Quantitative aerobe und anaerobe Kulturen

Quantitative PCR
Klonierung, Sequenzierung (200 Klone)
Quantitative aerobe und anaerobe Kulturen
(Fotodokumentation, Charakterisierung dominierender Kolonien)
Vergleich kultureller und molekulargenetischer Daten
Histologie, Elektronenmikroskopie, in situ Hybridisierung
Ungewaschene Mukosabiopsien
Quantitative PCR
90
80
normal
70
60
50
40
CED
unspezifische
Colitis
30
20
10
0
Patienten mit PCR positiven Biopsien (103-105 KBE/μl) in Prozent
Zwei typische Sequenzmuster von
Bakterien in Mukosabiopsien
Adeninsequenzen 15 verschiedener Klone
Magenmukosa (Gastritis) versus
Kolonmukosa (CED)
.
100
90
80
70
60
50
%
40
Gemisch (Bacteroides spp.)
30
H. pylori
20
E. coli
10
andere
Colitis ulcerosa
HP+
HP- Gastritis
0
% von Biopsien mit Dominanz einer einzigen bakteriellen
Sequenz
1. Wäsche
2. Wäsche
Kultur
3. Wäsche
4. Wäsche
Kultur
Hypotone Lyse
Kultur
PCR
Mukosaassoziierte Flora bei Gesunden
72h aerobe Kultur
96h anaerobe Kultur
Ileum
C. asc.
2 . Wäsche
Sigma
unverdünnt
4. Wäsche
1:10
nach Lyse
PCR: negativ
1:10
1:10
4. Wäsche
1:100
1:100
nach Lyse
M. Crohn
96h anaerobe Kultur
72h aerobe Kultur
Ileum
C. asc.
Sigma
unverdünnt
1:10
1:10
4. Wäsche
1:100
1:100
nach Lyse
PCR 10 KBE/μl
5
1:10
4. Wäsche
nach Lyse
Intramukosale Keimzahlen
(105KBE/ml)
Patienten
(n)
E.coli Anaerobier Bacteroides
gesamt
Kontrollen
28
0.03
0.6
0.05
M. Crohn
Colitis ulc.
Colitis
46
99
85
3.1
4.8
6.8
114
8
30
70.1
3.1
4.3
Intramukosale Keimzahlen (105 KBE/ml)
im Verlauf einer uncharakteristischen Colitis
(Patienten mit erhöhten Keimzahlen in %)
E.coli
geheilt
antibiotisch behandelt
akut
protrahiert
chronisch
0.07
0,00
0,5
4,5
8,7
Anaerobier Bacteroides % pos. Patienten
9,1
0,03
14,8
120,7
63,5
0.4
0,0
2,7
12,1
10,9
4
0
34
98
95
Intramukosale Keimzahlen
unter 5-ASA Therapie
ASA in gr
Kontrollen
E.coli
Bacteroides
0.06
0.0
Crohn (ASA unbehandelt)
ASA behandelt
0
<2
3-4
>4
3,4
12,3
2,6
0,06
123,8
62,3
18,4
16
UC (ASA unbehandelt)
ASA behandelt
0
<2
3-4
>4
17,5
0,83
0,98
0,07
11.0
9,8
6,7
0,5
Intrazelluläre Einschlüsse
von Bakterien
bei Patienten mit M.Crohn
Intrazelluläre Einschlüsse
von Bakterien
bei Patienten mit M.Crohn
Intrazelluläre Einschlüsse
von Bakterien
bei Patienten mit M.Crohn
Intrazelluläre Einschlüsse
von Bakterien
bei Patienten mit M.Crohn
In situ Hybridisierung mit einer Bacteroides Sonde
In situ Hybridisierung mit einer E.coli Sonde
Die häufigsten dominanten
intramucosalen Bakterien sind
E.coli-Stämme
und
Bacteroides spezies
Die gesunde
Darmmukosa ist frei
von Bakterien
Intramukosale Keimzahlen (10 5 KBE/ml)
im Verlauf einer uncharakteristischen Colitis
(Anteil an Patienten mit erhöhten Keimzahlen in %)
E.coli Bacteroides
geheilt
antibiotisch behandelt
akut
protrahiert
chronisch
0.07
0,00
0,5
4,5
8,7
0.4
0,0
2,7
12,1
10,9
% PCR pos.
Patienten
4
0
34
98
95