BIOGRID2007BC

Miriam Böhm
Anne Weiland
• BioGRID:
Biological General Repository for Interaction
Datasets
• beinhaltet Interaktion zwischen Proteinen
Was sind Protein-Protein- Interaktionen?
• Protein-Protein-Interaktionen beziehen sich auf die Assoziation
von Proteinmolekülen und das Studium dieser Assoziationen
• die Interaktion zwischen Proteinen ist sehr wichtig für
biologische Funktionen
• beispielsweise wird ein Signal außerhalb der Zelle in die Zelle
über Protein-Protein-Wechselwirkungen der Signalmoleküle
weitergeleitet
• Bsp.: G-Proteine
• The Samuel Lunenfeld Research Institute of Mount Sinai
Hospital,Toronto
Link zu dieser Seite: http://www.mshri.on.ca/
• erste veröffentlichte Ausgabe im Juli 2002, zu der Zeit unter
dem Namen The GRID bekannt
• Protein Interaktionen, welche durch high-troughputVerfahren (HTP), wie two-hybrid oder
massenspektrometrisch in der Hefe Saccharomyces
cerevisiae entdeckt wurden
• ursprünglich für den Gebrauch im Labor gedacht um
Interaktionsdaten, die durch HTP gewonnen werden, zu
verwalten
• heute
sind weitere Spezies vertreten:
Caenorhabditis elegans
Drosophila melanogaster
Homo sapiens
Arabidopsis thaliana
Bos taurus
Canis familiaris
Danio rerio
Mus musculus
Rattus norvegicus
Schizosaccharomyces pombe
Takifugu rubripes
Xenopus laevis
• frei zugängliche Datenbank, Daten frei downloadbar als tabdelimited text-file oder im PSI-MI XML Format
http://thebiogrid.org/
Identifier, mit denen Proteininteraktionen in BioGRID
gesucht werden können:
HPRD ID:
05100
LocusID:
NM_006572
Entrez-Gene ID: 10672
SwissProt:
Q 14344
Uniprot:
Q 14344
PIR:
I57490
RefSeq:
NM_006572
MIM:
604406
HGNC:
4381
Wormbase:
Flybase ID:
RATMAP:
-
NCBI CDNA Accession
NCBI CDNA GI
NCBI Protein Accession
NCBI Protein GI
MGD
RGD
ZFIN
Trembl
SGD ID
NREF
PSI-MI XML Format
• PSI: Proteomics Standard Initiative
• MI: molecular interaction
• PSI beabsichtigt, einen gemeinschaftlichen
Standard für die Repräsentation von Daten in der
Proteomik zu definieren, um das Verständis, den
Vergleich und den Austausch der Daten zu
erleichtern
...
PSI-MI XML Version 2.5 vs. PSI-MI XML Version 1
Änderungen in den Bereichen:
• experiment Description
• interaction
• protein Interactor
• protein Participant
• interactor
• participant
• feature
• feature Range
• Administrative changes
mehr dazu unter dem Link: http://www.psidev.info/index.php?q=node/31
http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index
BioGRID Links
• Arabidopsis Information Resource
• BioPIXIE
• Database of Interacting Proteins
• Entrez-Gene
• Flybase
• Gene DB
• Gene Ontology
• Germ Online
• Hugo Gene Nomenclature Committee
• Human Protein Reference Database
• IntAct Project
• MIPS: MPact
• Molecular Interactions Database
• Mount Sinai Hospital
• Mouse Genome Informatics
• MySQL
• Osprey Network Visualization System
• PHP
• Proteomics Standards Initiative
• Pubmed
• Rat Genome Database
• RatMap
• Saccharomyces Genome Database
• Samuel Lunenfeld Research Institute
• Sun Microsystems
• Swiss-Prot / TrEMBL
• SystemsX
• The International Molecular Exchange
Consortium (IMEx)
• WormBase
• Zebrafish Information Network
Verwendung
• ermöglicht die Suche nach Interaktionen
eines Proteins/Gens mit anderen
• sehr spezielles Einsatzgebiet
• Protein/Gen sollte gut bekannt sein
• Verlinkung mit anderen Datenbanken
Ursprung der Daten
1) HTP-Verfahren
– hohe Anzahl von Interaktionen erkannt
– fehlerbehaftet
– Grundlage zur Weiterarbeit
2) aus der Primärliteratur
– oft wenige Interaktionen pro Publikation
– hohe Genauigkeit der Daten
Ursprung der Daten
• z.B. Proteindaten von Saccharomyces
cerevisiae
Datenquelle
Anzahl
Interaktionen
Anzahl
Proteine
Anzahl Quellen
HTP-PI
4478
12994
5
LC-PI
3099
19744
3132
Beispiel
• GNA13: codiert eine alpha-Untereinheit
eines menschlichen G-Proteins
www.thebiogrid.org
Ausblick
•
•
•
•
mehr Modellorganismen
artübergreifende Vorhersagen
BLAST-basierte Alignment-Suche
Vereinfachung der Installation lokaler
Versionen
• Regulation des Einlesens von LC Daten
• bessere Visualisierung
Quellen
- http://www.thebiogrid.org/
- http://psidev.sourceforge.net/mi/xml/doc/user/
- http://www.psidev.info/index.php?q=node/60
- http://www.informatik.unirostock.de/~lin/WinterSim2006/Talks/Kerrien.pdf
- http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index
- http://de.wikipedia.org/
- BioGRID: a general repository for interaction datasets, C. Stark et al.;
Nucleic Acids Res, 34 (Database issue): D535-9, 2005
- The GRID: the General Repository for Interaction Datasets.
Breitkreutz et al.; Genome Biol, 4 (3): R23, 2003