weiteren Informationen - Zentrum für Humangenetik Regensburg

Allgemeine Informationen zur Genpanel-Diagnostik bei Netzhautdystrophien
Ein klinisches Erkrankungsbild (einheitlich erscheinender Phänotyp) kann nicht selten durch Mutationen in
mehreren Gene verursacht werden, man spricht dann von genetischer Heterogenität. Gerade hereditäre
Netzhautdystrophien zeichnen sich durch eine hohe genetische Heterogenität (> 100 Gene) aus, was eine große
Herausforderung für die Identifizierung des genetischen Defekts bedeutet. Durch die Entwicklung der Next
Generation Sequencing (NGS) Technologie wird der Sequenzierungsprozess parallelisiert und erlaubt so eine
massive Zunahme des Datendurchsatzes, jedoch bei stark reduzierten Kosten pro Base. Damit ist es heute
möglich, viele Gene gleichzeitig zu untersuchen, was eine deutliche Steigerung der Mutationsfindungsrate und
damit des Informationsgehalts für die/den Patienten/in bedeutet.
Diagnostische Genpanels am Institut für Humangenetik (Stand Februar 2016):
Das Genpanel RD121 umfasst insgesamt 121 Gene, die ursächlich an der Entstehung von verschiedenen Formen
nicht-syndromaler Netzhautdystrophien beteiligt sind. Je nach klinischer Verdachtsdiagnose kann ein Set an Genen
bioinformatisch ausgewertet und medizinisch validiert werden, z. B.
Verdachtsdiagnose Retinitis pigmentosa (RP)
Anzahl der analysierten Gene: 76
Anzahl der analysierten Kilobasen (kb): 246
Verdachtsdiagnose Lebersche kongenitale Amaurose (LCA)
Anzahl der analysierten Gene: 25
Anzahl der analysierten Kilobasen (kb): 66
Verdachtsdiagnose Zapfen-/Zapfen-Stäbchen-Dystrophie (CD/CRD)
Anzahl der analysierten Gene: 35
Anzahl der analysierten Kilobasen (kb): 107
Verdachtsdiagnose Makuladystrophie (MD)
Anzahl der analysierten Gene: 17
Anzahl der analysierten Kilobasen (kb): 75
Methode und Qualitätsstandard
Bei der Genpanel-Diagnostik werden die kodierenden Exone einschließlich der konservierten intronischen Bereiche
von bis zu 121 Genen gleichzeitig auf krankheitsverursachende Mutationen hin untersucht. Die Diagnostik erfolgt
mittels Hybridisierungs-basierter Anreichung der kodierenden Sequenz und Hochdurchsatzsequenzierung (NGS)
im MiSeq (Illumina). Eine ausreichende diagnostische Qualität ist durch eine Sequenziertiefe von mehr als 30
Sequenzen pro Base (Minimum Coverage) in mindestens 98% der untersuchten Sequenzen festgelegt. Zur
medizinischen Validierung der identifizierten Sequenzveränderungen verwenden wir eine in-house entwickelte
Pipeline, die u. a. eigene Daten, Literatur, Bioinformatik und Frequenzdaten berücksichtigt.
Wichtiger Hinweis:
Während die Sequenzierung durch die Kettenabbruchmethode nach Sanger eine Leistung der gesetzlichen
Krankenkassen darstellt, ist dies für die neue NGS Technologie bislang nicht der Fall. Eine Kostenerstattung der
Genpanel-Diagnostik durch die Krankenkasse ist somit nur nach Genehmigung im Einzelfall möglich. Bitte
kontaktieren Sie uns (Hotline Tel. 0941-944 5410), falls Sie für Ihre Patienten eine Kostenaufstellung und eine
Vorlage eines Anschreibens an die Krankenkasse wünschen.