Vergabe von Bachelorarbeiten

Vergabe von Bachelorarbeiten in der Mikrobiologie SS 2013
Allgemeines
Bachelorarbeiten können in folgenden derzeitigen Arbeitsgruppen der Mikrobiologie
angefertigt werden:
AG Boll / AG Berg:
AG Grohmann:
AG Kassemeyer:
3. OG
2.OG
Weinbauinstitut (Infos hierzu gab es bei der Exkursion)
Die Gesamtkapazität ist beschränkt. Obwohl die offizielle Vergabe erst endgültig nach
Abschluss des WS erfolgen kann, sind Vorab-Interessenbekundungen von Vorteil. Dies
ermöglicht uns auch unverbindliche Vor-Zusagen zu erteilen.
Grundsätzlich werden Bachelorarbeiten stets von einem/r Doktoranden/in und/oder einem
Masterstudenten betreut. Die Themen aus verschiedenen Bereichen der Mikrobiologie
befassen sich stets mit einer bislang unerforschten wissenschaftlichen Fragestellung. Im
Vordergrund stehen dabei die Erwerbung von Kenntnissen in unterschiedlichen
mikrobiologischen/molekularbiologischen/biochemischen
Methoden
und
die
wissenschaftlich einwandfreie Dokumentation und Präsentation der Ergebnisse.
Wissenschaftliche Durchbrüche sind zwar sehr schön, werden aber aufgrund der kurzen
Anfertigungszeit nicht unbedingt erwartet/bzw. gehen nicht in die Abschlussnote ein.
Themengebiete
AG Boll/Berg: die Themen der Bachelorarbeiten sind im Bereich mikrobieller
Biochemie/Physiologie/Molekularbiologie angesiedelt; beide AGs nutzen dieselben
Laboreinrichtungen und Methoden wie Kultivierung/Fermentation von Bakterien (bis zum
200-L-Maßstab), Enzymtests, Klonierung und Expression von Genen, Nachweis von
Metaboliten über HPLC/Ionenchromatographie, Reinigung und Charakterisierung neuartiger
bakterieller Enzyme nach Reinigung aus dem Wildtyp oder nach heterologer Expression und
Reinigung über Affinitätschromatographie, Arbeiten unter Ausschluss von Sauerstoff
(Anaerobenzelte, AG Boll).
Die AG Boll beschäftigt sich mit dem Abbau von aromatischen und steroidalen Schadstoffen
durch anaerobe Bakterien. Im Vordergrund stehen die Charakterisierung
schadstoffabbauender Bakterien, Aufklärung neuer Schadstoffabbauwege und die
Charakterisierung der daran beteiligten Gene und Enzyme. Anwendungsorientierte Aspekte
sind die Entwicklung von molekularen Werkzeugen für in situ Untersuchungen des
Schadstoffabbaus sowie die Erschließung neuartiger Biokatalysatoren für die Biotechnologie.
Der Forschungsschwerpunkt der AG Berg liegt auf der Untersuchung der Vielfalt der
Stoffwechselwege in Prokaryoten und dem Verständnis der grundliegenden Prinzipien für
diese Vielfalt. Zur aktuellen Forschung gehört die Untersuchung neuer
Kohlenstoffassimilisierungswege in unterschiedlichen Bakterien und Archaeen. Wir befassen
uns mit neuartigen CO2-Fixierungs- und Acetatassimilierungs-Wegen und identifizieren und
charakterisieren die an diesen Prozessen beteiligten Enzyme.
AG Grohmann: die Themen der Bachelorarbeiten sind im Bereich der molekularen
Mikrobiologie und molekularen Umweltanalytik angesiedelt. Die angewandten Methoden
umfassen Kultivierung von Bakterien, genspezifische PCR, quantitative real-time PCR,
Klonierung von bakteriellen Transportergenen (Typ IV Sekretion) und Expression in
heterologen Expressionssystemen, Enzymtests, markerlose gene-knock outs, Mating
Experimente, Biofilmtests, Fluoreszenzmikroskopie und Metagenomics von terrestrischen
und aquatischen Habitaten.
Die AG Grohmann beschäftigt sich mit zwei Themenkomplexen I) der Aufklärung der
molekularen Mechanismen der Typ IV Sekretion in Gram-positiven Bakterien anhand der
Modellorganismen Enterococcus faecalis und Staphylococcus aureus. Die mechanistischen
Analysen werden durch quantitative Untersuchungen zum Antibiotikaresistenztransfer in der
Umwelt ergänzt, II) der Analyse von bakteriellen Biofilmen hinsichtlich ihrer Entwicklung
(Biofilm Assay, elektronenmikroskopische Analyse) und ihrer Inhibition durch
Biofilminhibitoren. Der Wirkmechanismus von neuartigen Biofilminhibitoren soll aufgeklärt
werden.
Auswahl möglicher Themen (die Vergabe aller Themen ist nicht möglich):
AG Boll:
-Klonierung, heterologe Expression und Charakterisierung von Genen und Proteinen, die für
Schlüsselenzyme des anaeroben Abbaus von Schadstoffen wie Benzol oder Naphthalin
kodieren (3 Arbeiten).
-Untersuchung der posttranskriptionellen Modifikation von Enzymen im anaeroben
Aromatenstoffwechsel (1 Thema)
-Entwicklung/Optimierung eines genetischen Systems in einem anaeroben,
schadstoffabbauenden Modellorganismus ( 1Thema)
-Abbau des Steroids Stigmasterin in anaeroben Bakterien (1 Thema)
-Untersuchung des anaeroben Abbaus von Aromaten in einem hyperthermophilen Archaeon
(1 Thema)
-Abbau der umweltrelevanten Phthalsäure in einem denitrifizierendem Bakterium (1 Thema)
AG Berg:
-Untersuchungen des Methylaspartatzyklus in Haloarchaea und seine Rolle in der Anpassung
der Organismen an die halophile Bedingungen (1 Thema)
-Klonierung, heterologe Expression und Charakterisierung von CoA-Transferasen aus
unterschiedlichen Bakterien zur Herstellung unterschiedlicher CoA-Ester (1 Thema).
-Untersuchung des Glyoxylatzyklus im aeroben Abbau von Benzoat und 4-Hydroxybenzoat in
Acinetobacter spp. (1 Thema)
-Untersuchung der CO2-Fixierungswege in Ammonifex degensii (1 Thema).
AG Grohmann:
-Herstellung von gene knock-outs eines Typ IV Sekretionssystems in Enterokokken durch
homologe Rekombination, Bestimmung des Phänotyps der Mutante, Komplementation des
knock-outs durch Expression des Wildtypgens auf einem zweiten Plasmid (2 Arbeiten)
-Untersuchung der Stressantwort („Metallstress“) in Enterokokken durch vergleichende
Genexpressionsanalyse (Transkriptomics) (1 Arbeit)
- Molekulare Analyse von durch Enterokokken hervorgerufene Harnwegsinfektionen (u.a. im
Mausmodell) (1 Arbeit)
- Entwicklung/Optimierung eines Plasmidsystems zum quantitativen Nachweis von
Gentransfer über Fluoreszenzmikroskopie (1 Arbeit)
- Mikrobiologische und molekulare Charakterisierung von Bakterien aus dem „Weltall“ (aus
dem BIORISK Experiment auf der Internationalen Raumstation ISS) (2 Arbeiten)