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Leistungs- und Gebührenkatalog Transkriptomanalyselabor (TAL) A) Leistungskatalog • Microarray- Analysen • Deep-Sequencing • NanoString- Analysen • Bioinformatorische Analysen • RNA/DNA Qualitätskontrolle MICROARRAYS • AGILENT MICROARRAY PLATTFORM • AFFYMETRIX MICROARRAY PLATTFORM Microarray- Applikationen: • Genomweite Expressionsanalyse (3' IVT Arrays) • Exon 1.0 ST arrays /Gene 1.0 ST arrays/ Gene 2.0 ST Arrays • non coding RNA Arrays (miRNAs; lincRNAs; snoRNAs; snRNAs) • SNP Genotypisierung (SNPs; CytoScan) • Copy number variation (CGH) • DNA-Methylierungsanalysen • Chromatin immunoprecipitation Chip (ChIP-on-chip) DEEP-SEQUENCING • ILLUMINA HISEQ 2000 • ILLUMINA MISEQ SYSTEM NGS- Applikationen: • RNA/DNA Sequenzierungen (RNA_Seq; SNPs; Alternative splicing) • De Novo Resequencing • ChIP-Seq • Small RNA • DNA-Methylierungsanalysen • Target Enrichment (Exons; Amplicons) Seite 1 von 4 Leistungs- und Gebührenkatalog Zentrale Service-Einheit Transkriptomanalyselabor, Justus-von-Liebig-Weg 11, Raum 1.239a, Tel. 0551-39-22316 Stand: Mai 2013 NANOSTRING nCOUNTER • Genexpressionsanalysen • Copy number variation • small RNA- Analysen STATISTIK- UND BIOINFORMATIK • Statistische Beratung für die Planung und das Design von Experimenten • Microarray- und Deep Sequencing Datenanalysen: Image Analysis, Base-Calling, FastQFiles; Alignment, Mapping, Counting/SNP, Visualisierung der Daten. Seite 2 von 4 Leistungs- und Gebührenkatalog Zentrale Service-Einheit Transkriptomanalyselabor, Justus-von-Liebig-Weg 11, Raum 1.239a, Tel. 0551-39-22316 Stand: Mai 2013 B) Gebührenkatalog Hinweis: Die nachfolgend angegebenen Preise beziehen sich auf die Erbringung der angegebenen Leistungen für interne Nutzer (UMG). Für externe Nutzer wird ein pauschaler Aufschlag von 25% berechnet. Zoll.- u. Lieferkosten sind in den Preisen nicht inkludiert. Die Leistungen für MICROARRAY-ANALYSEN beinhalten: • Isolierung von RNA/DNA • Qualitätskontrolle (Bioanalyzer 2100) • Microarray Probenvorbereitung (Hybridisierung, Scannen, Waschen und Färben) • Präprozessierung der Daten METHODE PLATTFORM ARRAY-TYP PREIS €/Probe Expression Analysis Agilent / Affymetrix 4 x 44K or 8 x 60K Array Format + Kit 320 € 3' ITV (all species) Agilent / Affymetrix GeneChip® Gene 1.0 ST Array + Kit 350 € Exon Analysis Affymetrix GeneChip® Exon 1.0 ST Array + Kit 540 € Small RNA Agilent 8 x 60K + Kit 320 € Cytogenetics Affymetrix CytoScan® HD Array + Kit 370 € CGH Agilent HD-CGH Microarray ISCA v2 ; 4 x 44 300 € Die Leistungen für DEEP-SEQUENCING Analysen beinhalten: • Isolierung von RNA/DNA • Qualitätskontrolle (Bioanalyzer 2100) • Probenvorbereitung für Sequenzierungen (cBot clustering; Sequenzierung SBS) • Präprozessierung der Daten METHODE PLATTFORM SEQ PARAMETERS PREIS €/Probe RNA-Seq HiSeq 2000 15-20 Mio reads / sample ; SR ; 50 bp 290 € Alternative splicing/SNP-Seq HiSeq 2000 50-70 Mio reads / sample ; PE ; 2x100 bp 560 € Whole Genome Methylation HiSeq 2000 50-60 Mio reads / sample ; PE ; 2x100 bp 500 Mio reads / sample ; PE 2x100 bp Medip 500 € Bisulfite 2.500 € RRBS HiSeq 2000/MiSeq 5-10 Mio reads / sample ; SR ; 50 bp 270 € Small RNA HiSeq 2000/MiSeq 5-10 Mio reads / sample ; SR ; 50 bp 250 € Chip-Seq HiSeq 2000/MiSeq 5-10 Mio reads / sample ; SR ; 50 bp 250 € Exome Enrichment HiSeq 2000 (100 x coverage) Exome ; PE ; 2x100 bp 600 € Whole Genome SNPs HiSeq 2000 500 Mio reads / sample ; PE ; 2x100 bp Human Genome HiSeq 2000 (30 x coverage) ; PE ; 2x100 bp 2.500 € 4500 € Seite 3 von 4 Leistungs- und Gebührenkatalog Zentrale Service-Einheit Transkriptomanalyselabor, Justus-von-Liebig-Weg 11, Raum 1.239a, Tel. 0551-39-22316 Stand: Mai 2013 Die Leistungen für NanoString Analysen beinhalten: • ncounter CodeSet • ncounter Master Kit (alle Reagenzien) nCounter GX CodeSet (35 genes; 48 Rxs) 1,750 € (each additional gene + 50 €) nCounter GX CodeSet (35 genes; 96 Rxs) 2,625 (each additional gene + 75 €) nCounter GX CodeSet (35 genes; 192 Rxs) 4,550 (each additional gene + 130 €) nCounter GX CodeSet (35 genes; 384 Rxs) 5,950 (each additional gene + 170 €) nCounter GX CodeSet (35 genes; 576 Rxs) 7,000 (each additional gene + 200 €) nCounter Master Kit-48 Rxs (all reagents) 1,440 € (each assay 30 €) nCounter Master Kit-96 Rxs (all reagents) 2,280 € (each assay 23,75 €) nCounter Master Kit-192 Rxs (all reagents) 3,648 € (each assay 19 €) Seite 4 von 4 Leistungs- und Gebührenkatalog Zentrale Service-Einheit Transkriptomanalyselabor, Justus-von-Liebig-Weg 11, Raum 1.239a, Tel. 0551-39-22316 Stand: Mai 2013
