem spezifischen Benutzernamen und Passwort im
System zu registrieren. Benutzern muss mindestens eine von drei im System definierten
Funktionen zugeordnet werden.
8.1
Der Benutzer-Bildschirm
In diesem Bildschirm werden alle Benutzer angezeigt.
S e i t e | 20
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8.2
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Einen Benutzer hinzufügen
1. Hinzufügen auswählen.
2. Das Benutzer bearbeiten Formular ausfüllen.
Benutzername:
Spezifischer Name des Benutzers zum
Einloggen.
Funktionen:
Aus User, Supervisor und Administrator
auswählen.
Aktiviert:
Wenn deaktiviert, kann der Benutzer nicht
Einloggen.
Kommentare:
Kommentare zum Benutzer hinzufügen.
3. OK oder Cancel Knopf drücken.
4. Der neue Benutzer wird im Benutzer-Bildschirm angezeigt.
8.3
Einen Benutzer bearbeiten
Ein vorhandener Benutzer kann bearbeitet werden. Das Bearbeiten ist auf die Veränderung der
Funktionen, Aktivieren/Deaktivieren und Hinzufügen von Kommentaren beschränkt. Um einen
Benutzer zu bearbeiten:
1. Den Benutzer aus der Liste auswählen und Bearbeiten drücken.
2. Der Benutzername kann nicht geändert werden, die anderen Felder können bearbeitet werden.
3. OK drücken, um zu speichern, Cancel drücken um Änderungen zu verwerfen.
Beachten: Der Administrator kann nicht bearbeitet werden!
8.4
Ein Benutzer-Passwort zurücksetzen
Wenn ein Benutzer sein Passwort vergessen hat, kann es von einem anderen Benutzer
zurückgesetzt werden, der Administratorrechte hat.
1. Den Benutzer aus der Liste auswählen.
2. Den Passwort zurücksetzen Knopf drücken.
3. Das Benutzer-Passwort wird auf das Standard-Passwort “Password123”zurückgesetzt.
4. Der Benutzer sollte das Passwort beim nächsten Einloggen ändern.
S e i t e | 21
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8.5
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Einen Benutzer löschen
Es ist nicht möglich, einen Benutzer zu löschen. Benutzer sollten nicht gelöscht, sondern über die
“Benutzer bearbeiten” Funktion deaktiviert werden.
8.6
Passwort ändern
Der aktuelle Benutzer kann sein Passwort über den Setup Knopf im Hauptmenü ändern. Die erste
Seite im Konfigurationsfenster (Setup) ermöglicht dem Benutzer die Änderung des Passworts.
Bei Passwörtern muss die Groß- und Kleinschreibung beachtet werden, d.h. “Passwort” ist nicht
das gleiche wie “passwort”. Die Felder Neues Passwort und Passwort bestätigen müssen
übereinstimmen, um Fehler bei der Passwortänderung zu vermeiden. Der Benutzer muss den OK
Knopf drücken, um das Passwort zu ändern.
S e i t e | 22
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9
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
PATIENTENVERWALTUNG
Patienten können im HISTO MATCH System optional verwendet werden. Es ist nicht
notwendig, Patienten zum Gruppieren von Proben und Tests zu verwenden, aber es
kann sinnvoll sein. Das Auswählen des Patienten Knopfes im Hauptmenü öffnet den
Patienten-Bildschirm.
Wenn dieser Bildschirm geöffnet wird, werden alle Patienten im System angezeigt.
Einen neuen Patienten erstellen.
Patient bearbeiten.
Ausgewählten Patient löschen.
Ergebnisbericht für ausgewählten Patienten erstellen.
S e i t e | 23
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9.1
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Patienten finden
Patienten können über die „Suche“-Werkzeugleiste gesucht werden:
Suchkriterien in der Suchleiste eingeben, Enter drücken oder den
Knopf drücken. Patienten
werden anhand des Namen oder der ID gesucht. Patienten, die den Suchkriterien entsprechen,
werden in der Liste angezeigt.
9.2
Sortieren
Die Liste der Patienten kann durch Klicken des Sortiert nach Feldes sortiert werden.
Die Sortierung kann durch nochmaliges Klicken umgekehrt werden.
9.3
Einen neuen Patienten hinzufügen
Patienten können zusammen mit Probeninformationen aus einer Textdatei importiert werden
(siehe Kapitel Probenverwaltung). Die hier beschriebene Methode erlaubt das Hinzufügen
einzelner Patienten mit mehreren Proben und Tests.
1. Den Hinzufügen Knopf auswählen.
2. Der Bildschirm zum Editieren von Patienten wird angezeigt.
Patienten Expander
Proben Expander
3. Den Patienten Expander anklicken, um die Patienteninformation anzuzeigen. (Klicken des Pfeils
erweitert das Feld zum Bearbeiten, erneutes Klicken schließt es wieder)
S e i t e | 24
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Patienten ID:
Dies ist eine eindeutige Patienten ID – Erforderlich.
Name:
Der Name des Patienten (z.B. Hans Müller).
Geburtsdatum:
Ein Datum in das Feld eingeben oder aus dem Kalender wählen.
Addresse:
Zum Bearbeiten die Hinzufügen / Bearbeiten / Löschen Knöpfe verwenden.
4. Den Proben Expander anklicken, um eine Probe hinzuzufügen. (Klicken des Pfeils erweitert das
Feld zum Bearbeiten, erneutes Klicken schließt es wieder)
5. Hinzufügen
wählen, um eine neue Probe hinzuzufügen.
Es öffnet sich ein Proben-Fenster mit einer Proben ID, die mit der Patienten ID identisch ist
(editierbar). In diesem Fenster können Sie HISTO SPOT oder HISTO TYPE Tests hinzufügen. Es
können beliebig viele Tests hinzugefügt werden. Ein Test kann durch Auswahl des Tests und
Drücken des Löschen Knopfs gelöscht werden. Die Tests werden durch Drücken des Speichern
Knopfs gespeichert.
S e i t e | 25
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
6. Den Proben Expander anklicken, um Probeninformationen einzugeben.
Proben ID :
Eingangsdatum:
Extraktion:
Kommentare:
Erforderliche eindeutige ID für die Probe.
Auf das aktuelle Datum eingestellt, kann geändert werden.
Raum zum Eintragen der DNA Extraktionsmethode.
Den Hinzufügen Knopf drücken um Kommentare einzugeben.
7. Die neue Probe erscheint in der Probenliste des Patienten.
Proben und die zugehörigen Tests können durch Doppelklicken der Probe in der Liste oder
Drücken des Bearbeiten Knopfs
8. Speichern
Schließen
9.4
verändert werden.
drücken, um Änderungen in der Datenbank zu speichern oder
drücken, um Änderungen zu verwerfen.
Einen vorhandenen Patienten bearbeiten
Um einen in der Datenbank vorhandenen Patienten zu bearbeiten:
1.
2.
3.
4.
Den Patienten mit Hilfe der Such- und Sortierfunktionen finden.
Den Bearbeiten Knopf wählen oder den Patienten in der Liste doppelklicken.
Der Bildschirm zum Bearbeiten des Patienten wird angezeigt.
Alle Felder können bearbeitet werden. Proben und Tests können auf die gleiche Weise
hinzugefügt werden wie bei neuen Patienten.
Während ein Patient hinzugefügt oder bearbeitet wird, können andere Bereiche der Software über
das Hauptmenü am unteren Teil des Bildschirms angesteuert werden. Dadurch ist es möglich,
mehrere Patienten oder Patienten und andere Elemente gleichzeitig zu bearbeiten. Patienten, die
S e i t e | 26
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
gerade bearbeitet werden, werden in der Liste Offene Patienten im Patientenbildschirm
angezeigt. Um zu einem bearbeiteten Patienten zurückzukehren, den Patienten in der Liste
doppelklicken.
9.5
Vorhandene Proben zuordnen
Beim Hinzufügen oder Bearbeiten von Patienten können diesem in der Datenbank vorhandene
Proben zugeordnet werden.
1. Den zu bearbeitenden Patienten auswählen, Bearbeiten
doppelklicken.
2. Den Zuordnen
drücken oder den Patienten
Knopf drücken:
3. Eine Probe aus der Liste auswählen (es werden nur
Proben angezeigt, die noch keinem Patienten
zugeordnet sind).
4. OK drücken.
5. Die ausgewählte Probe wird zu den Proben des
Patienten hinzugefügt.
9.6
Patienten löschen
Patienten können aus dem System gelöscht werden, indem sie im Patientenbildschirm ausgewählt
werden und dann der Löschen
Knopf gedrückt wird:
Ja klicken, um zu bestätigen, dass
der Patient endgültig gelöscht
werden soll. Alle zugehörigen
Proben und Tests werden ebenfalls
gelöscht. Löschen eines Patienten
ist nicht möglich, wenn Tests des
Patienten in einer Arbeitsliste sind. Nur Benutzer mit Supervisor-Funktion können Patienten
löschen.
S e i t e | 27
BAG Health Care GmbH
10
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
PROBENVERWALTUNG
HISTO MATCH verwendet Proben, um tatsächliche Proben abzubilden. Wie bei
tatsächlichen Proben können viele verschiedene Tests mit der Probe durchgeführt
werden. Im Unterschied zu tatsächlichen Proben müssen sie nicht zu einem
bestimmten Patienten gehören. Auswählen des Proben Knopfs im Hauptmenü zeigt
den Probenbildschirm an. Dieser Bildschirm ist immer leer, wenn er das erste Mal geöffnet wird.
Eine neue Proben erstellen (Hinzufügen).
Eine ausgewählte Probe bearbeiten (Bearbeiten).
Eine ausgewählte Probe löschen (Löschen).
Proben aus einer Datei importieren (Import).
Einen Ergebnisbericht für die ausgewählte Probe erstellen (Bericht).
S e i t e | 28
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
10.1 Proben finden
Proben können über die „Suche“-Werkzeugleiste gesucht werden:
Suchkriterien in der Suchleiste eingeben, Enter drücken oder den
Knopf drücken. Proben
werden anhand des Namens oder der ID gesucht. Proben, die den Suchkriterien entsprechen,
werden in der Liste angezeigt.
10.2 Sortieren
Die Liste der Proben kann durch Klicken des Sortiert nach Felds sortiert
werden. Die Sortierung kann durch nochmaliges Klicken umgekehrt
werden.
10.3 Neue Proben hinzufügen
Proben können aus einer Textdatei importiert werden (siehe unten) oder einzeln hinzugefügt
werden wie hier beschrieben.
1. Den Hinzufügen
Knopf aus dem Probenbildschirm auswählen. Es muss eine Proben ID
vergeben werden bevor Tests hinzugefügt werden können.
S e i t e | 29
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
2. Den Proben Expander anklicken, um die Probeninformation zu bearbeiten.
Proben ID:
Eingangdatum:
Extraktion:
Kommentare:
Dies ist eine eindeutige Proben ID. Ohne diese ID kann nicht gespeichert werden.
Auf das aktuelle Datum eingestellt, kann geändert werden.
Raum zum Eintragen der DNA Extraktionsmethode.
Den Hinzufügen (+) Knopf verwenden, um neue Kommentare hinzuzufügen.
3. Den Test Expander öffnen und Tests für die Probe hinzufügen.
S e i t e | 30
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
4. Zusätzliche Patienteninformationen können über den Patienten Expander eingesehen werden.
Patienten Informationen können auf dem Patienten-Bildschirm eingegeben werden.
5. Speichern
auswählen, um Änderungen zu speichern, oder Schließen drücken
den Vorgang abzubrechen.
, um
10.4 Eine vorhandene Probe bearbeiten
1.
2.
3.
4.
5.
Die Probe mit Hilfe der Such- und Sortierfunktionen finden.
Den Bearbeiten Knopf wählen oder die Probe in der Liste doppelklicken.
Der Bildschirm zum Bearbeiten der Probe wird angezeigt.
Das Feld Proben ID kann von einem Supervisor bearbeitet werden, aber nicht leer sein.
Wenn ein Duplikat der Proben ID vorhanden ist, wird eine Fehlermeldung angezeigt.
Während eine Probe hinzugefügt oder bearbeitet wird, können andere Bereiche der Software über
das Hauptmenü am unteren Teil des Bildschirms angesteuert werden. Dadurch ist es möglich,
mehrere Proben oder Proben und andere Elemente gleichzeitig zu bearbeiten. Proben, die gerade
bearbeitet werden, werden in der Liste Offene Proben im Probenbildschirm angezeigt. Um zu
einer bearbeiteten Probe zurückzukehren, die Probe in der Liste doppelklicken.
10.5 Proben importieren
Der Datenimport aus einer Textdatei stellt eine schnelle Methode dar, Patienten und Proben
hinzuzufügen.
10.5.1 Dateiformat für den Import
Die Textdatei sollte eine Liste von Einträgen enthalten, die einem der beiden folgenden Formate
entspricht:
1) Patienten ID
2) Proben ID
Vorname
Genort
Nachname
Geburtsdatum
Proben ID
Genort
Jedes Feld sollte durch einen Tabulator oder ein Komma abgetrennt werden.
S e i t e | 31
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Patienten ID:
Vor-und Nachname:
Geburtsdatum:
Proben ID:
Genort:
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Dies ist die spezifische ID des Patienten.
Der Name des Patienten.
Das Geburtsdatum des Patienten (muss mit dem lokalen Datumsformat
übereinstimmen).
Die spezifische ID der Probe.
Der HLA Genort, für den ein Test hinzugefügt werden soll (z.B. A, HLA A,
HLA-A entsprechend für B, C, DRB1, DRB345, DQB1, DPB1, COE für Coeliac
Disease, Ax, Bx, Cx für Xtend Kits, NULL für den Null Allele Kit und NEG für
die Negativkontrolle).
Eine Patienten ID kann nur einmal vergeben werden. Wenn eine identische ID in der Datenbank
gefunden wird, werden der Name und das Geburtsdatum verglichen. Wenn diese Daten identisch
sind, wird die neue Eintragung zum Patienten hinzugefügt; sind sie nicht identisch wird eine
Fehlermeldung generiert. Eine Proben ID kann nur einmal vergeben werden. Wird eine identische
ID in der Datenbank gefunden, so wird der neue Test zu der bestehenden Probe hinzugefügt.
10.5.2 Textdatei importieren
1. Im Probenbildschirm Import
wählen.
2. Die zu importierende Textdatei auswählen.
3. Die importierten Proben werden in der Liste angezeigt.
Die Textdatei kann auch direkt vom Bildschirm zum Erstellen einer neuen Arbeitsliste importiert
werden (siehe Kapitel 11.4 Eine neue Arbeitsliste erstellen). Des Weiteren besteht die Möglichkeit
eine Arbeitsliste mit definierten Positionen für einzelnen Proben und Tests zu importieren (siehe
Kapitel 11.5 Eine neue Arbeitsliste importieren).
10.6 Verbindung von der Probe zum Ergebnis
Es gibt eine direkte Verbindung vom Proben- und Tests-Bildschirm zum detaillierten Ergebnis eines
Tests: Zunächst die Probe auswählen und den Tests-Bildschirm öffnen. Dann den gewünschten
Test markieren und Doppelklicken oder den grünen Interpretieren Knopf drücken. Der
Interpretationsbildschirm für diesen Test öffnet sich (siehe Kapitel 14 Interpretations-Bildschirm).
S e i t e | 32
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11
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
VERWALTUNG DER ARBEITSLISTEN
HISTO MATCH sammelt durchzuführende Tests in einer Arbeitsliste mit bis zu 96 Tests
in einem 96er Plattenformat. Auswählen des Arbeitslisten Knopfs im Hauptmenü
öffnet den Arbeitslisten-Bildschirm. Wenn der Bildschirm zum ersten Mal angezeigt
wird, enthält er alle Arbeitslisten.
Eine neue Arbeitsliste erstellen (Hinzufügen).
Eine Arbeitsliste importieren (Importieren).
Einen Bericht für die ausgewählte Arbeitsliste erstellen (Bericht).
Die ausgewählte Arbeitsliste exportieren (Exportieren).
Das Layout der ausgewählten Arbeitsliste bearbeiten (Bearbeiten).
Die ausgewählte Arbeitsliste löschen (Löschen).
Die ausgewählte Arbeitsliste analyiseren (Analysieren).
Die ausgewählte Arbeitsliste an MR.SPOT senden (Senden).
S e i t e | 33
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Wenn der MR.SPOT® Prozessor in ein Netzwerk integriert ist, zeigt ein blinkendes
Symbol an,
dass die Arbeitliste für die Interpretation importiert werden kann. Durch Drücken des Symbols
wird der Import gestartet.
11.1 Arbeitslisten-Ansichten und Log Daten
Klicken auf den Pfeil neben der markierten Arbeitsliste öffnet eine detaillierte Ansicht der
Plattenanordnung.
Der Pfeil Log
anzeigen öffnet die
Log Daten der Arbeitsliste, inklusive einer
Graphik der Temperaturen während des
Assays.
S e i t e | 34
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
S e i t e | 35
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
11.2 Arbeitslisten finden
Arbeitslisten können über die „Suche“-Werkzeugleiste gesucht werden:
Suchkriterien in der Suchleiste eingeben, Enter drücken oder den
Knopf drücken.
Arbeitslisten werden anhand der Arbeitslisten ID gesucht. Arbeitslisten, die den Suchkriterien
entsprechen, werden in der Liste angezeigt.
11.3 Sortieren
Die Liste der Arbeitslisten kann durch Klicken des Sortiert nach
Felds sortiert werden. Die Sortierung kann durch nochmaliges
Klicken umgekehrt werden.
11.3.1 Arbeitslisten Status
Den Arbeitslisten wird ein Status zugeordnet, der vom Stand der Bearbeitung abhängt. Der Status
kann einer der Folgenden sein:
Initial:
Die Arbeitsliste ist erstellt worden und Tests können hinzugefügt
worden sein.
Exportiert:
Die Arbeitsliste befindet sich zur Bearbeitung auf dem MR.SPOT
Prozessor.
Import abgeschlossen:
Die Analysedaten und Bilder sind vom MR.SPOT Prozessor
importiert worden.
Gerastert:
Die Bilder sind analysiert worden und es wurde ein Raster
darübergelegt, um die Positionen der Sonden im Bild zuzuordnen.
Analysiere:
HLA Typen werden den Tests in der Arbeitsliste zugeordnet.
Analysiert:
HLA Typen sind den Tests auf der Arbeitsliste zugeordnet
worden, die Tests können autorisiert werden.
Ein weißer Haken zeigt an, dass einige Tests bereits
interpretiert wurden und die technische Freigabe erfolgt ist.
Ein blauer Haken zeigt an, dass alle Tests interpretiert wurden
und die technische Freigabe erfolgt ist.
Ein oranger Haken zeigt an, dass einige Tests bereits autorisiert
wurden.
Vollständig:
Alle Tests sind autorisiert worden, erkennbar an einem grünen
Haken.
S e i t e | 36
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
11.4 Eine neue Arbeitsliste erstellen
Arbeitslisten können durch Klicken des Hinzufügen Knopfs
im Arbeitslisten-Bildschirm
erstellt werden. Dadurch wird der Bildschirm zum Bearbeiten einer Arbeitsliste geöffnet.
11.4.1 Arbeitsliste ID
Dieses Bedienungselement enthält die Arbeitslisten ID. Eine Standard ID wird automatisch von
HISTO MATCH erstellt und kann entsprechend den Anforderungen geändert werden. Die
Arbeitslisten ID muss einmalig sein.
Kommentare können durch Klicken des Kommentare Felds
und Drücken des Hinzufügen
werden.
Knopfs hinzugefügt
11.4.2 Verfügbare Tests
Dieses Bedienungselement zeigt die verfügbaren Tests, die
einer Arbeitsliste hinzugefügt werden können. Der
Hinzufügen
Knopf öffnet die Funktion “Neue Probe”
und fügt alle neuen Tests der Liste hinzu. Der Importieren
Knopf
startet die Funktion “Proben importieren”.
Die Tests werden der Liste verfügbarer Tests hinzugefügt.
Klicken auf dieses Symbol
löscht den Test ohne weitere
Nachfragen und
öffnet das Probenfenster, wo Tests
gelöscht oder hinzugefügt werden können.
S e i t e | 37
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Es besteht die Möglichkeit durch Aktivieren des Feldes in der unteren linken Ecke des
Bildschirmes, neue Proben automatisch dem Arbeitslisten Layout hinzuzufügen.
11.4.3 Proben mit Barcodelesegerät einfügen
Im geöffneten Bildschirm zum Erstellen neuer Arbeitslisten können Proben mittels eines
Barcodelesegeräts eingefügt werde. Dazu wird der Barcode bei geöffnetem Bildschirm eingelesen.
Daraufhin öffnet sich das Fenster für eine neue Probe und die Proben-ID wird automatisch
eingetragen. Jetzt können die gewünschten Tests hinzugefügt werden.
S e i t e | 38
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
11.4.4 Die Plattenanordnung bearbeiten
Dieses Bedienungselement zeigt die Plattenanordnung der Arbeitsliste. Leere Kavitäten werden in
schwarz angezeigt, farbige Felder repräsentieren Tests.
Es gibt mehrere Methoden, um Tests zur Plattenanordnung hinzuzufügen:
Doppelklicken: Doppelklicken fügt den Test in die nächste freie Kavität ein. HISTO MATCH ordnet
Tests für den gleichen Genort in denselben Streifen ein.
Drag und Drop: Einer oder mehrere aus der Liste ausgewählte Tests können mit der Maus auf eine
leere Position auf der Platte gezogen werden. Die Tests werden in das Zielfeld und die folgenden
Positionen eingefügt. Diese Methode ermöglicht die Erstellung gemischter Streifen mit mehreren
Genorten. Tests können auch innerhalb der Platte verschoben werden, indem sie zu einer neuen
Position gezogen werden.
Genort hinzufügen: Beim Klicken des Knopfes neben dem Genortnamen versucht die Software,
alle verfügbaren Tests für diesen spezifischen Genort zur Platte hinzuzufügen. Die Tests werden zu
Streifen mit demselben Genortnamen hinzugefügt.
Um einen Test zu löschen, den Test auf der Platte durch Klicken auswählen. Das Auswahl
Bedienfeld wird aktiviert:
Dieses Feld kann erweitert werden, um mehr Information
zum ausgewählten Test anzuzeigen.
Klicken des Entfernen Knopfs
entfernt den Test
aus der Arbeitsliste. Der Test erscheint wieder in der Liste
verfügbarer Tests.
Es ist auch möglich, den Test durch Drag und Drop Tests aus der Plattenanordnung zu entfernen
und zu den verfügbaren Tests zu verschieben.
S e i t e | 39
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Den Speichern Knopf
drücken, um die Änderungen in der Arbeitsliste zu speichern. Beim
Speichern wird automatisch das Fenster zum Senden der Arbeitsliste zum Prozessor geöffnet.
Drücken des Schließen Knopfs
verwirft alle Änderungen und schließt die Ansicht.
Während der Bearbeitung kann der Anwender die Seite verlassen und andere verfügbare
Funktionen aus dem Hauptmenü wählen. Der Anwender kann über den Arbeitslisten-Bildschirm zu
dieser Seite zurückkehren. Alle geöffneten Arbeitslisten erscheinen in der Liste Offene
Arbeitslisten. Doppelklicken eines Elements in der Liste bringt den Anwender zurück zur
Bearbeitungsansicht.
11.5 Eine neue Arbeitsliste importieren
Der Arbeitslisten-Import aus einer Textdatei stellt eine schnelle Methode dar, eine neue
Arbeitsliste hinzuzufügen. Die Textdatei sollte eine Liste von Einträgen enthalten, die einem der
beiden folgenden Formate entspricht:
1) Patienten ID
2) Proben ID
Vorname
Genort
Nachname
Geburtsdatum Proben ID
Genort
Die Felder sollten entweder durch einen Tabulator oder durch
ein Komma getrennt sein. Für leere Testgefäße wird ein“#“
verwendet. Nicht importierte Kommentare können
eingegeben werden, indem eine Zeile mit „//“ begonnen wird.
Der Name der Datei wird als Arbeitslistenname von HISTO
MATCH übernommen. Eine Excel-Vorlage ist auf dem HISTO
SPOT Download Server (http://service.bag-healthcare.com/ )
verfügbar. Diese Vorlage wandelt eine Excel Tabelle in das
korrekte .csv Format um. Zugangsdaten sind bei BAG Health
Care GmbH erhältlich.
Patienten ID:
Dies ist die eindeutige ID des Patienten.
Vorname & Nachname: Der Namen des Patienten.
Geburtsdatum:
Geburtsdatum des Patienten (muss dem lokalen Datenformat
entsprechen).
Proben ID:
Die eindeutige ID der Probe.
Genort:
Der zu testende HLA Genort (e.g. A, HLA A, HLA-A entsprechend B, C,
DRB1, DRB345, DQB1, DPB1 oder COE, Ax, Bx, Cx für Xtend Kits, NULL
für den Null Allele Kit und NEG für die Negativkontrolle).
Die Textdatei kann mit dem Import Knopf auf dem Startbildschirm oder mit dem Importieren
Knopf
auf dem Arbeitslisten-Bildschirm importiert werden. Als Dateityp „CSV Worklist“
aus der Liste auswählen. Nach dem Import wird der Arbeitsliste Bearbeiten-Bildschirm angezeigt.
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
11.6 Eine existierende Arbeitsliste bearbeiten
Arbeitslisten können nur bearbeitet werden bis sie gesendet werden, d.h. solange sie den Status
Initial haben. Wenn eine Arbeitsliste gesendet wird, wechselt der Status zu Exportiert und die
Arbeitsliste kann nur noch von einem Benutzer mit Administrator-Funktion bearbeitet werden. Um
eine existierende Arbeitsliste zu bearbeiten, die Arbeitsliste mit Hilfe der Such- und
Sortierfunktionen auf dem Arbeitsliste-Bildschirm lokalisieren. Die Arbeitsliste auswählen und den
Bearbeiten Knopf drücken oder die Arbeitsliste Doppelklicken.
11.7 Arbeitslisten Layout Bericht
Es gibt abhängig von den Benutzereinstellungen und dem Status der Arbeitsliste verschiedene
Arten von Berichten.
Arbeitslisten Status Initial oder Gesendet: HISTO MATCH liefert einen Arbeitslisten Layout Bericht:
Dieser zeigt die Positionen der Tests und enthält einen Farbcode für den Genort.
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
11.8 Arbeitsliste für einen Kombi-Streifen erstellen (On-Call Typing Kit, CWD high res
Kits)
Den Knopf Neue Combistrip Arbeitsliste von der Startseite wählen:
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
1. Eine Arbeitslisten ID erstellen. Die Standard ID wird automatisch von HISTO MATCH erstellt
und kann entsprechend den Erfordernissen geändert werden. Die Arbeitslisten ID muss
eindeutig sein.
2. Einen Patienten auswählen und hinzufügen über a) die Suche Funktion oder b) Erstellen eines
neuen Patienten:
a. Den Cursor im Suche Feld platzieren und Enter oder den Suche
Knopf drücken, um alle
verfügbaren Patienten anzuzeigen. Es können auch Suchkriterien eingegeben werden, um
nach einem speziellen Patienten zu suchen. Ein Doppelklick auf den ausgewählten Patienten
öffnet ein Fenster zum Auswählen des gewünschten Kits. Durch Doppelklicken auf den Kit
wird der Test zur Arbeitsliste hinzugefügt.
Zum Entfernen eines Patienten diesen markieren und den Löschen Knopf oben rechts
drücken. Das Erstellen von Patienten in der Patientenverwaltung wird in Kapitel 9 beschrieben
( 9 Patientenverwaltung).
S e i t e | 43
BAG Health Care GmbH
b.
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Einen der Kit-Knöpfe auf der rechten Seite drücken, um in diesem Bildschirm einen neuen
Patienten anzulegen. Die Patientendaten eingeben und den Speichern Knopf
Der neue Patient wird automatisch der Arbeitsliste hinzugefügt.
3.
drücken.
Die Arbeitsliste durch Drücken des Speichern Knopfs
unter dem Plattenlayout
speichern. Danach muss die Arbeitsliste entweder direkt zum Prozessor geschickt oder als
Datei auf einem USB Stick zum Datentransfer gespeichert werden (siehe 11.10 Arbeitsliste
zum Prozessor senden). Beim Abbrechen dieses Vorgangs wird die Arbeitsliste nicht zum
Prozessor geschickt, aber in der Datenbank gespeichert.
S e i t e | 44
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Start drücken. Danach erscheint die Aufforderung einen Arbeitslisten Layout Bericht zu
drucken – Ja drücken.
11.9 Tests und Arbeitslisten mit Xtend und Null Kits erstellen
11.9.1 Initialer Test mit Xtend und Null Kits
Ein vollständiger hochauflösender Test kann von Anfang an durchgeführt werden, indem zu einer
Probe zunächst ein regulärer 4D Test und dann ein Xtend und / oder ein Null Test hinzugefügt
wird. Drücken des Xt Knopfs neben dem regulären 4D Test öffnet ein Fenster, in dem durch
Drücken des „+“ Knopfs ein Xtend und ein Null Test hinzugefügt werden können.
Die Xtend Tests für diese Probe werden dann angezeigt. Null Tests werden mit allen Tests für die
Klasse I für und Status „Initial“ für diese Proben ID verknüpft.
S e i t e | 45
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Die Xtend Test können wie gewohnt zu einer neuen Arbeitsliste hinzugefügt werden:
Die Tests und die jeweilige Hit Tables werden in der späteren Auswertung automatisch
miteinander kombiniert.
11.9.2 Xtend und Null Tests zu bereits durchgeführten Tests hinzufügen
Xtend und Null Tests können im Auswertebildschirm zu bereits interpretierten Tests hinzugefügt
werden. Der Test in diesem Beispiel ist mit dem CWD Filter nicht eindeutig. Ein Xtend Test kann
durch Klicken auf den Xtend Knopf und dann auf den „+“ Knopf hinzugefügt werden.
S e i t e | 46
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
In diesem Fenster muss das Hinzufügen bestätigt werden.
Für Tests, die um einen Xtend oder Null Kit erweitert wurden, erscheint ein blaues Symbol im
oberen rechten Bildschirmbereich. Die Sondenindices werden um eine Ziffer in Klammern ergänzt,
die angibt in welchem Testgefäß sich die jeweilige Sonde befindet.
Die im Auswertebildschirm erstellten Tests erscheinen als „Verfügbare Tests“ im Bildschirm zum
Erstellen einer neuen Arbeitsliste und können dort wie im vorherigen Kapitel beschrieben
hinzugefügt werden. Nach Durchführung der Tests und Importieren der Arbeitsliste mit den
erweiterten Tests werden die zusammengehörigen Tests automatisch miteinander kombiniert.
Beide Hit Tables und beide Array Bilder werden angezeigt. Das Ergebnis ist jetzt mit dem CWD
Filter eindeutig.
S e i t e | 47
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
11.10 Arbeitsliste zum Prozessor senden
Wenn eine Arbeitsliste erstellt und alle Tests hinzugefügt wurden, kann sie zum MR.SPOT
Prozessor zum Verarbeiten geschickt werden. Die Arbeitsliste kann über ein lokales Netzwerk
direkt zu einem MR.SPOT Prozessor geschickt werden oder der Transfer kann über einen USB
Speicher erfolgen. Das Fenster zum Senden der Arbeitsliste wird beim Speichern automatisch
geöffnet. Beim Abbrechen dieses Prozesses wird die Arbeitsliste nicht gesendet.
1. Um eine Arbeitsliste aus dem Arbeitslisten-Bildschirm zu versenden, die Arbeitsliste über die
Such- und Sortierfunktionen lokalisieren. Nur Arbeitslisten im Anfangsstatus (Initial) können
verschickt werden.
2. Den Senden Knopf auswählen.
3. Im Dialog-Fenster entweder Als Datei speichern oder
MR.SPOT auswählen (Liste wird angezeigt, wenn
vorhanden) und Start drücken.
3a)
Als Datei speichern:
i.
ii.
iii.
iv.
v.
vi.
MR.SPOT Prozessor auswählen:
3b)
i.
ii.
iii.
4.
5.
Einen Ort zum Speichern der Datei wählen.
Die Datei auf einen USB Speicher kopieren.
Den USB Speicher in den USB Anschluss am MR.SPOT einstecken.
Am MR.SPOT Arbeitsliste auswählen.
Import drücken.
Die Arbeitsliste ist jetzt für die Verarbeitung verfügbar.
Einen MR.SPOT aus der Liste wählen.
Start drücken.
Die Arbeitsliste ist auf dem MR.SPOTverfügbar.
Nach dem Verschicken erscheint eine Aufforderung zum Drucken eines Arbeitslisten Layout
Berichts: Ja oder Nein drücken.
Der Status der Arbeitsliste wird zu Exportiert aktualisiert.
11.11 Eine verarbeitete Arbeitsliste importieren
11.11.1 Import über einen USB Speicher
Nach der Verarbeitung auf dem MR.SPOT Prozessor muss die Arbeitsliste zusammen mit den
Bildern der Testgefäße importiert werden. Dies kann über einen USB Speicher erfolgen.
S e i t e | 48
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1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Die Arbeitsliste am MR.SPOT Prozessor auf einen USB Speicher exportieren.
Die Arbeitsliste Datei wird zusammen mit einem Ordner, der die Bilder der Testgefäße enthält
auf dem USB Speicher gespeichert.
Den USB Speicher in den USB Anschluss des PC stecken, auf dem HISTO MATCH installiert ist.
Auf dem Ausgangsbildschirm Import auswählen oder Import im Arbeitsliste-Bildschirm
auswählen.
Die Arbeitsliste xml Datei auswählen und OK drücken.
Die Arbeitsliste wird importiert und die Bilder in der Datenbank gespeichert.
HISTO MATCH rastert die Bilder automatisch, interpretiert die Ergebnisse und öffnet den
Bildschirm zum Analysieren der Arbeitsliste, um die Ergebnisse zu überprüfen.
11.11.2 Import über ein Netzwerk
Eine prozessierte Arbeitsliste kann mittels der Arbeitsliste importieren Funktion auf dem
Prozessoren Bildschirm direkt vom MR.SPOT importiert werden (s. Kapitel 12.4). Alternativ kann
dies direkt vom Arbeitslisten-Bildschirm geschehen:
Ein MR.SPOT Symbol neben der Arbeitsliste zeigt an, dass die Arbeitsliste gerade auf dem
Prozessor läuft. Wenn das Symbol blinkt ist der Lauf beendet. Durch Klicken des Symbols wird die
Arbeitsliste direkt importiert, ohne dass ein Wechsel zum Prozessoren Bildschirm nötig ist.
11.12 Eine Arbeitsliste exportieren
Die Exportfunktion ist für analysierte Arbeitslisten verfügbar. Es sind vier Exportformate verfügbar:
Text Export:
Die Ergebnisse werden in einer Textdatei gespeichert. Das Textformat ist einfach:
Arbeitsliste Position oder Sample ID niedrigauflösendes Ergebnis
hochauflösendes Ergebnis
für jeden Test in der Arbeitsliste
CSV Export:
Die Ergebnisse werden als NMDP Codes und vom Benutzer zugewiesene Ergebnisse in einer
Textdatei ausgegeben.
Technical Export Package:
Exportiert die Arbeitslistendatei (.xml) mit einigen Informationen zur Auswertung zusammen mit
einem Ordner, der die Bilder der Testgefäße enthält.
S e i t e | 49
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Score Export:
Exportiert die ausgewerteten Ergebnisse in eine Datei, die in eine Vollversion der SCORE™
Software importiert werden kann. Es können ganze Arbeitslisten oder einzelnen Tests exportiert
werden. Dafür sind die Score Typingkit Dateien für die verwendeten Batches notwendig. Diese
können von HISTO SPOT Downloadserver heruntergeladen werden.
Ein Score Export kann sinnvoll sein,
wenn Typisierungsergebnisse mit verschiedenen Methoden zusammengeführt werden sollen. Bitte beachten, dass
SCORE™ nicht zur Auswertung von
Ergebnissen des HISTO SPOT Systems
geeignet ist.
S e i t e | 50
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12
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
MR.SPOT PROZESSOR
12.1 Prozessoren Bildschirm
Auswählen des Prozessoren Knopfs im Hauptmenü öffnet den Prozessoren Bildschirm.
Dieser Bildschirm hat drei Bedienfelder:
12.1.1 Prozessoren Liste
Dieses Bedienfeld zeigt eine Liste der
aktuell installierten Prozessoren und enthält Funktionen zum Hinzufügen
Löschen
und
von Prozessoren.
S e i t e | 51
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
12.1.2 Prozessorauswahl
Dieses Feld zeigt den aktuell ausgewählten
Prozessor. Es enthält Funktionen, um den Pro-zessor
erneut zu verbinden, eine Arbeitsliste zu
importieren
und eine Arbeitsliste zu löschen
.
Um erneut eine Verbindung mit dem Prozessor
herzustellen den Verbinden Knopf drücken:
Mit dem
Symbol können Log-Dateien für einzelne Läufe direkt vom Prozessor
heruntergeladen werden.
12.1.3 Nachrichten vom Prozessor
Dieses Feld zeigt eine Liste der Nachrichten von allen
verbundenen Prozessoren.
S e i t e | 52
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
12.2 Einen neuen Prozessor hinzufügen
Dieser Vorgang dient dem Hinzufügen eines neuen Prozessors, der ans lokale Netzwerk
angeschlossen ist.
1.
In der Prozessoren-Liste den Hinzufügen Knopf drücken.
2. Als Server Adresse den Netzwerknamen oder die IP
Adresse des Prozessors angeben. Der Standard-Netzwerkname ist Mr-Spot.
3. Der Port (Anschluss) sollte bei 8001 belassen werden.
4. OK drücken.
5. Das Programm versucht, den Prozessor zu verbinden. Ist
der Versuch erfolgreich, so wird der Prozessor zur Liste
hinzugefügt. Schlägt der Versuch fehl, gibt es die
Möglichkeit, den Prozessor trotzdem zur Liste hinzuzufügen.
12.3 Einen Prozessor löschen
Den zu löschenden Prozessor aus der Liste auswählen und den Löschen Knopf drücken. Der
Prozessor wird aus der Liste entfernt. Es werden keine weiteren Nachrichten vom Prozessor
übertragen.
12.4 Ergebnisse vom MR.SPOT Prozessor importieren
Im Feld Prozessorauswahl die zu importierende Arbeitsliste auswählen und den Import Knopf
drücken. Die Arbeitsliste wird in HISTO MATCH importiert und die Bilder werden in die Datenbank
übertragen. Die Arbeitsliste kann nun im Arbeitsliste Bildschirm ausgewählt werden, um die
Bildanalyse und die Interpretation durchzuführen.
S e i t e | 53
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13
HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
BILDANALYSE
HISTO MATCH führt die Bildanalyse für die Testergebnisse automatisch durch, wenn eine
Arbeitsliste importiert wird. Die Analyse besteht aus zwei Schritten: Während des Rasterns wird
die Größe und Position des Rasters bestimmt. In der folgenden Spotmessung wird jedem Spot ein
Wert für die Intensität des Spots und des Hintergrunds zugeordnet.
13.1 Automatisches Rastern
Wenn eine Arbeitsliste importiert wird, werden die Bilder automatisch analysiert.
Dieser Bildschirm zeigt den Fortschritt des Rastervorgangs. Ein roter Punkt zeigt an, dass dieser
Test gerade analysiert wird, blaue Punkte zeigen an, dass die Analyse abgeschlossen ist. Die
Bildanalyse dauert etwa 3 Sekunden pro Test. Wenn der Vorgang abgeschlossen ist, wird der
Bildschirm geschlossen und die Interpretation der Daten beginnt. Das Rastern kann durch drücken
des Abbruch Knopfs abgebrochen werden. Die Analyse für den gerade bearbeiteten Test wird
jedoch abgeschlossen, bevor der Bildschirm geschlossen wird. Das automatische Rastern kann
jederzeit mit Hilfe der Rastererstellung für alle Tests Funktion im Interpretations-Bildschirm
gestartet werden.
S e i t e | 54
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
13.2 Manuelles Rastern
Das Rastern kann über die Array Bild zeigen Funktion im
Interpretations-Bildschirm manuell durchgeführt werden.
Das Raster kann durch Bewegen der weißen Quadrate
justiert werden. Jedem Spot ist eine Fläche im Raster
zugeordnet – der gestrichelte Rahmen im Bild. Der Kreis
repräsentiert den gefundenen Spot. Dieser Kreis kann
entsprechend den Ausmaßen des Spots größer oder
kleiner sein. Der Kreis kann mit der Maus innerhalb des
gestrichelten Rahmens bewegt werden.
13.3 Spotmessung
Der Wert für jeden Spot wird gemessen und der Hintergrund wird abgezogen. Für Sonden, die
mehrfach vorhanden sind, wird der Mittelwert gebildet.
Positive Sonden werden in der Liste neben dem Raster mit rotem Hintergrund angezeigt und im
Raster mit einem roten Kreis. Negative Sonden werden mit einem weißen Hintergrund in der Liste
angezeigt und mit einem blauen Kreis im Raster. Kontrollsonden sind grün hinterlegt. Sonden, die
während der Interpretation ignoriert wurden sind Schwarz dargestellt und haben im Raster einen
grauen Kreis. In dieser Batch nicht aktive Sonden sind im Raster mit einem weißen Kreis
gekennzeichnet, werden in der Liste aber nicht von den negativen Sonden unterschieden.
Ausgewählte Sonden sind im Bild und in der Liste hervorgehoben.
S e i t e | 55
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Der Raster-Knopf
HISTO MATCH Software
rastert das Bild erneut, sucht nach den Spots und misst die Werte.
Der Spot messen-Knopf
startet die Suche nach einem Spot und dessen Messung.
Der Bild drehen- Knopf
drehen).
Dieser Knopf
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
ermöglicht eine manuelle Drehung des Bildes (siehe 13.4 Bilder
zeigt das Bild ohne das Raster.
13.4 Bilder drehen
Wenn einzelne Tests auf dem MR.SPOT Prozessor durchgeführt werden, können sich die
Testgefäße im Reaktionsplattenhalter drehen. Deshalb kann die Software die Bilder ohne
Korrektur der Bildorientierung nicht erkennen.
13.4.1 Automatische Rotation der Bilder
Als Standardeinstellung ist die automatische Bildrotation ausgeschaltet, d.h. die Software versucht
die Bilder ohne Rotation zu analysieren. Diese Einstellung sollte beibehalten werden, wenn nur
ganze Teststreifen verwendet werden, da die Software gelegentlich Bilder dreht, die nicht gedreht
werden müssen. Bei der Auswertung von Combistrips wird die automatische Rotation von der
Software immer verwendet.
Wenn die Funktion eingeschaltet ist, versucht die Software den Winkel der Rotation im
automatischen Rasterschritt zu bestimmen (direkt nach dem Import). Das Bild wird dann gedreht
und anschließend gerastert. Die automatische Bildrotation kann im Setup Bildschirm eingeschaltet
werden:
1. Setup im Hauptmenü auswählen.
2. Bildanalyse auswählen.
3. Automatische Bildrotation aktivieren.
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
13.4.2 Manuelle Drehung der Bilder
Bilder können im Array Bild zeigen Bildschirm manuell gedreht werden. Dies kann notwendig sein,
wenn die automatische Bildrotation ausgeschaltet ist oder das Ergebnis der Drehung nicht korrekt
ist.
1.
Den Array Bild anzeigen Knopf im Interpretations-Bildschirm auswählen:
2.
Den Bilder drehen-Knopf drücken.
Schieber
3.
Diese Ansicht zeigt die besten
Ergebnisse für das rotierte Bild. Das Bild mit
der korrekten Orientierung auswählen. Die
Spots sollten horizontal und vertikal in einer
Linie angeordnet sein – die Markersonden in
den Ecken müssen aber nicht an der richtigen
Stelle sein. Wenn keines der Bilder die
korrekte Orientierung aufweist, kann der
Schieber im ersten Bild zum manuellen
Drehen des Bildes verwendet werden.
S e i t e | 57
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Bewegen des Schiebers nach oben dreht das Bild.
Die Feineinstellung der Drehung erfolgt durch Klicken auf die Linie ober- und unterhalb des
Schiebers. Jeder einzelne Klick dreht das Bild um ein Grad in die entsprechende Richtung.
Auf das gedrehte Bild klicken um es für die Auswertung auszuwählen. Die Software rastert das
gedrehte Bild automatisch. Das Fenster schließen und den Test neu interpretieren lassen.
13.5 Referenzwerte für ausgefallene Kontrollsonden
Die HISTO MATCH Software markiert alle Tests, in denen die Intensität der Kontrollen weniger als
10% höher ist als der Hintergrund. Diese Tests werden nicht automatisch ausgewertet. Einzelne
Test mit Kontrollsignalen außerhalb des Bereichs zwischen 40 und 140 können falsch positive oder
falsch negative Sondenreaktivitäten aufweisen und sollten nach den EFI Standards V6.1 Absatz
L7.1 dokumentiert und überprüft werden.
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14
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
INTERPRETATIONS-BILDSCHIRM
14.1 Hauptsymbollleiste
Wechsel zwichen Plattenund Listenansicht:
Ändert die Ansicht der Arbeitsliste.
Alle rastern:
Rastert automatisch alle nicht gerasterten Tests.
Alle interpretieren :
Interpretiert alle oder alle nicht-typisierten
Tests.
Navigationsknöpfe:
Vorheriger/Nächster/Nächstes Problem.
14.2 Plattenansicht
Der Status jedes Tests auf der Platte wird angezeigt:
Grün:
Lila:
Gelb:
eindeutiges, häufiges Ergebnis
häufiger Haplotyp oder seltenes Ergebnis
mehrdeutiges Ergebnis (häufig oder selten),
nicht für DPB1
Rot:
kein Ergebnis
Grau:
Kontrollsonde ausgefallen
Grau/ Rot: Kontrollsonden in einem der Test in DQB1 /
DQA1 oder im Zöliakie Kit sind ausgefallen
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Ein Haken zeigt an, dass ein Test autorisiert wurde. Der Anwender kann jeden Test durch Klicken
ansteuern. Die Hintergrundfarbe des Tests zeigt den Genort an.
Die Ansicht kann bei Bedarf auf die Listenansicht umgeschaltet werden:
In dieser Ansicht ist das niedrig auflösende Ergebnis jedes Tests
neben der Position und dem Statusindikator sichtbar.
14.3 Testinformationen
Patienten- und Probeninformation für den
aktuellen Test. Anklicken des Erweiterungsknopfes
zeigt alle Typisierungsergebnisse
für diese Probe.
Kit- und Batchinformation für den aktuellen
Test. Durch Anklicken des Erweiterungsknopfes
können verschiedene Treffertabellen (Hit
Tables) gewählt werden, sofern diese verfügbar
sind.
Das vorgeschlagene /autorisierte Ergebnis für
den Test. Die Anzeige gruppiert die Ergebnisse
anhand der zweistelligen Allelgruppen. Die vollständigen Allele können durch Erweitern der
Gruppe angezeigt werden. Alternativ können
hier auch gefilterte Allele angezeigt werden.
(siehe 14.6.2 Filter für häufige Allele und 14.6.3
Optionen
für
die
Darstellung
der
Zusammenfassung)
S e i t e | 60
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
In der erweiterten Ansicht sind häufige (C) Allele
grün geschrieben, WD Allele sind blau und
seltene Allele grau (entsprechend dem
CWD2.0.0 Katalog). Der “ -“ Knopf entfernt
dieses Ergebnis aus der Liste der vorgeschlagenen Ergebnisse.
Wenn die Kontrollsonden sehr schwach sind,
wird eine Warnung angezeigt. Es ist möglich die
Ergebnisse trotzdem mit dem InterpretierenKnopf auszuwerten. Diese Nachricht wird auch
für eine Kontaminationskontrolle ohne DNA
angezeigt.
14.4 Interpretationsfunktionen
Interpretieren:
Interpretiert die aktuellen Ergebnisse.
Max. Anzahl ignorierter Sonden:
Löschen:
Maximale Anzahl Sonden, die bei der Suche eines
häufigen Ergebnisses ignoriert werden.
Die Standardeinstellung ist 10 und kann unter
„Setup-Interpretation“ verändert werden.
Alle Ergebnisse mit der hier angegebenen,
maximalen Anzahl von Abweichungen vom korrekten
Reaktionsmuster werden angezeigt.
Die Standardeinstellung ist 1 und kann unter „SetupInterpretation“ verändert werden.
Zeigt das Bild mit dem Raster und ermöglicht
Änderungen am Raster.
Löscht das Ergebnis für den ausgewählten Test.
Freigeben:
Technische Freigabe durch einen Benutzer.
Autorisieren:
Autorisiert/De-autorisiert das aktuelle Ergebnis.
Xtend / Null Test hinzufügen
Öffnet ein Fenster zum Hinzufügen von Xtend und
Null Tests. Nur sichtbar, wenn die entsprechenden
Tests verfügbar sind.
Max. Anzahl von
Abweichungen (Mismatches):
Bild ansehen:
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
14.5 Ergebnisansicht
Diese Ansicht zeigt das Ergebnis der Interpretation. Die Standardansicht zeigt mögliche zweistellige Ergebnisse zusammen mit der Anzahl erforderlicher Diskrepanzen, um dieses Ergebnis zu
erhalten.
Die Sondenintensitäten sind anhand des Abstandes zum Schwellenwert angeordnet. Die Proben
ganz links sind die „positivsten” und die ganz rechts die “negativsten”. Die grün hinterlegten
Sonden sind die Kontrollsonden.
Ergebnisse, die keine Abweichungen vom Reaktionsmuster (Mismatches) und zwei häufige
Allelkombinationen haben, werden in grün hervorgehoben. Ergebnisse mit nur einem Mismatch
und zwei häufigen Allelen sind rot hervorgehoben und sollten überprüft werden.
Die Zahl in Klammern hinter dem zweistelligen Ergebnis entspricht der Anzahl der möglichen
Allelstränge, die in dieser Zeile enthalten sind. Klicken des Erweiterungsknopfs in der ersten Spalte
der Tabelle erweitert die zweistellige Gruppe und zeigt alle Allele in dieser Gruppe. Wenn die
Maus über die Allelnamen in der zweiten Spalte bewegt wird, werden alle Allele der jeweiligen
Zeile in einem Unterfenster angezeigt.
S e i t e | 62
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Wenn eine Allelgruppe Abweichungen (Mismatches) aufweist, so werden diese in der Tabelle als
falsch-positive (rote Punkte) / falsch-negative (blaue Punkte) hervorgehoben.
Die MM Spalte enthält die Anzahl der Abweichungen (Mismatches).
Die Rang Spalte zeigt den Abstand der diskrepanten Sonde zum Schwellenwert. Niedrige Werte
zeigen Diskrepanzen mit schwachen Sonden an. In der Zeile mit dem zweistelligen Ergebnis
entspricht dieser Wert dem besten in der Gruppe.
Die CWD Spalte gibt die Anzahl häufiger Haplotypen (entsprechend dem CWD2.0.0 Katalog) in
dem möglichen Ergebnis an. Ein grüner Punkt zeigt ein Ergebnis mit zwei häufigen (C) Allelen, ein
blauer mit zwei gut dokumentierten (WD) Allelen und ein grauer mit zwei seltenen Allelen. Wenn
eine Hälfte grün und die andere blau ist, handelt es sich um ein C und ein WD Allel. Auf
Allelgruppenebene geben die Farben die häufigste Kombination in der Gruppe an.
Die Ergebnisse können durch Anklicken des Knopfes über der jeweiligen Spalte entsprechend der
jeweiligen Parameter sortiert werden (Gruppe/Allel, MM, Rang oder CWD). Erneutes Anklicken
kehrt die Sortierung um. Die Größe der Ergebnistabelle kann durch Drücken der STRG-Taste und
gleichzeitiges Drehen des Mausrades angepasst werden. Wenn Sonden von der Software ignoriert
wurden, werden diese in der Tabelle grau hinterlegt.
14.6 Zuordnung der Ergebnisse
HISTO MATCH wertet die Ergebnisse anhand der Intensitätswerte für jede Sonde aus. Das
Reaktionsmuster wird mit der Treffertabelle (Hit Table) verglichen.
Wenn kein Ergebnis mit zwei häufigen Allelen gefunden wird, schließt die Software die schwächste
Sonde (am nächsten zum Schwellenwert) aus und interpretiert erneut. Dieser Vorgang wird
wiederholt bis entweder ein Ergebnis mit zwei häufigen Allelen gefunden wird oder bis die
maximale Anzahl ignorierter Sonden erreicht ist (10 Sonden in der Standardeinstellung). Dieses
Ergebnis wird angezeigt, mit den grau hinterlegten ignorierten Sonden in der Mitte der Tabelle.
Die Software sucht in Abhängigkeit vom gewählten Filter nach häufigen Allelen:
4D:
Sonden werden ignoriert bis zwei 4D Allele gefunden werden.
C/CWD: Sonden werden ignoriert bis zwei C Allele gefunden werden.
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
User: Sonden werden ignoriert bis zwei beliebige der benutzerdefinierten Allele gefunden
werden.
All:
Sonden werden ignoriert bis zwei 4D Allele gefunden werden.
Ergebnisse, die keine Abweichung (Mismatch) und zwei häufige Allele enthalten werden grün
hinterlegt angezeigt. Ergebnisse, welche nur eine Abweichung (Mismatch) und zwei häufige Allele
enthalten werden rot hinterlegt hervorgehoben.
Warnung: Die Ergebnisse der automatischen Auswertung sollen als Hilfe bei der HLA Typisierung
dienen. Die automatische Interpretation muss immer von erfahrenem Personal kritisch
hinterfragt und auf Plausibilität überprüft werden bevor ein Befund erstellt wird.
14.6.1 Vorgeschlagene Ergebnisse
Alle Ergebnisse ohne Abweichungen (0 MM) werden automatisch zu den vorgeschlagenen
Ergebnissen hinzugefügt. Die Ergebnisse werden als Gruppen zweistelliger Ergebnisse angezeigt:
Nicht eindeutige Ergebnisse werden in mehreren
zweistelligen Gruppen angezeigt. Die Überschrift
des Feldes weist auf die Mehrdeutigkeit hin.
Einzelne Teilergebnisse können mit dem‘ - ‘
Knopf entweder im Feld mit den vorgeschlagenen Ergebnissen oder in der Hauptergebnistabelle entfernt werden.
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Wenn das Ergebnis nur ein CWD Allel enthält, so
wird es mit der Anmerkung Gängiger Haplotyp in
der Überschrift angezeigt. Wenn das Ergebnis
kein CWD Allel enthält, wird die Überschrift als
Seltenes vorgeschlagenes Ergebnis angezeigt.
Ergebnisse in der Hauptergebnisansicht können mit den
‘ + ’ und ‘ - ‘ Knöpfen zum Feld mit den vorgeschlagenen
Ergebnissen hinzugefügt oder von dort entfernt
werden. Die blauen Knöpfe können auch auf der Allelgruppenebene verwendet werden, um ganze Gruppen
hinzuzufügen oder zu entfernen. Diese Funktion kann
nur für vollständig passende Ergebnisse (ohne
Diskrepanzen) verwendet werden.
14.6.2 Filter für häufige Allele
Im Feld mit den vorgeschlagenen Ergebnissen kann zwischen der Anzeige aller Allele oder nur
häufig vorkommender Allelen gewählt werden:
Das Unterfenster mit den Filtern für häufige Allele kann mit
einem Mausklick auf den roten Knopf geöffnet werden. Hier kann
eine der angezeigten Optionen gewählt werden. Der rote Knopf
zeigt dann den gewählten Filter an.
Alle:
Ergebnisse wie in 14.6.1 beschrieben:
4D:
Eine Liste von häufigen Allelen basierend auf den Populationsdaten auf der Webseite
www.allelefrequencies.net. Allele in dieser Liste haben in mindestens einer Population mit
≥ 1000 Individuen eine Häufigkeit von ≥ 0,5 %. Unter Verwendung dieses Filters liefern die
HISTO SPOT 4D Kits in der Regel ein eindeutiges vierstelliges Ergebnis. Dieser Filter wird
herausgenommen werden, wenn die HISTO SPOT Kits die C Allele auflösen können.
C:
Diese Liste enthält alle häufigen (Common) Allele des CWD2.0.0 Katalogs (Mack S.J. et al.,
Common and well-documented HLA alleles: 2012 update to the CWD catalogue, Tissue
Antigens 81/4, 183-257 (2013)).
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
CWD: Diese Liste enthält alle Allele des CWD2.0.0
User: Eine benutzerdefinierte Liste häufiger Allele.
Die Verwendung dieser Filter verändert die Anzeige der Ergebnisse wie folgt: Im Ergebnisfeld
werden nur noch Kombinationen von zwei häufigen Allelen als hochauflösendes Ergebnis
angezeigt. Unter diesem Feld befindet sich eine Liste von seltenen Allelen, die nicht
ausgeschlossen werden können. Der angegebene NMPD Code und das serologische Äquivalent
bezieht sich nur auf die häufigen Allele (Anpassung durch Drücken des Aktualisieren Knopfes).
Unter Setup wird der Standardfilter ausgewählt, welcher für die Interpretation der Ergebnisse
genutzt werden soll. Im gleichen Bildschirm können die Listen der häufigen Allele eingesehen und
die benutzerdefinierte Liste bearbeitet werden.
Allele können zu der benutzerdefierten Liste durch Verwendung des Allele Feldes und durch
Klicken des Hinzufügen
Knopfes hinzugefügt oder durch Klicken des Löschen
Knopfes
gelöscht werden. Als Alternative kann auch eine vollständige Liste aus einer Textdatei durch den
Knopf in die benutzerdefinierte Liste geladen werden. Des Weiteren können auch Allele aus
S e i t e | 66
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HISTO MATCH Software
Gebrauchsinformation: 17 / 2016
der CWD und 4D Liste kopiert und in die benutzerdefinierte Liste eingefügt werden (unter
Verwendung der Standardkontrollschlüssel von Windows: Strg+a = alle auswählen, Strg+c =
Kopieren, Strg+v = Einfügen).
14.6.3 Optionen für die Darstellung der Zusammenfassung
Es gibt verschiedene Möglichkeiten der Darstellung der Zusammenfassung des Ergebnisses. Die
Standardeinstellungen können unter Setup und Interpretation gewählt werden. Die Einstellungen
können im Interpretationsbildschirm auch für jeden einzelnen Test durch einen Mausklick auf den
blauen Knopf geändert werden.
Auto:
4 Digit:
2 Digit:
P Gruppe:
G Gruppe:
Die Darstellung wird automatisch an den gewählten Allelfilter, bzw. die Alle Option
angepasst.
Die Zusammenfassung zeigt das Ergebnis auf Allel-Ebene in Abhängigkeit vom
gewählten Filter. Wenn die Alle Option ausgewählt ist, wird automatisch der 4D Filter
angewendet.
Die Zusammenfassung zeigt das Ergebnis der Allelgruppen auf 2 digit / 1 Feld Ebene,
unabbhängig vom gewählten Filter.
Die Zusammenfassung zeigt die P Gruppen wie sie in der WMDA Datei auf der
http:\\hla.alleles.org/wmda Website definiert sind.
Die Zusammenfassung zeigt die G Gruppen wie sie in der WMDA Datei auf der
http:\\hla.alleles.org/wmda Website definiert sind.
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
In der P/G Gruppen-Einstellung wird eine Gruppe für jedes Allel angezeigt (ohne Duplikate). Wenn
keine P/G Gruppe vorhanden ist (z.B. wenn nur ein einzelnes Allel in der offiziellen Gruppe
enthalten ist) wird das Allel angegeben.
14.6.4 NMDP Codes
Der mögliche NMDP Code wird auf der Grundlage aller möglichen Allelkombinationen ermittelt,
wenn im Ergebnisfeld Alle angewählt wurde. Wenn ein Allelfilter eingeschaltet ist, wird der
zugewiesene NMDP Code nur auf Grundlage der im jeweiligen Filter gelisteten, häufigen Allele
berechnet. Durch Anwählen der Alle Ansicht und drücken des Aktualisieren Knopfs
ursprüngliche NMDP Code wieder angezeigt.
wird der
Die in einem NMDP Code verschlüsselten Allele werden angezeigt, wenn die Maus über das
Ergebnisfeld bewegt wird. Die NMDP Codes werden regelmäßig aktualisiert. Die neuesten Dateien
sind erhältlich unter http://bioinformatics.nmdp.org/HLA/Allele_Codes/Allele_Codes.aspx . Es
besteht die Möglichkeit, sich in eine Mailingliste einzutragen, um die Updates automatisch
zugeschickt zu bekommen. Die Datei „numer.v3.txt“ muss an einen beliebigen Ort auf dem PC
kopiert werden und kann unter Setup und Pfade importiert werden.
14.6.5 Serologische Äquivalente
Serologische Äquivalente werden zunächst auf der Basis aller möglichen Allele angezeigt. Bei
Verwendung eines Allelfilters werden sie auf die Äquivalente der häufigen Allele reduziert. Nach
Rückkehr in die Alle Ansicht und Drücken des Aktualisieren Knopfs
ursprünglichen serologischen Äquivalente wieder angezeigt.
werden die
14.6.6 Ergebnisanzeige für DPB1
Mehrdeutige niedrig auflösende Ergebnisse (2 Digits = 1 Feld) werden für den Genort DPB1 nicht
als gelbe Punkte dargestellt, weil die Anwendung dieses Konzepts aufgrund der Namensgebung für
DPB1 Allele (die meisten „Allelgruppen“ enthalten nur ein oder 2 Allele) nicht sinnvoll ist. Daher
werden alle Ergebnisse mit zwei häufigen Allelen als grüne Punkte dargestellt.
14.6.7 Negativkontrolle
Eine Negativkontrolle ist zur Zeit im HISTO SPOT On-Call Typingkit (REF 726070) enthalten. Sie
beinhaltet positive Kontrollsonden für HLA-A (Exon 2 und 3), HLA-B (Exon 2 und 3) und eine Sonde,
die positiv für das Exon 2 von HLA-DRB1 und HLA-DQB1 ist. Die Negativkontrolle gilt als nicht
bestanden, wenn das Signal der Kontrollsonden mindestens 1,5 mal so hoch ist wie der
Hintergrund.
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14.7 Sonden manuell ignorieren
Durch Anklicken des Sondenbalkens mit der rechten Maustaste und Veränderung der „aktiv“
Einstellung durch Anklicken mit der linken Maustaste kann eine Sonde manuell deaktiviert
werden. Manuell ignorierte Sonden werden grau hinterlegt und rot umrandet angezeigt.
Das angezeigte Kästchen kann folgende Inhalte haben:
Leer:
Die Sonde wird aus der Analyse ausgeschlossen (ignoriert).
Haken:
Die Sonde wird in der Analyse berücksichtigt.
Kasten:
Die Sonde wird von der Software automatisch ausgeschlossen
oder berücksichtigt.
Der Aktivitätsstatus einer Sonde kann auch durch Klicken der linken Maustaste bei gleichzeitigem
Drücken der STRG Taste verändert werden. Dies ist eine schnelle Option zum Ignorieren mehrerer
Sonden. Die Ergebnisse müssen neu interpretiert werden, damit die Veränderungen sichtbar
werden.
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14.8 Ergebnisse automatisch editieren
Die Funktion für das automatische Editieren von Ergebnissen kann unter Setup und Interpretation
an- oder ausgeschaltet werden.
Wenn die Funktion eingeschaltet
ist, werden Sonden, die nicht ins
Reaktionsmuster des letztendlich
zugeordneten Ergebnisses mit
zwei häufigen Allelen passen,
automatisch auf „Inaktiv“ gesetzt.
Daraufhin werden alle Sonden, die
automatisch ignoriert wurden,
aber zum zugeordneten Ergebnis
passen, wieder aktiviert und für
die Interpretation verwendet.
Auf diese Weise werden Ambiguitäten reduziert, die durch automatisch ignorierte, aber korrekt
reagierende Sonden hervorgerufen werden. Die graphische Darstellung „inaktiv“ gesetzter Sonden
durch die Funktion „Ergebnisse automatisch editieren“ erfolgt, analog der Darstellung manuell
„inaktiv“ gesetzter Sonden, durch eine rote Umrahmung der entsprechenden Sonde im
Histogramm. In der Testhistorie werden diese Sonden mit dem Benutzer „Auto Edit“ gelistet.
14.9 Eingeschränkte Interpretation
Diese Funktion beschleunigt die Auswertung erheblich, indem Kombinationen aus zwei seltenen
Allelen nicht berücksichtigt werden. Die eingeschränkte Interpretation ist in den
Standardeinstellungen deaktiviert und kann unter Setup und Interpretation an- oder
ausgeschaltet werden.
Während einer vollständigen Interpretation werden alle Reaktionsmuster aus der Hit Table jeweils
miteinander kombiniert, um alle möglichen Reaktionsmuster zu berechnen. Das ergibt eine sehr
große Datenmenge (ca. 1,5 Millionen Reaktionsmuster für den B Kit).
Da Kombinationen aus zwei seltenen Allelen praktisch nie auftauchen (Wahrscheinlichkeit weniger
als 1: 1 Million), kann die Interpretation auf Reaktionsmuster beschränkt werden, die mindestens
ein häufiges Allel enthalten. Dadurch wird die Zeit für die Interpretation eines Ergebnisses für den
B Lokus von 20-30 Sek. auf 2-3 Sek. verkürzt und sie benötigt deutlich weniger Speicherplatz.
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Die Auswirkungen auf das Ergebnis sind folgende:
a) Für Kombinationen aus zwei seltenen Allelen wird kein Ergebnis gefunden.
b) Seltene Allele, die nur in Kombination mit einem weiteren seltenen Allel möglich sind, werden
nicht im Abschnitt Nicht ausgeschlossen aufgelistet.
Wenn eine eingeschränkte Interpretation durchgeführt wird, wird die Überschrift der Zusammenfassung in Rot dargestellt:
Im Ergebnisbericht erscheint ein (*) hinter dem ausgewählten Filter:
Eine vollständige Interpretation kann im Ergebnisbildschirm auch bei Aktivierung der Funktion
durchgeführt werden, indem der Interpretieren Knopf und gleichzeitig die STRG Taste gedrückt
werden.
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14.10 Interaktivität zwischen Ergebnisansicht und Bild
Öffnen des Bildes ermöglicht es dem Benutzer, das Bild des aktuellen Tests und den Status der
Sonden einzusehen.
Die markierte Sonde in der Ergebnistabelle (orangefarbener Kasten) wird auch im Bild hervorgehoben und umgekehrt:
Die Farbe der Kreise gibt den Status der Sonden
an:
Grün:
Kontrollsonde
Blau:
Negative Sonde
Rot:
Positive Sonde
Schwarz: Ignorierte Sonde
Weiß:
Inaktive Sonde (nicht funktional)
Beim Weitergehen zum nächsten Test wechselt
auch das Bild entsprechend. Daher kann es
sinnvoll sein, das Bild während der Auswertung
offen zu lassen.
Die Größe der Ergebnistabelle und die Größe des Bildes können durch Drücken der STRG-Taste
und gleichzeitiges Drehen des Mausrades angepasst werden.
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14.11 Anzeige der Sondenreaktionen und Änderung der Schwellenwerte
Die Intensitäten einer Sonde im Vergleich zum Schwellenwert kann für alle Tests einer Arbeitsliste
angezeigt werden. Um die Anzeige zu öffnen, mit der rechten Maustaste auf den Sondenbalken in
der Ergebnistabelle doppelklicken und Schwellenwert anklicken.
Die Tests der Arbeitsliste sind nach der Reaktionsstärke sortiert. Die rote horizontale Linie
repräsentiert den Schwellenwert. Der aktive Test (aktuell zur Interpretation ausgewählt) ist weiß
hinterlegt. In Tests, die als nicht ausgefüllte Balken dargestellt werden, wurde die Sonde
automatisch oder manuell ignoriert. Diese Anzeige dient als Hilfe zur generellem Einschätzung der
Qualität einer Sonde und als Entscheidungshilfe, ob eine Sonde ignoriert werden sollte oder nicht.
Der Anwender kann die Schwellenwerte in diesem Fenster auch verändern und die neuen Werte
optional auf einen einzelnen Test, auf alle Tests in einer Arbeitsliste oder für alle zukünftigen Tests
dieser Sonde in diesem Batch anwenden. Ziehen des Reiters auf der Y-Achse an der rechten Seite
des Diagramms verändert den Schwellenwert.
Es gibt folgende Möglichkeiten:
Abbrechen:
Anwenden:
Auf Arbeitsliste anwenden:
Auf Batch anwenden:
Alle Änderungen des Schwellenwertes in diesem Bildschirm
verwerfen.
Geänderten Schwellenwert für diesen Test verwenden.
Geänderten Schwellenwert für alle Tests dieser Arbeitsliste
verwenden.
Der geänderte Schwellenwert gilt für alle zukünftigen Tests mit
dieser Batch. Schwellenwertänderungen für Batches können nur
von Benutzern in der Supervisor-Funktion durchgeführt werden und
benötigen einen Kommentar.
S e i t e | 73
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Auf den Standardwert zurücksetzen:
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Den Schwellenwert auf den vom Hersteller angegebenen Wert zurücksetzen.
Alle Änderungen der Schwellenwerte werden in der Historie aufgezeichnet.
14.12 Spezifität der Sonde anzeigen
Um die Spezifität eine Sonde anzuzeigen, wird der Sondenbalken im Interpretationsbildschirm mit
der rechten Maustaste angeklickt und dann „Probe Specificity“ gewählt
Daraufhin öffnet sich ein Fenster mit einer Liste der Allele, die mit der Sonde positiv reagieren.
.
14.13 Anzeige des Reaktionsmusters für Allele
Während der Auswertung kann es hilfreich sein, das Reaktionsmuster einzelner Allele oder
Allelkombinationen anzusehen. Beginnen Sie einen Teil des Allelenamens in das vorgesehene Feld
einzutragen und wählen Sie es dann aus der Liste aus oder tippen es komplett ein.
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Wenn die gewünschte Allelkombination ausgewählt wurde, wird das jeweilige Reaktionsmuster
angezeigt. Positive Sonden werden für das jeweilige Allel als schwarzer Balken angezeigt, für
fragliche Sonden bleibt der Balken grau. Negative Sonden sind als grauer Balken angezeigt und
keinem Allel zugeordnet.
Durch Anklicken des Histogramm Symbols unter dem Allel-Feld werden nur die CWD Allele
angezeigt.
14.14 Nomenklaturanzeige
HISTO MATCH kann entweder die IMGTv3 Nomenklatur oder die vorherige Nomenklatur
verwenden. Die Anzeige erfolgt sowohl in der Ergebnistabelle als auch in den vorgeschlagenen
Ergebnissen. Die Anzeige kann im Setup Bildschirm unter Nomenklatur geändert werden.
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14.15 Ergebnisse freigeben und autorisieren
Die Software unterstützt einen zweistufigen Autorisierungsprozess. Nachdem ein Ergebnis
analysiert wurde, kann es zunächst von einem Benutzer mit der User Funktion freigegeben
werden, indem der Freigabe Knopf
gedrückt wird. Freigegebene Tests werden mit einem
weißen Haken markiert. Die Freigabe von Tests ist nicht zwingend erforderlich, d.h. Tests können
auch direkt autorisiert werden.
Anschließend kann der Test von einem Anwender, der die Supervisor Funktion hat, durch Drücken
des Autorisieren Knopfes
autorisiert werden. Der Test wird autorisiert und der nächste Test
wird ausgewählt. Autorisierte Tests sind in der Plattenansicht und in der Listenansicht mit einem
schwarzen Haken markiert. Erneutes Klicken des Autorisieren Knopfes macht den Vorgang
rückgängig. Autorisierte Ergebnisse können nicht mehr geändert werden, wenn nicht zuvor ein
Supervisor die Autorisierung wieder aufhebt.
Freigegebene Arbeitsliste:
Autorisierte Arbeitsliste:
Der Status der Autorisierung wird im Arbeitslisten-Bildschirm angezeigt. (siehe 11.3.1 Arbeitslisten
Status)
14.16 Sondenansicht
Drücken des Sonden Knopfes zeigt die Sondentabelle. Diese Tabelle enthält Informationen über
die Intensitäten der Sonden und die verwendeten Schwellenwerte. Wird die Maus über die Balken
der Signalstärke bewegt, so wird die Berechnung der Sondenwerte angezeigt. Die letzten zwei
Spalten zeigen das Exon, in dem die Sonde lokalisiert ist, und die Bindungsstelle der Sonde an.
S e i t e | 76
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14.17 Historie
Dieses Fenster zeigt alle Änderungen inklusive Änderungen am Raster an, die der Anwender an
einem Test vorgenommen hat.
14.18 Kommentare zu Ergebnissen
In diesem Fenster können dem Ergebnis Kommentare hinzugefügt werden. Den Hinzufügen Knopf
drücken, um einen Kommentar zu erstellen.
Wenn die „sticky“ Einstellung angewählt wurde, erscheint am Rand eine Notiz mit dem jeweiligen
Datum an dem der Kommentar erstellt wurde. Diese Notiz ist auch im Ergebnisbildschirm sichtbar.
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14.19 Interpretation des HISTO
DQB1 4D / DQA1 Tests
SPOT
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Coeliac
Disease
(Zöliakie)
und
des
14.19.1 Zöliakie-Ansicht
Der Kit zur Typisierung von Zöliakie assoziierten Allelen kombiniert einen DQB1 und einen DQA1
Test in einem Testgefäß. Daher sieht die Ergebnisdarstellung etwas anders aus als für Kits, die nur
einen Genort enthalten. Darüber hinaus werden die Ergebnisse im Zusammenhang mit dem
Zöliakierisiko dargestellt. Die Standarddarstellung für den Zöliakie-Test ist die folgende:
Alle Sonden für DQA1 und DQB1 werden dargestellt und alle möglichen Allelkombinationen für
beide Genorte werden im Ergebnishistogramm in der unteren Bildschirmhälfte angezeigt. Die
Punkte sind unterteilt, wenn sich der Status für DQA1 und DQB1 unterscheidet.
Alle Allelkombinationen, die ohne Abweichungen (Mismatches) zum Reaktionsmuster passen und
mindestens ein häufiges Allel (4D Filter) enthalten, werden in das Ergebnisfeld übertragen. Mit
Zöliakie assoziierte Allele werden gelb hinterlegt. In der Zusammenfassung wird der Name des
möglichen mit Zöliakie assoziierten HLA Moleküls angezeigt. Im rechten Teil des Ergebnisfeldes
werden die Ergebnisse für DQA1 und DQB1 in niedriger Auflösung angezeigt. Die Allelfilter haben
keinen Einfluss auf diese Ergebnisanzeige.
Durch Drücken des Knopfes in der
rechten
oberen
Ecke
des
Ergebnisfeldes kann zur HaplotypAnsicht und zur Risikobewertung
für Zöliakie (basierend auf
Megiorni und Pizzuti, Journal of
Biomedical Science 2012, 19:88) gewechselt werden.
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Diese Ansicht zeigt ein Diagramm der möglichen DQ Moleküle und des assoziierten Risikos für
Zöliakie. Durch Anklicken der Pfeile in der oberen rechten Ecke des Ergebnisfensters wechselt der
Bildschirm zum regulären DQA1 und DQB1 Interpretationsbildschirm, wie er im nächsten Kapitel
beschrieben wird.
14.19.2 DQB1 / DQA1 Auswertung
Der Standardbildschirm für den HISTO SPOT® DQB1 4D / DQA1 Kit sieht folgendermaßen aus:
Beide Genorte können enweder zusammen oder getrennt interpretiert werden. Wenn nur einer
der Genorte ausgewählt wird, werden die Sonden im Histogramm ebenfalls für diesen Genort
gefiltert, d.h. es werden nur die für DQA1 oder für DQB1 spezifischen Sonden angezeigt:
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Die kombinierte Anzeige der beiden Genorte kann unter Setup und Interpretation
ausgeschaltet werden, indem der Haken bei
„Kombinierte Genorte anzeigen“ entfernt
wird.
Wenn die Kontrollsonden für einen der beiden Genorte ausgefallen sind, wird der Test Grau/Rot
markiert. Der andere Test kann dann immer noch ausgewertet werden.
Die Ergebnisse für die beiden Tests werden in den Berichten separat aufgeführt und erhalten auch
in den Exportformaten einen separaten Eintrag.
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14.20 Interpretation der HISTO SPOT® CWD high res und Xtend Kits
Die HISTO SPOT® CWD high res Kits ermöglichen die Typisierung mehrerer Genorte mit einer
höheren Auflösung in einem Kombi-Streifen. Um dies zu erreichen werden für einige Genorte
mehr als ein Testgefäß verwendet. Die Kitzusammenstellung ist unten dargestellt. Weitere
Informationen erhalten Sie in der Gebrauchsinformation für die HISTO SPOT® Kits.
ABC: 1 Test
ABDR: 1 Test
DR/DQ: 2 Tests
HISTO MATCH verwendet für die Interpretation des A-, B- und des DRB1-Genortes die Sonden aus
beiden Testgefäßen. Das Testgefäß für die Nullallele enthält Sonden für häufige Nullallele in der
HLA-Klasse I. Diese Sonden werden ebenfalls in die Interpretation des Genortes mit einbezogen.
Die Xtend Kits bestehen aus einzelnen Testgefäßen, die mit den regulären 4D Kits kombiniert
werden, wie in Kapitel 11.9 Tests und Arbeitslisten mit Xtend und Null Kits erstellen beschrieben.
Die Auswertung erfolgt genauso wie für die fertig konfigurierten CWD high res Kombistreifen.
Die zusammengefassten Ergebnisse können durch Auswählen des ersten / 4D Testgefäßes
angezeigt und bearbeitet werden. Der blaue Schriftzug Xtend zeigt an, dass es sich um einen
hochauflösenden Test mit mehr als einem Testgefäß handelt. Die zur Interpretation verwendeten
Hit Tables werden über dem Auswertehistogramm angezeigt, in dem alle Sonden kombiniert sind.
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Alle für die anderen Kits verfügbaren Interpretationsfunktionen, die in den vorangehenden
Kapiteln beschrieben wurden, sind auch auf die CWD high res und Xtend Kits anwendbar. Die Zahl
in Klammern hinter der Sondennummer gibt an, in welchem Testgefäß die Sonde sich befindet.
Alle Bilder der kombinierten Tests sind vom
4D Test aus zugänglich. Durch Klicken auf
die Reiter kann zwischen den Bildern
gewechselt werden. Wenn im Histogramm
eine Sonde ausgewählt wurde, wird das
zugehörige Bild automatisch angezeigt.
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Beim Auswählen des Xtend- oder Nullallel-Testgefäßes wird keine Ergebniszusammenfassung
angezeigt und nur die in diesem Testgefäß enthaltenen Sonden sind sichtbar. Es ist nicht sinnvoll
Xtend-Testgefäße einzeln auszuwerten.
Im Testgefäß für die Nullallele kann das Foto überprüft werden und die Spezifität der Sonden kann
angezeigt werden:
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15
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Interpretation von HISTO Type SSP Kits
15.1 Importieren eines Typisierungskits
Dateien für die HISTO TYPE SSP Kits werden auf die gleiche Weise in die HISTO MATCH Software
importiert wie für HISTO SPOT SSO Kits: 6.4 Kits importieren. Es kann ein paar Sekunden dauern
bis die Kit Dateien im Importfenster angezeigt werden.
15.2 Festlegen von Patienten, Proben und Testen
Im Startbildschirm Neue Probe wählen. Es öffnet sich dann der Probenbildschirm in dem
Probeninformation und SSP Tests hinzugefügt werden kann. Alternativ eine Probe über die
Patienten- oder Probenverwaltung definieren oder auswählen, die zu einem Patienten gehören
kann, aber nicht muss (siehe 9 Patientenverwaltung und 10 Probenverwaltung). Anschließend wird
ein HISTO TYPE SSP Test zu der Probe hinzugefügt. Dadurch öffnet sich ein Fenster in dem die
verfügbaren Kits für den ausgewählten Lokus aufgeführt sind.
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Nach Auswählen der verwendeten Batch den Speichern Knopf
drücken. Der Test erscheint
jetzt in der Liste der Tests für diese Probe. Durch Drücken des
Knopfes können
abgelaufene Lots ein- oder ausgeblendet werden, wenn zu viele Lots angezeigt werden. Zum
Eingeben der Testergebnisse wird der Auswertebildschirm durch Doppelklicken oder durch
Drücken des grünen Interpretieren Knopfs
geöffnet. Der Auswertebildschirm zeigt ein
virtuelles Gel, in dem die positiven Reaktionen eingetragen werden können.
Tests können durch Drücken des roten Löschen Knopfes wieder gelöscht werden.
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15.3 Auswertung der HISTO TYPE SSP Kits
Die positiven Reaktionen können in das virtuelle Gel im Auswertebildschirm eingetragen werden:
Das Einfügen der positiven Reaktionen erfolgt durch Anklicken der schwarzen, leeren Bande im Gel
oder durch Doppelklicken der Gelspur. Durch erneutes Anklicken kann die Reaktion wieder
entfernt werden. Positive Reaktionen werden im darunter liegenden Auswertediagramm grün
hervorgehoben. Positive Reaktionen können auch durch Anklicken des Mixes im Diagramm
eingegeben werden. Ein Amplifikationsausfall kann durch Klicken auf die Kontrollbande des
betroffenen Mixes eingegeben werden und wird im Diagramm grau hinterlegt. Inaktivierte Mixe
werden in der Interpretation nicht berücksichtigt.
S e i t e | 86
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Durch Drücken des Interpretieren Knopfes
startet die Software die Analyse der Daten.
Ergebnisse mit zwei häufigen Allelkombinationen und ohne Abweichungen vom Reaktionsmuster
werden grün im Auswertediagramm hervorgehoben. Ergebnisse, die eine Abweichung und zwei
häufige Allelkombinationen aufweisen, werden rot hinterlegt angezeigt. Die Farbe des Rahmens
um das Gelbild zeigt die Qualität des Ergebnisse an:
Grün: eindeutiges, häufiges Ergebnis (hängt vom gewählten Filter ab; C Allele, wenn „Alle“
ausgewählt ist)
Gelb: mehrdeutiges Ergebnis
Lila: seltener Haplotyp oder zwei seltene Allele (hängt vom gewählten Filter ab; keine C Allele,
wenn „Alle“ ausgewählt ist)
Rot: kein Ergebnis
Speichern
Durch Drücken des Speichern Knopfes wird das Ergebnis gespeichert und der Auswertebildschirm
geschlossen.
S e i t e | 87
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15.4 Testinformationen
Patienten- und Probeninformation für den
aktuellen Test. Anklicken des Erweiterungsknopfes
auf der linken Seite zeigt alle
Typisierungsergebnisse für diese Probe.
Kit- und Batchinformation für den aktuellen
Test. Durch Anklicken des Erweiterungsknopfes
können verschiedene Treffertabellen (Hit
Tables) gewählt werden, sofern diese verfügbar
sind.
Das vorgeschlagene /autorisierte Ergebnis für
den Test. Die Anzeige gruppiert die Ergebnisse
anhand der zweistelligen Allelgruppen. Die vollständigen Allele können durch Erweitern der
Gruppe angezeigt werden.
Häufige (C) Allele sind grün dargestellt, gut
dokumentierte (WD) Allele in blau.
Der “
-“ Knopf entfernt dieses Ergebnis aus
der Liste der vorgeschlagenen Ergebnisse.
Alternativ können hier auch gefilterte Allele
angezeigt werden (siehe 14.6.2 Filter für
häufige Allele).
15.5 Interpretationsfunktionen
Interpretieren:
Interpretiert die aktuellen Ergebnisse aus.
Max. Anzahl von
Abweichungen (Mismatches):
Ergebnisse mit der hier angegebenen, maximalen Anzahl von Abweichungen (Mismatches)
werden angezeigt.
Löschen:
Löscht das Ergebnis für den ausgewählten Test.
Freigeben:
Technische Freigabe durch einen Benutzer.
Autorisieren:
Autorisiert/De-autorisiert das aktuelle Ergebnis.
(Supervisor)
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15.6 Ergebnisansicht
Dieser Bildschirm zeigt die Ergebnisse der Interpretation. Die Standardansicht zeigt die möglichen
zweistelligen Ergebnisse zusammen mit der Anzahl Abweichungen zum korrekten Reaktionsmuster
(Mismatches, MM). Des Weiteren wird die Häufigkeit der gefundenen Allele in der CWD Spalte
angegeben. Eine grüne Kreishälfte stellt ein C Allel dar, blau steht für WD Allele und grau für
seltene Allele.
Schieberegler
Die Primermixe werden zusammen mit der Größe der positiven Bande angezeigt. Positive Primermixe sind in grün hervorgehoben. Ergebnisse, die keine Abweichungen (Mismatches) aufweisen
und eine Kombination aus zwei häufigen Allelen enthalten sind grün hinterlegt dargestellt (in
Abhängigkeit vom gewählten Filter). Ergebnisse mit nur einer Abweichung (Mismatch) und zwei
häufigen Allelkombinationen werden in rot hervorgehoben.
Durch Verwendung des Schiebereglers im linken unteren Bildrand kann die Größe der Tabelle
verändert werden. Alternativ kann die Größe durch Drücken der STRG Taste und gleichzeitiges
Drehen des Mausrades verändert werden.
Die Zahl in der Klammer hinter dem zweistelligen Ergebnis gibt die Anzahl der möglichen Allelkombinationen an, die in dieser Zeile enthalten sind.
Anklicken des Erweiterungsknopfes in der ersten Spalte des Gitters erweitert das zweistellige
Ergebnis und zeigt alle Allele dieser Gruppe an. Wenn die Maus über die Allelnamen in der zweiten
Spalte bewegt wird, werden alle Allele der jeweiligen Zeile in einem Unterfenster angezeigt.
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Wenn eine Allelgruppe Abweichungen zum Reaktionsmuster (Mismatches) aufweist, so werden
diese in der Tabelle als falsch-positive (rote Punkte) / falsch-negative (blaue Punkte) hervorgehoben.
Die Spezifität eines Primermixes wird durch Anklicken der entsprechenden Spalte mit der rechten
Maustaste angezeigt.
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15.7 Vorgeschlagene Ergebnisse
Alle Ergebnisse ohne Abweichungen (0 MM) werden automatisch zu den vorgeschlagenen
Ergebnissen hinzugefügt. Die Ergebnisse werden als Gruppen zweistelliger Ergebnisse angezeigt:
Nicht eindeutige Ergebnisse werden in
mehreren zweistelligen Gruppen angezeigt. Die
Überschrift des Feldes weist auf die Mehrdeutigkeit hin. Einzelne Teilergebnisse können
mit dem‘ - ‘Knopf entweder im Feld mit den
vorgeschlagenen Ergebnissen oder in der Hauptergebnistabelle entfernt werden.
Wenn das Ergebnis nur ein häufiges Allel
enthält, so wird es mit der Anmerkung gängiger
Haplotyp in der Überschrift angezeigt. Wenn das
Ergebnis kein häufiges Allel enthält, wird die
Überschrift als Seltenes vorgeschlagenes
Ergebnis angezeigt.
Ergebnisse in der Hauptergebnisansicht können mit
den ‘ + ’ und ‘ - ‘ Knöpfen zum Feld mit den vorgeschlagenen Ergebnissen hinzugefügt oder von dort
entfernt werden. Die blauen Knöpfe können auch auf
der Allelgruppenebene verwendet werden, um ganze
Gruppen hinzuzufügen oder zu entfernen. Diese
Funktion kann nur für vollständig passende
Ergebnisse (ohne Abweichungen) verwendet werden.
15.8 Filter für häufige Allele, NMDP Code und Serologische Äquivalente
Die Filter für häufige Allele, der NMDP Code und die serologischen Äquivalente werden wie für die
Ergebnisse der SSO angewendet (siehe 14.6.2 Filter für häufige Allele, 14.6.4 NMDP Codes, 14.6.5
Serologische Äquivalente).
S e i t e | 91
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15.9 Optionen für die Darstellung der Zusammenfassung
Die Anzeigeoptionen für die Zusammenfassung des Ergebnisses sind die gleichen wie für SSO
Ergebnisse (siehe 14.6.3 Optionen für die Darstellung der Zusammenfassung).
15.10 Anzeige des Reaktionsmusters für Allele
Während der Auswertung kann es hilfreich sein, das Reaktionsmuster einzelner Allele oder Allelkombinationen anzusehen. Dazu zunächst einen Teil des Namens des gewünschten Allels in das
leere Feld eingetragen. Dann das Allel aus der angezeigten Liste auswählen oder man trägt den
gesamten Namen ein.
Nach Auswahl der gewünschten Allelkombination aus der Liste wird das jeweilige Reaktionsmuster
angezeigt. Positive Primermixe werden für das jeweilige Allel als schwarzer Balken angezeigt, für
fragliche Primermixe bleibt der Balken grau. Negative Primermixe sind als grauer Balken angezeigt
und keinem Allel zugeordnet.
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15.11 Historie und Kommentare
Die Historie des jeweiligen Tests und Kommentare zu den Ergebnissen werden auf die gleiche
Weise dargestellt wie für die Ergebnisse der SSO (siehe 14.17 Historie und 14.18 Kommentare zu
Ergebnissen).
15.12 Interpretation des HISTO TYPE Celiac Disease (Zöliakie) Tests
15.12.1 Zöliakie-Ansicht
Der Kit zur Typisierung von Zöliakie assoziierten Allelen kombiniert einen DRB1, einen DQB1 und
einen DQA1 Test. Daher sieht die Ergebnisdarstellung etwas anders aus als für Kits, die nur einen
Genort enthalten. Darüber hinaus werden die Ergebnisse im Zusammenhang mit dem
Zöliakierisiko dargestellt.
Die Standarddarstellung für den Zöliakie-Test ist die Folgende:
Nachdem die positiven Reaktionen eingegeben wurden und die Interpretation durchgeführt
wurde, werden die Ergebnisse angezeigt und das Zöliakie-Risiko wird im Feld mit der Zusammenfassung angegeben. Die Genorte können einzeln interpretiert werden, indem die Felder auf der
rechten Seite vergrößert werden.
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Alle Mixe für DRB1, DQB1 und DQA1 werden dargestellt und alle möglichen Allelkombinationen
für beide Genorte werden im Ergebnishistogramm in der unteren Bildschirmhälfte angezeigt.
Alle Allelkombinationen, die ohne Abweichungen (Mismatches) zum Reaktionsmuster passen und
mindestens ein häufiges Allel (C Allel) enthalten, werden in das Ergebnisfeld übertragen. Durch
Anklicken der Pfeile in der rechten oberen Ecke der Ergebnisfelder wird eine detailliertere Ansicht
der jeweiligen Ergebnisse geöffnet. Das Öffnen des Zöliakie-Feldes führt zu folgender Ansicht:
Mit Zöliakie assoziierte Allele werden gelb
hinterlegt. In der Zusammenfassung wird der
Name des möglichen, mit Zöliakie
assoziierten HLA Moleküls angezeigt. Durch
Drücken des Knopfes in der rechten oberen
Ecke des Ergebnisfeldes kann zur HaplotypAnsicht gewechselt werden.
Diese Ansicht zeigt ein Diagramm der
möglichen DQ Moleküle und des assoziierten
Risikos für Zöliakie.
Die Risikobewertung für Zöliakie basiert auf
Megiorni und Pizzuti, Journal of Biomedical
Science 2012, 19:88.
S e i t e | 94
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15.12.2 DRB1 / DQB1 / DQA1 Ansicht
Die detaillierten Ansicht der Ergebnisse für die einzelnen Genorte kann durch Anklicken der Pfeile
in der oberen rechten Ecke der Ergebnisfelder ( ,
) geöffnet und geschlossen werden. Alle
Auswertefunktionen und die Optionen zur Nutzung der Allelfilter stehen wie in den Kapiteln 15.3
bis 15.10 beschrieben zur Verfügung.
Alle drei Genorte können entweder zusammen oder getrennt interpretiert werden. Wenn nur
einer der Genorte ausgewählt wird, werden die Mixe im Histogramm ebenfalls für diesen Genort
gefiltert, d.h. es werden nur die für DRB1, DQA1 oder DQB1 spezifischen Mixe angezeigt:
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ERGEBNISBERICHTE
Für Arbeitslisten mit einem anderen Status als
“Initial” kann ein Ergebnisbericht erstellt werden.
Die Form des erstellten Ergebnisberichts kann in den
Setup Optionen gewählt werden.
Wenn „Proben zusammengefasst drucken“ oder
„Kompaktbericht drucken“ ausgewählt ist, wird ein
standardisierter Bericht für die Arbeitsliste, die
Probe oder den Patienten erstellt (s.u.). Das Ändern
anderer Optionen hat keinen Einfluss auf diese
Berichte.
Wenn „DRB1 / DRB345 Ergebnisse nicht
kombinieren“ ausgewählt ist, werden diese Genorte
getrennt dargestellt.
DQA oder DPA Ergebnisse können aus den Berichten entfernt werden, wenn sie nicht benötigt
werden.
16.1 Kompaktbericht/Übersichtbericht
Dieser Bericht zeigt jeden Test in einer Zeile. Jede Zeile enthält die folgenden Informationen:
Position, ID, zweistelliges Ergebnis oder häufige Allele (mit Allelfilter),NMDP Code, Kit Batch, IMGT
Version, Datum. Dieser Bericht umfasst 3 Seiten für eine Arbeitsliste mit 96 Tests. Dieser Bericht
wird erzeugt, wenn in der Setup Einstellung Kompaktbericht drucken ausgewählt wurde.
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16.2 Arbeitslistenbericht
Dieser Berichtstyp erstellt ein Deckblatt
für die Arbeitsliste mit den Details für den
Lauf und die benutzten Reagenzien. Dann
folgt eine einzelne Seite für jeden Test.
Die Informationen, die hier dargestellt
werden, können im Setup für die Berichteinstellungen ausgewählt werden. Die
Darstellung der Ergebnisse in der
Zusammenfassung hängt von den im
Interpretationsbildschirm oder unter
Setup gewählten Optionen ab (Allelfilter
und Optionen für die Darstellung der
Zusammenfassung).
Wenn die Einstellung Hochauflösendes
Ergebnis drucken ausgewählt wurde,
werden alle möglichen Allelkombinationen ausgedruckt. Dies kann viele Seiten
für eine einzige Probe bedeuten.
Die C Allele werden am größten
dargestellt und sind unterstrichen, die
WD Allele in einer mittleren Größe und
die seltenen Allele am kleinsten.
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
Wenn in den Setup Einstellungen für
die Berichte „Proben zusammengefasst drucken“ ausgewählt wurde,
werden alle Ergebnisse einer Probe
zusammengefasst dargestellt.
16.3 Patienten- oder Probenbericht
Ein Patienten- oder Probenbericht kann im Patienten- oder Probenbildschirm erstellt werden:
1. Einen Patienten / Probe aus der Liste auswählen.
2. Den Bericht erstellen Knopf
drücken.
Alle verfügbaren Ergebnisse zu einem Patienten oder einer Probe werden in einem Bericht
kombiniert. Die Informationen, die in diesem Bericht dargestellt werden, können zuvor in den
Setup Einstellungen festgelegt werden.
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Gebrauchsinformation: 17 / 2016
SETUP
Den Setup Knopf verwenden, um Zugang zum Konfigurationsfenster zu bekommen. Der Speichern
Knopf
muss gedrückt werden, um Änderungen der Konfiguration zu speichern. Die
Einstellungen werden auf dem PC des Anwenders gespeichert und nicht auf andere PCs in einem
Netzwerk übertragen.
Die folgenden Einstellungen können im Setup Optionen vorgenommen werden:
Benutzereinstellungen: Hier kann Passwort des Anwenders geändert werden (siehe 6.3 Passwort
ändern).
Berichte:
Auswählen der Berichteinstellungen (siehe 16 Ergebnisberichte).
Filter:
Liste der Allele in den verschiedenen Allelfiltern kann überprüft und
bearbeitet werden (siehe 14.6.2 Filter für häufige Allele).
Nomenklatur:
Wählen zwischen Auto (nutzt die Version der zugehörigen Treffertabelle
für die Anzeige) und Version 3 (erzwingt die Anzeige der IMGT Version 3
für alle Treffertabellen).
Interpretation:
Hier kann die Standardeinstellung für die Interpretation der Ergebnisse
festgelegt werden. Eine detaillierte Beschreibung finden Sie in den
Kapiteln 14.4 Interpretationsfunktionen, 14.6.3 Optionen für die
Darstellung der Zusammenfassung, 14.8 Ergebnisse automatisch editieren
und 14.19 Interpretation des HISTO SPOT® Coeliac Disease (Zöliakie) und
des DQB1 4D / DQA1 Tests.
Installation:
In diesem Abschnitt können der Laborname und die Labor ID eingegeben
werden. Zusätzlich ist es möglich ein Logo hochzuladen, dass auf den
Ergebnisberichten erscheint.
Bildanalyse:
Hier kann die automatische Rotation der Bilder ein- oder ausgeschaltet
werden.
Werkzeuge:
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Ambiguitäten-Bericht: Erstellt einen detaillierten Bericht über die in Ihrem
Labor aufgetretenen Ambiguitäten (xml Datei), welcher an die BAG Health
Care gesendet werden kann, um die Auflösung des Tests zu verbessern.
Sonden-Ergebnisbericht: Erstellt einen Bericht mit allen automatisch oder
manuell ignorierten Sonden.
Pfade:
Default Import Path: Zeigt den Standardpfad zum Importieren von Daten
(Kits, Arbeitslisten,...). Durch Anklicken des Ordnersymbols kann der Pfad
geändert werden.
Default Export Path: Zeigt den Standardpfad zum Exportieren von Daten
(Arbeitslisten, Ergebnisse, Berichte...). Durch Anklicken des Ordnersymbols
kann der Pfad geändert werden.
NMDP File Date: Gibt das Datum der benutzten Datei für die NMDP Codes
an. Durch Anklicken des Ordnersymbols kann der Pfad für den Import einer
neuen NMDP Code Datei definiert werden.
WMDA Archive File: Zeigt den Standardpfad für den WMDA.zip Ordner, der
die Dateien für die serologischen Äquivalente, sowie für die P und G
Gruppen enthält (verfügbar auf http://hla.alleles.org/). Durch Anklicken des
Ordnersymbols kann der Pfad geändert werden.
CWD ZIP File: Zeigt den Standardpfad für den zip Ordner, der die CWD2.0.0
Allele enthält. Durch Anklicken des Ordnersymbols kann der Pfad geändert
werden.
IMGT Allele File: Zeigt den Standardpfad für den WMDA.zip Ordner, der die
Datei mit den HLA Allelen enthält, die zur Generierung der älteren IMGT
Datenbanken verwendet wird (verfügbar auf http://hla.alleles.org/). Durch
Anklicken des Ordnersymbols kann der Pfad geändert werden.
Der WMDA.zip Ordner wird mit jedem Update der Alleldatenbank auf den
neuesten Stand gebracht und wird auf dem Kunden-Download Server zur
Verfügung gestellt (http://service.bag-healthcare.com ).
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Datenbank:
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Informationen über den Speicherort der aktuellen Datenbank und
Sicherungsoptionen (Backup; nur für Server-Installation).
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