Gene & Merkmale 1 Inhalt: 1. Vererbung 2. Polygenetische Merkmale 3. Geninteraktionen 4. Epigenetik 2 Typen der Vererbung: 2. Nicht-mendelische Vererbung 3. Polygenetische Vererbung 4. Epigenetische Vererbung von Eltern an den Nachfolgern Genetische Vererbung 1. Mendelische Vererbung von Zelle an Zelle 3 Mendelische Vererbung: 1. Autosomale Vererbung • Dominant • Recessiv • Codominant 2. Geschlechsgebundene Vererbung • X-gebunden (dominant, recessiv) • Y-gebunden 4 Wiederentdeckung von Mendel Gregor Mendel Charles Darwin Darwin konnte nicht erklären, wie Merkmale von Generation zu Generation weitergegeben werden und warum sich Variationen dieser Merkmale nicht durch Vererbung vermischten. Vermischung der Merkmale Die Wiederentdecker (um 1900) 5 Hugo De Vries Carl Correns Erich von Tschermak 3. Grenzen der mendelischen Genetik Erscheinen des Phänotyps (Penetranz, Expressivität) Problem mit den monogenetischen Merkmalen 6 Ausprägung des Phänotyps Penetranz:: Die Wahrscheinlichkeit (Häfigkeit), mit der ein bestimmter Phänotyp ausgeprägt wird. Vollständige Penetranz: es kommt immer zur Ausprägung des Merkmals (=100%) Unvollständige Penetranz: es kommt nicht immer zur Ausprägung des Merkmals (<100%) Eine autosomal, dominant vererbte Krankheit kommt nicht in jedem Person zur Ausprägung Expressivität (Ausprägungsgrad): Die unterschiedliche Ausprägung eines phänotypischen Merkmals. 7 Monogenetische Merkmale 8 Genetik der monogenetischen Merkmale Monogenetische Merkmale Monogenetische Erkrankungen (nur 2%) X polygenetisch AB0, etc Augenfarbe Blutgruppen X Rollen der Zunge Albinismus Phenylketonurie Galaktosämie Sichelzellenanämie Albinismus (Typ 1): Mutation des Tyrosinase Gens (es katalysiert die Melaninbildung von Tyrosin durch Oxidation) Phenylketonurie: Mutation des Hydroxylase Gens (Rolle im Phenylalanin-Metabolismus);mentale Retardierung Galaktosämie: Galactose-1-phosphat uridil transferase (spaltet Galaktose) Mangel;Leber- und Hirnstörungen Sichelzellenanämie: Glutamat Valin Substitution an der 6.Stelle des -globins 9 Weiße Haut Albinismus - Albinismus kann durch eine Mutation in anderen Genen (außerhalb des Tyrosinase Gen) verursacht werden: mehr Gene 1 Phenotyp -Mutation i.d. Tyrosinase verursacht weitere Komplikationen : 1 Gen mehr Phenotypen (Augenprobleme, z.B. Nystagmus) H. neanderthalensis Bleiche Haut Mutation im MC1R Gen Common ancestor (300-500K J) 10 An einer anderen Stelle im Neandertahler , als beim H. sapiens Aber: Hautfarbe wird durch mehrere Gene bestimmt 1 Gen -- 1 Komplexmerkmal Homosexualität Sprache Intelligenz Alkoholismus Depression Selbstmord Religion 11 Mendels Entdeckung 1822-1884 Was hat er beobachtet? gerunzelt glatt grün gelb 1.Die spezifischen Charaktere der Erbse behalten ihre Identität während der Kultivierung 2. 3:1 Spaltung in der F2 Generation ------------------------------------------------------------------------------------ Was hat er daraus geschlossen?: √ 1. Das Erbmaterial ist in abgeschlossenen Paketen untergebracht 2. Jedes Gen kann zwei Varianten (Allele) in einem Individuum haben - Diploidie √ ---------------------------------------------------------- Das „1 Gen, 1 Phänotyp” Paradigma der klassischen und modernen Genetik - ein Gen kodiert einen einzelnen Phänotyp – das Prinzip ist leider falsch ! - ein Allel kodiert eine einzelne Phänotypvariante – eingeschränkte Gültigkeit X X 12 Phenotyp: alles,dass Teil einer beobachtbaren Struktur ist, Funktion o. Verhalten eines Organismus Paradigma: allgemein akzeptierte Betrachtungweise einer Fachrichtung Mendels Radio Was ist das Problem?: Interpretation der 1 Gen, 1 Phenotyp Beziehung Die Funktion eines Transistors: 1. Unterdrücken von Rauschen 2. Produktion von Musik Wahre Funktion: Modulation des Signals und der Spannung 13 Fazit 1. „1 Gen, 1 Phänotyp” ist reduktionistisch; der Effekt eines Gens kann nur im zellulären and genetischen Zusammenhang bewertet werden. 2. Es existieren nur wenige monogenetische Merkmale und Verhalten in der Natur 3. Der Begriff „monogenetische Krankheit” wird in einem anderen Kontext verstanden, als monogenetisches Merkmal:eine Krankheit, (nicht notwendigerweise mit einem einzelnen Symptom) verursacht durch Mutation in einem einzelnen Gen. Monogenetisches Merkmal: ein bestimmter Phänotyp wird durch ein einzelnes Gen bestimmt 14 Nicht-mendelische Genetik 1. Mütterliche Vererbung 2. Mosaiken 15 Mütterliche Vererbung = mitochondriale Müterliche gegen väterliche Mitochondrien 16 Mütterliche Vererbung = mitochondriale Homoplasmie Keine Krankheit Heteroplasmie Milde Krankheit schwere Krankheit 17 Mosaiken 1. Keimbahn-Mosaiken: in Keimzellen - neue Mutation bei der Bildung von Keimzellen 2. Somatische (körperliche) Mosaiken: in somatischen Zellen - Typen: (a) Chimären (b) Post-zygotische Mutationen (c) mitotische Fehler (d) X- Chromosom Inaktivation 18 Mosaiken 2. Somatische (körperliche) Mosaiken: in somatischen Zellen - Typen: (a) Chimären (b) Mitotische Fehler (c) X Chromosom- Inaktivation 19 Geninteraktionen 20 Epistase – die Wirkung eines Gens hängt von anderen Genen ab B Gen: Farbenbildung: B (schwarz) dominant b (braun) recessiv E Gen Pigmentablagerung: E (wird abgelagert) dominant e (wird nicht abgelagert) recessiv - Falls „ee” Allelpaars des E Genes vorkommt, dann ist es gleichgültig welche Allele von „B” vorkommen BB/Bb + EE/Ee bb + EE/Ee egal + ee 21 Pleiotropie: Ein Gen hat Wirkungen auf mehrere Phänotypen a. Das gleiche Gen kommt in verschiedenen Geweben zur Verwendung b. Ein Genprodukt löst eine Signalübertragung in verschiedenen Zelltypen aus c. Ein spezifisches Gen hat Wirkungen indirekt auf andere Systeme Biespiel: esentielle Gene Beispiel: Phenylketonurie phenylalanine hydroxylase phenylalanine X tyrosine toxic level of phenylalanine Symptome: mentale Retardierung, weniger Haare, verminderte Pigmentation 22 Gennetzwerke - „1 Gennetzwerk, 1 Phänotyp” Paradigma Gennetzwerk in der Embryogenese A F C G F B B C G D E A D E Zeit Phenotyp Gennetzwerk: Zusammenstellung von funktionell verbundenen Genen 23 Ektopische Aktivierung von Gennetzwerken Die ektopische Aktivierung des ey (eyeless) Gens verursacht ektopische Augenbildung. Die ektopische Exprimierung des Pax6 Genes (ey-Homolog) des Frosches verursacht ebenfals ektopische Augenbildung. Pax6 induziert u.a. die Exprimierung der Rx, Otx2 und Six3 Gene. Ein genetisches Netywerk, das die Ausbildung der Augen reguliert 24 Gennetzwerke 1 Individuum - Die Interaktionen sind dichter innerhalb eines Gennetzwerkes, als zwischen diesen; - Eine Komponente kann an mehreren Gennetzwerken beteiligt sein: 25 z.B. Oxytocin nimmt Teil an verschiedenen physiologischen Processen: Uterus Kontraktion, Blutdruck, paternale Pflege Interaktion zwischen Genprodukten Gene interagieren miteinander durch Genprodukte 1.Auf der Stufe der Genexpression: 2.Protein–Protein Interaktion: 3. Über Mediatoren: Transkriptionsfaktoren Transkriptionsfaktoren, Untereinheiten Phosphorylierung, etc. Messenger (Hormone, Neurotransmitter, cAMP, etc) 26 Fazit 1. Der Effekt eines Gens auf einen Phänotyp hängt von anderen Genen ab (Epistase) 2. Ein Gen hat Effekte auf andere Gene- mehrere Phenotypen (Pleiotropie) 3. Organismen sind Systeme, die sich auf Geninteraktion basieren 27 Polygenische Merkmale 28 Polygenetische Merkmale 1.Klassisch 2.Fakt ist: alle Merkmale werden von vielen Genen geregelt 29 Häufigkeit Die Genetik der Körperhöhe hoch Gentypen niedrig hoch Häufigkeit niedrig Häufigkeit Genotypen Genotypen niedrig 30 hoch Genetik der quantitativen Merkmale Körpergewicht Normalverteilung Gen 1 Gen 2 etc.. Körperhöhe Phenotyp (in Stücken) Quantitative Merkmale werden spezifiziert durch den additiven Effekt von Genen: 31 „1 Gen,1 Stück vom Phenotyp” Konzept → Mendelsche Sichtweise - Fehlen von: Interaktion zwischen Genen, und die Wirkung der Umgebung Genetik der quantitativen Merkmale Quantitative Trait Loci : (Regionen eines quantitativen Merkmals) -Gene, die ein quantitatives Merkmal beeinflussen -Sind meistens auf verschiedenen Chromosomen verteilt. 32 Schwellenwert- Hypothese Distribution Kurven Pylorusstenose Häufigkeit Grenzwert niedrig Migräne hoch Häufigkeit Neigung - + ++ Niegung keine ohne mit Aura 33 Neigung Polygenetische Krankheiten 1. Eine Krankheit wird durch die gleichzeitige Fehlfunktion verschiedener Gene verursacht 2. Eine Krankheit wird durch Fehlfunktion eines der beitragenden Gene verursacht 3. Eine Krankheit wird durch den kombinierten Effekt von genetischen und Umweltfaktoren beeinflusst Krebs,Herzerkrankungen ,Autoimmunerkrankungen, Diabetes, Osteoporose, Hypertension, Fettleibigkeit , Atherosclerose, Depression, Schizophrenie Atherosclerose Osteoporose Lungenkrebs 34 Wie können monogenetische Merkmale existieren? Eine Phenotypvariante kann zu einem bestimmten Genvariant (Allel) gehören, heißt aber noch nicht,dass dieses Gen den spezifischen Phenotyp kodiert oder dass das spezifische Allel alleine den Phenotyp kodiert. 1. Die anderen Gene sind nicht variabel, oder ihre Variabilität ändert nichts an der Phenotypvariation. 2. Der Effekt von einem Gen ist sehr weitreichend/stark (Hub gene) 3. Die Gene spielen eine Rolle in der Bestimmung des Phänotypen,die physisch sind; damit sind also auch ihre Allele miteinander verkoppelt. verbunden 35 Wie können monogenetische Merkmale existieren? 1. Die anderen Gene sind funktionell nicht-variabel, oder ihre Variabilität verursacht keine Phenotypvariation Gen 1 A Allel B Allel Gene, verantwortlich für die Bestimmung eines einzelnen Phänotypen 1A 2 4 Individuum 1 6 1B 3 2 5 4 6 3 5 Individuum 2 Haploider Fall Phenotyp 36 Wie können monogenetische Mermale existieren? 2. Der Effekt eines Gens ist sehr stark (Hub gene) Gen 1 A Allel B Allel Gene verantwortlich für die Bestimmung des Phenotypen 1A 4 2 6 Individuum 1 3 5 1A 4 Individuum 2 2 6 3 5 1B 4 Individuum 3 2 6 3 5 1B 4 2 6 3 5 Individuum 4 Haploider Fall Phenotyp 37 Wie können monogenetische Mermale existieren? 3. Viele Gene spielen eine Rolle in der Bestimmung des Phenotyps, aber ihre Allele sind miteinander verkoppelt. Chromosom A Individuum 1 Individuum 2 gene 1A gene 2A gene 3A gene 4A gene 1B gene 2B gene 3B gene 4B Haploider Fall 38 Die Häufigkeit der Rekombination zwischen Genen ist selten,wegen des kurzen Abstandes! Wie können monogenetische Merkmale existieren? 2 Fragen: 1. Fakt: Ein Allel eines einzelnen Gens kann unmissverständlich einer Phenotypvariante zugeordnet werden.Heisst das etwa, dass dieses Gen den vorliegenden Phenotyp kodiert? - Genaugenommen NEIN, ein Gen übt seine Aufgabe im Zusammenhang mit anderen Genen aus. - In weitem Sinne JA, aber es ist nur eine Korrelation. 2. Gibt es viele monogenetische Merkmale? - Nein, bei mehr und mehr monogenetischen Merkmalen findet man heraus, dass sie polygenetisch sind 39 Fazit 1. Monogenetische Merkmale sind unter der Kontrolle von verschiedenen Genen, aber in besonderen Fällen können einige monogenetisch erscheinen. 2. Genauer, die 1 Gen, 1 Phänotyp Beziehung ist nie zutreffend, die 1 Allel, 1 Phänotypvariante Beziehung tritt selten auf. 40 Häufige Krankheit / Häfige VarianteHypothese Die häufig vorkommenden multifaktorialen Krankheiten des Menschen werden durch einige Varianten einiger Gene verursacht, wessen Ursache ist, dass in der Zeit der Entstehung der menschlichen Art die Populationsgrösse sehr klein war und durch die plötzliche Expansion die seltenen genetische Varianten häufiger wurden. SNP-s: Markern an der DNS durch welche die Krankheiten, bzw. Neigungen zur Krankheiten gekoppelte SNPs ausserhalb des Gens Keine Wirkung auf das Protein INTERGENISCHE REGION Gesund SNPs Innerhalb des Gens Krank Gen Regulatorische SNP Menge des Proteins REGULATORREGION Kodierende SNP Funktion des Proteins KODIERENDE REGION 41 David Goldstein Häufige Krankheit / Seltene VarianteHypothese Die häufige Variante Hypothese scheint falsch zu sein. Die gleiche Krankheit wird in verschiedenen Patienten durch verschiedene Faktoren verursacht: verschiedene Mutationen in verschiedenen Positionen von verschiedenen Genen verursachen die gleiche Krankheit. Das erschwert die personalisierte Therapie. 42 Flaschenhalseffekt in der Evolution des Menschen Ausgangspopulation Überlebenden Ergebniss 43 Biologische Netzwerke 44 Biologische Netzwerke Ornanellennetzwerke Siganlübertragungsnetzwerke Zytoplasma Zytoskeletale Netzwerke Zellkern Transkriptionsnetzwerke Metabolische Netzwerke 45 Netzwerke der Signalwege Zytoplasma Mitochondrium ER Zellkern 46 Typen der Netzwerke Gennetzwerke: Biochemische Netzwerke: Zelluläre Netzwerke: Netzwerke der Arten (Ökosystem) z.B. neuronale Netzwerke 47 Variabilität Phänotypische Variabilität: Genetische Variabilität & Umgebung Die Wirkung der Umgebung häng vom Merkmal ab: die Umgebung Beeinflusst das Verhalten stärker, als die körperlichen Merkmale 48 Ursprung der genetischen Variabiltät Vielfalt der Phänotypen (innerhalb einer Art und zwischen den Arten) Die Vielfalt ist der Rohstoff der Evolution Genetische Variabilität: 1.In der kodierenden Region der Gene 2.In der nicht-kodierenden regionen der DNA 3.Im Struktur der ncRNAs 4.In der Regulatorregion der Gene 5.In der alternativen mRNA-Reifung 6.Kopiennummer-Variationen 7.In den Gennetzwerken 8.Im Chromosomenstruktur 9.In der epigenetischen Regulierung 10.In den Proteinmodifikationen PhänotypischeVariabilit ät: I. Morphologisch II. Physiologisch III. Im Verhalten IV. Krankheiten 49 Die Nutzen der genetischen Rekombination Die Nutzen der sexuellen Reproduktion 1. Erhöht die genetische Variabilität der Nachkommen und der Population. 2. Die voneinander unabhängig entstandenen Mutationen können in einem Genom vereint werden. nützlichen (Bei asexuellen Reproduktion es ist unmöglich.) 50 Genetischer Hintergrund der Phänotypvariationen Was erklärt die intraspezifische Variabilität? 1. Genfunktionstheorie: Unterschiede in der Genfunktion 2. Genregulationstheorie:Unterschiede in der Genregulierung 51 1. Genetische Variabiltät (1) Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNP, Single Nucleotide Polymorphismus) (2) Indels (Deletionen oder Insertionen) (3) Chromosomenaberrationen (4) Kopienzahlvariationen (CNV, copy number variations) 52 SNPs, Indels, CNVs und Chromosomenaberrationen: Das HapMap und das 1000-Genom-Projekt HapMap Projekt: SNP Kartierung der menschlichen Population (2002 - 2007) – 3,1 Millionen SNPs, 270 Menschen 1000 Genom Program: 15 Millionen SNPs, 1 Million kurze Indels, 20.000 Chromosomenaberrationen (2008 – 2010) Niedrige Ganauigkeit: alle Genome 3x (30x wäre notwendig!) Alle haben durchschnittlich 75 verschiedene Genvarianten, die eine Neigung zu einer Krankheit verursachen 53 Kopienzahlvariationen (CNVs) Gen 1 Durchschnittlich: 100 Variationen/Person Durchschnittslänge: 250,000 Bp (Genlänge ca. 60,000 Bp) Gen 1 Gen 1 Selten: frühe Embryogenese, Zellzyklus Häufig: Immunsystem, Gehirnentwicklung Krankheiten: Neuronale Krankheiten, z.B. Parkinson und Alzheimer gén 1 gén 2 gén 3 gén 4 Gen 1 Gen 4 54 Variabilität in der kodierenden Regionen der Gene 1 2 P Gen A P Gen A P Gen A P Gen A 3 4 Individuen Enhancers Promotoren Verschiedene funktionelle 55 Varianten des „A” Gens Variabilität in der kodierenden Regionen der Gene 1. Punktmutation, Indel: • 0,1 – 0,5%, beeinflusst die phänotypische Variabilität selten. Diese Mutationen sind neutral, oder machen das Gen funktionsunfäig (Krankheit). • Sehr selten sind die nützlichen Mutationen z.B.: 1. Hämoglibinvarianten binden O2 besser bei Arten in den Bergen 2. FoxP2 (Sprache); ASPM (grosses Gehirn), usw. 2. Trinukleotid Wiederholungen: Hunde: phänotypische Variabilität Mensch: nur Krankheitsverursachende Triplet-Veränderungen wurden gefunden 3. Exontausch: Extrem selten, innerhalb einer Art gibt es keine Variabilität 56 Genstruktur vs Genregulierung - Sind während der evolution die genetischen Werkzeuge (Gene) besser geworden oder wir arbeiten anders mit den alten Werkzeugen ? Evolution ? 57 Genfunktion oder Genexpression? Ist die Vielfalt der Funktion der Gene/Proteine oder die Vielfalt ihrer Regulierung für die phänotypische Variabilität verantwortlich? 58 Neutralitätstheorie Motoo Kimura 1968 Genvarianten (Allele) unterscheiden sich funktionell voneinander nicht! - In den meisten Fällen verändert der Aminosärentausch die Funtionsfähigkeit der Proteine nicht (konservativer Tausch: chemisch ähniche Aminosären verden ausgetauscht) Neutrale Mutationen: (1) Stille Mutationen (2) Austausch chemisch ähnlicher Aminosäuren (3) Mutationen im nichtkodierenden Regionen des Genoms (nicht umbedingt neutral) Neutralismus vs. Selektionismus 59 Variabilität der cis-Regulatoren Die Variabilität der Regulatorregionen der Gene Individuen 1 2 3 4 Enhancers Promotoren P Gen A P Gen A P Gen A P Gen A Im Maus sind 50% der 2500 sehr konservierten nichtkodierenden Sequenzen sind Enhancers, die die Onthogenese regulieren Die Bindungsstellen der menschlichen Transkriptionsfaktoren funktionieren in Ratten nicht (Chip-on-chip). Es gibt eine riesige Variabilität der Regulatorregionen auch innerhalb einer Art. 60 Genetische Regulierung ist wicthiger! 18. Die Funktion von vielen Genen wird nur in großen evolutionären Distanzen verändert - Viele homologe Gene (z.B.:Hox) des Mauses und der Fruchtfliege sind austauschbar Evolution verändert die Genexpression und nicht die Genfunktion - in verschiedenen Arten, ist das gleiche Gen in verschiedenen Zeitpunkten, in verschiedenen Geweben eingeschaltet und in verschiedenen Mengen expremiert rhesus macaque Expression von 1056 Genen im Leber: Die gleiche Genexpression orangutan chimp human Expression von Transkriptionsfactoren ist verschieden Expression von 12,000 Genen im Gehirn: im Menschen ist die Expression 5,6-mal höcher (human chimp) 61 Genetische Regulierung ist wicthiger! 18. Die Streifen der Zebra Streifen iniziiert am (Tag) 21. Die Beine der Schlange Überlappen zwischen Hoxc-6 und Hoxc-8 Induziert die Formation der Rippen Zebra (26 Streifen) 28. Bergzebra (43 Streifen) 35. Schlangen verloren ihre Beine in zwei Schritten: (1) Vorderbeine, (2) dann Hinterbein Grevy’s zebra (80 Streifen) – Pythons haben verkümmerte Oberschenkelknochen, Vipern haben keine Beine 62 Die Veränderung der Onthogenese Neotenie-Hypothese der Menschenbildung Neotenie: Verzögerung der Entwicklung, die juvenilen Merkmale bleiben bis ins Erwachsenenalter bestehen die spärliche Körperbehaarung die Rundung des Kopfes die Größe des Kopfes die kleine Gesichtspartie im Vergleich zum ganzen Kopf 1. Allometrie – Das Verhältniss zwischen der Grösse der Körperteile 2. Heterokronie – evolutionäre Änderung des zeitlichen Verlaufs der Individualentwicklung 63 Komplexes Phenotyp durch eine Mutation? Variabilität der trans-Regulatoren Die Variabilität der Regulatorgene 1. Variabilität der Trinukleotid-Wiederholungen in den Regulatorgenen (innerhalb einer Art): - Transkriptionsfaktoren - Proteinfaktoren der Signalübertragungsgene 2. Variabilität der Phosphorillierungsstellen der Regulatorproteine (zwischen den Arten): - Transkriptionsfaktoren - Proteinfaktoren der Signalübertragungsgene 3. Andere Typen der Variabilität der Regulatorproteine (zwischen den Arten): - Methylierung, Acethylierung: Epigenetische Varianten -Transport 64 Der Fall des Hundes - Genfunktion oder Regulierung? Harold Garner and John W. Fondon Die Varianz in der Sequenz der Transkriptionsfaktoren (Runx-2 Gen) verursacht morphologische Variabilität. 1931 Q19A14 runx-2 gene Q19A13 Q bull terrier 1976 Q A Q A A . . . CAACAAGCACAAGCAGCA . . . Q: glutamine A: alanine 65 Die Variabilität der Codierung: Numer der Triplet - repeats (Glutamine, Alanine Wiederholungen) Die Variabilität der nichtkodierenden RNAs (ncRNAs) Konservierte ncRNAs wurden bei während der menschlichen Evolution stark verändert. Beispiel: Har-1 Die Entwicklung des Gehirns Har-2 Die Entwicklung der Finger Adaptive Evolution oder GC-bias? 66 2. Epigenetische Variabilität Das epigenetische Program selbst kann variabel sein. Dazu genügt, die epigenetische Veränderung eines einzigen Transkriptionsfaktors, die die Exprimierung vieler Gene beeinflusst. Die Ursachen der Epigenetischen Variabilität: 1. Genetische Ursache: wird vererbt 2. Umweltfaktor: wird nicht vererbt Lcyc Gen des echten Leinkrauts ist 67 methyliert und inaktiv in den Mutanten. Ein Gen hat mehrere Funktionen 18. 3. Alternative Gennutzung Ein Gen trägt verschiedene Informationen von mehreren Proteinen! „ein Gen mehrere Proteine” Theorie ist das richtige 68 18. Variationen in der alternative RNAProduzierung Alternative … Splicing, Poliadenilation, Capping, Promoternutzung In einem Art: nicht wahrscheinlich Inter Arten: keine Datei 69