Proteinsekretion bei Bakterien Die Zellhülle gramnegativer Bakterien setzt sich zusammen aus zwei Membranschichten, der zytoplasmatischen Membran und der äußeren Membran. Beide Membranen sind durch den periplasmatischen Raum getrennt. Ob diese beiden Membranen an bestimmten Stellen adhärieren ("Adhesion"-Stellen oder sog. "Bayer bridges") wird immer noch heiß debattiert. Auf alle Fälle muß ein Protein, das normalerweise in der äußeren Membran lokalisiert ist, zuerst die zytoplasmatische Membran passieren. Das Durchschleusen eines Proteins durch die zytoplasmatische Membran wird als "Translokation" bezeichnet. Im folgenden soll geschildert werden, wie sekretorische Proteine bei Escherichia coli zur Innenseite der Zytoplasmamembran dirigiert wird und welche Komponenten am Translokationsprozeß beteiligt sind. Einige Beispiele für die Lokalisation von Proteinen in Bakterien ist in der nachfolgenden Tabelle gegeben. Protein-Sortierung bei Bakterien Lokalisation Beispiele Cytoplasma Cytoplasmamembran Periplasma Äussere Membran Medium Medium Glycolyseenzyme alle Cytochrome alle MalE, Bla, APase GramOmpA, C, F GramHämolysin, IgA-Protease GramHydrolasen, viele andere Gram+ Ankerproteine: Cytoplasmamembran Murein Zellhülle Flagellum Lipoproteine Fn-BP, IgG-BP Autolysine Flagellin Translokation in Wirtszelle: tierische/pflanzliche Yop-Proteine Zellen Typ III Sekretion Bakterien Gram-/+ Gram+ Gram+ Gram-/+ Gram(pathogene) Die Sec-abhängige Proteinsekretion in Bakterien: Die Sec-abhängige Proteintranslokation durch die Cytoplasmamembran ist bei weitem die häufigste Weise auf die Pre-proteine durch die bakterielle CM geschleust werden. Das System besteht aus verschiedenen Komponenten (s. Tabelle): 2 mRNA SecA SecB (GroEL) N SP Schema der Sec-abhängigen Proteinsekretion SecA,B,D,E,F,G,Y COO- ATP Sec G A Y Por e +++ N ADP + Pi ∆p A ca 20 AS E Lep (Lsp) pro Translokationsschritt D G Y ++ + N E F CM PERIPLASMA Sec E,G,Y = Sec-Komponenten der bakteriellen Proteintranslakation Sec-Proteine Lokalisation / Funktion Größe SecA Cytoplasmatisch SecA hilft bei der löslich; Translokation des Pre-proteins 100 kD, 2-mer über die CM, unter Beteiligung des SecYEG Kanals SecB Cytoplasmatisch, Neu synthetisierte Proteine Löslich; werden von SecB zur Innenseite 17 kD; 4-mer der CM eskortiert; Chaperon SecE Membrankanal, Transportkanal 9 kD SecG Membrankanal, Transportkanal 11 kD SecY Membrankanal, Transportkanal 47 kD; mit 2 periplasmatische Domänen SecD/F Refaltung von Proteinen SignalRagt in das Spaltet Signalpeptid ab; peptidase I Periplasma; typische Spaltsequenz ist Ala(SP-I) verankert in CM X-Ala; min N-terminus Wenn Spaltsequenz fehlt bleibt das Protein in der CM stecken (eventuell Zelllyse, Zelltod) Faktoren, die an der Proteintranslokation über die Cytoplasmamembran beteiligt sind. 3 Genetische Analysen bei E. coli an ausgewählten exportierten Proteinen haben gezeigt, dass ein bestimmter Satz von sog. "Sec"-Proteinen ("Sec" steht für "Sekretion") eine entscheidende Rolle spielen. Die meisten Erkenntnisse wurde dabei mit dem Precursorprotein (preOmpA) gewonnen. SecB: Ein "Chaperone", das Proteine an die Membran hinführt SecB ist ein 17 kDa lösliches Protein, das als Tetramer vorliegt. Eine SecBnull-Mutation hemmt den Export folgender Proteine: a) Maltosebindeprotein (MBP), OmpF, Lambda-Rezeptor (LamB), OmpA, und PhoE. Die Mutation hat keinen Einfluß auf: alkalische Phosphatase, Lipoprotein, Robsebindeprotein, und ß-Laktamase. SecB ist nur für E. coli-Zellen wichtig, die auf reichem Medium wachsen. SecB erkennt die Signalsequenz und Regionen außerhalb der Signalsequenz des zu exportierenden Proteins. Sogar nichtsekretorische Proteine treten im Wechselwirkung mit SecB, wenn sie in einer nichtnativen Konformation sind (Randall, 1992). Die Spezifizität von SecB für exportierte Protein erklärt man sich durch die verringerte Faltungskinetik von signalsequenztragenden Proteinen (Hardy und Randall, 1991; MacIntyre et al., 1991). Die selektive Bindung von SecB an entstehende Precursors von MBP, LamB, OmpA, und OmpF konnte gezeigt werden (Kumamoto und Francetic, 1993). Die Funktion von SecB: SecB besitzt eine Antifaltungsaktivität ("chaperoning-activity"). In Abwesenheit von SecB haben bestimmte Precursorproteine eine Tendenz, rasch eine transportinkompetente Struktur anzunehmen (Collier und Bassford, 1989; Liu et al., 1989; Weiss et al., 1988). Bei dem Exoprotein PhoE hat die Bindung von SecB an prePhoE wenig Einfluß auf die Faltung, aber es verhindert damit die Aggregation des Precursors (Breuking et al., 1992). Im Gegensatz zu SecB ist der allgemeine Faltungsmodulator, GroEL, nicht spezifisch für exportierte Proteine. Nur der Export der ß-Laktamase wird von GroEL-Mutanten beeinflußt. Es hat sich herausgestellt, dass SecB und das eukaryontische Signal-recognition particle (SRP) miteinander konkurrieren. Man hat deshalb angenommen, dass SecB eine Signalerkennungsfunktion besitzt (Watanabe und Blobel, 1989). Neuere Arbeiten lassen vermuten, dass die Hauptfunktion von SecB darin besteht, dass es Precursorproteine an die Innenseite der Membran hinführt, an der die Translokation stattfindet (Swidersky et al., 1990; Hartl et al., 1990; de Cock und Tommassen, 1992). Wenn SecB den Kontakt zwischen Precursorprotein und Membran herstellt, dann trägt dies dazu bei, eine vorschnelle Faltung des Precursorproteins zu verhindern. SecA: Ein autoregulierter Targeting Factor SecA ist ein 102 kDa Protein; es ist in leicht abtrennbarer Form an die Innenseite der Cytoplasmamembran gebunden und es ist assoziiert mit Ribosomen (Oliver et al., 1990b, Review article). SecA-Mutanten sind letal und konditionale SecA-Mutanten weisen eine SecAAbhängigkeit für den Export aller periplasmatischer und äußerer Membranproteine auf. 4 SecA besitzt eine relativ niedrige ATPase-Aktivität, die durch Precursorproteine und Cytoplasmamembranvesikel stimuliert wird. Blockiert man die ATP-Bindestelle von SecA durch 8-azido-ATP oder Natriumazid, erlischt die Translokationsaktivität von SecA. SecA bindet an die Signalsequenz exportierter Proteine und tritt in Wechselwirkung mit dem in der Membran eingebetteten SecY-Protein (Hartl et al., 1990; Bieker-Brady und Silhavy, 1992). Saure Phospholipide tragen dazu bei, SecA an der Plasmamembran zu fixieren (Hendrick und Wickner, 1991; Ulbrandt et al., 1992). Die Konzentration von SecA wird durch die Proteinexportkapazität der Zelle reguliert. SecA wirkt dabei als ein autogener Repressor, der ATP-abhängig mit seiner eigenen mRNA interagiert (Schmidt et al., 1991; Dolan und Oliver, 1991). SecA erfüllt in der Zelle drei wesentliche Funktionen: 1. Es reguliert seine Synthese durch die ATP-abhängige RNAHelikaseaktivität (Koonin und Gorbalenya, 1992). 2. Es dirigiert die Precursorproteine an das SecY der Membran. Dabei übt es ähnlich wie SecB eine gewisse "Chaparoningfunktion" aus. Dies konnte dadurch gezeigt werden, dass ein SecA-Defekt durch GroE supprimiert werden kann (Ueguchi und Ito, 1992). 3. Es ist am Transfer eines Proteins durch die Cytoplasmamembran beteiligt, in dem es die Reversetranslokation hemmt (Schiebel et al., 1991). Eine funktionelle Kartierung des SecA-Proteins ergab Bindestellen für ATP, für Precursormoleküle, für die Membranen und mRNA. SecY: Eine Hauptkomponente der Translokationspore SecY ist ein 49 kDa Protein, das im Lipid bilayer der Cytoplasmamembran eingebettet ist. Es ist für den Export periplasmatischer und äußerer Membranproteine bei E. coli notwendig. Mutationen im SecY-Gen resultieren im temperatursensitiven Exportdefekt. Unter bestimmten in-vitro-Bedingungen ist SecY entbehrlich (Watanabe et al., 1990). Ein Modell seiner Membrantopographie postuliert 10 hydrophobe Transmembransegmente mit einem kurzen amino- und karboxyterminalen Bereich, die in das Cytoplasma ragen. Diese Art der Transmembranorientierung bei SecY läßt auf eine hydrophile Pore durch die Membran schließen, die die Translokation exportierter Proteine ermöglicht. Diese Translokations- porenbildende Funktion von SecY konnte vor allem untermauert werden durch selektive Quervernetzung einer translozierenden Polypeptidkette an SecY (Joly und Wickner, 1993). Die in das Cytoplasma hineinragenden Schleifen des Moleküls zusammen mit dem amino- und C-terminalen Peptiden sind an der Bindung des Precursorproteins beteiligt. Die Hinführung der Precursormoleküle an SecY wird durch SecA vermittelt, da es einige Evidenzien gibt für die Interaktion zwischen SecY und SecA. Ob SecY direkt mit der Signalsequenz in Wechselwirkung tritt, ist immer noch umstritten. Bestimmte SecY-Mutationen (PrlA-Mutationen) ermöglichen den Export von Proteinen, denen die Signalsequenz fehlt (Derman et al., 1993). Die Funktion der Signalsequenzen wird jedoch nicht eine Konsensussequenz vermittelt, sondern durch eine gemeinsame Tertiärstruktur (Bieker et al., 1990; Ito, 1990). 5 Es wird auch diskutiert, dass das Signalpeptid in der Lage ist, durch direkte Bindung an die Porenproteine SecY/SecE die Transmembrankanäle zu öffnen (Simon und Blobel, 1992). SecY und SecE-Protein werden meist gemeinsam gereinigt, so dass man eine funktionelle Interaktion vermutet. SecE: Das SecE-Gen wurde identifiziert durch Mutationen, die einen pleiotropen Defekt im Proteinexport und einen kältesensitiven Wachstumsdefekt aufwiesen (Riggs et al., 1988). SecE ist ein 13.6 kDa Protein, das in der Cytoplasmamembran über drei transmembrane Segmente integriert ist. Ein bestimmtes Transmembransegment scheint für die Aktivität von SecE ausreichend zu sein. Ähnlich wie bei SecY, so wird auch bei SecE angenommen, dass es mit der Signalsequenz interagiert. Es wird angenommen, dass SecE einen Schritt früher als SecY während des Proteinexports in Aktion tritt. SecD/SecF: Mutationen im SecB-Locus resultieren in einem schweren Proteinexportdefekt und in kältesensitivem Wachstum. Die beiden Gene SecD und SecE werden kotranskribiert, beide Gene kodieren für integrale Membranproteine mit großen periplasmatischen Domänen (Gardel et al., 1990). SecD und SecF interagieren auch mit SecY. Blockiert man SecD durch spezifische Antikörper, so kann z.B. MBP und OmpA nicht freigesetzt werden, was dann zu einer Akkumulation beider Proteine in der Zelle führt (Matsuyama et al., 1993). SecD und SecF interagieren vermutlich mit SecY. Energetisierung der Proteintranslokation Der Exportprozeß kann unterteilt werden in einzelne Schritte, von denen jeder Schritt eine individuelle Energieform benötigt. Die Membranbindung des Precursorproteins erfolgt in Abwesenheit von ATP. Die Translokation der ersten 40 bis 50 Aminosäuren, die zur Ausbildung einer Haarnadelstruktur führen, benötigt ATP aber kein PMF. Die Vervollständigung der Translokation erfordert weitere Schritte, die ATP-Hydrolyse und/oder PMF erfordern. SecA-vermittelte ATP-Hydrolyse ist nicht unmittelbar gekoppelt mit der Proteintranslokation. Die ATP-Hydrolyse durch SecA geht vermutlich einher mit der Dissoziation des Precursors von SecA, um weitere Translokation zu ermöglichen. Offene Fragen: 1. Die Translokationseffizienz bei in-vitro-Versuchen mit dem beschriebenen Sec-Komponenten ist niedrig; man vermutet, dass zusätzliche Komponenten eine Rolle spielen, die man allerdings erst noch finden muß. 2. SecY und SecE funktionieren nur im Zusammenwirken mit anderen Membranproteinen wie dem Ydr (Ito, 1992). 3. Bestimmte Precursorproteine werden in Membranvesikel transportiert in Abwesenheit von SecY (Watanabe et al., 1990). 4. Der Signalerkennungsvorgang ist wenig verstanden. Während SecA die positiven Ladungen der Signalsequenz erkennt (Akita et al., 1990), erkennt das eukaryontische SRP die hydrophobe Domäne. 5. E. coli besitzt ein Ribonukleoprotein, das Analogien zum SRP aufweist. Dieses Ribonukleoprotein ist jedoch noch wenig untersucht. 6 6. Die meisten Precursorproteine können posttranslational in E. coli transloziert werden. Es ist jedoch noch wenig untersucht, welche Komponenten des Exports mit dem naszierenden Precursormolekül in Wechselwirkung treten. Übersichtsartikel: "The Sec protein-translocation pathway" Hiroyuki Mori and Koreaki Ito Trends in Microbiology 2001, 9:494-500 Das bakterielle "signal recognition particle" (SRP) de Gier, J. W., Scotti, P. A., Saaf, A., Valent, Q. A., Kuhn, A., Luirink, J., and von Heijne, G. (1998). Differential use of the signal recognition particle translocase targeting pathway for inner membrane protein assembly in Escherichia coli. Proc Natl Acad Sci U S A 95, 14646-51. Assembly of several inner membrane proteins-leader peptidase (Lep), a Lep derivative (Lep-inv) that inserts with an inverted topology compared with the wild-type protein, the phage M13 procoat protein, and a procoat derivative (H1-procoat) with the hydrophobic core of the signal peptide replaced by a stretch from the first transmembrane segment in Lep-has been studied in vitro and in Escherichia coli strains that are conditional for the expression of either the 54 homologue (Ffh) or 4.5S RNA, which are the two components of the E. coli signal recognition particle (SRP), or SecE, an essential core component of the E. coli preprotein translocase. Membrane insertion has also been tested in a SecB null strain. Lep, Lep-inv, and H1-procoat require SRP for correct assembly into the inner membrane; in contrast, we find that wild-type procoat does not. Lep and, surprisingly, Lep-inv and H1-procoat fail to insert properly when SecE is depleted, whereas insertion of wild-type procoat is unaffected under these conditions. None of the proteins depend on SecB for assembly. These observations indicate that inner membrane proteins can assemble either by a mechanism in which SRP delivers the protein at the preprotein translocase or by what appears to be a direct integration into the lipid bilayer. The observed change in assembly mechanism when the hydrophobicity of the procoat signal peptide is increased demonstrates that the assembly of an inner membrane protein can be rerouted between different pathways. de Leeuw, E., Graham, B., Phillips, G. J., ten Hagen-Jongman, C. M., Oudega, B., and Luirink, J. (1999). Molecular characterization of Escherichia coli FtsE and FtsX. Mol Microbiol 31, 983-93. The genes ftsE and ftsX are organized in one operon together with ftsY. FtsY codes for the receptor of the signal recognition particle (SRP) that functions in targeting a subset of inner membrane proteins. We have found no indications for a structural relationship between FtsE/X and FtsY. Evidence is presented that FtsE and FtsX form a complex in the inner membrane that bears the characteristics of an ATP-binding cassette (ABC)-type transporter. FtsE is a hydrophilic nucleotide- binding protein that has a tendency to dimerize and associates with the inner membrane through an interaction with the integral membrane protein FtsX. An FtsE null mutant showed filamentous growth and 7 appeared viable on high salt medium only, indicating a role for FtsE in cell division and/or salt transport. 2. SRP- abhängige Sekretion in Bakterien (SRP-Pathway) 1. SRP: "signal recognition particle" ist ein RNA-Protein Komplex 2. bakterielles SRP-Protein ist homolog zum eukaryotischen SRP 54 3. Untersucht: E. coli + B. subtilis 4. bakterielles SRP setzt sich zusammen aus: Protein (Ffh) + RNA (4,5S RNA) 5. Funktion in E. coli: Einlagerung von CM-Proteinen, wie z.B. Signalpeptidase (Lep) Dirigiert Membranproteine zur Translocase (Protein-Transportpore) SecA unterstützt SRP de Gier et al. (1998). Differential use of the signal recognition particle translocase targeting pathway for inner membrane protein assembly in E. coli. PNAS 95, 14646-51. von Heijne, G. (1998). Life and death of a signal peptide. Nature 396, 111, 113. 8 SRP in E. coli Ffh (48 kDa ) N NG M Bindung an 4,5 S RN A C -GTPase -Bindung an FtsY (SRP Rezeptor) 4,5S RNA: 5' 3' -bindet an EF-G und 70 S Ribosom -bindet an Ffh Typ I, II, III, IV und V Proteinsekretion Die Sekretionssysteme kann man in 2 Gruppen eiteilen: a) die Sec-abhängigen und b) die Sec-unabhängingen A) Sec-abhängige Sekretionssysteme sind der Typ II und Typ V Mechanismus: Typ II (ca 12 unterschiedliche Proteine sind beteiligt): 1. Proteine werden an die Cytoplasmamembran hingeführt und 2. mittels der Sec-Maschinerie transloziert, prozessiert und schließlich sekretiert Beispiele für Typ II – Sekretion sind: Maltose-Bindeprotein, ß-Lactamase, Phosphatase und viele mehr werden in das Periplasma transloziert; Pullulanase bei Klebsiella wird über eine Pore der äusseren Membran weiter in das Medium sekretiert. Typ V: Autotransporter mit selbstprozessierender Protease (bei Gramnegativen Bakterien) Der erste Schritt, die Translokation durch die Cytoplasmamembran in das Periplasma erfolgt Sec-abhängig; 9 Der zweite Schritt, die Translokation durch die äussere Membran, erfolgt autokatalytisch unter Beteiligung der im Protein enthaltenen Proteaseaktivität. Beispiel: IgA-Protease bei Neisserien B) Sec-unabhängige Sekretionssysteme sind der Typ I, III (Mischfunktion) und Typ IV Mechanismus: Typ I: Sind ABC-Transporter, bei denen das Protein in einem Schritt durch die cytoplasmatische- und äussere Membran transportier werden Beispiel: Hemolysinsekretion bei E. coli und Serratia Typ III: Kontakt-abhängige Sekretion am Beispiel der Yop Sekretion bei Yersinien: Ein Teil der Sekretion erfordert TypII Sekretionskomponenten die eigentliche Translokation erfolgt über die Ausbildung eines Pilus-ähnlichen Sekretionsapparates der sowohl cytoplasmatische- und äussere Membran durchspannt und letztlich auch die Membran der Wirtszelle. Die Sekretion erfordert den Kontakt mit der Wirtszelle, wodurch die äussere Membranpore für den Proteintransport in die Wirtszelle geöffnet wird. Typ IV Hier handelt es sich um die Ausbildung eines Konjugations-ähnlichen Pilusapparates der die Bakterienzelle mit der Wirtszelle verbindet. Durch diese Konjugationsbrücke kann sowohl einzelsträngige DNA (wie z.B. Ti-Plasmid bei Agrobakterium tumefaciens) oder Proteine (z.B. Bordetella pertussis Toxin) vom Bakterium in die Wirtszelle übertragen werden. Table. Bacterial secretion systems and associated surface appendages Secretion system Prototype Type I a-Hemolysin Type II Type III Species Surface appendage Prototype Species E. coli –b - Pullulanase Klebsiella oxytoca Type IV pili Pseudomonas aeruginosa Yersinia outer proteins (Yops) Yersinia spp. Flagella Salmonella typhimurium Needle complex Salmonella typhimurium Type IV Pertussis toxin Bordetella pertussis Hrp pili Pseudomonas syringae T pilus Agrobacterium tumefaciens F pilus Escherichia coli 10 Type V a IgA1 protease Neisseria gonorrhoeae - - Chaperone/ P pili Escherichia coli P pili Escherichia coli usher pathway a Type V system includes the autotransporter family and a similar pathway that requires a single accessory factor (e.g. Serratia marcescens hemolysin ShlB). b indicates that no appendage has been identified in this system. From: The role of bacterial pili in protein and DNA translocation Ralf Koebnik. Trends in Microbiology 2001, 9:586-590 Typ I Proteinsekretion (am Beispiel von E. coli α -Hämolysin) N TolC OM HlyD CM HlyB N ADP ATP Das α-Hämolysin wird über einen sog. ABC-Transporter unter ATP-spaltung durch die beiden Membranen von E. coli und Serratia in das Medium sekretiert. Der Sec-Sekretionsapparat ist nicht beteiligt. Typ II Sekretionsapparat 11 PulD S Lsp PulC SecD-F, V E-O SecA ADP N ATP SecB C Die Pullunase von Klebsiella wird über das Sec-System in das Periplasma tranloziert und dann über eine äussere Membranpore (PulD) und unter Mitwirkung weiteren Pul-Proteine in das umgebende Medium sekretiert. Typ III Sekretionssystem 12 YscC YscD,F I-L O-U LcrD VirG YscN ADP ATP N Syc C Beim Typ III Bei diesem Sekretionssystem am Beispiel von Yersinia werden die Yop Proteine über einen Porenapparat der sich über die beiden bakteriellen Membranen und schließlich über die Wirtsmembran erstreckt in die Wirtszelle eingeschleust. Yop proteine und ihre Funktionen Alle 3 Yersinia Arten sind gegen die primären Immunabwehrsysteme resistent. Sie hemmen über das Typ III Sekretionssystem ihre eigene Phagozytoxe durch professionelle Phagozyten. Aus diesem Grund sind diese Pathogene während einer Infektion vorzugsweise extrazellulär. Typ III Sekretionssystem wird durch Kontakt mit einer eukaryotischen Zelle induziert. YopH YopE YpkA YopM Tyrosin phosphatase; ist für die Antiphagozytose verantwortlich Cytotoxin; Zerstörung von F-Aktin Ser-Thr-Kinase; wirkt zu einem späteren Stadium der Infektion Thrombin-Bindeprotein 13 YopK YopB YopJ/P Erhöht Translokation Porenbildende Translokase Induktion der Apoptose Weitere Typ III Sekretionssysteme: Pseudomonas aeruginosa ExoS und ExoT: ADP-Ribosyltransferase Shigella flexneri IpaA: bindet an Vinculin IpaB-D: binden an a5ß1-Integrin Pflanzenpathogene: Pseudomonas syringiae: Auslösung von Wirtsanworten (Elizitoren) Erwinia amylovora: Auslösung von Wirtsanworten (Elizitoren) Typ IV Am Beispiel des VirB-Systems von Agrobacterium tumefaciens VirB-System von Agrobacterium tumefaciens Bakterielle Kolonisierung Induktion der vir-Gene Bildung des T-DNA-TransferKomplexes T-DNA-Transport in Pfl.Zellen Integration in Pflanzengenom Expression von Onkogenen Folge: „crown gall“ Tumore 14 Das VirB-System Wird von 11 Genen codiert 10 davon substantiell für T-DNA-Transfer (VirB2-virB11). Substrat nicht nur ssDNA, sondern Proteine Drei funktionelle Gruppen von VirB Proteinen: Proteine die exozelluläre adhäsive Strukturen bilden Paarungskanalkomponenten CM-ATPasen VirB5 Chaperon? Piluskomponente? VirB1 Peptidoglycanlyse VirB1* Interaktion mit Wirt? 15 Mechanismus des DNA-Transfers 1. Kotransportierte Proteine Prozessieren die DNA am OriT 2. Transesterase initiiert und wird dann am 5' Ende der ssDNA gebunden 3. VirD2 Transesterase + DNA wird in Wirtszelle geschleust 4. VirD2 besitzt eine nukleäre Lokalisationssequenz ² Transport der DNA in den Kern (z.B. KKRKK motif) Typ VI DNA-Transfersystem ist also: Proteinsekretionsmaschinerie, die an einen "Piloten" gebundene ssDNA durch den Translokastionskanal schleust. Genetic transformation of HeLa cells by Agrobacterium Talya Kunik* et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol. 98, 1871-1876, 2001 http://www.pnas.org/cgi/reprint/98/4/1871 Agrobacterium tumefaciens is a soil phytopathogen that elicits neoplastic growths on the host plant species. In nature, however, Agrobacterium also may encounter organisms belonging to other kingdoms such as insects and animals that feed on the infected plants. Can Agrobacterium, then, also infect animal cells? Here, we report that Agrobacterium attaches to and genetically transforms several types of human cells. In stably transformed HeLa cells, the integration event occurred at the right border of the tumor-inducing plasmid's transferred-DNA (T-DNA), suggesting bona fide T-DNA transfer and lending support to the notion that Agrobacterium transforms human cells by a mechanism similar to that which it uses for transformation of plants cells. Collectively, our results suggest that Agrobacterium can transport its T-DNA to human cells and integrate it into their genome. Typ V The autotransporters, a family of secreted proteins from Gram-negative bacteria, possess an overall unifying structure comprising three functional domains: the amino-terminal leader sequence, the secreted mature protein (passenger domain) and a carboxy-terminal (-) domain that forms a -barrel pore to allow secretion of the passenger protein. Members of this family have been implicated as important or putative virulence factors in many Gram-negative pathogens. See review: The great escape: structure and function of the autotransporter proteins 16 Ian R. Hendersona, Fernando Navarro-Garciab and James P. NataroaA. Trends in Microbiology 1998, 6:370-378 The autotransporter secretion mechanism The autotransporter secretion system, as distinct from the mechanisms detailed above, was first described for the IgA1 proteases of Neisseria gonorrhoeae by Pohlner et al.16, who elegantly elucidated the fundamental mechanism. (The term `type IV secretion' has been proposed for the autotransporter proteins4. We favor the use of this term; however, autotransporter is a more descriptive designation and will be used throughout this review.) During secretion, the Iga polyprotein precursor is processed at both the amino- and carboxy-terminal ends. Export of this precursor through the inner membrane occurs via the Sec pathway and is coupled to the cleavage of a 27-amino-acid signal peptide at its amino terminus. Passage of the protein through the outer membrane is mediated by its carboxy-terminal domain; no energy coupling or accessory factors are known to be required for the translocation process. Pohlner et al. were the first to suggest that the carboxy-terminal portion of the Iga precursor could form an integral membrane structure similar to that of the general porins, comprising antiparallel -sheets arranged in a hypothetical -barrel conformation (see below). It is assumed that the signal-cleaved amino-terminal domain is then translocated through the -barrel pore to the bacterial cell surface, where the IgA1 protease uses its autocatalytic activity to cleave and release itself from the -barrel structure. 17 Autotransporter secretion. The autotransporter polyprotein is synthesized and exported through the cytoplasmic membrane via what is thought to be a Secdependent mechanism (depicted by gray ovals). The three domains of the polyprotein are shown: the leader sequence, the amino-terminal passenger domain and the carboxy-terminal ß-barrel-forming domain (-domain). The leader sequence is cleaved at the membrane by a signal peptidase, releasing the mature polyprotein into the periplasm. Once in the periplasm, the -domain of the protein inserts into the outer membrane to form a ß-barrel structure. After formation of the -barrel pore, the passenger domain is translocated to the cell surface through the pore. Once at the cell surface, several possibilities may occur: (1) the protein remains intact as a large polyprotein that has a carboxy-terminal membranebound domain and an amino-terminal domain extending into the environment; (2) the protein either gains autoproteolytic activity and cleaves itself or it is cleaved by an outer membrane protease, but in this case the passenger domain remains in contact with the cell surface via noncovalent interactions with the ßdomain; or (3) the passenger domain gains its autoproteolytic activity or is cleaved by an outer membrane protease and is released into the environment. 18 Topology of an autotransporter. The polyprotein precursors of the autotransporters share some similarities. In most cases, the polyprotein possesses a signal sequence that could target the protein to the Sec inner membrane secretion system. The passenger domains possess functional motifs, including the serine protease sites, Arg–Gly–Asp (RGD) motifs and P-loop motifs, which are assumed to play roles in the phenotypes and/or the biogenesis of these proteins. The -domain possesses an amphipathic -sheet structure, which is thought to allow formation of a 14-stranded ß-barrel structure within the outer membrane. The hydrophobic residues of these strands are projected into the hydrophobic lipid bilayer, while the hydrophilic side chains project into an aqueous environment in the center of the barrel, forming a pore. The strand shown is from TcfA of Bordetella pertussis. The carboxy-terminal stretches of the -domains possess a common motif and all end with three residues conforming to the motif (Y/V/I/F/W)-X-(F/W). The most common three-residue motif (YSF) is indicated. Verankerung von Proteinen in der Bakteriellen Membran (Lipoprotein) Lipoprotein 19 a) in der äusseren Membran (Braun'sches Lipoprotein) The structure of the lipid modification in the case of major outer membrane protein of E. coli was elucidated chemically in 1973. It was shown that Sulphydryl group of N-terminal Cysteine was modified with a diacylglyceryl group attached through a thioether linkage and the amino group was acylated with a fatty acid [1] (shown in figure). The acyl group composition was found to be same as that of membrane phospholipids [1] and therefore membrane phospholipids were suspected to be the lipid donors for the modification. In another important finding it was shown that the precursor for this outer membrane lipoprotein was actually a pre-protein with an N-terminal extension of 20 amino acids possessing the characteristics of a typical signal peptide [2]. Naturally, the interest in the biosynthesis of this lipoprotein started immediately. Firstly the origin of the lipid in the molecule was traced to phospholipids as suspected earlier [3]. Phosphatidylglycerol was shown to be specifically required for the initial modification of Cys of the lipoproteins with diacylglycerol, catalyzed by the enzyme phosphatidylglycerol-prolipoprotein diacylglyceryl transferase[4,5]. N-acylation was shown to be achieved with any of the phospholipids [4]. Discovery of Globomycin, a cyclic pentapeptide 20 antibiotic that specifically inhibited the maturation of lipoproteins led to the identification of a signal peptidase specific for lipoproteins [6]. This signal peptidase called signal peptidase II required diacylglyceryl modification prior to cleavage [7,8]. This meant that diacylglyceryl modification preceded cleavage of the signal peptide. The final modification i.e. after the cleavage of the signal peptide, fatty acylation of the amino group of the Nterminal diacylglyceryl modified Cys to form N-acyl diacylglyceryl Cysteine was subsequently identified [9,10]. The pathway [5] is shown in the figure below. The genes for these enzymes have been identified by Wu et. al. in a variety of bacteria and they are found to be highly conserved [11, 12]. Hantke, K. and Braun, V., Covalent binding of lipid to protein. Diglyceride and amide-linked fatty acid at the N-terminal end of the murein lipoprotein of the Eschericia coli outer membrane, Eur. J. Biochem., 34, 284, 1973. 21 Sankaran, K. and Wu, H. C. Lipid Modification of Bacterial Prolipoproteins, J. Biol. Chem., 269, 19701, 1994 Inukai, M., Takeuchi, M., Shimizu, K., and Arai, M., Mechanism of action of globomycin, J. Antibiot. (Tokyo), 31, 1203, 1978. Hussain, M., Ichihara, S., and Mizushima, S., Accumlation of glyceride containing precursor of the outer membrane lipoprotein in the cytoplasmic membrane of E.coli treated with globomycin, J. Biol. Chem., 255, 3707, 1980. Dev, I. K. and Ray, P. H., Rapid assay and purification of a unique signal peptidase that processes the prolipoprotein from E.coli, J. Biol. Chem., 259, 11114, 1984. Sankaran, K., Gupta, S. D. and Wu, H. C., Modification of Bacterial Lipoproteins, Methods in Enzymol. 250, 683, 1995. Qi, H-Y., Sankaran, K., Gan, K., and Wu, H. C., Structure-Function relationship of Bacterial Prolipoprotein Diacylglyceryl Transferase: Functionally significant Conserved Regions, J. Bacteriol, 177, 6820, 1995. Covalente Verknüpfung des Lipoproteins an das Peptidoglycan 22 Proteinsekretion Teil II Integrale Cytoplasmamembranproteine Integrale Membranproteine (IMP) weisen mehrere hochhydrophobe Sequenzbereiche auf, die mit 20 Aminosäurenresten lang genug sind, um die Cytoplasmamembran zu durchspannen. Diese Transmembransegmente verankern das Protein innerhalb des Lipidbilayers der Membran. Die Topographie des jeweiligen IMPs wird durch die Zahl der Transmembransegmente festgelegt. Bezüglich der Orientierung des Amino- und C-Terminus unterscheidet man Transorientierung und Cisorientierung. Bei der Transorientierung (Klasse I-IMP) ragt der Aminoterminus in das Cytoplasma und der C-Terminus in das Periplasma. Bei der Cisorientierung (Klasse II-IMP) ragen beide Enden in das Cytoplasma. Mechanistische Untersuchungen zur Integration von IMPs in die Cytoplasmamembran sind im allgemein sehr schwierig, da ein direkter Nachweis der korrekten Integration von IMPs in die bakterielle Cytoplasmamembran experimentell sehr aufwendig ist. Methodische Strategien, um die Topographie bakterieller IMPs zu untersuchen Ein integrales Membranprotein ist normalerweise geschützt durch proteindenaturierende Agentien wie z.B. NA2CO3 bei alkalischem pH oder gegenüber 0,1 NAOH. Die das Protein umgebende Phospholipide schützen das Protein vor diesen Agentien. 5- bis 6M-Harnstoff setzt peripher assoziierte Membranproteine frei. Lipideingebettete Proteine werden jedoch nicht freigesetzt. Um diese freizusetzen, muß man die Harnstoffkonzentration auf 9M erhöhen, dann werden sogar lipidverankerte Proteine herausgelöst. (Tatros et al., 1989) Die entsprechende Konzentration an Harnstoff muß allerdings für jedes individuelle Protein bestimmt werden. Bereiche, die aus der Membran herausragen, sind proteolytischem Abbau zugänglich. Auf diese Weise kann man auch feststellen, welche Bereiche nicht integral in der Membran verankert sind. (Werner et al., 1992). Den proteolytischen Ansatz kann man in vitro von beiden Seiten der Cytoplasmamembran durchführen, entweder mit "Right-side-out"Membranvesikeln oder "Inside-out"-Plasmamembranvesikeln. Topogene Sequenzen, die die Integration der Proteine in die Cytoplasmamembran festlegen Die Signale, die verantwortlich sind für die Insertion von IMPs werden als "topogene Sequenzen" bezeichnet. Sie liegen innerhalb und um die Transmembransegmente des Membranproteins. (Saier et al., 1989; Boyd und Beckwith, 1990; Dalbey, 1990) Es handelt sich um bestimmte Regionen, die die Initiation (Signalsequenzen) und die Termination (Stop-Transfersequenzen) einer translozierenden Polypeptidkette bestimmen. Eine Stop-Transfersequenz führt immer zu Verankerung der Polypeptidkette in die Lipidbilayerschicht. Eine Signalsequenz führt nur zur Verankerung, wenn sie nicht abgespalten wird (z.B. durch die Signalpeptidase I beim gleichzeitigen Fehlen einer 23 Prozessierungsstelle Ala-X-Ala). Die endgültige Topographie eines IMPs, dasdie Membran verschieden Male durchspannt, ergibt sich aus der Lage der alternierenden Sequenzen, die Signalanker- und Stop-Transfersequenzen darstellen. Die Signalankersequenz führt zum Einsetzen der Translokation und die Stop-Transferesequenz führt zum Anhalten des Translokationsprozesses. Die Sequenzen, die dazwischen liegen, ragen entweder in das cytoplasmatische Lumen oder in den periplasmatischen Raum. Die Funktionalität der topogenen Sequenzen bei integralen Membranproteinen kann man untersuchen, indem man bestimmte Reporterproteine an entsprechende Sequenzen fusioniert. Die Orientierung einer topogenen Sequenz innerhalb der Membran ist normalerweise dergestalt, dass positiv geladene Reste auf der Cis-Seite sind (der cytoplasmatischen Seite der Membran). Dies haben statistische Analysen der Verteilung geladener Aminosäuren innerhalb der Cis- und Trans-Schleifen von IMPs ergeben (sogenannte positive-inside Regel, von von Heijne 1986 aufgestellt). Dies wird vor allem auch durch die spaltbaren Signalsequenzen offensichtlich, wo der positiv geladene Aminoterminus im cytoplasmatischen Bereich verbleibt. (Puziss et al., 1989, Summers et al. 1989, Summers und Knowles 1989) Im allgemeinen kann man sagen, dass die Verteilung positiv geladener Gruppen um die Transmembransegmente die Orientierung festlegen. Vorausgehende positive Ladungen machen das anschließende Transmembransegment zu einer Signalsequenz, die entweder spaltbar oder integral sein kann. Anschließende Cluster von basischen Aminosäuren vermitteln eine Stop-Transferinformation an das vorausgehende Transmembransegment. Dies wurde experimentell festgelegt, indem man positiv geladene Aminosäuren vor und nach den Transmembransegmenten prokaryontischer Proteine einbaute. (Nilsson und von Heijne 1990L; Yamane et al. 1990) Besitzt ein Transmembransegment auf beiden Seiten positiv geladene Aminosäuren, dann bestimmt die am positivsten geladene Seite die Orientierung. Jene Seite, die die höhere positive Nettoladung aufweist, und die mehr Arginin- als Lysinreste enthält, ist auf der cytoplasmatischen Seite. Dies beinhaltet die sog. "Ladungs-Differenzregel", die von Hartmann et al. 1989, Nilsson und von Heijne 1990 und McGovern et al. 1991 experimentell untermauert wurde. Die Distanz zwischen dem Hydrophobenbereich und den basischen Aminosäuren beeinflußt die Stärke des topogenen Signals. Je weiter die basischen Aminosäuren entfernt sind, um so schwächer ist das topogene Signal. (Boyd und Beckwith 1990) Allerdings sollte erwähnt werden, dass es von dieser Regel Ausnahmen gibt. (Andrews et al., 1992) C-terminal gelegene Transmembransegmente besitzen topogene Informationen, die anders abgelesen werden als die vorausgehenden topogenen Sequenzen. Starke topogene Sequenzen am C-terminalen Ende können vorausgehende topogene Sequenzen umkehren. Long proteins self-insertion The set of proteins which can self-insert into the membrane which are longer than normal self-insertion proteins segments exhibit other characteristic which are vital to their translocation. This set includes a long 180 residue stretch of MalF and 100 amino acid N-terminus of ProW. These proteins have the special ability to insert themselves into the membrane in spite of their length. Proton-motive force aids in the translocation of negatively charged amino acids, and hinders positively charged amino acids. This could be one way the extra 24 long loop of ProW translocates itself across the membrane. A mechanism of selfinsertion of Sec-independent proteins is suggested which is dependent on aid from neighbouring hydrophobic, transmembrane regions. ProW has a 100-residue Nterminus periplasmic segment which exhibits Sec independence. It follows the positive-inside rule, but also has an abnormally large number of negatively charged amino acids on the periplasmic loop. Inserting positively charged amino acids into the periplasmic segment of the protein inhibits translocation. Inserting positively charged amino acids into the periplasmic segment of the protein inhibits translocation. Ist die Integration von Proteinen in die cytoplasmatische Membran bei E. coli von den Sec-Proteinen abhängig? In secAts-Mutanten ist die Integrationsgeschwindigkeit neusynthetisierter Proteine in die äußere und innere Membranfraktion um ungefähr 70 % verringert. Eine Sec-abhängige Integration wurde untersucht für authentische IMPs von E. coli: a) SPase I, b) Laktosepermease (LacY), Maltosepermease (MalF), Mannitolpermease (MtlA) und SecY zu Signalpeptidase I. Der N-Terminus von SPase I ragt in das Periplasma. Dann folgt eine hydrophobe Transmembranregion, eine 25-aminosäurelange cytoplasmatische Schleife, eine zweite Transmembranregion und eine große periplasmatische Domäne, die etwa zwei Drittel des Proteins ausmacht. (San Millan et al., 1989) Die Membraninsertion ist SecA- und SecY-abhängig. Interessanterweise wird die Insertion von SPase I Sec-unabhängig, wenn die Orientation des Proteins umgekehrt ist. (von Heijne 1990) Die Umkehrung kann erreicht werden, wenn man die positive Nettoladung der cytoplasmatischen Schleife des Proteins erniedrigt. (Nilsson und von Heijne, 1990) In diesem Fall bleibt die große periplasmatische Domäne im Cytoplasma. Solche Konstrukte mit umgekehrter Topographie können wiederum Sec-abhängig gemacht werden, wenn der jetzt periplasmatisch lokalisierte Abschnitt zwischen den beiden Transmembransegmenten in seiner Größe erhöht wird. Dies SecA- und SecYAbhängigkeit nimmt linear zu mit der Länge dieses Abschnitts in einem Bereich von 25-55 Aminosäuren. (Andersson und von Heijne, 1993) Aus diesen Untersuchungen kann man ableiten, dass die Sec-Abhängigkeit der Integration von IMPs in die Cytoplasmamembran und der Länge der Extramembrandomäne abhängig ist. Bei kurzen Extramembrandomänen (< 25 Aminosäuren) ist die Integration Sec-unabhängig. Ähnliche Ergebnisse wurden auch für die IMPs von LacY, MalF, Mannitolpermease und SecY berichtet. Zusammenfassend kann man sagen, dass die Integration von vor allem sehr hydrophoben IMPs in 25 der E. coli Cytoplasmamembran SecA unabhängig ist. Die Abhängigkeit von SecY variiert von Protein zu Protein. Die Translokation von großen hydrophilen Domänen scheint jedoch immer Sec-Funktionen zu erfordern. Das kleine Haupthüllprotein des bakteriophagen M13 inseriert in die Cythoplasmamembran von E. coli unabhängig von SecA SecY. Das Protein ist 73 Amonisäuren lang und inseriert in die Membran in folgender Topographie: Die N-termionale Region bleibt im Cytoplasma, dann folgt ein hydrogphobes Kernstück der Signalsequenz, das die Membran durchspannt, dann ein 20 Aminosäuren langer periplasmatischer Abschnitt oder Schleife, eine StopTransfersequenz und ein kurzes positiv geladenes C-terminales Peptid, das in das Cytoplasma ragt. Es konnte gezeigt werden, dass die Insertion dieses Precurserproteins Sec-abhängig wird, wenn die periplasmatische Schleife durch 173 Aminosäuren verlängert wird. (Kuhn, 1988) Man nimmt an, dass dieses kleine Hüllprotein spontan in die Cytoplasmamembran inseriert, ohne dass andere Proteine diese Integration vermitteln. (Wickner, 1988) Das erste Transmembransegment der SPase 1 und die anschließend positiv geladenen Cluster vermitteln ein Sec-unabhängiges Insertionssignal. (Lee et al., 1992) Der anschließende Anteil der SPase1-Proteins erfordert jedoch SecA und SecY für seine Faltung. Bei dem SecA und SecY unabhängigen Translokationsvorgang wird die Beteiligung von Translokatoren (poren- oder kanalbildende Membranstrukturen) diskutiert. Beim ER hat man solche Porenproteine, solche Translokatoren offensichtlich nachgewiesen. (Simon und Blobel, 1991). Ähnliche Poren wurden kürzlich auch bei der E. coli Cytoplasmamembran entdeckt. (Simon und Blobel, 1992) Äußere Membranproteine bei E. coli Die äußere Membran von drei negativen Bakterien besitzt nur eine geringe Zahl an integralen Membranproteinen, meist handelt es sich dabei um Proteine, deren Funktion die Aufnahme von Nährstoffen ist (siehe review von Nikaido, 1992) Mit Ausnahme des Murein-Lipoproteins, das das Murein mit der äußeren Membran verknüpft, sind die äußeren Membranproteine polytope Transmembranproteine, die in der Regel als Trimer vorliegen. Jedes Monomer durchspannt die Membran mehrfach durch antiparallele ß-Strecken. Dabei kommt es zur Ausbildung von amphiphilen ß-Faltblattstrukturen, die eine strukturelle Grundlage für die Porenfunktion darstellen. Topogene Sequenzen äußerer Membranproteine Die Translokation wurde bei folgenden äußeren Membranproteinen untersucht: PhoE, OmpA, TonA, OmpF, LamB. Obwohl diese äußeren Membranproteine konservierte Amoinosäuresequenzen aufweisen, hat man bislang doch kein richtiges Sortierungssignal ausmachen können.Durch Fusionstudien weiß man bei OmpA, dass der C-terminale ß-Strang eine wichtige Rolle für die Zusammenlagerung dieses Proteins in der äußeren Membran spielt. (Klose et al, 1989) Bei LamA und PhoE hat man eine ganze Reihe verschiedener Aminosäuren durch andere ersetzt, die meisten Aminosäureaustausche hatten jedoch meist keinen wesentlichen Einfluß aud die Membranintegration. Führt man jedoch ein strang-brechendes Prolin in den Cterminalen ß-Strang von OmbA ein, wird die Memnbraninkorporation gehemmt. Das Gleiche hat man festgestellt, wenn man ein turn-bildendes Glycin in PhoE integriert. (de Cock et al. 1991). Dieser Glycinrest ist die einzige strikt konservierte Aminosäure innerhalb eines Segments hoher Homologie verschiedener äußerer Membranproteine. Neben Glycin spielt auch bei vielen 26 Membranproteinen auch noch ein Phenylargininrest am C-terminalen Ende eine wichtige Rolle, der wenn er ausgetauscht wird zu einer Abnahme der Membranintegration führt. (Stryvé et al.,1991). Zusammenlagerung der äußeren Membranproteine Die äußeren Membranproteine werden zunächst als lösliche periplasmatische Intermediäre gebildet bevor sie ihre richtige Konfirmation innerhalb der äußeren Membran einehmen. Der Übergang vom löslichen Intermediär zu dem in die äußere Membran eingebetteten PhoE erfolgt über die Ausbildung eines Dimers und Trimers. Während dieser Weg durch PhoE beschritten wird, lagert sich LamB zuerst in der Cytoplasmamembran bei E. coli ein und von hier erreicht es die äußere Membran vermutlich durch laterale Diffusion über die Kontaktstellen. Lipoproteine Das Braun'sche Lipoprotein in E. coli, ein Prototyp von lipid-modifizierten Proteinen der Bakterienzellhülle wird Sec-abhängig durch die Cytoplasmamembran transloziert. Von der Spaltstelle der Signalsequenz wird das Precursorprotein an einem konservierten Cysteinrest modifiziert. Die Prozessierung erfolgt durch die Signal Peptidase II (Müller.1992), welche durch Globomycin gehemmt wird. (Hayashi und Wu, 1990) Interessanterweise sind Proteinvorstufen, die in verschiedenen Sec-Mutanten akkumulieren nicht mit Glycerid modifiziert, was darauf schließen läßt, dass Sec-abhängige Schritte den Modifikations Reaktionen vorausgehen (Sugai und Wu, 1992).