Leistungsangebot

Leistungs- und Gebührenkatalog
Transkriptomanalyselabor (TAL)
A) Leistungskatalog
•
Microarray- Analysen
•
Deep-Sequencing
•
NanoString- Analysen
•
Bioinformatorische Analysen
•
RNA/DNA Qualitätskontrolle
MICROARRAYS
•
AGILENT MICROARRAY PLATTFORM
•
AFFYMETRIX MICROARRAY PLATTFORM
Microarray- Applikationen:
•
Genomweite Expressionsanalyse (3' IVT Arrays)
•
Exon 1.0 ST arrays /Gene 1.0 ST arrays/ Gene 2.0 ST Arrays
•
non coding RNA Arrays (miRNAs; lincRNAs; snoRNAs; snRNAs)
•
SNP Genotypisierung (SNPs; CytoScan)
•
Copy number variation (CGH)
•
DNA-Methylierungsanalysen
•
Chromatin immunoprecipitation Chip (ChIP-on-chip)
DEEP-SEQUENCING
•
ILLUMINA HISEQ 2000
•
ILLUMINA MISEQ SYSTEM
NGS- Applikationen:
•
RNA/DNA Sequenzierungen (RNA_Seq; SNPs; Alternative splicing)
•
De Novo Resequencing
•
ChIP-Seq
•
Small RNA
•
DNA-Methylierungsanalysen
•
Target Enrichment (Exons; Amplicons)
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Leistungs- und Gebührenkatalog Zentrale Service-Einheit Transkriptomanalyselabor, Justus-von-Liebig-Weg 11, Raum 1.239a, Tel. 0551-39-22316
Stand: Mai 2013
NANOSTRING nCOUNTER
•
Genexpressionsanalysen
•
Copy number variation
•
small RNA- Analysen
STATISTIK- UND BIOINFORMATIK
•
Statistische Beratung für die Planung und das Design von Experimenten
•
Microarray- und Deep Sequencing Datenanalysen: Image Analysis, Base-Calling, FastQFiles; Alignment, Mapping, Counting/SNP, Visualisierung der Daten.
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Leistungs- und Gebührenkatalog Zentrale Service-Einheit Transkriptomanalyselabor, Justus-von-Liebig-Weg 11, Raum 1.239a, Tel. 0551-39-22316
Stand: Mai 2013
B) Gebührenkatalog
Hinweis:
Die nachfolgend angegebenen Preise beziehen sich auf die Erbringung der angegebenen
Leistungen für interne Nutzer (UMG). Für externe Nutzer wird ein pauschaler Aufschlag von
25% berechnet. Zoll.- u. Lieferkosten sind in den Preisen nicht inkludiert.
Die Leistungen für MICROARRAY-ANALYSEN beinhalten:
•
Isolierung von RNA/DNA
•
Qualitätskontrolle (Bioanalyzer 2100)
•
Microarray Probenvorbereitung (Hybridisierung, Scannen, Waschen und Färben)
•
Präprozessierung der Daten
METHODE
PLATTFORM
ARRAY-TYP
PREIS €/Probe
Expression Analysis
Agilent / Affymetrix
4 x 44K or 8 x 60K Array Format + Kit
320 €
3' ITV (all species)
Agilent / Affymetrix
GeneChip® Gene 1.0 ST Array + Kit
350 €
Exon Analysis
Affymetrix
GeneChip® Exon 1.0 ST Array + Kit
540 €
Small RNA
Agilent
8 x 60K + Kit
320 €
Cytogenetics
Affymetrix
CytoScan® HD Array + Kit
370 €
CGH
Agilent
HD-CGH Microarray ISCA v2 ; 4 x 44
300 €
Die Leistungen für DEEP-SEQUENCING Analysen beinhalten:
•
Isolierung von RNA/DNA
•
Qualitätskontrolle (Bioanalyzer 2100)
•
Probenvorbereitung für Sequenzierungen (cBot clustering; Sequenzierung SBS)
•
Präprozessierung der Daten
METHODE
PLATTFORM
SEQ PARAMETERS
PREIS €/Probe
RNA-Seq
HiSeq 2000
15-20 Mio reads / sample ; SR ; 50 bp
290 €
Alternative splicing/SNP-Seq
HiSeq 2000
50-70 Mio reads / sample ; PE ; 2x100 bp
560 €
Whole Genome Methylation
HiSeq 2000
50-60 Mio reads / sample ; PE ; 2x100 bp
500 Mio reads / sample ; PE 2x100 bp
Medip
500 €
Bisulfite 2.500 €
RRBS
HiSeq 2000/MiSeq
5-10 Mio reads / sample ; SR ; 50 bp
270 €
Small RNA
HiSeq 2000/MiSeq
5-10 Mio reads / sample ; SR ; 50 bp
250 €
Chip-Seq
HiSeq 2000/MiSeq
5-10 Mio reads / sample ; SR ; 50 bp
250 €
Exome Enrichment
HiSeq 2000
(100 x coverage) Exome ; PE ; 2x100 bp
600 €
Whole Genome SNPs
HiSeq 2000
500 Mio reads / sample ; PE ; 2x100 bp
Human Genome
HiSeq 2000
(30 x coverage) ; PE ; 2x100 bp
2.500 €
4500 €
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Leistungs- und Gebührenkatalog Zentrale Service-Einheit Transkriptomanalyselabor, Justus-von-Liebig-Weg 11, Raum 1.239a, Tel. 0551-39-22316
Stand: Mai 2013
Die Leistungen für NanoString Analysen beinhalten:
•
ncounter CodeSet
•
ncounter Master Kit (alle Reagenzien)
nCounter GX CodeSet (35 genes; 48 Rxs)
1,750 € (each additional gene + 50 €)
nCounter GX CodeSet (35 genes; 96 Rxs)
2,625 (each additional gene + 75 €)
nCounter GX CodeSet (35 genes; 192 Rxs)
4,550 (each additional gene + 130 €)
nCounter GX CodeSet (35 genes; 384 Rxs)
5,950 (each additional gene + 170 €)
nCounter GX CodeSet (35 genes; 576 Rxs)
7,000 (each additional gene + 200 €)
nCounter Master Kit-48 Rxs (all reagents)
1,440 € (each assay 30 €)
nCounter Master Kit-96 Rxs (all reagents)
2,280 € (each assay 23,75 €)
nCounter Master Kit-192 Rxs (all reagents)
3,648 € (each assay 19 €)
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Leistungs- und Gebührenkatalog Zentrale Service-Einheit Transkriptomanalyselabor, Justus-von-Liebig-Weg 11, Raum 1.239a, Tel. 0551-39-22316
Stand: Mai 2013