Alanin Razemase Gene von Staphylococcus aureus Inaugural

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AUS DEM INSTITUT FÜR
MEDIZINISCHE MIKROBIOLOGIE, IMMUNOLOGIE UND HYGIENE
DER UNIVERSITÄT ZU KÖLN
DIREKTOR: UNIVERSITÄTSPROFESSOR DR. MED. M. KRÖNKE
Alanin Razemase Gene
von
Staphylococcus aureus
Inaugural-Dissertation zur Erlangung der Doktorwürde
der Hohen Medizinischen Fakultät
der Universität zu Köln
vorgelegt von
Quoc-Bao Ha Ngoc
aus Bonn
Promoviert am 18. August 2010
M & S Copy-Druckhaus, Köln
Gedruckt mit Genehmigung der
Medizinischen Fakultät der Universität zu Köln, 2010
Dekan:
Universitätsprofessor Dr. med J. Klosterkötter
1. Berichterstatter:
Universitätsprofessor Dr. med M. Krönke
2. Berichterstatter:
Professor Dr. rer. nat. F.-G. Hanisch
Erklärung
Ich erkläre hiermit, dass ich die vorliegende Arbeit ohne unzulässige Hilfe Dritter und ohne
Benutzung anderer als der angegebenen Hilfsmittel angefertigt habe; die aus fremden Quellen
direkt oder indirekt übernommenen Gedanken sind als solche kenntlich gemacht.
Bei der Auswahl und Auswertung des Materials sowie der Herstellung des Manuskriptes
habe ich keine Unterstützungsleistungen erhalten. Weitere Personen waren an der geistigen
Herstellung der vorliegenden Arbeit nicht beteilligt. Insbesondere habe ich nicht die Hilfe
eines Promotionsberaters in Anspruch genommen. Dritte haben von mir weder unmittelbar
noch mittelbar geldwerte Leistungen für Arbeiten erhalten, die im Zusammenhang mit dem
Inhalt der vorgelegten Dissertation stehen.
Die Arbeit wurde von mir bisher weder im Inland noch im Ausland in gleicher Form einer
anderen Prüfungsbehörde vorgelegt und ist auch noch nicht veröffentlicht.
Quoc-Bao Ha Ngoc
Köln, den 2. April 2007
iii
Die vorliegende Dissertation wurde angefertigt in der Zeit
von August 1997 bis Mai 2003
im Department of Biology and Biochemistry der University of Houston
Lehrstuhl: Professor Dr. Michael Benedik
und von Februar 2007 bis April 2007
am Institut für medizinische Mikrobiologie, Immunologie und Hygiene
der Universität zu Köln
Lehrstuhl: Professor Dr. med. Martin Krönke.
Die in dieser Arbeit angegebenen Untersuchungen sind nach entsprechender Anleitung durch
Herrn Professor Dr. Michael Benedik und Herrn Dr. Ulrich Strych durchgeführt worden.
Die dieser Arbeit zugrunde liegenden Experimente sind von mir mit Unterstützung von
Herrn Dr. Ulrich Strych durchgeführt worden.
iv
DANKSAGUNG
Herrn Prof. Dr. med. Martin Krönke und Herrn Prof. Dr. rer. nat. Hanisch danke ich herzlich
für die freundliche Unterstützung und die Bereitschaft meine Arbeit zu begutachten.
Herrn Prof. Dr. Michael Benedik danke ich herzlich für diese interessante Aufgabenstellung,
und die Möglichkeit diese Arbeit durchführen zu können.
Mein besonderer Dank gilt Herrn Dr. Ulrich Strych, der mir bei dem gesamten Projekt
behilflich war, sowohl durch theoretische Erklärungen, als auch durch praktische Hilfen.
Seine Hilfe hat mir ein Basiswissen über die Mikrobiologie und Biochemie verschafft.
Besonders bedanke ich mich bei meinen Eltern für ihre Geduld, ihre Unterstützung und ihre
Aufopferung für mich während meiner gesamten Zeit als Student. Ich bedanke mich auch bei
meinem Bruder für seine Hilfe und seinen Revisionen dieser Arbeit. Danke.
v
INHALTSVERZEICHNIS
Titelblatt......................................................................................................................................i
Erklärung...................................................................................................................................iii
Danksagung................................................................................................................................v
Inhaltsverzeichnis......................................................................................................................vi
Abbildungen............................................................................................................................viii
Tabellen.....................................................................................................................................ix
Abkürzungen..............................................................................................................................x
1. Einleitung
1
1.1. Übersicht von Mikroorganismen.................................................................1
1.2. Bedeutung von Mikroorganismen...............................................................2
1.3. Normalflora.................................................................................................3
1.4. Bakterielle Infektion....................................................................................5
1.4.1. Invasive Bakterien........................................................................7
1.4.2. Toxine...........................................................................................8
1.5. Immunabwehr..............................................................................................9
1.6. Staphylococcus aureus...............................................................................10
1.6.1. Koagulase...................................................................................11
1.6.2. Toxisches Schocksyndrom.........................................................11
1.6.3. Lebensmittelvergiftung..............................................................12
1.6.4. Staphylogenes Lyell-Syndrom und andere Infektionen.............12
1.6.5. Akute Endokarditis.....................................................................13
1.6.6. Antibiotische Resistenz von Staphylococcus aureus.................14
1.6.7. Nosokomiale Infektionen und AIDS..........................................14
1.7. Aufbau der Zellwand.................................................................................15
1.8. Antibiotika.................................................................................................21
1.9. Alanin Razemasen.....................................................................................22
vi
1.10. Forschungsziele.......................................................................................23
2. Methodik und Materialien
25
2.1. DNA Extraktion.........................................................................................25
2.2. Speed Preparation......................................................................................26
2.3. Amplifikation der Alanin Razemase Gene durch
Polymerase-Kettenreaktion.......................................................................26
2.4. Chroma SpinTM .........................................................................................27
2.5. Klonierung..................................................................................................28
2.5.1. Restriktion der Alanin Razemase Gene......................................28
2.5.2. Ligation.......................................................................................28
2.5.3. Transformation............................................................................29
2.5.4. Blau-Weiss-Screening.................................................................29
2.6. Agarose-Gelelektrophorese von Salr1 und Salr2......................................30
2.7. DNA-Sequenzierung.................................................................................30
2.8. Komplementation vom E. coli alr-Mutant................................................31
2.9. IPTG induzierte Überexprimierung von Alanin Razemase.......................32
2.10. SDS-Polyacrylamid-Gelelektrophorese
der Alanin Razemase Proteine.................................................................32
3. Ergebnisse
34
4. Diskussion
44
5. Literaturverzeichnis
47
6. Zusammenfassung
49
7. Curriculum Vitae
50
vii
ABBILDUNGEN
Abbildung 1-1.
Anordnung und Form von Bakterien......................................................2
Abbildung 1-2.
Staphylococcus aureus .........................................................................10
Abbildung 1-3.
N-Acetylglucosamin verbunden mit
N-Acetylmuraminsäure........................................................................16
Abbildung 1-4.
L-Alanin und D-Alanin........................................................................17
Abbildung 1-5.
Peptidoglycan Querbrücken bei Bakterien...........................................18
Abbildung 1-6.
Peptidoglycan bei grampositven Bakterien..........................................19
Abbildung 1-7.
Zellwand bei grampositiven Bakterien.................................................20
Abbildung 1-8.
Zellwand bei gramnegativen Bakterien................................................20
Abbildung 1-9.
Alanin Razemase von Bacillus stearothermophilus.............................24
Abbildung 3-1.
Agarose-Gelelektrophorese der Alanin Razemase Gene......................36
Abbildung 3-2a.
DNA-Sequenzierung von Alanin Razemase
in Staphylococcus aureus......................................................................37
Abbildung 3-2b.
DNA-Sequenzierung (Fortsetztung).....................................................38
Abbildung 3-2c.
DNA-Sequenzierung (Fortgesetzung)..................................................39
Abbildung 3-3a.
Komplementation von E. coli dadX- alrts Mutanten.............................40
Abbildung 3-3b.
Komplementation von E. coli dadX- alrts Mutanten.............................40
Abbildung 3-4.
Agarose-Gelelektrophorese von Restriktionsprodukten.......................41
Abbildung 3-5.
IPTG Induzierte Überexprimierung von
Alanin Razemase in E. coli..................................................................43
Abbildung 4-1.
Theoretischer Inhibitor von Alanin Razemase.....................................46
viii
TABELLEN
Tabelle 1-1.
Krankheitserreger and Krankheiten...................................................................6
Tabelle 3-1.
Bakterienstämme und Vektoren ......................................................................41
ix
ABKÜRZUNGEN
APS
- Ammoniumpersulfat
BamHI
- Bacillus amyloliquefaciens H Restriktions-Endonuklease
dNTP
- Mix: dATP (2’-Desoxyadenosin 5’Triphosphat, Natrium Salz)
dGTP (2’-Desoxyguanosin 5’triphosphate, Natrium Salz)
dTTP (2’-Desoxythymidin 5’triphosphate, Natrium Salz)
dCTP (2’-Desoxycytidin 5’triphosphate, Natrium Salz)
EDTA
- Ethylendiamintetraessigsäure
IPTG
- Isopropyl-β-D-thiogalactopyranosid
LB
- Luria-Bertani Medium
pBS
- Bluescript Klonierungs-Vektor
PCI
- Phenol: Chloroform: Isoamyl-Alkohol
SDS
- Natriumlaurylsulfat (C12 H25 Na O4 S)
SDS-PAGE
- Natriumlaurylsulfat Polyacrylamid-Gelelektrophorese
SPM
- Speed Preparation Mix
TAE Puffer
- TBE-Puffer, TRIS-Borat-EDTA-Puffer
Taq
- Thermus aquaticus DNA-Polymerase
TE
- TRIS EDTA (Ethylendiamintetraessigsäure)
TEMED
- N, N, N’, N’ - Tetramethylethylendiamin
TMF
- Transformation Puffer (40 mM MnCl2, 100 mM CaCl2, 50 mM RbCl)
Tris Base
- Tris(hydroxymethyl)-aminomethan (C4 H11 NO3)
X-gal
- 5-Brom-4-chlor-3-indoxyl-β-D-galactopyranosid (C14 H15 Br Cl NO6)
XhoI
- Xanthomonas holcicola Restriktions-Endonuklease
x
1. EINLEITUNG
1.1. Übersicht von Mikroorganismen
Mikroorganismen sind kleinste Lebewesen, die in der Regel ohne technischen Aufwand nicht
für das menschlich Auge sichtbar sind. Obwohl sie fast überall vorzufinden sind, war die
Existenz von Mikroorganismen vor der Erfindung des Mikroskopes unbekannt. Über mehrere
Jahrhunderte wurde die grundlegende Ursache von Epidemien, die tausenden von Menschen
den Tod brachten, nie verstanden. Verdorbene Nahrungsmittel und der Mangel an Impfungen
und Antibiotika förderten die Bildung von Krankheiten und Seuchen durch pathogene
Mikroorganismen, und obwohl nur einige wenige Mikroorganismen pathogen sind, sind es
gerade diese, welche die häufigsten infektiösen Krankheiten beim Menschen erzeugen. Eine
Hauptgruppe von Mikroorganismen wird repräsentiert von der Gruppe der Bakterien
(Tortora, Funke, and Case, 2001, S.2-3). Bakterien sind einzelzellige Organismen, deren
genetisches Material nicht von einer speziellen Kernmembran umhüllt sind (Tortora et al.,
2001, S.3). Sie sind von einer Zellwand umschlossen, die zum gröβten Teil aus
Peptidoglykan besteht. Das Erscheinungsbild von Bakterien spielt eine wesentliche Rolle bei
ihrer Identifikation. Der Form nach können Bakterien in drei Hauptgruppen unterteilt werden:
Kokken (kugelige Bakterien), Stäbchen (längliche, zylindrische Bakterien) und Spirillen
(spiralige, wendelförmige Bakterien). Eine Ausnahme bilden pleomorphe Bakterien, die ihre
Form je nach Umgebung oder Entwicklungsstadium ändern können. Weiterhin wichtig für
die Klassifikation ist die Anordnung und Organisation der Bakterien: Diplokokken bilden
Paare, Streptokokken bilden Ketten und Staphylokokken bilden Haufen (Abb. 1-1).
Im Allgemeinen haben Bakterien eine Länge zwischen 0,2 bis 5 µm (Levinson & Jawetz,
1998, S.3; Tortora et al., 2001, S.3-4).
1
Abbildung 1-1.
Anordnung und Form von Bakterien.
1: Kokken in Haufen, Ketten oder Paaren
2: Stäbchen: gerade, keulenförmig, zugespitzt oder gebogen
3: Spirillen: leicht geschlängelt oder stark gewunden
(Levinson & Jawetz, 1998, S.3)
1.2. Bedeutung von Mikroorganismen
Die meisten Mikroorganismen sind dem Menschen und dessen Umwelt von Nutzen, da sie
zum biologischen und chemischen Gleichgewicht beitragen. Einige Bakterien helfen zum
Beispiel bei der Beseitigung von menschlichen Abfällen oder bei der Eingliederung von
freiem Stickstoff in organische Substanzen (Tortora et al., 2001, S.3). Andere
Mikroorganismen werden von Säugetieren benötigt, da sie die Verdauung unterstützen oder
wichtige Vitamine wie Vitamin B und Vitamin K synthetisieren, welche für Stoffwechsel und
Blutgerinnung
notwendig
sind.
Trotz
ihres
2
allgemeinen
Nutzens,
sind
einge
Mikroorganismen pathogen, und diese sind verantwortlich für einen groβen Teil von
Krankheiten im Menschen (Tortora et al., 2001, S.2-3).
Ein Mikroorganismus wird als pathogen oder als Krankheitserreger bezeichnet, sobald er eine
Krankheit verursachen kann. Einige Krankheitserreger ziehen nach Exposition oft eine
Krankheit nach sich, während dies bei anderen seltener ist. Auch opportunistische
Krankheitserreger können bei gesunden Menschen nachgewiesen werden. Sie verursachen
generell aber keine Krankheiten. Bei immunsupprimierten Personen können diese
Organismen jedoch schwere Krankheiten mit immensen Komplikationen auslösen. Die
meisten opportunistischen Krankheitserreger sind Teil der menschlichen Normalflora, und sie
stellen eine groβe Bedrohung für Menschen mit Immunschwächekrankheiten wie AIDS dar
(Levinson & Jawetz, 1998, S.25).
1.3. Normalflora
Als Normalflora gelten Bakterien und Pilze, die permanent spezifische Körperregionen
besiedeln wie zum Beispiel Haut, Oropharynx, Kolon und Vagina (Levinson & Jawetz, 1998,
S.21). Für Menschen haben die Bakterien der Normalflora in drei Fällen eine Bedeutung:
Erstens können sie zum pathogenen Erreger werden, wenn beim Menschen eine
Immunschwäche besteht, oder wenn sie in eine für sie untypische Körperregion vordringen
wie zum Beispiel die inneren Organe. Zweitens können sie den Menschen vor anderen
Krankheitserregern schützen, indem sie ökologische Nischen besetzen, und somit die
Ansiedlung und Vermehrung anderer Keime erschweren. Drittens dienen sie dem Menschen
bei der Produktion von Vitaminen wie Vitamin B und Vitamin K (Levinson & Jawetz, 1998,
S.21-22).
Die Normalflora kann in vier Hauptbesiedlungsregionen unterteilt werden: Haut,
Respirationstrakt, Gastrointestinaltrakt und Urogenitaltrakt. Die Normalflora der Haut ist
hauptsächlich vertreten durch Staphylococcus epidermidis. Auf der Hautoberfläche ist das
Bakterium nicht pathogen. In den tieferen Hautschichten ist es allerdings als
opportunistischer Krankheitserreger meist Ursache von Wund- und Katheterinfektionen. Im
3
Blutkreislauf kann der Erreger, nach Ansiedlung an der Herzinnenwand, eine Endokarditis
auslösen. Staphylococcus aureus und anaerobische Organismen wie Peptococcus and
Propionibacterium machen nur einen kleinen Teil der Hautflora aus (Levinson & Jawetz,
1998,
S.22).
Zu
den
überwiegend
mit
Normalflora
besiedelten
Regionen
des
Respirationstraktes gehören Nase, Mund und Rachen. Eines der wichtigsten Bakterien in der
Nasalregion ist Staphylococcus aureus, auf welches später noch genauer eingegangen wird.
Im Rachen befinden sich vor allem Staphylococcus epidermidis und Gattungen der Neisseria,
welche generell das Wachstum von möglichen Krankheitserregern verhindern. Neisseria
meningitidis gilt jedoch unter anderem als einer der häufigsten Erreger der eitrigen
Meningitis. Etwa zur Hälfte aller Bakterien in der Mundregion werden von Streptococcus
viridans repräsentiert. Diese Bakterien sind ein Teil des Zahnbelages, welcher als Präkursor
für Karies gilt. Sie gelten auch als Risiko für eine subakute bakterielle Endokarditis meist in
Folge von zahnärztlichen Behandlungen (Levinson & Jawetz, 1998, S.22-23).
Die bakterielle Besiedlung des Gastrointestinaltraktes ist je nach Region unterschiedlich. Im
Magen sind nur relativ wenige Bakterien vorhanden. Ein gröβerer Teil befindet sich im Ileum
terminale, und im Kolon sind die meisten Bakterien vorzufinden. Diese bestehen vor allem
aus Escherichia coli, Bacteroides fragilis und Streptococcus faecalis und sind die
Hauptverursacher von Harnwegsinfektionen und bakterieller Peritonitis. Streptococcus
faecalis kann gegebenfalls auch zur Endokarditis führen (Levinson & Jawetz, 1998, S.23).
Die Scheidenflora einer erwachsenen Frau wird vorwiegend durch Gattungen des
Lactobacillus besiedelt. Diese verhindern das Wachstum von potenziellen Krankheitserregern
in der Vagina, indem sie pH-senkende Säuren produzieren und somit ein saures Milieu
erzeugen. Zu den potenziellen Krankheitserregern in dieser Region gehören die
B-Streptokokken (Beta-hämolysierende Streptokokken der Serogruppe B). In der Gegenwart
von B-Streptokokken können bei einer Geburt Komplikationen wie Sepsis und Meningitis
auftreten, da diese Keime bei der Passage durch den Geburtskanal auf das Neugeborene
übertragen werden können (Levinson & Jawetz, 1998, S.24).
4
1.4. Bakterielle Infektion
Bakterien verursachen Krankheiten, indem sie Toxine produzieren oder, durch Eindringen in
den Wirt, eine Entzündung hervorrufen. Toxine können in Exotoxine und Endotoxine
eingeteilt werden. Exotoxine sind vom Bakterium freigesetzte Polypeptide, und Endotoxine
sind Lipopolysaccharide, die einen Teil der Zellwand bilden. Beide Toxine können
allgemeine Symptome wie Fieber oder Schock auslösen selbst wenn der Krankheitserreger
selbst nicht mehr präsent ist. Invasive Bakterien verursachen Entzündungen, indem sie sich
lokal zu einer groβen Vielzahl vermehren. Sie können generelle Symptome wie Erytheme,
Ödeme, Wärme und Schmerzen hervorrufen (Levinson & Jawetz, 1998, S.25).
Viele Krankheiten können von Wirt zu Wirt übertragen werden. Wenn die Übertragungsrate
hoch ist, wird die Krankheit als ansteckend bezeichnet, wie im Fall der Tuberkulose, bei der
die Bakterien durch Tröpfcheninfektion übertragen werden. Die meisten bakteriellen
Infektionen stammen aus externen Quellen, aber ein gewisser Teil entsteht auch durch
invasive Übergriffe der Normalflora (Levinson & Jawetz, 1998, S.25-26).
Erfolgt die
Infektion durch ein Bakterium der Normalflora, wurde der Erreger meist von seinem
ursprünglichen Platz an eine andere Stelle des Körpers fortbewegt. Ausgangs- und
Einganspforte sind für die Übertragung von Krankheitserregern von groβer Bedeutung.
Krankheitserreger verlassen ihren Wirt oftmals durch Respirations- und Gastrointestinaltrakt,
aber sie können auch durch sexuellen Kontakt, Hautkontakt, Urin, Blutinfusionen,
kontaminierten Nadeln oder Insektenstiche übertragen werden (Levinson & Jawetz, 1998,
S.26). Die Erreger können den Wirt an verschiedenen Stellen des Körpers befallen. Eine Liste
von Krankheitserregern mit den korrespondierenden Krankheiten und ihren Eintrittspforten
wird in Tabelle 1-1 geführt.
5
Tabelle 1-1. Krankheitserreger and Krankheiten.
Portal of Entry
Respiratory tract
Pathogen
Disease
Coccidioides immitis
Epstein-Barr virus
Coccidioidomycosis
Infectious mononucleosis
Haemophilus influenzae
Histoplasma capsulatum
Meningitis
Histoplasmosis
Influenza virus
Influenza
Mycobacterium tuberculosis Tuberculosis
Neisseria meningitidis
Meningitis
Common cold
Rhinovirus
Streptococcus pneumoniae Pneumonia
Gastrointestinal tract
Skin
Genital tract
Hepatitis A virus
Poliovirus
Infectious hepatitis
Poliomyelitis
Salmonella typhi
Shigella dysenteriae
Typhoid fever
Dysentery
Trichinella spiralis
Trichinosis
Vibrio cholerae
Clostridium tetani
Cholera
Tetanus
Plasmodium vivax
Malaria
Rabies virus
Rickettsia rickettsii
Rabies
Rocky Mountain spotted fever
Trichophyton rubrum
Candida albicans
Tinea pedis (athlete's foot)
Vaginitis
Chlamydia trachomatis
Urethritis
Neisseria gonorrhoeae
Gonorrhea
Treponema pallidum
Syphilis
(Levinson & Jawetz, 1998, S.27)
6
Levinson & Jawetz (1998, S.26) beschreiben sieben Infektionsstadien:
1. Übertragung von einer externen Quelle an die Eintrittspforte
2. Umgehung der ersten Verteidigungslinie des Wirts (z.B. Haut, Magensäure)
3. Haftung an Schleimhäute, meist durch Pili der Bakterien
4. Kolonisation durch Vermehrung der Bakterien an der Haftungsstelle
5. Krankheitssymptome werden verursacht durch Produktion von Toxinen oder Invasion
gefolgt von Entzündungsreaktionen
6. Unspezifische und spezifische Immunantwort des Wirts im Stadium 3,4,5
7. Fortschreiten oder Auflösen der Krankheit
1.4.1. Invasive Bakterien
Bakterien verursachen Krankheiten durch Invasion des Gewebes mit darauffolgender
Entzündungsreaktion. Invasive Bakterien setzen verschiedene Enzyme frei, die den Wirt
angreifen und schädigen können (Levinson & Jawetz, 1998, S.27). Kollagenasen und
Hyaluronidasen sind wichtige Enzyme, die zum Beispiel von Streptococcus pyogenes, einem
Erreger von Scharlach und Mandelentzündungen, freigesetzt werden. Diese Enzyme
zersetzen Kollagen bzw. Hyaluronsäure, was dem Bakterium das Durchbrechen der Subkutis
ermöglicht. Es folgt oft eine Zellulitis (Levinson & Jawetz, 1998, S.27).
Die Freisetzung von Koagulase durch Staphylococcus aureus fördert die Ausfällung von
Fibrinogen zu Fibrin. Dieser Fibrinmantel umhüllt dann das Bakterium, wodurch das
Bakterium vor Phagozytose geschützt wird. Einen direkten Schutz vor Phagozytose erlangen
Staphylokokken durch die Produktion von Leukozidin, das neutrophile Granulozyten und
Makrophagen zerstört (Levinson & Jawetz, 1998, S.27; Tortora et al., 2001, S.582).
Neisseria gonorrhoeae, Haemophilus influenzae, und Streptococcus pneumoniae produzieren
Immunglobulin A (IgA) Proteasen, die IgA zersetzen und es den Bakterien ermöglichen, sich
an Schleimhäute anzusiedeln (Levinson & Jawetz, 1998, S.27).
7
1.4.2. Toxine
Die von Bakterien produzierten Toxine können in Exotoxine und Endotoxine unterteilt
werden. Exotoxine werden von grampositiven und gramnegativen Bakterien produziert. Sie
sind von Bakterien abgesonderte Polypeptide, deren zugehörige Gene normalerweise auf
Plasmiden oder Bakteriophagen zu finden sind. Exotoxine gehören mit zu den giftigsten
bekannten Stoffen. Die geringe Menge von nur 1 µg Tetanustoxin kann für Menschen bereits
tödlich sein (Levinson & Jawetz, 1998, S.29-33). Das von Clostridium tetani produzierte
Tetanustoxin blockiert die Freisetzung des inhibitorischen Neurotransmitters Glycin, ein
Vorgang der zu Muskelkrämpfen und spastischer Paralyse führt. Ein weiteres wichtiges
Exotoxin ist das Botulinumtoxin, das von Clostridium botulinum produziert wird. Dieses
Nervengift verursacht Paralyse, indem es die Freisetzung von Acetylcholin an der Synapse
verhindert. In kleineren Mengen wird dieses Gift auch zu kosmetischen Zwecken benutzt,
wobei es meist unter dem Namen Botox bekannt ist. Auf das von Staphylococcus aureus
produzierte Toxische Schocksyndrom Toxin wird später noch eingegangen.
Endotoxine sind nur in gramnegativen Bakterien vorhanden. Es sind Lipopolysaccharide, die
in die Zellwand eingebaut sind. Die Gene für die entsprechenden Lipopolysaccharide sind im
bakteriellen Chromosom zu finden. Obwohl Endotoxine, relativ zu den Exotoxinen, weniger
giftig auf den menschlichen Körper wirken, können auch sie Symptome wie Schock oder
Fieber hervorrufen. Die meisten Fälle septischer Schocks werden wahrscheinlich durch
Endotoxine gramnegativer Bakterien verursacht (Levinson & Jawetz, 1998, S.29-36).
8
1.5. Immunabwehr
Der menschliche Körper besitzt eine Vielzahl von Abwehrmechanismen, um sich gegen
Krankheitserreger zu schützen. Unspezifische und spezifische Immunabwehr schützen den
Körper generell vor Mikroorganismen und bestimmten Erregern. Die Haut bildet den
wichtigsten Teil der unspezifischen Immunabwehr, da sie eine physikalische Barriere bildet.
Sie enthält Fettsäuren, die durch ihren niedrigen pH antimikrobiell wirken. Der
Respirationstrakt wird geschützt durch Zilien und Schleim, welche Bakterien abfangen und
ausstoβen können. Desweiteren gehören Granulozyten, natürliche Killerzellen, Makrophagen,
Lysozyme, Komplemente und Interferone zur unspezifischen Immunabwehr. Zur
spezifischen Immunabwehr des Körpers gehören Antikörper und T-Lymphozyten (Levinson
& Jawetz, 1998, S.38-39). T-Lymphozyten schützen den Menschen durch direkte Abtötung
von Krankheitserregern, durch Mobilisation von Phagozyten oder anderen Lymphozyten und
durch Sekretion von Chemikalien. Antikörper schützen den Körper durch Neutralisation von
Toxinen, durch Inhibition der Anhaftung von Krankheitserregern an die Wirtszelle und durch
Hilfe bei der Lyse von Krankheitserregern (Tortora e tal., 2001, S.421).
Durch Evolutionsprozesse haben die meisten Bakterien Mechanismen zur Umgehung der
menschlichen Immunabwehr entwickelt. Einige Bakterien produzieren eine Kapsel um ihre
Zellwand, um die Anbindung von Phagozyten zu verhindern. Staphylococcus aureus benutzt
Leukozidin und einen Fibrinmantel, um sich vor Phagozytose beziehungsweise vor
Leukozyten und Makrophagen zu schützen (Levinson & Jawetz, 1998, S.27-28).
Ist das Immunsystem des Menschen stark geschwächt, können bakterielle Infektionen meist
nur noch mit Antibiotika therapiert werden. Die erfolgreiche Behandlung mit Antibiotika
wurde jedoch in den letzten Jahren erheblich beeinträchtigt, durch die immer gröβer
werdende Anzahl von bakteriellen Resistenzen. Klinisch ist zum Beispiel Staphylococcus
aureus von groβer Bedeutung, da es relativ schnell eine Resistenz gegen Penicilline
entwickelt (Tortora et al., 2001, S.324).
9
1.6. Staphylococcus aureus
Das grampositive fakultativ anaerobe Bakterium Staphylococcus aureus (Abb. 1-2) wurde
nach seinen gelb gefärbten und in Trauben angeordneten Kolonien benannt. Es wächst relativ
gut in einer Umgebung mit hohem osmotischen Druck und niedriger Feuchtigkeit. Durch
diese Eigenschaften können Staphylokokken in Nasenschleim, auf der Haut und in Essen mit
hoch osmotischem Druck wachsen (Tortora et al., 2001, S.323).
Staphylokokken sind relativ resistent gegen Umweltbelastungen. Sie können in vegetativer
Form eine Temperatur von 60oC bis zu 30 Minuten lang überleben. Die gelbe Farbe schützt
vor Trockenheit und Strahlung, und sie erleichtert das Überleben der Bakterien auf der Haut
(Tortora et al., 2001, S.690).
|-----------------------------------------| ~ 2 µm
Abbildung 1-2.
© Dr. Tony Brain/ SPL/ Custom Medical Stock
Staphylococcus aureus.
S. aureus in Trauben angeordneten Kolonien. Jedes einzelne
Bakterium besitzt eine runde Form. Die gold-gelbe Farbe kann auf
dem schwarz-weiss Foto nicht gesehen werden.
(Tortora et al., 2001, S.324).
10
1.6.1. Koagulase
Als Teil der Normalflora des Respirationstraktes und der Haut kann Staphylococcus aureus
potenziell zum Krankheitserreger werden, wenn die Hautschranke durch physische
Belastungen oder medizinische Eingriffe geschädigt wird. Man unterscheidet Koagulase
produzierende (Koagulase positive) und nicht Koagulase produzierende (Koagulase negative)
Bakterienstämme. Koagulase katalysiert die Bildung von Fibringerinnsel aus Fibrinogen. Das
Bakterium wird so vor Phagozytose geschützt, da der entzündete Bereich durch einen
Fibrinmantel abgedeckt ist. Unter den Staphylokokkenspezies hat Staphylococcus aureus die
höchste pathogene Potenz. Fast alle pathogenen Bakterienstämme produzieren Koagulase
(Levinson & Jawetz, 1998, p.27; Tortora et al., 2001, S.582).
1.6.2. Toxisches Schocksyndrom
Bestimmte Bakterienstämme von Staphylococcus aureus produzieren das Toxische
Schocksyndrom Toxin (TSST), welches eine Infektion mit hohem Fieber, Erbrechen und in
einigen Fällen den Tod hervorrufen kann. TSST heftet sich an MHC-Klasse-II (HauptHistokompatibilitätskomplex) Proteine. Die Komplexverbindung kann mit den β-Ketten von
T-Zell-Rezeptoren interagieren, wonach hohe Mengen von Interleukinen ausgeschüttet
werden. Symptome wie Fieber, Hautausschlag oder Schock können die Folge sein (Levinson
& Jawetz, 1998, S.34; Tortora et al., 2001, S.324, 584).
11
1.6.3. Lebensmittelvergiftung
Ein Enterotoxin von Staphylococcus aureus ist eines der Hauptursachen von Gastroenteritis.
Das Toxin steuert das Brechzentrum des Gehirns an, und verursacht Bauchkrämpfe und
Diarrhoe (Tortora et al., 2001, S.691). In den meisten Fällen kann sich die betroffene Person
schon nach 24 Stunden erholen (Tortora et al., 2001, S.324, 691). Da Staphylococcus aureus
einen Teil der Normalflora von Haut und Nase darstellt, ist dessen Verbreitung auf
Nahrungsmittel während ihrer Zubereitung nicht selten. Wird die Nahrung nur unter 60°C
erhitzt oder mit Salz zubereitet (hoher osmotischer Druck), so kann Staphylococcus aureus
konkurrierende Bakterien überwachsen. Erfolgt die Lagerung des Essens so lange, dass sich
die Bakterien auf eine Anzahl von eine Million pro Gramm vermehren können, ist bereits
genügend Toxin vorhanden, um eine Krankheit hervorzurufen. Auch wenn die Nahrung
wieder erhitzt wird und dadurch alle Bakterien absterben, bleibt das Toxin jedoch erhalten,
weil es bis zu einer halben Stunde unter kochenden Temperaturen standhalten kann. Das
Wiederaufwärmen von Essen bietet demnach keinen Schutz vor einer möglichen
Lebensmittelvergiftung (Tortora et al., 2001, S.691). Obwohl die Gastroenteritis bei
gesunden Menschen generell nicht tödlich ist, kann sie zur Austrocknung (Exsikkose) führen
und stellt daher für ältere Menschen oder für Bewohner von Pflegeheimen eine mögliche
Lebensgefahr dar (Tortora et al., 2001, S.691).
1.6.4. Staphylogenes Lyell-Syndrom und andere Infektionen
Das Staphylogene Lyell-Syndrom umfasst schwere Hauterkrankungen, die von Exfoliatin
Toxin bildenden Stämmen des Staphylococcus aureus, meist vom Phagentyp 71,
hervorgerufen werden. Meistens sind Regionen um Mund und Nase befallen. Die Haut wird
faltig und löst sich ab. Das darunter liegende Gewebe ist hellrot und glänzend. Der Prozess
weitet sich auf die umliegende Haut aus, und nach zwei Tagen löst sich die Haut schon bei
Berührung in Schichten ab. Die schwerste Form des Staphylogenen Lyell-Syndroms wird bei
Neugeborenen oder Kleinkindern vorgefunden (Dermatitis exfoliativa neonatorum oder
12
Morbus Ritter). Der Ursprung der Krankheitserreger kann auf das Personal der
Säuglingsstation zurückverfolgt werden. Die Übertragung erfolgt meist über Nase, Haut oder
perianalen Kontakt (Levinson & Jawetz, 1998, S.22). Auch Impetigo contagiosa ist meist auf
das Personal der Säuglingsstation zurückzuführen. Bei der Impetigo bilden sich auf der Haut
juckende rote Ausschläge mit Pusteln. Durch Kratzen wird der Erreger auf andere Hautstellen
übertragen. Nach Eintrocknung der Pusteln entstehen dann Krusten (Tortora et al., 2001,
S.444, 582-583). Auf der Haut kann Staphylococcus aureus in natürliche Hautöffnungen wie
Haarfollikel eindringen, wodurch eine Follikulitis entstehen kann. Eine Follikulitis an den
Augenwimpern wird auch Gerstenkorn oder Hordeolum genannt. Weitet sich die Follikulitis
aus können sich Furunkel oder Abszesse bilden, welche operativ behandelt werden müssen
(Tortora et al., 2001, S.583). Operative Wundinfektion, Hämatosepsis (Blutvergiftung),
Pneumonie und Harnwegsinfektion sind weitere Beispiele von Infektionen, die durch
Staphylococcus aureus verursacht werden (Tortora et al., 2001, S.421).
1.6.5. Akute Endokarditis
Eine Endokarditis ist eine Entzündung der inneren Muskelschicht des Herzens. Ist die
Entwicklung der Entzündung relativ schnell und durch ein Bakterium verursacht, handelt es
sich um eine akute bakterielle Endokarditis (Tortora et al., 2001, S.628).
Da sich das Bakterium Staphylococcus aureus massenhaft auf der menschlichen Haut
befindet, besteht eine hohe Wahrscheinlichkeit, dass das Bakterium bei Hautdefekten in die
Blutbahn gelangen kann. Die Infektion kann sich vom Eintrittspunkt über die Blutbahn bis an
die Herzklappen ausbreiten. Setzen sich die Keime dort nieder, dann kann es schnell zur einer
Schädigung der Herzklappen führen. Unbehandelt kann dieser Zustand für die betroffene
Person tödlich enden. Als Endokarditisprophylaxe verschreibt man oft Penicillin vor
medizinischen Eingriffen wie zum Beispiel einer Tonsillektomie. Das Risiko einer
Endokarditis besteht jedoch trotzdem, da viele Stämme von Staphylococcus aureus eine
Resistenz gegen Penicilline entwickelt haben (Tortora et al., 2001, S.324, 628).
13
1.6.6. Antibiotische Resistenz von Staphylococcus aureus
Als Krankheitserreger stellt Staphylococcus aureus im Krankenhaus eine besonders groβe
Bedrohung dar. Das Bakterium befindet sich auf Patienten, Krankenhauspersonal und
Besuchern. Ständig besteht die Gefahr einer Infektion von operativen Wunden. Eine
Behandlung von solchen Infektionen erweist sich als extrem schwierig, da durch die groβe
Präsenz an Krankenhausantibiotika sehr viele Bakterienstämme Resistenzen entwickelt
haben. Über die letzten Jahrzehnte hat Staphylococcus aureus Resistenzen gegen jegliche
Arten von Penicillinen entwickelt. Nur noch ungefähr 10% aller Stämme sind Penicillin
empfindlich. Das Antibiotikum Vancomycin wird manchmal als letzte Instanz zur
Behandlung von penicillinresistenten Stämmen verwendet. Vancomycin hemmt die Synthese
der bakteriellen Zellwand. Das Antibiotikum wirkt relativ toxisch auf den menschlichen
Körper und darf nur mit Vorsicht verschrieben werden (Tortora et al., 2001, S.559, 583).
Das kürzliche Auftreten von vancomycinresistenten S. aureus Stämmen stellt eine
medizinische Notfallsituation dar. In den USA hat die Food and Drug Administration (FDA)
daraufhin das Antibiotikum Synercid® zugelassen. Synercid® hemmt die Proteinsynthese
durch Angriff auf bakterielle Ribosomen. Das Antibiotikum hat jedoch nur einen
eingeschränkten Nutzen, da es sehr teuer und sehr viele Nebenwirkungen hat (Tortora et al.,
2001, S.559).
Offensichtlich spielt die Forschung nach neuen Antibiotika wegen der ständig wachsenden
Anzahl bakterieller Resistenzentwicklungen eine wesentliche Rolle in der Zukunft der
Medizin.
1.6.7. Nosokomiale Infektionen und AIDS
Eine nosokomiale Infektion ist eine Infektion, die durch einen Krankenhausaufenthalt
entsteht und mit diesem zeitlich in Verbindung steht. Solch eine Infektion erfordert
gewöhnlich das Zusammenspiel dreier Faktoren: Bakterien im Krankenhaus-Milieu,
kompromittierter Patient und Übertragungsweg. Die Prävalenz von nosokomialen Infektionen
14
wird auf 5-10 % der Patienten geschätzt. In den USA sind jährlich etwa zwei Millionen
Patienten von nosokomialen Infektionen betroffen, wobei davon fast 90.000 Fälle tödlich
enden (Ayliffe et al., 1992, S.1-11; Tortora et al., 2001, S.420). In den vierziger- und
fünfziger Jahren war Staphylococcus aureus der Haupterreger für nosokomiale Infektionen.
Patienten wurden erfolgreich mit Penicillin behandelt. In den achtziger Jahren jedoch
tauchten antibiotikaresistente Stämme auf, die heute bis zu 34% der nosokomialen
Infektionen ausmachen (Tortora et al., 2001, S.420).
Bei gesunden Menschen kann sich das Immunsystem gegen die meisten Bakterienstämme
wehren. T-Lymphozyten können Krankheitserreger auf direktem oder indirektem Wege
angreifen, indem sie Chemikalien absondern oder Phagozyten und andere Lymphozyten
anregen. HIV ist ein Virus, der bestimmte T-Lymphozyten zerstört, die sogenannten
T-Helferzellen. Das Immunsystem des Betroffenen wird erheblich geschwächt und somit
hoch anfällig für opportunistische Krankheitserreger. Typische Erreger sind Streptococcus
pneumoniae und Haemophilus influenzae, die beide Pneumonien verursachen können.
Pseudomonas aeruginosa und Mycobacterium tuberculosis sind noch gefährlicher für HIVinfizierte Patienten, da eine akute Pneumonie mit hoher Sterblichkeitsrate oder eine
Tuberkulose folgen kann (Deodhar, 2003, ¶ 5-6; Tortora et al., 2001, S.420-421).
Die Zunahme von nosokomialen Infektionen und die Entwicklung antibiotischer Resistenzen
stellt ein groβes klinisches Problem dar, besonders für HIV-infizierte Patienten. Die
Forschung nach neuen antibiotischen Medikamenten ist daher unumgänglich.
1.7. Aufbau der Zellwand
Für die Entwicklung von wirksamen Antibiotika muss der Aufbau von Bakterien genau
analysiert werden. Fast alle Prokaryoten besitzen eine Zellwand. Die Zellwand besitzt eine
groβe Anzahl von verschiedenen Funktionen: sie bestimmt die Form und das Aussehen von
Bakterien, sie schützt die Bakterien vor Belastungen und Veränderungen der Umwelt, sie
umhüllt die fragile Plasmamembran, sie schützt vor osmotischem Druck, sie verhindert den
15
Verlust von Zytoplasma und sie erhält das Bakterium als separate Entität (Moat & Foster,
1995, S.2; Tortora et al., 2001, S.85-86).
Ein grundlegender Bestandteil der Zellwand ist das Peptidoglycan. Peptidoglycan ist ein
lineares Polymer aufgebaut aus wechselnden Einheiten von N-Acetylglucosamin (NAG) und
N-Acetylmuraminsäure (NAM) (Moat & Foster, 1995, S.2) (Abb. 1-3). An den NAMs
befinden sich Seitenketten, die aus vier sich zwischen D- und L-Form abwechselnden
Aminosäuren bestehen (Abb. 1-4). Je nach Organismus sind diese Seitenketten direkt
miteinander verbunden oder sie können durch kurze Aminosäureketten quer verbrückt sein.
Bei Staphylococcus aureus kann die Anzahl von Querbrücken zwischen den angrenzenden
Peptiden nachezu 100% ausmachen (Moat & Foster, 1995, S.3; Tortora et al., 2001, S.86).
Abbildung 1-3.
N-Acetylglucosamin (NAG) verbunden mit NAcetylmuraminsäure (NAM).(Tortora et al., 2001, S.47)
16
Abbildung 1-4.
L-Alanin und D-Alanin. (Tortora et al., 2001, S.86)
Man beachte die unterschiedliche dreidimensionale Anordnung.
Man kann zwischen Bakterien mit grampositiven und gramnegativen Zellwänden
unterscheiden. Die Gram-Färbung basiert auf eine differenzierende Färbung der
Bakterienzellwand, wobei bestimmte Bakterien nach einer Spülung mit einer 95%
Ethanollösung einen kristallvioletten Farbstoff beibehalten. Grampositive Bakterien behalten
den Farbstoff, während bei gramnegativen Bakterien der Farbstoff wieder ausgespült wird.
Diese beiden Arten von Bakterien unterscheiden sich grundsätzlich (Moat & Foster, 1995,
S.2).
Die äuβere Schicht von grampositiven Bakterien besteht aus einer Zellmembran und einer
Zellwand, welche die Zellmembran umfasst. Viele Schichten aus Peptidoglycan bilden eine
relativ dicke Zellwand. Im Gegensatz zu gramnegativen Bakterien, besitzen grampositive
Bakterien eine höhere Anzahl von Peptidoglycan Querbrücken (Abb.1-5 und 1-6). Eine
besondere Eigenschaft ist die Einbindung von Teichonsäuren in die Zellwand. Teichonsäuren
17
werden aufgeteilt in Lipo-Teichonsäuren, welche mit der Plasmamembran verbunden sind
und sich durch die gesamte Peptidoglycanschicht erstrecken, und Wand-Teichonsäuren, die
mit der Peptidoglycanschicht verankert sind (Moat & Foster, 1995, S.2-3; Tortora et al.,
2001, S.86) (Abb. 1-7).
Abbildung 1-5.
Peptidoglycan Querbrücken bei Bakterien.
G = N-Acetylglucosamin (NAG) und M = N-Acetylmuraminsäure
(NAM)
diagonale Linie: β-1,4 Verbindung zwischen NAG und NAM
vertikale Linie: Seitenkette
horizontale Linie: Querbrücke
Querbrücken kommen häufiger vor bei grampositiver Zellwand
(Moat & Foster, 1995, S.4)
Die Zellwand gramnegativer Bakterien hat einen komplexeren Aufbau im Vergleich zu
grampositiven Bakterien. Die Peptidoglycanschicht ist relativ dünn und besteht bei manchen
Bakterien nur aus einer einzigen Schicht. Eine Lipiddoppelmembran, die sogenannte äuβere
Membran, bildet die äuβerste Schicht der Zellwand. Die äuβere Membran besteht aus
Phospholipiden, Lipopolysacchariden, Enzymen und anderen Proteinen wie den Porinen
(Abb. 1-8).
18
Abbildung 1-6.
Peptidoglycan bei grampositven Bakterien.
In jeder Seitenkette befinden sich vier Aminosäuren; das
Kohlenhydratgerüst besteht aus einem abwechselnden Muster von
β-1,4 verbundenen NAGs and NAMs; die Querbrücken bestehen aus
kurzen Aminosäureketten. (Tortora et al., 2001, S.87)
Der Lipidabschnitt der Lipopolysaccharide ist für den Organismus giftig und wird als
Endotoxin bezeichnet. Hauptsächlich schützt die äuβere Membran das Bakterium vor
Phagozytose, Verdauungsenzymen, Detergentien, Schwermetallen und Gallensalzen.
Zwischen äuβerer und innerer Membran befindet sich der periplasmatische Raum, in dem
auch die dünne Peptidoglycanschicht liegt. Hier können auβerdem degradierende Enzyme
und Transportproteine vorgefunden werden (Moat & Foster, 1995, p.2-3; Tortora et al., 2001,
p.86-88). Im allgemeinen sind grampositive Bakterien relativ widerstandsfähig gegen
physische Beanspruchung, reagieren aber empfindlich gegen schädliche Chemikalien,
Enzyme oder Antibiotika. Im Gegensatz dazu sind gramnegative Baketrien mehr vor
Chemikalien und Molekülen geschützt, jedoch sind sie anfälliger für physische Belastungen
(Tortora et al., 2001, p.89).
19
Abbildung 1-7.
Zellwand bei grampositiven Bakterien. (Tortora et al., 2001, S.87)
Mehrere Peptidoglycanschichten sind durch Teichonsäuren
untereinander und mit der Plasmamembran verbunden.
Abbildung 1-8.
Zellwand bei gramnegativen Bakterien. (Tortora et al., 2001, p.87)
Die Zellwand von gramnegativen ist etwas komplexer als bei
grampositiven Bakterien, jedoch ist die Peptidoglycanschicht relativ
dünn und simpel aufgebaut. Teichonsäuren sind nicht vorhanden.
20
1.8. Antibiotika
Bei der Entwicklung eines Antibiotikums ist selektive Toxizität ein grundlegendes Konzept.
Das Ziel ist die Abtötung oder Wachstumshemmung von Bakterien, ohne dabei den
Menschen zu schädigen. Dazu müssen Unterschiede zwischen menschlichen und bakteriellen
Zellen
untersucht
werden.
Bakterielle
Zellwand,
Ribosomen,
Nucleinsäuren
und
Zellmembrane haben sich als wirksame Angriffspunkte für Antibiotika erwiesen, da sich
diese Einheiten wesentlich von denen der menschlichen Zellen unterscheiden.
Die bakterielle Zellwand wird zum Beispiel durch Penicillin angegriffen. Penicillin hemmt
die Peptidoglycansynthese durch Inhibition einer Transpeptidase, die für die Vernetzung von
Peptidoglycan benötigt wird. Die bakterielle Zellwand ist somit geschwächt und Wasser kann
frei in das hoch osmotische Innere der Zelle eindringen. Das Bakterium platzt und stirbt
(Levinson & Jawetz, 1998, S.48-49).
Die bakterielle Proteinsynthese wird durch Tetrazyklin gehemmt, welche die ribosomale
30S-Untereinheit angreift. Quinolone und Rifampicine inhibieren die Nucleinsäurensynthese
von DNA beziehungsweise mRNA. Polymyxin unterbricht das Gefüge der bakteriellen
Zellmembran, indem es mit Phospholipiden interagiert. Diese Medikamente töten oder
hemmen das Wachtum von Bakterien, indem sie die für Prokaryoten spezifischen
Eigenschaften angreifen (Levinson & Jawetz, 1998, S.49).
Die Einnahme von Antibiotika führt nicht immer zum gewünschten Therapieerfolg. Die
Wirksamkeit von Penicillinen zum Beispiel wird durch verschiedene Faktoren vermindert.
Die Wirkung von Penicillin basiert auf einen β-Lactam-Ring, der aber durch β-Lactamasen
inaktiviert werden kann. Bestimmte Bakterienstämme werden penicillinresistent, indem sie
β-Lactamasen produzieren. Ebenso wirkt Penicillin nicht gegen gramnegative Bakterien, da
diese über ihrer Peptidoglycanschicht noch zusätzlich eine äußere Membran besitzen. Ein
weiterer Nachteil des Penicillins ist die relativ häufige allergische Reaktion der Patienten
gegen dieses Medikament (Levinson & Jawetz, 1998, S.51).
Neuere Medikamente greifen verschiedentliche Bereiche der Zellwandsynthese an.
Vancomycin wird zur Therapie von resistenten Bakterienstämmen verwendet. Es verhindert
den Einbau von biologischen Vorstufen in das Peptidoglycan. Vancomycin ist jedoch relativ
21
toxisch, so dass es nicht regelmässig verordnet oder eingenommen werden darf. Cycloserin
hemmt die Synthese vom D-Alanyl-D-Alanin Dipeptid. Es ist ein D-Alanin Analogstoff, der
Alanin Razemase kompetitiv hemmt. Auch dieses Medikament hat viele Nebenwirkungen
und wird daher in der Klinik nur zur Therapie von resistenten Bakterien benutzt (Heritage,
2003, ¶ 5; Levinson & Jawetz, 1998, S.53).
1.9. Alanin Razemasen
Alanin Razemasen (EC 5.1.1.1) [Abb. 1-9] sind Pyridoxal 5’-Phosphat abhängige Enzyme,
welche die Razemisierung zwischen L- und D-Alanin katalysieren (Strych et al., 2000,
p.290). Sie sind der einzig beschriebene biosynthetische Weg für die Produktion der
Aminosäure D-Alanin, die eine notwendige biologische Vorstufe der Synthese von
Peptidoglycan in grampositiven und gramnegativen Bakterien ist (Strych et al., 2000, p.290;
Wasserman et al., 1984). D-Alanin liegt üblicherweise als D-Alanyl-D-Alanin Dipeptid vor
in der C-terminalen Position vom UDP-N-Acetylmuramyl (MurNAc)-Pentapeptid Präkursor
von Peptidoglycan (van Heijenoort, 1994). Der vorletzte D-Alanin Rückstand dieses
Präkursors ist direkt beteiligt an der Vernetzung von angrenzenden Peptidoglycansträngen
während der Zellwandsynthese (Matsuhashi, 1994). Alanin Razemasen sind sowohl ubiquitär
als auch unentbehrlich für Bakterien. Dadurch sind diese Enzyme ein logisches Ziel für die
Entwicklung von antibiotischen Medikamenten (Lambert & Neuhaus, 1972).
In Escherichia coli werden zwei Alanin Razemasen beschrieben. Die alr-kodierte Alanin
Razemase (biosynthetische Razemase) wird grundlegend exprimiert, wogegen das dadXkodierte Enzym (katabolische Razemase) für den L-Alanin Katabolismus notwendig ist, um
ein Substrat für die D-Alanin spezifische Dehydrogenase, die durch das dadA Gen kodiert
wird, bereitzustellen (Lilley et al., 1993; Wijsman, 1972; Wild et al., 1985). Das dadX und
das dadA Gen bilden ein Operon, das durch L-Alanin positiv stimuliert und durch Glukose
unterdrückt wird (Lobocka et al., 1994; Wild et al., 1985).
22
Das Produkt des dadX Gens ist die Hauptquelle der Alanin Razemase Aktivität (85% der
gesamten Aktivität) und es dient wahrscheinlich als eine D-Alanin Nebenquelle für die
Biosynthese der Zellwand (Wasserman et al., 1984). Nur ein Alr - DadX – Doppelmutant ist
D-Alanin abhängig um zu wachsen (Wild et al., 1985).
Die Entwicklung eines Moleküls oder eines Medikamentes, das Alanin Razemasen inhibieren
kann, würde sich als wirkungsvolles Antibiotikum erweisen. Ohne eine D-Alanin Synthese
kann auch keine Peptidoglycansynthese erfolgen. Dies wäre letal für grampositive und
gramnegative Bakterien, so dass ein solches Medikament als Breitband-Antibiotikum
eingesetzt werden könnte.
1.10. Forschungsziele
Das Hauptziel dieses Projektes ist das Protein Alanin Razemase von verschiedenen Bakterien
zu
isolieren,
klonieren
und
zu
reinigen,
um
die
Proteinstruktur
mittels
Röntgenkristallographie zu analysieren. Im Durchschnitt, variiert die Primärstruktur der
Razemasen bei verschiedenen Bakterien bis zu 60 Prozent. Ein Vergleich der Proteinstruktur
der unterschiedlichen Razemasen kann einen Aufschluss über das aktive Zentrum geben.
Informationen über die Lokalisation und Eigenschaften des aktiven Zentrums sind
notwendig, um einen effektiven Inhibitor des Enzyms zu synthetisieren. Da menschliche
Zellen kein D-Alanin benötigen, wäre ein effektiver Inhibitor des Enzyms als neues und
potentes Antibiotikum gegen grampositive und gramnegative Bakterien geeignet.
Bei dieser Arbeit wurden Alanin Razemase Gene des grampositiven Bakteriums
Staphylococcus aureus extrahiert und kloniert. Anschlieβend wurden die Alanin Razemase
Gene in ein Überexprimierungssystem transformiert. Die exprimierten Proteine wurden
gereinigt und zur weiteren Analyse an die Kristallographie übergeben.
23
Abbildung 1-9.
Alanin Razemase von Bacillus stearothermophilus.
Ein computergeneriertes 3D-Modell mit Alpha-Helix und BetaFaltblatt des Enzyms
(http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/1bd0/tracel.html,
9. Mai, 2002)
24
2. METHODIK UND MATERIALIEN
2.1. DNA Extraktion
Staphylococcus aureus wurde von einer einzelnen Kolonie aufgepickt und über Nacht in mit
2 mL LB-Medium (Luria-Bertani-Medium) gefüllten Reagenzgläsern angewachsen. Am
nächsten Tag wurden die Proben in Eppendorf Röhrchen umgefüllt, und 3 Minuten lang bei
14.000 Upm in einer Eppendorf Zentrifuge zentrifugiert. Der Überstand wurde durch
Vakuum Absaugung entfernt und das Pellet am Röhrchenboden durch wirbelnde
Bewegungen in 200 µL Zellsuspensionslösung I resuspendiert. 20 µL kaltes Lysozym wurde
hinzugefügt und 2 Minuten bei Raumtemperatur belassen. Nachdem 10 µL von 10% SDS
(Sigma) und 200 µL von Zell-Lyselösung II hinzugefügt wurden, wurde die Mixtur 35
Minuten lang bei 37 0C inkubiert. 400 µL gepuffertes Phenol kam hinzu und die Mixtur
wurde wiederholt mit 1-minütigen Zwischenpausen gevortext. Die Lösung wurde dann 2
Minuten lang bei 14.000 Upm zentrifugiert und etwa 350 µL des RNA und DNA
beinhaltenden Überstandes wurde in ein frisches Eppendorf Röhrchen transferiert. Ein
Volumen einer Phenol-Trichloromethan (50:50) Lösung wurde addiert. Die Lösung wurde
gevortext und dann 2 Minuten bei 14.000 Upm zentrifugiert. Etwa 350 µL des Überstandes
wurde isoliert und 3 M Natrium Acetat (1/10 Volumen des Überstandes) und 100% Ethanol
(2-faches Volumen des Überstandes) wurden addiert. Die Lösung wurde gevortext und
anschliessend 10 Minuten bei 14.000 Upm zentrifugiert. 300 µL Ethanol wurden zum Pellet
addiert und die Lösung wurde gevortext und für weitere 10 Minuten bei 14.000 Upm
zentrifugiert. Der Überstand wurde verworfen und das Pellet durch wiederholte Invertierung
des Röhrchens in 500 µL Ethanol resuspendiert. Die Lösung wurde für 10 Minuten bei
14.000 Upm zentrifugiert und der Überstand wurde verworfen. Das Pellet wurde
luftgetrocknet und für den weiteren Gebrauch in TE-Puffer resuspendiert.
25
2.2. Speed Preparation
Eine Mikro-Pipette wurde verwendet, um 1,5 mL jeder einzelnen Übernacht-Kultur in ein
separates frisches Eppendorf Röhrchen zu transferieren. Die Röhrchen wurden für 2 Minuten
bei 14.000 Upm zentrifugiert und der Überstand wurde verworfen. 400 µL von Speed
Preparation Mix (SPM) und 400 µL PCI wurden unter einer Absaughaube zum Pellet addiert.
Das SPM beinhaltet Lithiumchlorid, EDTA, TRIS-Puffer (pH 8,0) und Tween Detergens.
Das PCI beinhaltet 25 Volumen Phenol, 24 Volumen Chloroform und 1 Volumen IsoamylAlkohol. Die Mixtur wurde gevortext und anschliessend 5 Minuten bei 14.000 Upm
zentrifugiert. 200 µL des Überstandes wurde in frische beschriftete Eppendorf Röhrchen
transferiert. 500 µL von 100% Ethanol wurde hinzugefügt und die Mixtur wurde
anschliessend gevortext und 5 Minuten bei 14.000 Upm zentrifugiert. Das überschüssige
Ethanol wurde verworfen und 200 µL von 70% Ethanol wurde zum Pellet addiert. Die
Eppendorf Röhrchen wurden gevortext und anschliessend 2 Minuten bei 14.000 Upm
zentrifugiert. Das Ethanol wurde Vakuum-entfernt, die Eppendorf Röhrchen wurden
luftgetrocknet und die Pellets wurden auf Eis belassen, bevor sie in 50 µL TE-Puffer
resuspendiert wurden.
2.3. Amplifikation der Alanin Razemase Gene durch
Polymerase-Kettenreaktion (PCR)
Für die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) wurde eine Konzentration von 100 nM
Oligonucleotid Primer verwendet. DNA Konzentration wurden durch UV- Spektroskopie bei
260 nm Wellenlänge bestimmt. Die PCR Mixtur enthielt 10 µL von 10X Puffer, 5 µL dNTPs,
2 µL von S. aureus DNA, 80 µL destilliertes Wasser und 1 µL Taq-Polymerase. Die Mixtur
wurde in zwei PCR Röhrchen mit jeweils 48 µL geteilt. 1 µL von Vorwärts-Primer und 1 µL
26
von Rückwärts-Primer wurden jeweils für jedes der zwei Alanin Razemase Gene (Salr1 and
Salr2) der PCR Mixtur beigefügt. Die PCR Maschine wurde eingestellt auf: 5 Minuten bei
96 0C gefolgt von 20 Zyklen mit 30 Sekunden bei 96 0C, 30 Sekunden bei 55 0C und 1
Sekunde bei 720 C. Der letzte Schritt wurde auf 5 Minuten bei 72 0C gestellt, und die
Lagerungstemperatur betrug 4 0C.
2.4. Chroma SpinTM
Chroma SpinTM wurde zur Entfernung von dNTPs und Oligonucleotid Kontaminanten von
kleiner als 100 Basen verwendet. Die Chroma SpinTM Säule wurde zwei Mal invertiert, um
die Gel Matrix zu resuspendieren. Das Ende der Säule wurde abgebrochen und die Säule
wurde oben auf ein 2 mL Mikro-Zentrifuge Röhrchen gesetzt. Die Säule wurde zusammen
mit dem Röhrchen 5 Minuten lang bei 700 x g zentrifugiert, um die Flüssigkeit von der
Matrix zu trennen. Das Mikro-Zentrifuge Röhrchen wurden verworfen und ein frisches
Sammelröhrchen wurde unter die Säule gelegt. Die DNA Probe wurde langsam in die Mitte
der Gel-Fläche getropft. Die Säule wurde zusammen mit dem Röhrchen 5 Minuten lang bei
700 x g zentrifugiert und das gereinigte DNA wurde gesammelt.
27
2.5. Klonierung
2.5.1. Restriktion von Alanin Razemase Gene
Eine Restriktionsenzym-Mixtur mit 12 µL von 10X Puffer Nummer 4, 60 µL destilliertes
Wasser, 1 µL XhoI, 1 µL BamHI und 1 µL BSA (100X) wurde vorbereitet. Jeweils 30 µL
dieser Mixtur wurde zu jeder der 20 µL Proben Salr1 DNA und Salr2 DNA hinzugefügt. Die
Proben wurden 3 Stunden bei 37 0C inkubiert. Mit Bezug auf die DNA Menge, wurden 0,1
Volumen 3 M Kalium Acetat (KAc) und 2,5 Volumen 100% Ethanol zu den Proben addiert.
Die Mixtur wurde 10 Minuten bei 14.000 Upm zentrifugiert, und das Pellet in 500 µL von
70% Ethanol resuspendiert. Bei gleicher Umdrehungszahl wurde dann 2 Minuten
zentrifugiert und das Pellet wurde in 10 µL destilliertem Wasser resuspendiert. Eine
Erhitzung auf 72 0C für 10 Minuten deaktivierte die Restriktionsenzyme. 1 µL Vektor-DNA
(pBS) wurde mit 12 µL Restriktionsenzym-Mixtur und 8 µL destilliertem Wasser gemischt.
Die Mixtur wurde 3 Stunden bei 37 0C inkubiert und anschliessend auf 72 0C für 25 Minuten
erhitzt, um die Restriktionsenzyme zu deaktivieren. Die DNA Proben und der Vektor wurden
dann auf Eis gelagert.
2.5.2. Ligation
10 µL der Proben, genannt Salr1 und Salr2, wurden jeweils gemischt mit 3 µL pBS Vektor,
1,5 µL von 10X DNA Ligase Puffer und 0,5 µL T4 DNA Ligase Puffer. Eine Kontroll-Mixtur
wurde vorbereitet, indem 10 µL destilliertes Wasser anstatt 10 µL der Proben benutzt wurde.
Die Mixturen wurden 30 Minuten bei Raumtemperatur inkubiert und bei 4 0C über Nacht
gelagert.
28
2.5.3. Transformation
Vor der Transformation wurden kompetente Zellen (DH5α) generiert. E. coli Zellen wurden
bis zur log-Phase gewachsen, was ungefähr bestimmt wurde durch einen Messwert von
0,3 – 0,5 Absorbierungseinheiten eines Spektrophotometer bei 600 nm. Die Zellen wurden
15 Minuten lang bei 4 0C zentrifugiert. Ein halbes Volumen TMF wurde benutzt, um das
Pellet zu resuspendieren. Die Zellen wurden 60 Minuten auf Eis gelegt und dann 15 Minuten
bei 4 0C zentrifugiert. Das Pellet wurde in 0,1 Volumen TMF resuspendiert. Zur Verdünnung
wurde genügend Glycerol hinzugefügt, bis eine End-Konzentration von 20% erreicht wurde.
Die Zellen wurden in Aliquote aufgeteilt und bei -80 0C gelagert.
150 µL kompetenter DH5α Zellen wurden zu den auf Eis gekühlten Röhrchen mit den DNA
Proben hinzugefügt. Die Zellproben wurden für 20 Minuten auf Eis gehalten. Dann wurde ein
Hitze Schock für 100 Sekunden bei 42 0C durchgeführt. 1 mL LB-Medium wurde
dazugemischt und für eine Stunde bei 37 0C inkubiert. 40 µL X-gal (50 µg/ml) wurde
gleichmäβig auf Ampicillin-LB-Platten verteilt. Jeweils 0,5 mL der LB-Brühen wurden auf
den vorbereiteten Platten verteilt und über Nacht bei 37 0C inkubiert. Für den weiteren
Gebrauch wurden diese Platten beschriftet und bei 4 0C im Kühlschrank gehalten.
2.5.4. Blau-Weiss-Screening
Weisse Kolonien, die nicht dicht von blauen oder weissen Satellit-Kolonien umgeben waren,
wurden mit sterilen Zahnstochern gepickt. Sterile Zangen wurden benutzt, um die
Zahnstocher in Reagenzgläser, die mit 3 mL LB-Medium und 1,5 µL Ampicillin (100 µg/ml)
gefüllt waren, zu platzieren. Die Reagenzgläser wurden beschriftet und für 2 Tage unter
Bewegung bei 30 0C inkubiert.
29
2.6. Agarose-Gelelektrophorese von Salr1 und Salr2
Die Agarose-Gelelektrophorese wurde mit 0,7% Agarose durchgeführt. 50 mL eines 1X TAE
Puffer wurde mit 0,35g Agarose gemischt und anschlieβend für zwei Mal 1,5 Minuten in
einer Mikrowelle bei höchster Stufe erhitzt. Die Mixtur wurde vorsichtig gerührt und es
wurde gewartet bis sich die Mixtur bei Raumtemperatur auf 50 0C abgekühlt hatte. Die
Mixtur wurde in einen 6 x 9 cm Plastikguss gegossen und ein Gel-Kamm wurde etwa 1 cm
unter dem oberen Ende des Gels platziert. Nach der Polymerisation wurde der Kamm entfernt
und die so entstandenen Taschen mit Puffer gespült. Das Gel wurde in eine mit Laufpuffer
gefüllte Elektrophoresekammer transferiert. 15 µL der DNA-Proben wurden mit 2 µL von
10X Farbmarkern gemischt. Die DNA-Proben und 10 µL einer 1 Kb DNA-Leiter wurden mit
einer Pipette jeweils in eine Tasche gespritzt. Eine konstante elektrische Spannung von 100
Volt wurde für ungefähr 45 Minuten auf das Gel angelegt. Das Gel wurde dann in
verdünntem Ethidiumbromid gewaschen. Nachdem das Gel einige Male mit destilliertem
Wasser gespült wurde, wurde ein Bild mit einer Eagle Eye  Kamera gemacht.
2.7. DNA-Sequenzierung
DNA-Sequenzierung wurde zum Vergleich der klonierten Genproben-Sequenz mit der
publizierten S. aureus Sequenz durchgeführt. Das Wizard Mini Prep Paket wurde
verwendet, um hochgereinigtes Plasmid-DNA für die DNA-Sequenzierung zu gewinnen. Der
Reinheitsgrad der DNA-Proben wurde durch UV-Spektroskopie bestimmt. 5 µL DNA wurde
mit 995 µL destilliertem Wasser in eine Küvette platziert. Das Spektrophotometer wurde mit
einer Leerprobe von 1 mL destilliertem Wasser kalibriert und auf eine Wellenlänge von
260 nm beziehungsweise 280 nm gestellt, um die optische Dichte (OD) der beiden DNAProben zu bestimmen. Die OD bei 260 nm wurde verwendet um die Konzentration von DNA
in der Probe zu messen.
30
Die Sequenzierungsreaktionen wurden an einer PCR Maschine durchgeführt. Jeweils ein
Volumen mit einer Menge von 500 ng DNA wurde in zwei PCR Röhrchen eingefüllt. Dazu
kamen 8 µL Reaktionsmixtur und 1 pmol/µL von jeweils Vorwärts-Primer und RückwärtsPrimer in jedes Röhrchen. Die Röhrchen wurden bis 20 µL mit destilliertem Wasser
aufgefüllt. Die PCR Maschine wurde eingestellt auf: 2 Minuten bei 96 0C gefolgt von 30
Zyklen mit 10 Sekunden bei 96 0C, 30 Sekunden bei 50 0C und 4 Sekunden bei 60 0C. Nach
der Beendigung wurden die Röhrchen auf 4 0C gehalten.
Vor dem Übertragen in frische Eppendorf Röhrchen, wurden die DNA-Proben kurz gedreht.
2 µL einer hohen Salzlösung und 50 µL von 100% Ethanol wurden addiert, und die Mixtur
wurde gevortext. Die Proben wurden 10 Minuten auf Eis gelegt und anschliessend 30
Minuten bei 14.000 Upm zentrifugiert. Der Überstand wurde mit einer Nadel abgesaugt und
250 µL von 70% Ethanol wurde addiert. Die DNA-Proben wurden kurz gevortext und 5
Minuten bei 14.000 Upm zentrifugiert. Der Überstand wurde vorsichtig mit einer frischen
Nadel abgesaugt. Um die DNA-Proben zu trocknen, wurden sie 30 Minuten in ein erhitztes
Speedvacuum gelegt. Die Proben wurden bis zum Lauf am ABI 3700 DNA-Sequenzierer im
Tiefkühlschrank gelagert.
2.8. Komplementation vom E. coli alr-Mutant
Die Plamide mit den klonierten Alanin Razemase Gene von S. aureus wurden in
E. coli alr-Mutant dadX- alrts (MB 1460) transformiert. E. coli (MB 1460) ist ein Alanin
Razemase defizienter Stamm, der generell bei 30 0C wächst. Bei 42 0C kann dieser
Bakterienstamm jedoch nicht überleben, aufgrund seiner Alanin Auxotrophie.
Vier LB-Platten mit Ampicillin und 10 µg/mL Thymin wurden vorbereitet. Auf zwei Platten
wurden als Kontrolle E. coli (MB 1460) ohne transformierte Plasmide verteilt, und auf den
anderen zwei Platten wurden E. coli (MB 1460) mit transformierte Plasmide verteilt. Jeweils
eine transformierte und eine nicht-transformierte Platte wurden bei 30 0C beziehungsweise
31
42 0C übernacht inkubiert. E. coli mit funktionsfähigen Alanin Razemase Gene würden bei
42 0C überleben.
2.9. IPTG induzierte Überexprimierung von Alanin
Razemase
5 µL des rekombinanten Expressions-Plasmid pET17b, der das Alanin Razemase PCRFragment trägt, wurde in E. coli BL21(DE3) transformiert. Die Zellen wurden auf einer LBPlatte mit Ampicillin verteilt und übernacht bei 37 0C inkubiert. Die resultierenden Kolonien
wurden in 5 mL einer Ampicillin-LB Brühe geimpft. Das Wachstum der Zellen wurde
anhand eines Spektrophotometers kontrolliert. Nachdem ein OD600 (optische Dichte bei 600
nm Wellenlänge) Wert von etwa 0,5 erreicht wurde, wurden die Zellen mit IPTG (1 mM
End-Konzentration) induziert. Rifampicin (150 µL/mL) wurde 30 Minuten nach der
Induktion hinzugefügt und die Zellen wurden danach 3 Stunden inkubiert. 100 µL der Probe
wurde in ein frisches Eppendorf Röhrchen übertragen und 2 Minuten bei 14.000 Upm
zentrifugiert. Das Pellet wurde in 30 µL SDS-PAGE Puffer resuspendiert, wovon dann 10 µL
auf ein SDS-PAGE Gel geladen wurde.
2.10. SDS-Polyacrylamid-Gelelektrophorese der Alanin
Razemase Proteine
Die Trenngel-Mischung bestand aus: 12 mL 30% Acrylamid/Bisacrylamid (37.5:1), 7,5 mL
1.5 M Tris-Puffer (pH 8,8), 300 µL 10% SDS und 9,975 mL distilliertes Wasser. Die
Mischung wurde gefiltert und mit einer Vakuum Flasche entgast. Etwa 225 µL von 10%
Ammoniumpersulfat (APS) und 15 µL Tetramethylethylendiamin (TEMED) wurden zur
Mischung gefügt. Ohne Bläschen zu erzeugen, wurde das Gel zügig mit Handschuhen
32
zwischen zwei abgedichtete Glasscheiben gegossen. Die Scheiben wurden durch einen
Abstandhalter (Spacer) auseinander gehalten, und sie mussten während des gesamten
Vorgangs sauber und fettfrei gehalten werden. Das Gel wurde mit etwas Butanol
überschichtet. Nach der Polymerisation des Gels wurde das Butanol vorsichtig ausgekippt.
Die Sammelgel-Mischung bestand aus: 1,25 mL 30% Acrylamid/Bisacrylamid (37.5:1),
2,5 mL 0.5 M Tris-Puffer (pH 6,8), 100 µL 10% SDS und 6 mL distilliertes Wasser. 75 µL
von 10% APS und 7,5 µL TEMED wurden zur Mischung gefügt. Das Sammelgel wurde
vorsichtig über das Trenngel gegossen und oben wurde ein spezieller Kamm eingesteckt. Die
Polymerisation des Gels dauerte mindestens eine Stunde.
100 µL der Protein-Probe wurde in ein frisches Eppendorf Röhrchen übertragen und
2 Minuten bei 14.000 Upm zentrifugiert. Um die Proteine zu denaturieren, wurde das Pellet
in 30 µL von 2X SDS-PAGE Puffer resuspendiert und dann für 10 Minuten auf 30 0C erhitzt.
Als Proteinstandard wurde ein Molekulargewichtsmarker (Life Technologies Inc.) verwendet.
Mit einer Pipette wurden 10 µL von jeder Probe und 15 µL Molekulargewichtsmarker in die
Taschen des Gels gefüllt. Bromphenolblau wurde zugesetzt und das Gel lief übernacht bei
80 Volt bis das Bromphenolblau das Gel durchlaufen hatte. Das Gel wurde aus der
Elektrophorese-Apparatur entfernt und anschliessend mit Coomassie-Brillant-Blau gefärbt.
Zum Trocknen wurde das Gel mit klarer Folie überdeckt und auf weisses Filterpapier gelegt.
Durch einen Scanner konnte dann ein Bild von dem getrockneten Gel gemacht werden.
33
3. ERGEBNISSE
Im ersten Schritt dieses Projektes wurden die Alanin Razemase Gene von Staphylococcus
aureus isoliert. S. aureus Bakterien wurden über Nacht in LB-Medium gewachsen und die
DNA durch Phenolextraktion und Ethanolpräzipitation isoliert. Bei der PCR wurden
Vorwärts-Primer und Rückwärts-Primer mit einer Länge von 20 beziehungsweise 22
Nucleotiden benutzt, um die zu amplifizierenden DNA-Abschnitte zu flankieren. Die PCR
Produkte wurden durch Agarose-Gelelektrophorese analysiert. Das Agarosegel (Abb. 3-1)
zeigt zwei Banden, die der Gröβe der Alanin Razemase Gene entsprechen: S. aureus Alanin
Razemase 1 (~1,0 kB) auf der linken Bande und S. aureus Alanin Razemase 2 (~1,1 kB) auf
der rechten Bande. Von hier an werden die beiden Gene als Salr1 und Salr2 bezeichnet. Es
konnte nicht bestimmt werden, welches der beiden Gene katabolisch oder biosynthetisch war.
Mittels Zentrifugation durch eine Chroma SpinTM Säule wurde die DNA gereinigt. Die Säule
entfernte dNTPs und Oligonucleotid Kontaminanten kleiner als 100 Basen von den DNA
Proben.
Im nächsten Schritt wurden die Alanin Razemase Gene in einen pBS Vektor geklont. Eine
Restriktion mit XhoI und BamHI wurde bei den DNA-Proben und pBS Vektor durchgeführt.
Die Fragmente wurden mit Ethanol präzipitiert und jeweils an einen Vektor gebunden. Die
Vektoren mit Fragment wurden in kompetente DH5α Zellen (MB 503) transformiert, welche
dann auf X-gal/Ampicillin LB-Platten verteilt und bei 37 0C inkubiert wurden. Der pBS
Vektor und das X-gal erlaubten ein Blau-Weiss Screening der transformierten Kolonien. Die
weissen Kolonien enthielten den Vektor mit dem Genfragment. Diese wurden dann gepickt
und übernacht in LB-Medium mit Ampicillin gewachsen. Die Zellen wurden lysiert, mit
Ethanol präzipitiert und mit Restriktionsendonukleasen geschnitten. Die richtige Gröβe des
Genfragmentes wurde durch Agarose-Gelelektrophorese gesichert.
Die Kolonien mit Vektor und richtigem Genfragment wurden nochmals gewachsen. Durch
das Wizard Mini Prep Paket konnte hoch gereinigtes Plasmid-DNA von diesen Zellen
gewonnen werden. Eine DNA-Sequenzierung des PCR Produktes folgte, um einen Vergleich
mit der S. aureus Genom Sequenz zu erstellen und eventuelle Mutationen oder Deletionen zu
34
finden. Abbildungen 3-2a bis 3-2c zeigen das Ergebnis der DNA-Sequenzierung des Alanin
Razemase Gens Salr2.
Die DNA-Sequenzierung des Alanin Razemase Gens Salr1 zeigte so viele Mutationen und
Deletionen im Vergleich zur publizierten S. aureus Genom Sequenz, dass sie an dieser Stelle
nicht mehr aufgeführt wurde. Nachfolgende Experimente zeigten auch, dass Salr1 nicht
funktionstüchtig war. Die Salr2 Sequenz war fast identisch (Veränderung von 1 Base) mit der
publizierten S. aureus Genom Sequenz. Obwohl der Ausdruck die Deletion einer Base zeigte,
schien dies entweder eine stille Mutation oder ein Fehler bei der Sequenzierung zu sein, da
die Funktionstüchtigkeit dieses Gens in den nachfolgenden Schritten gezeigt wurde.
Die Funktionstüchtigkeit dieses Gens wurde durch eine Komplementation von einem Alanin
Razemase defizienten E. coli Mutanten (MB1460) geprüft. Transformierte Zellen mit Salr2
konnten normal bei 30 0C und 42 0C wachsen. Die Kontrollgruppe zeigte kein Wachstum bei
42 0C. Abbildungen 3-3a und 3-3b zeigen die Komplementation auf vier Platten, wobei die
beiden Platten in Abbildungen 3-3b die Funktionstüchtigkeit von Salr2 zeigen. Sämtliche
Komplementationsversuche mit Salr1 waren erfolglos und das Projekt wurde ausschlieβlich
mit Salr2 fortgeführt.
Durch eine Restriktion wurde sowohl Salr2 vom pBS Vektor geschnitten als auch ein pET17
Expressionsvektor angeschnitten. Die Fragmente durchliefen ein Agarose Gel, wobei die
Banden von Salr2 (~1,1 kB), pBS Vektor (~3,0 kB) und pET17 Vektor (~3,0 kB) die
erwartete Gröβe zeigten (Abb. 3-4). Die DNA-Banden von Salr2 und pET17 Vektor wurden
aus dem Gel geschnitten, isoliert und für eine Ligation durch das Wizard Mini Prep Paket
aufgereinigt. Nach der Ligation wurde das fertige Plasmid zur Expression in einen TMFkompetenten E. coli-Stamm (BL21[DE3]) transformiert. Alle Bakterienstämme und Vektoren
sind in Tabelle 3-1 aufgelistet.
35
Agarose-Gelelektrophorese der Alanin Razemase Gene
Abbildung 3-1.
Eagle Eye Bild einer Agarose-Gelelektrophorese. Gezeigt sind die
PCR Produkte von Alanin Razemase in Staphylococcus aureus.
Auf der ersten Bahn befindet sich der Molekulargewichtsmarker. Die
Banden sind mit den entsprechenden DNA Gröβen links angegeben.
Die zweite Bahn zeigt eine Salr1 Bande auf 1,0 kb. Die dritte Bahn
zeigt eine Salr2 Bande auf 1,1 kb. Die kräftigen Banden unter 1,0 kb
repräsentieren DNA Rückstände der PCR.
36
DNA-Sequenzierung von Alanin Razemase
in Staphylococcus aureus
Abbildung 3-2a.
Staph-2U und Staph-1U zeigen die DNA Sequenz vom VorwärtsPrimer.
Staph-alr2 zeigt die publizierte S. aureus Genom Sequenz.
STPH-alr2 zeigt die kombinierte Sequenz von Vorwärts-Primer und
Rückwärts Primer.
37
Abbildung 3-2b.
Die Pfeile zeigen auf Veränderungen in der DNA Sequenz:
1) eine Basendeletion in der Sequenz,
2) ein Fehler beim Ausdruck; Verifizierung einer Adenin (A) Base am
Computerbildschirm.
38
Abbildung 3-2c.
Staph-2R und Staph-1R zeigen die DNA Sequenz vom RückwärtsPrimer.
Staph-alr2 zeigt die publizierte S. aureus Genom Sequenz.
STPH-alr2 zeigt die kombinierte Sequenz von Vorwärts-Primer und
Rückwärts-Primer. Ein Vergleich mit der publizierten S. aureus
Genom Sequenz zeigt eine 99% Übereinstimmung.
39
Komplementation von E. coli dadX- alrts Mutanten
Abbildung 3-3a.
Agarplatten mit D-Alanin auxotrophen E. coli dadX- alrts Mutanten
(MB1460) nach 16 Stunden Inkubation bei 30 0C und 42 0C. Bakterien
wuchsen nur bei 30 0C.
Abbildung 3-3b.
Agarplatten mit D-Alanin auxotrophen E. coli dadX- alrts Mutanten
(MB1460), die mit Salr2 transformiert wurden, nach 16 Stunden
Inkubation bei 30 0C und 42 0C. Bakterien wuchsen bei beiden
Temperaturen, so dass eine Funktionsfähigkeit des Gens gezeigt
werden konnte.
40
Agarose-Gelelektrophorese von Restriktionsprodukten
Abbildung 3-4.
Agarose-Gelelektrophorese
von
den
BamHI
und
XhoI
Restriktionsprodukten. Bahn MW zeigt den Molekulargewichtsmarker
mit entsprechenden DNA Gröβen. Bahn 1 und 2 zeigen das Salr2
Fragment bei ~1,1 kB und den pBS Vektor bei ~3 kB. Bahn 3, 4 und 5
zeigen den pET17 Expressions-Vektor bei ~3 kB. Die Salr2 und
pET17 Banden wurden aus dem Gel geschnitten, und dann isoliert und
für die Ligation aufgereinigt.
Tabelle 3-1. Verwendete Bakterienstämme und Vektoren
Stämme
und Vektoren
BL21(DE3)
Genotyp
Referenz
E. coli B F- dcm ompT hsdS(RB- MB-)gal λ (DE3)
-
ts
MB 1460
dadX , alr
MB 503
DH5α rec A+
Novagen, Madison, WI, USA
Labor Bestand
Labor Bestand
R
pBS
T7 Promoter, T3 Promoter, Ap
pET17b
T7lac Promoter kontrol. Expressions Vektor, ApR
41
Novagen, Madison, WI, USA
Novagen, Madison, WI, USA
Die Überexprimierung vom Alanin Razemase Gen Salr2 in E. coli Stamm BL21(DE3) war
erfolglos. Zahlreiche Überexprimierungen wurden vorgenommen, aber keines der
SDS-PAGE Gele zeigte einen bedeutsamen Unterschied der Proteinexpression zwischen
induzierten und nicht-induzierten Zellen. Alle SDS-PAGE Gele zeigten eine annähernd
gleiche Menge von Proteinen in allen Bahnen, so dass diese Gele verworfen werden mussten.
Um die Funktionsfähigkeit des E. coli Stammes BL21(DE3) zu verifizieren, wurde der
Versuch mit einem Alanin Razemase Gen von E. coli wiederholt. Dieses Gen wurde in einem
anderen Projekt dieses Labors erfolgreich isoliert und kloniert. Abbildung 3-5 zeigt ein
SDS-PAGE Gel einer erfolgreichen Überexprimierung des E. coli Alanin Razemase Gens.
Die Addition von IPTG zu E. coli BL21(DE3) induzierte die Expression der T7-RNA
Polymerase dieses Stammes, so dass durch den T7 Promoter des pET Vektors eine hohe
Transkriptionsrate von Salr2 erfolgte.
Durch die hohe Anzahl von mRNA erhöhte sich auch die Translationsrate der Alanin
Razemase. Rifampicin ist ein Antibiotikum, das die RNA Polymerase, aber nicht die T7RNA Polymerase inhibiert. Die Zugabe von Rifampicin reduzierte somit die Produktion von
anderen Proteinen, so dass der Hintergrund des SDS-PAGE Gels frei von anderen Proteinen
blieb. Die erfolgreiche Überexprimierung des E. coli Alanin Razemase Gens wurde auf
einem SDS-PAGE Gel verifiziert (Abb. 3-5).
IPTG induzierte Zellen zeigten eine dichte Proteinbande bei ~39 kDa, während nichtinduzierte Zellen eine relativ dünne Proteinbande auf ~39 kDa zeigten. Die Zellkulturen mit
der höchsten Überexprimierung (Kulturen der Bahn 10) wurden in 2 L von LB-Medium
gewachsen. Diese Zellen wurden mit IPTG induziert, bei 30 0C inkubiert und dann zur
weiteren Proteinanalyse einem anderen Labor übergeben.
Bei dieser Arbeit war die Überexprimierung von E. coli BL21(DE3) somit erfolgreich für
Alanin Razemase von E. coli, jedoch war sie nicht erfolgreich für Alanin Razemase von
S. aureus. Ein Jahr später wurde diese Arbeit im selben Labor mit der selben Methodik und
denselben Materialien von Dr. Ulrich Strych wiederholt. Dieses Mal war die
Überexprimierung von S. aureus Alanin Razemase erfolgreich.
42
IPTG Induzierte Überexprimierung von Alanin Razemase in E. coli
Abbildung 3-5.
Überexprimierung von Alanin Razemase in E. coli BL21(DE3).
Bahn 1: nicht-induzierte negative Kontrolle [BL21(DE3) ohne Salr2]
Bahn 2: induzierte negative Kontrolle [BL21(DE3) ohne Salr2]
Bahn 3: induzierte positive Kontrolle [BL21(DE3) mit pET17 + Gen,
das ein 20 kDa Protein produziert]
Bahn 4: nicht-induzierte positive Kontrolle [BL21(DE3) mit pET17 +
Gen, das ein 20 kDa Protein produziert]
Bahn 5, 7, 9, 11, 13, 15: BL21(DE3) mit Salr2 ohne IPTG Induktion,
nach 3 Stunden Inkubation
Bahn 6, 8, 10, 12, 14, 16: BL21(DE3) mit Salr2 nach 1 mM IPTG
Induktion, nach 3 Stunden Inkubation
Bahn MW: Molekulargewichtsmarker (Life Technologies Inc.)
Bahnen 5+6, 7+8, 9+10, 11+12, 13+14 und 15+16 kamen jeweils von
einer Kultur, wobei ein Teil induziert und ein Teil nicht induziert
wurde. Die Kultur auf Bahn 9+10 zeigt eine Bande mit bezeichnender
Überexprimierung auf ~39 kDa. Diese Kultur wurde für weitere
Protein Analysen verwendet.
43
4. DISKUSSION
Das Ziel des gesamten Projektes war die Isolation, Klonierung und Reinigung von Alanin
Razemase
von
verschieden
Bakterien.
Die
Proteinstrukturen
sollten
mittels
Röntgenkristallographie analysiert werden, um einen Alanin Razemase inhibierenden Stoff
zu entwickeln, welcher potenziell als neues Antibiotikum eingesetzt werden könnte. Bei
dieser Arbeit wurden Alanin Razemase Gene vom grampositiven Bakterium Staphylococcus
aureus extrahiert und kloniert. Anschliessend wurden die Alanin Razemase Gene in ein
Überexprimierungs-System transformiert. Die exprimierten Proteine wurden gereinigt und
zur weiteren Analyse an die Kristallographie gegeben.
Salr1 wurde erfolgreich von S. aureus isoliert durch Extraktion und PCR Amplifikation. Das
PCR entsprach der erwarteten Gröβe von etwa 1,0 kB. Das Gen wurde dann in einen pBS
Vektor geklont. Die Transformation des Plasmids (Vektor + Salr1) in kompetente DH5α
Zellen wurde erreicht. Darauf folgte ein Blau-Weiss-Screening der transformierten Zellen.
Anschlieβende Extraktion, Restriktion und Agarose-Gelelektrophorese verifizierten zwar die
richtige Gröβe des Gens, jedoch zeigte die DNA-Sequenzierung sehr viele Mutationen und
Deletionen. Auch alle Komplementationsversuche mit Salr1 im Alanin Razemase defizienten
E. coli Mutanten scheiterten. Kein funktionsfähiges Salr1 konnte produziert werden.
Salr2 wurde erfolgreich von S. aureus extrahiert und isoliert. Das Gen wurde mit PCR
amplifiziert. Das PCR Produkt entsprach der erwarteten Gröβe von etwa 1,1 kB. Ein pBS
Vektor wurde zum Klonen des Gens verwendet. Die Transformation des Plasmids
(Vektor + Salr2) in kompetenten DH5α Zellen wurde erreicht. Durch Blau-Weiss-Screening
konnten erfolgreich transformierte Zellen ausgewählt werden. Anschlieβende Extraktion,
Restriktion und Agarose-Gelelektrophorese verifizierten die richtige Gröβe des Gens.
Die DNA-Sequenzierung zeigte zwar eine mögliche Deletion, jedoch wurde die
Funktionsfähigkeit von Salr2 beim Komplementationsversuch im Alanin Razemase
defizienten E. coli Mutanten gezeigt. Zum Schluss war die Überexprimierung in E. coli des
Stammes BL21(DE3) erfolglos. Die Überexprimierung wurde viele Male wiederholt, aber
44
keines der SDS-PAGE Gele zeigte einen bedeutsamen Unterschied der Proteinexpression
zwischen induzierten und nicht-induzierten Zellen.
Ein möglicher Grund des Misserfolges könnte der ursprüngliche Primer gewesen sein, der für
die DNA Amplifikation verwendet wurde. Wie sich später herausstellte, bestand ein Fehler
am Primer. Bei der Bestellung des Primers fehlte eine Base an der Schnittstelle des Primers.
Da die Restriktions- und Ligationsversuche in den folgenden Schritten erfolgreich waren,
schien dies die Primer als Ursache des Misserfolges auszuschlieβen. Eine zweite Möglichkeit
des Defektes war die einzelne Basendeletion (Abb. 3-2). Die erfolgreiche Komplementation
von Salr2 im Alanin Razemase defizienten E. coli Mutanten zeigte jedoch die
Funktionsfähigkeit von Salr2. Es handelte sich möglicherweise um eine stille Mutation oder
einen Fehler des Sequenzierungscomputers. Als dritte Möglichkeit wurde postuliert, dass eine
zu hohe Konzentration von Alanin Razemase toxisch oder letal auf die Zellen wirken kann.
Dies würde erklären warum die Komplementation erfolgreich und die Überexprimierung
erfolglos war. Später wurde diese Arbeit jedoch auf exakte Weise erfolgreich wiederholt, was
auch diese Möglichkeit als Fehlerquelle ausschlieβt.
In nachfolgenden Arbeiten wurden Alanin Razemasen von Mykobakterien und Pseudomonas
aeruginosa erfolgreich geklont und exprimiert. Es gelang die Herstellung von
Proteinkristallen bei P. aeruginosa Alanin Razemase (Strych et al., 2000; Strych et al.,
2001). Nachkommende Arbeiten befassten sich mit der Strukturanalyse des Enzyms. Die
Ergebnisse wurden zum besseren Verständnis des Enzyms und Enzymmechnismus
verwendet, um einen potenziellen Inhibitor zu entwickeln. Als Inhibitor käme ein Analogon
der Aminosäure Alanin in Frage. Zum Beispiel ist Cycloserin ein D-Alanin Analogstoff, der
Alanin Razemase kompetitiv hemmt. Cycloserin ist jedoch höchst toxisch und kann nur unter
Bedenken verabreicht werden.
45
Da Alanin Razemase die Razemisierung zwischen L- und D-Alanin katalysiert, könnte ein
möglicher Inhibitor ein Alanin Analogon sein, das eine Resonanz zwischen L- und D-Form
bildet. Die -CH3 Gruppe von Alanin könnte durch eine -NH-R Gruppe ersetzt werden, wobei
die -R Gruppe zyklisch an die -NH2 Gruppe gebunden ist (Abb. 4-1). Theoretisch würde
dieses Molekül ein Alaninanalogon darstellen, welches eine L- und D-Resonanzform bildet.
Bei einer Entwicklung einer bakteriellen Resistenz könnte die -R Gruppe einfach modifiziert
werden.
Abbildung 4-1.
Theoretischer Inhibitor von Alanin Razemase.
Eine -NH-R Gruppe ist als Ringstruktur an die -NH2 Gruppe der
Aminosäure gebunden. Als L- und D-Resonanzform könnte dieses
Molekül sowohl ein L- als auch D-Alanin Analogon sein.
46
5. LITERATURVERZEICHNIS
1)
Ayliffe, G. A. J., Lowbury, E. J. L., Geddes, A. M., and J. D. Williams. Third
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http://www.bmb.leeds.ac.uk/mbiology/ug/ugteach/icu8/antibiotics/wall.html
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48
6. ZUSAMMENFASSUNG
Die Synthese der bakteriellen Zellwand benötigt D-Alanin, ein Isomer der im Menschen
natürlich vorkommenden Aminosäure L-Alanin. Die Razemisierung zwischen L-Alanin und
D-Alanin wird durch eine Gruppe von Enzymen, der Alanin Razemasen, katalysiert. Die
Entwicklung eines Inhibitors von Alanin Razemasen kann potentiell effektive Antibiotika
produzieren, da Alanin Razemasen zwar universell in allen Prokaryoten vorkommen, das
Vorkommen jedoch fast nur auf Prokaryoten beschränkt ist.
Die Alanin Razemase Gene von Staphylococcus aureus wurden durch PCR vervielfältigt, und
anschlieβend in Escherichia coli kloniert. Die DNA-Sequenzierung von einem Alanin
Razemase Gen zeigte eine fast identische Sequenz (Veränderung von einer Base) zum
bekannten S. aureus Genom. Die Aktivität des klonierten Genes wurde demonstriert anhand
einer Komplementation eines D-Alanin auxotrophen Escherichia coli Mutanten. Die
Überexprimierung des
Proteins
wurde
im
49
E.
coli BL21
System
durchgeführt.
7. CURRICULUM VITAE
Quoc - Bao Ha Ngoc
Merowingerstr. 151
50374 Erftstadt
Tel 02235 / 461368
E-mail: [email protected]
Karrierevorstellung
Niederlassung als Facharzt der Neurologie.
Bildungsgang
2010
Universität zu Köln
Medizinische Doktorprüfung
Promotion am 18. August 2010
Köln
2000 - 2010
Universität zu Köln
Studium Humanmedizin
Abschluss April 2010
Köln
2002 - 2003
University of Houston
Senior Honors Thesis in Biochemistry
Houston, USA
Prof. Dr. Michael Benedik
1993 - 1999
University of Houston
Bachelor of Science in Biochemistry
Honors in Major, Cum Laude
Houston, USA
1993 - 1999
University of Houston
Bachelor of Science in Psychology
Cum Laude
Houston, USA
1992 - 1993
Sharpstown High School Houston, USA
Abitur Abschluss (Highschool Diploma)
Notenschnitt: 1,0
50
Berufserfahrung
1996 - 1998
privat
Houston, USA
Nachhilfelehrer
Biologie, Chemie, organische Chemie, Physik, Mathematik
(Calculus – Integral und Differential Mathematik)
1997 - 1998
Klavierlehrer
privat
Houston, USA
1994 - 1996
University of Houston
Houston, USA
University Tutor (Nachhilfe Lehrer)
Biologie, Chemie, organische Chemie, Physik, Mathematik
(Calculus – Integral und Differential Mathematik)
1994 - 1995
Cineplex Odeon
Houston, USA
Movie Theater
Kontrolle der Tickets und Sauberhaltung der Kinos
Famulatur und
Praktikum
Juni 2010
Universität zu Köln
Neurochirugie, Stereotaxie
Hospitation
Köln
April – July 2008
Universität zu Köln
Neurologie
Praktisches Jahr, Stationsarbeit, Ambulanz, Stroke Unit
Köln
Jan. – April 2008 Baylor College of Med.
Houston, USA
Surgery
Praktisches Jahr, Oncological Surgery, Pediatric Surgery, Vascular
Surgery
Aug. – Dez. 2007 UT Medical Branch
Galveston, USA
Internal Medicine
Praktisches Jahr, Rheumatology, Allergy and Immunology,
Infectious Diseases, General Internal Medicine
Sep. – Okt. 2006 Clinic for Internal Med.
Houston, USA
Famulant
Untersuchungen, Fallvorstellungen, Notfälle, Aufnahmen
51
Famulatur und
Praktikum
(Fortsetzung)
März – April 2005 Clinic for Pediatrics
Houston, USA
Famulant
Untersuchung von Patienten, Dokumentation, Fallvorstellung,
Impfungen
July – Dez. 1996
MD Anderson Cancer
Houston, USA
Clinic Aide - Volunteer
Patienten Versorgung, Kommunikation zwischen Patienten und
medizinischem Personal, Transport von Pharmaka und Blut
Mikrobiologische
Labor Erfahrung
1998 - 2000
University of Houston
Undergraduate Senior Honors Thesis
PCR
FPLC
Elektrophorese
Spektrophotometer
Enzymatisches Essay
Überexpressions System
Transformation
Sequenzierung
Houston, USA
Sprachkenntnisse
Deutsch, Englisch, Vietnamesisch, Französisch, Latein
Interessen und
Aktivitäten
Mitglied: Psi Chi - National Honor Society in Psychology
(November 1998 - lebenslang)
Präsident und Gründer: Kappa Rho Omega - Asian Service
Fraternity (University of Houston, Januar 1996 – Dezember
1997)
Gründer und Mitglied: VSA - Vietnamese Student
Association (University of Houston, Januar 1995 – Dezember
1999)
Sport Manager: VSA - Vietnamese Student Association
(University of Houston, Winter Semester 1995 und Sommer
Semester 1999)
52
Hobbies und
Sonstiges
Tennis: 1. - 3. Platz in allen Universitätsturnieren (University of
Houston, Intramural Tournaments) von 1993 – 1998;
Bezirksliga - Verbandsliga für Tennis Medenspiele, Verband
Mittelrhein von 2000 - 2010
Tischtennis: 1. - 3. Platz in allen Universitätsturnieren
(University of Houston, Intramural Tournaments) von 1993 –
1998; ACUI (Texas, Louisiana, Oklahoma) Universitäts
Tischtennismannschaft 1995, 1998 und 1999
Klavier: Spiele regelmässig seit dem 6. Lebensjahr
Bowling: Silbermedaille Gewinner des ACUI Bowlingturniers
für Bundesstaaten Texas, Louisiana und Oklahoma im Februar
2000
Tae-Kwon-Do: Silbermedaille Gewinner des Kim’s
Wanderpokal, Düsseldorf 1992
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