SRS

Biologische Datenbanken
Ulrike Wittig
Einteilung der Datenbanken




Klassifizierung der Datenbanken
entsprechend des Inhaltes
viele verschiedene sehr spezielle
Datenbanken
Verknüpfungen zwischen den meisten
Datenbanken
fast ausschließlich in englischer Sprache
Verknüpfung der Datenbanken
Stoffwechseldatenbanken
Enzymdatenbanken
Literaturdatenbanken
Proteindatenbanken
Genomdatenbanken
Chemische Datenbanken
Genomdatenbanken



Nukleinsäuresequenzen
Komplette Erbinformation eines
Organismus
Funktionen der Gene
Genomdatenbanken



GenBank
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
EMBL Database http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html
DDBJ - DataBank of Japan http://www.ddbj.nig.ac.jp/
Zwischen diesen drei Datenbanken besteht eine internationale
Zusammenarbeit. Jede der drei Datenbanken sammelt weltweit Daten und
Änderungen und Neueinträge werden täglich ausgetauscht.
Proteindatenbanken






Informationen über Proteine
Funktionen und Eigenschaften der
Proteine
Proteinsequenzen
Struktur der Proteine (Aktive Zentren,
3D Struktur)
SWISS-PROT http://www.ebi.ac.uk/swissprot/index.html
PDB - Protein Data Bank
http://www.rcsb.org/pdb/
SwissProt
Enzymdatenbanken





Sequenzen und Eigenschaften von
Proteinen mit enzymatischer Activität
Informationen über Gene, die die
Enzyme codieren
Anwesenheit der Enzyme in
Stoffwechselwegen
ExPASy–ENZYME http://www.expasy.ch/enzyme/
BRENDA http://www.brenda.uni-koeln.de/
Stoffwechseldatenbanken



graphische Darstellung von
Stoffwechselwegen
Eigenschaften von Reaktionspartnern
(chemische Verbindungen, Enzyme,
Gene)
Beziehungen zwischen Genen,
Proteinen/Enzymen und Reaktionen
Stoffwechseldatenbanken


KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes and
Genomes http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html
EcoCyc /MetaCyc
http://ecocyc.pangeasystems.com/ecocyc/

ExPASy-Biochemical Pathways
http://expasy.proteome.org.au/cgi-bin/search-biochem-index
KEGG
Chemische Datenbanken

Eigenschaften von chemischen
Verbindungen
Struktur, Molekulargewicht etc.

Beilstein

ChemFinder

http://www.chemweb.com/databases/beilstein/
http://www.chemfinder.com/
Literaturdatenbanken



Informationen über wissenschaftliche
Literatur
Verknüpfung zu den original
Zeitschriften
Medline /PubMed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed
SRS


(Sequence Retrieval System)
Abfrage von mehreren Datenbanken
gleichzeitig möglich
SRS
http://srs6.ebi.ac.uk
SRS
BioBrowser


am EML entwickeltes Datenbanksystem
zur Analyse und Darstellung von
Stoffwechselwegen
Möglichkeit, komplexe Abfragen an die
Datenbank zu stellen
BioBrowser