Seminarvorbereitung „Aminosäuren und Proteine“ Die nachfolgenden Fragen beziehen sich auf den GK, nicht alle Lerninhalte wurden in der Vorlesung besprochen. Benutzen Sie zur Seminarvorbereitung auch Lehrbücher. Die Fragen dienen als Orientierung zur Vorbereitung auf die im Seminar festgelegten Schwerpunkte. 1. Beschreiben Sie die Grundstruktur (= gemeinsame Eigenschaften) der proteinogenen Aminosäuren! 2. Nennen Sie jeweils Beispiele für Aminosäuren mit Resten, die nachfolgende Eigenschaften haben: schwefelhaltig hydrophob, aliphatisch hydrophil, ungeladen hydrophil, negativ geladen hydrophil, positiv geladen. 3. Was ist eine Peptidbindung und wie verläuft die chemische Reaktion? 3.1 Warum ist die Drehbarkeit der Peptidbindung trotz Einfachbindung stark eingeschränkt? 4. Gegeben sind die beiden Tetrapeptide: 1. Glutamyl-Histidyl-Seryl-Leucin 2. Glutaminyl-Phenylalanyl-Methionyl-Valin pK-Werte der ionisierbarer Gruppen für Peptid A: endständige α-Carboxylgruppe: 2,3; endständige α-Aminogruppe: 9,5; -Carboxylgruppe des Glutamates: 4,2; HistidinSeitenkette: 6 4.1 Schreiben Sie die Strukturformel eines der Peptide auf! 4.3 Zeichnen Sie die Titrationskurve von Peptid A! Bei welchen pH-Werten zeigt dieses Peptid Puffereigenschaften? 4.4 In welchem Verhältnis liegen protoniertes und nicht-protoniertes Histidin bei pH 7,5 vor? 4.5 Berechnen Sie den isoelektrischen Punkt von Peptid A! 4.6 Welches der beiden Peptide ist hydrophiler? 5 5.1 5.4 Benennen und charakterisieren Sie die vier Strukturebenen von Proteinen! Welche Wechselwirkungen und Bindungen sind an der Stabilisierung der jeweiligen Strukturebene beteiligt? Welche Sekundärstrukturen sind Ihnen bekannt? Welche Bedeutung hat der „hydrophobe Effekt“ bei der Proteinfaltung und welche Aminosäuren sind beteiligt Definieren Sie die Begriffe Supersekundärstruktur und Domäne! 6 Was versteht man unter Proteindenaturierung? 6.1 Listen Sie einige denaturierende Agenzien und Beispiele für ihre Anwendung auf! 6.2 Äußern Sie sich zur Reversibilität dieses Vorganges! 7 Was besagt die Prionenhypothese? 5.2 5.3 (Die grau unterlegten Fragen werden aus Zeitgründen im Seminar für Zahnmedizinstudenten nicht im Detail besprochen) Auszug aus dem Gegenstandskatalog: 5 Aminosäuren, Peptide, Proteine 5.1 Aminosäuren 5.1.1 Klassifizierung 5.1.2 Eigenschaften 5.1.3 Beispiele 5.1.4 Reaktionen Aminogruppe: 5.2 5.2.1 Peptide Klassifizierung 5.2.2 Peptidbindung 5.2.3 Reaktionen 5.3 5.3.1 Proteine Klassifizierung, Aufbau 5.3.2 Eigenschaften 5.3.3 Strukturaufklärung L-Reihe (Fischer-Projektion, Stereoformel), - α-Aminogruppe, proteinogen - nicht proteinogen, essentiell - nicht essentiell, hydrophobe - hydrophile Reste Struktur in Abhängigkeit vom pH-Wert, (Ampholyte), isoelektrischer Punkt, saure, neutrale, basische Aminosäuren, Wanderungsrichtung im elektrischen Feld bei vorgegebenem pHWert, Verhalten an Ionenaustauschern, Puffereigenschaften, Redoxverhalten (Cystein - Cystin) die proteinogenen Aminosäuren, Ornithin, Citrullin, β-Alanin, Homocystein Bildung von Schiff’-schen Basen, Amiden, Carboxylgruppe: Bildung von Estern und Anhydriden, Amiden, Decarboxylierung, Disulfidbrücken, Nund O-Glykoside Aufbau, Di-, Tri-, Oligo- und Polypeptide, Erkennen der C- und Nterminalen Aminosäure, Sequenz, Erkennen der enthaltenen Aminosäuren bei vorgegebener Strukturformel Erkennen in vorgegebenen Verbindungen, Ladungsverteilung, partieller Doppelbindungscharakter, herabgesetzte Basizität des NAtoms Synthese durch Kondensation (Aktivierung der Carboxylgruppe), Hydrolyse unter dem Einfluss starker Säuren oder Basen einfache Proteine, zusammengesetzte Proteine (Glykoproteine, Metalloproteine, Proteine mit prosthetischen Gruppen, Lipoproteine), globuläre und fibrilläre Proteine, Primärstruktur (Sequenz), Sekundärstruktur (α-Helix, Faltblattstruktur), Tertiär- und Quartärstruktur (Definition, Bindungsarten zur Stabilisierung der Proteinstruktur), native und denaturierte Proteine, Domänen und Strukturmotive Ampholyte, Puffer, hydrophile/hydrophobeProteine, Beeinflussung der Löslichkeit (Temperatur, Salze, organische Lösungsmittel, pH-Wert), Denaturierung, Wanderung im elektrischen Feld, analytische und präparative Trennung nach Ladung, Molmasse, Affinität Hydrolyse, Bestimmung des N-Terminus, Prinzip der Sequenzierung