PRRS Virus Sequenzierung Projektbeschreibung

Projekt „PRRSV Sequenzierung“
Einleitung:
PRRS stellt nach wie vor eine sehr bedeutende Infektionskrankheit für Hauschweine dar.
Bei Neuinfektionen von zuvor PRRSV negativen Betrieben kommt es zum Teil zu massiven
Krankheitserscheinungen wie Aborte, Geburt lebensschwacher Ferkel, Probleme im
Saugferkelbereich mit Durchfällen, etc… bzw. zu Husten und Pneumonien in der
Ferkelaufzucht oder Mast. In manchen Betrieben fallen die respiratorischen sowie die
reproduktiven Symptome milder aus.
Der wirtschaftliche Schaden ist dennoch meistens groß, denn zu den Behandlungskosten
müssen noch die fehlenden Einnahmen durch verminderte Tierleistungen gezählt werden.
In der Zuchtstufe kommt es darüber hinaus zum Verlust eines Großteils der Kunden.
Vielen Betriebsleitern liegt daher sehr viel daran, eine Einschleppung des PRRS-Virus zu
verhindern. Trotzdem kommt es immer wieder zu Neueinträgen von PRRSV.
Oftmals ist es schwierig zu rekonstruieren, wo der Eintrag stattfand, was wiederum viel
Raum für Spekulationen offen lässt und die Motivation eine PRRSV-Sanierung anzustreben
minimiert.
Um mehr über die molekulare Epidemiologie des Erregers zu erfahren, der in
Oberösterreich PRRSV-Infektionen verursacht, wird nun das Projekt PRRSV-Sequenzierung
gestartet.
Zielsetzung:
Das PRRSV ist ein einsträngiges RNA-Virus aus der Familie der Arteriviridae. Das Virus
unterliegt einer langsamen, aber stetigen Veränderung. 1991 waren zwei PRRS-Virustypen
bekannt: Das Lelystad-Virus, welches in den Niederlanden isoliert wurde und den EU-Typ
repräsentiert und das VR 2332-Virus, das den nordamerikanischen (NA)-Typ darstellt.
Inzwischen betragen die genetischen Abweichungen von Feldisolaten zu diesen beiden
Typen zum Teil schon mehr als 20%.
Durch diese stetige genetische Änderung sind unzählige neue PRRS-Virusvarianten
entstanden, die die Diagnostik mittels molekulargenetischer Methode sehr kompliziert
macht.
Im Zuge des PRRSV Sequenzierungs-Projektes sollen nun PRRS-Stämme aus
Oberösterreich sequenziert und mittels phylogenetischer Auswertungen differenziert und
molekulargenetisch analysiert werden. Die Analyse soll die genetische Heterogenität der
Stämme zeigen:
i) Typ EU oder NA
ii) Feld- oder Impfstoffvariante
iii) in den unterschiedlichen Altersklassen
iv) innerhalb eines Betriebes
v) zwischen Betrieben
vi) ob die vorgefundenen Virenstämme regional zuordenbar, also „typisch
oberöstereichisch“ sind.
.
Dies kann Erkenntnisse über Virusausbreitung, diagnostische Lücken und Infektiosität
geben.
Ablauf:
TGD-Tierärzte entnehmen Proben für eine erste PRRSV-Differenzierung mittels real-time
RT-PCR, wenn sie den Verdacht einer akuten PRRSV Infektion haben.
Die Proben werden an die AGES IVET Mödling (Abteilung Molekularbiologie) geschickt.
Dort werden einmal pro Woche die Proben untersucht und befundet. Der einsendende
Tierarzt erhält einen Befund über das Resultat der PRRSV PCR.
Zusätzlich werden alle positiven Proben weiteren Untersuchungsschritten mit dem Ziel der
Sequenzierung unterzogen.
Die Ergebnisse der Sequenzierung inklusive einer phylogenetischen Bewertung werden alle
6 Monate an den OÖ. TGD übermittelt.
Wichtig ist, dass am Untersuchungsantrag der Vermerk „Projekt PRRSV-Sequenzierung“
angebracht wird, um diese Proben von den Routine TGD-OÖ Proben zu unterscheiden.
Der Tierhalter hat für die PRRSV-PCR Untersuchungen, die im Rahmen des Projektes an
der AGES Mödling durchgeführt werden, keinen Selbstbehalt zu bezahlen.
Untersuchungsstelle:
Abteilung Molekularbiologie, AGES IVET Mödling,
Robert KochGasse 17
2340 Mödling
Ansprechperson: Dr. Sandra Revilla-Fernández
Untersuchungsmaterial: Blut, Gewebe (Lunge, Abortmaterial, Lymphknoten)
Die Dauer der Virämie ist vom Alter und Immunstatus der Tiere abhängig. Adulte
Schweine haben eine kurze Virämiedauer (1-2 Wochen), bei Ferkeln in der Aufzucht kann
die Virämie etwa 3 bis 4 Wochen dauern.
Untersuchung: 1. PRRSV Differenzierung real-time RT-PCR
2.
3.
4.
5.
-> PRRS neg. -> Befund an TA
-> PRRS pos. -> Befund an TA und zusätzlich
EU/ NA spezifische ORF 5 – PCR: Vorbereitung für die
Sequenzierung, Auswertung der PCR
Sequenzierungsansatz
Auswertung der Sequenzen und Vergleich
Phylogenetische Analyse
Projektpartner: Die Fa. Labovet sowie das TGD-Labor Ried sind ebenso in das Projekt
eingebunden und leiten PRRSV-Isolate aus der Routinediagnostik an die AGES Mödling zur
Sequenzierung weiter.
Projektdauer: 1 Jahr (April 2012 bis April 2013)