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CRISPR-Typisierung Mycobacterium tuberculosis Salmonella enterica serovar typhimurium Der CRISPR-Locus (Clustured Regularly Interspersed Short Palindromic Repeats) ist ein genetischer Marker und erlaubt die Identifizierung und Genotypisierung von pathogenen Bakterien. An der RIVM (Niederlande) wurde es unter dem Namen « Direct Repeat locus » in dem Tuberkulose auslösenden Bakterium M. tuberculosis charakterisiert (1), und zur Entwicklung der « spoligotyping » Technik genutzt, die in unserer «spoligotyping» Arbeit beschrieben ist (2). Nahezu alle Archeen und 60% der Bakterien besitzen CRISPR-Loci, die aus konservierten Sequenzregionen (den Repeats) and variablen Sequenzen (den Spacern) aufgebaut sind. Neben noch nicht ganz verstandenden physiologischen Prozessen spielt das CRISPR System eine Rolle bei der Abwehr von Phagen oder Plasmiden. CRISPR -Typisierung ermöglicht eine genaue taxonomische Charakterisierung von Bakterien, einschließlich interspezifische und bio-geographische Analyse klinischer Isolate, sowie molekularepidemiologische und populationsstrukturelle Studien. Das etablierte numerische Format (43 oder 68 Plex für Mycobacterium tuberculosis, 72 Plex für Salmonella enterica serovar typhimurium) ist für Vergleiche zwischen verschieden Laboren sehr gut angepasst (3). Vorteile oSensitiv, Spezifisch, Reproduzierbar oKosteneffizient, Robust, Praktisch oSchnell, Automatisiert, Hochdurchsatz oComputergestütztes Datenmanagement oNumerische Resultate, Datenbanken oEinarbeitung durch unsere Experten oOffene Plattform (Methodenentwicklung) oEinfache Detektion von SNP Anwendungen, Referenzen o« TB-SPOL» (Spoligotyping Mycobacterium tuberculosis complex (BMX-TB-43- BMX-TB-68 series) o« STM-CRISPOL » Salmonella enterica ser. Typhimurium (ref. BMX-SE-72 series) o« TB-SPRINT» (Spoligo-rif-inh-typing for MDR-TB) (ref. BMX-TB-59 series 1.Kamerbeek J, et al. (1997) Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology. J Clin Microbiol 35: 907-914. 2.Gomgnimbou M, et al. (2013) Tuberculosis-Spoligo-RifampinIsoniazid Typing”; an All-in-One assay technique for surveillance and control of multi-drug resistant tuberculosis on Luminex® devices. J Clin Microbiol, 51,11, 3527-3534 3.Fabre L, et al. (2012) CRISPR typing and subtyping for improved laboratory surveillance of Salmonella infections. PloS One 7,5, e36995. Institut de Génétique et Microbiologie Campus d’Orsay F-91405 Orsay-Cedex Tel : +33 (0) 1 69 15 46 48 Fax : +33 (0) 1 69 15 72 96 www.igmors.u-psud.fr DNA Extraktion (aus Proben oder Kulturen) PCR-Amplifikation eines oder vieler CRISPRs genomes CRISPRLokus Hybridisierung mit Microbeads, Detektion Magpix Numerische Resultate oder Luminex 200 Computergestütztes Datenmanagement
