Algorithmen auf Sequenzen Übungsblatt 3

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Institut für Informatik
Wintersemester 2016/17
Praktische Informatik und Bioinformatik
Prof. Dr. Caroline Friedel
Marie-Sophie Friedl
Michael Kluge
Algorithmen auf Sequenzen
Übungsblatt 3
Abgabetermin: Dienstag, 15.11.2016, 10 Uhr
(Via email an sophie.friedl@bio.ifi.lmu.de oder persönlich)
1. Aufgabe (AMSS):
Zeigen Sie, dass der Trick beim Durchsuchen der bereits konstruierten Folgen Ik , . . . , I1 beim AMSSAlgorithmus nötig ist, um eine lineare Laufzeit zu erreichen.
Konstruieren sie dazu für jede natürliche Zahl m ∈ N eine Folge der Länge n ≥ m (d.h. die Folge ist
mindestens m lang), so dass der Gesamtzeitbedarf für diese Suchoperationen bereits T (n) beträgt,
wobei T (n) = ω(n). T (n) ist dabei z.B. die Gesamtanzahl der inspizierten Teilfolgen Ij .
2. Aufgabe (Bäume):
Beweisen Sie, dass jeder gewurzelte Baum, der keinen Knoten mit genau einem Kind besitzt (mit
Ausnahme der Wurzel), höchstens so viele innere Knoten wie Blätter besitzt.
3. Aufgabe (Suffix-Bäume):
Stellen Sie für die Zeichenfolge t = baabba$ den zugehörigen Suffix-Baum mit Referenzen als Kantenmarkierungen dar und geben Sie die dazugehörige speicherplatzsparende Feld-Darstellung aus
der Vorlesung an (siehe Abschnitt 2.2.5 im Skript).
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