Next-GeNeratioN-SequeNCiNG

Next-Generation-Sequencing
Seit kurzer Zeit ist unserem Jenaer Labor (Oncoscreen) eine
Next-Generation-Sequencing-Plattform auf Basis der Semiconductor-Sequencing-Technologie (Ion Torrent, Life Technologies)
im Einsatz und für erste Anwendungen verfügbar.
Bei der eingesetzten Technik wird eine Bibliothek der zu
sequenzierenden Nukleinsäuren generiert und anschließend
einzelne DNA-Moleküle unter Anwendung von Emulsions-PCR
monoklonal amplifiziert. Dabei werden mehrere hunderttausend Kopien eines jeden individuellen Moleküls erzeugt und an
mikroskopische Polymerpartikel gebunden. Die Sequenzierung
der DNA erfolgt auf Chips verschiedener Größen, die bis zu
12 Millionen Mikro-Reaktionsgefäße für die Polymerkügelchen
bereitstellen.
Charakterisierung epigenetischer Merkmale
Bei der Sequenzierung wird die DNA-Polymerisationsreaktion
mit Halbleitertechnik gekoppelt und so eine direkte Detektion
der Inkorporation einzelner Nukleotide über die Messung von
pH-Wert-Änderungen ermöglicht. Die Sequenzierdaten liegen
dadurch sofort digitalisiert vor und werden automatisiert mit
spezieller Software ausgewertet.
Mittels der Next-Generation-Sequencing-Technologie können
komplette Genome entschlüsselt oder spezifische DNA-Abschnitte
einer Tiefensequenzierung unterzogen werden. Darüber hinaus
ist die Technik zur Transkriptom-Sequenzierung sowie bei der
Charakterisierung epigenetischer Merkmale einsetzbar.
Aktuell ist die komplette Sequenzierung eines Genpanels aus
16 Cytochrom-P450-Genen als erste Applikation etabliert
worden. Die gezielte Tiefensequenzierung einer Reihe von
Somatische Mutationen
Genen, deren Mutationen bei verschiedenen Arten der
Durch den hohen Sequenzierdurchsatz von bis zu einer Milliarde
Leukämie eine Rolle spielen, befindet sich derzeit in der
Basenpaaren pro Sequenzierung ist in unserem Labor im Moment
Entwicklung. Selbstverständlich können wir jederzeit auf
die parallele Bearbeitung von bis zu 96 Proben möglich.
individuelle Kundenwünsche flexibel reagieren.
Abhängig von der gegebenen Fragestellung und Probenanzahl
sind 4-7 Werktage für einen Sequenzierlauf inklusive Auswertung der Daten möglich.
Je nach Applikation erlauben die verschiedenen Chipgrößen
eine skalierbare Sequenzierleistung, wodurch die Sequenziertiefe auf Wunsch mehr als Tausendfach betragen kann.
Damit sind wir in der Lage, neben vererbten EinzelnukleotidPolymorphismen auch somatische Mutationen aufzuspüren
oder Copy Number Variations (Deletionen oder Insertionen) zu
detektieren.
www.synlab.com
Ihr synla
bExperte:
Dr. Wolfga
ng Schwab
e
Oncoscree
n/synlab
Tel. 03641
507410
wolfgang.s
chwabe@s
ynlab.com