Diapositive 1

CRISPR-Typisierung
Mycobacterium tuberculosis
Salmonella enterica serovar typhimurium
Der CRISPR-Locus (Clustured Regularly Interspersed Short Palindromic Repeats) ist ein genetischer Marker und erlaubt die
Identifizierung und Genotypisierung von pathogenen Bakterien. An der RIVM (Niederlande) wurde es unter dem Namen
« Direct Repeat locus » in dem Tuberkulose auslösenden Bakterium M. tuberculosis charakterisiert (1), und zur Entwicklung
der « spoligotyping » Technik genutzt, die in unserer «spoligotyping» Arbeit beschrieben ist (2). Nahezu alle Archeen und 60%
der Bakterien besitzen CRISPR-Loci, die aus konservierten Sequenzregionen (den Repeats) and variablen Sequenzen (den
Spacern) aufgebaut sind. Neben noch nicht ganz verstandenden physiologischen Prozessen spielt das CRISPR System eine
Rolle bei der Abwehr von Phagen oder Plasmiden. CRISPR -Typisierung ermöglicht eine genaue taxonomische
Charakterisierung von Bakterien, einschließlich interspezifische und bio-geographische Analyse klinischer Isolate, sowie
molekularepidemiologische und populationsstrukturelle Studien. Das etablierte numerische Format (43 oder 68 Plex für
Mycobacterium tuberculosis, 72 Plex für Salmonella enterica serovar typhimurium) ist für Vergleiche zwischen verschieden
Laboren sehr gut angepasst (3).
Vorteile
oSensitiv, Spezifisch, Reproduzierbar
oKosteneffizient, Robust, Praktisch
oSchnell, Automatisiert, Hochdurchsatz
oComputergestütztes Datenmanagement
oNumerische Resultate, Datenbanken
oEinarbeitung durch unsere Experten
oOffene Plattform (Methodenentwicklung)
oEinfache Detektion von SNP
Anwendungen, Referenzen
o« TB-SPOL» (Spoligotyping Mycobacterium tuberculosis
complex (BMX-TB-43- BMX-TB-68 series)
o« STM-CRISPOL » Salmonella enterica ser. Typhimurium
(ref. BMX-SE-72 series)
o« TB-SPRINT» (Spoligo-rif-inh-typing for MDR-TB) (ref.
BMX-TB-59 series
1.Kamerbeek J, et al. (1997) Simultaneous detection and strain
differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and
epidemiology. J Clin Microbiol 35: 907-914.
2.Gomgnimbou M, et al. (2013) Tuberculosis-Spoligo-RifampinIsoniazid Typing”; an All-in-One assay technique for surveillance and
control of multi-drug resistant tuberculosis on Luminex® devices. J
Clin Microbiol, 51,11, 3527-3534
3.Fabre L, et al. (2012) CRISPR typing and subtyping for improved
laboratory surveillance of Salmonella infections. PloS One 7,5,
e36995.
Institut de Génétique et Microbiologie
Campus d’Orsay
F-91405 Orsay-Cedex
Tel : +33 (0) 1 69 15 46 48
Fax : +33 (0) 1 69 15 72 96
www.igmors.u-psud.fr
DNA Extraktion
(aus Proben oder Kulturen)
PCR-Amplifikation eines oder vieler CRISPRs
genomes
CRISPRLokus
Hybridisierung mit Microbeads, Detektion
Magpix
Numerische
Resultate
oder
Luminex 200
Computergestütztes
Datenmanagement