Working platform from STOFF-IDENT and - RISK-IDENT

STOFFIDENT
System
DAIOS
Workshop: STOFF-IDENT & openMASP
18. / 19.04.2013
Freising
[email protected]
Überblick
1. Plattform - Vorschau
2. openMASP (OM)
3. STOFF-IDENT(SI)
4. Plattform - Fazit
Folie 2
Plattform - Vorschau
Gesamtsystem in RISK-IDENT
Folie 3
Plattform
• Eclipse RCP
• bisher Rich
Application
• bereits modular
über Eclipse
Plugin-Struktur
• Stoffdatenbank
• Applikation
modular über
OSGi
• Eclipse RAP
• Externe
Schnittstellen,
Tools oder
Datenbanken
werden in OSGi
Modul verpackt
• Stoff-AnalyseDatenbank
• LW
• Reimplementier
ung
Folie 4
Plattform
• Eclipse RCP
• bisher Rich
Application
• bereits modular
über Eclipse
Plugin-Struktur
• Stoffdatenbank
• Applikation
modular über
OSGi
• Eclipse RAP
• Externe
Schnittstellen,
Tools oder
Datenbanken
werden in OSGi
Modul verpackt
• Stoff-AnalyseDatenbank
• LW
• Reimplementier
ung
Folie 5
Plattform
• Eclipse RCP
• bisher Rich
Application
• bereits modular
über Eclipse
Plugin-Struktur
• Stoffdatenbank
• Applikation
modular über
OSGi
• Eclipse RAP
• Externe
Schnittstellen,
Tools oder
Datenbanken
werden in OSGi
Modul verpackt
• Stoff-AnalyseDatenbank
• LW
• Reimplementier
ung
Folie 6
Plattform
• Eclipse RCP
• bisher Rich
Application
• bereits modular
über Eclipse
Plugin-Struktur
• Stoffdatenbank
• Applikation
modular über
OSGi
• Eclipse RAP
• Externe
Schnittstellen,
Tools oder
Datenbanken
werden in OSGi
Modul verpackt
• Stoff-AnalyseDatenbank
• LW
• Reimplementier
ung
Folie 7
openMASP
Stand der Entwicklung
Folie 8
openMASP
openMASP Server
Storage
openMASP
User Workspace
DB
Eclipse RAP
Analysis
Rich Client
Eclipse RCP
openMASP
Control Unit
External
Clients
Maltcms
Maltcms
External Tools
OSGi
» Softwareplattform für Softwarekomponenten
» Mehrere Versionen => gewachsen und gereift
» OSGi Alliance => Industriekonsortium
» Große Community mit verschiedenen Implementierungen
» Hauptsächlich im Java-Umfeld
VertragsVerantwortlicher,
stellt Vertrag bereit
Tür + strenger
Türsteher
VertragsVerantwortlicher,
stellt Vertrag bereit
Erfüllender
Vertragspartner
Tür + strenger
Türsteher
Erfüllender
Vertragspartner
VertragsVerantwortlicher,
stellt Vertrag bereit
Erfüllender
Vertragspartner
Tür + strenger
Türsteher
Erfüllender
Vertragspartner
VertragsVerantwortlicher,
stellt Vertrag bereit
Erfüllender
Vertragspartner
Mr. Will nicht
Unterschreiben
Erfüllender
Vertragspartner
Tür + strenger
Türsteher
Softwarekomponten in OSGi
» Komponenten sind eine Sammlung von Code
» Komponente kann Vertrag anbieten oder/und erfüllen
» OSGi ist also eine Plattform für einen Verbund an Vertragspartnern
» OSGi bietet eine Registry (Onlineportal) bereit
› Kennt alle Komponenten
› Vermittelt Komponenten untereinander
› Achtet auf Vertragsvereinbarungen
openMASP
openMASP Server
Storage
openMASP
User Workspace
DB
Eclipse RAP
Analysis
Rich Client
Eclipse RCP
openMASP
Control Unit
External
Clients
Maltcms
Maltcms
External Tools
STOFF-IDENT
Entwicklungsverlauf
Folie 17
Definition und Planung
UBA
DAIOS
Öffentlichkeitsarbeit
nach Projektende
• Datenumfang
• zu erfassende Eigenschaften
• Datenquellen
• Funktionsumfang
• Technologien
Vereinbarung über die
Lieferung von Daten aus
dem UBA-Datenbestand
auf der Basis der in REACH
erfassten Stoffe
• teilweises Re-Engineering von
DAIOS und Funktionserweiterung
• hinzufügen einer sozialen
Komponente für die Erfassung der
Expertenerfahrungen
• Vorstellung der Datenbank auf
Fachtagungen und in Fachzeitschrifen
• Workshop für Benutzer
• öffentlicher Zugang der
Datenbank
• Aktualisierung der Daten
durch das LfU
• Weiterbestehen der
Datenbank am LfU
2013
2012
RISK–
IDENT
2014
Prototyp 1
Prototyp 2
Prototyp 3
Finalisieren
 einfache Abfragen nach
Eigenschaften
 Daten einfügen
 nur REACH-Daten
 nur Projektmitglieder
 Reimplementierung auf Basis der
Erfahrungen des ersten Prototyps
 erweiterter Funktionsumfang und Daten
 flexible Architektur zu leichteren Erweiterung
 erweiterter Benutzerkreis (auf Anfrage)
 gemeinsame Plattform STOFF-IDENT
und DAIOS
 nochmals erweiterter Benutzerkreis
 Datenerweiterung
• feature freeze, keine neuen Funktionen
oder Eigenschaften
• Portierung auf Lifesystem
• Dokumentation (Benutzer, Administration)
Folie 18
1 Prototyp
» Realisiert als Studentenprojekt
» Diente als interne Diskussionsgrundlage
» Keine Weiterentwicklung
» Wichtige Erkenntnisse:
› Datenimport aus REACH
› Probleme mit REACH (Datenqualität)
Folie 19
2. Prototyp
» Konzipiert als Grundlage für Endprodukt
» Verwendete Technologie vergleichbar mit openMASP
» Technische Anforderungen Technologie (LfU):
› Bekannte Programmiersprache (vorzugsweise Java)
› Nur bekannte Frameworks (z.B. Spring)
› Relationale Datenbank (vorzugsweise Oracle)
› Warum immer Oracle?
» Anforderungen durch die Projektstruktur
› Kombination von STOFF-IDENT, openMASP und DAIOS
Folie 20
2. Prototyp
» Technologien
› Java serverseitig
› Spring Framework
› Diverse Apache-Bibliotheken
› Aber: aktuell keine relationale Datenbank
› mongoDB (Dokumenten basiert)
» Alle verwendeten Technologien sind frei verfügbar
› meist Apache-Lizenz
› kann sich in Zukunft noch ändern
Folie 21
Warum kein SQL?
» Structured Query Language
» Bei einigen Problemstellungen heute nicht mehr aktuell
» NoSQL
› Dokumenten basierte Datenbanken
› Graph Datenbanken
» Warum?
› Kein gezwungenes Schema
› erste Erfahrungen
Folie 22
Folie 23
Server
Client
Browser mit HTML
und JavaScript
STOFFIDENT
UI
Eclipse RAP
RTI
UI
Eclipse RAP
Controller
Module
STOFF-IDENT
Connector
Module
Kernel
Module
DAIOS
Connector
Module
…
Module
…
Module
Client
Webservice
SI
DAIOS
…
OSGi Container (Virgo)
Folie 24
Datenakquise
» REACH
› Crawler
› Selenium + Chrome/Firefox
› Problem: häufige Anpassungen notwendig
» chemacalize.org
› Rechtliche Fragestellungen
» Interne Berechnungen
Folie 25
Suspected Target Screening
» Nutzt aktuell Daten von STOFF-IDENT
» Externe Daten über einfach strukturierte Excel-Files
Einlesen
• Upload
• interne Datenstruktur
RTI
• Ermittlung RTI aus Knowns
• RTI der Targets ermitteln
logP
• logP Ermittlung aus RTI
• logP für Abgleich mit STOFF-IDENT
Folie 26
TODO
» interne Roadmap für 2. Prototyp (ca. August 2013)
» Roadmap 3. Prototyp aufgrund des Feedbacks aus dem Workshop
› Entwicklungskapazitäten bis ca. April 2013
› Hier vor Ort oder per Mail
› Veröffentlichung der Roadmap (Juni/Juli 2013)
Folie 27
Plattform - Vorschau
Gesamtsystem in RISK-IDENT
Folie 28
Folie 29
Verbindung über OSGi
SI UI
RTI UI
DAIOS UI
…
UI
Tools
Eclipse RAP
RTI
SI Query
…
Anyl.
Tools
Analysemodule
SI
DAIOS
…
Core
Tools
Kernkomponente
Folie 30
DANKE