V06_ADMEmodel

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Informationsfluß in einer
drug discovery pipeline
6. Vorlesung
Modern Methods in Drug Discovery WS05/06
1
eADMET Prediction
early
Absorption
Distribution
Metabolism
Elimination
Toxicology
6. Vorlesung
Pharmacokinetic
Bioavailability
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2
ADME Modelle (I)
Folgende Modelle werden für das in silico design benötigt
Primäre Modelle
Sekundäre Modelle
Löslichkeit
intestinale Absorption
Bioverfügbarkeit
Metabolische Stabilität
Blut-Hirn-Schranke Permeation
Mutagenizität
Cardiatische Toxizität (hERG)
Plasmaprotein Bindung
Transport (Aufnahme und Efflux)
Allgemeine Toxizität
Hepatotoxizität (PXR, CAR)
Nephrotoxizität
Immunogenizität
Neurotoxizität (Rezeptorbindung)
Drug-Drug Wechselwirkungen
(Cytochrom P450)
6. Vorlesung
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3
ADME Modelle (II)
6. Vorlesung
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4
Warum ist die Voraussage der ADME
Parameter so wichtig ?
Gründe die zum Fehlschlag eines potentiellen
Wirkstoffs führen
6. Vorlesung
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5
Warum ist die Voraussage der ADME
Parameter so wichtig ? (II)
Zeil ist es, ungeeignete Verbindungen möglichst
frühzeitig zu erkennen:
• Schonung von Resourcen
• Vermeidung unnötiger klinischer Tests
• Je später ein Wirkstoff zurückgezogen werden muß,
desto teuerer wird es.
„Fail early, fail fast, fail cheap“
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6
Komponentenauswahl für das
High Throughput Screening (HTS)
R2
R1
N
R3
Typischer eADME Filter
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7
Solvatation kontra Löslichkeit
gas / vapour
Sublimation
Dampfdruck(A)
Löslichkeit(A) =
Dampfdruck(ideales Gas)
exp
-DGsolv(A)
RT
Solvatation
Feststoff
(kristallin)
DGsolv
Lösen
logS
Solvens
(wäßrige Lösung)
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8
Löslichkeitsmodelle (I)
Die Berechnung der Löslichkeit aus einem
thermodynamischen Zyklus (Gitterenergie,
Solvatationsenergie) wäre prinzipiell möglich, jedoch ist
1. Die Voraussage der Gitterenergie praktisch kaum
möglich da dies die Raumgruppe des Kristalls erfordert
2. Die Berechnung der Solvatationsenerge selbst
fehlerbehaftet ist
Deshalb kommen vorwiegend QSAR Ansätze zur
Anwendung
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9
Löslichkeitsmodelle (II)
Deskriptoren: Konnektivitätsindices
r2=0.89, q2= 0.84, se = 0.98, n=120, F=297.80
Lit. C. Zhong et al. J.Pharm.Sci. 92 (2003) 2284
6. Vorlesung
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10
Löslichkeitsmodelle (III)
Weitere Ansätze zeigen, daß die verwendeten Deskriptoren
die Lipophilie, H-Brückenbindungseigenschaften und
Flexibilität der Verbindungen wiedergeben müssen
Lit: A. Cheng et al. J.Med.Chem. 46 (2003) 3572
D. Butina et al. J.Chem.Inf.Comput.Sci. 43 (2003) 837
Neben klassischen QSAR-Gleichungen kommen
zunehmend auch Neuronale Netze zum Einsatz
Lit: A. Yan et al. J.Chem.Inf.Comput.Sci. 43 (2003) 429
J.K. Wegener et al. ibid 43 (2003) 1077
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11
Absorption
Wieviel und wie schnell wird der Wirkstoff
aufgenommen ?
Praktischerweise sollte ein
Pharmakon oral appliziert
werden können
Es wird nach der Magenpassage vom Darm ins Blut
resorbiert. (Über die Pfortader zunächst in die Leber)
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12
Absorption im duodenum (I)
Aufnahme des Wirkstoffes in den Blutkreislauf
Ausschnitt aus der
Darmwand
6. Vorlesung
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13
Absorption im duodenum (II)
Aufnahme des Wirkstoffes in den Blutkreislauf
A
B
C
D
A
B
C
D'
A Transcellulär (passive Diffusion)
B Paracellulär
C Aktiver Transport
D Transcytosis
Ausschnitt aus der
Darmwand
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14
Absorption im duodenum (III)
Modell der Zellmembran
Phospholipid
De Groot et al. Science 294 (2001) 2353
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15
Caco-2 Zellen Monolayer
Experimenteller Ansatz zur Voraussage
der intestinalen Absorption
Monolayer aus einer Kultur von Zellen die
eigentlich von einem Dickdarmkrebs
stammen.
Vorteil: Reproduzierbare Ergebnisse,
relativ gute Übereinstimmung mit in vivo Studien
Nachteil: Diese Zellen besitzen etwas andere metabolische
Eigenschaften als Zellen des Dünndarms (MDR1 Transporter
überexprimiert)
Daneben kommen neuerdings auch synthetische Membranen
zum Einsatz
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16
Welche Faktoren bestimmen die passive
Diffusion durch Lipiddoppelschichten ?
Kleine Moleküle sollten die Membran schneller durchdringen als
größere
Deskriptor: Molekülgewicht (MW) und Molekülform
Phospholipiddoppelschichten sind im Inneren lipophil
Deshalb sollten lipophile Moleküle sie schneller passieren
Deskriptor: logP (water/n-octanol partition coefficient)
Phospholipiddoppelschichten weisen eine hydrophile äußere
Oberfläche auf
Deskriptoren: Anzahl von H-Brücken Donoren und Akzeptoren
Beobachtung: Die Permeation geht mit der Lösungswärme einher
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17
Molekülbasierte Deskriptoren zur
Voraussage der ADME Eigenschaften
logP Wasser/Octanol Verteilungskoeffizient
Lipinski‘s rule
Topologische Indices
Polar surface area
Similarität / Dissimilarität
QSAR quantitative structure activity relationship
QSPR quantitative structure property relationship
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18
Lipinski´s Rule of 5
Kombination von Deskriptoren zur Abschätzung der intestinalen
Absorption. Schlechte Aufnahme der Verbindung, wenn
Molekülmasse > 500
logP > 5.0
> 5 H-Brücken Donoren (OH und NH)
>10 H-Brücken Akzeptoren (N und O)
Schlechte Diffusion
Zu lipophil
Zuviele H-Brücken mit den
Kopfgruppen der Membran
C.A. Lipinski et al. Adv. Drug. Delivery Reviews 23 (1997) 3.
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19
Polar Surface Area (PSA)
Die PSA ist definiert als der Bereich der van der Waals
Oberfläche des Moleküls, der von den polaren Stickstoff- und
Sauerstoffatomen, sowie den an sie gebundenen Wasserstoffen
herrührt. Maß für die Ausbildung von H-Brücken
Wie bei allen 3D Deskriptoren ist auch die PSA im Prinzip abhängig
von der Konformation.
6. Vorlesung
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20
Absorptionsmodelle
Neue Arbeiten zeigen allerding, daß auch ohne Berücksichtigung
verschiedener Konfomere eine gute Korrelation zur Caco-2
Absorption und Aufnahme im Menschen (%FA) besteht.
Vollständige
Aufnahme (>90%)
wenn PSA<60 A2
Schlechte
Aufnahme (<10%)
wenn PSA>140 A2
Lit: D.E. Clark, J.Pharm.Sci. 8 (1999) 807; Drug Discovery Today 5 (2000) 49;
K. Palm et al. J.Med.Chem. 41 (1998) 5382
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21
Pharmacokinetik und Bioverfügbarkeit
„Quantitative Auseinandersetzung des Organismus
mit einem einverleibten Pharmakon“
Der Köper/Organismus wird als offenes System betrachet, daß
nach jeder Störung/Arzneimittelzugabe versucht, den Gleichgewichtszustand wiederherzustellen
Magen
Darm
Haut
Blutplasma
Nieren
Lungen
interstitielle Flüssigkeit (ECF)
Liquor
cerebrospinalis
intrazelluläre Flüssigkeit
Dazu teilt man den Körper in eine Reihe von Räumen (compartments)
auf, zwischen denen ein Fließgleichgewicht herrscht
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22
Distribution / Invasion
Der Gesamtweg des Medikamentes läßt sich in Einzelschritte aufteilen:
1)
2)
3)
4)
Diffusion im Lösungsmittel
D. durch Gewebs- und Gefäßmembranen
Transport durch das Blut
a) D. zu den target Rezeptoren
b) D. in andere Kompartimente
c) D. in Eliminationsorgane
5) Irreversible Elimination
Invasion
(nach Dost)
≈ Distribution
Hohe Eliminationskonstante: Kurzzeitnarkotika
Niedrige Eliminationskonstante: Antibiotika
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23
Verteilungsvolumen und Dosierung
Dosis D
Volumen V
Konzentration yo
yo 
D
V
Die Dosisierung richtet sich nach
dem Verteilungsvolumen
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24
Invasion / System exposure (II)
Nur mittels intravenöser Gabe ist die volle Konzentration sofort
verhanden. Ansonsten überschneiden sich Invasion und Elimination.
Dies entspricht physicochemisch einer Folgereaktion
k Inv
[A]t  [A]0
e -k El t  e -k Invt Bateman Funktion
k Inv  k El


11
10
Nur Invasion
▬▬
Nur Elimination
▬▬
Rasche Invasion ▬▬
Rasche Elimination ▬▬
9
Konzentration
8
7
6
5
Therapeutische
Bandbreite
4
3
2
1
0
0
6. Vorlesung
10
20
30
Zeit t
40
50
60
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25
Das Dost‘sche Prinzip (I)
Konzentration
Wie verhält sich der Konzentrationsverlauf
bei unterschiedlichen Dosen ?
Zwischen zwei Meßzeiten
5
erhält man die Fläche S
volle Dosis D
(Transit) unter der Kurve
4
halbe Dosis
durch Integration der
3
Batemanfunktion als
2
S
1
0
0
10
20
30
Zeit t
40
50
D
Cltot
60
Total clearance: Volumen das pro
ln 2
Cl

V [Volumen/Z eit]
tot
Zeiteinheit geklärt wird
t0
korrespondierende Flächen entsprechen dem Verhältnis der Dosen
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26
Das Dost‘sche Prinzip (II)
Die Referenzkurve erhält man durch intravenöse Gabe der Dosis
Occupancy
= meßbare Konzentration
Transit
= bereits irreversibel
eliminierte Menge
Transfer
= Occupancy + Transit
= absorbierte Menge
Availments
= noch zur Invasion
anstehende Menge
6. Vorlesung
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27
Daten für Pharmakokinetische Modelle
Chemische Daten
Biologische Daten
Verteilungskoeffizienten
Metabolische Umsatzraten
Vmax, Km, Ki
Löslichkeit
Dampfdruck
Diffusionsgeschwindigkeit
Proteinbindungskonstanten
Anatomische Abmessungen
Blutfluß durch Organe
Organvolumina
Atmung
Körpergewicht
Alter, Geschlecht,
Ausmaß körperlicher Aktivität
6. Vorlesung
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28
Pharmakokinetische Modelle (I)
Kompartimentmodelle
Annahme: keine metabolische Umsetzung in den
Verteilungsräumen
Darm
k12
k23
Leber
Blut
k32
k24
Niere
Konzentrationverlauf läßt sich über lineare
Differentialgleichungen berechnen
6. Vorlesung
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29
Pharmakokinetische Modelle (II)
Blutkreislauf als elektrisches Netzwerk (1930)
Per Analogrechner simulierbar (variable
Steckverbindungen zwischen den Modulen)
Anwendbarkeit: Narkotika (geringe Metabolisierung,
lipophil, werden abgeatmet)
6. Vorlesung
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30
Distribution
Je nach Ziel muß der Wirkstoff vom Plasma aus weitere
Kompartimente erreichen.
Bei Wirkstoffen die auf das zentrale Nervensystem wirken
muß die Blut-Hirn-Schranke passiert werden. Umgekehrt
sollten andere Wirkstoffe die Barriere nicht überwinden.
Auch der aktive Transport von Stoffen kommt in Betracht
6. Vorlesung
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31
Eiweißbindung / Distribution (I)
Die Konzentration von Wirkstoffen kann durch Bindung an
Eiweiße verringert werden. Dies gilt sowohl für das Plasma,
die extracelluläre und die interstitielle Flüssigkeit.
AB
 AB mit vhin  k hin [A][B]
AB 
 A  B mit vher  k her [AB]
Im Gleichgewicht ist keine Veränderung meßbar, und damit
k hin [A][B]  k her [AB]
k hin
[AB]
K

[A][B] k her
Die Bindung erfolgt gemäß der Langmuir‘sche
Absorptionsisotherme (Absorptionswärme unabhängig vom
Belegungsgrad) und erfüllt damit das Massenwirkungsgesetz
Neben Proteinen können auch Mucopolysaccharide (Binde- und
Stützgewebe) absorbieren
6. Vorlesung
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32
Metabolismus (I)
(Bio-)chemische Reaktionen von Xenobiotica im Körper
First pass effect:
Extensive Umsetzung von vorwiegend lipophilen Molekülen,
solchen mit MW>500, oder die eine spezifische Affinität
zu bestimmten Transportern haben,
bei der ersten Passage durch die Leber
Phase I:
Oxidation, Reduktion und Hydrolyse 
Cytochrom P450 Enzyme
Phase II:
Konjugation mit kleinen Molekülen (z.B. Glutamin)
Phase III:
Elimination durch Transporter
6. Vorlesung
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33
Metabolismus (II)
Experimentelle (in vitro) Methoden:
Leber Mikrosomen vom Menschen, Hepatocyten und rekombinante
P450 Isozyme (exprimiert in E. coli)
6. Vorlesung
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34
Elimination / Exkretion
Unter Elimination werden alle
Vorgänge zusammengefaßt, die
zur Entfernung eines Stoffes aus
einem Kompartiment führen.
Diese können auch metabolischer
Art sein.
Lipophile Stoffe können über die
Galle, hydrophile Stoffe über den
Harn ausgeschieden werden.
Allgemein gilt:
MW <300 300-500
>500
Galle Galle & Harn Harn
6. Vorlesung
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35
Elimination / Clearance
Überblick der metabolischen Pfade
6. Vorlesung
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36
Elimination / Clearance (III)
Physicochemisch gesehen ist die Eliminierung eines Stoffes ein
Zerfallsprozess 1. Ordnung (abhängig von der jeweils vorhandenen
Konzentration des Stoffes)
A
 B mit v  k[A] k rate constant of eliminatio n
 d [A]
dt
 k[A] | 
und Integratio n führt zu
dt
[A]
[A]t
-

[A]o
t
[A] t
d [A]
  k dt bzw. ln
  kt oder
[A]
[A] 0
0
[A] t  [A] 0 e -kt
mit der Halbwertsz eit t 1
6. Vorlesung
2
ln 2

k
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37
Was ist die Blut-Hirn Schranke (BBB) ?
Querschnitt durch ein Blutgefäß
endothelial cell
astrocyte foot
process
tight junctions
between endothelial
cells
blood lumen
brain
extracellular
fluid
neuron
pericyte
Nach: J.-M. Scheerman in Pharmacogenomics, J.Licinio
& Ma-Li Wong (Eds.) Wiley-VCH (2002) pp. 311-335.
6. Vorlesung
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38
Wozu dient die Blut-Hirn Schranke ?
Die in silico Vorhersage der Permeabilität der Blut-Hirn
Schranke (BBB) einer Verbindung im Rahmen der vorklinischen
Entwicklung ist besonders wichtig, da
• Nur Substanzen die auf das zentrale Nervensystem (CNS)
wirken, sollen die Blut-Hirn Schranke effektiv überwinden.
• BBB-Screening ist besonders „teuer“ (Tierversuche kaum
vermeidbar: Mikrodialyse, Isotopenmarkierung)
6. Vorlesung
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39
Blood-Brain Barrier (BBB)
Als Maß für das Durchdringen der Blut-Hirn Schranke wird der
Logarithmus des Verhältnis der Konzentrationen angegeben
logBB = log([im Hirn]/[imBlut]) Bereich: -2.00 bis +1.00
Vorwiegend im Blut -1.0 < logBB < 0.3 vorwiegend im Hirn
Experimentell ist der logBB Wert nur schwer zugänglich
(Isotopenmarkierung, Mikrodialyse) und auch Modelle aus
künstlichen Membranen (Endothelial Zellen) sind noch in der
Entwicklung
Lit. D. E. Clark, J. Pharm. Sci. 8 (1999) 815
6. Vorlesung
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40
Blood-Brain Barrier (II)
Im Gegensatz zur Absorption aus dem Duodenum spielt hier die
Polarität der Verbindungen eine große Rolle, die nicht durch die
PSA beschrieben werden kann. Bsp:
Benzol
3-Methylpentan
PSA logBB ClogP Polarisierbarkeit(AM1)
0
-0.69 2.1
13.8
0
2.01 3.7
14.8
Entsprechend läßt sich eine QSRP-Gleichung aufstellen
logBB = a PSA + b ClogP + c mit r = 0.887
Lit. D. E. Clark, J.Pharm.Sci. 8 (1999) 815
F. Lombardo et al. J.Med.Chem. 39 (1996) 4750
6. Vorlesung
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41
Bisher benutzte Deskriptoren
Folgende Terme korrelieren direkt mit logBB:
● logP
fragment based (MlogP, ClogP,...)
● Polar surface area
contributions from N, O and H atoms
● hydrogen-bond donors and acceptors
● size and shape
6. Vorlesung
numerical count
molecular volume and globularity
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42
Deskriptoren für Größe und Form
Bezug zur Molekülform haben:
Molekülvolumen, Globularität, Anzahl drehbarer Bindungen
Globularität:
Verhältnis der Oberfläche (unter der Annahme das Molekül wäre
eine Kugel) zur tatsächlichen Oberfläche. Immer < 1
Hauptkomponenten der Molekülgeometrie:
Ausdehnung des Moleküls im dreidimensionalen Raum
6. Vorlesung
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43
Neue Deskriptoren für Größe und Form
- Deskriptoren wie etwa die Globularität sind korreliert mit
dem Molekülgewicht und der Anzahl der H-Atome
+ Ersatz durch drei Terme die aus der Molekülgeometrie
abgeleitet werden
PCGC
PCGA
PCGB
6. Vorlesung
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44
BBB-Model mit 12 Deskriptoren
Deskriptoren hauptsächlich aus QM Rechnungen:
Elektrostatische Oberfläche, Hauptkomponenten der
Geometrie,H-Brücken Eigenschaften
2.5
r2=0.866, adj. r2=0.844, se=0.308, n=90
predicted logBB
1.5
0.5
-0.5
-1.5
-2.5
-2.5
-1.5
-0.5
0.5
1.5
2.5
observed logBB
Lit: M. Hutter J.Comput.-Aided.Mol.Des. 17 (2003) 415.
6. Vorlesung
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45
ADME - Historische Entwicklung
1960 Corwin Hansch
QSAR für kleine Datensätze
logP für Toxizität
1980 in vitro Studien ersetzen in vivo Studien
1990 Erste in silico ADME Modelle (Computer)
Docking in Proteinstrukturen
Homologiemodellierung von Proteinen (CYP P450)
1997 Lipinski‘s Rule of Five zur Absorption
2002 X-Ray Struktur von human CYP2C9
2004 X-Ray Struktur von human CYP3A4
6. Vorlesung
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46
Web-basierte online Tools
Eine Reihe von Instituten und Firmen haben Server für die
Vorhersage von ADME-Eigenschaften.
Diese basierend zumeist auf einem Java-Applet mit dem die
Moleküle gezeichnet werden können, bieten die Eingabe als
SMILES-String oder als eines der vielen Formate für
3D-Strukturen an.
Eine Zusammenfassung mit Hyperlinks bietet das
Virtual Laboratory
http://146.107.217.178/online.html
Lit. I.V. Tetko, Mini Rev.Med.Chem. 8 (2003) 809
6. Vorlesung
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47
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