PowerPoint-Präsentation - Wissenschaftliche Informationsstelle
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Sach- und Patentrecherchen in Biowissenschaften und Pharmazie Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Und so erreichen Sie die Wissenschaftliche Informationsstelle : Friedrich-Schiller-Universität Jena Biologisch – Pharmazeutische Fakultät Lehrstuhl Bioinformatik Wissenschaftliche Informationsstelle Dr. Ina Weiß Ernst - Abbe –Platz 2 07743 Jena Tel. : 03641 / 949020 Fax : 03641 / 949022 E-Mail : [email protected] Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Inhalt • Sachrecherchen im Vergleich zu Patentrecherchen • Datenbanken für Recherchen in der Biologie, Medizin, Pharmazie und Molekularbiologie, Bioinformatik • Einige Beispiele • • • • • Datenbankspezifische Recherchestrategien Stichwortsuche in der Biologie Suche mit wissenschaftlichen Namen / Taxonomiedatenbanken Beispiel aus der Pharmazie: Recherche nach Omeprazol Ausgewählte Pharmadatenbanken bei STN International • Biosequenzsuche • Sequenzähnlichkeitssuche mit BLAST • BLAST in SciFinder • BLAST beim NCBI • BLAST bei STN International Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Einführung Such ich das Richtige falsch, muß ich das Suchen von denen lernen, die richtig suchen und sei es das Falsche. Finde dich nicht mit dem Gefundenen ab, die Wirklichkeit ist nie abgefunden. © Dr. phil. Manfred Hinrich, (*1926), deutscher Philosoph, Lehrer, Journalist, Kinderliederautor, Aphoristiker und Schriftsteller Den Vortrag finden Sie hier: http://pinguin.biologie.unijena.de/pub2/Vortrag19September2008.pdf Schwerpunkt : Besonderheiten bei Sachrecherchen in der Biologie, Molekularbiologie, Pharmazie… Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Sachgebietsrecherchen • Patentrecherchen schließen immer auch die Sachgebietsrecherchen mit ein! • Umgekehrt: Recherche zu einem Sachgebiet schließt auch die Frage ein: kann es dazu ein Patent geben? • Patentdaten teilweise in Literaturdatenbanken integriert / spezielle Patentdatenbanken Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Datenbanken für Recherchen in der Biologie, Medizin, Pharmazie, Molekularbiologie und Bioinformatik … für wissenschaftliche Recherchen reicht PubMed/Medline allein nicht… Datenbanken (u.a.) AIDISCTI ADISINSIGHT BIOSIS (Biological Abstracts) Biotechabs CABA (CAB Abstracts) Embase IMSPatents Napralert (NAural PRoducts ALERT) Phar (PHARmaprojects) SciFinder (CAPLus, Medline) Scisearch (Web of Science) Zoological Record Workshop 19. September 2008 Datenbanken im Uni-Netz Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Datenbankspezifische Recherchestrategien • Es gibt in den Datenbanken zum Teil unterschiedliche Regelungen für Maskierungen, Pluralformen, etc. • Beispiel: SciFinder Synonyme, alternative Schreibweisen, Pluralformen und Trunkierungen Workshop 19. September 2008 Synonyme cancer, neoplasm, carcinoma, tumor, carcinogenesis Alternative Wortformen freeze, froze, frozen, freezing Irreguläre Pluralformen woman, women mice, mouse, mouses CAS Standardabkürzungen oxidation, oxidn preparation, prep Amerikanische und britische Schreibweisen synthesize, synthesise color, colour Trunkierung bei bestimmten Wortstämmen Wörter mit mindestens 5 Buchstaben, die auf –tion enden: depletion = deple… Wörter mit der Nachsilbe (Suffix –able, -ed, - ing: solvable =solv… Wörter, die mit –e enden: game = gam… (daraus wird dann z.B. gamma) Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Die Stichwortsuche • Fachkenntnisse sind erforderlich • Fachbegriffe durch Synonyme ergänzen • Singular / Plural • docosahexaenoic acid, docosahexaenoic acids • Verwendung verschiedener Begriffe im britischen oder amerikanischen Englisch • cookie, candy, eggplant (AE), biscuit, sweets, aubergine (BE) • Vorrecherchen mit Artikeln, die das Thema betreffen: durch die Textanalyse ergeben sich dann neue Stichworte für die Recherche bzw. unterschiedliche Schreibweisen DHA in dairy products: micro algae oil or fish oil. Jiang, Yue. Shipin Gongye Keji (2006), 27(12), 191-192. Indexing -- Section 17-0 (Food and Feed Chemistry) Dairy products Microalgae (DHA in dairy products) Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Deutsche / englische Begriffe • Einige Begriffe werden auch in englischen Texten in Deutsch verwendet: • Zeitgeber(s), Aufwuchs • Patente • US 6794407 The regulation of circadian rhythms by signals from the environment is said to involve entrainment of the circadian rhythm. The environmental signals that affect entrainment have been termed zeitgebers, an example of which is the light-dark cycle. Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Stichwortsuche in der Biologie (1) Habicht, Falke Accipiter gentilis northern goshawk Hawk Habicht/Hühnerhabicht • Habichtsmotte • Hawk moth(s) Workshop 19. September 2008 • Kampfhubschrauber • Hawk Moth Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Stichwortsuche in der Biologie (2) Organismennamen • Umbenennungen möglich, z.B. Rötelmaus • bank vole / bank voles • Clethrionomys glareolus, jetzt Myodes glareolus Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Stichwortsuche in der Biologie (3) Beispiel Acetobacter • Einige AcetobacterArten sind in Gluconacetobacter umbenannt worden. • Es gibt aber auch eine Umbenennung in die Gattung Acidomonas. DSMZ=Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH Braunschweig Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Suche mit wissenschaftlichen Namen • Der sicherste Weg, nach Daten zum Organismus seiner Wahl zu recherchieren, ist die Recherche mit dem wissenschaftlichen Namen. • Wissenschaftliche Tier – bzw. Pflanzennamen kann man auch im Internet finden: • Tiernamen (Deutsch-Latein): http://www.das-tierlexikon.de • Botanische Namen: http://www.iwoe.de/cmarq/pflanzen.html • Bakterien-Nomenklatur: http://www.dsmz.de/microorganisms/bacterial_nomenclature.php Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Taxonomie-Datenbanken Taxonomie Browser beim NCBI (National Center for Biotechnology Information) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/ Die Datenbank „Taxonomy“ beim NCBI enthält alle Organismen, die mit mindestens 1 Nukleotid – oder Proteinsequenz in der Datenbank GenBank eingetragen sind. Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Besonderheiten im Bereich der Arzneimittel • Patentschutz 20 Jahre plus 5 Jahre für ergänzendes Schutzzertifikat • Laufzeit wird ausgeschöpft, da Umsätze bis zu 500.00 EURO pro Tag in Deutschland • Der Wettbewerbsdruck ist hoch (z.B. Omeprazol: 11 Generika bei Ablauf) • Zahlreiche Einsprüche bei Patentanmeldungen Omeprazol: Arzneistoff aus der Gruppe der Protonenpumpenhemmer (Benzimidazole). Er wird z.B. zur Behandlung von Geschwüren im Magen und Zwölffingerdarm eingesetzt. Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Suche nach Omeprazol reine Patentdatenbanken (2008) Ohne Patente (2008) 599 FILE EMBASE 256 FILE SCISEARCH 168 FILE MEDLINE 140 FILE BIOSIS 132 FILE HCAPLUS 51 FILE PASCAL 12 FILE CABA 8 FILE LIFESCI TOTAL 1366 Gesamt ohne doppelte Einträge: 874 Informationen zur gesuchten Verbindung findet man in einer Vielzahl von bibliographischen Datenbanken und Patentdatenbanken. Workshop 19. September 2008 334 FILE USPATFULL 201 FILE PCTFULL 174 FILE WPINDEX 79 FILE EPFULL 65 FILE USPAT2 63 FILE IFIPAT 53 FILE INPAFAMDB 46 FILE DGENE 44 FILE INPADOCDB 20 FILE WPIFV 10 FILE PCI 2 FILE GBFULL 1 FILE CASREACT 1 FILE FRFULL 1 FILE KOREAPAT 1 FILE PATDPAFULL TOTAL 1095 DUPLICATE IS NOT AVAILABLE IN 'DGENE, PCI'. ANSWERS FROM THESE FILES WILL BE CONSIDERED UNIQUE Gesamt: 934 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Suche in SciFinder (Webversion) Das Patent kann man sich hier seitenweise ansehen, Originaldokument ist zu groß. Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Pharmadatenbanken bei STN International Für die Suche nach klinischen Studien, pharmakokinetischen Daten zu Arzneimitteln… …unter anderem: • Pharmaprojects (PHAR) • ADISINSIGHT • ADISCTI Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Pharmaprojects (PHAR) • Ab 1980 • Informationen über neue pharmazeutische Produkte weltweit: vom 1. Teststadium bis hin zur Markteinführung oder Einstellung der Entwicklung. • Es werden keine Arzneimittel aus der Datenbank gelöscht: das ermöglicht sowohl einen historischen als auch aktuellen Überblick über die pharmazeutische Forschung. • Jedes Arzneimittelprofil ist mit detaillierten Angaben zu Firma und Therapieprofilen verknüpft. Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Beispielrecherche in PHAR => fil phar => s doxorubicin?/cn L1 53 DOXORUBICIN?/CN => e pharmacokinetic/FA E1 41936 GENE NAME/FA E2 41936 GN/FA E3 0 --> PHARMACOKINETIC/FA E4 1594 PHARMACOKINETIC INFORMATION/FA E5 41939 PHARMACOLOGICAL ACTIVITY CODE/FA E6 41939 PHCD/FA E7 1594 PHK/FA E8 11979 RN/FA Doxorubicin (RN 23214-92-8 )gehört **** END OF FIELD **** zu den Anthracyclinen und wird z.B. bei Leukämie eingesetzt. => s l1 and phk/FA 1594 PHK/FA L2 6 L1 AND PHK/FA Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Beispielrecherche in PHAR (2) L2 ANSWER 6 OF 6 PHAR COPYRIGHT 2008 Informa UK Ltd on STN PHK Model |Parameter |Values |Units =========================+================+================+========== Human (10-60 mg/m2 iv) |t1/2 |73.9 |hr -------------------------+----------------+----------------+---------Human (10-60 mg/m2 iv) |Vd |0.96 to 3.85 |l/m2 -------------------------+----------------+----------------+---------Human (10-60 mg/m2 iv) |Cl |8 to 152 |ml/hr/m2 -------------------------+----------------+----------------+---------Human (20 mg/m2 iv) |AUC |531.7 to 648.7 |microghr/m | | |l -------------------------+----------------+----------------+---------Human (20 mg/m2 iv) |Cmax |7.85 to 8.83 |microg/ml -------------------------+----------------+----------------+---------Human (20 mg/m2 iv) |Vd |2.6 to 2.84 |l/m2 -------------------------+----------------+----------------+---------Human (20 mg/m2 iv) |Cl |3.7 to 4.5 |ml/hr/m2 Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle ADISCTI • (Adis Clinical Trials Insight) • Enthält ab 1983 Nachweise zu den wichtigsten Artikeln aus über 2300 medizinischen und biomedizinischen Zeitschriften zu den Themen: • Arzneimittel, medikamentöse Behandlung, Nebenwirkungen und Pharma-Ökonomie. • Die Zusammenfassungen enthalten u.a. Tabellen zu den Nebenwirkungen, Ergebnisse, positive und negative Bewertungen und Texte einschließlich Angaben zum Zweck des Artikels, Anmerkungen der Autoren, Dosierungshinweise und Tabellen mit Ergebnissen. Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Beispielrecherche in ADISCTI => e doxorubicin, therapeutic use/CT 5 E1 E2 E3 E4 E5 170 DOXORUBICIN, PHARMACODYNAMICS/CT 145 DOXORUBICIN, PHARMACOKINETICS/CT 5264 --> DOXORUBICIN, THERAPEUTIC USE/CT 1 DOXORUBICIN/ETHIODIZED OIL/CT 1 DOXORUBICIN/ETHIODIZED OIL, THERAPEUTIC USE/CT => s e3 and eval.s>=86 5264 "DOXORUBICIN, THERAPEUTIC USE"/CT 2528 EVAL.S>=86 L7 13 "DOXORUBICIN, THERAPEUTIC USE"/CT AND EVAL.S>=86 => d l7 ti eval L7 ANSWER 1 OF 13 ADISCTI COPYRIGHT (C) 2008 Adis Data Information BV on STN TI Neoadjvuant vinorelbine-capecitabine versus docetaxel-doxorubicincyclophosphamide in early nonresponsive breast cancer: phase III randomized GeparTrio Trial. ADIS TITLE: Vinorelbine + capecitabine vs TAC: therapeutic use Early breast cancer Neoadjuvant treatment in patients who did not respond to initial TAC therapy EVAL Positive Features: Clear study aim; well defined patient selection criteria; group comparablity details provided; randomised treatment allocation; allocation concealed using central fax; variation controlled using drug combination comparison; primary and secondary endpoints clearly stated; results and adverse events well reported. Negative Features: No controls to reduce performance or ascertainment bias. ADIS Evaluation: 92 Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle ADISINSIGHT • Ab 1986 • Enthält die vollständigen Texte von Arzneimittelprofilen aus aktueller Forschung und Entwicklung der internationalen Pharmaindustrie. • Arzneimittel werden unmittelbar nach ihrem ersten Erscheinen in Laborberichten bis hin zur Markteinführung erfaßt. • Die einzelnen wissenschaftlichen und kommerziellen Entwicklungen eines Medikaments auf dem Wege zur Vermarktung werden evaluiert und erläutert. Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Biosequenzsuche • Seit mehr als zehn Jahren nimmt der Anteil der Biosequenzen gegenüber den “klassischen” chemischen Verbindungen exponenziell zu: CAS Registry enthält mehr als 37 Millionen organische und anorganische Substanzen und mehr als 60 Millionen Sequenzen! Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Biosequenzsuche bei STN International • Ausführliches Material: http://www.stn-international.de/archive/e_sem/ Biosequence_Searching_on_STN_071211.pdf • Biosequenzdatenbanken bei STN International • DGENE (Derwent Geneseq) • USGENE • PCTGEN • verschiedene Möglichkeiten der erweiterten Sequenzsuche mit speziellen Kommandos: • GETSEQ: für einfache Sequenzanfragen • GETSIM : für erweiterte Ähnlichkeits-/ Homologiesuche (basiert auf FastA-Algorithmus) • BLAST : für erweiterte Ähnlichkeits-/ Homologiesuche (basiert auf BLAST-Algorithmus Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle DGENE • Enthält Informationen zu Nukleinsäure – und Proteinsequenzen aus Patentanmeldungen und erteilten Patenten von 41 Patentämtern weltweit, ab 1981 • Mehr als die Hälfte der in DGENE vorhandenen Sequenzdaten sind in keiner anderen öffentlich zugängigen Sequenzdatenbank verfügbar! • Es sind alle Nukleotidsequenzen erfaßt, die eine Länge von mehr als 10 Basen aufweisen, alle Proteinsequenzen mit mehr als 4 Aminosäuren… Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle USGENE • Quelle für alle Biosequenzen aus Patentpublikationen, die vom U.S.P.T.O. (US-Patent- und Markenamt) seit 1982 veröffentlicht werden • Aktualisierung wöchentlich, Angaben innerhalb von 7 Tagen nach Publikation enthalten • Weitere biologische Daten (z.B. Organismusnamen und Eigenschaftstabellen) können in Recherchen einbezogen werden. • Sequenzrecherchen mit Textrecherchen kombinierbar, um das Rechercheergebnis zu präzisieren. Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle PCTGEN (World Patent Application Biosequences) • Enthält Informationen zu Nukleinsäure- und Proteinsequenzen aus Patentanmeldungen, die von Patentanmeldern auf elektronischem Wege bei der World Intellectual Property Organisation (WIPO) eingereicht wurden. • Ab 2001, wöchentliche Aktualisierung. Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Biosequenzsuche bei STN International Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Sequenzähnlichkeitssuche mit BLAST • Basic Local Alignment Search Tool • Bewährtes Sequenzähnlichkeitssuchprogramm • Mit BLAST können experimentell ermittelte DNAoder Protein-Sequenzen mit bereits in einer Datenbank vorhandenen Sequenzen verglichen werden • Dies erfolgt mit Hilfe des Smith-Waterman Algorithmus, einer mathematischen Theorie: Altschul, S.F. et al., Journal of Molecular Biology (1990), 215 (3), 403-410 PMID 2231712, DOI 10.1006/jmbi.1990.9999 Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Sequenzähnlichkeitssuche mit BLAST Als Ergebnis liefert das Programm eine Reihe lokaler Alignments, d.h. Gegenüberstellungen von Stücken der gesuchten Sequenz mit ähnlichen Stücken aus der Datenbank. Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle BLAST bei verschiedenen Anbietern • SciFinder • Von Chemical Abstract Service (CAS) • http://www.cas.org/ • NCBI • National Center for Biotechnology Information • http://www.ncbi.nlm.nih.gov • STN International • Ein Datenbankanbieter • http://www.stn-international.de/ Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle BLAST bei verschiedenen Anbietern • SciFinder • Von Chemical Abstract Service (CAS) • http://www.cas.org/ • NCBI SciFinder http://www.cas.org/support/scifi/howto/blast.html • National Center for Biotechnology Information BLAST-Recherchen sind derzeit nur mit der • http://www.ncbi.nlm.nih.gov Industrieversion von SciFinder möglich… • STN International • Ein Datenbankanbieter • http://www.stn-international.de/ Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle SciFinder: Suche nach Nukleotid- und Proteinsequenzen Der Button Explore Sequences führt zum Menü für die Sequenzsuche. Man wählt nun Similar Sequence aus ( Identify similar sequences using BLAST ) und damit kann die Sequenzsuche beginnen. Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle SciFinder BLAST Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle SciFinder BLAST Vorteil: Ausser Medline ist in SciFinder vor allem die Datenbank CAPlus verfügbar, diese beinhaltet auch Patentinformationen! Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle BLAST bei verschiedenen Anbietern • SciFinder • Von Chemical Abstract Service (CAS) • http://www.cas.org/ • NCBI • National Center for Biotechnology Information • http://www.ncbi.nlm.nih.gov • STN International • Ein Datenbankanbieter • http://www.stn-international.de/ Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle NCBI Blast http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle BLAST bei verschiedenen Anbietern • SciFinder • Von Chemical Abstract Service (CAS) • http://www.cas.org/ • NCBI • National Center for Biotechnology Information • http://www.ncbi.nlm.nih.gov • STN International • Ein Datenbankanbieter • http://www.stn-international.de/ Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle BLAST bei STN International • Über STN on the Web (mit Sequenzassistent) • Quick Reference Guide: http://www.cas.org/ASSETS/DC25158BF1454 BCFA13CB76C56C7E387/blast.pdf • Analog zu BLAST-Suche in SciFinder Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Beispielsuche BLAST mit STN Express Aufgabe: Suche nach Patenten mit Nukleotidsequenzen, die der Nukleotidsequenz von genetisch modifiziertem Mais ähnlich sind: RN 4177-79-9 WO0234943: METHOD OF QUANTIFYING GENETIC MODIFICATION AND STANDARD MOLECULE TO BE USED THEREIN Erfinder: HINO AKIHIRO (JP); MATSUOKA TAKESHI (JP); Anmelder: NAT FOOD RES (JP); ASAHI BREWERIES LTD (JP) Sequenz: 1 cctttaggat ttcagcatca gtggctacag cctgcatgct tcacggtgca 51 agcagccggc ccgcaaccgc ccgcaaatcc tctggccttt ccggaaccgt 101 ccgcattccc ggcgacaagt cgcccatctg caagcctttt tgtgtcaggg 151 gcatagaagg tgaagttgaa ggaagcggcg aagctggcaa cgctaccggt 201 ttctttgtcc caaatgtgga tgggggtgga gtagagggc Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle BLAST mit STN Express (2) Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle BLAST mit STN Express (3) Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle BLAST mit STN Express (4) L3 RN CN FS SQL NA NTE ANSWER 1 OF 1 REGISTRY COPYRIGHT 2008 ACS on STN 243856-66-8 REGISTRY PN: WO9946396 SEQID: 4 unclaimed DNA (9CI) (CA INDEX NAME) NUCLEIC ACID SEQUENCE 460 128 a 105 c 84 g 143 t doublestranded PATENT ANNOTATIONS (PNTE): Sequence |Patent Source |Reference =========+========== Petunia x|WO9946396 hybrida |unclaimed |SEQID 4 SEQ 1 51 101 151 201 251 301 351 401 451 gctgctctgt tgaacttaga agggacaact tcaagaatgg tcccaattcc ttgtttttgg ttgaaaaaag agcatcagtg caaccgcccg gacaagtcga ctgaggtata ttataaagat gtagtggaga cacaaattaa aatttccata atctaaaaaa attcaatttt gctacagcct caaatcctct Workshop 19. September 2008 tatcacttcg tgatacttta tcctagagga caacatggct aaccccaagt ctgaaaaatt tatgcaaaag gcatgcttca ggcctttccg tttcgtcctt ccattttgct tctatcgata caagggatac tcctaaatct cagcaaattc ttttgttcct cggtgcaagc gaaccgtccg ctctgtaatc gtggttttat agctgatctt aaacccttaa tcaagttttc tatgttggtt ttaggatttc agccggcccg cattcccggc Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Weiterführende Literatur • Nicola Gaedeke Biowissenschaftlich recherchieren Birkhäuser Verlag, 2007 ISBN 978-3-7643-8525-5 Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle Vielen Dank für Ihre Aufmerksamkeit! Die Bilder auf dieser Seite stammen von www.biolib.de. Workshop 19. September 2008 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biol.-Pharm. Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle
