Modeling of Protein Binding Sites for Combintorial Ligand Design

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Wilhelm-Schickard-Institut für Informatik
Lehrstuhl Rechnerarchitektur (Prof. Dr. Zell)
Modelling of Protein Binding
Sites for Combinatorial Ligand
Design
Ziel dieser Arbeit ist die Untersuchung, auf welche Weise Expertenwissen
über den Bindungsmodus zwischen Rezeptor und Ligand in einen automatisierten kombinatorischen Designprozess integriert werden kann.
Als Basis dient ein im Augenblick am Lehrstuhl entwickeltes Framework zur
kombinatorischen in silico Synthese polypeptidischer Liganden. Diese Synthese ist in einen evolutionären Algorithmus eingebettet, der sicherstellen
soll, dass nur möglichst erfolgsversprechende Kandidatenstrukturen vorgeschlagen werden. Entscheidend hierfür ist das Bewertungskriterium, das optimiert wird, und in das möglichst viel Vorwissen integriert werden soll.
Hierzu sollen Bindungsinformationen aus der Literatur zur Bewertung neuer
Kandidatenstrukturen quantitativ formuliert werden. Zusätzlich sollen diese
Information in den Docking Prozess mit dem Programm GlideTM übernommen werden um Bindungsmodus und Affinität der neuen Liganden möglichst
gut nachbilden zu können
Voraussetzungen:
Sehr gute
(Bio)chemiekenntnisse und
Programmierkenntinisse in
Java werden vorausgesetzt.
Im Rahmen der Arbeit kann
Erfahrung in der Verwendung
der Schrödinger Molecular
Modelling Softwaresuite
erworben werden
Kontakt
Nikolas Fechner
Sand 1, Raum 317
Tel. (07071) 29-77174
nikolas.fechner@uni-tuebingen.de
Diese Angebote finden Sie auch auf unserem Webserver: http://www-ra.informatik.uni-tuebingen.de
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